View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12459_high_1 (Length: 1342)

Name: NF12459_high_1
Description: NF12459
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12459_high_1
NF12459_high_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (291-1324)||(45616170-45617204)
chr7 (10-243)||(45615885-45616122)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 927; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 927; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 291 - 1324
Target Start/End: Original strand, 45616170 - 45617204
Alignment:
Q  291 gttgattgacttgattttgtgacagtttctatcaaacaaacttagattaa-ttaattagatctttctttgctaccaaattaacagccacatacattccat 389  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616170 gttgattgacttgattttgtgacagtttctatcaaacaaacttgaattaaattaattagatatttctttgctaccaaattaacagccacatacattccat 45616269  T
Q  390 agttgaacaaatgattggctttagcttatatatcatcaatcattgcacatgcatcaaatattcctttacccaccaacta--attaatttggatttctaag 487  Q
    || | |||||||||||||||||||| | |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  45616270 agctaaacaaatgattggctttagcat-tataccaccaatcattgcacatgcatcaaatattcctttacccaccaactataattaatttggatttctaag 45616368  T
Q  488 aataaccgaacaagttatagactctgaatatacaacgtgattgatttataaccatgtgttttcatgttttaaaatgatgtaattttgtctctactcattg 587  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616369 aataacagaacaagttatagactctgaatatacaacgtgattgatttataaccatgtgttttcatgttt-aaaatgatgtaattttgtctctactcattg 45616467  T
Q  588 gaacatggtggcaacaatgtgctatataagatgtttaattcagctcttgcttgttcattaaaaccactaattaacactgtcagtaccatgttgcaaatga 687  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616468 gaacatggtggcaacaatgtgttatataagatgtttaattcagctcttgcttgttcattaaa-ccactaattaacactgtcagtaccatgttgcaaatga 45616566  T
Q  688 gtttgcagtatttggctagcaaacgcatgagatttggctatgaaaagttaacaagtaaaaggatgatgagagtaggaaaacgttgcatttgggtgaagtc 787  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616567 gtttgcagtatttggctaccaaacgcatgagatttggctatgaaaagttaacaagtaaaaggatgatgagagtaggaaaacgttgcatttgggtgaagtc 45616666  T
Q  788 tttgaatggaaaactacgtggtctaaggttatcacgttctaggaagtttttctctacaatgctcttttcaactagaattgtaagaatctacaatgatatt 887  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616667 tttgaatggaaaactacgtggtctaaggttatcacgttctaggaagtttttctctacaatgctctattcaactagaattgtaagaatctacaatgatatt 45616766  T
Q  888 gtgaacaaaattatgaacatggaaaacagttatccagttattgttctacctactcaatggggtcttcctgttctgtctcacccctcagttgtttgcagaa 987  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  45616767 gtgaacaaaattatgaacatggaaaacagttatccagttattgttctacctactcaatggggtcttcctgttctgtctcatccctcagttgtttgcagaa 45616866  T
Q  988 ggagtgtaatggtccctccaaacag-aaagtgactttctattagtccttttcaattcattcatttctgctcaataaacttctatgctattgctatggaat 1086  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616867 ggagtgtaatggtccctccaaacagaaaagtgactttctattagtccttttcaattcattcatttctgctcaataaacttctatgctattgctatggaat 45616966  T
Q  1087 atgcatgttgtggttattgacttttattctttttcattcatgttatagtctaattggattggcattcatccattttgggaaaaattactatgcaagcaaa 1186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45616967 atgcatgttgtggttattgacttttattctttttcattcatgttatagtctaattggattggcattcatccattttgggaaaaattactatgcaagcaaa 45617066  T
Q  1187 cgttttattactaagttttttgcttctttgatgtgcaattttttctgtaactttattcataaattagtatattttaacgtgcacactttaatatctagtg 1286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45617067 cgttttattactaagttttttgcttctttgatgtgcaattttttctgtaactttattcataaattagtatattttaacgtgcacactttaatatctagtg 45617166  T
Q  1287 ttttgttgagtacgaaattcaacatctaatcatttact 1324  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  45617167 ttttgttgagtatgaaactcaacatctaatcatttact 45617204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 179; E-Value: 6e-96
Query Start/End: Original strand, 10 - 243
Target Start/End: Original strand, 45615885 - 45616122
Alignment:
Q  10 agaacctgtggctactctttatttatgccgctctggaatttgaactaatagaa--gattataaaccataagtagggtccatctaagaatatagctaggtt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45615885 agaacctgtggctactctttatttatgccgctctggaatttggactaatagcacagattataagccataagtagggtccatctaagaatatagctaggtt 45615984  T
Q  108 caaagtaggataccagcttgcccttttagaaatagaattttggaaaagaaatcatta-agaaaatgggtggttaagacatcagtcaaaaataaaata-tt 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  45615985 caaagtaggataccagcttgcccttttagaaatagaatttttgaaaagaaatcattagagaaaatggttggttaagtcatcagtcaaaaataagatactt 45616084  T
Q  206 aaatcatagactaaacaataagagtaattagtaggcac 243  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  45616085 aaatcatagactaaacattaagagtaattagtaggcac 45616122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University