View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12481_low_4 (Length: 392)

Name: NF12481_low_4
Description: NF12481
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12481_low_4
NF12481_low_4
[»] chr4 (11 HSPs)
chr4 (21-376)||(27451333-27451689)
chr4 (15-376)||(48623687-48624059)
chr4 (15-340)||(23907498-23907834)
chr4 (29-341)||(16001137-16001457)
chr4 (260-340)||(1778213-1778293)
chr4 (262-341)||(39707472-39707552)
chr4 (29-108)||(55834038-55834117)
chr4 (29-105)||(55769785-55769861)
chr4 (234-326)||(56224743-56224835)
chr4 (289-340)||(435267-435318)
chr4 (72-154)||(37250011-37250093)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (13-376)||(15216429-15216803)
chr8 (29-376)||(36543916-36544274)
chr8 (29-347)||(13588472-13588800)
chr8 (280-376)||(42855175-42855271)
chr8 (29-103)||(41148300-41148374)
chr8 (233-347)||(31977595-31977709)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (29-376)||(32629376-32629734)
chr7 (37-376)||(36650766-36651116)
chr7 (15-376)||(11592440-11592811)
chr7 (13-375)||(24178356-24178730)
chr7 (29-376)||(33350966-33351324)
chr7 (259-340)||(38896622-38896703)
chr7 (269-340)||(39907575-39907646)
chr7 (243-312)||(33738551-33738620)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (13-376)||(20428797-20429171)
chr6 (104-376)||(5260408-5260691)
chr6 (25-316)||(9705561-9705852)
chr6 (182-340)||(6082306-6082475)
chr6 (29-168)||(6081212-6081351)
chr6 (247-376)||(30669888-30670017)
chr6 (235-354)||(26290765-26290884)
chr6 (32-227)||(3629059-3629253)
chr6 (41-109)||(17223047-17223115)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (29-376)||(8179557-8179915)
chr2 (234-376)||(24584766-24584911)
chr2 (261-376)||(45368786-45368901)
chr2 (80-377)||(37280923-37281229)
chr2 (233-348)||(13148301-13148416)
chr2 (267-376)||(452776-452885)
chr2 (81-227)||(11502833-11502979)
chr2 (29-144)||(28409702-28409817)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (15-376)||(49348562-49348933)
chr1 (29-376)||(51441924-51442282)
chr1 (240-376)||(43241541-43241677)
chr1 (233-340)||(8670897-8671004)
chr1 (77-231)||(35829705-35829859)
chr1 (29-341)||(32405655-32405970)
chr1 (266-347)||(11681833-11681914)
chr1 (182-376)||(29173689-29173896)
chr1 (285-376)||(45833593-45833682)
chr1 (289-341)||(35829586-35829638)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (31-376)||(2076634-2076990)
chr5 (15-376)||(20317741-20318113)
chr5 (15-376)||(1288688-1289060)
chr5 (45-376)||(24177304-24177646)
chr5 (29-347)||(26723-27052)
chr5 (269-339)||(22832091-22832161)
chr5 (267-340)||(25937109-25937183)
chr5 (276-349)||(756141-756214)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (15-377)||(51448868-51449237)
chr3 (234-368)||(38849082-38849216)
chr3 (29-219)||(9257865-9258055)
chr3 (15-132)||(38848819-38848936)
chr3 (29-348)||(3368527-3368857)
chr3 (250-340)||(52137824-52137914)
chr3 (259-376)||(27916583-27916700)
chr3 (77-139)||(27916396-27916458)
chr3 (116-156)||(48252502-48252542)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (79-376)||(13418-13725)
[»] scaffold0024 (1 HSPs)
scaffold0024 (15-125)||(74757-74867)
[»] scaffold0073 (1 HSPs)
scaffold0073 (233-347)||(20494-20608)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 11)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 21 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 27451689 - 27451333
Alignment:
Q  21 agggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacat 120  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  27451689 agggccgaaactataactattatcgtcgaattcaagagcacgaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggaagttgggccggataacat 27451590  T
Q  121 acctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgata-aaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtg 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||       |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||| ||||    
T  27451589 acctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgatataaggaattgtgtggctcacaaaaaaattcaacgagattatgaagacgaagaatattccagacaagtg 27451490  T
Q  220 gagaagaagcaccttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27451489 gagaagaagcaccttataagaacaaaggggatatacataattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggt 27451390  T
Q  320 aattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  27451389 aattgagcgaagactaagaaaagagactcatgttacggataacttatttggttttat 27451333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 15 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 48624059 - 48623687
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48624059 gagaggaggaccgaaactataactattatcgtcggattcaagagcacgaggttatagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccgga 48623960  T
Q  115 taacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagac 214  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||  ||||||||||||  ||||||||| |  |     
T  48623959 caacatacctatcgaagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaattagattatgaggattaagaaaatgtcgtat 48623860  T
Q  215 gagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 303  Q
    |||||||||| |||||| |           ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48623859 gagtggagaataagcactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 48623760  T
Q  304 agttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  |||| |||||||  ||||||||||||    
T  48623759 agttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaagaagactcgagttacagataaccaatttggttttat 48623687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 8e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 23907834 - 23907498
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||    
T  23907834 gagaggaggaccgaaactataattattaccgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgattagtggcaaggcagttgggctgga 23907735  T
Q  115 taacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagac 214  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||||  |||    
T  23907734 caacatacctatcgaagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcaccaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgctggac 23907635  T
Q  215 gagtggagaagaagcac-----------cttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 303  Q
    |||||||||||||||||            |||||||||||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23907634 gagtggagaagaagcactttaattccaatttataagaacaagggggatatacaaaattccgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccataa 23907535  T
Q  304 agttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaa 340  Q
    |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||    
T  23907534 agttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaa 23907498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 29 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 16001457 - 16001137
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    ||||||| |||||||| |||  ||||||||||| |||| ||| |||| ||||||||||||| ||||| |||| |||||| | || |  |||||||| |||    
T  16001457 aactatagctattatcatcgg-ttcaagagcacgaggtaaaagaagcgttgaaaaggatgattaatgacaagacagttgagtcgcacgacatacctttcg 16001359  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    ||||||||||||||||||| |||  ||||||| ||||| ||||       || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||  |    
T  16001358 aagtgtggaaaagtcttggagat--aggaattgtgtgggtcaccaaactttttaacgagattatgaggacgaagaaaataccggacgagtggagaagctg 16001261  T
Q  229 cacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaatt-aagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaag 316  Q
    ||| |           ||||||||| || | ||||||||| |||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  16001260 cactttaattcccatctataagaac-aatgtgatatacataattgcgtgaattataggagaattaaaattaatgagtcatactatgaagttatgggaaag 16001162  T
Q  317 ggtaattgagcgaagactaagaaaa 341  Q
    ||| ||| | |||||||||||||||    
T  16001161 ggtgatttaacgaagactaagaaaa 16001137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 260 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 1778293 - 1778213
Alignment:
Q  260 ttgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaa 340  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| || ||  |||||||||||||    
T  1778293 ttgcgcgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatggaattatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaa 1778213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 262 - 341
Target Start/End: Original strand, 39707472 - 39707552
Alignment:
Q  262 gcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttat-gggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaa 341  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| ||| ||||| |||||||||||||||    
T  39707472 gcgccaattatagaggaattaaactaatgagtcataccatgaagttataggaaaaaggtgattgaacgaagactaagaaaa 39707552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 29 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 55834117 - 55834038
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgg 108  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||| ||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  55834117 aactataactactatcgtcggattcaagaatacgaggtaaaagaagagttgacaaggatgagtaatggcaaggcagttgg 55834038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 29 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 55769861 - 55769785
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagt 105  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||  || |||| ||| |||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  55769861 aactataactactatcgtcggattcaagaatacgaggtaaaagaagagttgacaaggatgagtaatggcaaggcagt 55769785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 234 - 326
Target Start/End: Original strand, 56224743 - 56224835
Alignment:
Q  234 tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgag 326  Q
    |||||||| || | |||||||||  |||| |  |||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  56224743 tataagaataaggaggatatacaaaattgtgtaaattatagaggaattaaactaatgagtcatgtcatgaagttgtgggaaatggtaattgag 56224835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 289 - 340
Target Start/End: Original strand, 435267 - 435318
Alignment:
Q  289 tgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaa 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||    
T  435267 tgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaa 435318  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 72 - 154
Target Start/End: Original strand, 37250011 - 37250093
Alignment:
Q  72 aagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaa 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| ||  |||||||| |||| ||| | || |||||||||| |||||||    
T  37250011 aagcattgaaaaggatgagtaatgattaggaagttggaccaaataacatatctattgaactatgaaaaagtcttgacgataaa 37250093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 13 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 15216803 - 15216429
Alignment:
Q  13 cagagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccg 112  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||  ||||| |||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216803 cagagaggaggaccggaactataactattatcgtcagattcaggagcacgagatgaaagaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccg 15216704  T
Q  113 gataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccag 212  Q
    || |||||||||||| |||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15216703 gacaacatacctatcaaagtgtggaaaagtattgactatagaggaattatgtggctcacaaaacttttcaacgagattatgaggacgaagaaaatgccag 15216604  T
Q  213 acgagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccat 301  Q
    |||||||||||||||||||||           ||||||||||| | ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15216603 acgagtggagaagaagcaccttaattccaatctataagaacaaggtggatatacaacattgcacgaattataggggaattaagctaatgagtcataccat 15216504  T
Q  302 gaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||   ||||||||||||    
T  15216503 gaagttatgcgaaagggtaattgagcgaagactaagaaaagagactcaagttatggataatcaatttggttttat 15216429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 9e-83
Query Start/End: Original strand, 29 - 376
Target Start/End: Original strand, 36543916 - 36544274
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||     
T  36543916 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgggtagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatca 36544015  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || || |||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  36544016 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaaagagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaag 36544115  T
Q  229 cacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    ||| |           ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36544116 cactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaatcataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 36544215  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||| ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  36544216 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcaagttacggataaccaatttggttttat 36544274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 29 - 347
Target Start/End: Original strand, 13588472 - 13588800
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||| |||| |||| ||| ||||||||||||| |||| |||||||| | |||||||||  || || |||||||| |    
T  13588472 aactataactactatcgtaggattcaagcgcacgaggtaaaagaagcattgaaaagcatgaataatggcatgacagttgggctagacaatatacctattg 13588571  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
     |||||| |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||       || ||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| ||||||| |||||     
T  13588572 gagtgtgaaaaagt-ttggggatagaggaattatgtggctcactaaactttttaacaagattataaggacaaagaagatgtcagatgagtggaaaagaaa 13588670  T
Q  229 cac-----------cttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    |||            ||||||||||||   |||| ||||  | || |  ||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||| |    
T  13588671 cactttaattctgatttataagaacaagaaggatgtacaaaactgtgtaaattataagtgaattaaactaatgagtcataccataaagttaagggaaatg 13588770  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaatagact 347  Q
     | |||||||||| |||||||||| |||||    
T  13588771 atgattgagcgaaaactaagaaaagagact 13588800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 280 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 42855271 - 42855175
Alignment:
Q  280 ttaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  42855271 ttaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaggaaaattgagcgaagactaagaaaagagactcgcgttacggataaccaatttggttttat 42855175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 103
Target Start/End: Original strand, 41148300 - 41148374
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggca 103  Q
    ||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||  || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  41148300 aactataactactattgtctaattcaagaacacatagtaaaaaaagcgttgaaaaggatgagtaatggcaaggca 41148374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 347
Target Start/End: Original strand, 31977595 - 31977709
Alignment:
Q  233 ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaaga 332  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||| || |||||||  ||||||||  | || |||||| |||| |||||||||  ||| || ||||| || |||    
T  31977595 ttataagaacaaagaggatatacaaaattgtgcaaattataaaggaattaaaattattagtcatgccataaagttatggacaagagtgattgaacggaga 31977694  T
Q  333 ctaagaaaatagact 347  Q
    ||| | |||||||||    
T  31977695 ctagggaaatagact 31977709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 200; Significance: 1e-109; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 29 - 376
Target Start/End: Original strand, 32629376 - 32629734
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32629376 aactataactattatcgtcggattcaggagcacgaggtgaaagaagcgttgaaaaggatgagtaatggtaaggcagttgggccggacaacatacctatcg 32629475  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||  || ||||||||||  |||||||||||||||||    
T  32629476 aagtgtggaaaagtcttggcgatagaggaattgtgtggctcacaaaacttttcaacgagattatgaaaacgaagaaaatgcttgacgagtggagaagaag 32629575  T
Q  229 cacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    |||||           ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32629576 caccttaattccaatctataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattacaggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 32629675  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||  |||||| |||||    
T  32629676 gtaattgaacgaagactaagaaaagagactcacgttacggataaccaatttggctttat 32629734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 37 - 376
Target Start/End: Original strand, 36650766 - 36651116
Alignment:
Q  37 ctattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtgg 136  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  36650766 ctattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccagacaacatacctatcgaagtgtgg 36650865  T
Q  137 aaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacct--- 233  Q
    || ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       ||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| |       
T  36650866 aagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttgacgagattatgaggacgaagaaaatgccggacgagtggagaagaatcactttaa 36650965  T
Q  234 --------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattga 325  Q
            ||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  36650966 ttccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgattga 36651065  T
Q  326 gcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
      |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  36651066 aagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttat 36651116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 15 - 376
Target Start/End: Original strand, 11592440 - 11592811
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  11592440 gagaggaggaccgaaactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccgga 11592539  T
Q  115 taacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagac 214  Q
     ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||| |||||       || ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||    
T  11592540 caacatcccta-cgaagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtgactcacaaacctttttaacgagactatgaggacgaagaaaatgccggac 11592638  T
Q  215 gagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 303  Q
    ||||||||||||||||| |           ||||| ||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11592639 gagtggagaagaagcactttaattccaatctataaaaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 11592738  T
Q  304 agttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  11592739 agttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttat 11592811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 13 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 24178730 - 24178356
Alignment:
Q  13 cagagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccg 112  Q
    ||||||| ||| ||| | ||||||||||||| |||| |||||  ||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  24178730 cagagaggaggaccgaacctataactattattgtcggattcagtagcacgaggtgaaagaagcaatgaaaaggatgactaatggaaaggcagttgggccg 24178631  T
Q  113 gataacatacctatcgaagtgtg-gaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgcca 211  Q
     | ||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||       ||||| |||||||||||||| ||||||||| ||    
T  24178630 aacaacatacatatcgaagtgtgaaaaaagtcttggcgatagaggaattgtgtggctcacaaaacttttcaatgagattatgaggacgaagaaaatgtca 24178531  T
Q  212 gacgagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcatacca 300  Q
    || |||||||||| ||||||||           ||||| ||||| ||  |||||||  |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  24178530 gaggagtggagaataagcaccttcattccaatctataataacaagggatatatacagaattgcgtgaattataggggaatttagctaatgagtcatacca 24178431  T
Q  301 tgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggtttta 375  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||||| ||||  ||||||  |||||||||||    
T  24178430 tgaagttatgggaaagggtgattcaacgaagactaagaaaagagactcaagttacggataacaaatttggtttta 24178356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 29 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 33351324 - 33350966
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||| ||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  33351324 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgggtagtgacgaggcagttgggccggacaacatacctatcg 33351225  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| | | |||||||| |       || ||||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  33351224 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggactgtgtggctcgcaaacctttttaacgagattataaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaag 33351125  T
Q  229 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    ||| |||           ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33351124 cactttaattccaatcgataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttgtgggaaagg 33351025  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    || ||  |  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  33351024 gtgatcaaaagaagactaagaaaggagactctagttacggataaccaatttggttttat 33350966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 259 - 340
Target Start/End: Original strand, 38896622 - 38896703
Alignment:
Q  259 attgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaa 340  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||  |||||||||||||    
T  38896622 attgcgcaaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggaaaagggtgatcgaaagaagactaagaaa 38896703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 269 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 39907646 - 39907575
Alignment:
Q  269 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaa 340  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||    
T  39907646 ttattggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaa 39907575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 243 - 312
Target Start/End: Complemental strand, 33738620 - 33738551
Alignment:
Q  243 aaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggg 312  Q
    ||||||||| ||||  ||||||| || |||| || |||||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  33738620 aaaggggatttacaaaattgcgcaaaatataaggaaattaaacttatgagtcatactatgaagttatggg 33738551  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 13 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 20429171 - 20428797
Alignment:
Q  13 cagagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccg 112  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20429171 cagagaggaggaccggaactataactattatcgtcggattcaggagcacgaagtgaaagaaccgttgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccc 20429072  T
Q  113 gataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccag 212  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  20429071 gaaaacatacctatcggagtgtggaaaagtcatggcgatggaggaattgtgtggctcacaaaactgttcaacgagattatgaggacgaagaaaatgccag 20428972  T
Q  213 acgagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccat 301  Q
    |||| || |||||||||||||           ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  20428971 acgaatgaagaagaagcaccttaattccaatatataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattataagggaattaagctaatgagtcataccat 20428872  T
Q  302 gaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||| |||| | |||||  || |||||||||    
T  20428871 gaagttatgggaaagggtaattgaacgaagactaagaacagagactcacgttacaaataaccaatatggttttat 20428797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 104 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 5260691 - 5260408
Alignment:
Q  104 gttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaaga 203  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||       |||||||||||||||||||||||||    
T  5260691 gttgggccggacaacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgatagaggaattgtgtggctcacaaaacttttcaacgagattatgaggacaaaga 5260592  T
Q  204 aaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgag 292  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||           ||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5260591 aaatgccggacgagtggagaagaatcaccttaattccaatctataagaacaagggggatatacaacaatgcgcgaattataggggaattaagctaatgag 5260492  T
Q  293 tcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  5260491 tcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagacttagaaaagagactcacgttacggataaccaatttggttttat 5260408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 7e-62
Query Start/End: Original strand, 25 - 316
Target Start/End: Original strand, 9705561 - 9705852
Alignment:
Q  25 ccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacct 124  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||| | |||||| |||| |||||| |||   ||||||| |||||||||||  |||| |||||||||    
T  9705561 ccggaacaataactattatcgtcggattcaggagcacgaagtgaaagaagcgttgaaaggga---gtaatggtaaggcagttggatcggacaacatacct 9705657  T
Q  125 atcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaa 224  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||       ||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||    
T  9705658 atcgaagtgtggaaaagtcttggcgatagaggaattgtgtggctcacaaaacttttcaacgagattatgagaacgaagaaaatgtccgacgagtggagaa 9705757  T
Q  225 gaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggga 313  Q
    |||||||||           ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||    
T  9705758 gaagcaccttaattccaatctataagaacaagggggatatacaacattgcgcgaattataggggaatta--------agtcataccatgaagttatggga 9705849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 182 - 340
Target Start/End: Original strand, 6082306 - 6082475
Alignment:
Q  182 aacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaatt 270  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||| |||           ||||||||| ||| |||||||  ||||||||||||    
T  6082306 aacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaagcactttaattccaatctataagaacaaggggcatatacaaaattgcgcgaatt 6082405  T
Q  271 ataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaa 340  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  |||||||||||||    
T  6082406 ataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaa 6082475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 29 - 168
Target Start/End: Original strand, 6081212 - 6081351
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||| |   |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||     
T  6081212 aactataattattatcgtcggattcaagagcatgaggttagggaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccagaaaacatacctatca 6081311  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggct 168  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||    
T  6081312 aagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggct 6081351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 247 - 376
Target Start/End: Original strand, 30669888 - 30670017
Alignment:
Q  247 gggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagac 346  Q
    ||||||||||  | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||| ||||||||||||||  ||||    
T  30669888 gggatatacaaaaatgcgcaaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggcaaaggatgattgaacgaagactaagaaatgagac 30669987  T
Q  347 tcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    ||| ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  30669988 tcaagttacggataaccaatttggttttat 30670017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 235 - 354
Target Start/End: Original strand, 26290765 - 26290884
Alignment:
Q  235 ataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagact 334  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||| |||||| ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||    |||| || ||||| ||||||||    
T  26290765 ataagaacaagggggatatacaaaattgtgcgaatgataggggaattaaccttatgagtcataccataaagttaataaaaagagtgattgaacgaagact 26290864  T
Q  335 aagaaaatagactcatgtta 354  Q
    || |||| || |||| ||||    
T  26290865 aaaaaaagagtctcaagtta 26290884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 32 - 227
Target Start/End: Original strand, 3629059 - 3629253
Alignment:
Q  32 tataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaag 131  Q
    ||||||||||||||||  |||||| |  ||||||| ||| |||  ||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||  || |||||| | | ||||    
T  3629059 tataactattatcgtctgattcaataatacaaggt-aaacaagtgttgaaaatgatgaataatggcaagacagttgggccatatgacatactttttgaag 3629157  T
Q  132 tgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaa 227  Q
    | ||||||| |||||| |||| | |||||  || ||||||       || || || ||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||||    
T  3629158 tatggaaaaatcttggagatagatgaattgggtagctcaccaaactttttaatgaaattatgaggacaaagaaaattttagacgagtagagaagaa 3629253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 41 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 17223115 - 17223047
Alignment:
Q  41 tatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttggg 109  Q
    ||||||||||||||||| ||  |||| ||| || |||| ||||| |||||||||| ||||| |||||||    
T  17223115 tatcgtcgaattcaagaacaagaggtaaaagaaacattaaaaagaatgagtaatgacaaggtagttggg 17223047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 160; Significance: 4e-85; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 29 - 376
Target Start/End: Original strand, 8179557 - 8179915
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  8179557 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgattagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatcg 8179656  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  8179657 aagtgtggaaaagtcttagcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcagacgagtggagaagaag 8179756  T
Q  229 cacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    ||| |           ||||||||||| | |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  8179757 cactttaattccaatctataagaacaaggaggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaataagtcataccatgaagttatgggaaagg 8179856  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  8179857 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttat 8179915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 234 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 24584911 - 24584766
Alignment:
Q  234 tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaggg---taattgagcgaa 330  Q
    |||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   | ||||| | ||    
T  24584911 tataagaacaaaggggatatacaaaattgcacgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgattattgaacaaa 24584812  T
Q  331 gactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    ||||||||||  ||||||  |||| |||||||| ||||||||||||    
T  24584811 gactaagaaaggagactcgagttatagataactgatttggttttat 24584766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 8e-40
Query Start/End: Original strand, 261 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 45368901 - 45368786
Alignment:
Q  261 tgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagata 360  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  ||||    
T  45368901 tgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaaattatgggaaagggtaattgaacgaagactaagaaaagagactcatgttacggata 45368802  T
Q  361 acttatttggttttat 376  Q
    ||  |||||| |||||    
T  45368801 accaatttggctttat 45368786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 8e-34
Query Start/End: Original strand, 80 - 377
Target Start/End: Original strand, 37280923 - 37281229
Alignment:
Q  80 aaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnt 179  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||| ||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||||| ||||||||||       |    
T  37280923 aaaaagatgagtaatgacaaggcagttgggccagacaacatacatattgaagtgtggaaaagtcttggatatagaggaattgtgtggctcaccaaacatt 37281022  T
Q  180 tcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaa 268  Q
    | ||||||| |||||||||||  |||||| | || || |||||||||| | | |||           ||||||||| |||||||||||  ||||||||||    
T  37281023 ttaacgagactatgaggacaac-aaaatgtcggatgaatggagaagaaacgctttaatttcgatctataagaacaa-ggggatatacaaaattgcgcgaa 37281120  T
Q  269 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttattt 368  Q
    ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||  |||  || ||||| ||||||||||| ||| | ||| | ||||  ||||||  ||||    
T  37281121 ttataggagaattaaactaatgaatcataccatgaagttatgataaaaagtgattgaacgaagactaagtaaacaaacttaagttactgataaccaattt 37281220  T
Q  369 ggttttata 377  Q
    |||||||||    
T  37281221 ggttttata 37281229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 233 - 348
Target Start/End: Original strand, 13148301 - 13148416
Alignment:
Q  233 ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaaga 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||  | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||  |||||    
T  13148301 ttataagaacaaaggggatatacaaaattgcttggattataggggaattaaactaatgagtcttaccatgaagttatgggaaagggtgattgaatgaaga 13148400  T
Q  333 ctaagaaaatagactc 348  Q
    ||||||||| ||||||    
T  13148401 ctaagaaaagagactc 13148416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 267 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 452885 - 452776
Alignment:
Q  267 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttat 366  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||    
T  452885 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttacgagaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaat 452786  T
Q  367 ttggttttat 376  Q
    ||||||||||    
T  452785 ttggttttat 452776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 81 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 11502979 - 11502833
Alignment:
Q  81 aaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnntt 180  Q
    ||||||||||||||| ||| ||| ||||||  || || ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||  ||||||||||       |     
T  11502979 aaaggatgagtaatgacaatgcaattgggctagacaagatatctattgaagtgtggaaaagtcttggagataaaggaatagtgtggctcaccaatctttc 11502880  T
Q  181 caacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaa 227  Q
     ||| |||||||||||||||| ||||||   || |||||||||||||    
T  11502879 taactagattatgaggacaaataaaatgttcgatgagtggagaagaa 11502833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 29 - 144
Target Start/End: Original strand, 28409702 - 28409817
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||  ||| |||| ||| || ||||||||| ||| |||||| |||||||| ||| | | || |  ||||| ||      
T  28409702 aactataactattatcgtaggattcaagcacacgaggtaaaagaaacattgaaaatgattagtaattgcaaggcaattgagtcagacagtataccaattc 28409801  T
Q  129 aagtgtggaaaagtct 144  Q
    ||||||||||||||||    
T  28409802 aagtgtggaaaagtct 28409817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 15 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 49348933 - 49348562
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49348933 gagaggaggaccgaaactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccgga 49348834  T
Q  115 taacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagac 214  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| | |||    
T  49348833 caacatacctatcgaagtgtggaagagtcttggcgatacagggattgtgtggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggac 49348734  T
Q  215 gagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 303  Q
    ||||||||||||||||| |           ||||||||| |||||| ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  49348733 gagtggagaagaagcactttaattccaatctataagaac-aagggggtatacaaaattgcgcgaattataggagaattaagctaatgagtcataccatga 49348635  T
Q  304 agttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    ||| |||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  49348634 agtcatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaagaagactcgagttatggataaccaatttggttttat 49348562  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 5e-78
Query Start/End: Original strand, 29 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 51442282 - 51441924
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||||||    
T  51442282 aactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagctgggccagacaacatacctatcg 51442183  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    || ||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||    
T  51442182 aaatgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaag 51442083  T
Q  229 cacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    ||| |           ||||||||||| |||||||||||  ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51442082 cactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaatcacgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 51441983  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    || || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  51441982 gtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttat 51441924  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 73; E-Value: 3e-33
Query Start/End: Original strand, 240 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 43241677 - 43241541
Alignment:
Q  240 aacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaa 339  Q
    ||||| |||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||    
T  43241677 aacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataagggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaa 43241578  T
Q  340 aatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |  ||||||| ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  43241577 aggagactcaagttacggataaccaatttggttttat 43241541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 233 - 340
Target Start/End: Original strand, 8670897 - 8671004
Alignment:
Q  233 ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaaga 332  Q
    |||||||||||| |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||| |    
T  8670897 ttataagaacaagggggatatacaaaactgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatggaaagaaaa 8670996  T
Q  333 ctaagaaa 340  Q
    ||||||||    
T  8670997 ctaagaaa 8671004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 77 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 35829859 - 35829705
Alignment:
Q  77 ttgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnn 176  Q
    ||||||| |||||||||| |||| ||||||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||||||| | |||||| |||  |||||||||         
T  35829859 ttgaaaatgatgagtaatagcaaagcagttgggccagacagcatacctattgaagtgtggaaaagtcttggagttaaaggcatttagtggctcaccaaat 35829760  T
Q  177 nnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcac 231  Q
      || ||||| |||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  35829759 tttttaacgaaattatgaggacatagaaaatgccaaatgagtggagaagaagcac 35829705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 32405970 - 32405655
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    ||||||||||| |||| ||| |||||||| ||   ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||       ||||| |    
T  32405970 aactataactactatcatcggattcaagaacatgtggtaaaagaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttggaccaga-------cctattg 32405878  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    ||| |||||||| |||||| | ||  |||||| ||||||  ||       || ||||| |||| ||||||||||||||||   || |||||||||||||     
T  32405877 aagggtggaaaactcttggaggtaggggaattgtgtggccaaccaaactttttaacgaaattacgaggacaaagaaaatgttggatgagtggagaagaaa 32405778  T
Q  229 cacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    ||| |||           | ||||||| || ||||||||  |||| || |||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32405777 cactttaattctgatctattagaacaa-ggcgatatacaaaattgtgcaaattatagggaaattaaccttatgagtcataccatgaagttatgggaaaag 32405679  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaa 341  Q
    || |||||||| ||||||||||||    
T  32405678 gtgattgagcggagactaagaaaa 32405655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 266 - 347
Target Start/End: Original strand, 11681833 - 11681914
Alignment:
Q  266 gaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagact 347  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  11681833 gaattataggggaattaagctaaagagtcataccatcaaattatgggaaagggtgattgagcgaagactaagaaaagagact 11681914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 182 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 29173896 - 29173689
Alignment:
Q  182 aacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaatt 270  Q
    |||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||           |||||||||   ||||||||   |||||| |||||    
T  29173896 aacgagattatgtgaataaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcactttaatttcaatctataagaacaagaaggatatacgaaattgcgtgaatt 29173797  T
Q  271 ata--ggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttattt 368  Q
    |||  |||||||||| |||||||||| ||| || |||||||| |||||| | ||||| |||| |||||||||| ||||||  ||||  ||||||| ||||    
T  29173796 atataggggaattaaactaatgagtcgtacaatcaagttatgcgaaaggatgattgaacgaaaactaagaaaagagactcgagttacggataactaattt 29173697  T
Q  369 ggttttat 376  Q
    ||||||||    
T  29173696 ggttttat 29173689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 285 - 376
Target Start/End: Original strand, 45833593 - 45833682
Alignment:
Q  285 ctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||| |||| | | ||||||||||||||||  ||||||||||| |||   ||||||| ||||||||||||    
T  45833593 ctaacgagtcatgccatgaagttatgagaaatgatgattgagcgaagactaaagaaatagactcaagtt--tgataactaatttggttttat 45833682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 289 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 35829638 - 35829586
Alignment:
Q  289 tgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaa 341  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| || ||| ||||||||    
T  35829638 tgagtcataccaagaagttatgggaaagagtgattgaacggagagtaagaaaa 35829586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 150; Significance: 3e-79; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 150; E-Value: 3e-79
Query Start/End: Original strand, 31 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 2076990 - 2076634
Alignment:
Q  31 ctataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaa 130  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||    
T  2076990 ctataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccggacaacatacctatccaa 2076891  T
Q  131 gtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagca 230  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||||| ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  2076890 gtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacagacccttttaacgacattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaagaagca 2076791  T
Q  231 cct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggt 319  Q
    | |           ||||||||||| ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2076790 ctttaattccaatctataagaacaagggggacatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaacgagtcataccatgaagttatgggaaagggt 2076691  T
Q  320 aattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
     || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  2076690 gatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttat 2076634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 376
Target Start/End: Original strand, 20317741 - 20318113
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  20317741 gagaggaggaccgaaactataattattatcgttggattcaagagcacaaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggtaaggtagttgggccgga 20317840  T
Q  115 taacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagac 214  Q
     ||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||| ||  ||| ||||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| | |||    
T  20317841 caacatacatatccaagtgtggaagagtcttggcgatagagagattgtgtggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggac 20317940  T
Q  215 gagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 303  Q
    ||||||||||||||||| |           ||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20317941 gagtggagaagaagcactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgcgcaaattattagggaattaagctaatgagtcataccatga 20318040  T
Q  304 agttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  |||| |||||||  ||||||||||||    
T  20318041 agttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacagataaccaatttggttttat 20318113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 15 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 1289060 - 1288688
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||| | ||| | |||||||||||||||    
T  1289060 gagaggaggaccgaaactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgaggagtggtagggcagttgggccgga 1288961  T
Q  115 taacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagac 214  Q
     ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||| | ||||||||       || ||||||||||||||||| ||||||||| |  ||    
T  1288960 caacatacctatcgaagtgtggaagagtcttggtgatagagggattgtatggctcacaaacctttttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcgaac 1288861  T
Q  215 gagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 303  Q
    ||||||||||||||||| |           ||||||||||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1288860 gagtggagaagaagcactttaattccaatctataagaacaagggggatatacaaaattgtgcgaattataggggaattaagttaatgagtcataccatga 1288761  T
Q  304 agttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    || ||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  1288760 agctatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttat 1288688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 45 - 376
Target Start/End: Original strand, 24177304 - 24177646
Alignment:
Q  45 gtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtct 144  Q
    |||| |||||||||||  |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||    
T  24177304 gtcggattcaagagcatgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccggacaatatacctatcgaagtgtggaagagtct 24177403  T
Q  145 tggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacct----------- 233  Q
    |||||||| ||| ||| ||||||||||       || ||| ||||||||||||| |||||||||||  | |||||||||| |||||| |               
T  24177404 tggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttttaacaagattatgaggacgaagaaaatgccgaatgagtggagaaaaagcactttaattccaatc 24177503  T
Q  234 tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagac 333  Q
    ||||||||||| |||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||    
T  24177504 tataagaacaagggggatatacaaaattgcgtgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagac 24177603  T
Q  334 taagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttat 376  Q
    |||||||  ||||||  ||||  ||||||  ||||||||||||    
T  24177604 taagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttat 24177646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 29 - 347
Target Start/End: Original strand, 26723 - 27052
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||| |||||| |||||| | |||||||| |||  ||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||| || |||||||  |  |    
T  26723 aactttaactactatcgttggattcaagaacacggggtaaaagaagcattgaaaagggtgagtaatggcaaggcggttaagccagacaacatactgactg 26822  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||| |||||     
T  26823 aagtgtggaaaagtcttggagatagaggaattgtgtggctcaccaaactttttaacgagattatgaggacaaagaaaatgtcggatgagtggaaaagaaa 26922  T
Q  229 cacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    ||| |           ||||||||||| | |||||||||  ||||  |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| |  ||    
T  26923 cactttaattctgttctataagaacaaggaggatatacaaaattgttcgaattataggggaattaaattaatgagtcataccatgaagtcatggaagcgg 27022  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaatagact 347  Q
    || ||||| |||| | |||||||| |||||    
T  27023 gtgattgaacgaaaattaagaaaaaagact 27052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 269 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 22832161 - 22832091
Alignment:
Q  269 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaa 339  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||  ||||||||||||    
T  22832161 ttataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaaaagtgattgaatgaagactaagaa 22832091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 267 - 340
Target Start/End: Original strand, 25937109 - 25937183
Alignment:
Q  267 aattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatggg-aaagggtaattgagcgaagactaagaaa 340  Q
    |||||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  25937109 aattataggacaattaaacttatgattcataccatgaagttatgggaaaaggttaattgagcgaagactacgaaa 25937183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 276 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 756214 - 756141
Alignment:
Q  276 ggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactca 349  Q
    |||||||| || | ||||| |||||  |||||||||||||| || |||||||| |||| ||||||| |||||||    
T  756214 ggaattaaacttaagagtcgtaccaacaagttatgggaaagagtgattgagcggagacaaagaaaagagactca 756141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 142; Significance: 2e-74; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 15 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 51449237 - 51448868
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| | | |||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  51449237 gagaggaggaccgaaactataattattatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttggaaaggatgagtagtggcaaggcagttgggccgga 51449138  T
Q  115 taacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagac 214  Q
     ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||||       ||     ||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  51449137 caacatacctatcgaagtgtggaagagtcttggcgatagagggattgtgtggctcacaaacctttt----tagattatgaggacgaagaaaatgccggac 51449042  T
Q  215 gagtggagaagaagcacct-----------tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatga 303  Q
    ||||||||||||| ||| |           |||||||||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  51449041 gagtggagaagaaacactttaattccaatctataagaacaagagggatatacaaaattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccataa 51448942  T
Q  304 agttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatttggttttata 377  Q
    |||||||||||||||| || ||  |||||||||||||  ||||||  ||||  ||||||  |||||||||||||    
T  51448941 agttatgggaaagggtgatcgaaagaagactaagaaaggagactcgagttacggataaccaatttggttttata 51448868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 234 - 368
Target Start/End: Original strand, 38849082 - 38849216
Alignment:
Q  234 tataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagac 333  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |    
T  38849082 tataagaacaagggggatatacaaaattgcgcgaattataagggaattaaactaatgagtcataccatgaagttatgggaaagagtgattgaacgaaggc 38849181  T
Q  334 taagaaaatagactcatgttaaagataacttattt 368  Q
    |||||||| ||||||  |||| |||||||| ||||    
T  38849182 taagaaaagagactcgggttacagataactaattt 38849216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 29 - 219
Target Start/End: Original strand, 9257865 - 9258055
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||| |    
T  9257865 aactataacgattatcgtcggattcaagagcacaaagtaaaggaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccagacaacatacttattg 9257964  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtg 219  Q
       |||||||||||||||| |||| ||| ||| ||||| ||||       || ||||||||| ||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  9257965 ttatgtggaaaagtcttggagatagagggattgtgtggatcaccaaaaaatttaacgagattgtgaggacgaagaaaatgtcggacgagtg 9258055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 15 - 132
Target Start/End: Original strand, 38848819 - 38848936
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| | | |||| |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  38848819 gagaggaggaccgaaactataactactatcgtcggattcaagagcacgaggttagagaagcgttgaaaaggatgagtagtggcaagtcagttgggccgga 38848918  T
Q  115 taacatacctatcgaagt 132  Q
     |||||||||||||||||    
T  38848919 caacatacctatcgaagt 38848936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 63; E-Value: 3e-27
Query Start/End: Original strand, 29 - 348
Target Start/End: Original strand, 3368527 - 3368857
Alignment:
Q  29 aactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcg 128  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |  ||| ||   ||| |||||||||||||||||||||  |||| ||| || |||||||| || |    
T  3368527 aactataactattatcgtcggattcaagaacacaaagcaaaataaatgttggaaaggatgagtaatggcaaggatgttgagccagacaacataccaattg 3368626  T
Q  129 aagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnnttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaag 228  Q
    |||| |  |||||| |||| | || ||||||| ||||||||||       || ||||||||||| ||||||||||||||    || || |||||||||||    
T  3368627 aagtatataaaagtattggaggtagaggaattgtgtggctcaccgaacttttaaacgagattataaggacaaagaaaatattggatgaatggagaagaag 3368726  T
Q  229 ca--------cc---ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagg 317  Q
    ||        ||   ||||||||||||   |||||||||  |||| | |||||||||  ||||||| || || | |||||||||||||||||||||||      
T  3368727 cattttagttccgatttataagaacaagatggatatacaaaattgtgtgaattatagaagaattaaacttataattcataccatgaagttatgggaaaat 3368826  T
Q  318 gtaattgagcgaagactaagaaaatagactc 348  Q
    || ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  3368827 gtgattgaacgaagactaagaaaagagactc 3368857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 250 - 340
Target Start/End: Original strand, 52137824 - 52137914
Alignment:
Q  250 atatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaa 340  Q
    |||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||||    
T  52137824 atatacaaaattgtgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtgatcgaaagaagactcagaaa 52137914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 259 - 376
Target Start/End: Original strand, 27916583 - 27916700
Alignment:
Q  259 attgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaaga 358  Q
    |||||| |||||||||||||  |||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| |||| || ||||  ||    
T  27916583 attgcgtgaattataggggatataaattgatgagtcataccatgaagttatgagaaagggtgattgaacgaagaataagaaaagagacccaagttagtga 27916682  T
Q  359 taacttatttggttttat 376  Q
    ||||  ||||||||||||    
T  27916683 taaccaatttggttttat 27916700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 77 - 139
Target Start/End: Original strand, 27916396 - 27916458
Alignment:
Q  77 ttgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaa 139  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||| ||||||||||||    
T  27916396 ttgaaatggatgagtaatgggaaggcagttggggcagacaacatacctattgaagtgtggaaa 27916458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 156
Target Start/End: Original strand, 48252502 - 48252542
Alignment:
Q  116 aacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaagg 156  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  48252502 aacatacctattgaagtgtggaaaggtcttggagataaagg 48252542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 94; Significance: 9e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 79 - 376
Target Start/End: Complemental strand, 13725 - 13418
Alignment:
Q  79 gaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccggataacatacctatcgaagtgtggaaaagtcttggcgataaaggaattatgtggctcacnnnnnnn 178  Q
    |||||||||||||| || |||| ||||||||| | | ||||| | |||| |||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||||||           
T  13725 gaaaaggatgagtagtgacaagacagttgggctgaacaacatgcttatcaaagtgtggaagagtcttggcgatagagaaattgtgtggctcacaatattt 13626  T
Q  179 ttcaacgagattatgaggacaaagaaaatgccagacgagtggagaagaagcacctta-----------taagaacaaaggggatatacatcattgcgcga 267  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| || ||| |||           ||||||||| ||| |||||||  | | |||||    
T  13625 tttaacgagattatgaggacgaagaaaatgtcggacgagtggagaacaaacactttaattccaatctataagaacaa-gggaatatacaaaactacgcga 13527  T
Q  268 attataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaagactaagaaaatagactcatgttaaagataacttatt 367  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||| |  ||||||  ||||  ||||||  |||    
T  13526 attataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaatggtgattgaacgaagactaagagagaagactccagttacggataaccaatt 13427  T
Q  368 tggttttat 376  Q
    |||||||||    
T  13426 tggttttat 13418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 51; Significance: 4e-20; HSPs: 1)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 4e-20
Query Start/End: Original strand, 15 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 74867 - 74757
Alignment:
Q  15 gagagcagggccggaactataactattatcgtcgaattcaagagcacaaggtgaaaaaagcattgaaaaggatgagtaatggcaaggcagttgggccgga 114  Q
    ||||| ||| ||| ||||| ||||| |||||||  ||||||||||||||||| ||| |||  |||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||    
T  74867 gagaggaggaccgaaactaaaactactatcgtcagattcaagagcacaaggtaaaagaagtgttgaaaaggatgagtaatggcaagacagttgggtcaga 74768  T
Q  115 taacataccta 125  Q
     ||||||||||    
T  74767 caacataccta 74757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 233 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 20608 - 20494
Alignment:
Q  233 ttataagaacaaaggggatatacatcattgcgcgaattataggggaattaagctaatgagtcataccatgaagttatgggaaagggtaattgagcgaaga 332  Q
    |||||||||||||| |||||||||  |||| || |||||||  ||||||||  | || |||||| |||| |||||||||  ||| || ||||| || |||    
T  20608 ttataagaacaaagaggatatacaaaattgtgcaaattataaaggaattaaaattattagtcatgccataaagttatggacaagagtgattgaacggaga 20509  T
Q  333 ctaagaaaatagact 347  Q
    ||| | |||||||||    
T  20508 ctagggaaatagact 20494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University