View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12489_low_2 (Length: 737)

Name: NF12489_low_2
Description: NF12489
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12489_low_2
NF12489_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-729)||(52033420-52034130)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 699; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 699; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 729
Target Start/End: Original strand, 52033420 - 52034130
Alignment:
Q  19 gatattccctaattcagtaacagcacatcaaattggatctgggaagaatggccttggtttgggttccttttctcttgactggaccactattgcttcattc 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52033420 gatattccctaattcagtaacagcacatcaaattggatctgggaagaatggccttggtttgggttccttttctcttgactggaccactattgcttcattc 52033519  T
Q  119 cttgggaatccacttgttacccctatctttgcaacggttaacatccttgttggctacattttattaatctacattcttattccaacggcttattggggat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52033520 cttgggaatccacttgttacccctatctttgcaacggttaacatccttgttggctacattttattaatctacattcttattccaacggcttattggggat 52033619  T
Q  219 ttaatctctataatgccaaaaacttccccatatactctaatgaactattcactgctcaaggtgtgagatacaatgtgacagctattgtgaacaacaagtt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52033620 ttaatctctataatgccaaaaacttccccatatactctaatgaactattcagtgctcaaggtgtgagatacaatgtgacagctattgtgaacaacaagtt 52033719  T
Q  319 tgagatagatatggatgcatataataatcaaggtcacattaatatgagtatcttcttttctatttcctatggtattggctttgctgccattgtctctaca 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52033720 tgagatagatatggatgcatataataatcaaggtcacattaatatgagtatcttcttttctatttcctatggtattggctttgctgccattgtctctaca 52033819  T
Q  419 ctcactcacgttgccatatttaatggaaagtaagttatggttaagttacattgcatatatagttctcaaattgtggaattaaattactattgctgattaa 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52033820 ctcactcacgttgccatatttaatggaaagtaagttatggttaagttacattgcatatatagttctcaaattgtggaattaaattactattgctgattaa 52033919  T
Q  519 attaactaactgcagagatatatatcatcaacttcaatcttcccgaactggaaaggaagacattcacacaagattgatgaagaagtataaagacatacct 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52033920 attaactaactgcagagatatatatcatcaacttcaatcttcccgaactggaaaggaagacattcacacaagattgatgaagaagtataaagacatacct 52034019  T
Q  619 aattggtggtttcatgttacgcttgtggtttcatttttacttgcacttgcattgtgtattttcatgaaagaagagatacaaatgccatggtgggctctca 718  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52034020 aattggtggtttcatgttacgcttgtggtttcatttttacttgcacttgcattgtgtattttcaagaaagaagagatacaaatgccatggtgggctctca 52034119  T
Q  719 tctctgcttct 729  Q
    ||| |||||||    
T  52034120 tctttgcttct 52034130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University