View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12492_low_1 (Length: 1317)

Name: NF12492_low_1
Description: NF12492
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12492_low_1
NF12492_low_1
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (20-1304)||(37902509-37903793)
chr7 (20-1304)||(37909020-37910304)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 1249; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 1249; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1304
Target Start/End: Complemental strand, 37903793 - 37902509
Alignment:
Q  20 gttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttctgttcaacacaacgc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37903793 gttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttccgttcaacacaacgc 37903694  T
Q  120 agcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaatcattgatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903693 agcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaatcattgatg 37903594  T
Q  220 cctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatgatggacat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903593 cctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatgatggacat 37903494  T
Q  320 ttcaacgctcaagtacgttcatttgctctttgtagcacagtgctacaatatgttcacatttaattttctgtcatttcttctttggaatgataatttagtt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903493 ttcaacgctcaagtacgttcatttgctctttgcagcacagtactacaatatgttcacatttaattttctgtcatttcttctttggaatgataatttagtt 37903394  T
Q  420 gtttgtttatcaaggtaatagaacctcttcttctcactaatttataatcaatttagtttcattatcattgttgtttgacttgcagccttctcaagagtgt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37903393 gtttgtttatcaaggtaatagaacctcttcttctcactaatttataatcaatttagtttcattatcattgttgtttgacttgcagcctactcaagagtgt 37903294  T
Q  520 gtaacaaagacgttaaaaagattggaagagaagatgcaagggcgagtaagttttctcccaaattatcagcctactcaatccttgtactgttgcttacatt 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903293 gtaacaaagacgttaaaaagattggaagagaagatgcaagggcgagtaagttttctcccaaattatcagcctactcaatccttgtactgttgcttacatt 37903194  T
Q  620 attggttttgattattctatcaattcctcttttgcaggtactgaaacacatgttatatcttatgcgcactggggaaaaggatcttcaaatacgtgtagct 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37903193 attggttttgattattctatcaattcctcttttgcaggtactgaaacacatgttatatcttatgcgcactggggaaaaggatcttcaaatacgtgtagct 37903094  T
Q  720 cttgctcttgcacatttatgttcccctgatgatcggaaaactatatttattgacaataatggtaacaaactttaaaatttacttttcttgtccccctctc 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  37903093 cttgctcttgcacatttatgttcccctgatgatcggaaaactatatttattgacaataatggtaacaaactttaaaatttattttttttgtccccctctc 37902994  T
Q  820 tggcagtgcatagaaagtatttttaatcactatgctgctaaatcttcaggattagaactgctgttgaatcttctccaatctacaaacccaaagcagaaag 919  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902993 tggcagtgcatagaaagtatttttaatcactatgctgctaaattttcaggattagaactgctgttgaatcttctccaatctacaaacccaaagcagaaag 37902894  T
Q  920 gtgatgcttcagcagcgcttcacacaatggctatgaaagacatgtgttcctctattgttgatcctgcacctacatcaccaactccccaggtattttgcat 1019  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902893 gtgatgcttcagcagcgcttcacacaatggctatgaaagacatgtgttcctctattgttgatcctgctcctacatcaccaactccccaggtattttgcat 37902794  T
Q  1020 tttatttatcaaatgggctcatcatatctagtttggttttttgttcttcacttgttgaagcatttgttccaagttatcataattgcacaattcaattgaa 1119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902793 tttatttatcaaatgggctcatcatatctagtttggttttttgttcttcacttgttgaagcatttgttccaagttatcataattgcacaattcaattgaa 37902694  T
Q  1120 gtttgaacttcttgtctttgaaactgagttgttcatattctattttctatatattacggggatgaaaatggaaaatgagatctttgttttgtgttgtatg 1219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902693 gtttgaacttcttgtctttgaaactgagttgttcatattctattttctatatattacggggatgaaaatggaaaatgagatctttgttttgtgttgtatg 37902594  T
Q  1220 caggtttacttgggtgagcaatatgtaaacaatcctaaactttctgatgtcacattcatagttgaaggtaaataagctgccacag 1304  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37902593 caggtttacttgggtgagcaatacgtaaacaatcctaaactttctgatgtcacattcatagttgaaggtaaataagctgccacag 37902509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 1249; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1304
Target Start/End: Complemental strand, 37910304 - 37909020
Alignment:
Q  20 gttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttctgttcaacacaacgc 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37910304 gttaggactcacacaatcaagctggtattgcttataatggaggtatagagcctctgcttgatcttcttgacacaaagaatggttccgttcaacacaacgc 37910205  T
Q  120 agcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaatcattgatg 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910204 agcttttgctctctatggtctggctgataatgaggtgaagttagtttccttgttttttactcgttcagcatagtatgtggccctttattaatcattgatg 37910105  T
Q  220 cctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatgatggacat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910104 cctggtgatatgctgcctctgacataactgctttgtatgacaggacaatgttgcggttataattaaggctggtggttttcaaaaactgcatgatggacat 37910005  T
Q  320 ttcaacgctcaagtacgttcatttgctctttgtagcacagtgctacaatatgttcacatttaattttctgtcatttcttctttggaatgataatttagtt 419  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37910004 ttcaacgctcaagtacgttcatttgctctttgcagcacagtactacaatatgttcacatttaattttctgtcatttcttctttggaatgataatttagtt 37909905  T
Q  420 gtttgtttatcaaggtaatagaacctcttcttctcactaatttataatcaatttagtttcattatcattgttgtttgacttgcagccttctcaagagtgt 519  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  37909904 gtttgtttatcaaggtaatagaacctcttcttctcactaatttataatcaatttagtttcattatcattgttgtttgacttgcagcctactcaagagtgt 37909805  T
Q  520 gtaacaaagacgttaaaaagattggaagagaagatgcaagggcgagtaagttttctcccaaattatcagcctactcaatccttgtactgttgcttacatt 619  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909804 gtaacaaagacgttaaaaagattggaagagaagatgcaagggcgagtaagttttctcccaaattatcagcctactcaatccttgtactgttgcttacatt 37909705  T
Q  620 attggttttgattattctatcaattcctcttttgcaggtactgaaacacatgttatatcttatgcgcactggggaaaaggatcttcaaatacgtgtagct 719  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909704 attggttttgattattctatcaattcctcttttgcaggtactgaaacacatgttatatcttatgcgcactggggaaaaggatcttcaaatacgtgtagct 37909605  T
Q  720 cttgctcttgcacatttatgttcccctgatgatcggaaaactatatttattgacaataatggtaacaaactttaaaatttacttttcttgtccccctctc 819  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||    
T  37909604 cttgctcttgcacatttatgttcccctgatgatcggaaaactatatttattgacaataatggtaacaaactttaaaatttattttttttgtccccctctc 37909505  T
Q  820 tggcagtgcatagaaagtatttttaatcactatgctgctaaatcttcaggattagaactgctgttgaatcttctccaatctacaaacccaaagcagaaag 919  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909504 tggcagtgcatagaaagtatttttaatcactatgctgctaaattttcaggattagaactgctgttgaatcttctccaatctacaaacccaaagcagaaag 37909405  T
Q  920 gtgatgcttcagcagcgcttcacacaatggctatgaaagacatgtgttcctctattgttgatcctgcacctacatcaccaactccccaggtattttgcat 1019  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909404 gtgatgcttcagcagcgcttcacacaatggctatgaaagacatgtgttcctctattgttgatcctgctcctacatcaccaactccccaggtattttgcat 37909305  T
Q  1020 tttatttatcaaatgggctcatcatatctagtttggttttttgttcttcacttgttgaagcatttgttccaagttatcataattgcacaattcaattgaa 1119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909304 tttatttatcaaatgggctcatcatatctagtttggttttttgttcttcacttgttgaagcatttgttccaagttatcataattgcacaattcaattgaa 37909205  T
Q  1120 gtttgaacttcttgtctttgaaactgagttgttcatattctattttctatatattacggggatgaaaatggaaaatgagatctttgttttgtgttgtatg 1219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909204 gtttgaacttcttgtctttgaaactgagttgttcatattctattttctatatattacggggatgaaaatggaaaatgagatctttgttttgtgttgtatg 37909105  T
Q  1220 caggtttacttgggtgagcaatatgtaaacaatcctaaactttctgatgtcacattcatagttgaaggtaaataagctgccacag 1304  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37909104 caggtttacttgggtgagcaatacgtaaacaatcctaaactttctgatgtcacattcatagttgaaggtaaataagctgccacag 37909020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University