View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF12498_high_6 (Length: 282)
Name: NF12498_high_6
Description: NF12498
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12498_high_6 |
 | |
|
| [»] scaffold1049 (1 HSPs) |
| | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 257; Significance: 1e-143; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 34309373 - 34309649
Alignment:
| Q |
1 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34309373 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
34309472 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccatacataaatgtatttccattcagtttcccattttaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
34309473 |
gattccatacacaaatgtatttccattcagtttcccattgtaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
34309572 |
T |
|
| Q |
201 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatattacatgctgatatttggggaccctttgct |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
34309573 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatactgcatgctgatatttggggaccctatgct |
34309649 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 4499827 - 4500103
Alignment:
| Q |
1 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
100 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4499827 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
4499926 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccatacataaatgtatttccattcagtttcccattttaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4499927 |
gattccatacacaaatgtatttccattcagtttcccattgtaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
4500026 |
T |
|
| Q |
201 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatattacatgctgatatttggggaccctttgct |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
4500027 |
catcatttcctcatagtcttattcattccactcaaatatttgatatactacatgttgatatttggggaccctatgct |
4500103 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Original strand, 15823379 - 15823655
Alignment:
| Q |
1 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15823379 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
15823478 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccatacataaatgtatttccattcagtttcccattttaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15823479 |
gattccatacacaaatgtatttccattcagtttcccattgtaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
15823578 |
T |
|
| Q |
201 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatattacatgctgatatttggggaccctttgct |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
15823579 |
catcatttcctcatagtcttattcattccactcaaatatttgatatactacatgttgatatttggggaccctatgct |
15823655 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 26085825 - 26085549
Alignment:
| Q |
1 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26085825 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
26085726 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccatacataaatgtatttccattcagtttcccattttaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26085725 |
gattccatacacaaatgtatttccattcagtttcccattgtaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
26085626 |
T |
|
| Q |
201 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatattacatgctgatatttggggaccctttgct |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26085625 |
catcatttcctcatagtcttattcattccactcaaatatttgatatactacatgttgatatttggggaccctatgct |
26085549 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 26109612 - 26109336
Alignment:
| Q |
1 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26109612 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
26109513 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccatacataaatgtatttccattcagtttcccattttaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
26109512 |
gattccatacacaaatgtatttccattcagtttcccattgtaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
26109413 |
T |
|
| Q |
201 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatattacatgctgatatttggggaccctttgct |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
26109412 |
catcatttcctcatagtcttattcattccactcaaatatttgatatactacatgttgatatttggggaccctatgct |
26109336 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 253; Significance: 1e-141; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 30281826 - 30281550
Alignment:
| Q |
1 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30281826 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
30281727 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccatacataaatgtatttccattcagtttcccattttaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
30281726 |
gattccatacacaaatgtatttccattcagtttcccattgtaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
30281627 |
T |
|
| Q |
201 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatattacatgctgatatttggggaccctttgct |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
30281626 |
catcatttcctcatagtcttattcattccactcaaatatttgatatactacatgttgatatttggggaccctatgct |
30281550 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 551414 - 551138
Alignment:
| Q |
1 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
100 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
551414 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaacgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
551315 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccatacataaatgtatttccattcagtttcccattttaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
551314 |
gattccatacacaaatgtatttccattcagtttcccattgtaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
551215 |
T |
|
| Q |
201 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatattacatgctgatatttggggaccctttgct |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
551214 |
catcatttcctcatagtcttattcattccactcaaatatttgatatactacatgttgatatttggggaccctatgct |
551138 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1049 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: scaffold1049
Description:
Target: scaffold1049; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 1 - 277
Target Start/End: Complemental strand, 2941 - 2665
Alignment:
| Q |
1 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2941 |
tttagtttctgcttcaatttgtaattctgtttttccaagtttgtcgtctaagtcaactgattctgcaaatgtttggcattatagattgggtcacatttcg |
2842 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccatacataaatgtatttccattcagtttcccattttaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
2841 |
gattccatacacaaatgtatttccattcagtttcccattgtaaaatacaccagtacccactctccttgtgatatatgccattatgcaaaacataagaaaa |
2742 |
T |
|
| Q |
201 |
catcatttcctcatagtcttactcattccactcaaatatttgatatattacatgctgatatttggggaccctttgct |
277 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||||| |||| |
|
|
| T |
2741 |
catcatttcctcatagtcttattcattccactcaaatatttgatatacttcatgttgatatttggggaccctatgct |
2665 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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