View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12505_low_3 (Length: 269)

Name: NF12505_low_3
Description: NF12505
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12505_low_3
NF12505_low_3
[»] chr5 (18 HSPs)
chr5 (1-252)||(30337468-30337719)
chr5 (1-252)||(30061284-30061535)
chr5 (1-252)||(30750558-30750809)
chr5 (1-251)||(29873086-29873336)
chr5 (1-252)||(29854223-29854474)
chr5 (1-241)||(30676242-30676482)
chr5 (3-224)||(30712399-30712620)
chr5 (1-252)||(30207434-30207685)
chr5 (7-249)||(30400992-30401234)
chr5 (3-224)||(30484315-30484536)
chr5 (1-241)||(30436725-30436965)
chr5 (77-252)||(17417536-17417711)
chr5 (97-214)||(17983906-17984023)
chr5 (1-253)||(30241323-30241575)
chr5 (1-220)||(30330184-30330403)
chr5 (1-241)||(30476287-30476527)
chr5 (41-232)||(30520588-30520779)
chr5 (41-232)||(30560928-30561119)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-238)||(25292904-25293141)
chr3 (102-163)||(38939073-38939134)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-224)||(26708244-26708467)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (1-224)||(20295553-20295776)
chr4 (86-223)||(52352956-52353093)
chr4 (127-241)||(13617637-13617751)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (78-240)||(7100410-7100572)
chr1 (86-250)||(7580664-7580828)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 205; Significance: 1e-112; HSPs: 18)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 30337719 - 30337468
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||    
T  30337719 tgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatc 30337620  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30337619 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 30337520  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttcag 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  30337519 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttggttcag 30337468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 30061284 - 30061535
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||    
T  30061284 tgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgccactcaccctaacatc 30061383  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  30061384 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtgagaaga 30061483  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttcag 252  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  30061484 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttggttcag 30061535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 30750558 - 30750809
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||         |||||||| ||||||||||||||||    
T  30750558 tgatagattctataatagaacacaaaatcctctttaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttttcaaaattgtcactcaccctaacatc 30750657  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  30750658 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtgagaaga 30750757  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttcag 252  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  30750758 aactcagcaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacttttggttcag 30750809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Original strand, 29873086 - 29873336
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    |||||||||||||||| ||||| || |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||    
T  29873086 tgatagattctataatggaacaacaaatcctcttgacagagaaagtctcagaaacacaaacccaaatatttttgtcaaaattgccactcaccctaacatc 29873185  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29873186 attgtagaccaattgaacgagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacggaaaggaagtcagagtccctcgcttgggtgagaaga 29873285  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttca 251  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | |||||||    
T  29873286 aactcaacaatcttttctttatcatcttctcgtccaaatacttttggttca 29873336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 29854223 - 29854474
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    |||||||||||| |||||||||| | || ||||| || | |||||| |||||||| ||||||||||         |||||||||||||||||||||||||    
T  29854223 tgatagattctacaatagaacacaaaattctcttgactgagaaagtttcagaaacgcaaacccaaatttttttatcaaaattgccactcaccctaacatc 29854322  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||    
T  29854323 attgtagaccaattgaagaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaaaaatgggatagacggaaaggaagtctgagtccctcgtttgggtgagaaga 29854422  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttcag 252  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||    
T  29854423 aactcaacaatcttttctttatcatcttctcgtccaaacacttttggttcag 29854474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 30676482 - 30676242
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    |||||||||| | |||||||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||         |||||| ||||||||||||||||||    
T  30676482 tgatagattcgaaaatagaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaacttttttatcaaaatggccactcaccctaacatc 30676383  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30676382 attgaagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaaaaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaaga 30676283  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacac 241  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30676282 aactcgacaatcttttcttgatcaacttctcgtccaaacac 30676242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 3 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 30712620 - 30712399
Alignment:
Q  3 atagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatcat 102  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||| |||||||||||||||||    
T  30712620 atagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaaattttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcat 30712521  T
Q  103 tgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaagaaa 202  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30712520 tgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaagaaa 30712421  T
Q  203 ctcaacaatcttttctttatca 224  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  30712420 ctcgacaatcttttctttatca 30712399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 30207434 - 30207685
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    |||||||||||||||| || ||| | |||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||| |          |||||||| |||||||||| ||||    
T  30207434 tgatagattctataatggagcacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcggaaacacaaacccatatttttgtattaaaattgctactcaccctagcatc 30207533  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  30207534 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaatgggatagacggaaaggaagtcggagtccctcgcttgggtgagaaga 30207633  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttcag 252  Q
    ||||| | |||||| ||||||||| ||||||| ||||| || | ||||||||    
T  30207634 aactcgataatcttctctttatcatcttctcgcccaaatacttttggttcag 30207685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 7 - 249
Target Start/End: Original strand, 30400992 - 30401234
Alignment:
Q  7 attctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatcattgta 106  Q
    ||||||||||||||||| | |||||||| || | ||||||||| |||||||||||||||          |||||| | | ||||||||||||||||||||    
T  30400992 attctataatagaacacaaaatcctcttgacagagaaagtctcggaaacacaaacccaagatcttatgtcaaaatagtccctcaccctaacatcattgta 30401091  T
Q  107 gaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaagaaactca 206  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  30401092 gaccaattgaacaagagttgttttaccaataccacctaaaccaacaatggggtagacggaaaggaagtcagagtccctcgcatgggtgagaagaaactca 30401191  T
Q  207 acaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggtt 249  Q
    | |||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||    
T  30401192 aaaatcttttctttatcatcttttcgtccaaacacttctggtt 30401234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 3 - 224
Target Start/End: Original strand, 30484315 - 30484536
Alignment:
Q  3 atagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatcat 102  Q
    ||||||||||||||| ||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||| |||||||||||||||||    
T  30484315 atagattctataatacaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatcat 30484414  T
Q  103 tgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaagaaa 202  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  30484415 tgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagttagagtccttcgcataggtgagaagaaa 30484514  T
Q  203 ctcaacaatcttttctttatca 224  Q
    ||| ||||||||||||||||||    
T  30484515 ctcgacaatcttttctttatca 30484536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 126; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30436725 - 30436965
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||         ||||||||| |||||||||||||||    
T  30436725 tgatagattctataatagaacacaaaatccttttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgcgactcaccctaacatc 30436824  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||| ||||  |||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  30436825 attgtagatcaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaacgggatagacagaaataaagtcagagtccttcgcaagggtaagaaga 30436924  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacac 241  Q
    ||||  |||||||||||||||||| | |||| ||| |||||    
T  30436925 aactggacaatcttttctttatcatcgtctcttcctaacac 30436965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 9e-45
Query Start/End: Original strand, 77 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 17417711 - 17417536
Alignment:
Q  77 aaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtca 176  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||    
T  17417711 aaaattgctactcaccctaacatcattgtagaccaattgagctagagttgttttaccaataccacctaacccaactatgggatagactgaaaggatttca 17417612  T
Q  177 gagtccttcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttcag 252  Q
     | ||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| | | ||||| |||| ||||||||||| | ||||||||    
T  17417611 caatcccttgcttgggtgagcagaaactcaacaatcttctttgtatcatcttcccgtccaaacacctttggttcag 17417536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 97 - 214
Target Start/End: Original strand, 17983906 - 17984023
Alignment:
Q  97 catcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgag 196  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||    
T  17983906 catcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaacccaacaatgggatagacggaaaggaagtcagagaacctcgcttgggtgag 17984005  T
Q  197 aagaaactcaacaatctt 214  Q
    ||||||||||||||||||    
T  17984006 aagaaactcaacaatctt 17984023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 253
Target Start/End: Complemental strand, 30241575 - 30241323
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    ||||| ||| |||||| |||||| | ||||| || || | |||| |||||||||||||||||||||          |||||||| ||||||  |||||||    
T  30241575 tgataaattgtataatggaacacaaaatcctgttgacagagaaattctcagaaacacaaacccaaactttagtattaaaattgctactcacggtaacatc 30241476  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    |||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||  | |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  30241475 attgtagaccgattgaagaagagtggtttttccaagaccacctaacccaaaaacgggatagatggaaaggaagtcggagtcctttgcttgggtgagaaga 30241376  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttcagt 253  Q
    ||||  | |||||| | ||||||  |||||||||||||||| | |||||||||    
T  30241375 aactggataatcttctttttatcgtcttctcgtccaaacacttttggttcagt 30241323  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30330403 - 30330184
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||   ||||| || |  | |||||||||| | |||||||||||||          |||||| ||||||||||||| |||    
T  30330403 tgataggttctataatagaacacacaatcctattgagagagaaagtctcatatacacaaacccaaattattatattaaaatttccactcaccctaatatc 30330304  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    || || || |||| |||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  30330303 atcgtggatcaatcgaacaatagttgtttttccaatacctcctaaaccaactatgggatagatggaaaggaagtcagtgtccctcgcttgggtgagaaga 30330204  T
Q  201 aactcaacaatcttttcttt 220  Q
    ||||  |||||||| |||||    
T  30330203 aacttgacaatcttatcttt 30330184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 241
Target Start/End: Original strand, 30476287 - 30476527
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||| | ||||| || || | ||||||||| |||||||||| |||||          |||||||| ||| ||||||  |||    
T  30476287 tgatagattctataatggaacacaaaatccttttgacagagaaagtctccgaaacacaaatccaaacttttgtattaaaattgctacttaccctatgatc 30476386  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    ||||||||||| |||| |||| |||||||| |||||||||||||  ||||| || ||||||| ||| |||||||||||  | | ||||||||||||||||    
T  30476387 attgtagaccatttgagcaagtgttgttttaccaacaccacctaggccaacaataggatagatggataggaagtcagatacttgcgcttgggtgagaaga 30476486  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacac 241  Q
    ||||| |||||| | ||| ||||| || |||||||||||||    
T  30476487 aactcgacaatcctctctctatcatctactcgtccaaacac 30476527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 41 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30520779 - 30520588
Alignment:
Q  41 gaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacacca 140  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||         |||||||| |||||||||    |||||| || || |||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  30520779 gaaagcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatcaaaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgttttcccaatacca 30520680  T
Q  141 cctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcg 232  Q
    ||||| ||||| || ||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  30520679 cctaagccaacaattggatagatggaaaggaggtcagagccctttgcttgggtgagaagaaactcgacaatcttctctttatcatcttctcg 30520588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 41 - 232
Target Start/End: Complemental strand, 30561119 - 30560928
Alignment:
Q  41 gaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacacca 140  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||         |||||||| |||||||||    |||||| || || |||||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  30561119 gaaagcctcagaaacacaaacccaaatttttgtatcaaaattgtcactcacccggtgatcattataaactaattgagcaagagttgttttcccaatacca 30561020  T
Q  141 cctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcg 232  Q
    ||||| ||||| || ||||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||    
T  30561019 cctaagccaacaattggatagatggaaaggaggtcagagccctttgcttgggtgagaagaaactcgacaatcttctctttatcatcttctcg 30560928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 1 - 238
Target Start/End: Complemental strand, 25293141 - 25292904
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    |||||||||||||||| |||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||          |||| ||| |||||||||||||||    
T  25293141 tgatagattctataatggaacacaaaatcctcttgaccgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttgtattaaaagtgctactcaccctaacatc 25293042  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||    
T  25293041 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaatgggatggacggaaaggaagtcagagtcccttgcttgggtaagaaga 25292942  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaa 238  Q
    ||||| ||| |||| ||||||||| |||||||||||||    
T  25292941 aactcgacagtcttctctttatcatcttctcgtccaaa 25292904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 102 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 38939134 - 38939073
Alignment:
Q  102 ttgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagac 163  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||||||||||   ||||||| |||||| |||| ||||||    
T  38939134 ttgtagaccaattgagcaagtgttgtttttccatatccacctagaccaacaatggaatagac 38939073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Original strand, 26708244 - 26708467
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| | |||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||         |||||||| ||||||||||||||||    
T  26708244 tgatagattctataatagaacacaaaatcctcttgactgagaaagtctcagaaacacaaacccaaatttttttatcaaaattgtcactcaccctaacatc 26708343  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
     ||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  26708344 gttgtagatcaactgaacaagagttgtttttccaataccacctaagccaacaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaaga 26708443  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatca 224  Q
    ||||| ||||||||||||||||||    
T  26708444 aactcgacaatcttttctttatca 26708467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 121; Significance: 5e-62; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 20295776 - 20295553
Alignment:
Q  1 tgatagattctataatagaacaccacatcctctttaccgtgaaagtctcagaaacacaaacccaaannnnnnnnncaaaattgccactcaccctaacatc 100  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |||||||  |  | ||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||| | | ||||    
T  20295776 tgatagattctataatagaacgcaaaatcctctcgaaggagaaagtctcagaaacacaaacccaaattcttttatcaaaattgccactcacgcgatcatc 20295677  T
Q  101 attgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaaga 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  20295676 attgtagactaattgaacaagagttgtttttccaataccacctaaaccaacaatgggatagacagaaatgaagtcagagtccttcgcatgggtgagaaga 20295577  T
Q  201 aactcaacaatcttttctttatca 224  Q
    ||||| |||||||||| |||||||    
T  20295576 aactcgacaatcttttttttatca 20295553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 86 - 223
Target Start/End: Original strand, 52352956 - 52353093
Alignment:
Q  86 actcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttc 185  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||   |||||||||| | |   ||    
T  52352956 actcactctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgttttaccaacaccacctaaaccaacaataggatacacaacaaggaagtcaaacttactc 52353055  T
Q  186 gcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatc 223  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||    
T  52353056 gcttgggtgagaagaaactcggcaatcttctctttatc 52353093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 127 - 241
Target Start/End: Original strand, 13617637 - 13617751
Alignment:
Q  127 tttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaac 226  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||| || || ||||||||||| |||||  ||||||||| ||||||| | |    
T  13617637 tttttgcaacaccacctaaaccaacaatgggatagtcagaaagaaagtcagaggccctcacttgggtgagatgaaacctaacaatcttctctttattatc 13617736  T
Q  227 ttctcgtccaaacac 241  Q
    || ||||||||||||    
T  13617737 ttatcgtccaaacac 13617751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 119; Significance: 7e-61; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 7e-61
Query Start/End: Original strand, 78 - 240
Target Start/End: Original strand, 7100410 - 7100572
Alignment:
Q  78 aaattgccactcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcag 177  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||    
T  7100410 aaattgtcactcaccctatcatcattgtaaaccaattgagaaagagttgtttttccaacaccacctaaaccgacaatgggatagacggataggaagtcag 7100509  T
Q  178 agtccttcgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaaca 240  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  7100510 agtcctttgcttgggtgagaagaaactcaacaatcttctctttatcatcttctcgtccaaaca 7100572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 86 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 7580828 - 7580664
Alignment:
Q  86 actcaccctaacatcattgtagaccaattgaacaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaactatgggatagacggaaaggaagtcagagtccttc 185  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  7580828 actcaccctatcatcgttgtagaccaattgagcaagagttgtttttccaacaccacctaaaccaacaattggatagacggaaaggaagtccgagtccctc 7580729  T
Q  186 gcttgggtgagaagaaactcaacaatcttttctttatcaacttctcgtccaaacacatctggttc 250  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||    
T  7580728 gcttgggtgagaagaaactcaacaatcctctctttatcatcttctcgtccaaacacctttggttc 7580664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University