View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12508_high_2 (Length: 398)

Name: NF12508_high_2
Description: NF12508
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12508_high_2
NF12508_high_2
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (20-388)||(27223714-27224082)
chr8 (20-388)||(27227905-27228273)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (32-327)||(11547030-11547325)
chr1 (30-357)||(48652889-48653216)
chr1 (33-327)||(48618242-48618536)
chr1 (155-269)||(48639754-48639868)
chr1 (30-269)||(48661406-48661648)
chr1 (30-272)||(48666998-48667243)
chr1 (33-334)||(48628658-48628959)
chr1 (144-357)||(48656337-48656550)
chr1 (155-272)||(48585178-48585295)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (32-357)||(19665597-19665922)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 341; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 341; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 27224082 - 27223714
Alignment:
Q  20 tcccttcggttgaagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttc 119  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27224082 tcccttcggttgaagaaccatatattgatgttcaattgtcttctgtagttcttaagtacaatgagatcccggattttgttcaaggttttagtacattttc 27223983  T
Q  120 aattcttgggacaatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgac 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27223982 aattcttgggacaatcataatggaacaaattaagaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgac 27223883  T
Q  220 tatgtttctaaaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaaga 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27223882 tatgtttctaaaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaaga 27223783  T
Q  320 gtgatgatgagtgtattatagagtggttgaactcaaagtcaccatcatctgtggtttacatctcctttg 388  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27223782 gtgatgatgagtgtatcatagagtggttgaactcaaagccaccatcatctgtggtttacatctcctttg 27223714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 20 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 27228273 - 27227905
Alignment:
Q  20 tcccttcggttgaagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttc 119  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || || ||||||||  ||||  |||||||||  | | |    
T  27228273 tcccttcgaatgcagaaccttatattgatgttcaattgtcttctctagtccttaaatacaatgaaataccagatttccttcattgttttagtaagtatcc 27228174  T
Q  120 aattcttgggacaatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgac 219  Q
    | |||||||| || || || ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||  |     
T  27228173 atttcttgggtcactcttattggaacagattaagaacttgtctaaagtgttttgtgtattggtggatacctatgaggaattggaacatgatttcataaat 27228074  T
Q  220 tatgtttctaaaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaaga 319  Q
    ||| |||| ||| |||| |||  ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||| |||  |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  27228073 tatatttcaaaatattctgtcttaataagacccattggtcctttatttcaaaacccaaaaacaaaaactgcaagtaatatctgtggtgatttagttaaga 27227974  T
Q  320 gtgatgatgagtgtattatagagtggttgaactcaaagtcaccatcatctgtggtttacatctcctttg 388  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  27227973 gtgatgatgattgtattatagagtggttaaactcaaggccacaatcatctgtggtatacatctcatttg 27227905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 32 - 327
Target Start/End: Complemental strand, 11547325 - 11547030
Alignment:
Q  32 aagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggac 131  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||    ||| ||||| ||||| || |||||||||||| ||||   ||||||| ||| | || |||| |||||    
T  11547325 aagaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagtccttaaatacaatgaaatcccagattttcttcatccttttagtccatatccatttctagggac 11547226  T
Q  132 aatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaa 231  Q
    | ||||  | |||||  |||| || || ||||||||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||| || | |||    
T  11547225 actcatcttagaacagtttaagaatttatctaaagtgttttgtgttttagtagaaacctatgaagaactagaacatgatttcattgactatattacaaaa 11547126  T
Q  232 aattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgat 327  Q
    || ||  || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||  ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  11547125 aaatccatccacataagacctattggtccattgtttaaaaatccaaatattaaaggtgcaagtaatattcgtggagattttgttaagagtgatgat 11547030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 30 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 48653216 - 48652889
Alignment:
Q  30 tgaagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttggg 129  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||  |||||||||||  | || || |||||||||||| | ||   |||||||||||||  |    |||||    
T  48653216 tgaagaaccttatattgatgttcaattaccttttgtagttcttaaacataatgaaatcccagattttctgcatccttttagtacatttctatcatttggg 48653117  T
Q  130 acaatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttcta 229  Q
    ||| || |  | ||||||||||| || || |||||||| |||||||| || || || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| |    
T  48653116 acactcgtcttagaacaaattaagaatttatctaaagtattttgtgttttagtagaaacctatgaagaactagagcatgatttcattgactatatttcaa 48653017  T
Q  230 aaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatga 329  Q
    | || ||| ||   |||||||| |||||||| |||||||| ||| || | ||||||  |||||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  48653016 acaaatcaatcctcataagacccattggtccattgtttaacaactcaaacattaaaggtgcaaacaatatccgtggtgattttgttaagagtgatgattg 48652917  T
Q  330 gtgtattatagagtggttgaactcaaag 357  Q
       ||||||||||||| | |||||||||    
T  48652916 taatattatagagtggctaaactcaaag 48652889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 33 - 327
Target Start/End: Original strand, 48618242 - 48618536
Alignment:
Q  33 agaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggaca 132  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||    ||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||   |||||||  |||| || |||| ||||||    
T  48618242 agaaccttatattgatgttcaattaccttttcaagttcttaaatacaatgaaatcccagattttcttcatccttttagtcaatttccatttctagggaca 48618341  T
Q  133 atcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaa 232  Q
     ||||  | |||||  |||| || ||||||||||| |||||||| || || || || ||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||    
T  48618342 ctcatcttagaacagtttaagaatttgtctaaagtattttgtgttttagtagaaacctatgaagaactagagcatgatttcattgactatatttcaaaaa 48618441  T
Q  233 attcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgat 327  Q
    |  || |     ||||||| |||||||| |||||| | || ||| | ||||||  |||||  |||||  |||| |||||||||||||||||||||    
T  48618442 aaacaattttcgtaagacccattggtccattgtttcacaatccaaatattaaaggtgcaaaaaatattcgtggagattttgttaagagtgatgat 48618536  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 155 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 48639868 - 48639754
Alignment:
Q  155 acttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaaattcagtcaaaataagacctat 254  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| || ||| |||| ||||| ||| |||  |||||||||||    
T  48639868 acttgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgatttcatagattatatttcaaaaaaatcaatcaccataagacctat 48639769  T
Q  255 tggtcctttgtttaa 269  Q
    |||||||| ||||||    
T  48639768 tggtccttcgtttaa 48639754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 30 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 48661648 - 48661406
Alignment:
Q  30 tgaagaaccttatattgatgttcaattg---tcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattctt 126  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |    |||||  |||||||||| |||||||| |||||||||| | | ||   ||||| | ||||| |||||||     
T  48661648 tgaagaaccttacattgatgttcaactcaactcttctatagttcttaaatacaacgaaatcccagattatatacatccttttaatccatttccaattcta 48661549  T
Q  127 gggacaatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgttt 226  Q
    |||||| | |  | || |||||| ||  || |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||| |||| |||||||||||||| ||| |||    
T  48661548 gggacacttaccacggcacaaataaaggacatgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctttgaagaattagagcatgatttcatcgattatattt 48661449  T
Q  227 ctaaaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaa 269  Q
    | ||||| ||| |||  ||||||| | ||||||||||||||||    
T  48661448 caaaaaaatcaatcaccataagacatgttggtcctttgtttaa 48661406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 30 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 48667243 - 48666998
Alignment:
Q  30 tgaagaaccttatattgatgttcaattg---tcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattctt 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |    |||||  |||||||||| ||||| || |||||||||||| | ||   |||| ||| || | |||||||     
T  48667243 tgaagaaccttatattgatgttcaactcaactcttctatagttcttaaatacaatgaaatcccagattttatacatcctttttgtagatatccaattcta 48667144  T
Q  127 gggacaatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgttt 226  Q
    |||||| |||  | || ||| || ||  || |||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| ||| |||| |||||||||||||| ||| |||    
T  48667143 gggacactcaccacggcacagataaaggacatgtctaaagtgttttgtgtattagtggatacctttgaagaattagagcatgatttcatcgattatattt 48667044  T
Q  227 ctaaaaattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaa 272  Q
    |  |||| ||| ||   ||||||||  |||||||||||||||||||    
T  48667043 cggaaaaatcaatcgccataagacccgttggtcctttgtttaaaaa 48666998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 33 - 334
Target Start/End: Complemental strand, 48628959 - 48628658
Alignment:
Q  33 agaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggaca 132  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| |||   |||| ||||| ||||| || |||||||||||    ||   ||||| | | | | ||||||| ||||||    
T  48628959 agaaccttatattgatgttcatttgccttttatagtccttaaatacaatgaaatcccagatttaacacatccttttaatccctatccaattctagggaca 48628860  T
Q  133 atcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaa 232  Q
     |||| | |  ||| || || |||||||| ||| | ||||||||||| |  ||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||    
T  48628859 ctcatcacgtcacatatgaataacttgtccaaaatattttgtgtattagcggatacctatgaagaactagagcatgatttcatcgattatctttccaaaa 48628760  T
Q  233 attcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgagtg 332  Q
    | ||||||   || ||||| ||||||||| |||| || ||||||  ||| |||   ||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  48628759 aatcagtcctcattagacccattggtcctctgttcaagaacccaacaataaaagcagcaagcaatattcgaggtgattttgttaagagcgatgatgattg 48628660  T
Q  333 ta 334  Q
    ||    
T  48628659 ta 48628658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 144 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 48656550 - 48656337
Alignment:
Q  144 acaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaaattcagtcaaa 243  Q
    ||||||||| || ||||||||||  || |||||||| || ||||| ||||| |||||||| | |||||| ||||| ||| ||||  |||| ||| |||      
T  48656550 acaaattaagaatttgtctaaagcattgtgtgtatttgtggatacctatgaagaactagagcctgattttatcgattatatttcggaaaagtcaatcatc 48656451  T
Q  244 ataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgagtgtattatagagt 343  Q
    |||||||| ||||||||  |||| || |||||| | || | |  ||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||     |||||||||||    
T  48656450 ataagaccaattggtccggtgttcaacaacccaaacataataggtgcaagtaatattcgtcgtgattttgttaagactgatgattctactattatagagt 48656351  T
Q  344 ggttgaactcaaag 357  Q
    || | |||||||||    
T  48656350 ggctaaactcaaag 48656337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 155 - 272
Target Start/End: Complemental strand, 48585295 - 48585178
Alignment:
Q  155 acttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaaaattcagtcaaaataagacctat 254  Q
    |||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| || ||| |||| ||||| ||| ||   |||||| || |    
T  48585295 acttatctaaagtgttttgtgtattagtggatacctatgaagaactagagcatgaattcatagattatatttcgaaaaaatcaatccccataagaactgt 48585196  T
Q  255 tggtcctttgtttaaaaa 272  Q
    ||||||||  ||||||||    
T  48585195 tggtccttcatttaaaaa 48585178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 32 - 357
Target Start/End: Original strand, 19665597 - 19665922
Alignment:
Q  32 aagaaccttatattgatgttcaattgtcttcagtagttcttaagtacaacgagatcccagattttgttcaaggttttagtacattttcaattcttgggac 131  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  |||  |||| ||||||  | ||||| || || |||||| | ||   |||||||| || |||| |||| |||||    
T  19665597 aagaaccttatattgatgctcaattacctttcgtagctcttaaacataacgaaataccggattttctacatccttttagtaaatattcatttctagggac 19665696  T
Q  132 aatcataatggaacaaattaacaacttgtctaaagtgttttgtgtattggttgatacgtatgaggaactagaacatgatttcatcgactatgtttctaaa 231  Q
    | ||||  | |||||  |||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||  ||||| |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||    
T  19665697 actcattttagaacagtttaagaatttatctaaagtgttttgtgtattggtggatagttatgatgaactagagcatgattacatcgactatatttcgaaa 19665796  T
Q  232 aattcagtcaaaataagacctattggtcctttgtttaaaaacccacaaattaaaaatgcaagtaatatctgtggtgattttgttaagagtgatgatgagt 331  Q
    || ||| ||   | ||| || || ||||| |||||||| || ||| | ||||||  ||| ||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||        
T  19665797 aaatcaatccttacaaggccaatcggtccattgtttaataatccaaagattaaatgtgcgagtgatattcgcggtgattttgttaagagtgatgattgta 19665896  T
Q  332 gtattatagagtggttgaactcaaag 357  Q
     ||||||||||||| | |||||||||    
T  19665897 atattatagagtggctaaactcaaag 19665922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University