View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1250_low_27 (Length: 433)

Name: NF1250_low_27
Description: NF1250
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1250_low_27
NF1250_low_27
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-423)||(15010640-15011062)
chr1 (1-423)||(15001747-15002169)
chr1 (1-423)||(15036660-15037082)
chr1 (1-423)||(15024757-15025179)
chr1 (1-423)||(15032098-15032520)
chr1 (1-423)||(15016755-15017177)
chr1 (40-420)||(14522677-14523057)
chr1 (24-423)||(14503645-14504044)
chr1 (3-423)||(14467445-14467865)
chr1 (5-423)||(14532795-14533213)
chr1 (138-403)||(15040536-15040801)
chr1 (213-423)||(14481837-14482047)
[»] scaffold0400 (2 HSPs)
scaffold0400 (5-423)||(12423-12841)
scaffold0400 (115-412)||(6245-6542)
[»] scaffold0365 (2 HSPs)
scaffold0365 (5-423)||(13066-13484)
scaffold0365 (115-412)||(6889-7186)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (285-418)||(15670735-15670868)
chr7 (297-423)||(14605834-14605960)
chr7 (297-423)||(16025011-16025137)
chr7 (323-423)||(16172519-16172619)
chr7 (40-163)||(15677392-15677515)
chr7 (253-372)||(17848423-17848542)
chr7 (293-414)||(15677141-15677262)
chr7 (348-423)||(16102867-16102942)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 387; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 387; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 15010640 - 15011062
Alignment:
Q  1 caccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgtt 100  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010640 caccagaactaggaagtgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgtt 15010739  T
Q  101 gttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15010740 gttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataat 15010839  T
Q  201 ttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttg 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  15010840 ttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgttgagtttg 15010939  T
Q  301 gccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  15010940 gccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaa 15011039  T
Q  401 tctctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15011040 tctctcacataacaatctctctg 15011062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 363; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 15001747 - 15002169
Alignment:
Q  1 caccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgtt 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15001747 caccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgcgaaaaattccaaaggagttagaaaacttatctttgtt 15001846  T
Q  101 gttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataat 200  Q
    | |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15001847 gatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttatggagaagttccagtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaacaaataat 15001946  T
Q  201 ttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttg 300  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  15001947 ttgagtggattcatccctgaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgttgagtttg 15002046  T
Q  301 gccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  15002047 gccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaa 15002146  T
Q  401 tctctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15002147 tctctcacataacaatctctctg 15002169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 15036660 - 15037082
Alignment:
Q  1 caccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||    
T  15036660 caccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaacgatctaatgggaaaaattccaaaggagctaaaatatttatctttgtt 15036759  T
Q  101 gttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataat 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||     
T  15036760 gttcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaacaaataac 15036859  T
Q  201 ttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttg 300  Q
    || |||||||||||||   ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  15036860 ttaagtggcttcatcctggaaaaacttggtatgttgtctaggttattgcagttgaatttgagccataataagcttgaggggaacattcctgttgagtttg 15036959  T
Q  301 gccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  15036960 gccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaa 15037059  T
Q  401 tctctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15037060 tctctcacataacaatctctctg 15037082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 15024757 - 15025179
Alignment:
Q  1 caccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgtt 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15024757 caccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgtt 15024856  T
Q  101 gttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataat 200  Q
    | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15024857 gatcaaactctcgttaagtaacaatcacctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcacgagctaactgcattggagcttgcaacaaataat 15024956  T
Q  201 ttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15024957 ttgagtggcttcatccctaaaagacttggtaggttatctaggttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgctgagtttg 15025056  T
Q  301 gccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaa 400  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15025057 cccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattttatgaatggaaccataccatcaatgcttgggcagttaaatcgcttagaaacattgaa 15025156  T
Q  401 tctctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15025157 tctctcacataacaatctctctg 15025179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 15032098 - 15032520
Alignment:
Q  1 caccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgtt 100  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15032098 caccagagctaggcagcgcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaacgggaaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgtt 15032197  T
Q  101 gttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataat 200  Q
    | |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  15032198 gatcaaactctcgttaagtaacaatcacctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcacgagctaactgcattggagcttgcaacaaataat 15032297  T
Q  201 ttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttg 300  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  15032298 ttgagtggcttcatccctaaaagacttggtaggttatctaggttattgcagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgctgagtttg 15032397  T
Q  301 gccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaa 400  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  15032398 cccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattttatgaatggaaccataccatcaatgcttgggcagttaaatcgcttagaaacattgaa 15032497  T
Q  401 tctctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15032498 tctctcacataacaatctctctg 15032520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 1 - 423
Target Start/End: Original strand, 15016755 - 15017177
Alignment:
Q  1 caccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgtt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  15016755 caccagaactaggcagagcaacaaatttacatgaacttaacttgtcttcaaaccatcttacggggaaaattccaaaggagctagaaaacttatctttgtt 15016854  T
Q  101 gttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataat 200  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  || ||||||||||||||||||||  |||||||    
T  15016855 gatcaaactctcgttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgaacaaattgaatcattgcacgaattaactgcattggagcttgcagcaaataat 15016954  T
Q  201 ttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttg 300  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||    
T  15016955 ttcagtggcttcatccctgaaaaacttggtatgttgtctaggttattgaagttaaatttgagccaaaataagtttgaggggaacattcctgttgagtttg 15017054  T
Q  301 gccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaa 400  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  15017055 gccaattgaatgttattgaaaatcttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccagcaatgcttggccagttaaatcacttagaaacattgaa 15017154  T
Q  401 tctctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  15017155 tctctcacataacaatctctctg 15017177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 40 - 420
Target Start/End: Complemental strand, 14523057 - 14522677
Alignment:
Q  40 acttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggaga 139  Q
    ||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||  ||| | ||||||||    || || |||||||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  14523057 acttgtcctcaaatcaacttataggaaaaattccaaaggatctaggaaacttatctgcactgatccaactctcgataagtaataatcatctttcgggaga 14522958  T
Q  140 agttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtct 239  Q
    ||||||| | || ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||| || |||||| |||||||||| | |||||||    
T  14522957 agttcctatgcagattgcatcattgcatgaactaactacattggatcttgcaacaaataatttaagtggttttatccctgaaaaacttggaaggttgtct 14522858  T
Q  240 atgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtggga 339  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||| |||  |||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||    
T  14522857 aggttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttgaaggaaacattcctgttgaacttggtcaattgaatgttattgaagatcttgatcttagcggga 14522758  T
Q  340 attctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataacaatctct 420  Q
    ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  14522757 attttttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataataatctct 14522677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 24 - 423
Target Start/End: Original strand, 14503645 - 14504044
Alignment:
Q  24 aatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgttcaaactctccttaagtaaca 123  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| |  |||||||||||||||||  ||| | |||| ||||||||| ||||||||||  |||||||||    
T  14503645 aatttacatgaacttaacttgtcatcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggatctaggaaacttgtctttgttgatcaaactctcgataagtaaca 14503744  T
Q  124 atcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttgagtggcttcatccctaaaaa 223  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||   ||||||| | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||     
T  14503745 atcatctttctggagaggttcctatacaaattgcatcattgcaagcactaactaccttggagcttgcaacaaataatttaagtggcttcatccctagaag 14503844  T
Q  224 acttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggccaattgaatgttattgaaaac 323  Q
    |||||| | |||||||  |||| | || |||||||||||||||||||||||| | || |||||||| | ||||||||||| ||| |||||||||||| |     
T  14503845 acttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataagtttgaaggaaacattcccgttgagtttggccgattaaatgttattgaagat 14503944  T
Q  324 cttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||| |||||| |||||  ||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||    
T  14503945 cttgatctcagtggaaattttatgaatggaacgataccttcaatgtttggagtgttaaatcatttagaaacattgaatctctcacataataatctgtctg 14504044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 3 - 423
Target Start/End: Original strand, 14467445 - 14467865
Alignment:
Q  3 ccagaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgt 102  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| || || ||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||     
T  14467445 ccagaactaggccgagcaacaaatttacatgaactaaacctgtcttcaaaccatcttacgggaaaaattccaaaggagctagaaagcttatctttgttga 14467544  T
Q  103 tcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataattt 202  Q
    || |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||  |||||  | | ||||||||| ||| |||||||||    
T  14467545 tccaactctcggtaagtaacaatcatctttcaggagaagttcctgcacaagttgcatcattgcaaaaactagataccttggagctttcaacaaataattt 14467644  T
Q  203 gagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggc 302  Q
     ||||| |  ||||| ||| ||||||| |  ||||| |||||||| || |||||||| ||| |||||| |||| | || ||||||||||  |||||||||    
T  14467645 aagtggttcaatcccaaaacaacttggaagtttgtcaatgttattacacttgaatttaagcaaaaatatgtttgaaggaaacattcctgtcgagtttggc 14467744  T
Q  303 caattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatc 402  Q
    ||||| |||||| ||||| | ||||||||||||| ||||| | |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  14467745 caattaaatgttcttgaagatcttgatcttagtgagaattttttgaacggaaccattccagcaatgtttggacagttaaatcacttagaaacattgaatc 14467844  T
Q  403 tctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||||| ||||| ||||    
T  14467845 tctcacataataatctttctg 14467865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 179; E-Value: 2e-96
Query Start/End: Original strand, 5 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 14533213 - 14532795
Alignment:
Q  5 agaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgttc 104  Q
    |||||||||  |||||||| | ||||| || |||||  |||||||||||||||| |  |||||||||||| ||||| ||| | |||||||||||||  ||    
T  14533213 agaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccagaggagctaggaaacttatctttgttaatc 14533114  T
Q  105 aaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttga 204  Q
    ||||||||  ||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |    
T  14533113 aaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactgccttggagcttgaaaaaaataatttaa 14533014  T
Q  205 gtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggcca 304  Q
    ||||||||||||||| || |||||| | |||||||  |||| | || |||||||||||||||||||||||  | || |||||||||| |||||||| |||    
T  14533013 gtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataagttcgaaggaaacattcctgttgagtttgacca 14532914  T
Q  305 attgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctc 404  Q
    ||| || ||||||||| | |||||||||||||  |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||     
T  14532913 attaaaggttattgaagatcttgatcttagtgaaaatgttatgagtggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacttacaaacattgaatctt 14532814  T
Q  405 tcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  14532813 tcacataataatctttctg 14532795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 138 - 403
Target Start/End: Original strand, 15040536 - 15040801
Alignment:
Q  138 gaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttgagtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgt 237  Q
    |||||||||||||||||||| |||||| |  || |  ||   |||||||| |||| ||||||||| ||||||||| |||| ||| ||||||| |  || |    
T  15040536 gaagttcctgtacaaattgcctcattgaaggaagttgctatcttggagctggcaacaaataatttaagtggcttcgtcccaaaacaacttggaagattat 15040635  T
Q  238 ctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgg 337  Q
    |||||||||| || || ||| ||||||||||||||||| | || |||||||||| |||| |||| || || || ||||||||||| ||||||||||||||    
T  15040636 ctatgttattacacttaaatatgagccaaaataagtttgaaggaaacattcctgatgagattggacagttaaaagttattgaaaatcttgatcttagtgg 15040735  T
Q  338 gaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct 403  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15040736 gaattctttgaatggaaccataccaacaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatct 15040801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 213 - 423
Target Start/End: Original strand, 14481837 - 14482047
Alignment:
Q  213 atccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggccaattgaatg 312  Q
    ||||| ||| ||||||| |  ||||| |||||||| || |||||||| ||| |||||| |||| | || ||||||||||  |||||||||||||| ||||    
T  14481837 atcccaaaacaacttggaagtttgtcaatgttattacacttgaatttaagcaaaaatatgtttgaaggaaacattcctgtcgagtttggccaattaaatg 14481936  T
Q  313 ttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataa 412  Q
    || ||||| | ||||||||||||| ||||| | |||| |||||||| ||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  14481937 ttcttgaagatcttgatcttagtgagaattttttgaacggaaccattccagcaatgtttggacagttaaatcacttagaaacattgaatctctcacataa 14482036  T
Q  413 caatctctctg 423  Q
     ||||| ||||    
T  14482037 taatctttctg 14482047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 2)
Name: scaffold0400
Description:

Target: scaffold0400; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 423
Target Start/End: Original strand, 12423 - 12841
Alignment:
Q  5 agaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgttc 104  Q
    |||||||||  |||||||| | ||||| || |||||  |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||  ||    
T  12423 agaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggagctaggaaacttatctttgttaatc 12522  T
Q  105 aaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttga 204  Q
    ||||||||  ||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |    
T  12523 aaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactgccttggagcttgaaaaaaataatttaa 12622  T
Q  205 gtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggcca 304  Q
    ||||||||||||||| || |||||| | |||||||  |||| | || ||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||   ||||||||||||    
T  12623 gtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataggtttgaaggaaacattcccattgagtttggcca 12722  T
Q  305 attgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctc 404  Q
    |||  | ||||||||| | ||||| |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||     
T  12723 attagaagttattgaagatcttgaccttagtggaaattttttgaacggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacatacaaacattgaatctt 12822  T
Q  405 tcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  12823 tcacataataatctttctg 12841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0400; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 115 - 412
Target Start/End: Original strand, 6245 - 6542
Alignment:
Q  115 taagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttgagtggcttcat 214  Q
    |||||| ||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||   ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  6245 taagtagcaatcatcttgtaggagaagttcctgaacaaattgcattattgcataaaataactatcttggagcttgcaacaaataatttcagtggcttcat 6344  T
Q  215 ccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggccaattgaatgtt 314  Q
    |||  || ||||||| |  ||  |||  |||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  6345 cccagaacaacttggaagattacctaatttattggacttgaatttgagccaaaataagtttgaaggagacattcctgctgagtttggacaattgaaaatt 6444  T
Q  315 attgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataa 412  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6445 attgaaaatcttgatcttagcgagaatgttttgaatggaaccataccaacaatgcttggagagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataa 6542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365 (Bit Score: 171; Significance: 1e-91; HSPs: 2)
Name: scaffold0365
Description:

Target: scaffold0365; HSP #1
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 5 - 423
Target Start/End: Original strand, 13066 - 13484
Alignment:
Q  5 agaactaggcagagcaacaaatttacaggagcttaacttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgttc 104  Q
    |||||||||  |||||||| | ||||| || |||||  |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||  ||    
T  13066 agaactaggtggagcaacacaattacaagaacttaatctgtcttcaaaccatcttactggaaaaattccaaaggagctaggaaacttatctttgttaatc 13165  T
Q  105 aaactctccttaagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttga 204  Q
    ||||||||  ||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||   ||||||||| |||||||||| || ||||||||| |    
T  13166 aaactctcgataaataacaataatcttttgggagaagttcctgtacaaattgcatcactgcaggcactaactgccttggagcttgaaaaaaataatttaa 13265  T
Q  205 gtggcttcatccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggcca 304  Q
    ||||||||||||||| || |||||| | |||||||  |||| | || ||||||||||||||||||| |||| | || ||||||||   ||||||||||||    
T  13266 gtggcttcatccctagaagacttggaaggttgtctgagttaatacatttgaatttgagccaaaataggtttgaaggaaacattcccattgagtttggcca 13365  T
Q  305 attgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctc 404  Q
    |||  | ||||||||| | ||||| |||||||| |||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||     
T  13366 attagaagttattgaagatcttgaccttagtggaaattttttgaacggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcacatacaaacattgaatctt 13465  T
Q  405 tcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||| ||||| ||||    
T  13466 tcacataataatctttctg 13484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0365; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 115 - 412
Target Start/End: Original strand, 6889 - 7186
Alignment:
Q  115 taagtaacaatcatctttctggagaagttcctgtacaaattgcatcattgcatcaactaactgcattggagcttgcaataaataatttgagtggcttcat 214  Q
    |||||| ||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || |||||   ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  6889 taagtagcaatcatcttgtaggagaagttcctgaacaaattgcattattgcataaaataactatcttggagcttgcaacaaataatttcagtggcttcat 6988  T
Q  215 ccctaaaaaacttggtatgttgtctatgttattgcagttgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggccaattgaatgtt 314  Q
    |||  || ||||||| |  ||  |||  |||||| | |||||||||||||||||||||||| | ||  ||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  6989 cccagaacaacttggaagattacctaatttattggacttgaatttgagccaaaataagtttgaaggagacattcctgctgagtttggacaattgaaaatt 7088  T
Q  315 attgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataa 412  Q
    |||||||| ||||||||||| | ||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7089 attgaaaatcttgatcttagcgagaatgttttgaatggaaccataccaacaatgcttggagagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataa 7186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 42; Significance: 0.00000000000001; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 285 - 418
Target Start/End: Complemental strand, 15670868 - 15670735
Alignment:
Q  285 attcctgctgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatc 384  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| || ||  ||||||  |||||||| ||||| |||  | |||||||| | |||||| ||||||||||| |  | || |    
T  15670868 attcctgatgagtttggacaatttaaagtccttgaaagtcttgatctcagtggaaatgttttgaatggagctataccaccaatgcttggaaacctgaaac 15670769  T
Q  385 gcttagaaacattgaatctctcacataacaatct 418  Q
    ||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  15670768 gcttagaaacattgaatatttcacataacaatct 15670735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 297 - 423
Target Start/End: Original strand, 14605834 - 14605960
Alignment:
Q  297 tttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacat 396  Q
    ||||| ||||| |||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||||||||||||  |||||| ||   ||| |||||||    
T  14605834 tttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacat 14605933  T
Q  397 tgaatctctcacataacaatctctctg 423  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  14605934 tgaatatctcacataataatctttctg 14605960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 297 - 423
Target Start/End: Original strand, 16025011 - 16025137
Alignment:
Q  297 tttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacat 396  Q
    ||||| ||||| |||||  |||||| ||| ||||| ||||| |||| | || ||||||| |||||||||||||||  |||||| ||   ||| |||||||    
T  16025011 tttggacaatttaatgtccttgaaatcctagatctcagtggaaattttttggatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacat 16025110  T
Q  397 tgaatctctcacataacaatctctctg 423  Q
    ||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  16025111 tgaatatctcacataataatctttctg 16025137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 423
Target Start/End: Original strand, 16172519 - 16172619
Alignment:
Q  323 ccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataacaatctctct 422  Q
    ||||||||| ||||| |||| | | |||||||| |||||||||||||||  |||||| ||   ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| |||    
T  16172519 ccttgatctgagtggaaattttttaaatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttct 16172618  T
Q  423 g 423  Q
    |    
T  16172619 g 16172619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 40 - 163
Target Start/End: Complemental strand, 15677515 - 15677392
Alignment:
Q  40 acttgtcttcaaaccatctaatgggaaaaattccaaaggagttagaatacttatctttgttgttcaaactctccttaagtaacaatcatctttctggaga 139  Q
    |||| |||||||||||||| || || |||||||||||||||||||   ||||  || |||||   | |||||  ||||| ||||| |||||||||||  |    
T  15677515 acttatcttcaaaccatcttattggtaaaattccaaaggagttaggcaacttgactatgttgggtagactctatttaagcaacaaccatctttctggtaa 15677416  T
Q  140 agttcctgtacaaattgcatcatt 163  Q
     ||||| |||||||||||||||||    
T  15677415 tgttccggtacaaattgcatcatt 15677392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 253 - 372
Target Start/End: Original strand, 17848423 - 17848542
Alignment:
Q  253 tgaatttgagccaaaataagtttaaggggaacattcctgctgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatgg 352  Q
    ||||||||||||| || || ||||| || || ||||||| ||||||||||||||| || ||  || |||  ||||||||||||||||||| | | || ||    
T  17848423 tgaatttgagccataacaaatttaaaggaaatattcctgttgagtttggccaatttaaagtccttcaaagtcttgatcttagtgggaattttctcaacgg 17848522  T
Q  353 aaccataccatcaatgcttg 372  Q
    ||| ||||| |||| |||||    
T  17848523 aacaataccgtcaacgcttg 17848542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 293 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 15677262 - 15677141
Alignment:
Q  293 tgagtttggccaattgaatgttattgaaaaccttgatcttagtgggaattctatgaatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaa 392  Q
    ||||||||| ||||| || ||  ||||||  |||||||| ||||| |||  | |||| ||| |||||||| ||||||||||| |  | || |||||||||    
T  15677262 tgagtttggacaatttaaagtccttgaaagtcttgatctcagtggaaatgttttgaaaggagccataccaccaatgcttggaaacctgaaacgcttagaa 15677163  T
Q  393 acattgaatctctcacataaca 414  Q
    ||||||||| | ||||||||||    
T  15677162 acattgaatatttcacataaca 15677141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 423
Target Start/End: Original strand, 16102867 - 16102942
Alignment:
Q  348 aatggaaccataccatcaatgcttggacagttaaatcgcttagaaacattgaatctctcacataacaatctctctg 423  Q
    |||||||| |||||||||||||||  |||||| ||   ||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||||    
T  16102867 aatggaacaataccatcaatgcttacacagttgaaatacttggaaacattgaatatctcacataataatctttctg 16102942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University