View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12514_high_1 (Length: 799)

Name: NF12514_high_1
Description: NF12514
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12514_high_1
NF12514_high_1
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (16-787)||(39561620-39562384)
chr3 (230-786)||(39566511-39567060)
chr3 (231-747)||(39572030-39572532)
chr3 (264-462)||(39560558-39560749)
chr3 (367-505)||(39584617-39584755)
chr3 (354-505)||(39580986-39581146)
chr3 (16-151)||(39584987-39585122)
chr3 (16-114)||(39574830-39574928)
chr3 (16-150)||(39568990-39569124)
chr3 (16-150)||(39581349-39581483)
chr3 (375-506)||(39574473-39574603)
chr3 (235-303)||(39581181-39581249)
chr3 (16-147)||(39571807-39571938)
chr3 (16-150)||(39566329-39566463)
chr3 (235-302)||(39584828-39584896)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 718; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 718; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 787
Target Start/End: Original strand, 39561620 - 39562384
Alignment:
16 gtttcctgttggaagatacagccttgcaaacatgttttttgccgacttgatgaattcaatgtttcgtgcttgaattattctcagttcacaactgaagttt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39561620 gtttcctgttggaagatacagccttgcaaacatattttttgccgacttgatgaattcaatgtttcgtgcttgaattattctcagttcacaactgaagttt 39561719  T
116 gcatatgcaggtgttttcgatggatccattgaaaatggagagtaagaatctatcttgttatgtttgtagctcaaaatagagagatgaaattgagattaaa 215  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39561720 gcatatgcaggtgttttcgatggatccattgaaaatggagagtaagaatctatcttgttatgtttgtagctcaaaatagagagatgaaattgagattaaa 39561819  T
216 gaatatttttaatgtgttggtttgagtttgagttgttgtatgtgatgcattatatagtgtggaaaaggtaaattggaaatgctttccaggaagctgctct 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39561820 gaatatttttaatgtgttggtttgagtttgagttgttgtatgtgatgcattatatagtgtggaaaaggtaaattggaaatgctttccaggaagctgctct 39561919  T
316 tatccattatccttgagcactaacatagtgtatagtataaaattgatccaatatctcagttgtgctttttgtgaatatattaataccatcttaatcttaa 415  Q
    |||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39561920 tat-------ccttgagcactaacatagtgtatagtataaaattgatccaatatctcagttgtgccttttgtgaatatattaataccatcttaatcttaa 39562012  T
416 accatgcacgtgagattgtgttgaagattatatcttattaaagaaaacctttagaatctcgaaaggctggattttccaatttggctcttgttagtctgat 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39562013 accatgcacgtgagattgtgttgaagattatatcttattaaagaaaacctttagaatctcgaaaggctggattttccaatttggctcttgttagtctgat 39562112  T
516 atggtattggtttatgaatccacggtatcttaatgcaatccgtaactgggaccccaaaagtaacattagaataagcaaggtttttgtactgactaaaatt 615  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
39562113 atggtattggtttatgaatccacagtatcttaatgcaatccataactgggaccccaaaagtaacattagaataagcaaggtttttgtactgactaaagtt 39562212  T
616 cttgaatgctggcctcaattggcagccatgaataaaactagaaccctcagttggcattcttatctaattaaactcactagttgtgataatgtacattaac 715  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
39562213 cttgaatgctggcctcaattggcagccatcaataaaactagaaccctcagttggcattcttatctaattaaactcactagttgtgataatgtacattaat 39562312  T
716 tattattagaaaacattgcaaaattttcctaccactcatcaagcttacagtaatatagtctgtgtctctgct 787  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39562313 tattattagaaaacattgcaaaattttcctaccactcatcaagcttacagtaatatagtctgtgtctctgct 39562384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 230 - 786
Target Start/End: Original strand, 39566511 - 39567060
Alignment:
230 tgttggtttgagtttgagttgt--tgtatgtgatgcattatatagtgtggaaaaggtaaattggaaatgctttccaggaagctgctcttatccattatcc 327  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |           
39566511 tgtttgtttgagtttgagttgtgttgtatatgatgtattatatagtgtgcaaaaagtaaactggaaatgctttccaggaagctgctcttattc------- 39566603  T
328 ttgagcactaacatagtgtatagtataaaattgatccaatatctcagttgtgctttttgtgaatatattaataccatcttaatcttaaaccatgcacgtg 427  Q
    |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
39566604 ttgagcactaacatagtgtattatataaaattgatccaatatctaagttgtgctctttgtgaatatattaataccatcttaatcttaaactatgcacatg 39566703  T
428 agattgtgttgaagattatatcttattaaagaaaacctttagaatctcgaaaggctggattttccaatttggctcttgttagtctgatatggtattggtt 527  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
39566704 agattgtgtagaagattatatcttattaaagaaaacctttagaatctcgaaaggctagattttccaatttggctcttgttattctgatatggtattgggt 39566803  T
528 tatgaatccacggtatcttaatgcaatccgtaactgggaccccaaaagtaacattagaataagcaaggtttttgtactgactaaaattcttgaatgctgg 627  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
39566804 tatgaatccacagtatcttaatgcaatccataactgggaccccaaaagtaacattagaataagcaaggtttttgtactgactaaaattcttgaatgctgg 39566903  T
628 cctcaattggcagccatgaataaaactagaaccctcagttggcattcttatctaattaaactcac-tagttgtgataatgtacattaactattattagaa 726  Q
      ||||||| ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| | |||  || |||    
39566904 tatcaattgacagccatcaataaagctagaa-cctcagttggcatttttatctgattaaactcacttagttgtaataatgtacatt-attat--tttgaa 39566999  T
727 aacat-tgcaaaattttcctaccactcatcaagcttacagtaatatagtctgtgtctctgc 786  Q
    ||||| | |  |||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||||||||    
39567000 aacatgtacggaattttcctaccactcattaagcttacaaatatatagtctgtgtctctgc 39567060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 231 - 747
Target Start/End: Original strand, 39572030 - 39572532
Alignment:
231 gttggtttgagtttgagttgttgtatgtgatgcattatatagtgtggaaaaggtaaattggaaatgctttccaggaagctgctcttatccattatccttg 330  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||       |||    
39572030 gttggtttgagtttgaattgttgtaggtgatgtattatatagtgttgaaaaagtaaattggaaatgctttacaggaagctgctcttatcc-------ttg 39572122  T
331 agcactaacatagtgtatagtataaaattgatccaatatctcagttgtgctttttgtgaatatattaataccatcttaatcttaaaccatgcacgtgaga 430  Q
    | ||||||            |||||||||  |||| |||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||| |||||||||| | ||||||| |||||    
39572123 aacactaa------------tataaaatttgtccagtatctcagttgttcattttgcgaatatattactaccaacttaatcttatatcatgcacatgaga 39572210  T
431 ttgtgttgaagattatatcttattaaagaaaacctttaga-------atctcgaaaggctggattttccaatttggctcttgttagtctgatatggtatt 523  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||       |||| |||||||| |||||||||||||  || ||||||||||||| |||||||    
39572211 ttgtgttgaatattatatcttattgtagaaaacctttagagtttagaatcttgaaaggctagattttccaattttcctattgttagtctgatttggtatt 39572310  T
524 ggtttatgaatccacggtatcttaatgcaatccgtaactgggaccccaaaagtaacattagaataagcaaggtttttgtactgactaaaattcttgaatg 623  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  ||||||||    
39572311 gggttatgaatccacagtatcttaatgcaatccataactgggacaccaaaagtaatattagaataaccaaggtttttgtactaactaaaacccttgaatg 39572410  T
624 ctggcctcaattggcagccatgaataaaactagaaccctcagttggcattcttatctaattaaactcactagttgtgataatgtacattaactattatta 723  Q
    ||||| || | |  || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
39572411 ctggcttccact-aca-ccatcaataaaactagaaccctcagttggcattcttatctaattaaactcactagttgtgataatgtacattaattattatta 39572508  T
724 gaaaacattgcaaaattttcctac 747  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
39572509 gaaaacattgcaaaattttcctac 39572532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 264 - 462
Target Start/End: Original strand, 39560558 - 39560749
Alignment:
264 attatatagtgtggaaaaggtaaattggaaatgctttccaggaagctgctcttatccattatccttgagcactaacatagtgtatagtataaaattgatc 363  Q
    ||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||| || |||||||        |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
39560558 attatgtagtgtggaaaaagtaaataggaaatgctttccatgaagttgatcttatct-------ttgaacactaacatagtatattgtataaaattgatc 39560650  T
364 caatatctcagttgtgctttttgtgaatatattaataccatcttaatcttaaaccatgcacgtgagattgtgttgaagattatatcttattaaagaaaa 462  Q
    || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||| | ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
39560651 cagtatctcagttgtgccttttgtgaatatattaataccaacttattcttgaatcatgcacatcagattatgttgaagattatatattattaaagaaaa 39560749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 71; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 367 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 39584755 - 39584617
Alignment:
367 tatctcagttgtgctttttgtgaatatattaataccatcttaatcttaaaccatgcacgtgagattgtgttgaagattatatcttattaaagaaaacctt 466  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  | |||| |||||||||||| ||||| | | |||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||    
39584755 tatctcagttgtgccttttgtgaatatatggacaccaacttaatcttaaatcatgcgcattagattgtgttcaagattatattttactaaagaaaacctt 39584656  T
467 tagaatctcgaaaggctggattttccaatttggctcttg 505  Q
       |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
39584655 gtaaatctcgaaaggctagattttctaatttggctcttg 39584617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 6e-30
Query Start/End: Original strand, 354 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 39581146 - 39580986
Alignment:
354 aaaattgatccaatatctcagttgtgctttttgtgaatatattaataccatcttaatcttaaaccatgcacgt-------gagattgtgttgaagattat 446  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| || || ||||||| |       ||||||||||||||||| ||    
39581146 aaaattgatctagtatctcagttgtgctttttgtgcatatattaataccaacttaatattgaatcatgcacattgcacatgagattgtgttgaagatcat 39581047  T
447 at--cttattaaagaaaacctttagaatctcgaaaggctggattttccaatttggctcttg 505  Q
    ||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||    
39581046 ataccttattaaagaaaaagtttagaatctcgaaaggctagattttacaattttgctcttg 39580986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 16 - 151
Target Start/End: Complemental strand, 39585122 - 39584987
Alignment:
16 gtttcctgttggaagatacagccttgcaaacatgttttttgccgacttgatgaattcaatgtttcgtgcttgaattattctcagttcacaactgaagttt 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||| |  || |||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
39585122 gtttcctgttggaagatacaaccttgaaaacaagtttttcgtggatttgatgaattcagtgtttctggcttgtattattctcagttcacagctgaagttt 39585023  T
116 gcatatgcaggtgttttcgatggatccattgaaaat 151  Q
    ||||| || ||| | |  ||||||||||||||||||    
39585022 gcataagctggtatatgggatggatccattgaaaat 39584987  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 16 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 39574928 - 39574830
Alignment:
16 gtttcctgttggaagatacagccttgcaaacatgttttttgccgacttgatgaattcaatgtttcgtgcttgaattattctcagttcacaactgaagtt 114  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||||||||| |||||||| ||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
39574928 gtttcctgttggaagatacaaccttgcaaacaagtttttcgtggacttgatgaattcgatgtttcgagcttgtattaatctcaattcacaactgaagtt 39574830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Original strand, 39568990 - 39569124
Alignment:
16 gtttcctgttggaagatacagccttgcaaacatgttttttgccgacttgatgaattcaatgtttcgtgcttgaattattctcagttcacaactgaagttt 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |  |||||||   ||||||  ||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||    
39568990 gtttcctgttggaagatacaaccttgcaaacaagtttttcgtggacttgacagattcaacatttcgggcttgtattattcttagttcacagctgaagttt 39569089  T
116 gcatatgcaggtgttttcgatggatccattgaaaa 150  Q
    ||||| |||||| | |   ||||||||||||||||    
39569090 gcataagcaggtatatggaatggatccattgaaaa 39569124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 39581483 - 39581349
Alignment:
16 gtttcctgttggaagatacagccttgcaaacatgttttttgccgacttgatgaattcaatgtttcgtgcttgaattattctcagttcacaactgaagttt 115  Q
    |||||||||||||||||| | ||| ||||| | ||||||||  || |||| | ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||    
39581483 gtttcctgttggaagatataacctagcaaataagttttttgtggatttgacggattcaatatttcgggcttgaatgattctcagttcaaaactgaagttt 39581384  T
116 gcatatgcaggtgttttcgatggatccattgaaaa 150  Q
    ||||| |||| | | |   ||||||||||||||||    
39581383 gcataagcagatatgtggcatggatccattgaaaa 39581349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 375 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 39574603 - 39574473
Alignment:
375 ttgtgctttttgtgaatatattaataccatcttaatcttaaaccatgcacgtgagattgtgttgaagattat-atcttattaaagaaaacctttagaatc 473  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||||| | |||||||  | |||||| | ||| |||||||||||||| || |||||    
39574603 ttgtgctttttgtgaatattttaataccaaattaatcttaaa-catgcacatcagattgttctaaagattttaatcatattaaagaaaacc-ttggaatc 39574506  T
474 tcgaaaggctggattttccaatttggctcttgt 506  Q
    | |||||| |||||||||||||| || ||||||    
39574505 tagaaagggtggattttccaattcggatcttgt 39574473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 235 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 39581249 - 39581181
Alignment:
235 gtttgagtttgagttgttgtatgtgatgcattatatagtgtggaaaaggtaaattggaaatgctttcca 303  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||    
39581249 gtttgagtttaagttgttgtatgcgatgcattatatagtgtggaaaaagtaatgtggaaatgctttcca 39581181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 5e-18
Query Start/End: Original strand, 16 - 147
Target Start/End: Original strand, 39571807 - 39571938
Alignment:
16 gtttcctgttggaagatacagccttgcaaacatgttttttgccgacttgatgaattcaatgtttcgtgcttgaattattctcagttcacaactgaagttt 115  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| || |  |||||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||| |||    
39571807 gtttcctgttggaagatacaaccttgcaaataagttcttcgtggacttgatgaattcgatgttacgagcttgtattattctcagttcgcagctgaaattt 39571906  T
116 gcatatgcaggtgttttcgatggatccattga 147  Q
     |||| |||| | | |  ||||||||||||||    
39571907 acataagcagttatatgagatggatccattga 39571938  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 16 - 150
Target Start/End: Original strand, 39566329 - 39566463
Alignment:
16 gtttcctgttggaagatacagccttgcaaacatgttttttgccgacttgatgaattcaatgtttcgtgcttgaattattctcagttcacaactgaagttt 115  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||| | |||||| |  || |||| | ||||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||    
39566329 gtttcccgttggaagatataaccttgcaaataagtttttcgtagatttgacggattcaatatttcgggcttgaatgattctcagttcaaaactgaagttt 39566428  T
116 gcatatgcaggtgttttcgatggatccattgaaaa 150  Q
    ||||| |||| | | |  ||||||||||| |||||    
39566429 gcataagcagatatgtgggatggatccatcgaaaa 39566463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 235 - 302
Target Start/End: Complemental strand, 39584896 - 39584828
Alignment:
235 gtttgagtttgagttgttgtatgtgatgcattatatagtgtgga-aaaggtaaattggaaatgctttcc 302  Q
    |||||||||||||||||||   |||||| ||||||||| || || ||| ||||||||||||||||||||    
39584896 gtttgagtttgagttgttgctagtgatgtattatatagagttgagaaaagtaaattggaaatgctttcc 39584828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University