View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12518_low_1 (Length: 819)

Name: NF12518_low_1
Description: NF12518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12518_low_1
NF12518_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-768)||(37446061-37446796)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 669; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 768
Target Start/End: Original strand, 37446061 - 37446796
Alignment:
Q  19 gttccagtcatactcgttaatgtgttccatatataggacccgtttcaagtgtggatactagagaggaatgagttttatatggttcgctttgcaatgatga 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37446061 gttccagtcatactcgttaatgtgttccatatataggacccgtttcaagtgtggatactagagaggaatgagttttatatggttcgctttgtaatgatga 37446160  T
Q  119 ctcaactaagatcgataatgtatgttattggtgtgtgactctgaatgtgtgtgtttatatttctcttgatcgggtttgtttatatagtatatgaaattat 218  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446161 ctcaactaagatcgataatgtatgttattggtgtgtgactctgaatatgtgtgtttatatttctcttgatcgggtttgtttatatagtatatgaaattat 37446260  T
Q  219 gaatgttatcaatgatttttgttttattttgaaaaggcgcacccacttgattgttataaagataaaaggcaatttgagataaaaacttctaaagtagaag 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446261 gaatgttatcaatgatttttgttttattttgaaaaggcgcacccacttgattgttataaagataaaaggcaatttgagataaaaacttctaaagtagaag 37446360  T
Q  319 cttcttatccccttacactgtacaatttccaactcactatatactacatcaacaaaagcgtagacgtatcgtattgtacaccaatcattaaacacaccaa 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446361 cttcttatccccttacactgtacaatttccaactcactatatactacatcaacaaaagcgtagacgtatcgtattgtacaccaatcattaaacacaccaa 37446460  T
Q  419 attaatctaatgttttaactagaacataacatgaatcaaatcactctattactccctcattctaaaattttggtacgtacatattcattcttctttaact 518  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||||| |||||||    
T  37446461 attaatcttatgttttaactagaacataacatgaatcaaatcactctattactccctcattctaaaattttg----gtacatattcattcttttttaact 37446556  T
Q  519 aacaaaatgaatatattattttattgcatataaaacaaatgtacatgttgcacatattactactcttgataaagtcgttgaaaagagaataatagaaaaa 618  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446557 aacaaaatgaatatatta-tttattgcatataaaacaaatgtacatgttg---------ctactcttgataaagtcgttgaaaagagaataatagaaaaa 37446646  T
Q  619 tgtaaaatggaaattatatttgtaggtatataaggtttatagtaatttccattttacatttcattgtcaagagttaagaagtgaagtgataagtaggtca 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  37446647 tgtaaaatggaaattatatttgtaggtatataaggtttatagtaatttccattttacatttcattgtcaagagttaagaagtgaagtgataaggaggtca 37446746  T
Q  719 agagtttgatcctcactttcaacataaaaattaacaatactaatgcgcac 768  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37446747 agagcttgatcctcactttcaacataaaaattaacaatactaatgcgcac 37446796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University