View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12519_low_13 (Length: 232)

Name: NF12519_low_13
Description: NF12519
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12519_low_13
NF12519_low_13
[»] chr8 (8 HSPs)
chr8 (1-220)||(1957103-1957322)
chr8 (1-220)||(35100401-35100620)
chr8 (1-220)||(15054603-15054822)
chr8 (1-220)||(30531430-30531649)
chr8 (1-220)||(38205876-38206095)
chr8 (1-218)||(13815905-13816122)
chr8 (1-213)||(17742673-17742884)
chr8 (1-89)||(5213249-5213337)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (1-220)||(22657644-22657863)
chr7 (1-220)||(22192177-22192396)
chr7 (1-220)||(36519476-36519695)
chr7 (1-220)||(40301372-40301591)
chr7 (1-220)||(26813105-26813324)
chr7 (1-220)||(32129127-32129346)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (1-220)||(17960144-17960363)
chr6 (1-220)||(6379383-6379602)
chr6 (1-220)||(34839552-34839770)
chr6 (1-220)||(632484-632703)
chr6 (1-220)||(24932144-24932363)
chr6 (1-220)||(8219913-8220133)
chr6 (4-208)||(7539949-7540150)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-220)||(32975450-32975669)
chr5 (1-219)||(40889867-40890085)
chr5 (1-220)||(31012740-31012959)
chr5 (1-220)||(27943463-27943681)
chr5 (1-220)||(4577963-4578182)
chr5 (51-220)||(29618482-29618650)
chr5 (76-220)||(9274154-9274298)
[»] chr4 (14 HSPs)
chr4 (1-220)||(3532189-3532408)
chr4 (1-220)||(3617334-3617553)
chr4 (1-220)||(8992756-8992975)
chr4 (1-220)||(13111534-13111753)
chr4 (1-220)||(16173900-16174119)
chr4 (1-220)||(2214169-2214388)
chr4 (1-220)||(46916396-46916615)
chr4 (1-220)||(53182991-53183210)
chr4 (4-219)||(28900306-28900519)
chr4 (1-220)||(28445941-28446161)
chr4 (1-220)||(33605103-33605322)
chr4 (1-219)||(34437025-34437240)
chr4 (1-51)||(36657474-36657524)
chr4 (1-37)||(12159093-12159129)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (1-220)||(17467484-17467703)
chr3 (1-220)||(30417310-30417529)
chr3 (1-220)||(25789661-25789880)
chr3 (1-220)||(47145135-47145354)
chr3 (1-220)||(25831618-25831837)
chr3 (1-220)||(6047576-6047795)
chr3 (1-220)||(42561871-42562090)
chr3 (1-220)||(33749650-33749869)
chr3 (1-220)||(42600399-42600618)
chr3 (1-220)||(21226257-21226476)
chr3 (5-220)||(51428064-51428279)
chr3 (1-220)||(50017961-50018178)
chr3 (1-200)||(30691178-30691378)
chr3 (1-220)||(21231300-21231515)
chr3 (76-220)||(33189726-33189870)
chr3 (1-44)||(49027655-49027698)
chr3 (1-37)||(43474858-43474894)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-220)||(7587383-7587602)
chr2 (1-220)||(30821463-30821682)
chr2 (1-220)||(12855987-12856206)
chr2 (1-220)||(8853025-8853244)
chr2 (1-220)||(22350494-22350713)
chr2 (7-220)||(2779682-2779895)
chr2 (1-220)||(31206791-31207008)
chr2 (1-220)||(39432879-39433096)
chr2 (5-220)||(40880619-40880839)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (1-220)||(2477209-2477428)
chr1 (1-220)||(45240108-45240327)
chr1 (1-220)||(48386988-48387207)
chr1 (1-220)||(31469095-31469314)
chr1 (1-212)||(48405298-48405509)
chr1 (1-220)||(17784331-17784550)
chr1 (1-220)||(33165339-33165557)
chr1 (1-220)||(51521162-51521380)
chr1 (1-220)||(47299381-47299601)
chr1 (1-220)||(17680146-17680365)
chr1 (4-220)||(8469293-8469507)
chr1 (1-76)||(10265986-10266061)
[»] scaffold1240 (1 HSPs)
scaffold1240 (1-220)||(1653-1872)
[»] scaffold0100 (1 HSPs)
scaffold0100 (1-220)||(29429-29649)
[»] scaffold0007 (2 HSPs)
scaffold0007 (1-132)||(169499-169630)
scaffold0007 (128-220)||(168123-168215)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 8)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 1957322 - 1957103
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1957322 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 1957223  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1957222 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 1957123  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  1957122 catcttggtttggtgctctc 1957103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 35100401 - 35100620
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35100401 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 35100500  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35100501 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 35100600  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  35100601 catcttgggttggtgctctc 35100620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 15054603 - 15054822
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15054603 tccaaaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccttggtgaattgaccttcccat 15054702  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15054703 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcaatcaatactcccgatcatccctgggaacccctgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 15054802  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  15054803 catcttggtttggtgctctc 15054822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30531649 - 30531430
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30531649 tccaaaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 30531550  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30531549 gctttaggataatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgcaggt 30531450  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  30531449 catcttgggttggtgctctc 30531430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 38206095 - 38205876
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38206095 tccaaaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgttgtggttcccttatcccccctgttgaattgaccttcccat 38205996  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  38205995 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactccggatcatccctggaaacccccgcatttcactaacatgtagtattttttgcaggt 38205896  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  38205895 catcttgggttggtgctctc 38205876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 13815905 - 13816122
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  13815905 tccaaaaaatgcatgctagatccatagatcatgagatgcaactgcttccagaataactgtggtggttcccttatcccccttggtaaattgaccttcccat 13816004  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13816005 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactgccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgcaggt 13816104  T
Q  201 catcttggtttggtgctc 218  Q
    |||||||| |||||||||    
T  13816105 catcttgggttggtgctc 13816122  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 213
Target Start/End: Original strand, 17742673 - 17742884
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  17742673 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataattgtggtggttcccttatccccc-tggtaaattgaccttcccat 17742771  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17742772 gctttaggaaaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgcaggt 17742871  T
Q  201 catcttggtttgg 213  Q
    |||||||| ||||    
T  17742872 catcttgggttgg 17742884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 1 - 89
Target Start/End: Original strand, 5213249 - 5213337
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaatt 89  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  5213249 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagacgcaactgcttccagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaatt 5213337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 22657644 - 22657863
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22657644 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 22657743  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22657744 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 22657843  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  22657844 catcttggtttggtgctctc 22657863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 22192177 - 22192396
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22192177 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 22192276  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22192277 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 22192376  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  22192377 catcttgggttggtgctctc 22192396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 36519476 - 36519695
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36519476 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 36519575  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36519576 gctttaggacaatatttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 36519675  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  36519676 catcttggtttggtgctctc 36519695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 40301591 - 40301372
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40301591 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 40301492  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40301491 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactctcgatcatccctgagaacccccacatttcactaacatgtggtattctttgaaggt 40301392  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  40301391 catcttggtttggtgctctc 40301372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 26813105 - 26813324
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26813105 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactggtgtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 26813204  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
     |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  26813205 cctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattttttgcaggt 26813304  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  26813305 catcttgggttggtgctctc 26813324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 32129346 - 32129127
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  32129346 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgttgtggttcccttatccccccaggtgaattgacattcccat 32129247  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  32129246 cctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctaggaacccctgcatttcactaacatgtagtattttttgcaggt 32129147  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  32129146 catcttgggttggtgctctc 32129127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 17960363 - 17960144
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17960363 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 17960264  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17960263 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 17960164  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  17960163 catcttggtttggtgctctc 17960144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6379602 - 6379383
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6379602 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaattgaccttcccat 6379503  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6379502 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 6379403  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  6379402 catcttgggttggtgctctc 6379383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 34839552 - 34839770
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34839552 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaact-cttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 34839650  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34839651 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 34839750  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  34839751 catcttggtttggtgctctc 34839770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 632484 - 632703
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  632484 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctgatgaattgaccttcccat 632583  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  632584 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaaccctcgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 632683  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  632684 catcttgggttggtgctctc 632703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 24932363 - 24932144
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24932363 tccaaaaaaggcatgctagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgttgtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 24932264  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
     |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  24932263 cctttaggacaatttttccactcccaatgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaatccccgcatttcactaacatgtagtattttttgcaggt 24932164  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  24932163 catcttgggttggtgctctc 24932144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 8219913 - 8220133
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatccccc-ctggtgaattgaccttccca 99  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  8219913 tccaaaaaaagcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgaggtggttcccttatccccctctggtaaattgaccttccca 8220012  T
Q  100 tgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaagg 199  Q
    || ||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8220013 tgttttaggacaatttttccactcccaatgcatgcaatcaatactcccgatcatccttaggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaagg 8220112  T
Q  200 tcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    | ||||||| |||||||||||    
T  8220113 taatcttgggttggtgctctc 8220133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 126; E-Value: 4e-65
Query Start/End: Original strand, 4 - 208
Target Start/End: Original strand, 7539949 - 7540150
Alignment:
Q  4 aaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccatgct 103  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||    
T  7539949 aaaaaaggcatgccagatctatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataaccgtggtggttccctta-cccccctattaaattgaccttcccatgct 7540047  T
Q  104 ttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcat 203  Q
    ||||||||| |||||||||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||  |||| ||| |||||||    
T  7540048 ttaggacaaattttccactcacaatgcatgtagttaatactcccgatcatccctgggaatccccgcatttcactagcaagta--attcattgcaggtcat 7540145  T
Q  204 cttgg 208  Q
    |||||    
T  7540146 cttgg 7540150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 32975669 - 32975450
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32975669 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 32975570  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32975569 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 32975470  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  32975469 catcttggtttggtgctctc 32975450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 40889867 - 40890085
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40889867 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 40889966  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40889967 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 40890066  T
Q  201 catcttggtttggtgctct 219  Q
    |||||||||||||||||||    
T  40890067 catcttggtttggtgctct 40890085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 31012959 - 31012740
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31012959 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 31012860  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31012859 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 31012760  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  31012759 catcttgggttggtgctctc 31012740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 27943463 - 27943681
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27943463 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccc-ctggtgaattgaccttcccat 27943561  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27943562 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccctgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 27943661  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  27943662 catcttggtttggtgctctc 27943681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 4577963 - 4578182
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4577963 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttctagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaattgaccttcccat 4578062  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  4578063 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactgccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgcaatattctttgcaggt 4578162  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  4578163 catcttgggttggtgctctc 4578182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 51 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 29618650 - 29618482
Alignment:
Q  51 gaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccatgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgat 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  29618650 gaataactgtggtggttcccttatccccc-tggtgaattgaccttcccatgctttaggacaatttttccactcctagtgcatgcagtcaatactcccgat 29618552  T
Q  151 catccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29618551 cattcctgggaacccccacatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcatcttggtttggtgctctc 29618482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 76 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 9274298 - 9274154
Alignment:
Q  76 ccccctggtgaattgaccttcccatgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttca 175  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9274298 ccccctggtaaattgaccttcccatgctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcctgatcatccctgggaacccccgcatttca 9274199  T
Q  176 ctaacatgtagtattctttgaaggtcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  9274198 ctaacatgtagtattctttgcaggtcatcttgcgttggtgctctc 9274154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 14)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 3532408 - 3532189
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3532408 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 3532309  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3532308 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 3532209  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3532208 catcttggtttggtgctctc 3532189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 3617553 - 3617334
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3617553 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 3617454  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3617453 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 3617354  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  3617353 catcttggtttggtgctctc 3617334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 8992756 - 8992975
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8992756 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 8992855  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8992856 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 8992955  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  8992956 catcttggtttggtgctctc 8992975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 13111534 - 13111753
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13111534 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 13111633  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13111634 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 13111733  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13111734 catcttggtttggtgctctc 13111753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 16174119 - 16173900
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16174119 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 16174020  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16174019 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 16173920  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  16173919 catcttggtttggtgctctc 16173900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 2214388 - 2214169
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2214388 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 2214289  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2214288 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 2214189  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  2214188 catcttgggttggtgctctc 2214169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 46916615 - 46916396
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46916615 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagaggcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 46916516  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46916515 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 46916416  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  46916415 catcttgggttggtgctctc 46916396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 53183210 - 53182991
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  53183210 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttccagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaattgaccttcccat 53183111  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  53183110 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactgccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgcagtattctttgcaggt 53183011  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  53183010 catcttgggttggtgctctc 53182991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 4 - 219
Target Start/End: Original strand, 28900306 - 28900519
Alignment:
Q  4 aaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccatgct 103  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||    
T  28900306 aaaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggttgttcccttatcccc--tggtaaattgaccttcccatgct 28900403  T
Q  104 ttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcat 203  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28900404 ttaggacaatttttccactctcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctaggaacccctgcatttcactaacatgtagtattctttgaagatcat 28900503  T
Q  204 cttggtttggtgctct 219  Q
    ||||| ||||||||||    
T  28900504 cttgggttggtgctct 28900519  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 28445941 - 28446161
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccc-tggtgaattgaccttccca 99  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  28445941 tccaaaaaaggcatgctagatccatagatcatgagatgcaattgcttcaagaataattgtagtggttcccttatccccccctggtaaattgaccttccca 28446040  T
Q  100 tgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaagg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  28446041 tgctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcattcatgggaacccgcgcatttcactaacatgtagtatcctttgcagg 28446140  T
Q  200 tcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||| ||||| |||||    
T  28446141 tcatcttgggttggtactctc 28446161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 33605103 - 33605322
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||    
T  33605103 tccaaaaaaggcatgtcaaatccatagatcatgagatgcaacttctttaagaataactgttgtgtttcccttatcccccccggtgaattgaccttcacat 33605202  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||| ||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  33605203 gctgtaggataatttttccacttccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccacatttcactaacatgtaatattctttgcaggt 33605302  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  33605303 catcttgggttggtgctctc 33605322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 34437240 - 34437025
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||    
T  34437240 tccaaaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactacttcaagaataactgtggtggttcccttatctcccctggtgaattgaccttcacat 34437141  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||  ||||    
T  34437140 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaata---ccgatcatccctcggaactcttgcatttcacttacatgtagtattctttccaggt 34437044  T
Q  201 catcttggtttggtgctct 219  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  34437043 catcttgggttggtgctct 34437025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 51
Target Start/End: Original strand, 36657474 - 36657524
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaag 51  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36657474 tccaaaaaaggcatgccaaatccatagatcatgagatgcaactgcttcaag 36657524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Original strand, 12159093 - 12159129
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagat 37  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12159093 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagat 12159129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 17467484 - 17467703
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17467484 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 17467583  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17467584 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 17467683  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  17467684 catcttggtttggtgctctc 17467703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30417529 - 30417310
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30417529 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 30417430  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30417429 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 30417330  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30417329 catcttggtttggtgctctc 30417310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 25789880 - 25789661
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25789880 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 25789781  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25789780 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 25789681  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  25789680 catcttgggttggtgctctc 25789661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 47145135 - 47145354
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47145135 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 47145234  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47145235 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 47145334  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  47145335 catcttgggttggtgctctc 47145354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 25831837 - 25831618
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25831837 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaattgaccttcccat 25831738  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25831737 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 25831638  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  25831637 catcttgggttggtgctctc 25831618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 6047795 - 6047576
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6047795 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 6047696  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  6047695 gctttaggacaatttttccactcccaatgcatgcagtcaatgctcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgcagtattctttgaaggt 6047596  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  6047595 catcttggtttggtgctctc 6047576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 42561871 - 42562090
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42561871 tccaaaaaaggcatgtcagatccatagatcataagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 42561970  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42561971 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatgctcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 42562070  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  42562071 catcttggtttggtgctctc 42562090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 33749650 - 33749869
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  33749650 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaattgaccttcccat 33749749  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33749750 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagttaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgcaggt 33749849  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  33749850 catcttgggttggtgctctc 33749869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 42600618 - 42600399
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42600618 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttctagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaattgaccttcccat 42600519  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  42600518 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactgccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgcaatattctttgcaggt 42600419  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  42600418 catcttgggttggtgctctc 42600399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 21226257 - 21226476
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || |||||||||||||||    
T  21226257 tccaaaaaaggcatgccaaatccatagatcatgagatgaaactgcttcaagaataactgtgatggttcccttatcccccttagtaaattgaccttcccat 21226356  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  21226357 gctttaggacaatttttccactctcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgagaacccccgcatttcactaacatgtagtattatttgcaggt 21226456  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  21226457 catcttgggttggtgctctc 21226476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Original strand, 51428064 - 51428279
Alignment:
Q  5 aaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccatgctt 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51428064 aaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagacgcaactgcttccagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaattgaccttcccatgctt 51428163  T
Q  105 taggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcatc 204  Q
    | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  51428164 tgggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatattgccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgcaggtcatc 51428263  T
Q  205 ttggtttggtgctctc 220  Q
    |||| |||||||||||    
T  51428264 ttgggttggtgctctc 51428279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 173; E-Value: 4e-93
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 50017961 - 50018178
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| | |||||||||||||||    
T  50017961 tccaaaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggcggttccctta--ccccctgataaattgaccttcccat 50018058  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  50018059 gctttaggacaatttttctactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaatatgtagtattctttgcaggt 50018158  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  50018159 catcttgggttggtgctctc 50018178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 161; E-Value: 5e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 30691378 - 30691178
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccc-tggtgaattgaccttccca 99  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  30691378 tccaaaaaaggcatgccagatctatagatcatgagatgcaactgcttcaacaataactgtggtggttcccttatccccccctggtaaattgaccttccca 30691279  T
Q  100 tgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaagg 199  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||    
T  30691278 tgctttatgacaatttttctactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgcagtattctttgcagg 30691179  T
Q  200 t 200  Q
    |    
T  30691178 t 30691178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 124; E-Value: 6e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 21231515 - 21231300
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||| | || ||||||  |||||||    
T  21231515 tccaaaaaaggcatgtcaaatacatagatcatgagatgcaaccgcttcaaga-taattgtggtggttcc-ttatccccc-tagtaaattgagattcccat 21231419  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | || ||||    
T  21231418 gctttaggacaatttttccactcctagtgcatgcagtcaatactctcgatcatccctgggaa-ccccgcatttcactaacatgtagtattatatgcaggt 21231320  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  21231319 catcttgggttggtgctctc 21231300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 76 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 33189870 - 33189726
Alignment:
Q  76 ccccctggtgaattgaccttcccatgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttca 175  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33189870 ccccctggtaaattgactttcccatgctttaggacaatttttccactcccagtgcatacagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttca 33189771  T
Q  176 ctaacatgtagtattctttgaaggtcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33189770 ctaacatgtagtattttttgaaggtcatcttggattggtgctctc 33189726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 44
Target Start/End: Complemental strand, 49027698 - 49027655
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactg 44  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49027698 tccaagaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactg 49027655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 37
Target Start/End: Original strand, 43474858 - 43474894
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagat 37  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43474858 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcgtgagat 43474894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 7587602 - 7587383
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7587602 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 7587503  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7587502 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 7587403  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  7587402 catcttggtttggtgctctc 7587383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 30821682 - 30821463
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30821682 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 30821583  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30821582 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 30821483  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  30821482 catcttggtttggtgctctc 30821463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 12855987 - 12856206
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12855987 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 12856086  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12856087 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaaccctcgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 12856186  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  12856187 catcttgggttggtgctctc 12856206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 8853025 - 8853244
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8853025 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcatctgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 8853124  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8853125 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctaggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 8853224  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  8853225 catcttgggttggtgctctc 8853244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 204; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 22350713 - 22350494
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22350713 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 22350614  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  22350613 gctttaggacaatttttccactcccaatgcatgcagtcaatgctcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgcagtattctttgaaggt 22350514  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  22350513 catcttggtttggtgctctc 22350494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 7 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 2779895 - 2779682
Alignment:
Q  7 aaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccatgcttta 106  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  2779895 aaagacatgccagatccataaatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccttggtaaattgaccttcccatgcttta 2779796  T
Q  107 ggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcatctt 206  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  2779795 ggacaatttttccacttccagtgcatgcagtcaatactcctgatcatccctaggaatccccgcatttcactaacatgtagtattatttgcaggtcatctt 2779696  T
Q  207 ggtttggtgctctc 220  Q
    || || ||||||||    
T  2779695 ggattagtgctctc 2779682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 31207008 - 31206791
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  || | |||||||||||||||    
T  31207008 tccaaaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataattgtggtggttcccttatcccct-tgataaattgaccttcccat 31206910  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  31206909 gctttaggacaatttt-ccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgtgaatccccgcatttcactaacatgtagtattctttgcaggt 31206811  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| ||| |||||||    
T  31206810 catcttggattgttgctctc 31206791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 39433096 - 39432879
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| | ||||| ||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||    
T  39433096 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcaagagatgcaactacttctaaaataattgtggtggt-cccttatccccc-tggtaaattgaccttcccat 39432999  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39432998 gctttaggaaaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactgccgatcatccccgggaacccccacatttcactaacatgtagtattctttgcaggt 39432899  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||| ||||    
T  39432898 catcttgggttggtgttctc 39432879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 5 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 40880839 - 40880619
Alignment:
Q  5 aaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttccc-----a 99  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||     |    
T  40880839 aaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactacttcaagaataactgtggtggttccctcatcccctctggtgaattgaccttcccttccca 40880740  T
Q  100 tgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaagg 199  Q
    |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||  ||    
T  40880739 tgctttaggataatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccatgggaaccctcgcgtttcactaacatgttgtattctatgcggg 40880640  T
Q  200 tcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  40880639 tcatcttgggttggtgctctc 40880619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 216; Significance: 1e-119; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 2477428 - 2477209
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2477428 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 2477329  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2477328 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 2477229  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  2477228 catcttggtttggtgctctc 2477209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 45240108 - 45240327
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45240108 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 45240207  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45240208 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 45240307  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  45240308 catcttggtttggtgctctc 45240327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 216; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 48387207 - 48386988
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48387207 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 48387108  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48387107 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 48387008  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  48387007 catcttggtttggtgctctc 48386988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 212; E-Value: 1e-116
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 31469095 - 31469314
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31469095 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 31469194  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31469195 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 31469294  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  31469295 catcttgggttggtgctctc 31469314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 200; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 1 - 212
Target Start/End: Original strand, 48405298 - 48405509
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48405298 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 48405397  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48405398 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccacgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 48405497  T
Q  201 catcttggtttg 212  Q
    | ||||||||||    
T  48405498 cgtcttggtttg 48405509  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 17784331 - 17784550
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17784331 tccaaaaaagacatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtaaattgaccttcccat 17784430  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||    
T  17784431 gctttaggataatttttccactcctagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcagtaacatgtagtattctttgcatgt 17784530  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  17784531 catcttgggttggtgctctc 17784550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 33165339 - 33165557
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33165339 tccaaaaaaggcatgccaaatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggctcccttatcccc-ctggtgaattgaccttcccat 33165437  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  33165438 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctaggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgcaggt 33165537  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| || ||||||||    
T  33165538 catcttgggttagtgctctc 33165557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Original strand, 51521162 - 51521380
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||||||||    
T  51521162 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagttgcaactgcttcaagaataactgtggtggttctcttattcccc-tggtaaattgaccttcccat 51521260  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  51521261 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgcaggt 51521360  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  51521361 catcttgggttggtgctctc 51521380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 181; E-Value: 6e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 47299601 - 47299381
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccc-tggtgaattgaccttccca 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47299601 tccaaaaaaggcatgccagatccatagattatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatccccccctggtaaattgaccttccca 47299502  T
Q  100 tgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaagg 199  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299501 tgctttaggacaatttttccactcccagtgcatggaatcaatactcccgatcatccctgtgaaaccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaagg 47299402  T
Q  200 tcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  47299401 tcatcttgggttggtgctctc 47299381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 180; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 17680365 - 17680146
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  17680365 tccaaaaaaggcatgttagagccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataattgtggtggttcccttatcccccctagtaaattgaccttcccat 17680266  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17680265 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgtagtcaatactcccgatcatccctgggaaccctcgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 17680166  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  17680165 catcttgggttggtgctctc 17680146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 4 - 220
Target Start/End: Original strand, 8469293 - 8469507
Alignment:
Q  4 aaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccatgct 103  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||| |    
T  8469293 aaaaaaggcatgtcagattcatagatcatgagatgcagctgcttcaagaataactgtggtggttcccctatccccc-tggtaaattgaccttcccatgtt 8469391  T
Q  104 ttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcat 203  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8469392 ttaggacaatttt-ccactcccagtgcatgcagtcaatacttccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcat 8469490  T
Q  204 cttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||| |||||||||||    
T  8469491 cttggattggtgctctc 8469507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 10266061 - 10265986
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcc 76  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10266061 tccaaaaaaggcatgtcagatccatagatcatgagatgcaactactttaagaataactgtggtggttcccttatcc 10265986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1240 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: scaffold1240
Description:

Target: scaffold1240; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 1872 - 1653
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1872 tccaaaaaatgcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggttaattgaccttcccat 1773  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggt 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  1772 gctttaggacaatttttccactcccagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccacatttcattaacatgtagtattctttgcaggt 1673  T
Q  201 catcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  1672 catcttgggttggtgctctc 1653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0100 (Bit Score: 169; Significance: 9e-91; HSPs: 1)
Name: scaffold0100
Description:

Target: scaffold0100; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 9e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 29649 - 29429
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccc-tggtgaattgaccttccca 99  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||||||||    
T  29649 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcataagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttccatcatccccccctggtaaattgaccttccca 29550  T
Q  100 tgctttaggacaatttttccactcgcagtgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaagg 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||    
T  29549 tgctttaggacaatttttccactccaagtgcatgcagttaatactcccgatcatccctgggaacccctgcatttcactaacatgtagtattcttttcagg 29450  T
Q  200 tcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    ||||||||| |||||||||||    
T  29449 tcatcttgggttggtgctctc 29429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 88; Significance: 2e-42; HSPs: 2)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 169630 - 169499
Alignment:
Q  1 tccaaaaaaggcatgccagatccatagatcatgagatgcaactgcttcaagaataactgtggtggttcccttatcccccctggtgaattgaccttcccat 100  Q
    ||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  169630 tccaaaaaatgcatgtcaaatccatagatcatgagatgcaactgtttcaagaataactgtggtgcttcccttatcccccctagtaaattgaccttctcat 169531  T
Q  101 gctttaggacaatttttccactcgcagtgcat 132  Q
    ||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  169530 gctctaggacaattttttcactcccagtgcat 169499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 128 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 168215 - 168123
Alignment:
Q  128 tgcatgcagtcaatactcccgatcatccctgggaacccccgcatttcactaacatgtagtattctttgaaggtcatcttggtttggtgctctc 220  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||    
T  168215 tgcatgcagtgaatactcccgatcatccctatgaacccttgcatttcactaacatgcagtattctttgcaggtcatcttgggttggtgctctc 168123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University