View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1251_low_1 (Length: 587)
Name: NF1251_low_1
Description: NF1251
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1251_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 488; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 488; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 55 - 578
Target Start/End: Original strand, 1078310 - 1078833
Alignment:
| Q |
55 |
tttgtcatatattttattaataggaattatctatgaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcccttgtattgtgatacgaatatgagccaaaaa |
154 |
Q |
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| T |
1078310 |
tttgtcatatattttattaataggaattatctataaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcacttgtattgtgatccgaatatgagccaaaaa |
1078409 |
T |
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| Q |
155 |
tgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagctt |
254 |
Q |
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| T |
1078410 |
tgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagctt |
1078509 |
T |
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| Q |
255 |
ttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacccatcattcaaattattaaatcattgaatcacagacatttttcaataatcacagacacaaatgt |
354 |
Q |
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| T |
1078510 |
ttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacccatcattcaaattattaaatcattgaatcatagacatttttcaataatcacagacataaaggt |
1078609 |
T |
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| Q |
355 |
tattgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaatttaacgcatttgaggggaac |
454 |
Q |
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| T |
1078610 |
tgttgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaatttaacgaatttgaggggaac |
1078709 |
T |
|
| Q |
455 |
atgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttcttgttctgaattggttattgtagatatagacaaaattttattccgtcat |
554 |
Q |
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| T |
1078710 |
atgtggatttgtatttgaccctgaaacatgtgagttgcaattttcttgttcttgttctgaattggttattgtagatatagacaaaattttattccgtcat |
1078809 |
T |
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| Q |
555 |
tgtcattattatgcatagtttcat |
578 |
Q |
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| T |
1078810 |
tgtcattattatgcatagtttcat |
1078833 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8 (Bit Score: 286; Significance: 1e-160; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 286; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 55 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 5707968 - 5707503
Alignment:
| Q |
55 |
tttgtcatatattttattaataggaattatctatgaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcccttgtattgtgatacgaata-tgagccaaaa |
153 |
Q |
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| T |
5707968 |
tttgtcatatattttattaatagaaactacctataaggctgtgatgatagatcaggaaagtagtattccattgtattgtgatacaaaaaatgagcaaaaa |
5707869 |
T |
|
| Q |
154 |
a-tgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagc |
252 |
Q |
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| T |
5707868 |
aatgtgtaatcatatatagggattcttatttatagaccaatatgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagc |
5707769 |
T |
|
| Q |
253 |
ttttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacc---catcattcaaattattaaatcattgaatcacagac----------atttttcaataat |
339 |
Q |
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| T |
5707768 |
ttttaagttgtatttcttctatggaatggttgcatcatccatcatcattcaaattattaaatcattgaatcacaaacagaaatgctaattttccaataat |
5707669 |
T |
|
| Q |
340 |
cacagacacaaatgttattgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaatttaac |
439 |
Q |
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|
| T |
5707668 |
cacagacacaaatgttattgcctagtagaaccacgttgattcatgaaagtgtgttaaactagcacaaaatgtcttcatatctactactatttaatttaac |
5707569 |
T |
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| Q |
440 |
gcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttct |
506 |
Q |
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|
| T |
5707568 |
gcatttgagggg-acatatggatttgtatttgaccatgaaacatgtgagctgcaattttctttttct |
5707503 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 55 - 506
Target Start/End: Original strand, 2887455 - 2887918
Alignment:
| Q |
55 |
tttgtcatatattttattaataggaattatctatgaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcccttgtattgtgatacgaata-tgagccaaaa |
153 |
Q |
| |
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|
| T |
2887455 |
tttgtcatatattttattaatagaaactacctataagattgtgatgatagatcaggaaagtagtattccattgtattgtgatacaaaaaatgagcaaaaa |
2887554 |
T |
|
| Q |
154 |
-atgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagc |
252 |
Q |
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| T |
2887555 |
aatgtgtaatcatatatagggattcttatttatagaccaatatgtaataccatattttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactctctcatgtagc |
2887654 |
T |
|
| Q |
253 |
ttttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacc---catcattcaaattattaaatcattgaatcacagac----------atttttcaataat |
339 |
Q |
| |
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| T |
2887655 |
ttttaagttgtatttcttctatggaatggttgcatcatccatcatcattcaaattattaaatcattgaatcacaaacagaaatgctaattttccaataat |
2887754 |
T |
|
| Q |
340 |
cacagacacaaatgttattgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaatttaac |
439 |
Q |
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| T |
2887755 |
cacag-gacaaatgttattgcctagtagaaccacgttgattcatgaaagtgtgttaaactagcacaaaat-tcttcatatctactactatttaatttaac |
2887852 |
T |
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| Q |
440 |
gcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttct |
506 |
Q |
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| T |
2887853 |
gcatttgagggg-acatatggatttgtatttgaccatgaaacatgtgagctgcaattttctttttct |
2887918 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 250; Significance: 1e-138; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 250; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 55 - 506
Target Start/End: Complemental strand, 16184593 - 16184130
Alignment:
| Q |
55 |
tttgtcatatattttattaataggaattatctatgaggctatgatgatagattaggaaggtagtattcccttgtattgtgatacgaata-tgagccaaaa |
153 |
Q |
| |
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|
| T |
16184593 |
tttgtcatatattttattaatagaaactacctataagattgtgatgatagatcaggaaagtagtattccattgtattgtgatacaaaaaatgagcaaaaa |
16184494 |
T |
|
| Q |
154 |
a-tgtgtaatcatatatagggattcttatttatagacaattgtgtaataccattttttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactttctcatgtagc |
252 |
Q |
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|
| T |
16184493 |
aatgtgtaatcatatatagggattcttatttatagaccaatatgtaataccatattttaacatcgataaaagtgaaagtttatttactctctcatgtagc |
16184394 |
T |
|
| Q |
253 |
ttttatgttgtatttcttctgtggaatggttgcatcacc---catcattcaaattattaaatcattgaatcacagac----------atttttcaataat |
339 |
Q |
| |
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| T |
16184393 |
ttttaagttgtatttcttctatggaatggttgcatcatccatcatcattcaaattattaaatcattgaatcacaaacagaaatgctaattttccaataat |
16184294 |
T |
|
| Q |
340 |
cacagacacaaatgttattgcctagtagaaccaggttgattcatgaaagtgtgttaaacaagcacaaaatgtcttcatctctactactatttaatttaac |
439 |
Q |
| |
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|
| T |
16184293 |
cacag-gacaaatgttattgcctagtagaaccacgttgattcatgaaagtgtgttaaactagcacaaaat-tcttcatatctactactatttaatttaac |
16184196 |
T |
|
| Q |
440 |
gcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttct |
506 |
Q |
| |
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|
| T |
16184195 |
gcatttgagggg-acatatggatttgtatttgaccatgaaacatgtgagctgcaattttctttttct |
16184130 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 6 - 43
Target Start/End: Original strand, 7158309 - 7158346
Alignment:
| Q |
6 |
acacagtgcctccacatggacatcaacaaggtggggca |
43 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
7158309 |
acacagtgcctccacatggacatcaacaaggtggggca |
7158346 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 412 - 578
Target Start/End: Complemental strand, 28068634 - 28068475
Alignment:
| Q |
412 |
cttcatctctactactatttaatttaacgcatttgaggggaacatgtggatttgtatttgaccctaaaacatgtgagttgcaattttcttgttcttgttc |
511 |
Q |
| |
|
|||| ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||| |
|
|
| T |
28068634 |
cttcttctgtactactatt-aatttaaatcatttgaggggaacatgtggatttgtatttaaccctgaaacatgtgagctgcaattt------tcttattc |
28068542 |
T |
|
| Q |
512 |
tgaattggttattgtagatatagacaaaattttattccgtcattgtcattattatgcatagtttcat |
578 |
Q |
| |
|
||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
28068541 |
tgatttggttattatagatatatacaaaattgtattctgtcattgtcattattatgcatagtttcat |
28068475 |
T |
|
Back To:
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