View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12520_high_1 (Length: 677)

Name: NF12520_high_1
Description: NF12520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12520_high_1
NF12520_high_1
[»] chr2 (24 HSPs)
chr2 (13-670)||(5462436-5463093)
chr2 (17-541)||(15111532-15112056)
chr2 (13-676)||(34949917-34950572)
chr2 (13-396)||(18964751-18965132)
chr2 (165-393)||(5936160-5936388)
chr2 (13-172)||(5936891-5937050)
chr2 (484-572)||(5936008-5936096)
chr2 (297-382)||(41962562-41962647)
chr2 (490-571)||(18965226-18965307)
chr2 (221-396)||(16414549-16414724)
chr2 (50-186)||(25630523-25630659)
chr2 (221-369)||(31717104-31717252)
chr2 (617-676)||(43334099-43334155)
chr2 (60-191)||(37126475-37126605)
chr2 (49-115)||(2734623-2734689)
chr2 (12-186)||(33946242-33946415)
chr2 (476-518)||(31715686-31715728)
chr2 (484-525)||(16414812-16414853)
chr2 (476-532)||(45536628-45536684)
chr2 (37-84)||(42014750-42014797)
chr2 (484-530)||(16251972-16252018)
chr2 (338-396)||(16252092-16252150)
chr2 (612-673)||(15111421-15111482)
chr2 (648-676)||(5935897-5935925)
[»] chr5 (19 HSPs)
chr5 (13-670)||(24853968-24854627)
chr5 (215-669)||(1709357-1709799)
chr5 (13-335)||(6431026-6431345)
chr5 (35-267)||(5342537-5342769)
chr5 (13-333)||(41614752-41615072)
chr5 (13-333)||(27949918-27950236)
chr5 (13-206)||(31470690-31470883)
chr5 (301-676)||(31470277-31470655)
chr5 (262-440)||(5337003-5337179)
chr5 (37-186)||(8241592-8241741)
chr5 (37-115)||(10133540-10133618)
chr5 (484-559)||(27950388-27950463)
chr5 (12-115)||(28443673-28443776)
chr5 (98-191)||(27496575-27496668)
chr5 (51-186)||(22416201-22416336)
chr5 (522-559)||(5336921-5336958)
chr5 (464-518)||(5336951-5337011)
chr5 (616-676)||(5336845-5336905)
chr5 (225-273)||(28335971-28336019)
[»] chr7 (19 HSPs)
chr7 (41-677)||(41792594-41793215)
chr7 (17-676)||(38000052-38000710)
chr7 (15-669)||(15030675-15031313)
chr7 (13-488)||(110111-110586)
chr7 (13-572)||(35583225-35583773)
chr7 (12-458)||(29330543-29330988)
chr7 (256-676)||(38255817-38256223)
chr7 (256-676)||(38263392-38263798)
chr7 (70-433)||(7253563-7253924)
chr7 (13-283)||(33851489-33851758)
chr7 (214-427)||(26793414-26793628)
chr7 (463-676)||(45491161-45491377)
chr7 (495-669)||(113586-113761)
chr7 (464-676)||(7253362-7253564)
chr7 (527-676)||(26793669-26793819)
chr7 (520-676)||(29330370-29330528)
chr7 (13-81)||(43747858-43747926)
chr7 (359-427)||(45491085-45491153)
chr7 (445-497)||(26793631-26793683)
[»] chr4 (19 HSPs)
chr4 (13-672)||(38988755-38989412)
chr4 (13-676)||(52917561-52918201)
chr4 (15-499)||(13721921-13722405)
chr4 (13-595)||(45657648-45658231)
chr4 (15-676)||(40691049-40691688)
chr4 (13-427)||(55609990-55610396)
chr4 (297-572)||(40760600-40760875)
chr4 (463-676)||(53512556-53512771)
chr4 (13-243)||(40760876-40761105)
chr4 (294-553)||(4352682-4352942)
chr4 (480-676)||(47984576-47984770)
chr4 (495-669)||(13752583-13752759)
chr4 (215-394)||(53270884-53271062)
chr4 (463-573)||(51889435-51889545)
chr4 (23-113)||(11649115-11649205)
chr4 (484-575)||(53271134-53271225)
chr4 (369-450)||(47984774-47984855)
chr4 (369-427)||(53512490-53512548)
chr4 (13-76)||(53270805-53270868)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (15-676)||(44205774-44206419)
chr3 (13-669)||(41972697-41973340)
chr3 (13-676)||(21448706-21449372)
chr3 (17-676)||(49325377-49326022)
chr3 (23-575)||(47372932-47373469)
chr3 (157-669)||(48064910-48065405)
chr3 (13-423)||(3939750-3940159)
chr3 (13-514)||(8484651-8485137)
chr3 (359-676)||(30389912-30390230)
chr3 (13-518)||(21978094-21978600)
chr3 (13-518)||(22000525-22001031)
chr3 (452-676)||(3939528-3939753)
chr3 (126-518)||(22162708-22163101)
chr3 (215-427)||(16478666-16478878)
chr3 (69-518)||(18877496-18877947)
chr3 (18-163)||(48063646-48063791)
chr3 (13-369)||(9331947-9332288)
chr3 (49-186)||(25213231-25213369)
chr3 (496-575)||(9332404-9332480)
chr3 (49-179)||(51327445-51327574)
chr3 (616-676)||(47372830-47372890)
[»] chr1 (29 HSPs)
chr1 (13-676)||(18277938-18278584)
chr1 (13-676)||(5747915-5748565)
chr1 (15-595)||(10310838-10311406)
chr1 (15-676)||(7198096-7198743)
chr1 (13-529)||(10221454-10221954)
chr1 (15-571)||(39599635-39600176)
chr1 (13-458)||(4852782-4853225)
chr1 (296-676)||(12523785-12524150)
chr1 (13-396)||(17384230-17384614)
chr1 (216-572)||(7562761-7563118)
chr1 (463-669)||(29946397-29946604)
chr1 (16-369)||(50890433-50890784)
chr1 (469-676)||(22333913-22334123)
chr1 (463-657)||(14271399-14271582)
chr1 (17-518)||(30516547-30517045)
chr1 (305-427)||(29946612-29946734)
chr1 (13-146)||(7563139-7563272)
chr1 (520-669)||(30233096-30233242)
chr1 (482-572)||(50890883-50890973)
chr1 (359-427)||(14271323-14271391)
chr1 (37-94)||(15499960-15500017)
chr1 (612-676)||(30516426-30516490)
chr1 (476-575)||(6603748-6603848)
chr1 (464-575)||(17384084-17384195)
chr1 (482-514)||(43253010-43253042)
chr1 (42-186)||(48181098-48181242)
chr1 (55-85)||(11355597-11355627)
chr1 (37-115)||(15248457-15248535)
chr1 (37-94)||(11237453-11237510)
[»] scaffold0168 (1 HSPs)
scaffold0168 (13-572)||(16915-17451)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (296-669)||(34950524-34950898)
chr6 (16-427)||(29436339-29436751)
chr6 (13-427)||(13038333-13038746)
chr6 (449-676)||(480956-481184)
chr6 (17-206)||(34950301-34950490)
chr6 (463-591)||(29436759-29436887)
chr6 (291-420)||(18584253-18584382)
chr6 (463-572)||(13038754-13038863)
chr6 (55-206)||(12303873-12304023)
chr6 (604-676)||(29436919-29436991)
chr6 (57-115)||(20386691-20386749)
chr6 (20-186)||(33554079-33554244)
chr6 (49-186)||(17521170-17521306)
chr6 (374-419)||(480914-480959)
[»] chr8 (11 HSPs)
chr8 (13-419)||(24832167-24832572)
chr8 (463-676)||(15599283-15599499)
chr8 (16-162)||(10296-10442)
chr8 (313-572)||(42190904-42191153)
chr8 (453-587)||(24832574-24832708)
chr8 (23-113)||(41836104-41836194)
chr8 (613-676)||(24834617-24834680)
chr8 (11-115)||(16796063-16796167)
chr8 (37-186)||(12191384-12191532)
chr8 (37-186)||(12435812-12435960)
chr8 (48-84)||(14194172-14194208)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (291-396)||(250764-250869)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 421; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 421; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 5463093 - 5462436
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| |||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5463093 atggacatcgatattccactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttaattcgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 5462994  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    ||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||  ||||| ||||          
T  5462993 atcgtctagaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagtttggtgtttggatcaaagccaaggaattccatgtttttt 5462894  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  5462893 t-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 5462795  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||    
T  5462794 acaaaagaatccaatgctgattaaatccggattctaaaatctgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccagtatcgt 5462695  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||  || | |||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5462694 atgtttccggaatatgaaatacggaatatatgtgtatttcaggttatatatttcagattacaccaaaaacttttggtcggtggtctgcaccacaaagaaa 5462595  T
Q  513 acgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatcccca 611  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||     
T  5462594 acgtttttcaaacattttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttccacacgttttttgaccggcattgatggcttccccacatttttttaatccccc 5462495  T
Q  612 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctctt 670  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5462494 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctctt 5462436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 17 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 15112056 - 15111532
Alignment:
Q  17 acatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcg 116  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15112056 acatcaatattaaactctgaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatctaactcatccttcagcccggagagggtgacatcg 15111957  T
Q  117 tctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgt 216  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| ||||        ||    
T  15111956 tctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactaccgctagcttggtgttcggatcaaagcctgggaattccatgatttttt-gt 15111858  T
Q  217 ctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaa 316  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||| ||||||    
T  15111857 ctaatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatctgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggatacacaa 15111758  T
Q  317 aagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgt 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  15111757 aagaatccaatgctgaataaatccgaattctaaaatctgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccctttgttcaccccagtatcgtatgt 15111658  T
Q  417 ttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgt 516  Q
    ||||||| ||||||||| |||||  ||||||  |   |||| |   ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  15111657 ttccggagtatgaaatccggaatccatgtgttatctagattttgaattccgaattacaccagaagattttggccggtggtctacaccacaaagaaaatgt 15111558  T
Q  517 ttgtcaaacgtttt-ggacggtggtc 541  Q
    || ||||||||||| |||||||||||    
T  15111557 ttctcaaacgttttcggacggtggtc 15111532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 13 - 676
Target Start/End: Original strand, 34949917 - 34950572
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| |||||||||    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||     
T  34949917 atggacatcgatattcaacaacaaccaccctactcgtgtctatgtggttgagttgacgattgatttgatccagctcatccttcagcccggagaaggtgag 34950016  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||  | ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||          
T  34950017 atcgttgcaaatcctaaacagatggggtgatgttccaccgttgtagtagactgtcgctagcttggtgttcggatcaaagccatagaattccatgtttttt 34950116  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
       |||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  34950117 ttttctggtgtagtttacttg-aatgaaaacagggaccccgatttatagacgtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 34950215  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||         | | ||  ||    
T  34950216 acaaaagaatccaatgctgaagcaatctggattctaaaatccgaaccaaccctcacgatacacaaagtcccaagtttccct---------ctagtaccgt 34950306  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    ||  |||||||||||| ||||||||||  ||||||  | ||||||| |  |||  || | ||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  34950307 attattccggaatatgtaatctggaattcatgtgttatccggattacatattctagactgcactagaagattttggccgatggtctgcaccacaaagaaa 34950406  T
Q  513 acgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca--nnnnnnnnaatcccc 610  Q
    ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||    
T  34950407 acgttttccaaatgttttggacggtggtcaagttgaaaaatgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttccccacctttttttttatcccc 34950506  T
Q  611 atcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
     ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||    
T  34950507 ctcccctacaaatatgattcatttcctcaaacattttcacaccttcttcaaactcctcttctcctc 34950572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 396
Target Start/End: Original strand, 18964751 - 18965132
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    |||||||||||||||||||    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||    
T  18964751 atggacatcaatattcaacatcaaccaccctcctcctgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccaactcatccttcatcccggagagggtgac 18964850  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||| | ||| ||||||| || ||||||| |||| ||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||          
T  18964851 atcgtcgcaaatcctaaacagattgggtggttttcccccgttgtagtagactgcagctatcttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgattttt 18964950  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
       | || ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| ||| ||||| |||||||||        |||  ||||||||||||  ||    
T  18964951 a-ttatggtgtag-ttacttgtaatgaaaacagggatccctatttatagagttatctgggcgttgtggaccacataaactgtcagtgcaatgtgggcaac 18965048  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 396  Q
    ||||||||| |||||||||||    ||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||| |||||||| ||||||    
T  18965049 acaaaagaacccaatgctgaagctttccagattataaaatccgaaccaaccctcaccctacaaaaagtgtcaagttttcctttg 18965132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 165 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 5936388 - 5936160
Alignment:
Q  165 gccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagagg 264  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||         |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5936388 gccgctagcttggtgtttggatcaaagccaatgaattccatgatttttttttctggtgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagagg 5936289  T
Q  265 tatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccc 364  Q
    ||| ||||| || ||||||       |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5936288 tatatgggcgttatggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtaggacacacaaaagaatccaatgctaaagcaatccggattctaaaatccgaaccaaccc 5936189  T
Q  365 tcaccatactcaaagtctcaagtttccct 393  Q
    |||| |||| |||||||  ||||||||||    
T  5936188 tcacaatacacaaagtccgaagtttccct 5936160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 13 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 5937050 - 5936891
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||| ||  | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  5937050 atggacatcgatattcaacaccgaccaacctcctcgtgcttctgtggttgagttgacgattgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 5936951  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctag 172  Q
    |||||   |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  5936950 atcgttgtgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactaccgctag 5936891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 484 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 5936096 - 5936008
Alignment:
Q  484 tttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtttttt 572  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5936096 tttgaccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtttttt 5936008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 297 - 382
Target Start/End: Original strand, 41962562 - 41962647
Alignment:
Q  297 gtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtct 382  Q
    |||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  41962562 gtgcaatgtggtccatacaaaagaatccaatgctgaataaatccagattctaaaatccgaaccaactttcaccatactcaaagtct 41962647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 490 - 571
Target Start/End: Original strand, 18965226 - 18965307
Alignment:
Q  490 cggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttt 571  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||    
T  18965226 cggtggtctgcaccacatagaacacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagtcaaaaaacgtgtttttagacgttttt 18965307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 221 - 396
Target Start/End: Original strand, 16414549 - 16414724
Alignment:
Q  221 tgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaaga 320  Q
    ||||||||||||| |||||||| | ||  |||||||||||||| ||| | ||| |||||||||       |||| ||||||||||||  |||||| ||||    
T  16414549 tgtagtttacttgaaatgaaaatagggctccctatttatagagttatctaggcgttgtggaccacataaattgtcggtgcaatgtggatcacacataaga 16414648  T
Q  321 atccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 396  Q
    ||| |||| ||||    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||| ||||||| ||||||    
T  16414649 atctaatgttgaagctttccgtattataaaatccgaaccaaccctcaccctacaaaaagtcccaagttttcctttg 16414724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 50 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 25630659 - 25630523
Alignment:
Q  50 gtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcca 149  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  | |||| | || |||||||||||||||  | ||||| ||| ||| |||||||| | ||||     
T  25630659 gtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagccgacccttcaacctggagagggtgacatcagcgcgaatcctagacaaatggggtgatattcct 25630560  T
Q  150 ccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
    || |||||| | | ||| |||||||||||||||||||    
T  25630559 ccattgtagcaaactgcagctagcttggtgttcggat 25630523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 221 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 31717252 - 31717104
Alignment:
Q  221 tgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaaga 320  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||| ||| | |||||||||        ||| ||||||||||||  |||||||||||    
T  31717252 tgtagtttacttgtaatgaaaatagggatccctatttatagagttatatggacgttgtggaccacataaactgtcggtgcaatgtggatcacacaaaaga 31717153  T
Q  321 atccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 369  Q
    |||||||| ||||    || ||| | || ||||||||||||||||||||    
T  31717152 atccaatgatgaagctttctggaatatacaatccgaaccaaccctcacc 31717104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 617 - 676
Target Start/End: Original strand, 43334099 - 43334155
Alignment:
Q  617 tataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||    
T  43334099 tataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacac---cttctttctcctcttctcctc 43334155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 60 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 37126605 - 37126475
Alignment:
Q  60 ttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagt 159  Q
    ||||||||||| ||||||||||| | || | |||| | ||||||||||||||||||    ||||| || |||| |||||||||| |||| ||||||||||    
T  37126605 ttgagttgacgattgatttgatctatctgacccttcaacccggagagggtgacatcagtacgaatcctgaacagatggggtggttttcc-ccgttgtagt 37126507  T
Q  160 agattgccgctagcttggtgttcggattaaag 191  Q
    | ||| | || |||||||||||||||| ||||    
T  37126506 aaatttcagcaagcttggtgttcggatcaaag 37126475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 115
Target Start/End: Original strand, 2734623 - 2734689
Alignment:
Q  49 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 115  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | |||| | || |||||||||||||||    
T  2734623 tgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctgacccttcaacctggagagggtgacatc 2734689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 186
Target Start/End: Original strand, 33946242 - 33946415
Alignment:
Q  12 gatggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtga 111  Q
    |||||||||| ||| ||||| |   |||||||||   ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||| |  | |||||||||||    
T  33946242 gatggacatcgatactcaacactatccaccctccgtgtgtctttgtagttgaattggcggttgatttgatccagctgacccttcaatctggagagggtga 33946341  T
Q  112 catcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
    ||||    | ||| || ||||||||||||||| | || | |||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  33946342 catcaatgccaatcctgaacatatggggtggt-tccccctgttgcagtaaattgcagctagcttgatgttcggat 33946415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 476 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 31715728 - 31715686
Alignment:
Q  476 cagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgttt 518  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  31715728 cagaagcttttggccggtggtctgcaccacatagaaaacgttt 31715686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 484 - 525
Target Start/End: Original strand, 16414812 - 16414853
Alignment:
Q  484 tttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaac 525  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  16414812 tttggccggtggtctgcaccataaagaaaacgtttttcaaac 16414853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 476 - 532
Target Start/End: Original strand, 45536628 - 45536684
Alignment:
Q  476 cagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttgg 532  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||    
T  45536628 cagaatcttttggctggtggtctgcaccacacagaacacgtttgtcaattgttttgg 45536684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 84
Target Start/End: Complemental strand, 42014797 - 42014750
Alignment:
Q  37 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcca 84  Q
    ||||||||||  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  42014797 ccaccctccttgtgtctctgtgggtgagttgacggttgatttgatcca 42014750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 484 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 16252018 - 16251972
Alignment:
Q  484 tttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgtttt 530  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||| ||||    
T  16252018 tttggccggtggtctgtaccacaaagaaaacatttttcaaacatttt 16251972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 338 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 16252150 - 16252092
Alignment:
Q  338 tccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 396  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||| ||||||    
T  16252150 tccgtattataaaatccgaaccaaccctcaccctacaaaaagtctcatgttttcctttg 16252092  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 612 - 673
Target Start/End: Complemental strand, 15111482 - 15111421
Alignment:
Q  612 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctc 673  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| |  ||  |||||| |||||||||||||||||||    
T  15111482 tcccttataaatatgtttcatttcctcacaatttctcacaccctcttctttctcctcttctc 15111421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 648 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 5935925 - 5935897
Alignment:
Q  648 cacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5935925 cacaccttcttctttctcctcttctcctc 5935897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 420; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 420; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 670
Target Start/End: Complemental strand, 24854627 - 24853968
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  24854627 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgac 24854528  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||          
T  24854527 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgtttttt 24854428  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggaca 311  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||    
T  24854427 t-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggaca 24854329  T
Q  312 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |    
T  24854328 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccagcatcg 24854229  T
Q  412 tatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaa 511  Q
    |||||||| | |||||  | || |||||||||||||||| |||||||||| |||| || |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24854228 tatgtttcggtaatatatattccggaatatatgtgtattccggattatacattccagagtacaccagaagcttttggccggtgttctgcaccacaaagaa 24854129  T
Q  512 aacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca--nnnnnnnnaatccc 609  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||          |||| |    
T  24854128 aacgtttttcaaacgttttgggcggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccgacattgatggcttctccacgttttttttaatctc 24854029  T
Q  610 catcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctctt 670  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24854028 cctcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacactttcttctttctcctctt 24853968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 215 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 1709799 - 1709357
Alignment:
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||| |||||| || |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  1709799 gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacaaagacccctatttatagagatatgtgagcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 1709700  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgta 413  Q
    |||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||    
T  1709699 caaaagaatcaaatgctgaataaattcagattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgta 1709600  T
Q  414 tgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 513  Q
    ||||||||||              ||||||||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1709599 tgtttccgga--------------atatatgtgtattccggattatacattccagattacaccagaagcttttggtcggtggtctgcaccacaaagaaaa 1709514  T
Q  514 cgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacg-ttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatcccca 611  Q
    ||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||   ||||||| ||| ||||         |||||||     
T  1709513 cgtttttcaaacgttttggacgacggttaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttttaccataattgatgactttcccacatttttttaatccccc 1709414  T
Q  612 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 669  Q
    | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1709413 t-ccctataaatatggttcatttcctctaacatttgaacaccttcttctttctcctct 1709357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 182; E-Value: 5e-98
Query Start/End: Original strand, 13 - 335
Target Start/End: Complemental strand, 6431345 - 6431026
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  6431345 atggacatcgatattcaacttcgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 6431246  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||          
T  6431245 atcgtctcgaatcctaaatagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccatgtttttt 6431146  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||       |||| |||||||||||||  ||    
T  6431145 t-gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacagggacccctatttattgaggtatgtgggcgttatggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtggg--ac 6431049  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaata 335  Q
    |||||| ||||||||||||||||    
T  6431048 acaaaaaaatccaatgctgaata 6431026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 35 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 5342769 - 5342537
Alignment:
Q  35 gaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacata 134  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  5342769 gaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacagttgatttgatccagttcatccttcaacccggagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacaga 5342670  T
Q  135 tggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgt 234  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||       | |||||||||||||| ||||    
T  5342669 gggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgtttttttcttctgatgtagtttaattgt 5342570  T
Q  235 aatgaaaacatggacccctatttatagaggtat 267  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  5342569 aatgaaaacagggacccctatttatagaggtat 5342537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 4e-77
Query Start/End: Original strand, 13 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 41615072 - 41614752
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  41615072 atggacatcgatattcaacaccgaccaccctccttgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcatcccggagagggtgac 41614973  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||   |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||| ||||          
T  41614972 atcgttgtgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtattcggatcaaggccagggaattccatgattttt 41614873  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
        ||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||| ||| | |||||||||        ||| |||| |||||||| |||    
T  41614872 tttcctggtgtagtttaattgtaatgaaaacagggatccctttttatagaggtatctggccgttgtggaccataaaaactgtcggtgaaatgtgggtcac 41614773  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaa 333  Q
    ||||||||||||||| |||||    
T  41614772 acaaaagaatccaatactgaa 41614752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 120; E-Value: 5e-61
Query Start/End: Original strand, 13 - 333
Target Start/End: Original strand, 27949918 - 27950236
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||| | |||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||| ||||||||    
T  27949918 atggacatcgatattcaacaccgaccgccatcctcgtgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctgatccttcagcacggaaagggtgac 27950017  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||  ||||| ||||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||||| |||||| || |||||||||| ||||  || ||||| ||||          
T  27950018 atcgttgcgaatcctaaacagatggggtggttttccctcgttgtagtagattgtcgctagtttcgtgttcggatcaaagttagagaattccatgattttt 27950117  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
       |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||       |||| |||||| |||||  |||    
T  27950118 t--tctggtgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtagaccacataaattgtcggtgcattgtggatcac 27950215  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaa 333  Q
    |||||||||||  ||||||||    
T  27950216 acaaaagaatcttatgctgaa 27950236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 102; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 31470883 - 31470690
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    |||||||||  |||||| | | ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||| |||||||||||||    
T  31470883 atggacatcggtattcatcaccgaccaccctcctcgtgtctttgcggttgagttgacggttgatttgatccacatcatccttcagctcggagagggtgac 31470784  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 206  Q
    |||||  ||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||    
T  31470783 atcgttgcgaatcctaaacagttggggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgatagcttggggttcagatcaaagccagtgaattccatg 31470690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 301 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 31470655 - 31470277
Alignment:
Q  301 aatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgct-c 399  Q
    |||||||||||  ||||||||||||||  | ||  |||||  ||| ||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||  |||| |||||||| | |    
T  31470655 aatgtgggacatgcaaaagaatccaattgttaagcaatccaaattttaaaatctgaaccaaccatcaccatacacaaagtccaaagtatccctttggttc 31470556  T
Q  400 accccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctg 499  Q
    |  |||  || |||| ||||| ||||||  |||  | ||||||||| |||| | |||||||  ||||||| | ||| |||| |||| || ||||||||||    
T  31470555 aagccatgatcgtatttttccagaatatataattcgaaatatatgtctattcctgattatatattccggagtgcactagaagctttgggtcggtggtctg 31470456  T
Q  500 caccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnn 598  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||| ||||||||        
T  31470455 caccacaaagaaaacatttttcaaactttttcgacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacatgttttttgaccggatttaatgccttccccacctt 31470356  T
Q  599 nnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcc-tcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
          |||||| ||||||||||||| | ||||||||| | ||| |    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  31470355 cttttcatccccctcccctataaataggcttcatttccttaaaaaaaaatcacaccttcttctttctcctcttctcctc 31470277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 262 - 440
Target Start/End: Complemental strand, 5337179 - 5337003
Alignment:
Q  262 aggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaa 361  Q
    |||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5337179 aggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca--aaagaatccaatgatgaataaatccggattctaaaatccgaaccaa 5337082  T
Q  362 ccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaata 440  Q
    |||||||||||||||||||| |||| ||| | |   |||||||| ||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5337081 ccctcaccatactcaaagtcccaaggttctcgtaattcaccccagtatcgtatgttttcggaatatgaaatccggaata 5337003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 37 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 8241741 - 8241592
Alignment:
Q  37 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc-gtctcgaattctaaacatat 135  Q
    ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||| | || | ||||||||||||| || | |||| |||||||| |    
T  8241741 ccaccatcctcgtgtctctgtgattgagttgacggttgatttgatccagatgatccttcaacctgtagagggtgacatcagtgt-gaatcctaaacatgt 8241643  T
Q  136 ggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
    |||||||| || | | ||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||    
T  8241642 ggggtggtttttccctgttgtagtaaaatgcagctaacttggtgttcggat 8241592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 37 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 10133618 - 10133540
Alignment:
Q  37 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 115  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| | || ||||| |||||||||    
T  10133618 ccaccctccgcgtgtctttgtggttgagttggcggttgatttgatccagctgatccttcaacctggagatggtgacatc 10133540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 484 - 559
Target Start/End: Original strand, 27950388 - 27950463
Alignment:
Q  484 tttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgttt 559  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||  |||||| |||||    
T  27950388 tttggacggtggtctgcaccacatagaaaacgtttttcaaacgtcttgggcggtggtcaggtccaaaaacatgttt 27950463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 12 - 115
Target Start/End: Original strand, 28443673 - 28443776
Alignment:
Q  12 gatggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtga 111  Q
    |||||||||| ||| |||||   | ||||||||| | ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| | ||| |||| |||||    
T  28443673 gatggacatcgatactcaacatcgtccaccctccgcgtgtctctgtggttgagttggtggttgatttgatccagctgatccttcaacccagagaaggtga 28443772  T
Q  112 catc 115  Q
    ||||    
T  28443773 catc 28443776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 98 - 191
Target Start/End: Original strand, 27496575 - 27496668
Alignment:
Q  98 cccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaag 191  Q
    |||| ||||||||||||| |   ||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| || ||||| |||||||||| |||||||| ||||    
T  27496575 cccgaagagggtgacatcattgtgaattctgaacatatggggtggtttccccccgttgtaataaattgcagctagcttggcgttcggatcaaag 27496668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 51 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 22416336 - 22416201
Alignment:
Q  51 tctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccac 150  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||| || ||| |||| | |||| |||| ||||||||   | ||||  | |||| |||  ||||| |||| |    
T  22416336 tctttgtggttgaattgatggttgatttgatctagttcacccttcaacccgaagagcgtgacatcagtttgaatcatgaacagatgaagtggttttcccc 22416237  T
Q  151 cgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  22416236 tattgtagtaaattgcagctagcttggtgttcggat 22416201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 522 - 559
Target Start/End: Complemental strand, 5336958 - 5336921
Alignment:
Q  522 aaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgttt 559  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5336958 aaacgttttgggcggtggtcaagttgaaaaacgtgttt 5336921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 464 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 5337011 - 5336951
Alignment:
Q  464 tccggattacaccagaaacttttggccggt------ggtctgcaccacaaagaaaacgttt 518  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||    
T  5337011 tccggaatacaccagaaacttttggccggtggtcgtggtctgcaccacaaagaaaacgttt 5336951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 616 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 5336905 - 5336845
Alignment:
Q  616 ctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||| | ||||||| |||||| ||   ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  5336905 ctataaataggcttcattttctcaaaaatagtcacaccttcttctttctcctcttatcctc 5336845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 225 - 273
Target Start/End: Original strand, 28335971 - 28336019
Alignment:
Q  225 gtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggc 273  Q
    ||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||    
T  28335971 gtttactggttatgaaaacagggacacctatttatagaggtatctgggc 28336019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 677
Target Start/End: Original strand, 41792594 - 41793215
Alignment:
Q  41 cctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggt 140  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  41792594 cctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatctagctcatccttcagcccgaagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacatatggggt 41792693  T
Q  141 ggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaa 240  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||    
T  41792694 ggtgttccatcgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggatcaaagc-agggaatttcatgttttttt-gtctgatgtagtttacttgtaatgaa 41792791  T
Q  241 aacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatcc 340  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41792792 aacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccacaaaaattattggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatct 41792891  T
Q  341 ggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaata 440  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  41792892 ggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccctttgttcaccccaatattgtatgttttcggaatatgaaatccggaata 41792991  T
Q  441 tatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggt 540  Q
    |||||||||||              |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  41792992 tatgtgtattt--------------cggattacaccagaaatttttggtcggtggtctgcaccacaaaaaaaacgtttttcaaacgtgttggacggtggt 41793077  T
Q  541 caagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctca 639  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41793078 caagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttccccatgtttttttaatcctcctcccctataaatatggttcattttctca 41793177  T
Q  640 aacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctcc 677  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41793178 aacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctcc 41793215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 676
Target Start/End: Original strand, 38000052 - 38000710
Alignment:
Q  17 acatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcg 116  Q
    ||||| |||||||||||  |||||||| ||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38000052 acatcgatattcaactccaaccaccctgctcgtgtctttgtgttcgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgacatcg 38000151  T
Q  117 tctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgt 216  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||         ||    
T  38000152 tctcgaatcctaaacaaatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccatattttttt-gt 38000250  T
Q  217 ctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaa 316  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| | || ||||||       |||  |||||||||||||||||||||    
T  38000251 ctgatgtagtttactagtaatgaaaacaggtacccctatttatagaggtatgtggacgttatggaccacaaaaattgccggtgcaatgtgggacacacaa 38000350  T
Q  317 aagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||||||    
T  38000351 aagaatccaatgctgaataaatccagattctaaaatccaaaccaaccctcaccacactcaaagtcccaagtttccctttgttcaccccagtatcgtatgt 38000450  T
Q  417 ttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgt 516  Q
    |||||| |||||||||| |||| |||||||||||  ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38000451 ttccgggatatgaaatccggaacatatgtgtattctggattatatattccggattacaccggaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgt 38000550  T
Q  517 ttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccc-annnnnnnnaatccccatccc 615  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||          ||||||| |||     
T  38000551 ttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaatgtgtttctacactttttttgaccggcattgatggcttccccgcatttttttaatcccc-tcca 38000649  T
Q  616 ctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38000650 ctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaacttcttctttctcctcttctcctc 38000710  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 15031313 - 15030675
Alignment:
Q  15 ggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacat 114  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  15031313 ggacatcgatattcaactctgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacagttgatttgattcagctcatccttcatctcggagagggtgacat 15031214  T
Q  115 cgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnnc 214  Q
    |||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||            
T  15031213 cgtctcgaatcctaaacagatgggttggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagccagggaattccatgttttttt- 15031115  T
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  15031114 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 15031015  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgta 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||    
T  15031014 caaaagaatccaatgctgaataaatccgaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcata 15030915  T
Q  414 tgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 513  Q
    ||||||  ||||||  | |  ||||||||| |||||| |||||||                 ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15030914 tgtttctagaatatatatttcggaatatatttgtattccggatta-----------------cagaagcttttggccggtggtctgcactacaaagaaaa 15030832  T
Q  514 cgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccat 612  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||         ||||||| |    
T  15030831 cgtttttcaaatgttttggacggtggttaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggaattgatggcttccccacatttttttaatccccct 15030732  T
Q  613 cccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 669  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15030731 ccgctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 15030675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 302; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 13 - 488
Target Start/End: Original strand, 110111 - 110586
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  110111 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 110210  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||           
T  110211 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtaatagaccgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatttttttt 110310  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      ||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  110311 ttgtctgatctagtttacttataatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 110410  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||| ||    
T  110411 acaaaagaatccaatgctgaataaatccagattctaaaatccgaaccaaccctctccatactcaaagtcccaagtttccctttgttcacctcagtatcgt 110510  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttgg 488  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| | |||||||  ||| ||||||||||||||||||||||    
T  110511 atgtttccggaatatgaaatccggaatatatatgtattccagattatatattcaggattacaccagaaacttttgg 110586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 13 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 35583773 - 35583225
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||    
T  35583773 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcttgtctttgtggttgagttgacagttgatttgatccaactcatccttcagtccggagagggtgac 35583674  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||          
T  35583673 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgtttttt 35583574  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      ||||||||||||||| || |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||       |||| |||||||| ||||||||    
T  35583573 ttgtctgatgtagtttaattataatgaaatcagggacccctatttatagaggtatgtgggtgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatatgggacac 35583474  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    | |||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||| | ||||||    
T  35583473 aaaaaaaaatccaatgctgaataaattcttattctaaaatcctaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttcccgttgttcaccctagtattgt 35583374  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    ||||||  ||||||||||||| |||||| |  |||||| | |||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  35583373 atgtttttggaatatgaaatccggaatacacatgtattccagattatatattccggattacaccagaaaattttggcgggtggtctgtaccacaaagaaa 35583274  T
Q  513 acgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtttttt 572  Q
    ||           ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35583273 ac-----------gttttgggcggtggtcaagttgaaaaacgtgtttttacacgtttttt 35583225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 12 - 458
Target Start/End: Complemental strand, 29330988 - 29330543
Alignment:
Q  12 gatggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtga 111  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||     
T  29330988 gatggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtgattgagttgatggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgg 29330889  T
Q  112 catcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnn 211  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||         
T  29330888 catcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgctgtagtagactgctgctagcttggtgttcggatcaaagctagagaattccatgttttt 29330789  T
Q  212 nncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggaca 311  Q
       ||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || |||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  29330788 tt-gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacaggaacccctatttatagaggtatgtgagcgttgtggaccacaaaaattgttggtgcaatgtgggaca 29330690  T
Q  312 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattg 411  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||| |    
T  29330689 cacaaaagaatcaaatgctgaataaatccagattctaaaatccgaacgaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccctttgttcactccagtatcg 29330590  T
Q  412 tatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggatta 458  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  29330589 tatgtttccggaatatgaaatccggaatatatgtgtatttcagatta 29330543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 256 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 38256223 - 38255817
Alignment:
Q  256 ttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 355  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38256223 ttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacgcacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccg 38256124  T
Q  356 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcgga 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||           
T  38256123 aaccaaccctcaccatactcaaagtttcaattttccctttgttcaccccagtatcgtatgtttccggaatatgaaatccggaatatatgtgta------- 38256031  T
Q  456 ttatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgt 555  Q
           |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38256030 -------ttccggattacaccagaagcttttggtcggtggtctgcaccgcaaagaaaatgtttttcaaacgttttggatggtggtcaagttgaaaaacgt 38255938  T
Q  556 gtttctacac-gttttttgaccggcattgatggcttccccannnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacct 654  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||        |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38255937 gtttctacactttttttttaccggcattgatggcttccccacgttttttaatctcc-tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacct 38255839  T
Q  655 tcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  38255838 tcttctttctcctcttctcctc 38255817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 256 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 38263798 - 38263392
Alignment:
Q  256 ttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 355  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38263798 ttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacgcacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccg 38263699  T
Q  356 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcgga 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||           
T  38263698 aaccaaccctcaccatactcaaagtttcaattttccctttgttcaccccagtatcgtatgtttccggaatatgaaatccggaatatatgtgta------- 38263606  T
Q  456 ttatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgt 555  Q
           |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  38263605 -------ttccggattacaccagaagcttttggtcggtggtctgcaccgcaaagaaaatgtttttcaaacgttttggatggtggtcaagttgaaaaacgt 38263513  T
Q  556 gtttctacac-gttttttgaccggcattgatggcttccccannnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacct 654  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||||||        |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38263512 gtttctacactttttttttaccggcattgatggcttccccacgttttttaatctcc-tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacct 38263414  T
Q  655 tcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  38263413 tcttctttctcctcttctcctc 38263392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 70 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 7253924 - 7253563
Alignment:
Q  70 ggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgc 169  Q
    |||| |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  7253924 ggttaatttgatccaactcatccttcagcccgaagagggtgacatcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgc 7253825  T
Q  170 tagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgt 269  Q
    |||||||||||||| || |||||||| ||||| ||          |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  7253824 tagcttggtgttcgaatcaaagccagggaattcca--gtatttttgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgt 7253727  T
Q  270 gggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 369  Q
    |||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7253726 gggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcaaatgctgattaaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 7253627  T
Q  370 atactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatc 433  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||  ||||||||||||    
T  7253626 atactcaaagtcccaagtttccctttgttcaccccagtatcgtatgtttctagaatatgaaatc 7253563  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 166; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 13 - 283
Target Start/End: Original strand, 33851489 - 33851758
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  33851489 atggatatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgac 33851588  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||||| | ||| ||||          
T  33851589 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttaggatcaaggccagggtattccatgtttttt 33851688  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc 283  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  33851689 t-gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggtgttgtggacc 33851758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 146; E-Value: 1e-76
Query Start/End: Original strand, 214 - 427
Target Start/End: Original strand, 26793414 - 26793628
Alignment:
Q  214 cgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||||||    
T  26793414 cgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtgtgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 26793513  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||    
T  26793514 acaaaagaatccaatgctaaataaatctggattctaaaatccgaaccaaccctcacgatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgt 26793613  T
Q  413 atgtttccggaatat 427  Q
    |||||||||||||||    
T  26793614 atgtttccggaatat 26793628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 463 - 676
Target Start/End: Original strand, 45491161 - 45491377
Alignment:
Q  463 ttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 562  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  45491161 ttccagattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccataaagaaaacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaatgtgtttcta 45491260  T
Q  563 cacg-ttttttgaccggcattgatggcttcccca--nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttc 659  Q
    |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||          || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45491261 cacgtttttttgaccgacattgatatcttccccacgtttttttaaacccccctcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttc 45491360  T
Q  660 tttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||||||||||||||    
T  45491361 tttctcctcttctcctc 45491377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 495 - 669
Target Start/End: Original strand, 113586 - 113761
Alignment:
Q  495 gtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccc 594  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||    
T  113586 gtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgtgttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgatcagcattgttggcttcccc 113685  T
Q  595 a--nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 669  Q
    |          ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  113686 acgttttttttaatcccc-tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 113761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 464 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 7253564 - 7253362
Alignment:
Q  464 tccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctac 563  Q
    |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |||||||||           | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7253564 tccggattacaccagaaacttttacctggtggtctgcaccacaaataaaacgttt-----------tagacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctac 7253476  T
Q  564 acgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttcttt 662  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||         |||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7253475 acattttttgaccggcattgatggcttccccacgtttttttaatctccctcagctataaatatggttcatttcctcaaacatttgtacaccttcttcttt 7253376  T
Q  663 ctcctcttctcctc 676  Q
    |||||||| |||||    
T  7253375 ctcctcttatcctc 7253362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 527 - 676
Target Start/End: Original strand, 26793669 - 26793819
Alignment:
Q  527 ttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcccctataaatat 625  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||         ||||||| ||| ||||||||||    
T  26793669 ttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacatgttttttgatcggaattgatggcttccccacgtttttgtaatccccctccgctataaatat 26793768  T
Q  626 ggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26793769 ggttcatttccttaaacatttgcacaacttcttctttctcctcttctcctc 26793819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 520 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 29330528 - 29330370
Alignment:
Q  520 tcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca--nnnnnnnnaatccccatcccct 617  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||          ||||||| ||||||    
T  29330528 tcaaacattttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttatttgaccggcattgatggcttccccacgttttttttaatccccctcccct 29330429  T
Q  618 ataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||| |||||||||||| | ||   |||||| ||||||||||||||||||||||    
T  29330428 ataaatatgcttcatttcctcacaaatactcacaccctcttctttctcctcttctcctc 29330370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 13 - 81
Target Start/End: Complemental strand, 43747926 - 43747858
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgat 81  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43747926 atggacatcgatattcaaccccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgat 43747858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 359 - 427
Target Start/End: Original strand, 45491085 - 45491153
Alignment:
Q  359 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatat 427  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| || || |||||||||||||||||    
T  45491085 caaccctcaccatactcaaattctcaagtttccctttcttcaccctaacatcgtatgtttccggaatat 45491153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 445 - 497
Target Start/End: Original strand, 26793631 - 26793683
Alignment:
Q  445 tgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtc 497  Q
    |||||| || ||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  26793631 tgtattccgaattatacatttcggattacaccagaagcttttggacggtggtc 26793683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 384; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 384; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 672
Target Start/End: Complemental strand, 38989412 - 38988755
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  38989412 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggttac 38989313  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    ||||||   ||| ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||          
T  38989312 atcgtcgttaatcctagatagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgtttttt 38989213  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      ||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||| ||||||||||||    
T  38989212 t-gtctgatgtagtttacttgcaatgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgaaatgtgggacac 38989114  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  38989113 acaaatgaatcgaatgctgaataagtccaaattttaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtttcaagtttccctttgctcaccccagtatcgt 38989014  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    ||||||| |||||||||||||  ||||||||||  ||| |||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  38989013 atgtttctggaatatgaaatccagaatatatgt--attccggattatatattctggattacacaagaaacttttggccggtggtttgcaccacaatgaaa 38988916  T
Q  513 acgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatcccca 611  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         |||||||     
T  38988915 acgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccagcattgatggcttccccacgtttttttaatccccc 38988816  T
Q  612 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttct 672  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  38988815 tcccctataaatatggttcatttcctcgaacatttgcacaccttcttctttctcatcttct 38988755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 13 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 52918201 - 52917561
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  52918201 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 52918102  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    ||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||          
T  52918101 atcctctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgtcgctatcttggtgttcgaatcaaagccagggaattccatgtttttt 52918002  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||         |||||||||       |||| |||||||||| ||||||    
T  52918001 t-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacaaggacccc-atttatagaggt--------gttgtggaccacaaaagttgtcggtgcaatgtaggacac 52917912  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| | |||| | ||| ||    
T  52917911 acaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatgctcaaagtcctaagtttccctttgtttaccctagtatcgt 52917812  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    ||||||||              ||||||||||||||||   |||||||  ||  ||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  52917811 atgtttcc--------------ggaatatatgtgtattctagattatatattatggattaacccagaaacttttggtcggtggtctgcaccacaaagaaa 52917726  T
Q  513 acgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatcccca 611  Q
    |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||         ||||||      
T  52917725 acgtttttcaaacgctttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccgacattgatggctttcacacgtttttttaatcccac 52917626  T
Q  612 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  52917625 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctattctcctc 52917561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 15 - 499
Target Start/End: Original strand, 13721921 - 13722405
Alignment:
Q  15 ggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacat 114  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||    
T  13721921 ggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagcttatccttcagctcggagagggtgacat 13722020  T
Q  115 cgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnnc 214  Q
    | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||            
T  13722021 catctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgctgctagtttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgttttttt- 13722119  T
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||||||||||||||||||    
T  13722120 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgttggtgcaatgtgggacaca 13722219  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgta 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||    
T  13722220 caaaagaatccaatgctgaataaatctggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgta 13722319  T
Q  414 tgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctg 499  Q
    |||||| |||||||  | || | |||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  13722320 tgtttctggaatatatattccgcaatatatgtgtattccggattatacattccggattacaccagaagcttttggcgggtggtctg 13722405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 295; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 13 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 45658231 - 45657648
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||    
T  45658231 atggacatcgatattcaactccgaccaccctctatgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagccaggagagggtgac 45658132  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatgggg-tggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnn 211  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||         
T  45658131 atcgtctcgaatcctaaacagatgggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttttt 45658032  T
Q  212 nncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggaca 311  Q
       |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||| ||||  ||||||| |       |||| ||||||||||||||||    
T  45658031 tt-gtctgatgtagtttacttgtaatgaacacagggaccactatttatagaggtatctgggtgttgtggatcacaaaaattgtcggtgcaatgtgggaca 45657933  T
Q  312 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgct-caccccaatatt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||  ||     
T  45657932 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaattcgaaccaatcctcaccatacacaaagtctcaagtttccctttggttcacgccatgatc 45657833  T
Q  411 gtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaaga 510  Q
     ||| |||| |||||||| |||  |||||||||||||| | ||||||  |  ||||||| | || |||||   ||||| |||||||||||||||||||||    
T  45657832 ttatttttctggaatatgtaattcggaatatatgtgtaatccggattgcatattccggactgcatcagaagaatttggtcggtggtctgcaccacaaaga 45657733  T
Q  511 aaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca 595  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| ||||||||    
T  45657732 aaacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttaaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggatttaatgccttcccca 45657648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 292; E-Value: 1e-163
Query Start/End: Original strand, 15 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 40691688 - 40691049
Alignment:
Q  15 ggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacat 114  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||  ||||||||||||||    
T  40691688 ggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgattcagctcatccttcagcttggagagggtgacat 40691589  T
Q  115 cgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnnc 214  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||  ||||| ||||            
T  40691588 cgtctcgaatcctaaacagatggggtgatgttacaccgttgtagtagattgtcgctagcttggtgttcggatcaaagccaaggaattccatgtttttttt 40691489  T
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  40691488 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagagacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 40691389  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctca-ccccaatattgt 412  Q
     |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| || ||    
T  40691388 aaaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacaatactcaaagtctcaagtttccctttgttcacccccaacatcgt 40691289  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    ||||||| |||||||  | |  | ||||||||||||              ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||      
T  40691288 atgtttctggaatatatattacgaaatatatgtgta--------------ttctggattacaccagaagattttggccggtggtctgcaccacaaaga-- 40691205  T
Q  513 acgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca--nnnnnnnnaatcccc 610  Q
             |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |  ||||||||||||||||          |||||||    
T  40691204 ---------aaacgttttggacgttggtcaagttgaaaaacgtgtttctatatgttttttgactgaaattgatggcttccccacgttttttttaatcccc 40691114  T
Q  611 atcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
     ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  40691113 -tccgctataaacatggttcatttcctcaaacatttgaataccttcttctttctcctcttctcctc 40691049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 13 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 55610396 - 55609990
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||       |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  55610396 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttga-------tttgattcagctcatcctttaacccggagagggtgac 55610304  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||          
T  55610303 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagacagggaattccatgtttttt 55610204  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  55610203 t-gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 55610105  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||    
T  55610104 acaaaagaatccaatgttgaataaagtcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgt 55610005  T
Q  413 atgtttccggaatat 427  Q
    |||||||||||||||    
T  55610004 atgtttccggaatat 55609990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 297 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 40760875 - 40760600
Alignment:
Q  297 gtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 396  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| || |||| |||||||||    
T  40760875 gtgcaatgtggaacacacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatctgaaccaaccttcaccatactcaaattcccaagattccctttg 40760776  T
Q  397 ctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggt 496  Q
     ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  40760775 ttcacctcagtatcgtatgtttccggaatatgaaatctagaatatatgtgtattccggattatatattccggattacaccagaagcttttggccggtggt 40760676  T
Q  497 ctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtttttt 572  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  40760675 ctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgttttgggcagtggtcaaattgaaaaacgtgtttttacacgtttttt 40760600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 463 - 676
Target Start/End: Original strand, 53512556 - 53512771
Alignment:
Q  463 ttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgt-caaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttct 561  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53512556 ttccggattacaccagaaacttttggtcagtggtctgcaccacaaagaaaacgttttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttct 53512655  T
Q  562 acacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttct 660  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||         || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  53512656 acacgttttttgaccggcattgatggcttccccacgtttttttaacccccctcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacattcttct 53512755  T
Q  661 ttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||||||||||    
T  53512756 ttctcctcttctcctc 53512771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 40761105 - 40760876
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||| ||||| | | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||    
T  40761105 atggacatcgatattgaactccgtcaaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccaaatcatccttcagcccggagagggtgac 40761006  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||          
T  40761005 attgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgttgttt 40760906  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaac 243  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||    
T  40760905 t-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaac 40760876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 294 - 553
Target Start/End: Original strand, 4352682 - 4352942
Alignment:
Q  294 ttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccct 393  Q
    |||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||| || |||| ||| |||||||    
T  4352682 ttggtgcaatgtgggacatataaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccaacaccgtacacacagtcccaattttccct 4352781  T
Q  394 ttgct-caccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccgg 492  Q
    ||| | ||| |||  || |||| |||| | ||||| |||||  ||||||||||||||| | |||||||  |||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  4352782 ttggttcacgccatgatcgtatttttctgaaatataaaatcctgaatatatgtgtattccagattatatattccggattacaccagaagcttttggtcgg 4352881  T
Q  493 tggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaac 553  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  4352882 tggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgttttgggcagtggtcaagttgaaaaac 4352942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 480 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 47984770 - 47984576
Alignment:
Q  480 aacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggc 579  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||    
T  47984770 aacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctataggttttttgatcggc 47984671  T
Q  580 attgatggcttccccannnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||||||||||        |  |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  47984670 attgatggcttccccacatttttaa--ccccctcccctataaatatggttaatttcctcaaacatctgcacacattcttctttctcctcttctcctc 47984576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 495 - 669
Target Start/End: Original strand, 13752583 - 13752759
Alignment:
Q  495 gtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccc 594  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  13752583 gtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttggaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggaattgatggcttcccc 13752682  T
Q  595 a--nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 669  Q
    |          ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13752683 acgttttttttaatccccctccgctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 13752759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 215 - 394
Target Start/End: Original strand, 53270884 - 53271062
Alignment:
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacac 314  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||| | |||||||||       |||| || ||||||||||||||||    
T  53270884 gtctggtgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagagttatctggtcattgtggaccacaaaaattgtcgg-gcaatgtgggacacac 53270982  T
Q  315 aaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctt 394  Q
    |||||||||||||| ||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||    
T  53270983 aaaagaatccaatgttgaataattctggattttaaaatccgaaccaaccctcatcatacacaaagtcccaagtttccctt 53271062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 463 - 573
Target Start/End: Original strand, 51889435 - 51889545
Alignment:
Q  463 ttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 562  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  51889435 ttccggattacactagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacattttgtgcggtggtcaagttgaaaaacgtgttttta 51889534  T
Q  563 cacgttttttg 573  Q
     || |||||||    
T  51889535 aactttttttg 51889545  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 23 - 113
Target Start/End: Original strand, 11649115 - 11649205
Alignment:
Q  23 atattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgaca 113  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  11649115 atattcaacaccgaccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagcccgaagagggtgaca 11649205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 484 - 575
Target Start/End: Original strand, 53271134 - 53271225
Alignment:
Q  484 tttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgac 575  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||||||  ||| ||||| |||||||||    
T  53271134 tttggctggtggtctgcatcacaaagaaaacgattttcaaccgttttgggcggtggtcaagttgaaaaacgcatttttacacattttttgac 53271225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 369 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 47984855 - 47984774
Alignment:
Q  369 catactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatt 450  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||  | || ||||||||||||||||    
T  47984855 catactcaaattctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgtatgtttccggaatatatattccggaatatatgtgtatt 47984774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 369 - 427
Target Start/End: Original strand, 53512490 - 53512548
Alignment:
Q  369 catactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatat 427  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  53512490 catactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgtatgtttccggaatat 53512548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 13 - 76
Target Start/End: Original strand, 53270805 - 53270868
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgat 76  Q
    ||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||| ||||| |||| |||||||||||||||||    
T  53270805 atggacatcgatattcaacttcgaccaccttcctcgtgtctctgtgattgagttgacggttgat 53270868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 373; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 373; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 44206419 - 44205774
Alignment:
Q  15 ggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacat 114  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  44206419 ggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggtttagttgattgttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacat 44206320  T
Q  115 cgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnnc 214  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||||| ||||            
T  44206319 cgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttctgatcaaagccagggaattccatgttttttt- 44206221  T
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  44206220 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 44206121  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgta 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||    
T  44206120 caaaagaatccaatgctgaataaatccgaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgta 44206021  T
Q  414 tgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 513  Q
    ||||| |||||||                  | |||| |||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  44206020 tgttttcggaata------------------tatattccggattatatattccagattacaccagaaacttttggccggtggtatgcactacaaagaaaa 44205939  T
Q  514 cgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttccc--cannnnnnnnaatcccca 611  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |         |  ||||     
T  44205938 cgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttccccgcgtttttttaaccccccc 44205839  T
Q  612 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44205838 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 44205774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 367; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 41973340 - 41972697
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||    
T  41973340 atggacatcgatattcaactccaaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcaacccggagagggcgac 41973241  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    ||||||||||||  |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||          
T  41973240 atcgtctcgaatcttaaacagatgagatggtgttccaccgttgtagtagactgcagttagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgtttttt 41973141  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  41973140 t-gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacagggacccttatttatagaggtatgtgggcgatgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 41973042  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| ||| ||    
T  41973041 acaaaagattccaatgctgaataaatctggattctaaactccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccatttgttcaccccagtatcgt 41972942  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||              |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  41972941 atgtttccggcatatgaaatccggaatatatgtgta--------------ttccggattacaccagaaacttttggtcggtggtatgcaccacaaagaaa 41972856  T
Q  513 acgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca--nnnnnnnnaatcccc 610  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||          |||||||    
T  41972855 acatttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgatcggcattgatggcttccccacgttttttttaatcccc 41972756  T
Q  611 atcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 669  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41972755 ctcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacattcttctttctcctct 41972697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 21449372 - 21448706
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||    
T  21449372 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgtcggttgatttgatccatctcatccttcagctcagagagggtgac 21449273  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||||| | ||          
T  21449272 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgt-ccaccgttgtagtagactgccgctaacttggtgttcagatcaaagccagggaattccttgtttttt 21449174  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagag--gtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtggga 309  Q
      |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||    
T  21449173 t-gtctgatgtagtttgcttgtaatgaaaatagggacccctatttatagagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtggga 21449075  T
Q  310 cacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatat 409  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||    
T  21449074 cacacaaaagaatccaatgctgaataaatctggattcttaaatccgaaccaaccttcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccatcat 21448975  T
Q  410 tgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaag 509  Q
     |||||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||    
T  21448974 cgtatgtttccggaatatatattcgagaatatatgtgtattccgaattatacattccggattacaccagaagcttttgtccggtggtctgtaccacaaag 21448875  T
Q  510 aaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacg-ttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatc 607  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||         ||||    
T  21448874 aaaacgtttttcaaaagttttggacgatggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtttttttgaccggaattgatggtttccccacatttttttaatc 21448775  T
Q  608 cccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  21448774 cccctcccatataaatatggttcatttcctcaaacatttacacaccttcttctttctcctattctcctc 21448706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 17 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 49326022 - 49325377
Alignment:
Q  17 acatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcg 116  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  49326022 acatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttaagctcggagagggtgacatcg 49325923  T
Q  117 tctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgt 216  Q
    ||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |        ||    
T  49325922 tcttgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaatttcacgctttttt-gt 49325824  T
Q  217 ctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacaca 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||        |||| ||||| ||||||||||||||    
T  49325823 ctgatgtagtttacttgtaatgaaaacaaggaccccaatttatagaggtatgtgggcgttgtagaccacaaaaaattgtcggtgc-atgtgggacacaca 49325725  T
Q  316 aaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatg 415  Q
    ||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||  ||||    
T  49325724 aaataatccaatgttgaataaatacggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatgatatg 49325625  T
Q  416 tttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacg 515  Q
    ||| || |||||  | |||| ||||||||||||              |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49325624 ttttcgaaatatatattctgaaatatatgtgta--------------ttccggattacaccagaagcttttggtcggtggtctgcaccacaaagaaaacg 49325539  T
Q  516 tttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcc 614  Q
    ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  | |||||||| ||||  |         ||||||| |||    
T  49325538 tttttcaaacgtttttgacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttttacac-ttttttgacttgaattgatggtttcctgatgtttttttaatccccctcc 49325440  T
Q  615 cctataaatatggttcatttcctcaaaca-tttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
     |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  49325439 gctataaatatggttcatttcctcaaatattttgcacaccttcttttttctcctcttctcctc 49325377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 23 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 47373469 - 47372932
Alignment:
Q  23 atattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcga 122  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  47373469 atattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcaacccggagagggtgacatcgtctcga 47373370  T
Q  123 attctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatg 222  Q
    || ||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||| ||| |||||  |||        ||||||||    
T  47373369 atcctaaacagat-gggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcagatcaaagacagggaattctatgttttttt-gtctgatg 47373272  T
Q  223 tagtttacttgtaatgaaaacatgga-cccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaa 321  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||       || |  |||||||||||||||||||||||||    
T  47373271 tagtttaattgtaatgaaaacagggaccccctatttatagaggtatgtgggcattgtggaccacaaaaattatcagtgcaatgtgggacacacaaaagaa 47373172  T
Q  322 tccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccg 421  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||| ||||||||||     
T  47373171 tccaatgctgaataaatccggattctaaaatccaaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttcccgttgttcaccccagtatcgtatgtttcc- 47373073  T
Q  422 gaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtc 521  Q
                 |||||| |  |||||| |||||||||  || | |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  47373072 -------------ggaatacacatgtattccggattatatatttcagattacactagaaacttttggccagtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttc 47372986  T
Q  522 aaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgac 575  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  47372985 aaacgttttgggcggtggtcaagttgaaaaacgtgtttttacacgtattttgac 47372932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 157 - 669
Target Start/End: Original strand, 48064910 - 48065405
Alignment:
Q  157 agtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatt 256  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||        |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  48064910 agtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgttttttt-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggccccctatt 48065008  T
Q  257 tatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccg 355  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  48065009 tatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgagacacacaaaagaatccaatgctgaataaatctggattctaaaatcca 48065108  T
Q  356 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcgga 455  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||| || |||||||||||||||||                   |||| ||||    
T  48065109 aaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttggttcgccccaacatcgtatgtttccggaatata------------------tattccgga 48065190  T
Q  456 ttatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgt 555  Q
    |||||| || ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  48065191 ttatacatttcggattacaccagaagcttttggctggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaagcgt 48065290  T
Q  556 gtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacct 654  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||         ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48065291 gtttctacacgttttttgaccggaattgatggcttccccacgtttttttaatccccctccgctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacct 48065390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 3940159 - 3939750
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    |||||| || ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||     
T  3940159 atggacgtcgatattcaactctgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgtgttgacggttgatttgatccagctcatccttcagtccggagagggtgat 3940060  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||          
T  3940059 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctaacttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgtttttt 3939960  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      |||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||       || | ||||||||||| |||||    
T  3939959 t-gtctgatgtaatttaattgtaatgaaaacagggacccatatttatagagatatgtgggcgttgtggaccacaaaaattatcggtgcaatgtgagacac 3939861  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||| ||| ||    
T  3939860 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccaaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttcccgttgttcaccccagtatcgt 3939761  T
Q  413 atgtttccgga 423  Q
    |||||||||||    
T  3939760 atgtttccgga 3939750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 13 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 8485137 - 8484651
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||  |||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||  |||||||| ||    
T  8485137 atggacatttatattcaagtccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgacttgatccagctcatccttcagcctagagagggtaac 8485038  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||          
T  8485037 atcgtctcgaatcctaaacagattggttg-tgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccaggggattccatgtgtttt 8484939  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  8484938 aggtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatatgggcgttgtggaccataaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 8484839  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||  | ||| ||    
T  8484838 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccaaacaaaccctcaccatactcaaagtcctaagtttccctttgttcaccatagtatcgt 8484739  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    || |||||||||||  | ||| | |||||||| |||              ||||||||||||| | || |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8484738 atttttccggaatacaacatccgaaatatatgcgta--------------ttccggattacactaaaagcttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 8484653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 359 - 676
Target Start/End: Original strand, 30389912 - 30390230
Alignment:
Q  359 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggatta 458  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| || |||||||||||||||||  | || |||||||||||||||| |||||||    
T  30389912 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccatttgttcatcccaacatcgtatgtttccggaatatatattccggaatatatgtgtattccggatta 30390011  T
Q  459 tacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtt 558  Q
    ||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||    
T  30390012 tatattctggattacaccataaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaatgttttggacgatgatcaagttgaaaaacgtgtt 30390111  T
Q  559 tctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccc-annnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttct 657  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||          || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30390112 tctacacgttttttgaccggtattgatggcttcccctcattattttaagccccctcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttct 30390211  T
Q  658 tctttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||||||||||||||||    
T  30390212 tctttctcctcttctcctc 30390230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 13 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 21978600 - 21978094
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  21978600 atggacatcgatattcaacaccgaccaccctcctcgtgtctctgcggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagtcgggagagggtgac 21978501  T
Q  113 atcgtctcga-attctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagcc-agtgaatttcatgnnnn 210  Q
    |||||  | | |||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| | ||||        
T  21978500 atcgttgcaatattctaaacagatagggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgattt 21978401  T
Q  211 nnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggac 310  Q
         |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||      
T  21978400 tttt-tctggtgtactttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggct 21978302  T
Q  311 acacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgct-caccccaatat 409  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| | ||||||| |||    
T  21978301 acacagaagaatctaatgctaaagcaatccaaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccttttggtccaccccattat 21978202  T
Q  410 tgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaag 509  Q
     |||| ||||| ||||| | |||| |||||  ||||||| |  ||||||||  ||  ||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  21978201 cgtatttttccagaatacgtaatccggaatccatgtgtaatctggattatatattttggactgcacca-aaagttttggccagtggtctgcaccacaaag 21978103  T
Q  510 aaaacgttt 518  Q
    |||||||||    
T  21978102 aaaacgttt 21978094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 191; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 13 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 22001031 - 22000525
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  22001031 atggacatcgatattcaacaccgaccaccctcctcgtgtctctgcggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagtcgggagagggtgac 22000932  T
Q  113 atcgtctcga-attctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagcc-agtgaatttcatgnnnn 210  Q
    |||||  | | |||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| | ||||        
T  22000931 atcgttgcaatattctaaacagatagggtggtgttccaccgttgtagaagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgattt 22000832  T
Q  211 nnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggac 310  Q
         |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| |||||||||||||      
T  22000831 tttt-tctggtgtactttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggct 22000733  T
Q  311 acacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgct-caccccaatat 409  Q
    ||||| ||||||| |||||| ||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| | ||||||| |||    
T  22000732 acacagaagaatctaatgctaaagcaatccaaattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccttttggtccaccccattat 22000633  T
Q  410 tgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaag 509  Q
     |||| ||||| ||||| | |||| |||||  ||||||| |  ||||||||  ||  ||| | ||||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  22000632 cgtatttttccagaatacgtaatccggaatccatgtgtaatctggattatatattttggactgcacca-aaagttttggccagtggtctgcaccacaaag 22000534  T
Q  510 aaaacgttt 518  Q
    |||||||||    
T  22000533 aaaacgttt 22000525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 158; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 452 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 3939753 - 3939528
Alignment:
Q  452 cggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaa 551  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  3939753 cggattatatattccgaattacaccagaaacttttggtcggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgttttagacggtggtcaagttgaaaa 3939654  T
Q  552 acgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcac 650  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3939653 atgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttccccacatttttttactccccctcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcac 3939554  T
Q  651 accttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  3939553 accttcttctttctcctcttctcctc 3939528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 126 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 22163101 - 22162708
Alignment:
Q  126 ctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagcc-agtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgta 224  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| || ||| | ||||         |||  ||||    
T  22163101 ctaaacagatggggtggtgttccaccattgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaaatccatgatttttttttctcgtgta 22163002  T
Q  225 gtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatcc 324  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||       |||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  22163001 ctttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatttgggcgttgtggaccacaaaaattgtgggtgcaatgtgggccacacagaagaatcc 22162902  T
Q  325 aatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgct-caccccaatattgtatgtttccgga 423  Q
    |||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||| | ||||||| ||| |||| ||||||||    
T  22162901 aatgctgaagcaatccagattctaaaatctgaaccaaccctcaccatacacaaagtcccaagtttccttttggtccaccccattatcgtatttttccgga 22162802  T
Q  424 atatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgttt 518  Q
    ||| | |||| |||||  ||||||| ||| |||||||  |||| || | ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22162801 atacgtaatccggaatccatgtgtaattcagattatatattccagactgcacta-aaagttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgttt 22162708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 215 - 427
Target Start/End: Original strand, 16478666 - 16478878
Alignment:
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacac 314  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||||    
T  16478666 gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacacac 16478765  T
Q  315 aaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtat 414  Q
    |||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||    
T  16478766 aaaagaatccaatgttgaataaagtcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgtat 16478865  T
Q  415 gtttccggaatat 427  Q
    |||||||||||||    
T  16478866 gtttccggaatat 16478878  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 123; E-Value: 8e-63
Query Start/End: Original strand, 69 - 518
Target Start/End: Original strand, 18877496 - 18877947
Alignment:
Q  69 cggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccg 168  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||  | ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  18877496 cggttgatttgatccagctcatcctttagccgggagaggatgatatcgttgcaaatcctaaacagatggggtgatgttccaccgttgtagtagactgccg 18877595  T
Q  169 ctagcttggtgttcggattaaag-ccagtgaatttcatgnnnnnnncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtat 267  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| |||||  |||         |||  |||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||    
T  18877596 ctagcttggtgttcggatcaaagcccagggaattcgatgatttttttttctagtgtactttacttgtaatgaaaatagggacccctatttatagaggcat 18877695  T
Q  268 gtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctca 367  Q
     ||||| ||||||| |       |||| ||||||||||||| ||  || |||||||||||| ||||   || | |||||||||||||||| |||||||||    
T  18877696 ttgggcgttgtggagcacaaaaattgtcggtgcaatgtgggccatccagaagaatccaatgttgaagccattcagattctaaaatccgaaacaaccctca 18877795  T
Q  368 ccatactcaaagtctcaagtttccctttgct-caccccaatattgtatgtttccggaatatg-aaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttc 465  Q
     ||||| ||||| | ||||||||| |||| | ||||||| ||| |||| ||||||||||| | |||||  ||||  ||||||| | |||||||||  |||    
T  18877796 tcatacacaaagacccaagtttccttttggtccaccccattatcgtatttttccggaatacgtaaatccagaatccatgtgtaatccggattatatattc 18877895  T
Q  466 cggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgttt 518  Q
       |   ||||| ||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18877896 tatacagcacca-aaagttttgggcggtggtatgcaccacaaagaaaacgttt 18877947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 163
Target Start/End: Original strand, 48063646 - 48063791
Alignment:
Q  18 catcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgt 117  Q
    |||| ||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  48063646 catcgatattcaactccgatcaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatcgt 48063745  T
Q  118 ctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagat 163  Q
    ||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  48063746 ctcgaatcctaaacagatgggatggtgttccaccgttgtagtagat 48063791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 13 - 369
Target Start/End: Original strand, 9331947 - 9332288
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||||    
T  9331947 atggacatcgatattcaacaccgaccaccctcctcgtgtctctgtagttgagttgacggttgatttgatccagctggtccttcagcccggagagggtgac 9332046  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||  ||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||| ||| ||||                
T  9332047 atcgttgcgaatcctaaacaaatggggtggttctccaccgttgtagtagacttccgctagcttggtgttcgaatcaaagtcagggaat------------ 9332134  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
       |||| |||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||  ||| || || || ||||||       |||| |||||| ||||   |||    
T  9332135 ---tctggtgtagtttacttgtaatgaaaatagggatccctatttacagatttatctgcgcgttatggaccacataaattgtcggtgcattgtgaatcac 9332231  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 369  Q
    |||||||||||||||||||||    |||||||| || |||  |||||||||||||||    
T  9332232 acaaaagaatccaatgctgaaactttccggattatagaatatgaaccaaccctcacc 9332288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 49 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 25213369 - 25213231
Alignment:
Q  49 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 148  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||  |||| | |||| ||||||||||||||||||||    ||||| || ||||||||||||||| | ||    
T  25213369 tgtctatgtggttgagttggtggttgatttgatttagctgacccttcagcccggagagggtgacatccgtgcgaatcctgaacatatggggtggtttccc 25213270  T
Q  149 ac-cgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
     | ||||| | || | ||| |||||||||||||||||||    
T  25213269 ccacgttgaattaaactgcagctagcttggtgttcggat 25213231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 496 - 575
Target Start/End: Original strand, 9332404 - 9332480
Alignment:
Q  496 tctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgac 575  Q
    ||||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||  |||||||   || |||||||||||||||    
T  9332404 tctgcaccacatagaaaacgtgtttcaaacgttttggacggtcgtcaagtcaaaaaacg---ttttacacgttttttgac 9332480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 49 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 51327574 - 51327445
Alignment:
Q  49 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 148  Q
    ||||| ||| ||||||||   |||||||||||| ||||| |  ||| | |||||||||||||||||| |  | ||| || |||||||||| |||| ||||    
T  51327574 tgtctctgtagttgagtttgaggttgatttgattcagctgactcttcaacccggagagggtgacatcattgcaaatcctgaacatatgggatggttttcc 51327475  T
Q  149 accgttgtagtagattgccgctagcttggtg 179  Q
     ||||||||||| |  || ||||||||||||    
T  51327474 -ccgttgtagtaaaccgcagctagcttggtg 51327445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 616 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 47372890 - 47372830
Alignment:
Q  616 ctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||| ||   ||||||||||| ||||||||||| |||||    
T  47372890 ctataaatagggttcattttctcaaaaatagtcacaccttcttatttctcctcttatcctc 47372830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 29)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 676
Target Start/End: Original strand, 18277938 - 18278584
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| | | |||||||||||||    
T  18277938 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcaaaataatccttcaacacggagagggtgac 18278037  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    || ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||           
T  18278038 atagtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctatcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatttttttt 18278137  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnn-ttgttggtgcaatgtgggaca 311  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| |||||||||||||| |    
T  18278138 tggtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggata 18278237  T
Q  312 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| || |    
T  18278238 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttttcctttgttcaccccaacatcg 18278337  T
Q  412 tatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaa 511  Q
    ||||||||||||||||                   |||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18278338 tatgtttccggaatata------------------tattgcggattatacattccggattacaccagaagcttttggccggtggtctgcaccacaaagaa 18278419  T
Q  512 aacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttccccannnnnnnnaatcccca 611  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||        ||| |||     
T  18278420 aacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttttacacgttttttgaccggaattgatggcttccccacgttttttaattcccc 18278519  T
Q  612 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||    
T  18278520 tcccctgtaaatatggttcatttcctcaaagatttgcacaccttcttctttctccatttctcctc 18278584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 5748565 - 5747915
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || ||||||||||    
T  5748565 atggacatcaatattcaactctaaccaccctcctcgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctcctccttcagctcgaagagggtgac 5748466  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||| |||  |||| ||||          
T  5748465 atcgtctcgaatcctaaacagatgcggtggtgttccaccgttgtagtagactgccactagcttggtgttcggatcaaagtcaggtaattccatgtttttt 5748366  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggaca 311  Q
     | ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||||||||||||||||||||    
T  5748365 tc-tctgatgtagtttacttgtaatgaaaatagggacccctatttatagaggtatgtgggcattgtggaccacaaaaaattgttggtgcaatgtgggaca 5748267  T
Q  312 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| || |    
T  5748266 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaattcgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcacctcaacatcg 5748167  T
Q  412 tatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaa 511  Q
    |||||||| |||||||  | |  ||||||||||||||              |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5748166 tatgtttctggaatatatacttcggaatatatgtgta--------------ttccggattacaccagaagcttttggccggtggtctgcaccacaaagaa 5748081  T
Q  512 aacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatcccc 610  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||         || ||||    
T  5748080 aacgtttttcaaatgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacattttttgaccggaattgatggctttcccacgtttttttaaccccc 5747981  T
Q  611 atcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5747980 ctcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacacctttttctttctcctcttctcctc 5747915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 10311406 - 10310838
Alignment:
Q  15 ggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacat 114  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  10311406 ggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacat 10311307  T
Q  115 cgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnnc 214  Q
    | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||            
T  10311306 catctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccacagttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagctagggaattccatgtttttttt 10311207  T
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
    |||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  10311206 gtctaatatagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 10311107  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgta 413  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||    
T  10311106 caaaagaatacaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgta 10311007  T
Q  414 tgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 513  Q
    |||||||              ||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10311006 tgtttcc--------------ggaatatatgtatattctggattatacattccggattacaccagaagtttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 10310921  T
Q  514 cgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacg-ttttttgaccggcattgatggcttcccca 595  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| || || ||||||||||||||||    
T  10310920 cgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaatgtgtttctacacgttttttttactggaattgatggcttcccca 10310838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 7198743 - 7198096
Alignment:
Q  15 ggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacat 114  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||| ||||| ||| |||||| ||||||||    
T  7198743 ggacatcgatattcaactctgaccaccctcctcgtgtctttgtagttgagttgacggttgatttgatccctctcgtccttcagctcggagatggtgacat 7198644  T
Q  115 cgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnnc 214  Q
    |||||| ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||       |    
T  7198643 cgtctccaatcctaaacagatggggtagtgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccag-gaattccatg-ttttttc 7198546  T
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||        || | ||||||||||||||||||    
T  7198545 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctaattatagaggtatgtaggcgttgttgaccacaaaaaattatcggtgcaatgtgggacaca 7198446  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgta 413  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| || |||    
T  7198445 caaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaacactcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcgccccaacatcgta 7198346  T
Q  414 tgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 513  Q
    ||||| || |||||  | || ||||||||| ||||              |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7198345 tgttttcgaaatatatattccggaatatatatgta--------------ttcctgattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 7198260  T
Q  514 cgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccat 612  Q
    ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||         ||||||| |    
T  7198259 cgtttttcaaacgttttggaccttggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacattttttgaccggaattgatggctttctcacgtttttttaatccccct 7198160  T
Q  613 cccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  7198159 ccgctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcaaaccttcttctttctcctcttctcctc 7198096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 13 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 10221954 - 10221454
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  10221954 atggacatcgatattcaaccccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 10221855  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||          
T  10221854 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccacaattgtaatagacagccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaatttcatgtttttt 10221755  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||       |||| |||||||||||||||||    
T  10221754 t-gtctgatgtagtttaattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtgaaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgggacac 10221656  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    | ||||||||| ||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||  ||| ||    
T  10221655 a-aaaagaatcaaatactgaataaattcggattctaaaattcgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcactcctgtatcgt 10221557  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 512  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||||||| ||||              ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10221556 atgttttcggaatatgaaatccggaatatatttgta--------------ttccggattacaccaaaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaa 10221471  T
Q  513 acgtttgtcaaacgttt 529  Q
    |||||| ||||||||||    
T  10221470 acgtttttcaaacgttt 10221454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 15 - 571
Target Start/End: Original strand, 39599635 - 39600176
Alignment:
Q  15 ggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacat 114  Q
    ||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  39599635 ggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacat 39599734  T
Q  115 cgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnnc 214  Q
     ||||| ||| ||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  || |||||||| ||||| ||||            
T  39599735 tgtctcaaatcctaaacaaacggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcatatcaaagccagggaattccatgttttttt- 39599833  T
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  39599834 gttcgatgtagtttacttgtaatgaaaacagtgacccatatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 39599933  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgta 413  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| || ||| |||| | | |||    
T  39599934 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagttccaagtttccctctgttca-cccagtgtcgta 39600032  T
Q  414 tgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 513  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||              |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39600033 tgtttccggaatatgaaatctggaatatatgcgta--------------ttccggattacaccagaagcttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaa 39600118  T
Q  514 cgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttt 571  Q
    ||||| |||||   |||||  |||||||||||||||||||   ||| |||||||||||    
T  39600119 cgtttttcaaaacgtttgggtggtggtcaagttgaaaaacacatttttacacgttttt 39600176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 13 - 458
Target Start/End: Original strand, 4852782 - 4853225
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| |||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  4852782 atggacatcgatattcaactctaaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgac 4852881  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||          
T  4852882 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttctagtagactgccgctagcttggtgttcgggtcaaagccagggaattccatgtttttt 4852981  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||       |||| ||||||||||| |||||    
T  4852982 t-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagagatatgtgggcgttgtggaccacaaaaattgtcggtgcaatgtgtgacac 4853080  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | | |||||||| ||    
T  4853081 acaaaagaattcaatgctgaataaatccggattctgaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccctttgttta-cccaatatcgt 4853179  T
Q  413 atgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggatta 458  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  4853180 atgtttccggaatatgaaatccggaatatatgtgtattccggatta 4853225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 228; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 296 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 12524150 - 12523785
Alignment:
Q  296 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttt 395  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12524150 ggtgcaatgtgggaaacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttt 12524051  T
Q  396 gctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtgg 495  Q
    | ||||||||| || |||||||| ||||||||              ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12524050 gttcaccccaacatcgtatgttttcggaatat--------------atgtgtatttcagattatacattccggattacaccagaagcttttggccggtgg 12523965  T
Q  496 tctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca 595  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12523964 tctgcaccacaaagaaaacatttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggaattgatggcttcccca 12523865  T
Q  596 -nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
             ||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||    
T  12523864 cgtttttttaatccctctccgctataaatatggttcattttctcaaacatttgcacactttcttc--tctcctcttctcctc 12523785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 13 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 17384614 - 17384230
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  17384614 atggagatcgatattcaacaccgaccaccctcctcgtgtctctgtggttgatttgacgattgatttgatccagctcacccttcagccctgagagggtgac 17384515  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||  | ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| | || |||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||          
T  17384514 atcgttgcaaatcctaaacagatggggtggtgtttcaccgttgtagtagactcccactagcttggtgttcgggtcaaagccagggaattccatgattttt 17384415  T
Q  213 ncgt-ctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggaca 311  Q
       | ||| | || ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  || |||| |       |||| |||| |||||||||||    
T  17384414 ttttcctggtataatttacgtgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggtgttatggatcataaaaattgtcggtggaatgtgggaca 17384315  T
Q  312 cacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttg 396  Q
    || |||||||||||||| ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||||||||    
T  17384314 cataaaagaatccaatgttgaagcaatccagattctaaaatccgaaccaaccctcaccatacacaaagttcaaagtttccctttg 17384230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 216 - 572
Target Start/End: Complemental strand, 7563118 - 7562761
Alignment:
Q  216 tctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacaca 315  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||        |||| ||||||||||||| ||||||    
T  7563118 tctggtgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatctgggcgttgtggactgctaaaattgtcggtgcaatgtgggccacaca 7563019  T
Q  316 aaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgct-caccccaatattgtat 414  Q
    ||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||| | |    ||  || ||||    
T  7563018 aaagaattcaatgttgaagcaatccggattctaaaatccgaaccaacactcaccatacacaaagtcttaagtttccctttggtccttgtcatgatcgtat 7562919  T
Q  415 gtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaac 514  Q
     ||||| |||||| ||||||||||| |||||| | | || ||||||  ||| ||| |||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7562918 ttttccagaatataaaatctggaatctatgtggaatccgaattatatattctggactacatcag-aagttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaac 7562820  T
Q  515 gtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttga-aaaacgtgtttctacacgtttttt 572  Q
    ||||  ||||| |||||| |||||||||  || | ||||| ||||| ||||||||||||    
T  7562819 gttttgcaaacattttgggcggtggtcagctttataaaacttgtttttacacgtttttt 7562761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 463 - 669
Target Start/End: Complemental strand, 29946604 - 29946397
Alignment:
Q  463 ttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 562  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946604 ttccggattacaccagaagtttttggccggtggtctacaccacaaagaaaacgtttttcaaatgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 29946505  T
Q  563 cacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctt 661  Q
    |||||||||||||||  |||||||| |||||||         ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29946504 cacgttttttgaccgaaattgatggattccccatgtttttttaatccccctccgctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctt 29946405  T
Q  662 tctcctct 669  Q
    ||||||||    
T  29946404 tctcctct 29946397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 16 - 369
Target Start/End: Original strand, 50890433 - 50890784
Alignment:
Q  16 gacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 115  Q
    |||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||    
T  50890433 gacatcgatattcaacacagaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagatcatccttcagcccagtgagggtgacatc 50890532  T
Q  116 gtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncg 215  Q
    ||  ||||| |||||||||||||||||| |||| || || ||||| | ||| ||||||||||||||||||| |||| ||| ||||| ||||             
T  50890533 gttgcgaatcctaaacatatggggtggttttcccccattttagtatactgctgctagcttggtgttcggatcaaagtcagggaattccatgatttttt-- 50890630  T
Q  216 tctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacaca 315  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||        ||| ||||||||||||  ||||||    
T  50890631 tctggtgtagtttacttgtaatgaaaacagtgacccctatttatagagttatttgggcgttgtggaccacttaaactgtcggtgcaatgtggatcacaca 50890730  T
Q  316 aaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcacc 369  Q
    ||||||||||||| ||||    | |||| | || ||||||||||||||||||||    
T  50890731 aaagaatccaatgttgaaggtgttcggaatatacaatccgaaccaaccctcacc 50890784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 116; E-Value: 1e-58
Query Start/End: Original strand, 469 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 22334123 - 22333913
Alignment:
Q  469 attacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtt 568  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22334123 attacaccagaagcttttggccgatggtctgcaccacaaagaaaacgtttttataacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtt 22334024  T
Q  569 -ttttgaccggcattgatggcttcccca--nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctc 665  Q
     |||||||||  |||||||||||| |||          ||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22334023 tttttgaccgaaattgatggcttctccacgttttttttaatccccctccactataaatatgattcattttctcaaacatttgcacaccttcttctttctc 22333924  T
Q  666 ctcttctcctc 676  Q
    ||||| |||||    
T  22333923 ctcttttcctc 22333913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 463 - 657
Target Start/End: Original strand, 14271399 - 14271582
Alignment:
Q  463 ttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 562  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||           |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14271399 ttccggattaaaccagaaacttttggtcggtggtctgcaccacaaagaaaac-----------gttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 14271487  T
Q  563 cacgttttttgaccggcattgatggcttccccannnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttct 657  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||         | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14271488 cacgttttttcaccggcattgatggcttccccacatttttttaaccccctcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttct 14271582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 17 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 30517045 - 30516547
Alignment:
Q  17 acatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcg 116  Q
    ||||| ||||||||| |  |||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  30517045 acatcgatattcaacacataccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttggcagttgatttgatccagctgatcctttagcctggagagggtgacatcg 30516946  T
Q  117 tctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnnncgt 216  Q
    |   |||| ||||||| ||||||| || | || ||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||         |    
T  30516945 ttgtgaatcctaaacagatggggttgtttccccccagtgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatgatttttt-tt 30516847  T
Q  217 ctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacacacaa 316  Q
    |   |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||        | ||||||||||||||  || ||||    
T  30516846 caagtgtagtttacttgtgattaaaacagggacccctatttatagagttatttgggcgttgtggaccacataaactcttggtgcaatgtggatca-acaa 30516748  T
Q  317 aagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgt 416  Q
     |||||| |||| ||||    ||||||||  ||||||||||||| || ||||| | |  |||| | |||||||||||||| |   ||||  ||||||| |    
T  30516747 gagaatcaaatgttgaagctttccggatttcaaaatccgaaccatccatcaccctgcagaaaggc-caagtttccctttgtttcacccatgattgtattt 30516649  T
Q  417 ttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgt 516  Q
     | |||| |||  |||| ||||   ||||  ||| | |||||||   ||| |||| || ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516648 attcggattatataatccggaaaccatgtacattccagattatataatccagattgcatcagaatcatttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgt 30516549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 305 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 29946734 - 29946612
Alignment:
Q  305 tgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcacccc 404  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29946734 tgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaattcggattataaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcacccc 29946635  T
Q  405 aatattgtatgtttccggaatat 427  Q
    || || || ||||||| ||||||    
T  29946634 aacatcgtctgtttccagaatat 29946612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 86; E-Value: 9e-41
Query Start/End: Original strand, 13 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 7563272 - 7563139
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||| | ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7563272 atggacatcgatattcaacaccgaccaccctcctcgtgtctctgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 7563173  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgtt 146  Q
    |||||   |||| ||||||| |||||||| ||||    
T  7563172 atcgttgtgaatcctaaacagatggggtgatgtt 7563139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 520 - 669
Target Start/End: Original strand, 30233096 - 30233242
Alignment:
Q  520 tcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttccccannnnnnnnaatccccatcccctat 619  Q
    |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||  |||          ||||| ||||||||    
T  30233096 tcaaacattttgaatggtggtcaagttgaaaaacgtgtttccacacgttttttgaccggcattgatgacttttccacgttttt---tccccctcccctat 30233192  T
Q  620 aaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 669  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30233193 aaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 30233242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 482 - 572
Target Start/End: Original strand, 50890883 - 50890973
Alignment:
Q  482 cttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtttttt 572  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||  || |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50890883 cttttggccggtggtctgcaccacaaataaaatgtttttcaattgtgttgggcggtggtcaagttgaaaaacgtgtttttacacgtttttt 50890973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 359 - 427
Target Start/End: Original strand, 14271323 - 14271391
Alignment:
Q  359 caaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttccggaatat 427  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||||||    
T  14271323 caactctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgtatgttttcggaatat 14271391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 94
Target Start/End: Original strand, 15499960 - 15500017
Alignment:
Q  37 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctt 94  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  15499960 ccaccctcctagtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatgcagctaatcctt 15500017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 612 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 30516490 - 30516426
Alignment:
Q  612 tcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    |||| |||||||||| ||||||| |||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30516490 tcccgtataaatatgcttcattttctcaaaaattgtcacaccttcttctttctcctcttctcctc 30516426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 476 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 6603848 - 6603748
Alignment:
Q  476 cagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttga-aaaacgtgtttctacacgttttttga 574  Q
    ||||| |||||||||| |||||||||||||| | || |||||||||||  |||||||    |||||||||  | ||||||||||| ||||||||||||||    
T  6603848 cagaatcttttggccgatggtctgcaccacacaaaacacgtttgtcaattgttttggtttttggtcaagtcaagaaaacgtgtttttacacgttttttga 6603749  T
Q  575 c 575  Q
    |    
T  6603748 c 6603748  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 464 - 575
Target Start/End: Complemental strand, 17384195 - 17384084
Alignment:
Q  464 tccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgtttt-ggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 562  Q
    |||||| |||||||||   ||||||| |||||| ||||||||||| ||||| ||| | ||| ||||| |||||||| | || |  |||||||||||| ||    
T  17384195 tccggactacaccagaccattttggctggtggtttgcaccacaaacaaaacatttttaaaatgtttttggacggtg-taaaatcaaaaaacgtgttttta 17384097  T
Q  563 cacgttttttgac 575  Q
    |||||||||||||    
T  17384096 cacgttttttgac 17384084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 482 - 514
Target Start/End: Original strand, 43253010 - 43253042
Alignment:
Q  482 cttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaac 514  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43253010 cttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaac 43253042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 48181242 - 48181098
Alignment:
Q  42 ctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtg 141  Q
    ||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| || |||||| | ||  |||||  |||||||    | |||  | |||| ||||||||    
T  48181242 ctccttatgtcttcgttgttgagttgacggtagatttgatccaactgatccttcaacctagagagcatgacatcagtgcaaatcttgaacaaatggggtg 48181143  T
Q  142 gtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
    || || | ||||||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||    
T  48181142 gtttttccccgttgtagtaaattgcagctggcttggtgtttggat 48181098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 55 - 85
Target Start/End: Original strand, 11355597 - 11355627
Alignment:
Q  55 tgtggttgagttgacggttgatttgatccag 85  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11355597 tgtggttgagttgacggttgatttgatccag 11355627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 37 - 115
Target Start/End: Original strand, 15248457 - 15248535
Alignment:
Q  37 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 115  Q
    ||||||||||  | ||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||| || ||| | ||||||||  ||||||||    
T  15248457 ccaccctccttgtatctctgtggttgaattgacggttgatttgatctagctaattcttcaacccggagaaagtgacatc 15248535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 37 - 94
Target Start/End: Original strand, 11237453 - 11237510
Alignment:
Q  37 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctt 94  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| || ||||||    
T  11237453 ccaccctccttgtgtctttgtggttgagtcgacaattgatttgatccaactgatcctt 11237510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0168 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 1)
Name: scaffold0168
Description:

Target: scaffold0168; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 13 - 572
Target Start/End: Original strand, 16915 - 17451
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16915 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgaaggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 17014  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||   |||| ||||          
T  17015 atcgtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgttcggatcaaagccaagaaattccatgtttttt 17114  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||         | ||||||||       ||||||||||||||||||||||    
T  17115 t-gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatcgacccctatttatagagg---------catgtggaccacaaaaattgttggtgcaatgtgggacac 17204  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttt-gctcaccccaatattg 411  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||| |||  || |    
T  17205 acaaaagaatccaatgttgaatgaatccggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatacacaaagtcccaagtttccctttggttcacgccatgatcg 17304  T
Q  412 tatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaa 511  Q
    ||| |||||||||||  |||||   ||||||||||||              ||| ||||||||| ||||  |||||||| |||||||| |||||||||||    
T  17305 tatttttccggaatacaaaatccataatatatgtgta--------------ttctggattacacgagaagattttggccagtggtctgtaccacaaagaa 17390  T
Q  512 aacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgtttttt 572  Q
    ||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  17391 aacgtttttcaaacgttttgaccggtggtcaagttgaaaaacgcgtttttacacatttttt 17451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 255; Significance: 1e-141; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 296 - 669
Target Start/End: Original strand, 34950524 - 34950898
Alignment:
Q  296 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttcccttt 395  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  34950524 ggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagttttccttt 34950623  T
Q  396 gctcaccccaatattgtatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtgg 495  Q
    | ||||||||| || |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||| | |||||||| || | ||||||||| ||| ||||| ||||||||    
T  34950624 gttcaccccaacatcgtatgtttccggaatatatattctggaatatatgtgtattccagattatacatttcagattacacccgaagctttttgccggtgg 34950723  T
Q  496 tctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca 595  Q
    ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  34950724 tcttcaccataaagaaaacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttctacacgttttttgaccggaattgatggcttcccca 34950823  T
Q  596 -nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 669  Q
             ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34950824 cgtttttttaatccccctccgctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctct 34950898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 240; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 16 - 427
Target Start/End: Original strand, 29436339 - 29436751
Alignment:
Q  16 gacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  29436339 gacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtgtttgtggttgagttgacggttgctttgatccaactcatccttcagctcggagagggtgacatc 29436438  T
Q  116 gtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagcca-gtgaatttcatgnnnnnnnc 214  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||| |||             
T  29436439 gtctcgaatcctaaacagatggggtggtgttccaccgttgtagtagactgccgctagcttggtgtttggatcaaagccaggggaattccat-attttttt 29436537  T
Q  215 gtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggacc-nnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacaca 313  Q
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||        |||| ||||||||||||||||||    
T  29436538 tcctgatgtagtttacttgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaaaaaattgtcggtgcaatgtgggacaca 29436637  T
Q  314 caaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgta 413  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||    
T  29436638 caaaagaatccaatgttgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgttcaccccaacatcgta 29436737  T
Q  414 tgtttccggaatat 427  Q
    ||||| ||||||||    
T  29436738 tgttttcggaatat 29436751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 13 - 427
Target Start/End: Original strand, 13038333 - 13038746
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  13038333 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgaattgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 13038432  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    |||||||||||| ||||||| |  ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||| | | ||||| ||||          
T  13038433 atcgtctcgaatcctaaacagacagggtgatgttccaccgttgtagtatactgccgctagcttggtgttcggatcaaagtcggggaattccatgtctttt 13038532  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
       ||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||       |||| |||||||||||||| ||    
T  13038533 ta-tctaatgtagtttaattgtaatgaaaacaaggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgttgaccacataaattgtcggtgcaatgtgggaaac 13038631  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||| ||    
T  13038632 acaaaagaatgcaatgctgaataaatccagattctaaaatccgatccaaccctcaccatactcaaagtcccaagtttccctttgttcaccccagtatcgt 13038731  T
Q  413 atgtttccggaatat 427  Q
    |||||||||||||||    
T  13038732 atgtttccggaatat 13038746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 449 - 676
Target Start/End: Original strand, 480956 - 481184
Alignment:
Q  449 tttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttga 548  Q
    ||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  480956 tttcggattatacatttcggattacaccagaagcttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacgtttttgacggtggtcaagtcga 481055  T
Q  549 aaaacgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatggcttcccca-nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttg 647  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||         ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  481056 aaaatgtgtttctacacgttttttgaccggaattgatggcttccccacatttttttaatccccctccactataaatatgattcatttcctcaaacatttg 481155  T
Q  648 cacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  481156 cacaccttcttctttctcctcttatcctc 481184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 138; E-Value: 9e-72
Query Start/End: Original strand, 17 - 206
Target Start/End: Original strand, 34950301 - 34950490
Alignment:
Q  17 acatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcg 116  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||    
T  34950301 acatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcatttagctcggagagggtgacatcg 34950400  T
Q  117 tctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 206  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||    
T  34950401 tctcgaatcctaaatagatggggtggtgttccaccgttgtagtagacttccgctagcttggtgttcggatcaaagccagggaattccatg 34950490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 463 - 591
Target Start/End: Original strand, 29436759 - 29436887
Alignment:
Q  463 ttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 562  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29436759 ttccggattacaccataagcttttggccggtggtctgcatcacaaagaaaacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 29436858  T
Q  563 cacgttttttgaccggcattgatggcttc 591  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  29436859 cacgttttttgatcggaattgatggcttc 29436887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 6e-48
Query Start/End: Original strand, 291 - 420
Target Start/End: Original strand, 18584253 - 18584382
Alignment:
Q  291 ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttc 390  Q
    |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  18584253 ttgtcggtgcaatgtgggagacacaaaagaatccaatgttgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatactcaaagtcccaagtttc 18584352  T
Q  391 cctttgctcaccccaatattgtatgtttcc 420  Q
    |||||| |||||||| ||| ||||||||||    
T  18584353 cctttgttcaccccagtatcgtatgtttcc 18584382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 463 - 572
Target Start/End: Original strand, 13038754 - 13038863
Alignment:
Q  463 ttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 562  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13038754 ttccggattacaccataaacttttggcaggtggtctgcaccataaagataacgtttttcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 13038853  T
Q  563 cacgtttttt 572  Q
    ||||||||||    
T  13038854 cacgtttttt 13038863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 55 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 12304023 - 12303873
Alignment:
Q  55 tgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgtt 154  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| ||||  ||||| ||||||| |||||||||| |||| | |||    
T  12304023 tgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagccc-gagaaagtgacgtcgttgcgaatcctaaacagatggggtggttttcccctgtt 12303925  T
Q  155 gtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatg 206  Q
     | ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||    
T  12303924 attgtagactgccgctagattggtgtttggatcaaagccagggaatttcatg 12303873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 604 - 676
Target Start/End: Original strand, 29436919 - 29436991
Alignment:
Q  604 aatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29436919 aatccccctccgctataaatatgattcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 29436991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 57 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 20386749 - 20386691
Alignment:
Q  57 tggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 115  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| | ||||||||| ||||||||    
T  20386749 tggttgagttgacggttgatttgatctagctgatccttcaacccggagagcgtgacatc 20386691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 33554244 - 33554079
Alignment:
Q  20 tcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc-gtc 118  Q
    |||||| ||||| | | |||| |||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||||| || |||||||| ||     
T  33554244 tcaataatcaacactgtccactctccttgtgtctctatggttgagttgacggttgatttgattcaactgttcctttaacccggatagtgtgacatcagtg 33554145  T
Q  119 tcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
    | ||||  |||||| ||| || ||| |||| |||| |||||| |||||  ||||||||||||||||||    
T  33554144 t-gaatcttaaacaaatgaggaggt-ttcccccgtggtagtaaattgcaactagcttggtgttcggat 33554079  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 49 - 186
Target Start/End: Original strand, 17521170 - 17521306
Alignment:
Q  49 tgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttcc 148  Q
    ||||||||| ||||||||| || ||||  || ||||||| | |||||| |  ||| |||||||||||    | ||| || |||| |||||||||| ||||    
T  17521170 tgtctttgtagttgagttggcgattgacatgttccagctgaccctttaacttggatagggtgacatcaatgcaaatcctgaacagatggggtggt-ttcc 17521268  T
Q  149 accgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
     ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||    
T  17521269 cccgttgtagtaaattgcagctagcttggtgtttggat 17521306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 374 - 419
Target Start/End: Original strand, 480914 - 480959
Alignment:
Q  374 tcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgtatgtttc 419  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||    
T  480914 tcaaagtctcaagtttcccattgttcaccccaacatcgtatgtttc 480959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 241; Significance: 1e-133; HSPs: 11)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 13 - 419
Target Start/End: Original strand, 24832167 - 24832572
Alignment:
Q  13 atggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgac 112  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  24832167 atggacatcgatattcaactccgaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatccttcagcccggagagggtgac 24832266  T
Q  113 atcgtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggattaaagccagtgaatttcatgnnnnnn 212  Q
    || ||||||||| ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| | || |||||||||||||  ||| |||||||| ||||| ||||          
T  24832267 attgtctcgaatcctaaacagatggggtgctgttccactgttgtagtagactacctctagcttggtgtttagatcaaagccagggaattccatgttgttt 24832366  T
Q  213 ncgtctgatgtagtttacttgtaatgaaaacatggacccctatttatagaggtatgtgggccttgtggaccnnnnnnnttgttggtgcaatgtgggacac 312  Q
      |||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||| |||||||||||||||||    
T  24832367 t-gtctaatgtagtttaattgtaatgaaaacagggacccctatttatagaggtatgtgggcgttgtggaccacaggaattgtcggtgcaatgtgggacac 24832465  T
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgctcaccccaatattgt 412  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||| ||    
T  24832466 acaaaagaatccaatgctgaataaatccagattgtaaaatccgaacaaaccctcaccatactcaaagtcccaagtctccctttgttcaccccagtatcgt 24832565  T
Q  413 atgtttc 419  Q
    |||||||    
T  24832566 atgtttc 24832572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 463 - 676
Target Start/End: Complemental strand, 15599499 - 15599283
Alignment:
Q  463 ttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtgtttcta 562  Q
    ||||||| | ||||||||  |||||| ||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15599499 ttccggactgcaccagaagattttggtcggtggtttgtaccacaaagaaaacgtttttcaaacgttttggacggtggttaagttgaaaaacgtgtttcta 15599400  T
Q  563 cacgttttttgaccggcattgatggcttcccca---nnnnnnnnaatccccatcccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttc 659  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||           |  |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  15599399 cacgttttttgaccggaattgatggctttcccaccttcttttttatcccccctcccctataaatatggttcattttctcaaacattttcacaccttcttc 15599300  T
Q  660 tttctcctcttctcctc 676  Q
    |||||| ||||||||||    
T  15599299 tttctcatcttctcctc 15599283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 3e-53
Query Start/End: Original strand, 16 - 162
Target Start/End: Complemental strand, 10442 - 10296
Alignment:
Q  16 gacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatc 115  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||    
T  10442 gacatcgatattcaactccgaccaccctcctcgtgtctttgtggttgagttgatggttgatttgatccagctcatccttcagctcggagagggtgacatc 10343  T
Q  116 gtctcgaattctaaacatatggggtggtgttccaccgttgtagtaga 162  Q
    ||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  10342 gtctcgaatccaaaatagatggggtggtgttccaccgttgtagtaga 10296  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 4e-52
Query Start/End: Original strand, 313 - 572
Target Start/End: Original strand, 42190904 - 42191153
Alignment:
Q  313 acaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttccctttgct-caccccaatattg 411  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| | ||| |||  || |    
T  42190904 acaaaagaatccaatgctgaataaattcggattctaaaatccgaaccaaccatcaccatacacaaagtcccaagtttccctttggttcacgccatgatcg 42191003  T
Q  412 tatgtttccggaatatgaaatctggaatatatgtgtatttcggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaa 511  Q
    ||| ||||| |||||  ||||| ||||||||||| | ||  ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42191004 tatttttccagaatacaaaatccggaatatatgtctgttctggattatatattccggattacaacagaaacttttggccggtggtctgcgccacaaagaa 42191103  T
Q  512 aacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaacgtg-tttctacacgtttttt 572  Q
    |            |||||||| ||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||    
T  42191104 a------------cgttttgggcggtggtcaagttgaaaaacgggttttttacacgtttttt 42191153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 453 - 587
Target Start/End: Original strand, 24832574 - 24832708
Alignment:
Q  453 ggattatacgttccggattacaccagaaacttttggccggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttgtcaaacgttttggacggtggtcaagttgaaaaa 552  Q
    ||||||||| ||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||     
T  24832574 ggattatacattctgaattacaccagaagcttttgggcggtggtctgcaccacaaagaaaacgtttttcaaacattttggacggtggttaagttgaaaac 24832673  T
Q  553 cgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatgg 587  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24832674 cgtgtttctacacgttttttgaccggcattgatgg 24832708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 23 - 113
Target Start/End: Original strand, 41836104 - 41836194
Alignment:
Q  23 atattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgaca 113  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  41836104 atattcaacaccgaccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctcatccttcagcccgaagagggtgaca 41836194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 613 - 676
Target Start/End: Original strand, 24834617 - 24834680
Alignment:
Q  613 cccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 676  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24834617 cccctataaatatggttcatttcctcaaacatttgcacaccttcttctttctcctcttctcctc 24834680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 11 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 16796167 - 16796063
Alignment:
Q  11 agatggacatcaatattcaactcggaccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtg 110  Q
    |||||||| |||||| ||||| | | ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| | | |||||||||||    
T  16796167 agatggacgtcaatactcaacaccgtccaccctcctcatgtctctgtggttgagttgacagttgatttgatccagctaatccttcaactcggagagggtg 16796068  T
Q  111 acatc 115  Q
    |||||    
T  16796067 acatc 16796063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 186
Target Start/End: Original strand, 12191384 - 12191532
Alignment:
Q  37 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatg 136  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||    ||||| || ||||||||    
T  12191384 ccaccctccttgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctgatcatttaacccggagaaggtgacatcagtgcgaatcctgaacatatg 12191483  T
Q  137 gggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
      ||||| |||| |  |||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12191484 aagtggttttcc-ctattgtagtaaactgcagctagcttggtgttcggat 12191532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 37 - 186
Target Start/End: Original strand, 12435812 - 12435960
Alignment:
Q  37 ccaccctcctcatgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatccagctcatcctttagcccggagagggtgacatcgtctcgaattctaaacatatg 136  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| |||||||||    ||||| || ||||||||    
T  12435812 ccaccctccttgtgtctttgtggttgaattgacggttgatttgatccagctgatcatttaacccggagaaggtgacatcagtgcgaatcctgaacatatg 12435911  T
Q  137 gggtggtgttccaccgttgtagtagattgccgctagcttggtgttcggat 186  Q
      ||||| |||| |  |||||||| | ||| |||||||||||||||||||    
T  12435912 aagtggttttcc-ctattgtagtaaactgcagctagcttggtgttcggat 12435960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.000001
Query Start/End: Original strand, 48 - 84
Target Start/End: Original strand, 14194172 - 14194208
Alignment:
Q  48 atgtctttgtggttgagttgacggttgatttgatcca 84  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  14194172 atgtctatgtggttgagttggcggttgatttgatcca 14194208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 291 - 396
Target Start/End: Original strand, 250764 - 250869
Alignment:
Q  291 ttgttggtgcaatgtgggacacacaaaagaatccaatgctgaataaatccggattctaaaatccgaaccaaccctcaccatactcaaagtctcaagtttc 390  Q
    |||| |||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||    |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||  |||||  ||||||||    
T  250764 ttgtcggtgtaatgtgggccacacaaaagaatccaatcctgaagttttccggattataaaatccgaaccaaccctcaccctacagaaagtgccaagtttc 250863  T
Q  391 cctttg 396  Q
    ||||||    
T  250864 cctttg 250869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University