View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12520_low_4 (Length: 557)

Name: NF12520_low_4
Description: NF12520
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12520_low_4
NF12520_low_4
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (18-541)||(51113398-51113919)
chr3 (159-528)||(51764196-51764565)
chr3 (202-518)||(13470531-13470847)
chr3 (159-528)||(514481-514853)
chr3 (402-510)||(51120892-51121000)
chr3 (322-514)||(1657239-1657427)
[»] chr6 (27 HSPs)
chr6 (253-510)||(6394856-6395113)
chr6 (265-530)||(7119129-7119394)
chr6 (265-530)||(7131607-7131872)
chr6 (205-512)||(6432151-6432458)
chr6 (316-530)||(6402832-6403046)
chr6 (253-518)||(6415950-6416215)
chr6 (202-512)||(6409996-6410306)
chr6 (316-522)||(6585150-6585356)
chr6 (233-528)||(6426485-6426780)
chr6 (252-518)||(7994031-7994297)
chr6 (322-514)||(11936194-11936386)
chr6 (322-514)||(11948174-11948366)
chr6 (202-485)||(6589122-6589405)
chr6 (316-512)||(6594519-6594715)
chr6 (327-528)||(19632413-19632611)
chr6 (202-518)||(6423201-6423517)
chr6 (316-508)||(14820687-14820879)
chr6 (322-503)||(6596847-6597028)
chr6 (256-524)||(10579589-10579858)
chr6 (399-507)||(14802331-14802439)
chr6 (431-530)||(6603230-6603329)
chr6 (430-508)||(14818376-14818454)
chr6 (402-519)||(9411338-9411455)
chr6 (161-299)||(9411558-9411693)
chr6 (252-371)||(8913834-8913952)
chr6 (49-102)||(6588521-6588574)
chr6 (402-494)||(12102274-12102366)
[»] chr4 (38 HSPs)
chr4 (159-519)||(546896-547259)
chr4 (228-518)||(570335-570622)
chr4 (163-509)||(1548183-1548530)
chr4 (322-528)||(55908647-55908853)
chr4 (274-528)||(8186959-8187216)
chr4 (322-516)||(1524405-1524599)
chr4 (323-528)||(53761692-53761894)
chr4 (322-477)||(1600444-1600599)
chr4 (263-528)||(8183887-8184155)
chr4 (25-108)||(532578-532661)
chr4 (337-447)||(644885-644995)
chr4 (403-522)||(1513407-1513526)
chr4 (337-515)||(553466-553644)
chr4 (333-519)||(3438496-3438681)
chr4 (393-518)||(1552757-1552882)
chr4 (397-528)||(640889-641020)
chr4 (202-447)||(21834177-21834422)
chr4 (329-529)||(7225809-7226009)
chr4 (404-512)||(12121458-12121566)
chr4 (365-525)||(55505070-55505230)
chr4 (393-519)||(1537757-1537883)
chr4 (404-485)||(1519143-1519224)
chr4 (333-474)||(12116505-12116646)
chr4 (392-519)||(566172-566299)
chr4 (322-512)||(659701-659889)
chr4 (405-519)||(7307843-7307957)
chr4 (476-528)||(370894-370946)
chr4 (458-514)||(558486-558542)
chr4 (321-411)||(12120060-12120150)
chr4 (392-505)||(532186-532299)
chr4 (440-512)||(1508040-1508112)
chr4 (23-109)||(7225364-7225450)
chr4 (256-301)||(570735-570780)
chr4 (322-371)||(1519062-1519111)
chr4 (403-519)||(1489361-1489477)
chr4 (187-287)||(1504892-1504992)
chr4 (66-110)||(7308310-7308354)
chr4 (163-215)||(10634194-10634246)
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (159-507)||(19468255-19468603)
chr1 (161-540)||(9586601-9586980)
chr1 (151-371)||(9581199-9581422)
chr1 (382-501)||(52082582-52082701)
chr1 (440-522)||(7554468-7554550)
chr1 (27-96)||(9581457-9581526)
chr1 (27-109)||(9587015-9587097)
chr1 (316-503)||(52092776-52092960)
chr1 (163-215)||(7554709-7554761)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (202-518)||(10614577-10614893)
chr7 (202-518)||(15091950-15092266)
chr7 (161-413)||(10169888-10170140)
chr7 (161-413)||(10177413-10177665)
chr7 (322-477)||(7977603-7977758)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (322-541)||(45245004-45245223)
chr2 (322-528)||(1037583-1037789)
chr2 (166-517)||(32785535-32785886)
chr2 (25-110)||(32785282-32785367)
chr2 (335-371)||(43277392-43277428)
[»] scaffold0295 (1 HSPs)
scaffold0295 (322-528)||(543-749)
[»] chr8 (10 HSPs)
chr8 (228-516)||(18315095-18315386)
chr8 (159-495)||(17636150-17636493)
chr8 (392-516)||(32151287-32151411)
chr8 (323-529)||(34936083-34936289)
chr8 (322-514)||(28246214-28246404)
chr8 (405-528)||(27922482-27922605)
chr8 (351-518)||(21235542-21235709)
chr8 (164-301)||(17627817-17627954)
chr8 (40-99)||(18314867-18314926)
chr8 (467-513)||(44736524-44736570)
[»] chr5 (8 HSPs)
chr5 (169-530)||(41889317-41889681)
chr5 (333-528)||(32267449-32267641)
chr5 (208-527)||(20477887-20478206)
chr5 (410-507)||(41901542-41901639)
chr5 (326-415)||(28525098-28525187)
chr5 (410-512)||(37937877-37937979)
chr5 (409-514)||(38267562-38267667)
chr5 (263-299)||(37938094-37938130)
[»] scaffold0807 (1 HSPs)
scaffold0807 (327-496)||(1388-1560)
[»] scaffold0041 (1 HSPs)
scaffold0041 (450-529)||(39157-39236)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (424-528)||(88813-88917)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 541
Target Start/End: Original strand, 51113398 - 51113919
Alignment:
Q  18 acatcagggttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatcagggtttg 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  51113398 acatcagggttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattctaagcttctcgaggtggccatcagggtttg 51113497  T
Q  118 ctgcaatggggtgtaaccggcacaggtattgttagaatgattgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctcc 217  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51113498 ctgcaatgg--tgtaaccagcacaggtattgttagaatgattgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctcc 51113595  T
Q  218 agttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagat 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51113596 agttggatcacaatccatggttaagagatgagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagat 51113695  T
Q  318 atccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaa 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51113696 atccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaa 51113795  T
Q  418 gctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttac 517  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51113796 gctcccaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttac 51113895  T
Q  518 tgaaaaattgttaccatttcacag 541  Q
    ||||||||||||||||| ||||||    
T  51113896 tgaaaaattgttaccatgtcacag 51113919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 159 - 528
Target Start/End: Original strand, 51764196 - 51764565
Alignment:
Q  159 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 258  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||  |||| ||||   || ||||||||||||||| |  ||| | | ||| |||||||||| || || |||||||||    
T  51764196 tgtagagaattctgattctttggtggactttggtgtataccctcaattaaagtctctctatctgggtgaaaatacatggttaagtgatgaaagcatcata 51764295  T
Q  259 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaa 358  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| | |  |||| ||   |||||  ||||| | ||| ||||||||| |||||||| ||| |    
T  51764296 atgtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattttaattcttgcaatcgcatatctaaaggtgtctgtgaagttttaaggagatgttctaaga 51764395  T
Q  359 ttaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggt 458  Q
    |||||||||||||  || |  | ||||||| | |||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||||  |||||  ||    
T  51764396 ttaggcatttgaacctatccgaatgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgcagttccgaagctggaggtgttagacttgtcatttacaaaagt 51764495  T
Q  459 tgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||| |||| |||||| |||||||||||||| |||||| || |||||    
T  51764496 tgatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgcgggcttttgcaactattactggaacattgt 51764565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 202 - 518
Target Start/End: Original strand, 13470531 - 13470847
Alignment:
Q  202 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    ||||||||||||||| | ||||   | |||| ||||||||| || ||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||| |    
T  13470531 caattaaagtctctctatttgggaaaaaatcaatggttaagtgatgaaggcatcataatgtttgcttccaatttccccaatttgcagctgcttgatttga 13470630  T
Q  302 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 401  Q
     |  |||| ||    ||||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||  |||| ||||||||||    
T  13470631 attgttgcaatctcttatcaaaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctact 13470730  T
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 501  Q
    ||||||||||||||  | ||| || |||||||||||  ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  13470731 tggaatgaactttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaaggttaatgataaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtggg 13470830  T
Q  502 cttttgcaactgttact 518  Q
    ||||||||||| |||||    
T  13470831 cttttgcaactattact 13470847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 159 - 528
Target Start/End: Original strand, 514481 - 514853
Alignment:
Q  159 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 258  Q
    ||||||||| || ||||||||| |||  |||||||| |  || |||||||| |||||| | |||| ||||||| |||| |||||||| || | | | |||    
T  514481 tgtagagaactccaattctttgttggactttgttgtgaaccctcaattaaaatctctctatttggctcacaattcatgcttaagagatgaaaaccttata 514580  T
Q  259 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccga---aggtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 355  Q
    ||| ||||||| |||||||| ||| |||||||  ||||||| |   ||||  || | ||||| ||   | |||| |||||||||||||||||||| | ||    
T  514581 atgtttgcttcaattttcccgaatttgcagctaattgatttgagctattgtgataacatatctgacaaaagtatctgtcaagttttaaagagatggtcta 514680  T
Q  356 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaat 455  Q
    | |||||||||||||| |||||  |||| |||| | ||||| |    || |||||| ||  || ||  ||||| ||||||||   |||   | ||||||     
T  514681 agattaggcatttgaacttagcccactgctcaagagtgaagttgtacggtatgaacattagagttctcaaacttgaggtgttgagcttaatagatacaag 514780  T
Q  456 ggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
     || || |||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  514781 agtcgacgatgaagcacttcatgtgatctcgaagagttgctgtgggcttttgcaactattactgcaaaattgt 514853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 402 - 510
Target Start/End: Original strand, 51120892 - 51121000
Alignment:
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 501  Q
    ||||||||||||||||| ||  ||| ||||||||||  |||||||  ||||||  ||||||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||| |||||    
T  51120892 tggaatgaactttgaagttctcaaattggaggtgttgaacttgtcgcatacaagagttgatgatgaaaaactatatgtaatctcaaagagttgtcgtggg 51120991  T
Q  502 cttttgcaa 510  Q
    |||||||||    
T  51120992 cttttgcaa 51121000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 1657427 - 1657239
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  ||    || ||||||||||| |  | |||||||||||| ||    
T  1657427 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgct----aagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 1657332  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 514  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  |||||  |||||  ||  | ||||||||  |||||| ||||||||  | ||||||||||||||||    
T  1657331 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacaatatatcactctattggatctcaaagagttgcagcgggcttttgcaactgt 1657239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 27)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 253 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 6395113 - 6394856
Alignment:
Q  253 atcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgtt 352  Q
    ||||||||| || ||||||||||||||||| | ||||| |||||||| || | |||||   | ||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6395113 atcataatgtttacttccattttccccaatttacagctacttgatttgacacgttgctcacaaatatctgaaggtatttgtcaagttttaaagaaatgtt 6395014  T
Q  353 gtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatac 452  Q
    ||||  |||  |||||||| ||||||| |||||||||| |||| |||| |||||||||||||| || |||  | |||||||||||  |||||||||||||    
T  6395013 gtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaaagtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaacttgtcaaatac 6394914  T
Q  453 aatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaa 510  Q
    ||  |||||||||||||| || | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  6394913 aagcgttgatgatgaaactctttctgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaa 6394856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 265 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 7119394 - 7119129
Alignment:
Q  265 gcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggc 364  Q
    |||||| ||||||||||| | || ||||||||||| | |  |||| || | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  |    
T  7119394 gcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaac 7119295  T
Q  365 atttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatga 464  Q
    ||||||| |||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  | ||   | |||||||||||  |||||||| |||| | |||||||||    
T  7119294 atttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcaccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatga 7119195  T
Q  465 tgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtta 530  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  7119194 tgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgtta 7119129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 106; E-Value: 9e-53
Query Start/End: Original strand, 265 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 7131872 - 7131607
Alignment:
Q  265 gcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggc 364  Q
    |||||| ||||||||||| | || ||||||||||| | |  |||| || | ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  |    
T  7131872 gcttcctttttccccaatttacaacttcttgatttgaatacttgcaataacatatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttctaagattaaac 7131773  T
Q  365 atttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatga 464  Q
    ||||||| |||||  ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||  | ||   | |||||||||||  |||||||| |||| | |||||||||    
T  7131772 atttgaacttagcccactgttcaagagtgaagctacttggaatgaactttgttgttcgccagctggaggtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatga 7131673  T
Q  465 tgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtta 530  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||| |||| ||||||||| |||||||    
T  7131672 tgaaacactccatgtgatctcgaagaattgttgcgggcttttggaactattactgaaagattgtta 7131607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 104; E-Value: 1e-51
Query Start/End: Original strand, 205 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 6432458 - 6432151
Alignment:
Q  205 ttaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactc 304  Q
    |||||||||||| | |||| ||||||| ||||||||||  | || || ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||||||||   |     
T  6432458 ttaaagtctctctatttgggtcacaattcatggttaaggaatgaaaggatcataatgtttgcttccattttccccaatttgcaacatcttgatttgcgtt 6432359  T
Q  305 attgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttgg 404  Q
      ||  ||   |||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||  |||||||| ||||| || |||  |||| ||||||||| |||    
T  6432358 ggtgtcatcgtataaatgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaaacttaaacatttgaacttagcctattgtataaaagtgaagctacatgg 6432259  T
Q  405 aatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggctt 504  Q
    |||||||||||||| ||| || ||| |||||||  |||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||  |||| |||||||||||||    
T  6432258 aatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaacttgtcaaatacaagcgttgatgatgaaacactttatgtgatcttaaagaattgttgtgggctt 6432159  T
Q  505 ttgcaact 512  Q
     |||||||    
T  6432158 ctgcaact 6432151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 316 - 530
Target Start/End: Complemental strand, 6403046 - 6402832
Alignment:
Q  316 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 415  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| ||   ||||||| | |||||||||||||||| |||||||    
T  6403046 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttaactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttg 6402947  T
Q  416 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtt 515  Q
     || |||  |||| || |||||  |||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||| ||    
T  6402946 cagttccccaactagaagtgttgaacttgtcagatacgaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtagtgggcttttgaaactatt 6402847  T
Q  516 actgaaaaattgtta 530  Q
    | ||| | |||||||    
T  6402846 attgagagattgtta 6402832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 253 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 6416215 - 6415950
Alignment:
Q  253 atcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgtt 352  Q
    ||||||||| || ||||||  ||||||||| ||||||| |||||||| | || |||  ||    |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  6416215 atcataatgttttcttccaacttccccaatttgcagctgcttgatttgaatcgttgtaatctcttatctgaaggtatttgtcaagttttaaagatatgtt 6416116  T
Q  353 gtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatac 452  Q
    |||| ||| |||||||||| ||||| |  |||  |||| ||||||||| ||||||| |||||| || ||| || |||||||||||  |||||||||||||    
T  6416115 gtaagattgggcatttgaacttagccttttgtaaaaaagtgaagctacatggaatggactttgtagttcccaacctggaggtgttgaacttgtcaaatac 6416016  T
Q  453 aatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 518  Q
    || |||| ||||| |||| |||||||||||||| |||| |||| | |||||||||||||| |||||    
T  6416015 aaaggttaatgataaaactctctatgtgatctcaaagaattgtagcgggcttttgcaactattact 6415950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 202 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 6410306 - 6409996
Alignment:
Q  202 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    ||||||||||||||| | |||||| ||||| ||| |||||| || || |  |||||  || ||||||||||||| |||||| | || || |||||||| |    
T  6410306 caattaaagtctctctatttggattacaatacatcgttaagtgatgaaataatcattttgtttgcttccatttttcccaatttacaactacttgatttga 6410207  T
Q  302 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 401  Q
    |   |||| |  | ||||| ||||||||||||||||||||| ||| |||||||||  ||| ||||||| | ||||| || ||   |||| |||||||||     
T  6410206 cgggttgccagcaaatatctgaaggtatttgtcaagttttacagaaatgttgtaagcttaagcatttggacttagcctattgcaaaaaagtgaagctaca 6410107  T
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 501  Q
    ||||||||||||||||| ||| || ||| |||||||  ||| |||||||||||  |||||||||||||| || ||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  6410106 tggaatgaactttgaagttcccaagctgaaggtgttgaactagtcaaatacaagcgttgatgatgaaactctttatgtgatctcaaagaattgttgtcgg 6410007  T
Q  502 cttttgcaact 512  Q
    |||||||||||    
T  6410006 cttttgcaact 6409996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 316 - 522
Target Start/End: Original strand, 6585150 - 6585356
Alignment:
Q  316 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 415  Q
    ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||  ||   ||||||| | |||||||||||||||| ||||||     
T  6585150 atatctgaaggtatttgtcatgttttaaggagatgttttaatattaggcatttgaactttactgggtgttcaagagtgaagctacttggaataaactttt 6585249  T
Q  416 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtt 515  Q
     || | |  |  ||||||| ||  |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| |||| ||    
T  6585250 tagttacccagttggaggtattgaacttgtcagatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttctgcgcttttggaactatt 6585349  T
Q  516 actgaaa 522  Q
    |||||||    
T  6585350 actgaaa 6585356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 233 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 6426780 - 6426485
Alignment:
Q  233 catggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttg 332  Q
    |||||||||| || || | ||||||||||  ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |    ||||  ||| ||||| |||||||||||    
T  6426780 catggttaagtgatgaaatcatcataatgtatgcttccattttccccaatttacagctacttgatttgaaggtttgccgtgaaatatctgaaggtatttg 6426681  T
Q  333 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggag 432  Q
    | ||||||||| || |||||||||  |||  |||||||| ||||||| |||||||||  |||| |||| |||||||||||||| || |||  | ||||||    
T  6426680 tgaagttttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagctttctgttcaaacgtgaaactacatggaatgaactttgcagttcccgagctggag 6426581  T
Q  433 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    |||||  | |||||||| ||||   |||||||||||||  | |||| |||||| |||| ||||||| || |||||||| | |||||  ||||||||    
T  6426580 gtgttgaatttgtcaaacacaagcattgatgatgaaactttttatgcgatctcaaagaattgttgtcggattttgcaattattacttgaaaattgt 6426485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 252 - 518
Target Start/End: Original strand, 7994031 - 7994297
Alignment:
Q  252 catcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgt 351  Q
    ||||||| || ||||| |||||||||| ||| ||||| | || ||||| | |  |||| |||  ||||| |||||||||||| | ||||||| || ||||    
T  7994031 catcatattgtttgctaccattttcccaaatttgcagatgctcgatttgaattcttgcaatggtatatctgaaggtatttgttacgttttaaggaaatgt 7994130  T
Q  352 tgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaata 451  Q
    ||||| || |||||||||||  ||||  | ||| ||| | |||||||||| ||||||||||||| || ||| || || ||||||||  || |||||||||    
T  7994131 tgtaagatcaggcatttgaacatagccgattgtacaagagtgaagctactaggaatgaactttgtagttccgaagctagaggtgttgaacatgtcaaata 7994230  T
Q  452 caatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 518  Q
    ||| |||| |||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||| ||||||||||| |||||    
T  7994231 caagggttaatgacgaaacactatatgtgatctcaaagaattgttctggacttttgcaactattact 7994297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 322 - 514
Target Start/End: Original strand, 11936194 - 11936386
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||| ||    
T  11936194 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 11936293  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 514  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  |||||  ||||| ||| || ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11936294 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgt 11936386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 322 - 514
Target Start/End: Original strand, 11948174 - 11948366
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  |||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||| ||    
T  11948174 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacgtacattgaactttgaagttc 11948273  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 514  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  |||||  ||||| ||| || ||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  11948274 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttgacgataaatcactctattggatctcaaagagttgtagtgggcttttgcaactgt 11948366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 202 - 485
Target Start/End: Original strand, 6589122 - 6589405
Alignment:
Q  202 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    ||||||||||||||| | |||| | | ||| |||||||||| || |  |  ||||||||| |||||||||||||||||||| |  || | |||||||| |    
T  6589122 caattaaagtctctctatttgggtaaaaattcatggttaagtgatgcaaatatcataatgtttgcttccattttccccaatttagaggtgcttgatttca 6589221  T
Q  302 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 401  Q
     |  |||  || | |||||  |||||||||||||||| || |  ||||||||||| |||||||||||||| ||||| | ||||   ||| ||||||||||    
T  6589222 attcttgtaataacatatctaaaggtatttgtcaagtattgagaagatgttgtaagattaggcatttgaacttagccttctgtaagaaagtgaagctact 6589321  T
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctc 485  Q
    |||||||||||||| || ||| |  |||||||||||  |||||||||||||||  ||| ||||| ||||||| ||| |||||||    
T  6589322 tggaatgaactttgtagttcccatgctggaggtgttgaacttgtcaaatacaaatgttaatgataaaacactatatctgatctc 6589405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 316 - 512
Target Start/End: Original strand, 6594519 - 6594715
Alignment:
Q  316 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 415  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||  |||||| | ||| |    ||||||| | ||||||||| |||||| ||||||     
T  6594519 atatctgaaggtatttgtcaagttttaaggagatgttataagattacacatttgtacttatccgggtgttcaagagtgaagctacatggaataaactttt 6594618  T
Q  416 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaact 512  Q
     || ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||||||| |||||   ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||    
T  6594619 tagttcccaaactggaggtgttgtacttgtcaaatacagaggttgatgatgagacactacgtgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaact 6594715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 327 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 19632611 - 19632413
Alignment:
Q  327 tatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaa 426  Q
    |||||||||||||||||   |||||||||| || | ||||||||| ||| ||   ||||||| | | || ||||||||||| ||||||  || ||| ||     
T  19632611 tatttgtcaagttttaa---gatgttgtaagataacgcatttgaacttaactcgatgttcaatagttaacctacttggaataaactttctagttcccaag 19632515  T
Q  427 ctggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaatt 526  Q
    || |||||||| ||||||||  |||||| ||||||||||||   ||| | ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  19632514 ctagaggtgttggacttgtcgtatacaaaggttgatgatgagcaactttttgtgatctcaaagaattgttgtgggcttttgcaactcttactgaaaaatt 19632415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 61; E-Value: 6e-26
Query Start/End: Original strand, 202 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 6423517 - 6423201
Alignment:
Q  202 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    ||||||||||||||| | |||| | ||| | | |||||||| || || | |||||||||| |||||||||||||||| ||| |  | || |||||||| |    
T  6423517 caattaaagtctctctatttgggttacacttcgtggttaagtgatgaaatcatcataatgtttgcttccattttccctaatttaaaactacttgatttga 6423418  T
Q  302 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 401  Q
        |||| || | ||||  || ||||||||||| ||||||  || |||| || |  |||  |||||||| ||||| || |||  | || |||||||||     
T  6423417 agggttgccatcaaatatttgatggtatttgtcatgttttacggaaatgtcgtgagcttaaacatttgaacttagcctattgtgaacaagtgaagctacg 6423318  T
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 501  Q
    || |||||||||| ||| ||| || |||||||||||  |||||||||||||||  |||   ||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||    
T  6423317 tgcaatgaacttttaagttcccaagctggaggtgttgaacttgtcaaatacaagagttagcgataaaacactctatgcgatctcaaagagttgttgtggg 6423218  T
Q  502 cttttgcaactgttact 518  Q
     |||||||||| |||||    
T  6423217 attttgcaactattact 6423201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 316 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 14820879 - 14820687
Alignment:
Q  316 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 415  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| || |||||||||  |||  |||||||| ||||  |  ||||||  | |||| |||| |||||| |||||||    
T  14820879 atatctgaaggtatttgtcaaggtttaaggaaatgttgtaagcttaaacatttgaacttagaattttgttcaggagtgaaactacatggaattaactttg 14820780  T
Q  416 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgc 508  Q
     || ||| ||  | ||||||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  14820779 cagttcccaagttagaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttgtgggcttttgc 14820687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 322 - 503
Target Start/End: Original strand, 6596847 - 6597028
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||  ||| |||| ||||||||| | |||  | |||||||   |||||| ||||| ||| |||||||||  ||    
T  6596847 gaaggtatttgtcaagttttcaggagatgtgataagattaagcatttgaactgagccgaatgttcaagtgtgaagcgacttgaaataaactttgaaattc 6596946  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggct 503  Q
    |  | |||||||||||  ||||||||| |||||  |||||||||||||||||||| |  ||||| |||| ||||| ||||||    
T  6596947 cccagctggaggtgttgaacttgtcaagtacaaatgttgatgatgaaacactctacgctatctcaaagaattgttctgggct 6597028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 256 - 524
Target Start/End: Original strand, 10579589 - 10579858
Alignment:
Q  256 ataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 355  Q
    |||||| | |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||| | |  |||| |  | ||||| |||||||||| |||||||| |   |||||| |||    
T  10579589 ataatgttagcttcctttttccccaatttgcagctgcttgatttgaatacttgcgaatacatatctgaaggtatttttcaagtttcaggaagatgtggta 10579688  T
Q  356 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaat 455  Q
    | |||| ||||||||| |||||  | ||| ||| | |||||| |||| |||| ||  ||| |  |||  | |||||||||||  |||||||| ||||||     
T  10579689 agattaagcatttgaacttagccaaatgtccaagagtgaagcgacttagaataaagattgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaa 10579788  T
Q  456 ggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaact-gttactgaaaaa 524  Q
     ||||||||| |||||||||||  |||||| |||| ||||||| |||||||| ||||  |||||||||||    
T  10579789 agttgatgataaaacactctattcgatctcaaagaattgttgtcggcttttggaactatttactgaaaaa 10579858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 399 - 507
Target Start/End: Complemental strand, 14802439 - 14802331
Alignment:
Q  399 acttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgt 498  Q
    ||||||||  |||||||||| ||| ||  |||| |||||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  14802439 acttggaactaactttgaagttcccaagatggaagtgttgaatttgtcaaatacaaaggttgatgatgaaacactctatgtgatttcaaagaattgttgt 14802340  T
Q  499 gggcttttg 507  Q
    || ||||||    
T  14802339 ggtcttttg 14802331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 431 - 530
Target Start/End: Original strand, 6603230 - 6603329
Alignment:
Q  431 aggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtta 530  Q
    ||||||| |||||| || |||||   ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||  |||||||||| |||| ||| ||||| |||||||    
T  6603230 aggtgttggacttggcagatacaggtgttgatgatgaaacagtctatgcgatctcaaagagttgtcctgggcttttggaactattattgaaatattgtta 6603329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 430 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 14818454 - 14818376
Alignment:
Q  430 gaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgc 508  Q
    ||||||||  |||| |||||||||| ||||||| |||||||||| ||| ||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  14818454 gaggtgttgaacttatcaaatacaaaggttgataatgaaacactttatatgatctccaagaattgttctgggcttttgc 14818376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 402 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 9411455 - 9411338
Alignment:
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 501  Q
    |||| |||||||||| | ||| || |||||||||||  |||||||| |||||   |||   ||||||| |||||||| |||||| |||| |||| ||||     
T  9411455 tggattgaactttgaggttcccaagctggaggtgttgaacttgtcatatacaggtgttttcgatgaaatactctatgagatctcaaagaattgtcgtgga 9411356  T
Q  502 cttttgcaactgttactg 519  Q
    ||||||||||||||||||    
T  9411355 cttttgcaactgttactg 9411338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 161 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 9411693 - 9411558
Alignment:
Q  161 tagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataat 260  Q
    |||| ||||||||||||||||||  ||||| |||||| || ||||| ||||||||    |||| || ||||   |||||||||||  | | ||||| ||     
T  9411693 tagaaaattctaattctttgatgaattttgctgtaaggccccaattgaagtctctaggtttggttcgcaat---tggttaagagataaaaacatcaaaag 9411597  T
Q  261 gattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt 299  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  9411596 gtttgcttccattttccccaatttgcagctgcttgattt 9411558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 252 - 371
Target Start/End: Original strand, 8913834 - 8913952
Alignment:
Q  252 catcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgt 351  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||  | |||||||||| | ||||  || | |||||  |||||||||||||||||||||  ||||||    
T  8913834 catcataatgtttgcttccattttttccaatttgcatatgcttgatttaatt-attgagattatatatctaaaggtatttgtcaagttttaagaagatgt 8913932  T
Q  352 tgtaaaattaggcatttgaa 371  Q
    ||||| ||||  ||||||||    
T  8913933 tgtaagattaaacatttgaa 8913952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 49 - 102
Target Start/End: Original strand, 6588521 - 6588574
Alignment:
Q  49 catcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgagga 102  Q
    ||||||| | |||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||    
T  6588521 catcaacaatcaatcgcttttccacttgttcaacaattgtaagcttctccagga 6588574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 402 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 12102366 - 12102274
Alignment:
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttg 494  Q
    |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| |||||   |||||| | |||  ||||||| |||| || ||||||||    
T  12102366 tggattgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacatgagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttg 12102274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 38)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 159 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 547259 - 546896
Alignment:
Q  159 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 258  Q
    ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||| | | ||| ||||  ||||||| || ||||||| |    
T  547259 tgtagagaattctaattctttcaaggattttgttgtaagccctcaattgaagtctctccatttggctaaaaattcatgcataagagatgaaagcatcaaa 547160  T
Q  259 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaag---gtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 355  Q
    ||| || ||||||| ||||||||| |||| || |||||||||| | ||||   | | ||||| ||||   |||||||| | ||||||| |||||||||||    
T  547159 atgtttccttccatgttccccaatttgcaactgcttgatttaagttattgtcgtaacatatctgaagacagtatttgtgatgttttaaggagatgttgta 547060  T
Q  356 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaat 455  Q
    | || ||||||||||| ||| |  | |||| |  | |||| ||| |||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| |  ||||||||  ||||||    
T  547059 agataaggcatttgaacttatccaattgtttagtagtgaacctatttggaatgaactttgaagttcctaaattggaggtggtgaacttgtcacgtacaat 546960  T
Q  456 ggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 519  Q
     ||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  546959 tgtcaatgatgaaacactctatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttggaattgttactg 546896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 228 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 570622 - 570335
Alignment:
Q  228 caatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaaggt 327  Q
    |||| |||||||||| || || | |||  ||||| ||||||| |||||||||||| ||||| | |||||||||| | ||||| || ||||||||||  ||    
T  570622 caatacatggttaagtgatgaaaacattttaatgtttgcttctattttccccaatttgcagatacttgatttaagttattgcaatcagatatccgatagt 570523  T
Q  328 atttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaac 427  Q
    ||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||| || | |||| |||||||||||| ||  ||||    
T  570522 atttgtcaagttttaa---gatgttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgcgtggattgaactttgaagttctcaaac 570426  T
Q  428 tggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 518  Q
    | ||||||||  |||||||| |||||   |||||| | |||  ||||||| |||| || ||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  570425 tcgaggtgttgaacttgtcatatacaggagttgataacgaagaactctatctgatttcaaagagttgtcgcgggcttttgcaactgttact 570335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 509
Target Start/End: Original strand, 1548183 - 1548530
Alignment:
Q  163 gagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatga 262  Q
    |||| |||||||||||| ||||   ||||||||||||| ||||||||||| |||   |||  ||||||| || | |||||||| || | ||||| |||      
T  1548183 gagacttctaattctttcatggaccttgttgtaagacctcaattaaagtcactctgtttgactcacaattcacgcttaagagatgaaaccatcaaaatat 1548282  T
Q  263 ttgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatc---cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaat 359  Q
    || |||| |||||||||||| |||| || |||||||| | | |||||  ||  |||||   ||||||||||||| |||||||||   |||||||||| ||    
T  1548283 tttcttcgattttccccaatttgcaactgcttgatttgattaattgcagtggcatatcagacgaaggtatttgtgaagttttaa---gatgttgtaagat 1548379  T
Q  360 taggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctactt-ggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggt 458  Q
    ||| || ||||| ||||||    ||| |||| ||||||||||| ||| |||||||||||  ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||   |    
T  1548380 tagacagttgaacttagctcgtagtttaaaagtgaagctactttggactgaactttgaaattcccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagtat 1548479  T
Q  459 tgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgca 509  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  1548480 tgatgatgaaacactcaatgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgca 1548530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 322 - 528
Target Start/End: Original strand, 55908647 - 55908853
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||||||||| | |||| |||||| |||| |||||| ||| ||    
T  55908647 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 55908746  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 521  Q
    |  || | ||||||||  |||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  55908747 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 55908846  T
Q  522 aaattgt 528  Q
    |||||||    
T  55908847 aaattgt 55908853  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 274 - 528
Target Start/End: Original strand, 8186959 - 8187216
Alignment:
Q  274 ttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaag---gtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttga 370  Q
    ||||||||| ||||| | |||||||| | |||||||||||| ||||| ||||   |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||||||    
T  8186959 ttccccaatttgcagttgcttgatttgagtcattgctatgacatatctgaagaaggtatttgtcaagttttgaagagatgttgtgagattagggatttga 8187058  T
Q  371 aattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaac 470  Q
    | ||||| |||||| ||| | |   |||    |||||||||||||||  | | ||||||||||||||  |||||||| ||||||  ||||||||| ||||    
T  8187059 acttagcctactgtccaagagttgggctctccggaatgaactttgaaatttccaaactggaggtgttgaacttgtcacatacaagagttgatgataaaac 8187158  T
Q  471 actctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    ||| ||||  || || |||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||    
T  8187159 actttatgcaatttcaaagagttgttgtgggcttttgcagttgttactggaaaattgt 8187216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 75; E-Value: 3e-34
Query Start/End: Original strand, 322 - 516
Target Start/End: Original strand, 1524405 - 1524599
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||  ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||  ||||||| ||| |  | || | ||||||||||||||||| ||    
T  1524405 gaaggtattcttcaggttttaaggagatgttgtaaacttaggcatttgaacttagccaactgttctaaaatagaacttcatggaatgaactttgaagttc 1524504  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtta 516  Q
    | ||  ||||||||||  | ||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  1524505 ccaatttggaggtgttgaatttgtcacgtacaagtgttgatgatgaaacactctatatgatctcacagagttgtcgtgggcttttgcaactgtta 1524599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 323 - 528
Target Start/End: Original strand, 53761692 - 53761894
Alignment:
Q  323 aaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcc 422  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||  | ||||||| | |||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  53761692 aaggtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaacattaggcatttgaacttagccgagtgttcaagagtgaagctaattggaatgaactttgtagttcc 53761791  T
Q  423 aaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaa 522  Q
     || || |||| |||  ||||||||  ||| |  ||| | ||| ||||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||    
T  53761792 caagctagaggcgttgaacttgtcatttacgaaagttaacgataaaacactc--tgtgatctcgaagaattgtcgtgggcttttgcaa-tattactgaaa 53761888  T
Q  523 aattgt 528  Q
     |||||    
T  53761889 cattgt 53761894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 4e-30
Query Start/End: Original strand, 322 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 1600599 - 1600444
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||| |||||||| |||||  | ||||||| | ||||||| |  |||||||||||||||| ||    
T  1600599 gaaggtatttgtcaagttttaaggagattttctaaaattagacatttgaacttagcccagtgttcaataatgaagctgcgaggaatgaactttgaagttc 1600500  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctat 477  Q
      ||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||| |||||| ||||||||    
T  1600499 ttaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaagggttgacgatgaagcactctat 1600444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 263 - 528
Target Start/End: Original strand, 8183887 - 8184155
Alignment:
Q  263 ttgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaa---ggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaat 359  Q
    |||||||| | ||||||||| ||||||  |||||||| | |||||||| ||| || || |||   ||||||  |||| |||||| ||| |||||| | ||    
T  8183887 ttgcttccgtgttccccaatttgcagcggcttgatttgagtcattgctttgacatttctgaaaaaggtattactcaaattttaaggagttgttgtgagat 8183986  T
Q  360 taggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggtt 459  Q
    |||  ||||||| |||||||||  | ||||| ||| |||     ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||  |||    
T  8183987 tagagatttgaacttagcttacattccaaaaatgaggctgagcagaatgaactttgaagttccgaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagagtt 8184086  T
Q  460 gatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    ||||||  | |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  8184087 gatgatatagcactctatgcaatctcaaagagttgttgtgggcttttggaactgttactggaaaattgt 8184155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 25 - 108
Target Start/End: Complemental strand, 532661 - 532578
Alignment:
Q  25 ggttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccat 108  Q
    ||||||||| |||| |||| ||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  532661 ggttaatctttctactcatgactacatcaacgaccaatcgcttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccat 532578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 337 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 644995 - 644885
Alignment:
Q  337 gttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgt 436  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||  |||||||| |||||||||||||  | |||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  644995 gttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgctgttcaagactgaagctacttacattgaactttgaagttcccaaactggaggtgt 644896  T
Q  437 tagacttgtca 447  Q
    |||||||||||    
T  644895 tagacttgtca 644885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 403 - 522
Target Start/End: Original strand, 1513407 - 1513526
Alignment:
Q  403 ggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggc 502  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||  ||||||||  |||||  |||||||||||||||||||| || ||||| ||| ||||| ||||||    
T  1513407 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatttacaaatgttgatgatgaaacactctacgtaatctcaaagtgttgtcgtgggc 1513506  T
Q  503 ttttgcaactgttactgaaa 522  Q
    ||||||||||  ||||||||    
T  1513507 ttttgcaactcatactgaaa 1513526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 337 - 515
Target Start/End: Complemental strand, 553644 - 553466
Alignment:
Q  337 gttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgt 436  Q
    ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| |   |||||||| | ||||| ||| |  | |||||||| ||| ||  |||||||||||||    
T  553644 gttttaaggacatgttgtaacattagacatttgaacttaacccgctgttcaagagtgaagttacgtacattgaactttaaagttctcaaactggaggtgt 553545  T
Q  437 tagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtt 515  Q
    |  ||||||||  |||||  |||||||||||| ||||  ||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  553544 tgaacttgtcatttacaagagttgatgatgaagcacttaatgtgatttcaaagagttgttctgggcttttgcaactgtt 553466  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 333 - 519
Target Start/End: Original strand, 3438496 - 3438681
Alignment:
Q  333 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggag 432  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||   |||| |  | ||||  |   || |||||||||||| | | ||||| |||||    
T  3438496 tcaagttttaaggagatgttgtaagattagacatttgaacttagctggttgtttaggagtgaatttgtgtgcaatgaactttgatgtttcaaaattggag 3438595  T
Q  433 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 519  Q
    || ||   ||||||| ||||||  ||||||||| ||| |||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3438596 gtattgagcttgtcacatacaagagttgatgat-aaatactccatgtaatctcaaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactg 3438681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 393 - 518
Target Start/End: Original strand, 1552757 - 1552882
Alignment:
Q  393 gaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagt 492  Q
    ||||||||||||| |||||||||||  ||| |||||||| |||||  | |||||| ||||||   || |||||||||||||| ||||||| || |||| |    
T  1552757 gaagctacttggactgaactttgaaattcccaaactggaagtgttgaatttgtcacatacaaatattaatgatgaaacactcaatgtgatatcaaagaat 1552856  T
Q  493 tgttgtgggcttttgcaactgttact 518  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||    
T  1552857 tgtcgtgggcttttgcagctgttact 1552882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 397 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 641020 - 640889
Alignment:
Q  397 ctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgtt 496  Q
    |||||||||||||| ||||||   |||| | ||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||      
T  641020 ctacttggaatgaaatttgaactaccaatattggaggtgttgaacttgtcagatacaaacgttgatgatgaaacactctacgtgacctcaaagaattgcc 640921  T
Q  497 gtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    |||| |||||||| ||||||||| || |||||    
T  640920 gtggtcttttgcatctgttactggaagattgt 640889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 202 - 447
Target Start/End: Original strand, 21834177 - 21834422
Alignment:
Q  202 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    |||||||||||||||   ||||  | |||| |||||||||  || || || ||||||||| ||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||| |    
T  21834177 caattaaagtctctctttttgggccgcaattcatggttaaatgatgaaagaatcataatgtttgcttcaattttccccaatttacagctgcttgatttga 21834276  T
Q  302 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 401  Q
    ||  || |    ||||||| |||||||||||  ||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||| ||| |    ||||  ||| |||||||||     
T  21834277 cttcttccacacagatatcagaaggtatttgcgaagttttaaggaaatgttgtaagattaagcatttgaacttatcaggttgttataaagtgaagctaca 21834376  T
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtca 447  Q
    | | || ||||||| || ||| || ||||||||||| |||||||||    
T  21834377 tagtatcaactttgtagttcccaagctggaggtgttggacttgtca 21834422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 329 - 529
Target Start/End: Original strand, 7225809 - 7226009
Alignment:
Q  329 tttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaact 428  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||| ||| | |||||| ||| | |||||||||     ||||||||||||| ||   || |    
T  7225809 tttgtcaagttttacggagatgttgtaagattagacatttgaacttatcctactgtccaagagtgaagctacgcaacatgaactttgaagttctcgaatt 7225908  T
Q  429 ggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    |||||| ||  |||||||| ||||||  ||||||||  ||  |||   |||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  7225909 ggaggtcttgaacttgtcacatacaagagttgatgacaaaggacttcgtgtgatatcaaagagttgttgtggacttttgcaactattactggaaagttgt 7226008  T
Q  529 t 529  Q
    |    
T  7226009 t 7226009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 404 - 512
Target Start/End: Original strand, 12121458 - 12121566
Alignment:
Q  404 gaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggct 503  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| || |||||  |||||||| ||||||  |||||||||||||||||||  || ||||| ||| ||||  |||||||    
T  12121458 gaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaaacactctccgtaatctcaaagtgttgccgtgggct 12121557  T
Q  504 tttgcaact 512  Q
    |||||||||    
T  12121558 tttgcaact 12121566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 365 - 525
Target Start/End: Original strand, 55505070 - 55505230
Alignment:
Q  365 atttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatga 464  Q
    |||||||  |||| |||||||||| | |||| ||| ||||||||||||||  ||  ||  |||| ||||||||  |||||||| |||||| |||||| ||    
T  55505070 atttgaacctagcctactgttcaacagtgaacctaattggaatgaactttagagtcccccaactagaggtgttgaacttgtcatatacaaaggttgacga 55505169  T
Q  465 tgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaat 525  Q
    || |||||| ||||||| ||| |||| |||| |||| ||||||||  ||||| ||||||||    
T  55505170 tggaacactttatgtgacctcaaagaattgtcgtggacttttgcatttgttattgaaaaat 55505230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 393 - 519
Target Start/End: Original strand, 1537757 - 1537883
Alignment:
Q  393 gaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagt 492  Q
    |||||| | ||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||  |||||||| ||||||  ||| ||||  ||||||| | ||| ||||| ||| ||    
T  1537757 gaagctgcatggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaatgacaaaacactgtgtgtaatctcaaagtgt 1537856  T
Q  493 tgttgtgggcttttgcaactgttactg 519  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||    
T  1537857 tgtcgtgggcttttgcaacttttactg 1537883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 404 - 485
Target Start/End: Original strand, 1519143 - 1519224
Alignment:
Q  404 gaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctc 485  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||  |||||||| |||||| |||||||||  || ||||||||||||||||    
T  1519143 gaatgaactttgaagttcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagggttgatgaataagcactctatgtgatctc 1519224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 333 - 474
Target Start/End: Original strand, 12116505 - 12116646
Alignment:
Q  333 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggag 432  Q
    |||| |||||| ||||||||||||| | |||||||  || ||||| |||||||||||| | || || | | ||||||||||||| | ||||||  | |||    
T  12116505 tcaaattttaaggagatgttgtaaactaaggcattaaaacttagcctactgttcaaaaataaaactgcgtagaatgaactttgatgttccaaatttagag 12116604  T
Q  433 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactc 474  Q
    |||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||    
T  12116605 gtgttgaacttgtcacatacaagtgttgatgatgaatcactc 12116646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 392 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 566299 - 566172
Alignment:
Q  392 tgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagag 491  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| || |||||| ||   ||| || || |||  | |||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||      
T  566299 tgaagctacgtggaatgaactttgaagttctaaaacttgaaacgttggatttatcatgttcaagcgttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagta 566200  T
Q  492 ttgttgtgggcttttgcaactgttactg 519  Q
     ||| ||||||||||||| |||| ||||    
T  566199 ctgtcgtgggcttttgcagctgtcactg 566172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 659889 - 659701
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||| |||| ||||| |||||| |||||||||||| |||||  |||| || ||||| | |||||||| |  ||||||||  | ||| || ||||||| ||    
T  659889 gaagatattggtcaaattttaaggagatgttgtaacattagatatttaaacttagcctgctgttcaagagggaagctacgagtaataaattttgaagttc 659790  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaact 512  Q
    | ||||| ||||||||  |||||||| ||||||  ||| || ||||||||  |||||||||||| | || ||||| |||| |||| |||||    
T  659789 ccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagtgttaataatgaaaca--ctatgtgatctcaaggaattgttttggggttttacaact 659701  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 405 - 519
Target Start/End: Complemental strand, 7307957 - 7307843
Alignment:
Q  405 aatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggctt 504  Q
    |||||||||| ||| ||| ||| ||||||| ||  |||||||| |||||   |||||||||||| ||||   | ||||||| |||||||||||| |||||    
T  7307957 aatgaactttaaagttcccaaattggaggtattgaacttgtcatatacagaagttgatgatgaagcactacgtatgatctcaaagagttgttgtaggctt 7307858  T
Q  505 ttgcaactgttactg 519  Q
    ||||| |||||||||    
T  7307857 ttgcacctgttactg 7307843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 476 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 370946 - 370894
Alignment:
Q  476 atgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  370946 atgtgatctcaaagagttgttgtcggcttttgcaactattactgcaaaattgt 370894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 458 - 514
Target Start/End: Complemental strand, 558542 - 558486
Alignment:
Q  458 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 514  Q
    ||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  558542 ttgatgatgaagcactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttggaactgt 558486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 321 - 411
Target Start/End: Original strand, 12120060 - 12120150
Alignment:
Q  321 cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaac 411  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| | || |||| ||||| |||||||| || ||  ||||||||| |||||||| ||||  |||||||    
T  12120060 cgaaggtattggtcaagttttaaagaaaagtagtaagattagacatttgaactttgcccactgttcaagactgaagcaacttataatgaac 12120150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 392 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 532299 - 532186
Alignment:
Q  392 tgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagag 491  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||  || || || ||||||||  |||||||| ||||||   ||||||||||||  || ||||||| ||| ||||     
T  532299 tgaatctacttggaatgaactttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacaaacattgatgatgaaaagctttatgtgacctcaaagaa 532200  T
Q  492 ttgttgtgggcttt 505  Q
    |||| ||| |||||    
T  532199 ttgtcgtgagcttt 532186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 440 - 512
Target Start/End: Original strand, 1508040 - 1508112
Alignment:
Q  440 acttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaact 512  Q
    |||||||| |||| |  ||||||||||||||||| | ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||    
T  1508040 acttgtcacataccaatgttgatgatgaaacactgtgtgtaatctcaaagtgttgtcgtgggcttttgcaact 1508112  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #32
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 109
Target Start/End: Original strand, 7225364 - 7225450
Alignment:
Q  23 agggttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatc 109  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||||||  |  ||||| ||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| || ||||||    
T  7225364 agggttaatctctctggtcatgaatacatcaatgatgaattgcttttccatttgtttaagaattgcaagcttctcgaagatgccatc 7225450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #33
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 256 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 570780 - 570735
Alignment:
Q  256 ataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  570780 ataatgtttgcttccattttccccaatttgcaactacttgatttaa 570735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #34
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 322 - 371
Target Start/End: Original strand, 1519062 - 1519111
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaa 371  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||| |  ||||||||||||||    
T  1519062 gaaggtatttgtcaagttttaagaagatgttgaaggattaggcatttgaa 1519111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #35
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 403 - 519
Target Start/End: Original strand, 1489361 - 1489477
Alignment:
Q  403 ggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggc 502  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||| || |||||  |||||||| ||||||  ||| |  | |||||||| | ||| ||||| | | ||||  ||||||    
T  1489361 ggaatgaactttgaagttcccaaactagaagtgttgaacttgtcatatacaaatgttaacaacgaaacactgtgtgtaatctcaatgtgttgccgtgggc 1489460  T
Q  503 ttttgcaactgttactg 519  Q
    |||||||||| ||||||    
T  1489461 ttttgcaactcttactg 1489477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #36
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 187 - 287
Target Start/End: Original strand, 1504892 - 1504992
Alignment:
Q  187 tttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgc 286  Q
    ||||||||| | || ||||||||||||||||| |||  |   |||||||| ||| |||| || ||||||  || |||||||||| ||||||||||| |||    
T  1504892 tttgttgtaggccctcaattaaagtctctccatttgatttttaatccatgtttacgagatgaaagcatccaaacgattgcttccgttttccccaatttgc 1504991  T
Q  287 a 287  Q
    |    
T  1504992 a 1504992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #37
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 66 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 7308354 - 7308310
Alignment:
Q  66 ttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatca 110  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| || ||||||||||    
T  7308354 ttttccacttgtttaagaattgtaagcttctggaagaggccatca 7308310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #38
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 163 - 215
Target Start/End: Original strand, 10634194 - 10634246
Alignment:
Q  163 gagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctct 215  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||| | ||||||||    
T  10634194 gagaattctaattctttgagggattttgttggaagacctcaacttaagtctct 10634246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 110; Significance: 4e-55; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 159 - 507
Target Start/End: Original strand, 19468255 - 19468603
Alignment:
Q  159 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 258  Q
    ||||||||||||| ||||||||  || ||||| ||||   || |||||||||| |||| | |||| | | ||| |||||||||| || || | |||||||    
T  19468255 tgtagagaattctgattctttgccggattttggtgtattccctcaattaaagtatctctacttggctgagaattcatggttaagcgatgaaaacatcata 19468354  T
Q  259 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt-aactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaa 357  Q
    ||| ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||| ||||||| || |  | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| |||     
T  19468355 atgtttgcttccatttttcccaatttgcagctgcttgatttgaactcat-gcaaccacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaat 19468453  T
Q  358 attaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatgg 457  Q
    ||||||||||| || |||||  ||||||||| | |||| ||||||||| ||||||||| || ||| || |||||||||||  | |||||| |||||| ||    
T  19468454 attaggcatttaaacttagcccactgttcaagagtgaatctacttggagtgaactttgtagttcccaagctggaggtgttgaagttgtcagatacaaagg 19468553  T
Q  458 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttg 507  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| ||||||    
T  19468554 ttgatgatgaaacactttatgtgatctcaaagaactgttgtggacttttg 19468603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 161 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 9586980 - 9586601
Alignment:
Q  161 tagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataat 260  Q
    ||||||||||||| | ||||| || | ||||||||||||| ||||| ||||||||  | |||| || ||||| ||||||||||||  | | |||||||||    
T  9586980 tagagaattctaaatttttgaaggatattgttgtaagacctcaattgaagtctcttgatttgggtcgcaatcaatggttaagagataaaaacatcataat 9586881  T
Q  261 gattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccga---aggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaa 357  Q
    | ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |    ||||||| | | |||||  |   ||||||||||||||||||| | ||||||||| |     
T  9586880 gtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgtgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttacaaagatgttgtcag 9586781  T
Q  358 attaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatgg 457  Q
    ||||| ||||||||  || ||   |||||     | || ||||||| ||| || |||||||  || || || ||||||||  |||||||| |||||   |    
T  9586780 attagacatttgaacatatct---tgttctcctgtaaacctacttgaaattaattttgaagtccccaagctagaggtgttgaacttgtcatatacagatg 9586684  T
Q  458 ttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgttaccatttcaca 540  Q
    || ||||||||||||| ||||||| ||| | || |||| |||| |||||||| || |||| |||||||||||| ||| |||||    
T  9586683 ttaatgatgaaacactttatgtgacctcaatgaattgtcgtggacttttgcatcttttacagaaaaattgttatcatgtcaca 9586601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 151 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 9581422 - 9581199
Alignment:
Q  151 agaatgattgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggaga 250  Q
    ||||||| ||| ||||||||||| ||||| | || | ||| |||||| || ||||||||||||||  | |||| |||||||| ||| ||||||||  | |    
T  9581422 agaatgagtgtcgagaattctaagtctttcaaggatattggtgtaagccctcaattaaagtctcttgatttgggtcacaatcaatgtttaagagataaaa 9581323  T
Q  251 gcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccga---aggtatttgtcaagttttaaagag 347  Q
     |||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| |    ||||||| | | |||||  |   ||||||||||||||||||||| ||    
T  9581322 acatcataatgtttgcttcaattttccccaatttgcagctgcttgatctgcgccattgctgtaacatatctaaaagaggtatttgtcaagttttaaaaag 9581223  T
Q  348 atgttgtaaaattaggcatttgaa 371  Q
    ||||||| | ||||| ||||||||    
T  9581222 atgttgtcagattagacatttgaa 9581199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 382 - 501
Target Start/End: Complemental strand, 52082701 - 52082582
Alignment:
Q  382 tgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtga 481  Q
    ||||||| |||||| ||||||  |||||||||| ||| | | ||| ||||||||||  |||||||||| ||||   |||||||||||||| | |||||||    
T  52082701 tgttcaacactgaatctactttcaatgaactttcaagtttccaaattggaggtgttgaacttgtcaaagacaaaaattgatgatgaaacattgtatgtga 52082602  T
Q  482 tctcgaagagttgttgtggg 501  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  52082601 tctcaaagagttgttgtggg 52082582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 440 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 7554550 - 7554468
Alignment:
Q  440 acttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaa 522  Q
    |||| ||| ||||||  |||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||    
T  7554550 acttatcatatacaagtgttgatgatgaagcactctatatgatctcaaagagttgtggtggacttttacaactgttactgaaa 7554468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 27 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 9581526 - 9581457
Alignment:
Q  27 ttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttct 96  Q
    ||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9581526 ttaatctctctcgtcatgactacctcaacaaccatttgcttttccacttgttcaaaaattgtaatcttct 9581457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 27 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 9587097 - 9587015
Alignment:
Q  27 ttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatc 109  Q
    ||||||||||| ||||   |||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||    
T  9587097 ttaatctctctggtcagagctacctcaacaaccaatcgcttttccacttgttcaaaaattgtaatcttcttgaagagaccatc 9587015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 316 - 503
Target Start/End: Complemental strand, 52092960 - 52092776
Alignment:
Q  316 atatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 415  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||   |||||||||||||||  |||||||| ||    |  || |||| | |||| ||||||  ||||||||||     
T  52092960 atatccgaaggtattgttgaagttttaa---gatgttgtaaaattactcatttgaacttgagatcttggtcaacattgaatctactttcaatgaactttc 52092864  T
Q  416 aagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggct 503  Q
    ||| | | ||| ||||||||||  ||||| |||| ||||   |||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  52092863 aagtttccaaattggaggtgttgaacttggcaaagacaaaaattgatgatgacacattgtatgtgatctcaaagagtttttgtgggct 52092776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 163 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 7554761 - 7554709
Alignment:
Q  163 gagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctct 215  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||  | |||||||||||    
T  7554761 gagaattcttattctttgatggattttgttgtaagccccaacttaaagtctct 7554709  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 101; Significance: 8e-50; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 202 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 10614893 - 10614577
Alignment:
Q  202 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    ||||||||||||||| | ||||   | ||||  |||||||| || ||  |||| |||| | ||||||||| |||||||||| |||| || |||||||| |    
T  10614893 caattaaagtctctctatttgggaaaaaatcagtggttaagcgatgaaggcattataaagtttgcttccaatttccccaatttgcaactgcttgatttga 10614794  T
Q  302 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 401  Q
     || |||| ||    |||  |||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||| ||||| || |||  |||| ||||||||||    
T  10614793 atcgttgcaatctcttatatgaaggtatttgtcaagttttaaggatatgttgtaagattaggcatttgaacttagcctattgtaaaaaagtgaagctact 10614694  T
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 501  Q
    |||||||||| |||  | ||| || |||||||||||  ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||  ||| |||||    
T  10614693 tggaatgaacgttgttgttcccaatctggaggtgttgaacttgtcaaatacgaaggttaatgataaaacactctatgtgatctcgaagaactgtagtggg 10614594  T
Q  502 cttttgcaactgttact 518  Q
    ||||||||||| |||||    
T  10614593 cttttgcaactattact 10614577  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 202 - 518
Target Start/End: Original strand, 15091950 - 15092266
Alignment:
Q  202 caattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    ||||||||||||||| | |||| |||||||    ||||||| || || | ||||| |||  |||||||||||||||||||  |  |||| ||||||||      
T  15091950 caattaaagtctctctatttggctcacaattaccggttaagtgatgaaatcatcagaatacttgcttccattttccccaacttagagctacttgatttgg 15092049  T
Q  302 ctcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctact 401  Q
     |||||||||| | |||||  ||||||||| ||||||||||| || ||||| |||  |||  |||||||| ||| ||   |||| ||   |||| ||||     
T  15092050 gtcattgctataacatatctcaaggtatttctcaagttttaaggaaatgttataagcttaaacatttgaacttaactggatgtttaagtgtgaaactaca 15092149  T
Q  402 tggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtggg 501  Q
    |||||||||||||| || |||  | |||||||||||  | |||||| | |||| |||| ||||| |||||||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  15092150 tggaatgaactttgcagttcccgagctggaggtgttgaatttgtcagaaacaaaggttaatgataaaacactctatgcgatctcaaagaattgttgtggg 15092249  T
Q  502 cttttgcaactgttact 518  Q
    ||||||||||| |||||    
T  15092250 cttttgcaactattact 15092266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 161 - 413
Target Start/End: Original strand, 10169888 - 10170140
Alignment:
Q  161 tagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataat 260  Q
    |||| |||||| ||||||||  || ||||| ||||   || ||||| ||||||||| | |||| | ||||| ||||| |||| || ||   |||||||||    
T  10169888 tagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataat 10169987  T
Q  261 gattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt-aactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaat 359  Q
    | || |||||||||| || ||| || ||||  ||||||| ||||| |||| || | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| ||    
T  10169988 gttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatttgaactc-ttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatat 10170086  T
Q  360 taggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactt 413  Q
    ||||||||| || |||||  ||||||||| | |||| ||||||| | |||||||    
T  10170087 taggcatttaaatttagcccactgttcaagagtgaatctacttgaagtgaactt 10170140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 161 - 413
Target Start/End: Original strand, 10177413 - 10177665
Alignment:
Q  161 tagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataat 260  Q
    |||| |||||| ||||||||  || ||||| ||||   || ||||| ||||||||| | |||| | ||||| ||||| |||| || ||   |||||||||    
T  10177413 tagacaattctgattctttgccggattttggtgtataccctcaattgaagtctctctatttggcttacaatacatgggtaagggatgaacacatcataat 10177512  T
Q  261 gattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt-aactcattgctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaat 359  Q
    | || |||||||||| || ||| || ||||  ||||||| ||||| |||| || | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |||| ||| ||    
T  10177513 gttttcttccatttttcctaatttgaagctgtttgatttgaactc-ttgcaatcacatatcggaaggcatttgtcaagttttaaggaggtgttctaatat 10177611  T
Q  360 taggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactt 413  Q
    ||||||||| || |||||  ||||||||| | |||| ||||||| | |||||||    
T  10177612 taggcatttaaatttagcccactgttcaagagtgaatctacttgaagtgaactt 10177665  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 322 - 477
Target Start/End: Complemental strand, 7977758 - 7977603
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||| |  |||||||   |||| |||| ||||||||| || || | |     
T  7977758 gaaggtattggtcaagttttaaggagatgttgtaacattagacatttaaacctagcctgttgttcaagggtgaatctacgtggaatgaaattcgacgttt 7977659  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctat 477  Q
      ||||| ||||  ||  |||||||| ||||||  ||||||||| |||||||||||    
T  7977658 gcaaactcgaggctttgaacttgtcacatacaacagttgatgataaaacactctat 7977603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 100; Significance: 3e-49; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 322 - 541
Target Start/End: Original strand, 45245004 - 45245223
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    ||||| || ||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||| || |||||||| |||| |  ||| |||||| |||||||||| ||    
T  45245004 gaaggaatgtgtcatgttttaaggagatgttgtaacattaggcatttaaacttagtttgctgttcaagactggaattacgtggaataaactttgaagttc 45245103  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 521  Q
    ||||||| ||||||||  | |||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||    
T  45245104 caaaacttgaggtgttgaatttgtcagagacaatggttgatgatgaaacactccatgtgatctcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattattgaa 45245203  T
Q  522 aaattgttaccatttcacag 541  Q
    ||| ||||| ||| ||||||    
T  45245204 aaaatgttatcatgtcacag 45245223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 322 - 528
Target Start/End: Original strand, 1037583 - 1037789
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||| ||||| |||| ||||| | |||| |||||| |||| |||||| ||| ||    
T  1037583 gaaggtatttgtgaagttttaaggagatgttgtaaggttagacatttgaatttagcctactattcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 1037682  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 521  Q
    |  || | ||||||||  |||||||| |||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| |    
T  1037683 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacatgtgttgatgatgaaacactctatatgatctcaaagaattgttgtgggcttttacaactgtttctgga 1037782  T
Q  522 aaattgt 528  Q
    |||||||    
T  1037783 aaattgt 1037789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 166 - 517
Target Start/End: Original strand, 32785535 - 32785886
Alignment:
Q  166 aattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattg 265  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||| |||||| |||| || ||||   ||||||||||| || |||||||  ||| ||     
T  32785535 aattctaattctttgatggattttgttgtaatccctcaattaaagtttctccatttggctcgcaattattggttaagagatgaaagcatcaggatgtttt 32785634  T
Q  266 cttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatc---cgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattag 362  Q
    |||| |||||  ||||| |||| || |||||||| |   |||||||| | |||||    ||||||||||||||| |||||   ||||||| ||| |||||    
T  32785635 cttctattttttccaatttgcaactacttgatttgagctattgctataacatatctgaagaaggtatttgtcaattttta---agatgttctaagattag 32785731  T
Q  363 gcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgat 462  Q
     |||||||| || |   ||| ||||| | |  |||  | | ||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||  |||||||| ||||||   |||||    
T  32785732 acatttgaatttggaccacttttcaagaatcgagcaccgtcgaatgaactttaaagctcccaaactagaggtgttgaacttgtcacatacaagaattgat 32785831  T
Q  463 gatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttac 517  Q
    |||||| |||| ||||||||||| |  |||| |  |||||||||| |||||||||    
T  32785832 gatgaagcactttatgtgatctcaataagttttcatgggcttttgaaactgttac 32785886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 25 - 110
Target Start/End: Original strand, 32785282 - 32785367
Alignment:
Q  25 ggttaatctctctagtcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcgaggaggccatca 110  Q
    |||||||||  || ||||||| ||||||||| | |||| | ||||||||||||||||||| |  ||||||||| | || |||||||    
T  32785282 ggttaatcttactggtcattattacatcaacaatcaatcgcttttccacttgttcaaaaacttgaagcttctcaaagaagccatca 32785367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 335 - 371
Target Start/End: Original strand, 43277392 - 43277428
Alignment:
Q  335 aagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaa 371  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  43277392 aagttttaaggagatgttgtaaaattacgcatttgaa 43277428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0295 (Bit Score: 83; Significance: 5e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0295
Description:

Target: scaffold0295; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 322 - 528
Target Start/End: Original strand, 543 - 749
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||   ||| |||||||| ||||| |||||||||| | |||| |||||| |||| |||||| ||| ||    
T  543 gaaggtatttgtgaagttctaaggagatgttgtaaggctagacatttgaatttagcctactgttcaagagtgaaactacttagaataaactttaaagttc 642  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaa 521  Q
    |  || | ||||||||  |||||||| ||||||  || |||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |    
T  643 ctgaattagaggtgtttaacttgtcacatacaagtgtcgatgatgaaacactctatatgatctcgaagaattgttgtgggctattacaactgttactgga 742  T
Q  522 aaattgt 528  Q
    |||||||    
T  743 aaattgt 749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 82; Significance: 2e-38; HSPs: 10)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 228 - 516
Target Start/End: Original strand, 18315095 - 18315386
Alignment:
Q  228 caatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccgaag-- 325  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||| |||  || ||||||||||||||||| ||||| | |||||||| |   | ||| || | ||| | ||||      
T  18315095 caattcatggttaagagaggaaagcatcaaaatattttcttccattttccccaatttgcagttgcttgatttgagctactgcgataacatacctgaagaa 18315194  T
Q  326 -gtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaa 424  Q
     |||||||||||||||||   || |||| | | ||||| || ||||| ||||||     ||||| | ||||||||| ||||||||||||| ||| ||| |    
T  18315195 ggtatttgtcaagttttacgaagttgttctgagattagacagttgaacttagctcgtgattcaagaatgaagctacgtggaatgaactttaaagttccca 18315294  T
Q  425 aactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgtta 516  Q
    |||||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||    
T  18315295 aactggaggtgttgaacttgtcacatacaaaagttgatgatgaagcactctatgtgatctcaaagagttgtcgtaggcttttgcaactgtta 18315386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 159 - 495
Target Start/End: Original strand, 17636150 - 17636493
Alignment:
Q  159 tgtagagaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcata 258  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||  || ||||| ||||||||||| |||  | ||||| ||||||||||||| || ||| |||||    
T  17636150 tgtagagaattctaattcttcgatgaattttgttgtaaaccctcaatttaagtctctccatttgccttacaattcatggttaagagatgaaagcctcata 17636249  T
Q  259 atgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccg---aaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgta 355  Q
    | | | | | |||||||||||||| ||||||| |||||||||    ||||| || | ||||| |   ||||||||||||||||||||| | |||||| ||    
T  17636250 aagctcgataccattttccccaatttgcagctgcttgatttacgagattgcaataaaatatcagagaaaggtatttgtcaagttttaaggggatgttcta 17636349  T
Q  356 aaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctac----ttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaata 451  Q
    | |||||||||||||| ||||     ||||||| | |||| ||||     | ||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  |||||||| | |    
T  17636350 atattaggcatttgaacttaggccgatgttcaagagtgaaactacatcgatcgaatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcacaaa 17636449  T
Q  452 caatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgt 495  Q
    ||   ||||| |||||| || | ||||||||||| |||||||||    
T  17636450 caggagttgacgatgaagcattgtatgtgatctcaaagagttgt 17636493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 392 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 32151411 - 32151287
Alignment:
Q  392 tgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagag 491  Q
    ||||||| | |||||||||||| |||| | | || |||||||||||| ||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  32151411 tgaagctgcgtggaatgaacttcgaagtttccaatctggaggtgttaaacttgtcatgtacaaggtttgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagag 32151312  T
Q  492 ttgttgtgggcttttgcaactgtta 516  Q
    |||| ||||||||||||||||||||    
T  32151311 ttgtagtgggcttttgcaactgtta 32151287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 323 - 529
Target Start/End: Original strand, 34936083 - 34936289
Alignment:
Q  323 aaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctcc 422  Q
    ||||||||| ||| ||||||| |||||||||| | ||||| |||||| | || ||  | ||||||||| |||| || |   |||||| |||||| | |||    
T  34936083 aaggtatttatcatgttttaaggagatgttgtgacattagacatttgtacttggccgattgttcaaaagtgaaccttcacagaatgatctttgatgttcc 34936182  T
Q  423 aaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaa 522  Q
    |||||| |||||||| ||||||||| ||||||  ||||||||| ||||||||||||  ||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||  ||    
T  34936183 aaaactagaggtgttggacttgtcatatacaagagttgatgataaaacactctatgccatcgcaaagagttgtcgtgggcttttgcaactattacttcaa 34936282  T
Q  523 aattgtt 529  Q
    |||||||    
T  34936283 aattgtt 34936289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 322 - 514
Target Start/End: Original strand, 28246214 - 28246404
Alignment:
Q  322 gaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctc 421  Q
    |||||||||  ||| ||||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| ||   ||||||| ||||||||||| |  | |||||||||||| ||    
T  28246214 gaaggtattgttcatgttttaatgatatgttgtaacattagacatttgaatttaactcgttgttcaagactgaagctacatacattgaactttgaagttc 28246313  T
Q  422 caaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgt 514  Q
    | |||||||||||||| |||||||||  |||||  |||||  || || ||||||||  |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  28246314 ccaaactggaggtgttggacttgtcatttacaagagttga--ataaatcactctattggatctcaaagagttgtagcgggcttttgcaactgt 28246404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 405 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 27922605 - 27922482
Alignment:
Q  405 aatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggctt 504  Q
    |||||||||||||| ||| ||| ||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  27922605 aatgaactttgaagttcccaaattggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggctt 27922506  T
Q  505 ttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    ||| || ||| |||  ||||||||    
T  27922505 ttgaaattgtcacttgaaaattgt 27922482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 351 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 21235709 - 21235542
Alignment:
Q  351 ttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaat 450  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| |||| |||||| |||| ||   |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||    
T  21235709 ttgtaaacttaggcatttgaacttagctcactgctcaaaagtgaaactgtgtggagtgaactttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatat 21235610  T
Q  451 acaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttact 518  Q
    |||   |||||| | |||  ||||||| |||| || ||||| ||| |  |||||||||||||||||||    
T  21235609 acaggagttgataacgaagaactctatttgatttcaaagagctgtcgcaggcttttgcaactgttact 21235542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 164 - 301
Target Start/End: Original strand, 17627817 - 17627954
Alignment:
Q  164 agaattctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgat 263  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||| |||||||| || |||||||| |||||| | |||| |  |||| ||| | || | || || | ||||| |||| |    
T  17627817 agaattctaattctttggtggatttcgttgtaagccctcaattaaaatctctctatttggctttcaattcattgctatgcgatgaaaacatcaaaatgtt 17627916  T
Q  264 tgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaa 301  Q
    ||||||||||||||||||| |||| || ||||||||||    
T  17627917 tgcttccattttccccaatttgcaactgcttgatttaa 17627954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 40 - 99
Target Start/End: Original strand, 18314867 - 18314926
Alignment:
Q  40 tcattactacatcaactaccaattgtttttccacttgttcaaaaattgtaagcttctcga 99  Q
    |||||||||||||||| | |||| | |||||||||||||||| || ||||||||||||||    
T  18314867 tcattactacatcaacgatcaatcgcttttccacttgttcaagaactgtaagcttctcga 18314926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 467 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 44736570 - 44736524
Alignment:
Q  467 aaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactg 513  Q
    ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||    
T  44736570 aaacactcattgtgatctcaaagagttgttgtgggcttttgtaactg 44736524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 71; Significance: 7e-32; HSPs: 8)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 7e-32
Query Start/End: Original strand, 169 - 530
Target Start/End: Original strand, 41889317 - 41889681
Alignment:
Q  169 tctaattctttgatgggttttgttgtaagaccgcaattaaagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgctt 268  Q
    ||||| |||||||||| |||||||| |   || |||||||||  ||| |  |||| ||| ||||||||||||  ||| ||   |||||||||| ||||||    
T  41889317 tctaaatctttgatggattttgttgcataccctcaattaaagcatcttcgtttggctcaaaatccatggttatcagatgaagacatcataatgtttgctt 41889416  T
Q  269 ccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcattgctatgagatatccga---aggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggca 365  Q
    |||||||||| ||| ||||||| |||||||| |   |||| | |   ||||  ||   |||||||  ||||||||||| || ||||||||| |||||  |    
T  41889417 ccattttccctaatttgcagctacttgatttgagcaattgttgtcgcatatttgatgaaggtattactcaagttttaaggatatgttgtaacattagata 41889516  T
Q  366 tttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgat 465  Q
    |||||| ||| |    ||||||| | |||||||||||| |||||||||| ||| ||| ||| ||||||||||  |||| ||| ||||||  |||||||||    
T  41889517 tttgaacttatccggatgttcaatagtgaagctacttgaaatgaactttaaagttcccaaattggaggtgttgaacttatcatatacaaaagttgatgat 41889616  T
Q  466 gaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtta 530  Q
    |||||||| |||  |||||| ||||||||||| ||||||| | || ||||||| |||||||||||    
T  41889617 gaaacactttataagatctcaaagagttgttgcgggctttcgaaattgttacttaaaaattgtta 41889681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 333 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 32267641 - 32267449
Alignment:
Q  333 tcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaactggag 432  Q
    |||| |||||| || ||||||||| ||||| |||||||| ||| |  | ||||||| | |||| |||   | |||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  32267641 tcaatttttaaggatatgttgtaacattagacatttgaacttatcccagtgttcaacagtgaaacta---gaaatgaactttgaagttcccaaattggag 32267545  T
Q  433 gtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgt 528  Q
    || ||  |||||||| | ||||| |||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||| |||||||||    
T  32267544 gtattgaacttgtcacaaacaatagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtgggcttttgaaattgtcacttaaaaattgt 32267449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 208 - 527
Target Start/End: Original strand, 20477887 - 20478206
Alignment:
Q  208 aagtctctccagttggatcacaatccatggttaagagaggagagcatcataatgattgcttccattttccccaatctgcagcttcttgatttaactcatt 307  Q
    ||||||||| | |||| ||| |||||||||||||| || || |  || |||||  ||||||| || ||||||||| |||| | |||||||||  ||   |    
T  20477887 aagtctctctacttgggtcataatccatggttaagtgatgaaataataataatatttgcttctatgttccccaatttgcaacatcttgattttccttggt 20477986  T
Q  308 gctatgagatatccgaaggtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaat 407  Q
    || ||   ||||| |||| |||||||||| | |||| ||||||||||||  | ||||||||||| ||||||   |||  || |  |||||||||||||||    
T  20477987 gcaatcgtatatctgaagatatttgtcaattcttaacgagatgttgtaagttaaggcatttgaacttagctggatgtcgaagagcgaagctacttggaat 20478086  T
Q  408 gaactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttg 507  Q
     ||| ||| |  |||  | |||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||| |||||| | | ||||||||| | || ||||||||||||||||    
T  20478087 aaacgttgtaattccccagctggaggtgttgaacttgtcatatacaaatgttgatgacgaaacattatctgtgatctcaaggaattgttgtgggcttttg 20478186  T
Q  508 caactgttactgaaaaattg 527  Q
    ||| |  |||||||||||||    
T  20478187 caaatactactgaaaaattg 20478206  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 410 - 507
Target Start/End: Original strand, 41901542 - 41901639
Alignment:
Q  410 actttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttg 507  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||  |||||||| ||||||  |||||||||||| |||| ||| ||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  41901542 actttgaagttcccaaactggaggtgttgaacttgtcatatacaaaagttgatgatgaagcactttatatgatctcaaagagttgttgtggacttttg 41901639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 326 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 28525187 - 28525098
Alignment:
Q  326 gtatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttg 415  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||    ||||||||| | |||||| ||||||||| |||||||    
T  28525187 gtatttgtcaagttttaaggagatgttgtaagatgagggatttgaaattaagcaactgttcaataatgaagccacttggaatcaactttg 28525098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 410 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 37937979 - 37937877
Alignment:
Q  410 actttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgca 509  Q
    ||||||||| ||| || || |||||||| |||||| || ||||||   |||||||| ||||||||||||| ||||| ||||  ||| |||||||||||||    
T  37937979 actttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagaattgatgatcaaacactctatgtaatctcaaagatgtgtcgtgggcttttgca 37937880  T
Q  510 act 512  Q
    |||    
T  37937879 act 37937877  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 409 - 514
Target Start/End: Original strand, 38267562 - 38267667
Alignment:
Q  409 aactttgaagctccaaaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgc 508  Q
    |||||||||| ||| || || |||||||| |||||| || ||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||  ||  |||||||||||     
T  38267562 aactttgaagttcccaaccttgaggtgttggacttgacacatacaagagttgatgatgacacactctatgtaatctcaaagacgtgccgtgggcttttga 38267661  T
Q  509 aactgt 514  Q
    ||||||    
T  38267662 aactgt 38267667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 263 - 299
Target Start/End: Complemental strand, 37938130 - 37938094
Alignment:
Q  263 ttgcttccattttccccaatctgcagcttcttgattt 299  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  37938130 ttgcttccattttccccaatctgcaatttcttgattt 37938094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0807 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0807
Description:

Target: scaffold0807; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 327 - 496
Target Start/End: Original strand, 1388 - 1560
Alignment:
Q  327 tatttgtcaagttttaaagagatgttgtaaaattaggcatttgaaattagcttactgttcaaaactgaagctacttggaatgaactttgaagctccaaaa 426  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||| |||||||| ||||| |  ||||||    || | ||| ||| ||||||||||| || ||| ||     
T  1388 tatttgtcaagttttaaggagatgttataagattagacatttgaacttagcctggtgttcatctgtggacctatttgaaatgaactttgtagttcctaag 1487  T
Q  427 ctggaggtgttagacttgtcaaatacaa---tggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgtt 496  Q
    || |||||||| ||||||||||||||||   | | ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||    
T  1488 ctagaggtgttggacttgtcaaatacaaatgttgatgatgatgaaacactctatgtgatctcaaagaattgtt 1560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0041 (Bit Score: 44; Significance: 9e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0041
Description:

Target: scaffold0041; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 450 - 529
Target Start/End: Complemental strand, 39236 - 39157
Alignment:
Q  450 tacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaaattgtt 529  Q
    ||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||| ||||    
T  39236 tacaaaggttaatgatgaaacactttatgtgatctcaaagagttgtagtgggcttttgcacctgatactggaaaaatgtt 39157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 424 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 88917 - 88813
Alignment:
Q  424 aaactggaggtgttagacttgtcaaatacaatggttgatgatgaaacactctatgtgatctcgaagagttgttgtgggcttttgcaactgttactgaaaa 523  Q
    ||||||||||| ||  |||||||||  |||||  | || |||||| ||||| |||||||||| ||||| |||  ||||||||||||| ||| |||  |||    
T  88917 aaactggaggtattgaacttgtcaagaacaatcatagacgatgaagcactccatgtgatctcaaagaggtgtcatgggcttttgcaattgtaactacaaa 88818  T
Q  524 attgt 528  Q
    |||||    
T  88817 attgt 88813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University