View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12527_low_6 (Length: 387)

Name: NF12527_low_6
Description: NF12527
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12527_low_6
NF12527_low_6
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (27-371)||(21150690-21151034)
[»] chr7 (14 HSPs)
chr7 (50-371)||(22880294-22880615)
chr7 (48-371)||(22888993-22889316)
chr7 (27-371)||(22814707-22815051)
chr7 (27-371)||(22830711-22831055)
chr7 (27-371)||(22839732-22840076)
chr7 (46-259)||(22885324-22885537)
chr7 (46-321)||(22809340-22809618)
chr7 (46-371)||(22858158-22858486)
chr7 (48-371)||(22875623-22875940)
chr7 (48-321)||(22805019-22805283)
chr7 (46-371)||(22893652-22893968)
chr7 (48-372)||(22897973-22898288)
chr7 (48-287)||(22913375-22913605)
chr7 (48-322)||(22825959-22826224)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 345; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 345; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 27 - 371
Target Start/End: Complemental strand, 21151034 - 21150690
Alignment:
Q  27 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21151034 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 21150935  T
Q  127 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150934 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 21150835  T
Q  227 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 326  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150834 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 21150735  T
Q  327 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttga 371  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21150734 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttga 21150690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 14)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 50 - 371
Target Start/End: Original strand, 22880294 - 22880615
Alignment:
Q  50 gaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgagaa 149  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  || ||||| |||||||||||| ||    
T  22880294 gaagctcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagctaaaattaaccttgttgaagatgataa 22880393  T
Q  150 tccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggagct 249  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  22880394 tccaacatacatactattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgacaacaaatgtcgtgttggtttattattaaaaccaacactaatcggagct 22880493  T
Q  250 aaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatcat 349  Q
    || ||||| | |||||| |||||  | |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||| |||||    
T  22880494 aatgtaacctcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactggaaagggataaatccttgaatcgatcataatcat 22880593  T
Q  350 cataatagcctgcagaagttga 371  Q
    ||||||| ||||||||| ||||    
T  22880594 cataatatcctgcagaaattga 22880615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 184; E-Value: 2e-99
Query Start/End: Original strand, 48 - 371
Target Start/End: Original strand, 22888993 - 22889316
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | | |||||||||||||||||||    
T  22888993 aggaagttcagagatttcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatatactgagaagctaccattaaccctgttgaagatgag 22889092  T
Q  148 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 247  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||| ||  ||||||||| ||||| |    
T  22889093 aatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattactagcaccaacactcattggtg 22889192  T
Q  248 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatc 347  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||  | ||| | |    
T  22889193 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcatagggtatccactggaaagggataaatccttgaattgaccataacc 22889292  T
Q  348 atcataatagcctgcagaagttga 371  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||    
T  22889293 atcataatatcctgcaggagttga 22889316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 181; E-Value: 1e-97
Query Start/End: Original strand, 27 - 371
Target Start/End: Original strand, 22814707 - 22815051
Alignment:
Q  27 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 126  Q
    ||||| |||||||||||  | |||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||    
T  22814707 ctcagcaaatactgttagcttaggaagttcagatatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccacccaagaatataatgagaagctaca 22814806  T
Q  127 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 226  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||     
T  22814807 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattgaagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttattac 22814906  T
Q  227 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 326  Q
    ||  ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||  | |||||||| ||||||||||| || |||||| ||||| || ||||||||||    
T  22814907 tagcaccaacactcattggagctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatagtcaatccatacctgtataggaaatccattggaaagggataa 22815006  T
Q  327 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttga 371  Q
     ||  |||||  | ||| ||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  22815007 ctccctgaattgaccatgatcattataatatcctgcaggagttga 22815051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 173; E-Value: 6e-93
Query Start/End: Original strand, 27 - 371
Target Start/End: Original strand, 22830711 - 22831055
Alignment:
Q  27 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 126  Q
    ||||| ||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22830711 ctcagcaaatactctttctccaggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgca 22830810  T
Q  127 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 226  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||  || |||||| | |     
T  22830811 atgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgac 22830910  T
Q  227 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 326  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||  | |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||    
T  22830911 taaaaccaacactaactggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactccatcatattcaatccatacctgcataggatgtccactggtaagggataa 22831010  T
Q  327 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttga 371  Q
    ||   |||||| | || ||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  22831011 attcctgaatcgaccagtatcatcataatatcctgcaggagttga 22831055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 27 - 371
Target Start/End: Original strand, 22839732 - 22840076
Alignment:
Q  27 ctcagaaaatactgttacttcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgca 126  Q
    ||||| ||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22839732 ctcagcaaatactctttctccaggaaggtcagagatttcaaggttttgagattggccattaaccataaaactccaaccatgaatataatgagaagctgca 22839831  T
Q  127 agtaaccctgttgaagatgagaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttat 226  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||   |||  || |||||| | |     
T  22839832 atgaaccctgttgaagatgagaatccaacatacattctattgttgagaattggggaaagatctttggtcaatgataacgtcggttgtgttggtttatgac 22839931  T
Q  227 taaaaccaacactaattggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataa 326  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||| |||||  | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||    
T  22839932 taaaaccaacactaaatggagctaaggtaacatcaatctttttcttcactctatcatattcaatccatacttgcataggatatccactggagagggataa 22840031  T
Q  327 atcattgaatccatcattatcatcataatagcctgcagaagttga 371  Q
    |||  |||||| || ||  ||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  22840032 atccctgaatcgattatattcatcgtaatatcctgcaggagttga 22840076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 46 - 259
Target Start/End: Original strand, 22885324 - 22885537
Alignment:
Q  46 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatg 145  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  22885324 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagcttggctattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctacaattaaccctgttgaagatg 22885423  T
Q  146 agaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattgg 245  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| | | |||||||||||||||||||    
T  22885424 agaatccaacatacattctattgttgagtattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttatcactaaaaccaacactaattgg 22885523  T
Q  246 agctaaagtaacat 259  Q
    ||||||||||||||    
T  22885524 agctaaagtaacat 22885537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 2e-83
Query Start/End: Original strand, 46 - 321
Target Start/End: Original strand, 22809340 - 22809618
Alignment:
Q  46 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatg 145  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |  ||   | |||||||||||||    
T  22809340 tcaggaagtttagagatatcaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaacataatgagaagatagaatagaacctgttgaagatg 22809439  T
Q  146 agaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggtttttta---ttaaaaccaacactaat 242  Q
    |||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||   |   |||||||||||| ||||    
T  22809440 agaatccaacatacatactagtgttaagaattggagaaagatctttggtgaatgataacaaaggtcgtgttggtttaacaacattaaaaccaacattaat 22809539  T
Q  243 tggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagg 321  Q
    ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  22809540 tggagctaaagtagcatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatagccactgaaaagg 22809618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 155; E-Value: 3e-82
Query Start/End: Original strand, 46 - 371
Target Start/End: Original strand, 22858158 - 22858486
Alignment:
Q  46 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatg 145  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || ||| ||||||||||    
T  22858158 tcaggaagtttagagatttcaaggttttgagcttggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgggaagctacaattaccccggttgaagatg 22858257  T
Q  146 agaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttt---tttattaaaaccaacactaat 242  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||      |||| |||||| | ||||    
T  22858258 agaatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttcgtgaatgataacaaaggtcgtgctggtttaacaacattacaaccaaaattaat 22858357  T
Q  243 tggagctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatca 342  Q
    ||||||||| ||||||| ||| || |||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||||| | ||    
T  22858358 tggagctaatgtaacatcaatatttttcttcactccatcatattctatccatacctgcataggatatccactagaaagggataagtcgttgaatcgacca 22858457  T
Q  343 ttatcatcataatagcctgcagaagttga 371  Q
     || ||| ||| || ||||||| ||||||    
T  22858458 atagcattatagtatcctgcaggagttga 22858486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 48 - 371
Target Start/End: Original strand, 22875623 - 22875940
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||| |||||||||||||||    
T  22875623 aggaagttcagagatttcaagggtttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctaaaattaaacctgttgaagatgag 22875722  T
Q  148 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 247  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||| ||      || | ||   |||||||    
T  22875723 aatccaacatacattctattgttgagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgtgttggtttatt------actagcatctattggag 22875816  T
Q  248 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatc 347  Q
    |||||||||||| |||||| || ||  | |||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||| || ||  ||    
T  22875817 ctaaagtaacatcaatcttttttttcactccatcatagtcaatccatacctgcatgggatatccactgaaaagggataaatccctgaatcgattatattc 22875916  T
Q  348 atcataatagcctgcagaagttga 371  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||    
T  22875917 atcgtaatatcctgtagaagttga 22875940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 48 - 321
Target Start/End: Original strand, 22805019 - 22805283
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    ||||| || ||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22805019 aggaaattgagagattacaaggttttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 22805118  T
Q  148 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 247  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||| || ||||||         | |||||  || |||||    
T  22805119 aatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcattgataacgaaggtcctgttggttt---------aacaacataaactggag 22805209  T
Q  248 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagg 321  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  | |||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||||| |||||    
T  22805210 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcataatcaatccatacctgtataggatttccactggaaagg 22805283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 46 - 371
Target Start/End: Original strand, 22893652 - 22893968
Alignment:
Q  46 tcaggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatg 145  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||  | ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |  || | | || || |  ||||    
T  22893652 tcaggaagttcagagattacaaggttttgagcttgaccattaatcttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaaatgaaccagtagctgatg 22893751  T
Q  146 agaatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattgg 245  Q
    | ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||    
T  22893752 aaaatccaacatacatactattgttaagaattggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattgg 22893842  T
Q  246 agctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcatta 345  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||  || ||  ||||||  | |||||    
T  22893843 agctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggatagccactgataaggcttatattcttgaattgaccatta 22893942  T
Q  346 tcatcataatagcctgcagaagttga 371  Q
     |||||||||| ||||||| ||||||    
T  22893943 ccatcataatatcctgcaggagttga 22893968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 48 - 372
Target Start/End: Original strand, 22897973 - 22898288
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    || | | || || |  |||||     
T  22897973 aggaagttcagagattacaaggttttcagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgaa 22898072  T
Q  148 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 247  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||| |||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||    
T  22898073 aatccaacatacatactattgtttaaaattggagaaagatctctggtcaatgacaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 22898163  T
Q  248 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaagggataaatcattgaatccatcattatc 347  Q
    |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||  ||||  |||| |  | ||||| |    
T  22898164 ctaaagtaacatcaatctttttcttttcaccatcatattcaatccatacctgcataggattgccactgaaaagggtcaaattcttgagttgaccattaac 22898263  T
Q  348 atcataatagcctgcagaagttgat 372  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||    
T  22898264 atcataatatcctgcaggagttgat 22898288  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 48 - 287
Target Start/End: Original strand, 22913375 - 22913605
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || | | |||||||||||||||    
T  22913375 aggaagttcagagattacaagattttgagcttgaccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagttagaattgaacctgttgaagatgag 22913474  T
Q  148 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 247  Q
    |||||||||||||||||| |||| |||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||    
T  22913475 aatccaacatacatactagtgttaagaattgaagaaagatctttgttcaatgataacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 22913565  T
Q  248 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattc 287  Q
    |||||||||||| |||||| |||||  | |||||||||||    
T  22913566 ctaaagtaacatcaatctttttcttcactccatcatattc 22913605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 48 - 322
Target Start/End: Original strand, 22825959 - 22826224
Alignment:
Q  48 aggaagttcagagatttcaaggttttgagccaggccattaaccttaaaactccaaccaagaatataatgagaagctgcaagtaaccctgttgaagatgag 147  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    || | | || || |  ||||||    
T  22825959 aggaagttcagaaattacaagattttgagcttgaccattaagcttaaaacttcaaccaagaatataatgagaagtgaaaactgaaccagtagctgatgag 22826058  T
Q  148 aatccaacatacatactattgttgagaactggagaaagatctttggtcaatgataacaaaggtcttgctggttttttattaaaaccaacactaattggag 247  Q
    ||||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||| |||||||||| |||||||||  |  ||||||         | ||||| |||||||||    
T  22826059 aatccaacatacatactattgttcaaaattggaggaagatctctggtcaatgaaaacaaaggttgttttggttt---------aacaacattaattggag 22826149  T
Q  248 ctaaagtaacattaatcttcttcttttcaccatcatattcaatccatacatgcataggatatccactgaaaaggg 322  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  ||||||||    
T  22826150 ctaaagtaacatcaatctttttattttcaccatcatattctatccatacctgcataggatagccagagaaaaggg 22826224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University