View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12532_low_2 (Length: 680)

Name: NF12532_low_2
Description: NF12532
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12532_low_2
NF12532_low_2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (1-663)||(38709560-38710222)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 599; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 599; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 663
Target Start/End: Original strand, 38709560 - 38710222
Alignment:
Q  1 ttttattataccatgaactaatacttctaaaagatatcgattgcacccatgaactaatacttcgaaaggtatttaattgatccatgtgtacttctaaagc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38709560 ttttattataccatgaactaatacttctaaaagatatcgattgcacccatgaactaatacttcgaaaggtatttaattgatccatgtgtacttctaaagc 38709659  T
Q  101 atataaatgaccaataaacctaatgccttaagattttgattgaatgtagtatctgcaatggtaggtggtctgggaacctctattttcctggcaaaattct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38709660 atataaatgaccaataaacctaatgccttaagattttgattgaatgtggtatctgcaatggtaggtggtctgggaacctctattttcctggcaaaattct 38709759  T
Q  201 ttatgagatcaactaaatccattttcttaaggactttaataaaccattctacaagagtcctctggtgaattactacacacttgtatggtttcatggtgtt 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  38709760 ttatgagatcaactaaatccattttcttaaggactttaataaaccattctacaagagtcctctggtgaattactacacacttctatggtttcatggtgtt 38709859  T
Q  301 gaacaactgttagtgggattaccacatcagatgttagatgttttagtgaagggttagtttgttcagaagtaggtg------agggacagggacagagtca 394  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||    
T  38709860 gaacaactgttagtgggattaccacatcagatgttagatgttttagtgaagggttggtttgttcagaagtaggtgagggacagggacagggacagagtca 38709959  T
Q  395 gaaaccataccttgagctatctcaggtgctggcttctgagctgcctttgtttgtagcttatgagtgtccggccttgtcagcctctgatgcgacattcttt 494  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38709960 gaaaccataccttgagctatctcaggtgttagcttctgagctgcctttgtttgtagcttatgagtgtccggccttgtcagcctctgatgcgacattcttt 38710059  T
Q  495 gatttgatataacaaactctaacacattgatgtgtgctggtggttcacgataaggagagaatgaaagagggacacatatatgtatacatgtacaggctca 594  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||     
T  38710060 gatttgatataacaaactctaacacattgatgtgtgctggtggttcacgataaggagagaatgaaagagggacacatatatgta------tacaggctcg 38710153  T
Q  595 ccataaaactggttcacgataaaactagtagttacgtccagttaagaaatctcatgctatggcgacaac 663  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38710154 ccataaaactggttcacgataaaactagtagttacgtccagttaagaaatctcatgctatggcgacaac 38710222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University