View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12536_low_1 (Length: 885)

Name: NF12536_low_1
Description: NF12536
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12536_low_1
NF12536_low_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-863)||(42017639-42018500)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-863)||(1250859-1251720)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 42018500 - 42017639
Alignment:
Q  1 gtccaataaggattgatctaaataacagcagaagcatcaaaaacatgaagctgatataaatgtaaatatgttaaagcttaagcaaactgacctaaataat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42018500 gtccaataaggattgatctaaataacagcagaagcatcaaaaacatgaagctgatataaatgtaaatatgttaaagcttaagcaaactgacctaaataat 42018401  T
Q  101 aataacactgacaaagttgattcctcctatgtcaattgtttgtaacagttataggcgatagtgaccgatacagcagcacagacaacagcaagagcagcat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42018400 aataacactgacaaagttgattcctcctatgtcaattgtttgtagcagttataggcgatagtgaccgatacagcagcacagacaacagcaagagcagcat 42018301  T
Q  201 aagtatcttcttgatcccagccgtcaagccatgatgtcatagaacgagacctgcatgaagctcctttcccgctgttgattcgagaaaccgccgccttgct 300  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42018300 aagtatcttcttgttcccagccgtcaagccatgatgtcatagaacgagacctgcatgaagctcctttcccgctgttgattcgagaaaccgccgccttgct 42018201  T
Q  301 gctcttattattatcagctgaaagctttgcttcagtctcgatgacatcggagctcattctctcatccactgacacctgactctgacaaaatggaagagtt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42018200 gctcttattattatcagctgaaagctttgcttcagtctcgatgacatcggagctcattctctcatccactgacacctgactctgacaaaa-ggaagagtt 42018102  T
Q  401 tccgttttcttggcagcagctgactccatttggttggcagcagctcgtgaaattgtctagagatccattcagtacagggttttcttctaaatctcctatg 500  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42018101 tccgttttcttggcagcagctcactccatttggttggcagcagctcgtgaaattgtctagagatccattcagtacagggttttcttctaaatctcctatg 42018002  T
Q  501 caactcagcagaagcctttgttcttgcttttgtatttgttcatcttctgataatcccatctgacccctgatggaaataatcaaagaagtaaacaatgaat 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42018001 caactcagcagaagcctttgttcttgcttttgtatttgttcatcttctgataatcccatctgacccctgatggaaataatcaaagaagtaaacaatgaat 42017902  T
Q  601 acaagtgagaatatgctccagggacatttgtcgacagtatcttaactcatcagccagattcatattaagcaatatattggttatcagtatctcacattcc 700  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42017901 acaagtgagaatatgctccagggacatttgtcgacagtatcttaactcatcagcaagattcatattaagcaatatattggttatcagtatctcacattcc 42017802  T
Q  701 tgcgagttgtatctcgattcgatataaaactgactcaatcgatatgaaattctagtgtctatctaatatgaatatgcttttcatcttaaatctgattcgt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42017801 tgcgagttgtatctcgattcgatataaaactgactcaaccgatacgaaattctagtgtatatctaatatgaatatgcttttcatcttaaatctgattcgt 42017702  T
Q  801 catgatggaatctcaattccaattcattatgatgtatatcaattcactattatgaaccctgat 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  42017701 catgatggaatctcaattccaattcattatgatgtatctcaattcactatgatgaaccctgat 42017639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 819; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 819; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 863
Target Start/End: Complemental strand, 1251720 - 1250859
Alignment:
Q  1 gtccaataaggattgatctaaataacagcagaagcatcaaaaacatgaagctgatataaatgtaaatatgttaaagcttaagcaaactgacctaaataat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1251720 gtccaataaggattgatctaaataacagcagaagcatcaaaaacatgaagctgatataaatgtaaatatgttaaagcttaagcaaactgacctaaataat 1251621  T
Q  101 aataacactgacaaagttgattcctcctatgtcaattgtttgtaacagttataggcgatagtgaccgatacagcagcacagacaacagcaagagcagcat 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1251620 aataacactgacaaagttgattcctcctatgtcaattgtttgcagcagttataggcgatagtgaccgatacagcagcacagacaacagcaagagcagcat 1251521  T
Q  201 aagtatcttcttgatcccagccgtcaagccatgatgtcatagaacgagacctgcatgaagctcctttcccgctgttgattcgagaaaccgccgccttgct 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1251520 aagtatcttcttgttcccagccgtcaagccatgatgtcatagaacgagacctgcatgaagctcctttcccgctgttgattcgagaaaccgacgccttgct 1251421  T
Q  301 gctcttattattatcagctgaaagctttgcttcagtctcgatgacatcggagctcattctctcatccactgacacctgactctgacaaaatggaagagtt 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  1251420 gctcttattattatcagctgaaagctttgcttcagtctcgatgacatcggagctcattctctcatccactgacacctgactctgacaaaa-ggaatagtt 1251322  T
Q  401 tccgttttcttggcagcagctgactccatttggttggcagcagctcgtgaaattgtctagagatccattcagtacagggttttcttctaaatctcctatg 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1251321 tccgttttcttggcagcagctgactccatttggttggcagcagctcgtgaaattgtctagagatccattcagtacagggttttcttctaaatctcctatg 1251222  T
Q  501 caactcagcagaagcctttgttcttgcttttgtatttgttcatcttctgataatcccatctgacccctgatggaaataatcaaagaagtaaacaatgaat 600  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1251221 caactcagcagaagcctttgttcttgcttttgtatttgttcatcttctgataatcccatctgacccctgatggaaataatcaaataagtaaacaatgaat 1251122  T
Q  601 acaagtgagaatatgctccagggacatttgtcgacagtatcttaactcatcagccagattcatattaagcaatatattggttatcagtatctcacattcc 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1251121 acaagtgagaatatgctccagggacatttgtcgacagtatcttaactcatcagccagattcatattaagcaatatattggttatcagtatctcacattcc 1251022  T
Q  701 tgcgagttgtatctcgattcgatataaaactgactcaatcgatatgaaattctagtgtctatctaatatgaatatgcttttcatcttaaatctgattcgt 800  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1251021 tgcgagttgtatctcgattcgatataaaactgactcaatcgatacgaaattctagtgtatatctaatatgaatatgcttttcatcttaaatctgattcgt 1250922  T
Q  801 catgatggaatctcaattccaattcattatgatgtatatcaattcactattatgaaccctgat 863  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  1250921 catgatggaatctcaattccaattcattatgatgtatctcaattcactattatgaaccctgat 1250859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University