View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1254-Insertion-3 (Length: 813)

Name: NF1254-Insertion-3
Description: NF1254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1254-Insertion-3
NF1254-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-813)||(52591991-52592796)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 794; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 794; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 813
Target Start/End: Original strand, 52591991 - 52592796
Alignment:
Q  8 tgtatagccttaagatattgagtgtttaggaaaatgttagaaaaaccttgtgagcccggaaggcattgatctgaggagtgagggttgcgaaaacagtccc 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52591991 tgtatagccttaagatattgagtgtttaggaaaatgttagaaaaaccttgtgagcccggaaggcattgatctgaggagtgagggttgcgaaaacagtccc 52592090  T
Q  108 ttttgatagtgtcatgaaatcctctggaagaaatgctttccatgcattcggaacttttcaattcatcttcattcgctatagtagttccctttggaagacg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52592091 ttttgatagtgtcatgaaatcctctggaagaaatgctttccatgcattcggaacttttcaattcatcttcattcgctatagtagttccctttggaagacg 52592190  T
Q  208 acaagcattcatcagtgatacaaaaccggtgtcattatactggtattgaaatggagggacagatgcattggaaggcagtagtgtcccgagcctaagagat 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52592191 acaagcattcatcagtgatacaaaaccggtgtcattatactggtattgaaatggagggacagatacattggaaggcagtagtgtcccgagcctaagagat 52592290  T
Q  308 aactcttggcattgtatactttgctcatctacatgagagttgtaagcattggaatgctcatcaatggattgcatagtcactgtgtcgcctataggcgtgt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  52592291 aactcttggcattgtatactttgctcatctacatgagagttgtaagcattggaatgctcatcaatggattgcatagtcactgtgtcgcctataggcatgt 52592390  T
Q  408 taaacttgattccattttgttctgctacagattcattgtagtaattgtaaggtaacaaaggactcgaggtgaacatatccatataggaccctgaagagaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52592391 taaacttgattccattttgttctgctacagattcattgtagtaattgtaaggtaacaaaggactcgaggtgaacatatccatataggaccctgaagagaa 52592490  T
Q  508 tgcttggttgggatacattctaagttacaagacaagatcagcacttgttgggaacaagaacctcacttctggtctcttcacaacaatgaaatcagcttga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52592491 tgcttggttgggatacattctaagttacaagacaagatcagcacttgttgggaacaagaacctcacttctggtctcttcacaacaatgaaatcagcttga 52592590  T
Q  608 tatctttttcaatgggaaacaattgtcttggcgatgattatgcaatatttcatcttctattctgataacaatgaatttcaatcaaaagcacattatgatt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52592591 tatctttttcaatgggaaacaattgtcttggcgatgattatgcaatatttcatcttctattctgataacaatgaatttcaatcaaaagcacattatgatt 52592690  T
Q  708 attatggaatacaaaatacggtttttggaggtggggaagattacctaagttattaaacaagaccaaaaacataaagatggcattagtttatagactatat 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52592691 attatggaatacaaaatacggttttcggaggtggggaagattacctaagttattaaacaagaccaaaaacataaagatggcattagtttatagactatat 52592790  T
Q  808 tgggct 813  Q
    ||||||    
T  52592791 tgggct 52592796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University