View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12545_low_13 (Length: 410)

Name: NF12545_low_13
Description: NF12545
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12545_low_13
NF12545_low_13
[»] chr4 (6 HSPs)
chr4 (17-358)||(18698832-18699173)
chr4 (17-358)||(18654909-18655250)
chr4 (17-358)||(18730936-18731277)
chr4 (17-350)||(18723517-18723850)
chr4 (17-358)||(18678992-18679340)
chr4 (35-350)||(18074171-18074489)
[»] chr6 (41 HSPs)
chr6 (17-346)||(28786655-28786984)
chr6 (17-346)||(28792776-28793105)
chr6 (17-346)||(28781516-28781847)
chr6 (17-319)||(27604140-27604444)
chr6 (35-346)||(26802859-26803174)
chr6 (35-350)||(27427066-27427384)
chr6 (35-319)||(27592475-27592762)
chr6 (35-319)||(27679391-27679678)
chr6 (17-238)||(27717935-27718156)
chr6 (17-243)||(27610556-27610782)
chr6 (35-295)||(27677074-27677331)
chr6 (35-319)||(27705858-27706145)
chr6 (35-296)||(27698040-27698301)
chr6 (17-346)||(26646892-26647225)
chr6 (17-346)||(26752860-26753193)
chr6 (17-208)||(27530737-27530928)
chr6 (35-199)||(26623835-26623999)
chr6 (35-199)||(26729812-26729976)
chr6 (55-196)||(31285126-31285267)
chr6 (17-196)||(26656532-26656711)
chr6 (17-196)||(26762503-26762682)
chr6 (19-208)||(26824374-26824563)
chr6 (20-208)||(25483614-25483802)
chr6 (20-210)||(26143421-26143611)
chr6 (17-208)||(25539098-25539289)
chr6 (17-208)||(25580277-25580468)
chr6 (17-121)||(27337531-27337635)
chr6 (17-121)||(27398271-27398375)
chr6 (134-204)||(25511497-25511567)
chr6 (55-208)||(26884625-26884778)
chr6 (58-204)||(26056481-26056627)
chr6 (58-204)||(26076451-26076597)
chr6 (17-122)||(25492755-25492860)
chr6 (17-113)||(26862230-26862326)
chr6 (167-208)||(27215007-27215048)
chr6 (134-201)||(27664758-27664825)
chr6 (155-204)||(26862142-26862191)
chr6 (139-208)||(28098001-28098070)
chr6 (69-113)||(25511588-25511632)
chr6 (97-201)||(28297256-28297360)
chr6 (97-201)||(28514713-28514817)
[»] scaffold0419 (1 HSPs)
scaffold0419 (17-346)||(7902-8233)
[»] scaffold0277 (2 HSPs)
scaffold0277 (17-346)||(13111-13442)
scaffold0277 (17-346)||(4148-4481)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (35-350)||(59979-60297)
[»] scaffold0349 (2 HSPs)
scaffold0349 (17-238)||(2975-3196)
scaffold0349 (190-243)||(14082-14135)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (35-319)||(267794-268090)
chr1 (17-208)||(28127111-28127302)
chr1 (15-122)||(28163809-28163916)
chr1 (250-317)||(28164033-28164100)
chr1 (269-317)||(28127352-28127400)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (40-203)||(29273297-29273460)
chr8 (73-122)||(16440694-16440743)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (82-186)||(3280236-3280340)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 6)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 17 - 358
Target Start/End: Original strand, 18698832 - 18699173
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18698832 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 18698931  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18698932 atgtaagggctgacgactgatcttgttggagacgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 18699031  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaataa 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  18699032 gtaacaacatcacagtcacatccatgtcctcatagtatatcatacatttctaactattttgacttataaataactaatacttgtttaaaaacgtaattaa 18699131  T
Q  317 aaaggtgtttccaatttaggctttaagatggtatcattgagg 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18699132 aaaggtgtttccaatttaggctttaagatggtatcattgagg 18699173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 17 - 358
Target Start/End: Original strand, 18654909 - 18655250
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |    
T  18654909 cataaagtcctatcatgcggactccaccatcagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaactggcagc 18655008  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18655009 atgtaagggctgacgactgatcttgttggagacatatttgactatctttccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 18655108  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaataa 316  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  18655109 gtaacaacatcacagtcacatccatttactcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataactaatacttgtttaaaaatgtaaataa 18655208  T
Q  317 aaaggtgtttccaatttaggctttaagatggtatcattgagg 358  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18655209 aaaggtgtttcgaatttaggctttaagatggtatcattgagg 18655250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 274; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 17 - 358
Target Start/End: Original strand, 18730936 - 18731277
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  18730936 cataaagtcctatcatgcggactccaccataagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaaatggcaac 18731035  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  18731036 atgtaagggctgacgactgatcttgttggagacatatttgactatcttttcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtat 18731135  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaataa 316  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||    
T  18731136 gtaacaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataactaatacttgtttaaaaatgtaaaaaa 18731235  T
Q  317 aaaggtgtttccaatttaggctttaagatggtatcattgagg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  18731236 aaaggtgtttccaatttaggctttaagatggtattattgagg 18731277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 262; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 17 - 350
Target Start/End: Original strand, 18723517 - 18723850
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  18723517 cataaagtcctatcatgcggactccaccattagatcctttatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaacccaacagggtaagtggcaac 18723616  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  18723617 atgtaagggctgacgactgatcttgttgttgacatatttgactatctttccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtat 18723716  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaataa 316  Q
    ||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  18723717 gtaacaacatcacagtcacatccatttactcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataactaatacttgtttaaaaatgtaaataa 18723816  T
Q  317 aaaggtgtttccaatttaggctttaagatggtat 350  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18723817 aaaggtgtttccaatttaggctttaagatggtat 18723850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 17 - 358
Target Start/End: Original strand, 18678992 - 18679340
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18678992 cataaagtcctaccatgcggactccatcataagatcattcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 18679091  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  18679092 atgtaagggctgccgactgatcttgttagagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataagtcagtat 18679191  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttct-------aactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacg 309  Q
    ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18679192 gtaacaacatcacagtcacacccatgtactcataatatatcatacatttctaaattcaaactattttgacttataaataactaatacttgtttaaaaacg 18679291  T
Q  310 taaataaaaaggtgtttccaatttaggctttaagatggtatcattgagg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| |||||||    
T  18679292 taaataaaaaggtgtttccaatttaggctttcggttggtattattgagg 18679340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 35 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 18074489 - 18074171
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||    
T  18074489 ggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgact 18074390  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacat--cacagt 232  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||  |||| |    
T  18074389 gatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatataagttagtatgtaacaacatcacacaat 18074290  T
Q  233 cacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaat-aaaaaggtgtttccaat 331  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||| ||||| ||||||||||| |  ||    
T  18074289 cacatccatgtactcataatatattatacatttttaactattttgacatataaataactaacaattgtttaaaaacataaataaaaaaggtgttacacat 18074190  T
Q  332 ttaggctttaagatggtat 350  Q
    |||||||||||||||||||    
T  18074189 ttaggctttaagatggtat 18074171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 221; Significance: 1e-121; HSPs: 41)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 28786984 - 28786655
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28786984 cataaagtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 28786885  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||| |    
T  28786884 atgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtat 28786785  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataa-caaatacttgtttaaaaacgtaaata 315  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  28786784 gtaacaacatcacaatcacatccatgtactcagaatatagtatacatttctaactattttgacataaaaataattaaatacttgtttaaaaacgtaaata 28786685  T
Q  316 -aaaaggtgtttccaatttaggctttaagatg 346  Q
     |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  28786684 gaaaaggtgtttcc--cttaggctttaagatg 28786655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 28793105 - 28792776
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28793105 cataaagtcctaccatgcggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 28793006  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| |    
T  28793005 atgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatctccaataaacttgtattcatatctattaatgtccgataagataagttagtat 28792906  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataa-caaatacttgtttaaaaacgtaaata 315  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  28792905 gtaacaacatcacaatcacatccatgtactcagaatatagtatacatttctaactattttgacataaaaataattaaatacttgtttaaaaacgtaaata 28792806  T
Q  316 -aaaaggtgtttccaatttaggctttaagatg 346  Q
     |||||||||||||   |||||||||||||||    
T  28792805 gaaaaggtgtttcc--cttaggctttaagatg 28792776  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 28781847 - 28781516
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| ||| | |||||||| |||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28781847 cataaagtcctaccatcctgactccattatcatatccttcaccaagaagcgatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtaattggcaac 28781748  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    ||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||| |    
T  28781747 atgtaagtgctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtat 28781648  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataa-caaatacttgtttaaaaacgtaaata 315  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  28781647 gtaacaacatcacaatcacatccatgtactcagaatatagtatacatttctaactattttgacataaaaataattaaataattgtttaaaaacgtaaata 28781548  T
Q  316 -aaaaggtgtttccaatttaggctttaagatg 346  Q
     |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  28781547 gaaaaagtgtttcccatttaggctttaagatg 28781516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 17 - 319
Target Start/End: Original strand, 27604140 - 27604444
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  27604140 cataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagagatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaataggataattggcaac 27604239  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||| ||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |    
T  27604240 atgtaagggctgacgactgatcttgttggagatttctttcactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataagataagttagtat 27604339  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgt--cctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaat 314  Q
    ||| |||||||| | ||||||||||||   |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  27604340 gtaacaacatcataatcacatccatgtacactcagaatatattatacatttctaactattttgacatataaataactaatacttgtttaaaaacgtaaat 27604439  T
Q  315 aaaaa 319  Q
    |||||    
T  27604440 aaaaa 27604444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 35 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 26803174 - 26802859
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |    
T  26803174 ggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttcttgtactcgagagtgcaatccaacagggtaattagcaacatgtaagggctgacgatt 26803075  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtac---caacatcacag 231  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||| |||||   ||||||||||     
T  26803074 gatcttgttggagatgtatttgactatctctccaatcaacttgtattcatatctattcatgtccaacaagataagttagtatgtactaacaacatcacaa 26802975  T
Q  232 tcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaataa-aaaggtgtttccaa 330  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||| ||||| |    
T  26802974 tcacatccatgtactcataatatattatacatttctaactatttcaacatataaataactaatacttgtttaaaaacgtatataagaaaggtatttccca 26802875  T
Q  331 tttaggctttaagatg 346  Q
    ||||  ||||||||||    
T  26802874 tttaacctttaagatg 26802859  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 35 - 350
Target Start/End: Original strand, 27427066 - 27427384
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||    
T  27427066 ggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgact 27427165  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacat--cacagt 232  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||  |||| |    
T  27427166 gatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatataagttagtatgtaacaacatcacacaat 27427265  T
Q  233 cacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaat-aaaaaggtgtttccaat 331  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||| ||||| ||||||||||| |  ||    
T  27427266 cacatccatgtactcataatatattatacatttttaactattttgacatataaataactaacaattgtttaaaaacataaataaaaaaggtgttacacat 27427365  T
Q  332 ttaggctttaagatggtat 350  Q
    |||||||||||||||||||    
T  27427366 ttaggctttaagatggtat 27427384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 35 - 319
Target Start/End: Original strand, 27592475 - 27592762
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||    
T  27592475 ggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatttaagggctgtcgact 27592574  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacatcacagtca 234  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||| |||    
T  27592575 gatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatca 27592674  T
Q  235 catccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaa---tacttgtttaaaaacgtaaataaaaa 319  Q
    ||||||||| || | ||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||   |||||||||||||  ||| |||||||    
T  27592675 catccatgtactaagaatgtattatacatttctaactatttcgacatataaataactaatagtacttgtttaaaactgtatataaaaa 27592762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 35 - 319
Target Start/End: Complemental strand, 27679678 - 27679391
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||    
T  27679678 ggaccccatcatcggatccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggctgtcgact 27679579  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacatcacagtca 234  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||| |||    
T  27679578 gatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatca 27679479  T
Q  235 catccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaa---tacttgtttaaaaacgtaaataaaaa 319  Q
    ||||||||| || | ||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||   |||||||||||||  ||| |||||||    
T  27679478 catccatgtactaagaatgtattatacatttctaactatttcgacatataaataactaatagtacttgtttaaaactgtatataaaaa 27679391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 17 - 238
Target Start/End: Original strand, 27717935 - 27718156
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27717935 cataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 27718034  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |    
T  27718035 atgtaagggttgacgactggtcttgttggagatgtatttgactatctctccaataaactcgtattcatatctattcatgtccagtaagataagttagtat 27718134  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatc 238  Q
    ||  |||||||||| |||||||    
T  27718135 gtgacaacatcacaatcacatc 27718156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 151; E-Value: 9e-80
Query Start/End: Original strand, 17 - 243
Target Start/End: Original strand, 27610556 - 27610782
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27610556 cataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttcttgtacttgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 27610655  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||| |    
T  27610656 atgtaagggttgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatctctccagtaaactcgtattcatatctattcatgcccaataagataagttagtat 27610755  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgt 243  Q
    ||  |||||||||| ||||||||||||    
T  27610756 gtgacaacatcacaatcacatccatgt 27610782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 35 - 295
Target Start/End: Original strand, 27677074 - 27677331
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||   |||    
T  27677074 ggaccccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcatttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggttgttgact 27677173  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacatcacagtca 234  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| || |||||||||| |||    
T  27677174 gatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcacaatca 27677273  T
Q  235 catccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaata 295  Q
    ||||||||| |   |||| ||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||    
T  27677274 catccatgtac---taatgtattatacatttctaactatttcgacatataaataactaata 27677331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 35 - 319
Target Start/End: Original strand, 27705858 - 27706145
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || | |||    
T  27705858 ggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagtgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaagggatgtcgact 27705957  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacatcacagtca 234  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| || ||||||| || |||    
T  27705958 gatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagcttgtattcatatctattcatgtgcaataagataagttagtgtctaacaacatcccaatca 27706057  T
Q  235 catccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaa---tacttgtttaaaaacgtaaataaaaa 319  Q
    ||||||||| || | ||| ||| || ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||   |||||||||||||  ||| |||||||    
T  27706058 catccatgtactaagaatgtattattcatttctaactatttcgacatataaataactaatagtacttgtttaaaactgtatataaaaa 27706145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 35 - 296
Target Start/End: Original strand, 27698040 - 27698301
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||  | |||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27698040 ggaccccatcatcagatccattatcaagaattgatttcactctttgtacttgagactgtaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgacgact 27698139  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacatcacagtca 234  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||| || | ||| || | |||||||||| |||    
T  27698140 gatcttgttggagatgtatttgactatctcttcaataaacttgtattcatatctactcgtgtcgagtaagaaaagttagtatgaaacaacatcacaatca 27698239  T
Q  235 catccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatac 296  Q
    |||| |||| |||| ||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||||| |||||    
T  27698240 catctatgtactcagaatatattataaatttctaactatttcgacatataaataactaatac 27698301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 26647225 - 26646892
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||  |||| || ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||    
T  26647225 cataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatcgggactctaatccaacagggtatttggctac 26647126  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagt-- 214  Q
    ||||||      || | ||||||||||||||| || || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||      
T  26647125 atgtaaaatgacacgattgatcttgttggagatgtcttcgactatcttcccaataaacttgtattcatatctattcatgtcccacaagataagttagtac 26647026  T
Q  215 gtgtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaat 314  Q
     || ||||||||||||   ||||  |||| |  | ||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||   |||||||||||||||| | |||    
T  26647025 atgcaccaacatcacaaatacattgatgtaccgagaatatattatacagttctaactcttttgacatataaataatttatacttgtttaaaaacattaat 26646926  T
Q  315 aaaa--aggtgtttccaatttaggctttaagatg 346  Q
    ||||  | |||||||| ||||| |||||||||||    
T  26646925 aaaaatatgtgtttcctatttaagctttaagatg 26646892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 26753193 - 26752860
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||  |||| || ||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||| || ||| ||||  |||||||||||||| ||||| ||    
T  26753193 cataaagtcctaccatatggaccccttcatcagattctttatcaagaagcaatttcacttgttctaatcgggactctaatccaacagggtatttggctac 26753094  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagt-- 214  Q
    ||||||      || | ||||||||||||||| || || ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| | |||      
T  26753093 atgtaaaatgacacgattgatcttgttggagatgtcttcgactatcttcccaataaacttgtattcatatctattcatgtcccacaagataagttagtac 26752994  T
Q  215 gtgtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaat 314  Q
     || ||||||||||||   ||||  |||| |  | ||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||||   |||||||||||||||| | |||    
T  26752993 atgcaccaacatcacaaatacattgatgtaccgagaatatattatacagttctaactcttttgacatataaataatttatacttgtttaaaaacattaat 26752894  T
Q  315 aaaa--aggtgtttccaatttaggctttaagatg 346  Q
    ||||  | |||||||| ||||| |||||||||||    
T  26752893 aaaaatatgtgtttcctatttaagctttaagatg 26752860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 27530737 - 27530928
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| ||||  |||||||||||  || ||||||| || ||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||    
T  27530737 cataaagtcctaccatgtggacctcatcatcagatttttcatcaagatgccctttcacatgttgtactcgggactgtaatccaacaggatatttggcaac 27530836  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
    || |||||||| || ||| ||| ||||||| | || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27530837 atctaagggctcacgactaatcctgttggaaatgtcttcgactatctttccaataaactcgtattcatatctattcatgtccaataagataa 27530928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 35 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 26623999 - 26623835
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||  || | |    
T  26623999 ggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaagggcacacgatt 26623900  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtcca 199  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  26623899 gatcttgttggagatgtatttgactatcttttcaataaaatcatattcatatctgttcatgtcca 26623835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 35 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 26729976 - 26729812
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||| | ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||  || | |    
T  26729976 ggaccccatcatcagatccattatcaagaagtgatttcacttgttgtagttgagactgtaatccaacagggtatttagcaacatgtaagggcacacgatt 26729877  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtcca 199  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||| |  ||||||||||| ||||||||||    
T  26729876 gatcttgttggagatgtatttgactatcttttcaataaaatcatattcatatctgttcatgtcca 26729812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 55 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 31285267 - 31285126
Alignment:
Q  55 ttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatt 154  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||| |||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||  || | ||||||||||||||| |||||    
T  31285267 ttatcaagaagcaatttcacttgttgtattcgaaacttaaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggcacacgattgatcttgttggagatgtatt 31285168  T
Q  155 tgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgt 196  Q
    ||||||| ||||||||||| |  ||||||||||| |||||||    
T  31285167 tgactatgtctccaataaaatcatattcatatctgttcatgt 31285126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 26656711 - 26656532
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| | ||  |||| | |||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  26656711 cataaagtcctaccatgagaacctcatccttagatcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaac 26656612  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgt 196  Q
    ||||||      || | ||||||||| ||||| || ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26656611 atgtaaaaaaacacgattgatcttgtcggagatgtctttgactatattctcaataaacttgtattcatatctattcatgt 26656532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 17 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 26762682 - 26762503
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| | ||  |||| | |||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  26762682 cataaagtcctaccatgagaacctcatccttagatcccttatcaagaagcaatttcacttgttgtactcgagactctaatccaacagggtatttggcaac 26762583  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgt 196  Q
    ||||||      || | ||||||||| ||||| || ||||||||| |   ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26762582 atgtaaaaaaacacgattgatcttgtcggagatgtctttgactatattctcaataaacttgtattcatatctattcatgt 26762503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 19 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 26824563 - 26824374
Alignment:
Q  19 taaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacat 118  Q
    |||||||||| |||  ||||  ||||||||||| | ||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||    
T  26824563 taaagtcctaccatatggaccacatcatcagattcgttatcaagaagagatttcacttgttgtactcgggactgtaatccaaccgggtatttggcaacat 26824464  T
Q  119 gtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
    ||||      || | |||||| ||||| ||||| | ||| |||||| ||||||  |||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  26824463 gtaaactaacacgattgatctggttggtgacgtttctgattatctcaccaatacgcttgtattcatatccattcctgcccaataagataa 26824374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 20 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 25483802 - 25483614
Alignment:
Q  20 aaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatg 119  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| ||||| ||  | |||||||||  ||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| || |     
T  25483802 aaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacgtt 25483703  T
Q  120 taagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
    |||    | |  | |||| |||||||||| ||||| ||||||||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25483702 taaaaaatcatgattgatattgttggagatgtattggactatcttctcaataaacttgtgttcatatctattcatgtccaataagataa 25483614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 20 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 26143611 - 26143421
Alignment:
Q  20 aaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatg 119  Q
    ||||||||| |||||||||  |||| ||||| ||  | |||||||||  |||||||| || || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||     
T  26143611 aaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttcttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctacatt 26143512  T
Q  120 taagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaat 210  Q
    |||      |  | |||| |||||||||| || || ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26143511 taaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaat 26143421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 25539289 - 25539098
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||||||||  |||| ||||| ||    |||||||||  ||||||||||| || | | ||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  25539289 cataaagtcctaccatgcggacctcatcctcagagcccaagtcaagaagcaatttcacttgttctattggggactgtaatccaacagggtatttggccac 25539190  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
    || |||      |  | |||| |||||||||| || || ||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  25539189 atataaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 25539098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 25580468 - 25580277
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| ||||  |||| ||||| ||  | |||||||||  ||||||||||| || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||    
T  25580468 cataaagtcctaccatgtggaccacatcctcagagcccatgtcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgtaatccaacagggtatttggctac 25580369  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
     | |||      |  | |||| |||||||||| || || ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  25580368 gtttaaaaaaacatgattgatattgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcatatctattcgtgtccaataagataa 25580277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 121
Target Start/End: Original strand, 27337531 - 27337635
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| ||||  ||| || ||||||||| | | ||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27337531 cataaagtcctaccatgttgaccccttcatcagattcctcatcaagaagcaattttacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaac 27337630  T
Q  117 atgta 121  Q
     ||||    
T  27337631 gtgta 27337635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 17 - 121
Target Start/End: Original strand, 27398271 - 27398375
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| ||||  ||| || ||||||||| | | ||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||    
T  27398271 cataaagtcctaccatgttgaccccttcatcagattcctcatcaagaagcaattttacttgttgtactcgggactgtaatccaacagggtatttggcaac 27398370  T
Q  117 atgta 121  Q
     ||||    
T  27398371 gtgta 27398375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 134 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 25511567 - 25511497
Alignment:
Q  134 tgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataag 204  Q
    ||||||||||||||| || || ||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  25511567 tgatcttgttggagatgtcttcgactatcttctcaataaacttgtattcagatctattcatgtccaataag 25511497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 55 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 26884778 - 26884625
Alignment:
Q  55 ttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatt 154  Q
    ||||||||||||  ||| | ||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||| ||||||||      || | |||| |||| |||||  | ||    
T  26884778 ttatcaagaagcaattttaattgttgtactcggtactgtaatccaacagggtatttggctacatgtaaaacaacacgattgattttgtcggagatatctt 26884679  T
Q  155 tgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
     ||||||||  || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  26884678 cgactatcttcccgataaactcgtattcgtatctattcatgtccaataagataa 26884625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 26056627 - 26056481
Alignment:
Q  58 tcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttga 157  Q
    |||||||||  ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||| || | |||      |  | ||||||||||||||| |  || ||    
T  26056627 tcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgccttcga 26056528  T
Q  158 ctatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataag 204  Q
    ||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26056527 ctatcttctcaataaacttgcattcagatctattcatgtccaataag 26056481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 58 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 26076597 - 26076451
Alignment:
Q  58 tcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttga 157  Q
    |||||||||  ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| ||||| || | |||      |  | ||||||||||||||| |  || ||    
T  26076597 tcaagaagcaatttcacttgttctattcgggactgcaatccaacagggtatttggctacgtttaaaaaaacatgattgatcttgttggagatgccttcga 26076498  T
Q  158 ctatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataag 204  Q
    ||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  26076497 ctatcttctcaataaacttgcattcagatctattcatgtccaataag 26076451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 17 - 122
Target Start/End: Original strand, 25492755 - 25492860
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| |||   |||| |||||| | | ||| ||||||  |||||| ||||||||||| || || |||||||||||||| ||||||||    
T  25492755 cataaagtcctaccatgtggaactcatcctcagatacctcatctagaagcaatttcacgtgttgtactcgggattgtaatccaacagggtatttggcaac 25492854  T
Q  117 atgtaa 122  Q
    ||||||    
T  25492855 atgtaa 25492860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 17 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 26862326 - 26862230
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggc 113  Q
    |||||||||||| |||| | || || ||||||||| |  |||||||||||  ||||||||||| |||||| ||||  |||||||||||||| |||||    
T  26862326 cataaagtcctaccatgtgtaccccttcatcagattccatatcaagaagcaatttcacttgttctactcgggactttaatccaacagggtatttggc 26862230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 167 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 27215048 - 27215007
Alignment:
Q  167 caataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  27215048 caataaacttgtattcatatctgttaatgtccaataagataa 27215007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 134 - 201
Target Start/End: Original strand, 27664758 - 27664825
Alignment:
Q  134 tgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaat 201  Q
    |||||||||||||||||| | | ||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||    
T  27664758 tgatcttgttggagacgtctgtaactatttcttcaataaatttgtattcatatttatttctgtccaat 27664825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #37
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 155 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 26862191 - 26862142
Alignment:
Q  155 tgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataag 204  Q
    |||||||||  ||||||||||  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  26862191 tgactatcttcccaataaactcatattcatatctattcacgtccaataag 26862142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #38
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 139 - 208
Target Start/End: Original strand, 28098001 - 28098070
Alignment:
Q  139 ttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
    |||||||| || ||||||||||| || | |||||||| | ||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  28098001 ttgttggatacatatttgactatttcccgaataaactcgaattcatatccattcctggccaataagataa 28098070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #39
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 69 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 25511632 - 25511588
Alignment:
Q  69 tttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggc 113  Q
    ||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  25511632 tttcacttgttctattcgggactgcaatccaacagggtatttggc 25511588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #40
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Original strand, 28297256 - 28297360
Alignment:
Q  97 ccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgt 196  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||| ||   || | |||||||| |||| ||||||||||||||||   |||||||||  |||||||||| |||| | |    
T  28297256 ccaacggggtaatcggcaacatataaaggaacacgattgatcttgctggatacgtatttgactatcttctcaataaactcatattcatatccattcctat 28297355  T
Q  197 ccaat 201  Q
    |||||    
T  28297356 ccaat 28297360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #41
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 97 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 28514817 - 28514713
Alignment:
Q  97 ccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgt 196  Q
    ||||| ||||||| |||||||| ||| ||   || | |||||||| |||| ||||||||||||||||   |||||||||  |||||||||| |||| | |    
T  28514817 ccaacggggtaatcggcaacatataaaggaacacgattgatcttgctggatacgtatttgactatcttctcaataaactcatattcatatccattcctat 28514718  T
Q  197 ccaat 201  Q
    |||||    
T  28514717 ccaat 28514713  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0419 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 1)
Name: scaffold0419
Description:

Target: scaffold0419; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Complemental strand, 8233 - 7902
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  8233 cataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaac 8134  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||| |    
T  8133 atgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtat 8034  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataa-caaatacttgtttaaaaacgtaaata 315  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||| || || |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  8033 gtaacaacatcacaatcacatccatgtactcagaatatagtatacatttctaactattttgacataaaagtaattaaatacttgtttaaaaacgtaaata 7934  T
Q  316 -aaaaggtgtttccaatttaggctttaagatg 346  Q
     |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  7933 gaaaaagtgtttcccatttaggctttaagatg 7902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 2)
Name: scaffold0277
Description:

Target: scaffold0277; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Original strand, 13111 - 13442
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  13111 cataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaac 13210  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| | ||| |    
T  13211 atgtaagggctgacgactgatcttgttggagatgtatttgactatatcgccaataaacttgtattcatatctattcatgtcatataagataagttagtat 13310  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataa-caaatacttgtttaaaaacgtaaata 315  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| |||| ||||||  |||||||||||||||||||||| || || |||  |||||||||||||||||||||||||    
T  13311 gtaacaacatcacaatcacatccatgtactcagaatatagtatacatttctaactattttgacataaaagtaattaaatacttgtttaaaaacgtaaata 13410  T
Q  316 -aaaaggtgtttccaatttaggctttaagatg 346  Q
     |||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  13411 gaaaaagtgtttcccatttaggctttaagatg 13442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0277; HSP #2
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 17 - 346
Target Start/End: Original strand, 4148 - 4481
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| || |||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  4148 cataaagtcctaccatgtgggctccatgatcagatccttcatcaagaagcgatttcacatgttgtactcgagactgtaatccaacagggtaattggcaac 4247  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||| | ||| |    
T  4248 atgtaagggctgatgactgatcttgttggagatgttcttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattaatgtccgataagataagttagtat 4347  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatccatgtcctcataatatat--catacatttctaactattttgacttataaataa-caaatacttgtttaaaaacgtaaa 313  Q
    ||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||   ||||||||||||||||| |||| || || |||  |||||||||||||||||||||||    
T  4348 gtaacaacatcacaatcacatccatgtactcataatatatggtatacatttctaactattgtgacataaaagtaattaaatacttgtttaaaaacgtaaa 4447  T
Q  314 ta-aaaaggtgtttccaatttaggctttaagatg 346  Q
    || ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4448 tataaaaggtgtttcccatttaggctttaagatg 4481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 180; Significance: 4e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 4e-97
Query Start/End: Original strand, 35 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 60297 - 59979
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||| ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| | |||    
T  60297 ggaccccatcatcaggtccctcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaagtggcaacatgtaaggactgtcgact 60198  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacat--cacagt 232  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||  |||| |    
T  60197 gatcttgttggagatgtatttgactatctttccaataagctcgtattcatatctattcatgtccaataatataagttagtatgtaacaacatcacacaat 60098  T
Q  233 cacatccatgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaat-aaaaaggtgtttccaat 331  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||| ||||| ||||||||||| |  ||    
T  60097 cacatccatgtactcataatatattatacatttttaactattttgacatataaataactaacaattgtttaaaaacataaataaaaaaggtgttacacat 59998  T
Q  332 ttaggctttaagatggtat 350  Q
    |||||||||||||||||||    
T  59997 ttaggctttaagatggtat 59979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 2)
Name: scaffold0349
Description:

Target: scaffold0349; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 17 - 238
Target Start/End: Original strand, 2975 - 3196
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| |||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||    
T  2975 cataaagtcctaccatgtggactccatcatcagatctttcatcaagaagcgatttcacttgttgtactcgagacttcattccaacagggtaattggcaac 3074  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataaatcagtgt 216  Q
    ||||||||| |||| |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| |    
T  3075 atgtaagggttgacgactggtcttgttggagatgtatttgactatctctccaataaactcgtattcatatctattcatgtccagtaagataagttagtat 3174  T
Q  217 gtaccaacatcacagtcacatc 238  Q
    ||  |||||||||| |||||||    
T  3175 gtgacaacatcacaatcacatc 3196  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0349; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 190 - 243
Target Start/End: Original strand, 14082 - 14135
Alignment:
Q  190 ttcatgtccaataagataaatcagtgtgtaccaacatcacagtcacatccatgt 243  Q
    ||||||||||||||||||| | ||| |||  |||||||||| ||||||||||||    
T  14082 ttcatgtccaataagataagttagtatgtgacaacatcacaatcacatccatgt 14135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 123; Significance: 5e-63; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 35 - 319
Target Start/End: Original strand, 267794 - 268090
Alignment:
Q  35 ggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactact 134  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| |||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  267794 ggaccccatcatcagatccattatcaagaagcaatttcacttgttgtacttgagaccataatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctcacgact 267893  T
Q  135 gatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaat-----aagata--aatcagtgtgtaccaacat- 226  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||     ||| ||  ||| ||| |||| ||||||     
T  267894 gatcttgttggagatgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtcaaataatgcaagttagtaat-agtatgtaacaacatc 267992  T
Q  227 -cacagtcacatc----catgtcctcataatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaataaaaa 319  Q
     |||| |||||||    ||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||||| | | |||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||    
T  267993 acacaatcacatccatgcatgtactcaaaatatattatacgtttctaactatttcgtcatataaacaactaatacttatttagaaacgtaaataaaaa 268090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 17 - 208
Target Start/End: Original strand, 28127111 - 28127302
Alignment:
Q  17 cataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaac 116  Q
    |||||||||||| |||| ||||  |||||||| |||| ||||| ||||||   ||||||||||||||| |   ||| ||||||||||| || ||||||||    
T  28127111 cataaagtcctaccatgtggacctcatcatcatatcccttatcgagaagcaaattcacttgttgtacttggtcctgtaatccaacaggatatttggcaac 28127210  T
Q  117 atgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataagataa 208  Q
    |||||||     || | ||||| ||| ||| | || ||||| |||||    |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||    
T  28127211 atgtaagaaaacacgattgatcctgtcggatatgtctttgattatcttctgaataaacttgtattcatatctattaatctccaataagataa 28127302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 48; E-Value: 3e-18
Query Start/End: Original strand, 15 - 122
Target Start/End: Original strand, 28163809 - 28163916
Alignment:
Q  15 atcataaagtcctaacatgcggactccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggca 114  Q
    |||||||||||||| |||| ||||  |||||||| |||| ||||| ||||||  |||||||||||||||| |||| || ||||||||||| || || |||    
T  28163809 atcataaagtcctaccatgtggacctcatcatcatatcccttatcgagaagcaatttcacttgttgtacttgagattgtaatccaacaggatattttgca 28163908  T
Q  115 acatgtaa 122  Q
    ||||||||    
T  28163909 acatgtaa 28163916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 250 - 317
Target Start/End: Original strand, 28164033 - 28164100
Alignment:
Q  250 aatatatcatacatttctaactattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaataaa 317  Q
    |||| ||||||||  ||||||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||    
T  28164033 aatacatcatacaactctaactattttgacatataaatatcttatacttgtttaaaaacataaataaa 28164100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 269 - 317
Target Start/End: Original strand, 28127352 - 28127400
Alignment:
Q  269 actattttgacttataaataacaaatacttgtttaaaaacgtaaataaa 317  Q
    ||||||||||| |||||||| |  |||||||||||||||| ||||||||    
T  28127352 actattttgacatataaataccttatacttgtttaaaaacataaataaa 28127400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 108; Significance: 4e-54; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 40 - 203
Target Start/End: Original strand, 29273297 - 29273460
Alignment:
Q  40 ccatcatcagatcctttatcaagaagcgctttcacttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactactgatct 139  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||   |  |||||||    
T  29273297 ccatcatcagatccattatcaagaagcgatttgacttgttgtacttgagactgtaatccaacagggtatttggcaacatgtaagggcacgcggctgatct 29273396  T
Q  140 tgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtattcatatctattcatgtccaataa 203  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29273397 tgttggagatgtatttgactatctctccgataaacttgtattcatatctattcatgtcaaataa 29273460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 73 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 16440743 - 16440694
Alignment:
Q  73 acttgttgtactcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaa 122  Q
    ||||| || |||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  16440743 acttggtgcactcgagactccaatccaacagggtaattagcaacatgtaa 16440694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 82 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 3280340 - 3280236
Alignment:
Q  82 actcgagactgcaatccaacagggtaattggcaacatgtaagggctgactactgatcttgttggagacgtatttgactatctctccaataaacttgtatt 181  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||| | |||||||||| ||   || | | ||||||||||| || | ||||||||| || || |||||||||||||    
T  3280340 actcgagactgcatgccaaccgggtaatcgacaacatgtaaaggagcacgatttatcttgttggatacatttttgactatatcccctataaacttgtatt 3280241  T
Q  182 catat 186  Q
     ||||    
T  3280240 gatat 3280236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University