View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1254_low_80 (Length: 269)

Name: NF1254_low_80
Description: NF1254
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1254_low_80
NF1254_low_80
[»] scaffold0692 (1 HSPs)
scaffold0692 (1-222)||(7647-7868)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (1-222)||(12899924-12900145)
chr6 (1-222)||(12958432-12958653)
chr6 (1-222)||(12907544-12907765)
chr6 (1-222)||(12932633-12932854)
chr6 (73-222)||(12949059-12949208)
chr6 (1-40)||(12948998-12949037)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (72-222)||(17923031-17923181)
chr2 (1-34)||(17923225-17923258)
[»] chr5 (17 HSPs)
chr5 (87-222)||(10746636-10746771)
chr5 (87-222)||(10716590-10716725)
chr5 (92-222)||(11048275-11048405)
chr5 (87-222)||(10565464-10565599)
chr5 (87-222)||(10581456-10581591)
chr5 (87-222)||(10612171-10612306)
chr5 (94-222)||(10740039-10740167)
chr5 (92-222)||(10762454-10762584)
chr5 (92-222)||(10605218-10605348)
chr5 (101-222)||(10588073-10588194)
chr5 (98-191)||(10651847-10651940)
chr5 (95-191)||(9835973-9836069)
chr5 (98-222)||(10559370-10559494)
chr5 (98-179)||(9825523-9825604)
chr5 (98-191)||(19605511-19605604)
chr5 (98-222)||(10659699-10659823)
chr5 (135-191)||(9827604-9827660)


Alignment Details
Target: scaffold0692 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0692
Description:

Target: scaffold0692; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 7647 - 7868
Alignment:
Q  1 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgnnnnnnnaattcttcatatattttggcgtagatatatataataccgtttgttacatgttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  7647 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgtttttttgaatcttcatatgtttcggcgtagttatatataataccatttgttacatgttt 7746  T
Q  101 tagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaatgctga 200  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  7747 tagagtatgggatgggttaagaagtatccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccactgatga 7846  T
Q  201 actttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  7847 actttttgaagatggtcaaaat 7868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 12899924 - 12900145
Alignment:
Q  1 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgnnnnnnnaattcttcatatattttggcgtagatatatataataccgtttgttacatgttt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| |||    
T  12899924 gctcctccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgtttttttgaatcttcatatgtttcggcgtagttatatataataccttttgttacatattt 12900023  T
Q  101 tagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaatgctga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  12900024 tagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccactgatga 12900123  T
Q  201 actttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12900124 actttttgaagatggtcaaaat 12900145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 12958432 - 12958653
Alignment:
Q  1 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgnnnnnnnaattcttcatatattttggcgtagatatatataataccgtttgttacatgttt 100  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  12958432 gctcctccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgtttttttgaatcttcatatgtttcggcgtagttatatataataccttttgttacatgttt 12958531  T
Q  101 tagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaatgctga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  12958532 tagagtatgggatgggttcagaagtatccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccactgatga 12958631  T
Q  201 actttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12958632 actttttgaagatggtcaaaat 12958653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 12907544 - 12907765
Alignment:
Q  1 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgnnnnnnnaattcttcatatattttggcgtagatatatataataccgtttgttacatgttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||        | ||||||||| ||| |||||||  |||||||||||| |||||||||| |||    
T  12907544 gctccaccgggtatgttttaaattctttaatcttccattgtttttttgaatcttcatatgtttcggcgtagtgatatataataccttttgttacatattt 12907643  T
Q  101 tagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaatgctga 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  12907644 tagagtatggggtgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccactgatga 12907743  T
Q  201 actttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12907744 actttttgaagatggtcaaaat 12907765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 4e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 12932633 - 12932854
Alignment:
Q  1 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgnnnnnnnaattcttcatatattttggcgtagatatatataataccgtttgttacatgttt 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        | ||||||||| ||| ||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  12932633 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattgtttttttcaatcttcatatgtttcggcatagttatatataataccgtttgttgcatgttt 12932732  T
Q  101 tagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaatgctga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||    
T  12932733 tagagtatgggatgggttcagaagtttccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaccgatga 12932832  T
Q  201 actttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  12932833 actttttgaagatggtcaaaat 12932854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 73 - 222
Target Start/End: Original strand, 12949059 - 12949208
Alignment:
Q  73 tatatataataccgtttgttacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaa 172  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12949059 tatatttaataccttttgttacatgttttagagtatgggatgggttcggaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaa 12949158  T
Q  173 tgcttactggtagaagacccaatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||    
T  12949159 tgcttactggtagaagacccactgatgaactttttgaagatggtcaaaat 12949208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 1 - 40
Target Start/End: Original strand, 12948998 - 12949037
Alignment:
Q  1 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatcttccattg 40  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  12948998 gctccaccgggtacgttttacattcttgaatcttccattg 12949037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 103; Significance: 3e-51; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 72 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 17923181 - 17923031
Alignment:
Q  72 atatatataataccgtttgttacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaa 171  Q
    |||||||||| ||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17923181 atatatataacacattttgttacatattttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttatggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaa 17923082  T
Q  172 atgcttactggtagaagacccaatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    |||||||| || ||||||||||  | |||||||||| |||| |||||||||    
T  17923081 atgcttaccggaagaagacccaccgatgaactttttaaagacggtcaaaat 17923031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000009
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Complemental strand, 17923258 - 17923225
Alignment:
Q  1 gctccaccgggtatgttttaaattcttgaatctt 34  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  17923258 gctccatcgggtatgttttaaattcttgaatctt 17923225  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 17)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 87 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10746771 - 10746636
Alignment:
Q  87 tttgttacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtaga 186  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10746771 tttgctacatgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtccacatatggtgatatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtaga 10746672  T
Q  187 agacccaatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||| || |||| ||||||||||||||||||||    
T  10746671 agacccactgatgaagtttttgaagatggtcaaaat 10746636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 87 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10716725 - 10716590
Alignment:
Q  87 tttgttacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtaga 186  Q
    |||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  10716725 tttgctacatgtttcagagtatggaatgggttctgaagtgtccacatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtaga 10716626  T
Q  187 agacccaatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||| || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  10716625 agacccactgatgaattttttcaagatggtcaaaat 10716590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 9e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 11048405 - 11048275
Alignment:
Q  92 tacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 191  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  11048405 tacatgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtccacgtgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtagaagacc 11048306  T
Q  192 caatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||    |||| ||||||||||||||||||||    
T  11048305 cacccatgaagtttttgaagatggtcaaaat 11048275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 87 - 222
Target Start/End: Original strand, 10565464 - 10565599
Alignment:
Q  87 tttgttacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtaga 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||    
T  10565464 tttgttacatgttttagagtatgggatgggtgctgaagtatccacatgtggtgatatgtatagctttggaatctttatgttggaaatgcttaccggtaga 10565563  T
Q  187 agacccaatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||| || | |   |||||||||||||||||||    
T  10565564 agacccactgatcacgcttttgaagatggtcaaaat 10565599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 87 - 222
Target Start/End: Original strand, 10581456 - 10581591
Alignment:
Q  87 tttgttacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtaga 186  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  10581456 tttgttacatgctttagagtatgggatgggttctgaagtatctgcatgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtaga 10581555  T
Q  187 agacccaatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||| || | |   |||||||||||||||||||    
T  10581556 agacccactgatcacgcttttgaagatggtcaaaat 10581591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 87 - 222
Target Start/End: Original strand, 10612171 - 10612306
Alignment:
Q  87 tttgttacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtaga 186  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  10612171 tttgctacatgttttagagtatgggatgggtgctgaagtatccacatgtggtgatatgtatagctttggaatccttatgttggaaatgcttaccggtaga 10612270  T
Q  187 agacccaatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    ||||||| || |||    |||||||||| |||||||    
T  10612271 agacccactgatgaggcatttgaagatgatcaaaat 10612306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 8e-36
Query Start/End: Original strand, 94 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10740167 - 10740039
Alignment:
Q  94 catgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagaccca 193  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||    
T  10740167 catgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtcaacatctggtgacatgtatagctttggaatccttatgttggaaatacttaccggtagaagaccca 10740068  T
Q  194 atgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
     || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  10740067 ctgatgaagtttttcaagatggtcaaaat 10740039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 92 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10762584 - 10762454
Alignment:
Q  92 tacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 191  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || | |||||||||||||||||||||| |||||||| || |||| |||||||||||||||||    
T  10762584 tacatgttttagagtatggaatgggttctgaagtgtcaacatctggtgacatgtatagctttggagtccttatgttgaaaatacttactggtagaagacc 10762485  T
Q  192 caatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    || || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  10762484 cactgatgaagtttttcaagatggtcaaaat 10762454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 92 - 222
Target Start/End: Original strand, 10605218 - 10605348
Alignment:
Q  92 tacatgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 191  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||| || |  ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||    
T  10605218 tacatgtttcagagtatggaatgggttctgaagtgtctatatgtggtgacatgtatagctttggaatcctgatgttggaaatacttactggtaggagacc 10605317  T
Q  192 caatgctgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    || || |||| ||||| ||||||||||||||    
T  10605318 cactgatgaagtttttcaagatggtcaaaat 10605348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 101 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10588194 - 10588073
Alignment:
Q  101 tagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaatgctga 200  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| | || || ||||||||||  | |||    
T  10588194 tagagtatggaatgggttctgaagtatccacatctggtgacatgtatagctttgggatgcttatgttggaaatgatcaccggaagaagacccacagatga 10588095  T
Q  201 actttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    | | ||||||||||||||||||    
T  10588094 aatgtttgaagatggtcaaaat 10588073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 98 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 10651940 - 10651847
Alignment:
Q  98 ttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 191  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| ||  | |||||| ||||||||||||| || ||||||||    
T  10651940 ttttagagtatggaatgggttctgaaatatccacatatggtgacatgtatagcttcggggtgcttatgttggaaatgcttaccggaagaagacc 10651847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 95 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 9836069 - 9835973
Alignment:
Q  95 atgttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 191  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||||||| || ||  || |||||||| ||||||| ||||||||    
T  9836069 atgttttagagtatggaatgggttctgaagcatcaacatatggtgacatgtatagctttgggatgctcgtgttggaaatgattactggaagaagacc 9835973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 98 - 222
Target Start/End: Original strand, 10559370 - 10559494
Alignment:
Q  98 ttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaatgc 197  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| |||||   ||||||||||||||||||||| || |||||  |||||||| |||| || |||||||| | ||     
T  10559370 ttttagagtatggaatgggttctgaagtttccacacatggtgacatgtatagctttgggatgcttatattggaaatgattacaggaagaagaccaactga 10559469  T
Q  198 tgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    |||| | |||  |||||||||||||    
T  10559470 tgaaatgtttttagatggtcaaaat 10559494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 98 - 179
Target Start/End: Original strand, 9825523 - 9825604
Alignment:
Q  98 ttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttac 179  Q
    ||||||||||||| |||| |||  |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||  |||||||||||||    
T  9825523 ttttagagtatggaatggattctaaagtttccacttatggtgacatgtatagctttggaattcctatattggaaatgcttac 9825604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 98 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 19605604 - 19605511
Alignment:
Q  98 ttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 191  Q
    ||||||||||||| ||| |||| ||||| |||||   |||||| |||||||||||||| || |||||  ||||||||||||| || ||||||||    
T  19605604 ttttagagtatggaatgagttctgaagtttccacacatggtgatatgtatagctttgggatgcttatattggaaatgcttacgggaagaagacc 19605511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 98 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10659823 - 10659699
Alignment:
Q  98 ttttagagtatgggatgggttcagaagtatccacttgtggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacccaatgc 197  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||  |||||||   |||||||||||||||||| ||  | ||| || ||||||||||||| || |||||||| |  |     
T  10659823 ttttagagtatggaatgggttctgagatatccacacatggtgacatgtatagcttcggggtgcttctgttggaaatgcttaccggaagaagaccaacgga 10659724  T
Q  198 tgaactttttgaagatggtcaaaat 222  Q
    |||| | |||||||| |||||||||    
T  10659723 tgaaatgtttgaagagggtcaaaat 10659699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 135 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 9827660 - 9827604
Alignment:
Q  135 tggtgacatgtatagctttggaatccttatgctggaaatgcttactggtagaagacc 191  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||  || |||||||| ||||||| ||||||||    
T  9827660 tggtgacatgtatagctttgggatgctcgtgttggaaatgattactggaagaagacc 9827604  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University