View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1255-Insertion-9 (Length: 856)

Name: NF1255-Insertion-9
Description: NF1255
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1255-Insertion-9
NF1255-Insertion-9
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-856)||(40054892-40055744)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 735; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 735; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 856
Target Start/End: Original strand, 40054892 - 40055744
Alignment:
Q  8 ctaacaactttatcattctggctcttaacatgtctttaaaaatctggaatgctaagagccttagtagcccaacagcttatattggcagtaacagaagagg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  40054892 ctaacaactttatcattctggctcttaacatgtcttgtaaaatctggaatgctaagagccttagtagcccaatagcttatattggcagtaacagaagagg 40054991  T
Q  108 aaaattcagacaaaaaatatgaagtgtgagaaaataacattttttcaattgaaatgtggctaacttgaagttgaaggtgatgatggtagaaatagaaagt 207  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40054992 aaaattccgacaaaaaatatgaagtgtgagaaaataacattttttcaattgaaatgtggctaactagaagttgaaggtgatgatggtagaaatagaaagt 40055091  T
Q  208 tagttttcacggattggtaggattgtttattacaatgtcttcaaattcaaagtacatgaatttattctattgcaatgggttttgagcacccttgtactcc 307  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40055092 ttgttttcacggattggtaggattgtctattacaatgtcttcaaattcgaagtacatgaatttattctattgcaatgggttttgagcacccttgtactcc 40055191  T
Q  308 ttataataaagtctctgtttatnnnnnnntggcgtgagaaaatcatttttgcctctagtatccaataaatctctacacattatcacttccatgcaattac 407  Q
    ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40055192 ttataataaagtctctgtttataaaaaaatggcgtgagaaaatcatttttgcctctagtatccaacaaatctctacacattatcacttccatgcaattac 40055291  T
Q  408 gtagatagtcaattctagtgttagtaagggagctatgcaccagtacatgaaataaatttaacagacaagtgtttaaatctaaatagtcactaagaatatc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  40055292 gtagatagtcaattctagtgttagtaagggagctatgcaccagtacatgaaataaatttaacagacaagtgcttaaatctaaatagtcaccaagaatatc 40055391  T
Q  508 taaggaaataatcattttggtgtcaaatgcagttgacacaaatgattcgactttttgctcacacttattgtcagtctggttcaaattccggaattctaca 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40055392 taaggaaataatcattttggtgtcaaatgcagttgacacaaatgattcgactttttgctcacacttattgtcagtctggttcaaattccggaattctaca 40055491  T
Q  608 tctggtaggttacacgtaaatttctttgtaaatcctactctgaccgagcatgagagtatgtctcctccactaatctaactttattttcac----nnnnnn 703  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||              
T  40055492 tctggtaggttacacgtaaatttctttgtaaatcctactctgaccgagcatgagagtatgtctcctccactaatctaactttattttcacaaaaaaaaaa 40055591  T
Q  704 nnnnnntcatattggcattttgttaatgctcattgagtctaatcaaactagtgccagtgattttcttagctcttctattagcacccaacgatttcctaat 803  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40055592 aaaaaatcatattggcattttgttaatgctcattgagtctaatcaaactagtgccagtgattttcttagctcttctattagcacccaacgatttcctaat 40055691  T
Q  804 cttaactaaatcatcccattgctctgtattagcataaatattagccatgacag 856  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40055692 cttaactaaatcatcccattgctctgtattagcataaatattagccatgacag 40055744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University