View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12550_low_1 (Length: 565)

Name: NF12550_low_1
Description: NF12550
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12550_low_1
NF12550_low_1
[»] chr4 (7 HSPs)
chr4 (17-548)||(42734380-42734911)
chr4 (20-496)||(42743602-42744081)
chr4 (20-496)||(42752961-42753440)
chr4 (23-369)||(42716980-42717326)
chr4 (23-548)||(42762586-42763107)
chr4 (66-446)||(42769506-42769895)
chr4 (411-446)||(42717371-42717406)
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (23-469)||(23040420-23040869)
chr5 (138-199)||(42313912-42313973)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 528; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 548
Target Start/End: Complemental strand, 42734911 - 42734380
Alignment:
Q  17 agaagaaggtcctgaattacctccagaagccacaacaattatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtgaaattcaaca 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42734911 agaagaaggtcctgaattacctccagaagccacaacaattatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtgaaattcaaca 42734812  T
Q  117 ggaaaatcaccactcaaagacactgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataacacgaaccccaac 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42734811 ggaaaatcaccactcaaagacactgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataacacgaaccccaac 42734712  T
Q  217 aaaccttataggcggaaactcgtgcttttggcgatccaccacttgctgttccatttccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccagc 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42734711 aaaccttataggcggaaactcgtgcttttggcgatccaccacttgctgttccatttccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccagc 42734612  T
Q  317 agttgataaagtatgtgaaccatgacctacactgtcacgggcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccagatagcctttg 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42734611 agttgataaagtatgtgaaccatgacctacactgtcacgggcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccatatagcctttg 42734512  T
Q  417 taaaaatatcttgcgccaataagcttcctacaaggatgtaattaaaattcaaaacaggagcatatagaaaaatatcaaagacaattaaattggttttatt 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42734511 taaaaatatcttgcgccaataagcttcctacaaggatgtaattaaaattcaaaacaggagcatatagaaaaatatcaaagacaattaaattggttttatt 42734412  T
Q  517 atgtattataatccaaatcatggtgatatact 548  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42734411 atgtattataatccaaatcatggtgatatact 42734380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 496
Target Start/End: Original strand, 42743602 - 42744081
Alignment:
Q  20 agaaggtcctgaattacctccagaagccacaacaattatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtgaaattcaacagga 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42743602 agaaggtcctgaatttcctccagcagccacaacaatgatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctattgtgaaattcaacagga 42743701  T
Q  120 aaatcaccactcaaagacactgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataaca-cgaac--cccaac 216  Q
    | ||  | || |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | |  ||||||    
T  42743702 atatttctacccaaagacactgaaagcacgtcgacaccatcacttattgcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcttgacatccatcgtcccaac 42743801  T
Q  217 aaaccttataggcggaaactcgtgcttttggcgatccaccacttgctgttccatttccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccagc 316  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  42743802 aaaccttataggctgcaactcgtgcttttggtgatccaccacttgctgttccatttccattgccaaatacacttgcattggcaacgaaatttcctccagc 42743901  T
Q  317 agttgataaagtatgtgaaccatgacctacactgtcacgggcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccagatagcctttg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42743902 agttgataaagtatgtgaaccatgaccttcaaagtcacgtgcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccagatagcctttg 42744001  T
Q  417 taaaaatatcttgcgccaataagcttcctacaaggatgtaattaaaattcaaaacaggagcatatagaaaaatatcaaag 496  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  | |||||||||||| ||||| ||||    
T  42744002 ttaaaatatcttgctccaataagcttcctacaaagatgtaataaaaattcaaagtatgagcatatagaataatataaaag 42744081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 321; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 496
Target Start/End: Original strand, 42752961 - 42753440
Alignment:
Q  20 agaaggtcctgaattacctccagaagccacaacaattatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtgaaattcaacagga 119  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42752961 agaaggtcctgaatttcctccagcagccacaacaatgatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctattgtgaaattcaacagga 42753060  T
Q  120 aaatcaccactcaaagacactgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataaca-cgaac--cccaac 216  Q
    | ||  | || |||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| | | |  ||||||    
T  42753061 atatttctacccaaagacactgaaagcacgtcgacaccatcacttattgcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcttgacatccatcgtcccaac 42753160  T
Q  217 aaaccttataggcggaaactcgtgcttttggcgatccaccacttgctgttccatttccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccagc 316  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  42753161 aaaccttataggctgcaactcgtgcttttggtgatccaccacttgctgttccatttccattgccaaatacacttgcattggcaacgaaatttcctccagc 42753260  T
Q  317 agttgataaagtatgtgaaccatgacctacactgtcacgggcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccagatagcctttg 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42753261 agttgataaagtatgtgaaccatgaccttcaaagtcacgtgcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccagatagcctttg 42753360  T
Q  417 taaaaatatcttgcgccaataagcttcctacaaggatgtaattaaaattcaaaacaggagcatatagaaaaatatcaaag 496  Q
    | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||  | |||||||||||| ||||| ||||    
T  42753361 ttaaaatatcttgctccaataagcttcctacaaagatgtaataaaaattcaaagtatgagcatatagaataatataaaag 42753440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 23 - 369
Target Start/End: Original strand, 42716980 - 42717326
Alignment:
Q  23 aggtcctgaattacctccagaagccacaacaattatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtgaaattcaacaggaaaa 122  Q
    |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  42716980 aggtcctgaatttcctccagcagccacaacaattatgttattggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtaaaattcaacaggaaaa 42717079  T
Q  123 tcaccactcaaagacactgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataacacgaaccccaacaaacct 222  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  42717080 tcaccacccaaagacactgaaagcacgtcgacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataacatgaatcccaacaaacct 42717179  T
Q  223 tataggcggaaactcgtgcttttggcgatccaccacttgctgttccatttccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccagcagttga 322  Q
    |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  42717180 tataggctacaactcgtgcttttggcgatccaccacttgctgttccattgccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccggcagttga 42717279  T
Q  323 taaagtatgtgaaccatgacctacactgtcacgggcactattgaatg 369  Q
    ||||||||||| |||||||||  || ||||||| |||||||| ||||    
T  42717280 taaagtatgtgtaccatgaccatcaatgtcacgtgcactattaaatg 42717326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 23 - 548
Target Start/End: Original strand, 42762586 - 42763107
Alignment:
Q  23 aggtcctgaattacctccagaagccacaacaattatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtgaaattcaacaggaaaa 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | | |  | ||||    |  |||    
T  42762586 aggtcctgaattacctccagaagccacaacaatgatgttgttggcaactgcatgaaaagatcctatggaaatactgttttgggaatattcttgggctaaa 42762685  T
Q  123 tcaccact---caaagacactgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataacacgaaccccaacaaa 219  Q
     |||||||   ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||   | |||||||||    
T  42762686 ccaccactacccaaagacaccgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatgtctgcatcataacatccatcccaacaaa 42762785  T
Q  220 ccttataggcggaaactcgtgcttttggcgatccaccacttgctgttccatttccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccagcagt 319  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  42762786 ccttataggctgcaactcgtgcttttggtgatccaccacttgctgttccatttccattgccaaatacacttgcattagcaacgaaatttcctccagcagt 42762885  T
Q  320 tgataaagtatgtgaaccatgacctacactgtcacgggcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccagatagcctttgtaa 419  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||| || || |||||||  |  | | |||||  |  ||||  |||| |      ||||||| |||||||  ||    
T  42762886 tgataaagtgtgtgaaccatgaccttcactatcccgtgcactatgaagcgatacatttttggctctataaggatt------tgccagaaagcctttaaaa 42762979  T
Q  420 aaatatcttgcgccaataagcttcctacaaggatgtaattaaaattcaaaacaggagcatatagaaaaatatcaaagacaattaaattggttttattatg 519  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||||   ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42762980 aaatatcttgctccaataagctttctacaaaattgtaa-taaaattcaaaataggagcatatagaaatatatcaaagacaattaaattggttttattatg 42763078  T
Q  520 tattataatccaaatcatggtgatatact 548  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  42763079 tattataatccaaatcatggttatatact 42763107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 83; E-Value: 5e-39
Query Start/End: Original strand, 66 - 446
Target Start/End: Original strand, 42769506 - 42769895
Alignment:
Q  66 gcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtgaaattcaacaggaaaatcaccactcaaagacactgaaagcacatcaacaccatcactta 165  Q
    ||||||||||||||||||||||| | ||||||||| || | |||||| || |||   ||||||| || |||| | |||| |||||||||||| |||  ||    
T  42769506 gcaactgcatggaaagaccctatagcaatactgctttcataaaattctacggga---tcaccacccacagacgccgaaatcacatcaacaccgtcaagta 42769602  T
Q  166 tggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataacacgaacc------------------ccaacaaaccttataggcggaaactcgtgcttttgg 247  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||   |||                  |||||| ||||||||||| | ||||||||| || ||    
T  42769603 tggcagcttcgaaaccagccaaaatgtctgcttcatagcatccaccgcccacagcaagcggtggccaacataccttataggccgcaactcgtgcgttagg 42769702  T
Q  248 cgatccaccacttgctgttccatttccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccagcagttgataaagtatgtgaaccatgacctaca 347  Q
     ||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||    
T  42769703 tgatccaccacttgctgttcctaggccattgccaaatacacttgcatttgcaacaaaatttcctcccgcggttgataaagtatgtgaaccatgaccatca 42769802  T
Q  348 ctgtcacgggcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccagatagcctttgtaaaaatatcttgcgccaataagcttccta 446  Q
      ||| || ||||||| ||||||| |||||| |  | ||  || |       |||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||    
T  42769803 aagtcgcgtgcactatggaatgttacatttgtggatttaccagca------tctgccaaatagcctttgtaaaaatatcttgctccaattagcttccta 42769895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 411 - 446
Target Start/End: Original strand, 42717371 - 42717406
Alignment:
Q  411 cctttgtaaaaatatcttgcgccaataagcttccta 446  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  42717371 cctttgtaaaaatatcttgctccaataagcttccta 42717406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 280; Significance: 1e-156; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 280; E-Value: 1e-156
Query Start/End: Original strand, 23 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 23040869 - 23040420
Alignment:
Q  23 aggtcctgaattacctccagaagccacaacaattatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctatcgtgaaattcaacaggaaaa 122  Q
    |||||||||||| ||||||  || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23040869 aggtcctgaatttcctccaccagacacaacaatgatgttgttggcaactgcatggaaagaccctatggaaatactgctattgtgaaattcaacaggaaaa 23040770  T
Q  123 tcaccactcaaagacactgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcataacacgaa---ccccaacaaa 219  Q
    |  | || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||   ||||| ||||    
T  23040769 tttctacccaaagacactgaaagtacatcaacaccatcacttattgcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatcatgacataaatccccccagcaaa 23040670  T
Q  220 ccttataggcggaaactcgtgcttttggcgatccaccacttgctgttccatttccatagccaaatacacttgcattagcaacaaaatttcctccagcagt 319  Q
    |||||||||| | |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    |||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  23040669 ccttataggctgcaactcgagcttttggtgatccaccacttgctgttcctcggccattgccaaatacactcgcattagcaacgaaatttcctccaacagt 23040570  T
Q  320 tgataaagtatgtgaaccatgacctacactgtcacgggcactattgaatgtttcatttgggtttctaataggaattggcactgccagatagcctttgtaa 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||  ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |    
T  23040569 tgataaagtatgtgaaccatgaccatcaaagtcacgtgcactattgaatgtttcatttgggtctctaataggaattggcattgccagatagcctttgtta 23040470  T
Q  420 aaatatcttgcgccaataagcttcctacaaggatgtaattaaaattcaaa 469  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  23040469 aaatatcttgctccaataagcttcctacaaagatgtaataaaaattcaaa 23040420  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 138 - 199
Target Start/End: Complemental strand, 42313973 - 42313912
Alignment:
Q  138 actgaaagcacatcaacaccatcacttatggcagcttcaaaaccagccaaaatatctgcatc 199  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||    
T  42313973 actgagagcacatcaacaccgtcacttatggcagcttcaaaaccagctaagacatctgcatc 42313912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University