View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12551_low_27 (Length: 281)

Name: NF12551_low_27
Description: NF12551
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12551_low_27
NF12551_low_27
[»] scaffold0348 (1 HSPs)
scaffold0348 (1-251)||(9108-9358)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (1-268)||(135193-135460)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (1-268)||(12033477-12033745)
chr3 (1-252)||(14865616-14865868)
chr3 (1-267)||(17131485-17131754)
chr3 (1-268)||(19235101-19235369)
chr3 (1-250)||(13323820-13324069)
chr3 (1-250)||(13302273-13302521)
chr3 (63-250)||(13312991-13313177)
chr3 (1-250)||(51301366-51301611)
chr3 (63-250)||(17240608-17240794)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-268)||(20906494-20906761)
chr7 (1-275)||(16090822-16091097)
chr7 (1-275)||(29181142-29181417)
chr7 (62-266)||(2966721-2966926)
chr7 (63-250)||(21231055-21231242)
chr7 (1-174)||(2465212-2465383)
chr7 (74-246)||(14230558-14230729)
chr7 (1-158)||(3857397-3857554)
chr7 (1-68)||(2971209-2971276)
chr7 (74-156)||(14319736-14319817)
chr7 (90-147)||(20311174-20311231)
[»] scaffold0053 (1 HSPs)
scaffold0053 (1-275)||(79523-79798)
[»] chr4 (4 HSPs)
chr4 (1-275)||(16146863-16147138)
chr4 (48-250)||(15407911-15408112)
chr4 (74-149)||(27906139-27906214)
chr4 (1-113)||(14486569-14486683)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-268)||(21710572-21710840)
chr1 (1-252)||(20851165-20851417)
chr1 (1-252)||(20857792-20858044)
chr1 (1-252)||(21706046-21706298)
chr1 (63-244)||(19663613-19663794)
chr1 (90-250)||(32651345-32651506)
chr1 (63-273)||(18712549-18712759)
chr1 (74-156)||(20045060-20045139)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-252)||(24320703-24320955)
chr8 (1-273)||(29643418-29643691)
chr8 (48-250)||(14056645-14056845)
chr8 (77-250)||(25111750-25111923)
chr8 (63-171)||(23482148-23482254)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-252)||(10347-10599)
chr2 (1-201)||(25180962-25181162)
chr2 (74-149)||(23168408-23168483)
chr2 (74-149)||(23579665-23579740)
chr2 (74-156)||(27207826-27207907)
chr2 (76-147)||(26885059-26885129)
chr2 (63-171)||(23264995-23265102)
chr2 (99-251)||(23878782-23878933)
chr2 (63-115)||(23280118-23280170)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (1-252)||(20007979-20008232)
chr6 (1-268)||(9099104-9099372)
chr6 (63-250)||(9187268-9187454)
chr6 (1-174)||(21364515-21364684)
chr6 (1-174)||(23968497-23968666)
chr6 (133-275)||(24513008-24513151)
chr6 (74-147)||(31252299-31252371)
chr6 (203-250)||(25598415-25598462)
chr6 (100-189)||(29097700-29097789)
[»] scaffold0072 (1 HSPs)
scaffold0072 (1-250)||(50003-50254)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (1-252)||(19236671-19236922)
chr5 (1-252)||(20772741-20772991)
chr5 (1-252)||(22460926-22461178)
chr5 (1-252)||(20781516-20781766)
chr5 (1-201)||(22467602-22467802)
chr5 (2-268)||(24929962-24930229)
chr5 (5-147)||(28889374-28889515)
chr5 (5-147)||(28896078-28896219)
chr5 (5-147)||(28909326-28909467)
chr5 (5-147)||(28924904-28925045)
chr5 (5-147)||(28945721-28945862)
chr5 (2-137)||(20820105-20820237)
chr5 (2-137)||(20827205-20827337)
chr5 (74-148)||(34829960-34830033)
chr5 (63-250)||(23111295-23111482)
chr5 (63-171)||(18408039-18408146)
[»] scaffold1469 (1 HSPs)
scaffold1469 (2-251)||(1129-1376)
[»] scaffold1318 (1 HSPs)
scaffold1318 (1-123)||(1945-2067)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (48-250)||(135245-135446)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (63-273)||(34372-34582)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (1-109)||(912-1019)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (48-228)||(40614-40793)
[»] scaffold0020 (1 HSPs)
scaffold0020 (90-250)||(102050-102210)
[»] scaffold0127 (1 HSPs)
scaffold0127 (1-248)||(10016-10261)
[»] scaffold0384 (1 HSPs)
scaffold0384 (1-181)||(16097-16275)
[»] scaffold0235 (1 HSPs)
scaffold0235 (63-250)||(22688-22875)
[»] scaffold0261 (1 HSPs)
scaffold0261 (74-149)||(23676-23751)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (74-220)||(73087-73233)
[»] scaffold0461 (1 HSPs)
scaffold0461 (74-246)||(114-286)
[»] scaffold0029 (2 HSPs)
scaffold0029 (1-174)||(91235-91408)
scaffold0029 (1-174)||(96961-97134)
[»] scaffold0453 (1 HSPs)
scaffold0453 (74-246)||(10657-10828)
[»] scaffold0720 (1 HSPs)
scaffold0720 (74-156)||(3509-3590)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (68-180)||(493128-493238)
[»] scaffold0609 (1 HSPs)
scaffold0609 (74-147)||(5964-6036)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (63-171)||(116749-116856)
[»] scaffold0085 (1 HSPs)
scaffold0085 (219-268)||(3924-3974)
[»] scaffold0222 (2 HSPs)
scaffold0222 (207-250)||(16593-16636)
scaffold0222 (63-171)||(16673-16780)


Alignment Details
Target: scaffold0348 (Bit Score: 180; Significance: 3e-97; HSPs: 1)
Name: scaffold0348
Description:

Target: scaffold0348; HSP #1
Raw Score: 180; E-Value: 3e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 9358 - 9108
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaag-gtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||  |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9358 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaagtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 9260  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||    
T  9259 ttaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttctcaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaacgaaaatagaatatgatggatgaa 9160  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgt 251  Q
    ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9159 ttgggaagttttgtatgattgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgt 9108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 178; Significance: 5e-96; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 135460 - 135193
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaa-ggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  135460 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaaggtaaaattgagaat-taagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 135362  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||    
T  135361 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtt-agtatgatttcttaatctatgttgttgatcgtgatcaaaattggaatgaaaatagaatatgatggatgaa 135263  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg-ttatttttctgttccttt 268  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  135262 ttgggaagttttgtatgaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttattgttctgttccttt 135193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 165; Significance: 3e-88; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 12033477 - 12033745
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12033477 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaattaagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtataagaat 12033576  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||| | |||||| |||||||| || |||||     
T  12033577 caggtttataatgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgttgatcgtaattgaattgaaaatagaatatgatggatgaat 12033676  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttt 268  Q
    ||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||    
T  12033677 tttggaagttttgtatgaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtttctgttccttt 12033745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 141; E-Value: 6e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 14865868 - 14865616
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  14865868 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaattaaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataatggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaag 14865769  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| |||||||| |||||||| || |||||     
T  14865768 caggtttataatgttgtacttggatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatgaat 14865669  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
    ||  |||||| ||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  14865668 tttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgttgttgttgatgtt 14865616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 9e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 267
Target Start/End: Complemental strand, 17131754 - 17131485
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  17131754 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataaggat 17131655  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||   |||||||||||||| |||||||| || |||||     
T  17131654 caggtttataatgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgttgattgtaattggaatgaaaatagaatatgatggatgaat 17131555  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt--atttttctgttcctt 267  Q
    ||  |||| |||| |||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||    
T  17131554 tttggaagctttgcatgaatgcttaaatgagctgaattgttgttgttgatgtttagtttttctgttcctt 17131485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 19235101 - 19235369
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaa-ttaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  19235101 ataatatatgatttctgaaaaattaatcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattctg-aagaaaatgtgtaagaa 19235199  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaa-ttggaatgaaaacagaatatgttgaatga 198  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| || ||||| |||||| |||||||| |  ||||    
T  19235200 tcaggtttataatgttgt-atttgatgattagtatgatttcctaatctatattgttgatattgatcataatttggagtgaaaatagaatatgatagatga 19235298  T
Q  199 a-ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttt 268  Q
    | ||  |||||| || |||| || |||| |||| | ||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||    
T  19235299 attttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgctaatttgctgtttcttt 19235369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 13323820 - 13324069
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaattta-actgttctt-aaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 98  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||| ||| | ||||||| ||| ||||||||||||  || ||||| ||||||| || ||||| || |||||||||    
T  13323820 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaaattagattgttcttgaagataaaattgggaattta-gggttgatgatgacttcgaaaggaatggtgtaaga 13323918  T
Q  99 atcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatga 198  Q
    ||   ||||| |||||||||| ||| |||| |||||  ||||||||  |||  ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||    
T  13323919 attgtgtttaatgtgttgtaaattggtgttcagtatattttcttaacttataatgttg-ttgtgatcagaattggaatgaaattagaatatgttggatga 13324017  T
Q  199 attcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    |||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  13324018 attgggaagttttgtatgattgctagaatgctctgaattgttgttgttgatg 13324069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 13302273 - 13302521
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttctt-aaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||| |  | ||||||| ||| |||||| |||||  || ||||| ||||||| || ||||| || ||||||||||    
T  13302273 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaaatgcattgttcttgaagataaaatggggaattta-gggttgatgatgacttcgaaaggaatggtgtaagaa 13302371  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    |   ||||| |||||||||| ||| |||| |||||  ||||||||  |||  ||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||    
T  13302372 ttgtgtttaatgtgttgtaaattggtgttcagtatattttcttaacttataatgttg-ttgtgatcagaattggaatgaaattagaatatgttggatgaa 13302470  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    ||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  13302471 ttgggaagttttgtatgattgctagaatgctctgaattgttgttgttgatg 13302521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 63 - 250
Target Start/End: Original strand, 13312991 - 13313177
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||||||| || ||||| || |||||||||||   ||||| |||||||||| ||| |||| |||||  ||||||||  |||  ||||| |||||    
T  13312991 agggttgatgatgacttcgaaaggaatggtgtaagaattgtgtttaatgtgttgtaaattggtgttcagtatattttcttaacttataatgttg-ttgtg 13313089  T
Q  163 atcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaattcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  13313090 atcagaattggaatgaaattagaatatgttggatgaattgggaagttttgtatgattgctagaatgctctgaattgttgttgttgatg 13313177  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 51301611 - 51301366
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaagg-taaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||  ||||||||||||  | |||||| ||| | |||| |||||  | |||| |||||    
T  51301611 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaattgaattgttcatgagaataaaattgggaa--ttagggttgatgctaattt-gaaagggatggtgcaagaa 51301515  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    ||||||||| |||||| || |||  ||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||   | || |  ||||| ||||| || |     
T  51301514 tcaggtttaatgtgtt-tagtttagtgtttagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtgatcagaattatgaggagattagaatttgttggataat 51301417  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    |  ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  51301416 tggagaagttttgtttgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 51301366  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 63 - 250
Target Start/End: Original strand, 17240608 - 17240794
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||  || || ||||||  |||| |  ||||||| |||||||||  ||||| | |||    
T  17240608 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaacgtattttaatttagtgttcaaaatgatttattaatctataatgttgct-gtg 17240706  T
Q  163 atcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaattc-agaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    ||||||||| ||| ||||  || || ||||| || ||||  |||||||| ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  17240707 atcagaatttgaaggaaattaggatttgttggataaattggagaagttt-gtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 17240794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 20906494 - 20906761
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20906494 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactattcttaaggtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtataagaat 20906592  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaat 200  Q
    || ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||||| |||||||| |||||||| || ||||||    
T  20906593 caagtttataatgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgttgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatgaat 20906692  T
Q  201 tcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg-ttatttttctgttccttt 268  Q
    | |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  20906693 tgagaagttttgtaagaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttttctgttccttt 20906761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Complemental strand, 16091097 - 16090822
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||| | |||||||||| |||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16091097 ataatatgtaatttctgaaagttaatcaattaaactgttcctaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 16090998  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| |||||||| |||||||| || |||||     
T  16090997 caggtttataatgttgtatttgaatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatgaat 16090898  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttttgatgtc 275  Q
    ||  |||||| || |||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||   || |||||||||||||||||    
T  16090897 tttggaagttctgaatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 16090822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 29181142 - 29181417
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29181142 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaattaaactattcttaaggtaaaatttggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 29181241  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||| ||||  ||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| |||||||| |||||||| || |||||     
T  29181242 caggcttataatgttgtatttgaatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatgaat 29181341  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttttgatgtc 275  Q
    ||  |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||   || |||||||||||||||||    
T  29181342 tttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 29181417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 62 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 2966926 - 2966721
Alignment:
Q  62 aagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgt 161  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |    
T  2966926 aagggttaatgatgtttttgaaagaaaaggtataagaatcaggtttttaatgttgtactttgatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatgtt 2966827  T
Q  162 gatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa-ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttct 260  Q
    ||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||    
T  2966826 gatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatggatgaattttggaagttttgtatgaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagtttct 2966727  T
Q  261 gttcct 266  Q
    ||||||    
T  2966726 gttcct 2966721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 63 - 250
Target Start/End: Original strand, 21231055 - 21231242
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| ||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| || |||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  21231055 agggttgatgctgattctgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttggtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtg 21231153  T
Q  163 atcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  21231154 atcagaatttgaatgaaattagaatctgttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 21231242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 2465383 - 2465212
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | || |||| ||||||||||   |||||| ||||||| |||||||| |    
T  2465383 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtttttatggtaaaaattgggaaattagggttaatggcaattttg-aagaaaatgtgtaagatt 2465285  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgga 174  Q
     ||||||||  |||| | |||||||| ||| ||||||||| || ||| | ||||||||  |||||| |||||||    
T  2465284 taggtttataatgttat-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattgttgatgttgatcataattgga 2465212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 74 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 14230729 - 14230558
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgg 173  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||  | || || |||||||    
T  14230729 tgattttgaaagaaa-ggtgtaagaatcatgtttaatatgttgtaatttgatattctgtatgatttcttaatctatgatgttg-ctatgttctgaattgg 14230632  T
Q  174 aatgaaaacagaatatgttgaatgaattcag-aagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgtt 246  Q
    |||||||  || |   |||||||||||| || ||||| |||||||||| | |||||| |||||||| |||||||    
T  14230631 aatgaaattaggactggttgaatgaattgagaaagttgtgtatgattgttggaatgggctgaattgatgttgtt 14230558  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 158
Target Start/End: Original strand, 3857397 - 3857554
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggt---aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaag 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||| |||| ||||||||||   |||||| ||||||| |||||||    
T  3857397 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtttttatggtaaaaaaattggg-aaattagggttaatggcaattttg-aagaaaatgtgtaag 3857494  T
Q  98 aatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgat 158  Q
    | | ||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||| || ||| | ||||||||    
T  3857495 atttaggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattgttgat 3857554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 1 - 68
Target Start/End: Complemental strand, 2971276 - 2971209
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggtt 68  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2971276 ataatttataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaagataagggtt 2971209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 156
Target Start/End: Original strand, 14319736 - 14319817
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttg 156  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||| |||||    
T  14319736 tgattttgaaagaaa-ggtgtaagaatcatgtttaatatgttgcaatttgatattctgtataatttcttaatctatgatgttg 14319817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 90 - 147
Target Start/End: Original strand, 20311174 - 20311231
Alignment:
Q  90 ggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    |||||||||||  |||||| ||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||    
T  20311174 ggtgtaagaattgggtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgaatccttaatct 20311231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0053 (Bit Score: 148; Significance: 4e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0053
Description:

Target: scaffold0053; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 4e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 79523 - 79798
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  79523 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaattaaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 79622  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| |||||||| |||||||| || |||||     
T  79623 caggtttataatgttgtatttgaatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatgaat 79722  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttttgatgtc 275  Q
    ||  |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||   || |||||||||||||||||    
T  79723 tttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 79798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 9e-76; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 9e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 275
Target Start/End: Original strand, 16146863 - 16147138
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16146863 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaattaaactgttcttaaggtaaaatttggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 16146962  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| ||  ||| ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| |||||||| |||||||| || |||||     
T  16146963 caggtttataatgttgtatttgaatgattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatgaat 16147062  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttttgatgtc 275  Q
    ||  |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||||   || |||||||||||||||||    
T  16147063 tttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatgtttagttgctgttccttttgatgtc 16147138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 15408112 - 15407911
Alignment:
Q  48 aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    |||||||||||| || ||||| ||| |||||||| ||| || ||| |||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  15408112 aaaattgggaaatta-gggttgatgctgattttggaaggaatggtttaaggatcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatct 15408014  T
Q  148 atgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgtt 246  Q
    ||  |||||  ||||||||||||| ||||||||  |||||  |||| || ||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||| ||    
T  15408013 ataatgttg-ctgtgatcagaatttgaatgaaattagaatcggttggataaattggagaagttttgtatgattgttagaatgatctgaattgttgttttt 15407915  T
Q  247 gatg 250  Q
    ||||    
T  15407914 gatg 15407911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 74 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 27906214 - 27906139
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctat 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  27906214 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttccgtatgatttcttaatctat 27906139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 14486683 - 14486569
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagc-aatttaactgttctt-aaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 98  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| | |||| || ||||||| ||| |||||||||||| || |||||| ||||||||||||| || || ||||| |||    
T  14486683 ataatatataatttctgaaaattaatcgaattgaattgttcttgaagataaaattgggaatat-agggttgatgatgattttgataggaatggtgtgaga 14486585  T
Q  99 a-tcaggtttattgtg 113  Q
    | ||| ||||||||||    
T  14486584 attcatgtttattgtg 14486569  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 138; Significance: 3e-72; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Complemental strand, 21710840 - 21710572
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||| | |||||||||||||||||| || |||| ||    
T  21710840 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggtttaagatgattttgaaagaaaaagtataaggat 21710741  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  |||| | | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||     
T  21710740 caggtttataatgttat-acttgatgtttagtatgattccttaatctatgttgttgatgttgatcataattggaatgaaaatagaatatgatggatgaat 21710642  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg-ttatttttctgttccttt 268  Q
    ||  |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  21710641 tttggaagctttgtatgaatgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttttctgttccttt 21710572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 20851165 - 20851417
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  20851165 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataaggat 20851264  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  20851265 caggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatgaat 20851364  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
    ||  ||||  ||| |||| |||||||||| |  |||||| |||||||||||||    
T  20851365 tttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtt 20851417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 20857792 - 20858044
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  20857792 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataaggat 20857891  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  20857892 caggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgttttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatgaat 20857991  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
    ||  ||||  ||| |||| |||||||||| |  |||||| |||||||||||||    
T  20857992 tttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtt 20858044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 21706298 - 21706046
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  21706298 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataaggat 21706199  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  21706198 caggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgttttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatgaat 21706099  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
    ||  ||||  ||| |||| |||||||||| |  |||||| |||||||||||||    
T  21706098 tttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtt 21706046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 63 - 244
Target Start/End: Original strand, 19663613 - 19663794
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||  ||||    
T  19663613 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaattatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ctgtg 19663711  T
Q  163 atcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttg 244  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||| || ||||  ||||||||||| |||||| | |||||  ||||||||||||||    
T  19663712 atcagaattggaatgaaattagaatctgttggataaattggagaagttttgtgtgattgttagaatgatctgaattgttgttg 19663794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 90 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 32651506 - 32651345
Alignment:
Q  90 ggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttga-tgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattg-gaatgaaaacagaat 187  Q
    ||||||||||||| ||||| |||||| || ||| | ||||||| |||||||||||||||||  ||||| | ||||||||||||  |||||| |  |||||    
T  32651506 ggtgtaagaatcatgtttaatgtgtt-tagttttagtgtttagaatgatttcttaatctataatgttgct-gtgatcagaattttgaatgagattagaat 32651409  T
Q  188 atgttgaatgaattc-agaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
     ||||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  32651408 ttgttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 32651345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 273
Target Start/End: Complemental strand, 18712759 - 18712549
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||    |||  |||| || |||||||||||||||||  |||||  ||||    
T  18712759 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgtttagttttcgtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ctgtg 18712661  T
Q  163 atcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctg 261  Q
    ||||||||| ||  || |  |||||  ||||    ||||  ||| |||||||||||||||| |||||  | |||||||||||||||||||   |||| ||    
T  18712660 atcagaatttgagggagattagaattggttgggaaaattggagaggttttgtatgattgctagaatgatcagaattgttgttgttgatgtctgttttgtg 18712561  T
Q  262 ttccttttgatg 273  Q
    ||||||| ||||    
T  18712560 ttcctttagatg 18712549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 156
Target Start/End: Original strand, 20045060 - 20045139
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttg 156  Q
    ||||||||||||||| ||   |||||||| ||||| | | |||||||||||| ||  || ||||||||||||||||| |||||    
T  20045060 tgattttgaaagaaatgg---aagaatcatgtttaatatattgtaatttgatattctgtttgatttcttaatctatgatgttg 20045139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 24320703 - 24320955
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||    
T  24320703 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtatagggat 24320802  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||     
T  24320803 caggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatgaat 24320902  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
    ||  ||||  ||| |||| |||||||||| |  |||||| |||||||||||||    
T  24320903 tttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtt 24320955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 273
Target Start/End: Original strand, 29643418 - 29643691
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaattt-aactgttctt-aaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaaga 98  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||| || || ||||| | ||| |||||||| |||  |||||||| |||||||||| | ||| |  |||||||||    
T  29643418 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaaattgaattgttcatgaagataaaattgagaat-taagggttgatgatgatttaggaaggattggtgtaaga 29643516  T
Q  99 atcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatga 198  Q
    ||  |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  29643517 attgggttaattgtgttgtaatttggtgttcagtatgatttcttaatctataatgttgattgtgatcagaattggaatgaaaatagaatatgttggatga 29643616  T
Q  199 attcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttttgatg 273  Q
    |||  ||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||| |||||    |||| ||||||||||||||    
T  29643617 attgtgaagttttgtatgattgctagaatgctctgaattgttgttgatgatgcctgttttatgttccttttgatg 29643691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Original strand, 14056645 - 14056845
Alignment:
Q  48 aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    |||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||  | ||||||||   || ||||| |||||||||||| |||||| || |||||||||||||||    
T  14056645 aaaattgggaaatta-gggttgatgctgattttgaaaggtatggtgtaaggc-catgtttaatgtgttgtaattcgatgttcagaatgatttcttaatct 14056742  T
Q  148 atgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaattc-agaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgtt 246  Q
    ||  ||||| |||||||||||||| ||||| ||  |||||  |||| || ||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||    
T  14056743 ataatgttg-ttgtgatcagaatttgaatggaattagaatcggttggataaattggagaagttttgtatgattgttagaatgatctgaattgttgttgtt 14056841  T
Q  247 gatg 250  Q
    ||||    
T  14056842 gatg 14056845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 77 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 25111923 - 25111750
Alignment:
Q  77 ttttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaat 176  Q
    ||||||||| || ||||| || |||  ||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||| ||||||||  || |||| |||||||||||| ||||    
T  25111923 ttttgaaaggaatggtgtgaggatcgtgtttaatgtgttgtattttgatgttcagaatgaattcctaatctataatgctgat-gtgatcagaatttgaat 25111825  T
Q  177 gaaaacagaatatgttgaatgaattc-agaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    ||||  |||||  |||| || ||||  |||||||||||||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||    
T  25111824 gaaattagaatcggttggataaattggagaagttttgtatgattgttggaatgatctgaattgttgttgttgatg 25111750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 171
Target Start/End: Original strand, 23482148 - 23482254
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| ||||||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||||| || |||   |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||| |    
T  23482148 agggttgatgctgattttgaaagggatggtgtaagaatcatgtttaatgtgtt-tagtttagggtttagaatgatttcttaatctatattgttg-ttggg 23482245  T
Q  163 atcagaatt 171  Q
    |||||||||    
T  23482246 atcagaatt 23482254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 8e-67; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 10599 - 10347
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| || | ||    
T  10599 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaattgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtatagggat 10500  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
     ||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| || |||||     
T  10499 aaggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatggatgaat 10400  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
    ||  |||| |||| |||| |||||||||| || |||||| |||||||||||||    
T  10399 tttggaagctttgcatgaatgcttgaatgaaccgaattgatgttgttgatgtt 10347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Original strand, 25180962 - 25181162
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| ||   ||    
T  25180962 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtatattgat 25181061  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaat 200  Q
    |||||||||  | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| || ||||||    
T  25181062 caggtttatatttttgtactttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgatgttgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatggatgaat 25181161  T
Q  201 t 201  Q
    |    
T  25181162 t 25181162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 74 - 149
Target Start/End: Original strand, 23168408 - 23168483
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctat 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23168408 tgattttgaaagaaaaggtgtaagagtcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagtatgatttcttaatctat 23168483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 74 - 149
Target Start/End: Original strand, 23579665 - 23579740
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctat 149  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23579665 tgattttgaaagaaaaggtgtaagagtcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagtatgatttcttaatctat 23579740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 156
Target Start/End: Original strand, 27207826 - 27207907
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttg 156  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | ||||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||| |||||    
T  27207826 tgattttgaaagaaa-ggtgtaagaatcatgtttaatatgttgcaatttgatattctgtataatttcttaatctatgatgttg 27207907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 76 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 26885129 - 26885059
Alignment:
Q  76 attttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||   ||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  26885129 attttgaaagaaaaggtgtaagaatcatgttga-tgtaaagtagtttgatgttttgtatgatttcttaatct 26885059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 63 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 23265102 - 23264995
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||    |||   ||| || |||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  23265102 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgtttagttttcgcgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtg 23265004  T
Q  163 atcagaatt 171  Q
    |||||||||    
T  23265003 atcagaatt 23264995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 23878933 - 23878782
Alignment:
Q  99 atcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatga 198  Q
    |||| ||| ||| ||||||||| ||||||| || ||||  |||||||||||  ||||| ||||||||| || | || |||||| |||||   ||| ||||    
T  23878933 atcatgttaattatgttgtaatgtgatgttcagaatgaaatcttaatctatactgttg-ttgtgatcataaattgattgaaaatagaattgattggatga 23878835  T
Q  199 attca-gaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgt 251  Q
    ||| | |||||||||||||| || | |||||  ||| |||||||||||||||||    
T  23878834 attgatgaagttttgtatga-tggtggaatgatctgtattgttgttgttgatgt 23878782  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 63 - 115
Target Start/End: Complemental strand, 23280170 - 23280118
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgtt 115  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||    
T  23280170 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgtt 23280118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Original strand, 20007979 - 20008232
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaa-ttaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||| |||| |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |    
T  20007979 ataatatataatttatgaaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataagga 20008078  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    ||||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  20008079 tcaggtttatattgttgtactttgatgtttagtatgttttcttaatctatattgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatgaa 20008178  T
Q  200 -ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
     || |||||  ||| |||| |||||||||| |  |||||| |||||||||||||    
T  20008179 ttttagaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtt 20008232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 268
Target Start/End: Original strand, 9099104 - 9099372
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaa-ttaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||||||| |||||||||    
T  9099104 ataatatatgatttctgaaaaattaatcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattctg-aagaaaatgtgtaagaa 9099202  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaa-ttggaatgaaaacagaatatgttgaatga 198  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||  |||||| || ||||| |||||| |||||||| |  ||||    
T  9099203 tcaggtttataatgttgt-atttgatgattagtatgatttcctaatctatattgttgatattgatcataatttggagtgaaaatagaatatgatagatga 9099301  T
Q  199 a-ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttt 268  Q
    | ||  |||||| || |||| || |||| |||| | ||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||    
T  9099302 attttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgctaatttgctgtttcttt 9099372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 77; E-Value: 9e-36
Query Start/End: Original strand, 63 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 9187454 - 9187268
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || | ||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||| || |||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  9187454 agggttgatgctgattttgaaaggaatgatgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttagtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtg 9187356  T
Q  163 atcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  9187355 atcagaatttgaatgaaattagaat-tgttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 9187268  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 21364515 - 21364684
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||   |||||  |||||||  ||||||| |    
T  21364515 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtt-ttatggtaaaattggg-aaattagggttaatg-gcatttttgaagaaaatatgtaagact 21364611  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgga 174  Q
     ||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||| || ||| | ||||||||  |||||| |||||||    
T  21364612 taggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattgttgatgttgatcataattgga 21364684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 23968497 - 23968666
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||| |||| ||||||||||   |||||  |||||||  ||||||| |    
T  23968497 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtt-ttatggtaaaattggg-aaattagggttaatg-gcatttttgaagaaaatatgtaagact 23968593  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgga 174  Q
     ||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||| || ||| | ||||||||  |||||| |||||||    
T  23968594 taggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattgttgatgttgatcataattgga 23968666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 133 - 275
Target Start/End: Original strand, 24513008 - 24513151
Alignment:
Q  133 atgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattg-gaatgaaaacagaatatgttgaatgaattc-agaagttttgtatgattgcttgaatgga 230  Q
    |||||||||| ||||||  ||||| ||||||||||||||  ||||||||  ||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||||      
T  24513008 atgatttcttgatctataatgttg-ttgtgatcagaattttgaatgaaattagaatttgttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgat 24513106  T
Q  231 ctgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttttgatgtc 275  Q
    ||||||||||||||||||||    |||| ||||||||| ||||||    
T  24513107 ctgaattgttgttgttgatgcctgttttgtgttcctttagatgtc 24513151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 31252371 - 31252299
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||  |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||    
T  31252371 tgattttgaaagaaa-ggtgtaagaattatgtttaacgtgttgtaatttgatgctatgtatgatttcttaatct 31252299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 203 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 25598462 - 25598415
Alignment:
Q  203 agaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||||||    
T  25598462 agaagttttgtatgattgctagaatggtatgaattgttgttgttgatg 25598415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 100 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 29097789 - 29097700
Alignment:
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaa-tgaaaacagaatat 189  Q
    ||||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||  |||||| |||| ||| |||||| |||||||    
T  29097789 tcaggtttatactgttgta-tttgatgattagtatgatttcctaatctataatgttgatattgatcataatttgaagtgaaaatagaatat 29097700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0072 (Bit Score: 120; Significance: 2e-61; HSPs: 1)
Name: scaffold0072
Description:

Target: scaffold0072; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 250
Target Start/End: Original strand, 50003 - 50254
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaa-ttgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||| | |||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  50003 ataatatgtaatttctaaaaattaatcaattaaactgttcttaaggtaaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 50102  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    ||||||||||  |||| || ||  | | ||||||||||||||||||| |||||||||||  |||||  ||||| |||||||| |||||||| || |||||    
T  50103 tcaggtttataatgttatatttgaaagattagtatgatttcttaatccatgttgttgatattgatcgtaattgaaatgaaaatagaatatgatggatgaa 50202  T
Q  200 -ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
     ||  |||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  50203 ttttggaagttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgatgttgttgatg 50254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 19236922 - 19236671
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||    
T  19236922 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattttgaaagaaaaggtataaggat 19236823  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| ||| |||| ||||||||     
T  19236822 caggtttatattgttgtactttga-gtttagtatgtgttcttaatctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagagtatgatgaatgaat 19236724  T
Q  200 ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
    ||  ||||  ||| |||| |||||||||| |  |||||| |||||||||||||    
T  19236723 tttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtt 19236671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 20772991 - 20772741
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  20772991 ataatatatgatttctgaaaattaatcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattttgaa-gaaaatgtgtaagaat 20772893  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||| || ||||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||  |||||||  || |||||     
T  20772892 caggtttataatgttgta-tttgatgattagtatgatttcctactctatattgttgatgttgatcataattgga-tgaaagtagaatataatggatgaag 20772795  T
Q  200 -ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
     ||  |||||| || |||| || |||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  20772794 ttttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgtt 20772741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 22461178 - 22460926
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaa-ttaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |    
T  22461178 ataatatataatttctgaaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattt-gaaagaaaaggtataagga 22461080  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    ||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  22461079 tcaggtttatattgtcgtactttgatgtttagtatgttttcttattctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatgaa 22460980  T
Q  200 -ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
     ||  ||||  ||| |||| |||||||||| |  |||||| |||||||||||||    
T  22460979 ttttggaagccttgcatgaatgcttgaatgaatagaattgatgttgttgatgtt 22460926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 252
Target Start/End: Complemental strand, 20781766 - 20781516
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||    
T  20781766 ataatatatgatttctgaaaattaatcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattttgaa-gaaaatgtgtaagaat 20781668  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa- 199  Q
    |||||||||  ||||||| ||||||| ||| ||||||||| || ||||| ||||||||  |||||| ||||||| |||||  |||||||  || |||||     
T  20781667 caggtttataatgttgta-tttgatgattattatgatttcctactctatattgttgatgttgatcataattgga-tgaaagtagaatataatggatgaag 20781570  T
Q  200 -ttcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgtt 252  Q
     ||  |||||| || |||| || |||| |||| | |||||||||||||||||||    
T  20781569 ttttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgtt 20781516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 1 - 201
Target Start/End: Complemental strand, 22467802 - 22467602
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaa-ttaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||| ||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |    
T  22467802 ataatatataatttctgaaaaattaatcaattgaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaaggatgattt-gaaagaaaaggtataagga 22467704  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    ||||||||||  ||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  |||||  |||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  22467703 tcaggtttatattgtcgtactttgatgtttagtatgttttcttattctatgttgttgatgctgatcgtaattggaatgaaaatagaatatgatgaatgaa 22467604  T
Q  200 tt 201  Q
    ||    
T  22467603 tt 22467602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 6e-46
Query Start/End: Original strand, 2 - 268
Target Start/End: Original strand, 24929962 - 24930229
Alignment:
Q  2 taatatatgatttctgaaaa-ttaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||    
T  24929962 taatatatgatttctaaaaaattaatcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaatttagggttaatgatgattctg-aaggaaatgtgtaagaat 24930060  T
Q  101 caggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaa-ttggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    |||||||||  |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||  |||||| || ||||| |||||| |||||||| |  |||||    
T  24930061 caggtttataatgttgt-atttgatgattagtatgatttcctaatctataatgttgatattgatcataatttggagtgaaaatagaatatgatagatgaa 24930159  T
Q  200 t-tcagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctgttccttt 268  Q
    | |  |||||| || |||| || |||| |||| | ||||||||||||||||| || ||| ||||| ||||    
T  24930160 tgttggaagttctgaatgaatgtttgattggagttaattgttgttgttgatgctaatttgctgtttcttt 24930229  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 147
Target Start/End: Original strand, 28889374 - 28889515
Alignment:
Q  5 tatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggt-aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcag 103  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||| | |||| | ||||    
T  28889374 tatatgatttctgaaaattaaactatttaattgttcttaaggtaaaaattgggaaaattaggtttgatgatgattttg-aagaaaatgcgtaaaattcag 28889472  T
Q  104 gtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  28889473 gtttatgacgttgt-atttaatgattagtatgatttcctaatct 28889515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 147
Target Start/End: Original strand, 28896078 - 28896219
Alignment:
Q  5 tatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggt-aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcag 103  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||| | |||| | ||||    
T  28896078 tatatgatttctgaaaattaaactatttaattgttcttaaggtaaaaattgggaaaattaggtttgatgatgattttg-aagaaaatgcgtaaaattcag 28896176  T
Q  104 gtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  28896177 gtttatgacgttgt-atttaatgattagtatgatttcctaatct 28896219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 147
Target Start/End: Original strand, 28909326 - 28909467
Alignment:
Q  5 tatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggt-aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcag 103  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||| | |||| | ||||    
T  28909326 tatatgatttctgaaaattaaactatttaattgttcttaaggtaaaaattgggaaaattaggtttgatgatgattttg-aagaaaatgcgtaaaattcag 28909424  T
Q  104 gtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  28909425 gtttatgacgttgt-atttaatgattagtatgatttcctaatct 28909467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 147
Target Start/End: Original strand, 28924904 - 28925045
Alignment:
Q  5 tatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggt-aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcag 103  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||| | |||| | ||||    
T  28924904 tatatgatttctgaaaattaaactatttaattgttcttaaggtaaaaattgggaaaattaggtttgatgatgattttg-aagaaaatgcgtaaaattcag 28925002  T
Q  104 gtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  28925003 gtttatgacgttgt-atttaatgattagtatgatttcctaatct 28925045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 5 - 147
Target Start/End: Original strand, 28945721 - 28945862
Alignment:
Q  5 tatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggt-aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcag 103  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||| || |||||||||||| ||||||| | |||| | ||||    
T  28945721 tatatgatttctgaaaattaaactatttaattgttcttaaggtaaaaattgggaaaattaggtttgatgatgattttg-aagaaaatgcgtaaaattcag 28945819  T
Q  104 gtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    ||||||   ||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||    
T  28945820 gtttatgacgttgt-atttaatgattagtatgatttcctaatct 28945862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 20820237 - 20820105
Alignment:
Q  2 taatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatc 101  Q
    |||||||| ||||||||  |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |  ||||| ||    
T  20820237 taatatataatttctgatgattaagtaattcaaccgttcttaaggtaaaatt-ggaaaattagggttaatgatgattttg-aagagaatgcataagattc 20820140  T
Q  102 aggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgat 137  Q
    ||||||||  |||||| |||||||| | ||||||||    
T  20820139 aggtttataatgttgt-atttgatgatgagtatgat 20820105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 2 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 20827337 - 20827205
Alignment:
Q  2 taatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatc 101  Q
    |||||||| ||||||||  |||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||| || |  ||||| ||    
T  20827337 taatatataatttctgatgattaagtaattcaaccgttcttaaggtaaaatt-ggaaaattagggttaatgatgattttg-aagagaatgcataagattc 20827240  T
Q  102 aggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgat 137  Q
    ||||||||  |||||| |||||||| | ||||||||    
T  20827239 aggtttataatgttgt-atttgatgatgagtatgat 20827205  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 74 - 148
Target Start/End: Complemental strand, 34830033 - 34829960
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatcta 148  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  34830033 tgattttgaaagaaa-gatgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttgatgatcagtatgatttcttaatcta 34829960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 63 - 250
Target Start/End: Original strand, 23111295 - 23111482
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| ||||||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||||| || |||   |||||| |||||||||||||||||  ||||| | | |    
T  23111295 agggttgatgctgattttgaaagggatggtgtaagaatcatgtttaatgtgtt-tagtttagggtttagaatgatttcttaatctataatgttgctgg-g 23111392  T
Q  163 atcagaattg-gaatgaaaacagaatatgttgaatgaattc-agaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    |||| ||||  ||| || |  ||||| ||| | || ||||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  23111393 atcaaaattatgaaggagattagaatttgtgggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatggtctgaattgttgttgttgatg 23111482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 171
Target Start/End: Original strand, 18408039 - 18408146
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||    ||| ||||| || |||||||||||||||||  |||||  ||||    
T  18408039 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgtttagttttcatgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ctgtg 18408137  T
Q  163 atcagaatt 171  Q
    |||||||||    
T  18408138 atcagaatt 18408146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1469 (Bit Score: 91; Significance: 4e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold1469
Description:

Target: scaffold1469; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 2 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 1376 - 1129
Alignment:
Q  2 taatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatc 101  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||| ||||||| | |||||| ||    
T  1376 taatatatgctttctgaaaattaaacaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaattaggtctaatgatgattttg-aagaaaatgcgtaagattc 1278  T
Q  102 aggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt 201  Q
    |||||||   |||| ||| |||||| ||||||||||||| |||||| | |||||| |  |||||| |||||| ||||||| || || |  ||  ||||||    
T  1277 aggtttacaatgttataa-ttgatgattagtatgatttcctaatctgtattgttgttgttgatcataattgg-atgaaaatagcatgttatgtgtgaatt 1180  T
Q  202 cagaagttt-tgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgt 251  Q
      ||||||| ||||||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  1179 tggaagtttctgtatgaatgcttgattgggctgaattgttgttgttgatgt 1129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1318 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold1318
Description:

Target: scaffold1318; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 123
Target Start/End: Original strand, 1945 - 2067
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttctt-aaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||| || |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1945 ataatatataatttctgaaaattaatcaattgaactgttcttgaaagtaaaattgggaat-taagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 2043  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttg 123  Q
    | ||||||||||||||||||||||    
T  2044 ttaggtttattgtgttgtaatttg 2067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 48 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 135446 - 135245
Alignment:
Q  48 aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    |||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||| || |||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  135446 aaaattgggaaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaaggatcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatct 135348  T
Q  148 atgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgtt 246  Q
    ||  ||||| |||||||||||||| ||||||||  |||||  |||| |  ||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  135347 ataatgttg-ttgtgatcagaatttgaatgaaattagaatcggttggaaaaattggagaagttttgtatgattgctggaatgatctgaattgttgttgtt 135249  T
Q  247 gatg 250  Q
    ||||    
T  135248 gatg 135245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 80; Significance: 1e-37; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 63 - 273
Target Start/End: Original strand, 34372 - 34582
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||  |||||  ||||    
T  34372 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaattatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ctgtg 34470  T
Q  163 atcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatgttatttttctg 261  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||| || ||||  ||||||||||| |||||| | |||||  |||||||||||||||| ||| |  |||| ||    
T  34471 atcagaattggaatgaaattagaatctgttggataaattggagaagttttgtgtgattgttagaatgatctgaattgttgttgttaatgcttgttttgtg 34570  T
Q  262 ttccttttgatg 273  Q
    ||||||| ||||    
T  34571 ttcctttagatg 34582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 73; Significance: 2e-33; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 1019 - 912
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||| |    
T  1019 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttatggtaaaattgggaaaattagggttaatggcgattttg-aagaaaatgtgtaagatt 921  T
Q  101 caggtttat 109  Q
     ||||||||    
T  920 taggtttat 912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 70; Significance: 1e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 48 - 228
Target Start/End: Original strand, 40614 - 40793
Alignment:
Q  48 aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    |||||||||||| || ||||| ||| |||||||||||| || |||||||| |||| |||||  |||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  40614 aaaattgggaaatta-gggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaaggatcatgtttaacgtgttgtaatttgatgttcagaatgatttcttaatct 40712  T
Q  148 atgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatg 228  Q
    ||  |||||| ||||||||||||| ||||||||  |||||  |||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  40713 ataatgttga-tgtgatcagaatttgaatgaaattagaatcggttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatg 40793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0020 (Bit Score: 66; Significance: 3e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0020
Description:

Target: scaffold0020; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 90 - 250
Target Start/End: Original strand, 102050 - 102210
Alignment:
Q  90 ggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatat 189  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||  ||||| |    
T  102050 ggtgtaagaatcatgtttaatgtgttgaaatttgatattcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttatgatcagaatttgaatgaaattagaattt 102148  T
Q  190 gttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    ||||||| ||||  ||||||||||||||||||||   |||  ||||||||||||||||||||    
T  102149 gttgaataaattggagaagttttgtatgattgctatgatgatctgaattgttgttgttgatg 102210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0127 (Bit Score: 63; Significance: 2e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0127
Description:

Target: scaffold0127; HSP #1
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 10261 - 10016
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaagg-taaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||  ||||||||||||  | |||||| ||| | ||||||||||  | ||||||||||    
T  10261 ataatatgtaatttctgaaaattaatcaattgaattgttcatgagaataaaattgggaa--ttagggttgatgctaattttgaaagggatggtgtaagaa 10164  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaa 199  Q
    ||| ||||| |||||| || |||  ||||||| |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||   | || |  ||||| ||||| || ||    
T  10163 tcatgtttaatgtgtt-tagtttagtgtttagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtgatcagaattatgaggagattagaatttgttggataaa 10066  T
Q  200 tt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttga 248  Q
    ||  |||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  10065 ttggagaagttttgtatgattgctagaatggtctgaattgttgttgttga 10016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0384 (Bit Score: 62; Significance: 8e-27; HSPs: 1)
Name: scaffold0384
Description:

Target: scaffold0384; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 8e-27
Query Start/End: Original strand, 1 - 181
Target Start/End: Original strand, 16097 - 16275
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaa-ttaagcaatttaactgttcttaaggtaaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaa 99  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| ||||| | ||||  || |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  16097 ataatatatgatttctgaaaaattaatcaatttaactgtttttaagataaaaattggaattta-gggttaatgatgattttgaa-gaaaatgtgcaagaa 16194  T
Q  100 tcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattggaatgaaaa 181  Q
    ||||||| ||  ||||||| ||||||| ||||||||||||  |||||||| ||||| ||  |||||| ||||| | ||||||    
T  16195 tcaggttcatgatgttgta-tttgatgattagtatgattttctaatctatattgttcatattgatcataattgaagtgaaaa 16275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0235 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0235
Description:

Target: scaffold0235; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 63 - 250
Target Start/End: Original strand, 22688 - 22875
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| ||||| |||||| || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||| |  ||| |||||||||||||    ||| |||||    
T  22688 agggttgatgctgattctgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttggtgttcaaaatggtttcttaatctataacattg-ttgtg 22786  T
Q  163 atcagaattggaatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    || |||||| ||||||||  ||||| ||||  || ||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  22787 ataagaatttgaatgaaattagaatctgtttgataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgacctgaattgttgttgttgatg 22875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0261 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0261
Description:

Target: scaffold0261; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 74 - 149
Target Start/End: Original strand, 23676 - 23751
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctat 149  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23676 tgattttgaaagaaaagatgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttcagtatgatttcttaatctat 23751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 74 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 73233 - 73087
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgg 173  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  |||||  |  | ||||||||||    
T  73233 tgattttgaaagaaacggtgtaagaatcatgtttaatgtgttgtaatttgatgttccgtatgatttcttaatctataatgttg-ctacgttcagaattgg 73135  T
Q  174 aatgaaaacagaatatgttgaatgaattcag-aagttttgtatgattg 220  Q
    ||||| |  || ||  |||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  73134 aatgatattaggattggttgaatgaattgagaaagttttgtatgattg 73087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0461 (Bit Score: 58; Significance: 2e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0461
Description:

Target: scaffold0461; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 74 - 246
Target Start/End: Original strand, 114 - 286
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgg 173  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||| ||||| || ||| ||||||  |||| || |||||||||||||||||   |||| ||||| |||||||| |    
T  114 tgattttgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgagttttaatttagtgttcagaatgatttcttaatctataacgttg-ttgtggtcagaatttg 212  T
Q  174 aatgaaaacagaatatgttgaatgaatt-cagaagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgtt 246  Q
    || ||||  ||||| ||||| || ||||  |||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||    
T  213 aaggaaattagaatttgttggataaattggagaagttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgtt 286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 2)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 91235 - 91408
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggt---aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaag 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||| |||| ||||||||||   |||||| ||||||| |||||||    
T  91235 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtttttatggtaaaaaaattggg-aaattagggttaatggcaattttg-aagaaaatgtgtaag 91332  T
Q  98 aatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgga 174  Q
    | | ||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||| || ||| | ||| ||||  |||||| |||||||    
T  91333 atttaggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattggtgatgttgatcataattgga 91408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029; HSP #2
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 1 - 174
Target Start/End: Original strand, 96961 - 97134
Alignment:
Q  1 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgttcttaaggt---aaaattgggaaaataagggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaag 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||||||||| |||| ||||||||||   |||||| ||||||| |||||||    
T  96961 ataatatatgatttctgaaaattaagcaatttaactgtttttatggtaaaaaaattggg-aaattagggttaatggcaattttg-aagaaaatgtgtaag 97058  T
Q  98 aatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgga 174  Q
    | | ||||||||  |||||| |||||||| ||| ||||||||| || ||| | ||| ||||  |||||| |||||||    
T  97059 atttaggtttataatgttgt-atttgatgattaatatgatttcctactctgtattggtgatgttgatcataattgga 97134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0453
Description:

Target: scaffold0453; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 74 - 246
Target Start/End: Original strand, 10657 - 10828
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcagaattgg 173  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||  ||||   | || || |||||||    
T  10657 tgattttgaaagaaa-ggtgtaagaatcatgtttaatgagttgtaatttgatgttctgtatgatttcttaatctataatgtt-tctatgttctgaattgg 10754  T
Q  174 aatgaaaacagaatatgttgaatgaattcag-aagttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgtt 246  Q
    |||||||  || ||  |||||||||||| || ||||| |||||||||| | |||||   ||||||| |||||||    
T  10755 aatgaaattaggattggttgaatgaattgagaaagttgtgtatgattgttggaatgagttgaattgatgttgtt 10828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0720 (Bit Score: 47; Significance: 7e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0720
Description:

Target: scaffold0720; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 74 - 156
Target Start/End: Original strand, 3509 - 3590
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttg 156  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  3509 tgattttgaaagaaa-ggtgtaagaatcatgtttaatatgttgtaatttgatattctgtatgatttcttaatctatgatgttg 3590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 68 - 180
Target Start/End: Original strand, 493128 - 493238
Alignment:
Q  68 taatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtgatcag 167  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||   ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |  |||||  | || ||||    
T  493128 taatgctgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcatgttga-tgtaaagtagtttgatgttttgtatgatttcttaatctgtaatgttg-ctatgttcag 493225  T
Q  168 aattggaatgaaa 180  Q
    |||||||||||||    
T  493226 aattggaatgaaa 493238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0609 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0609
Description:

Target: scaffold0609; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 147
Target Start/End: Original strand, 5964 - 6036
Alignment:
Q  74 tgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatct 147  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| | |||||   |||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  5964 tgattttgaaagaaa-ggtgtaagaattatgtttaacatgttgtaatttgatgttatgtatgatttcttaatct 6036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 63 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 116856 - 116749
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||||||||||||| ||||| ||||||    |||  |||| || |||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  116856 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtgtaagaatcatgtttaatgtgtttagttttcgtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtg 116758  T
Q  163 atcagaatt 171  Q
    |||||||||    
T  116757 atcagaatt 116749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 219 - 268
Target Start/End: Original strand, 3924 - 3974
Alignment:
Q  219 tgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg-ttatttttctgttccttt 268  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  3924 tgcttgaatgggctgaattgttgttgttgatgtttagttttctgttccttt 3974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0222
Description:

Target: scaffold0222; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 207 - 250
Target Start/End: Complemental strand, 16636 - 16593
Alignment:
Q  207 gttttgtatgattgcttgaatggactgaattgttgttgttgatg 250  Q
    |||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||    
T  16636 gttttgtatgattgctagaatgatctgaattgttgttgttgatg 16593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0222; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 63 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 16780 - 16673
Alignment:
Q  63 agggttaatgatgattttgaaagaaaaggtgtaagaatcaggtttattgtgttgtaatttgatgtttagtatgatttcttaatctatgttgttgattgtg 162  Q
    |||||| ||| |||||||||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||||    |||  |||| || |||||||||||||||||  ||||| |||||    
T  16780 agggttgatgctgattttgaaaggaatggtttaagaatcatgtttaatgtgtttagttttcgtgttcagaatgatttcttaatctataatgttg-ttgtg 16682  T
Q  163 atcagaatt 171  Q
    |||| ||||    
T  16681 atcataatt 16673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University