View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12555_low_2 (Length: 338)

Name: NF12555_low_2
Description: NF12555
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12555_low_2
NF12555_low_2
[»] chr3 (8 HSPs)
chr3 (18-320)||(3303807-3304109)
chr3 (18-261)||(3721521-3721761)
chr3 (18-251)||(3357297-3357527)
chr3 (18-294)||(3322108-3322381)
chr3 (18-309)||(3200921-3201209)
chr3 (30-293)||(3221360-3221620)
chr3 (137-282)||(3198253-3198398)
chr3 (32-187)||(3310616-3310768)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (32-181)||(49386435-49386581)
chr1 (145-243)||(41947158-41947256)
chr1 (30-82)||(41947316-41947368)
chr1 (130-186)||(4255764-4255820)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 275; Significance: 1e-154; HSPs: 8)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 275; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 18 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 3304109 - 3303807
Alignment:
Q  18 gaatggctccctatttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3304109 gaatggctccctatttcattgaagagactcaagttgtgggatttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacac 3304010  T
Q  118 tttggtttctgtggtggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccaatttggttgtcgc 217  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||    
T  3304009 gttggtttctgtggtggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccactttgattgccgc 3303910  T
Q  218 tctttcataacagtttctcaatcatacactatgagggagttgtttacagaaatgataaagaagttgtgcaaggacaagaatgatcctattccacaggttc 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||    
T  3303909 tctttcataacagtttctcaatcatacactatgagggagttgtttacagaaatgataaagaagttgtgcaaggacaagaatgatcctattccaaagggtc 3303810  T
Q  318 tgc 320  Q
    |||    
T  3303809 tgc 3303807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 18 - 261
Target Start/End: Original strand, 3721521 - 3721761
Alignment:
Q  18 gaatggctccctatttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacac 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||| |||| |||||||| |||    
T  3721521 gaatggctccttatttcattgaagagactcaagttgttgggtttgagtccccaacaaatgaattggttagtcttttggtggggggagccaatgagcgcac 3721620  T
Q  118 tttggtttctgtggtggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccaatttggttgtcgc 217  Q
     | |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||| |||  ||    
T  3721621 atgggtttctgtgg---taggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataaccagttggtgaaaagccactttgattgctgc 3721717  T
Q  218 tctttcataacagtttctcaatcatacactatgagggagttgtt 261  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||    
T  3721718 tctttcataacagtttctcaatcctacactatgacggagttgtt 3721761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 18 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 3357527 - 3357297
Alignment:
Q  18 gaatggctccctatttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacac 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |  ||    
T  3357527 gaatggctccttatttcattgaagagactcaagttgtagggtttgagtccccaacaaatgaattggttcgtcttttggtgggtggagagaatgaacggac 3357428  T
Q  118 tttggtttctgtggtggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccaatttggttgtcgc 217  Q
     |||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||    
T  3357427 gttggtttctgtgct---aggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtctttgataacgagttggtgaaaagccactttgattgccgc 3357331  T
Q  218 tctttcataacagtttctcaatcatacactatga 251  Q
    ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  3357330 tctttcataacagtttctcaatcctatactatga 3357297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 18 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 3322381 - 3322108
Alignment:
Q  18 gaatggctccctatttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacac 117  Q
    |||||||||  ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||| |  || ||||||| || |||  ||||||||  |     
T  3322381 gaatggctctttatttccctgaagagactcaagttgtggggtttgaggatccaacagatgaattggtaagtggtttggttgggggaaccaatgagcggat 3322282  T
Q  118 tttggtttctgtggtggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccaatttggttgtcgc 217  Q
     ||| || |||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||  |||||||  || ||||    
T  3322281 gttgattactgtggt---aggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttaataaccagttggtgaaagaccaatttaattatcgc 3322185  T
Q  218 tctttcataacagtttctcaatcatacactatgagggagttgtttacagaaatgataaagaagttgtgcaaggacaa 294  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  3322184 tctttcataacagtttctcaatcatacactataagggaattgttgacagaaatgataaagaagttttgcaaggacaa 3322108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 309
Target Start/End: Original strand, 3200921 - 3201209
Alignment:
Q  18 gaatggctccctatttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacac 117  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| || |  | |||||||| |||  || ||||| ||     
T  3200921 gaatggctccttatttcattcaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaaaagatgaattggttagatgcttggtggggggaaccagtgagctcat 3201020  T
Q  118 tttggtttctgtggtggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccaatttggttgtcgc 217  Q
     |||||||||   || || |||||||||||| |||| ||||| ||||||||||  ||||||||| | ||| |  | ||||||| | | |||| |||||||    
T  3201021 gttggtttct---gttgttggcatgggaggaatcgggaaaactactcttgctagccatgtttttcaaaaccaggttgtgaaaaactactttgattgtcgc 3201117  T
Q  218 tctttcataacagtttctcaatcatacactatgagggagttgtttacagaaatgataaagaagttgtgcaaggacaagaatgatcctattcc 309  Q
    | |||| | |||||||||||||| |||||| |||||||| |||| |  || ||| |||||||||| | || |||||| ||||| ||||||||    
T  3201118 tatttcgtcacagtttctcaatcctacactctgagggagatgttgattgatatggtaaagaagtttttcatggacaacaatgagcctattcc 3201209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 30 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 3221620 - 3221360
Alignment:
Q  30 atttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacactttggtttctgt 129  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||| | |||||||| || || |||||||||  |||   ||||||| ||  ||| |||||||    
T  3221620 atttcattgaagagaaccaagttgtgggatttgagtcgccaagagatgaattggttagttgtttggtggagggaacaaatgagctcatgttgatttctgt 3221521  T
Q  130 ggtggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccaatttggttgtcgctctttcataaca 229  Q
    ||| |   | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  | |||||||  || |||| |||||| | |||||| |||    
T  3221520 ggttg---gtatgggaggacttggaaaaacaactctttctaagcatgtttttgataacaagcttgtgaaaaagcactttgattgtcgatgtttcatcaca 3221424  T
Q  230 gtttctcaatcatacactatgagggagttgtttacagaaatgataaagaagttgtgcaaggaca 293  Q
    ||||||||||| ||   ||||| ||||||||| |  || ||| |||||||||| ||||||||||    
T  3221423 gtttctcaatcgtatgatatgaaggagttgttgattgatatggtaaagaagttttgcaaggaca 3221360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 137 - 282
Target Start/End: Complemental strand, 3198398 - 3198253
Alignment:
Q  137 ggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccaatttggttgtcgctctttcataacagtttctc 236  Q
    ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||  ||  |||||||| ||| |||| |||||| | || |||   || |||||    
T  3198398 ggcatgggaggactcggtaaaacgactcttgctaagtatgtttttgataaacatgaggtgaaaaaccactttgattgtcggttttacatcttagcttctc 3198299  T
Q  237 aatcatacactatgagggagttgtttacagaaatgataaagaagtt 282  Q
    ||||  |||||| || ||||||||| |  || ||||||| ||||||    
T  3198298 aatccaacactacgaaggagttgttgattgatatgataacgaagtt 3198253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000008
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Complemental strand, 3310768 - 3310616
Alignment:
Q  32 ttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacactttggtttctgtgg 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | ||||||||||| ||  |||||||   |||  || ||| |  |  ||| |||||   |    
T  3310768 ttcattgaagagactcaagttgtggggattgagtctccaagagatgaattgattagttatttggtgtccggaaccagtgacctgatgttgatttct---g 3310672  T
Q  132 tggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataac 187  Q
    | || |||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| |||||    
T  3310671 ttgttggcatgggaggacttggaaaaacgactcttgctaagtatgtttttaataac 3310616  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 40; Significance: 0.0000000000001; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 32 - 181
Target Start/End: Complemental strand, 49386581 - 49386435
Alignment:
Q  32 ttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattgattcgtcgtttggtgggtggagacaatgagcacactttggtttctgtgg 131  Q
    |||||||||||||  ||||||||||| |||||||| |||| | |||||||| || || |||||||||  |||  |||| ||| ||  ||||||| ||||     
T  49386581 ttcattgaagagaaccaagttgtgggatttgagtcgccaagagatgaattggttagttgtttggtggagggaaccaataagctcatgttggtttatgtgt 49386482  T
Q  132 tggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgttttt 181  Q
    | |   | || |||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  49386481 ttg---gtataggaggacttggaaaaacaactctttctaagcatgttttt 49386435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 145 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 41947256 - 41947158
Alignment:
Q  145 aggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataacgatttggtgaaaagccaatttggttgtcgctctttcataacagtttctcaatcata 243  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  | || ||||  || |||| |||| | | |||||| |||||||||||||||||    
T  41947256 aggactaggaaaaacaactctttctaagcatgtttttgataacaagcttgtaaaaaagcactttgattgtaggtgtttcatcacagtttctcaatcata 41947158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 30 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 41947368 - 41947316
Alignment:
Q  30 atttcattgaagagactcaagttgtggggtttgagtccccaacaaatgaattg 82  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||    
T  41947368 atttcattaaagagactcaagttgtgggatttgagtcaccaagagatgaattg 41947316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 130 - 186
Target Start/End: Original strand, 4255764 - 4255820
Alignment:
Q  130 ggtggtaggcatgggaggactcggaaaaacaactcttgctaagcatgtttttgataa 186  Q
    |||||| || ||||| ||||| || |||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  4255764 ggtggttggaatggggggacttgggaaaacaactcttgctaaaaatgtttttgataa 4255820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University