View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12559_low_3 (Length: 663)

Name: NF12559_low_3
Description: NF12559
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12559_low_3
NF12559_low_3
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (11-663)||(47003614-47004266)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 621; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 621; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 47004266 - 47003614
Alignment:
Q  11 cacagaccaatatgaagggtctgccaacactgctacagaaggtgcaccaccaagtcaatccaatggcattcattatgcagatatttgtgctcagcgagac 110  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47004266 cacataccaatatgaagggtctgccaacactgctacagaaggtgcaccaccaagtcaatccaatggcattcattatgcagatatttgtgctcagcgagac 47004167  T
Q  111 gaacatgagtcaagtcatgaaggattgaaagatatacactgcgatgaatctcatgacatatcaaaaatatcaaccataaaggaggaggaagaggagagaa 210  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47004166 gaacatgaatcacgtcatgaaggattgaaagatatacactgcgatgaatctcatgacatatcaaaaatatcaaccataaaggaggaggaagaggagagaa 47004067  T
Q  211 gtgttaatgtggatgaccaaattgatgttaataccaaaaaccctccttctagccctgcagcatcagaaaatttattactcttgggctatgaaaatgatat 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47004066 gtgttaatgtggatgaccaaattgatgttaataccaaaaagcctccttctagccctgcagcatcagaaaatttattactcttgggctatgaaaatgatat 47003967  T
Q  311 aaggcaagaattgagatggctcaaagtcaggtaccaaatgcagttaagagagcttagagaccatcaattagagcatggaaaagatggatttatgaggcca 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47003966 aaggcaagaattgagatggctcaaagtaaggtaccaaatgcagttaagagagcttagagaccatcaattagagcatggaaaagatggatttatgaggcca 47003867  T
Q  411 ccagctaaggtatcacacatgaagatacaacacaataacacattattaaggtctatggcttataagaagcattattcagttgatgctgagaaatgcaaca 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47003866 ccagctaaggtatcacacatgaagatacaacacaataacacattattaaggtctatggcttataagaagcattattcagttgatgctgagaaatgcaaca 47003767  T
Q  511 ctttggctgaccaaatgattccgaattatgtttatgaaatgagtcagcctaacaattctgagcaaatggtcacagccaaggatttccttgcaagagcttt 610  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  47003766 ctttggctgaccaaatgattccgaattatgtttatgaaatgagtcagcctaacaattctgagcaaatggtcacagccaaggatttctttgcaagagcttt 47003667  T
Q  611 gcttccaaacccgcttcaaagggcgaccgcgcttccggttgatgcaattgatc 663  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  47003666 gcttccaaactcgcttcaaagggcgacctcgcttccggttgatgcaattgatc 47003614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University