View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1256-Insertion-2 (Length: 734)

Name: NF1256-Insertion-2
Description: NF1256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1256-Insertion-2
NF1256-Insertion-2
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (8-686)||(46929782-46930460)
chr4 (8-689)||(47166987-47167679)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 638; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 638; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 686
Target Start/End: Original strand, 46929782 - 46930460
Alignment:
Q  8 agaaatccaatgcattttcagggcccaagactcttgcagaaataaaagaagagaagaaaaagtccggtgaaagttcacattgtgaaagctcgtcagctgg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46929782 agaaatccaatgcattttcagggcccaagactcttgcagaaataaaagaagagaagaaaaagtccggtgaaagttcacattgtgaaagctcgtcagctgg 46929881  T
Q  108 tttccaggatcccaagcctctgcatgaaattctcaaagacaggaccatggattgagtgagagatggcaatacctgcaacaattgaatcatgagattaaaa 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46929882 tttccaggatcccaaacctctgcatgaaattctcaaagacaggaccatggattgagtgagagatggcaatacctgcaacaattgaatcatgagattaaaa 46929981  T
Q  208 tggctgatgattcaaaagactaatattcttgctgaagataatgagaaaaaattggcttcaggcgttttctttgtgttttttaggttgaaaattgaggtgc 307  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46929982 tgactgatgattcaaaagactaatattctttctgaagataatgagaaaaaattggcttcaggcgttttctttgtgttttttaggttgaaaattgaggtgc 46930081  T
Q  308 tttctagcatcctttagtgtgctggatgacccgatcattggtatggttagatggtgaatatgtttttgttcgagcgaggttaagaagaactcttagataa 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46930082 tttctagcatcctttagtgtgctggatgacccgatcattggtatggttagatggtgaatatgtttttgttcgagcgaggttaagaagaactcttagataa 46930181  T
Q  408 gtgtttgagtgaaagaggtatcttctgtagttagttgaatatgttgatttggacaacagtactt-aatctagagagttgatcactgatttgcatgatatc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46930182 gtgtttgagtgaaagaggtatcttctgtagttagttgaatatgttgatttggacaacggcacttaaatctagagagttgatcactgatttgcatgatatc 46930281  T
Q  507 ttgtgtgtgtttgatttttggcctacttgttttttgtctataaagctgcttatgactcactactctttgtatggtaaatcggtcaccttcctggctttta 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46930282 ttgtgtgtgtttgatttttggcctacttgttttttgtctataaagctgcttatgactcactactctttgtatggtaaatcggtcaccttcctggctttta 46930381  T
Q  607 tacarttgttgctgctatgcatatagtagtaactattagggatacacaaatttaaacttagtacattaattgttcatgaa 686  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||    
T  46930382 tacaattgttgctgctatgcatatagtagtaactattagggatacacaaatttaaactta-tgcattaattgttcatgaa 46930460  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 517; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 689
Target Start/End: Original strand, 47166987 - 47167679
Alignment:
Q  8 agaaatccaatgcattttcagggcccaagactcttgcagaaataaaagaagagaagaaaaagtccggtgaaagttcacattgtgaaagctcgtcagctgg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47166987 agaaatccaatgcattttcagggcccaagactcttgcagaaataaaagaagagaagaaaaagtccggtgaaagttcacattgtgaaagctcgtcagctgg 47167086  T
Q  108 tttccaggatcccaagcctctgcatgaaattctcaaagacaggaccatggattgagtgagagatggcaatacctgcaacaattgaatcatgagattaaaa 207  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47167087 tttccaggatcccaaacctctgcatgaaattctcaaagacaggaccatggattgagtgagagatggcaatacctgcaacaattgaatcatgagattaaaa 47167186  T
Q  208 tggctgatgattcaaaagactaatattcttgctgaagataatgagaaaaaatt--ggcttcaggcgttttctttg--tgttttttaggttgaaaattgag 303  Q
    || ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||    ||  |||||||| ||||||||||   | |||||| ||||||||||||||    
T  47167187 tgactgatgattcagaagactaatatttttgctgaagataatgagaattttttttggcttcagccgttttcttttcttttttttttggttgaaaattgag 47167286  T
Q  304 gtgctttctagcatcctttagtgtgctgga------tgacccgatcattggtatggttagatggtgaatatgtttttgttcgagcgaggttaagaagaac 397  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  47167287 gtgctttctagcatcctttagtgtgctggacctggatgaccctatcattggtatggttagatggtgaatatgttcttgttcgagcgaggttaagaagaac 47167386  T
Q  398 tcttagataag---tgtttgagtgaaagaggtatcttctgtagttagttgaatatgttgatttggacaacagtacttaa-tctagagagttgatcactga 493  Q
    |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||    
T  47167387 tcttagataagcagtgtttgagtgaaagaggtatcttctgtagttagttgaatatgttgatttggacaacgacacttaaatctagagagttgatcactga 47167486  T
Q  494 tttgcatgatatcttgtgtgtgtttgatttttggcctacttgttttttgtctataaagctgcttatgactcactactctttgtatggtaaatcggtcacc 593  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47167487 tttgcatgatatcttgtgtgtgtttgatttttgccctacttgttttttgtctataaagctgcttatgactcactactctttgtatggtaaatcggtcacc 47167586  T
Q  594 ttcctggcttttatacarttgttgctgctatgcatatagtagtaactattagggatacacaaatttaaacttagtacattaattgttcatgaattt 689  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||   ||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||    
T  47167587 ttcctggcttttatacaactgttgctgctatgcata---tagtatctatcagggatacagaaatttaaacttagtacatcaattgttcataaattt 47167679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University