View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF1256_low_2 (Length: 696)
Name: NF1256_low_2
Description: NF1256
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1256_low_2 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 573; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 573; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 24531975 - 24531383
Alignment:
| Q |
6 |
ccaacaatatcagtttctttcatatcaatgaacccactacaatttgatttaccaagtgtaacacttaataaacttataatattggtacctcgtttcaagg |
105 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24531975 |
ccaacaataccagtttctttcatatcaatgaacccactacaatttgatttaccaagtgtaacacttaataaacttataatattggtacctcgtttcaagg |
24531876 |
T |
|
| Q |
106 |
aaatatcctcatcatatacgaaactacgtgtactcgggatactatcatatacaccccaccaaaatccattaatatatgaataaataataggaccttttgc |
205 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
24531875 |
aaatatcctcatcatatacgaaactacgtgtactcgggacactatcatatacaccccaccaaaatccattaatatacgaataaataatagggccttttgc |
24531776 |
T |
|
| Q |
206 |
attcacttgcagtgttgatttcccccaaacggttgtgtcatttacgactacttcggtcatgtaccataaataatcactagctccagcagtaacattcttt |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24531775 |
attcacttgcagtgttgatttcccccaaacggttgtgtcatttacgactacttcggtcatgtaccataaataatcactagctccagcagtaacattcttt |
24531676 |
T |
|
| Q |
306 |
tgatctaaaagtttagatgcagtaaatgtccctttgcctagtaaggtgtcttgcattggttcagatgcccattcccacttgagtgggtttcctaatgaac |
405 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24531675 |
tgatctaaaagtttagatgcagtaaatgtcccttggcctagtaaggtgtcttgcattggttcagatgcccattcccacttgagtgggtttcctaatgaac |
24531576 |
T |
|
| Q |
406 |
aagtacacaataatgctaaacatgcagtaagaaatgtacgaaacctaggattagacatatttttcaaacatgcaataagaaatttccaaaccatatgatt |
505 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24531575 |
aagtacacaataatgctaaacatgcagtaagaaatgtacgaaacctaggattagacatatttttcaaacatgcaataagaaatttccaaaccatatgatt |
24531476 |
T |
|
| Q |
506 |
gaatgaatcatctagggtcaatgtacaagttttttataggcacaatttcatacatgggttttctatttttagtttattattgatgatatccat |
598 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24531475 |
gaatgaatcatctagggtcaatgtacaagttttttataggcacaatttcatacatgggttttctatttttagtttattattgatgatatccat |
24531383 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 497; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 24525302 - 24524786
Alignment:
| Q |
6 |
ccaacaatatcagtttctttcatatcaatgaacccactacaatttgatttaccaagtgtaacacttaataaacttataatattggtacctcgtttcaagg |
105 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24525302 |
ccaacaataccagtttctttcatatcaatgaacccactacaatttgatttaccaagtgtaacacttaataaacttataatattggtacctcgtttcaagg |
24525203 |
T |
|
| Q |
106 |
aaatatcctcatcatatacgaaactacgtgtactcgggatactatcatatacaccccaccaaaatccattaatatatgaataaataataggaccttttgc |
205 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
|
| T |
24525202 |
aaatatcctcatcatatacgaaactatgtgtactcgggatactatcatatacaccccaccaaaatccattaatatatgaataaataatagggccttttgc |
24525103 |
T |
|
| Q |
206 |
attcacttgcagtgttgatttcccccaaacggttgtgtcatttacgactacttcggtcatgtaccataaataatcactagctccagcagtaacattcttt |
305 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24525102 |
attcacttgcagtgttgatttcccccaaacagttgtgtcatttacgactacttcggtcatgtaccataaataatcactagctccagcagtaacattcttt |
24525003 |
T |
|
| Q |
306 |
tgatctaaaagtttagatgcagtaaatgtccctttgcctagtaaggtgtcttgcattggttcagatgcccattcccacttgagtgggtttcctaatgaac |
405 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24525002 |
tgatctaaaagtttagatgcagtaaatgtccctttgcctggtaaggtgtcttgcattggttcagatgcccattcccacttgagtgggtttcctaatgaac |
24524903 |
T |
|
| Q |
406 |
aagtacacaataatgctaaacatgcagtaagaaatgtacgaaacctaggattagacatatttttcaaacatgcaataagaaatttccaaaccatatgatt |
505 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24524902 |
aagtacacaataatgctaaacatgcagtaagaaatgtacgaaacctaggattagacatatttttcaaacatgcaataagaaatttccaaaccatatgatt |
24524803 |
T |
|
| Q |
506 |
gaatgaatcatctaggg |
522 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24524802 |
gaatgaatcatctaggg |
24524786 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 507 - 598
Target Start/End: Complemental strand, 24524049 - 24523958
Alignment:
| Q |
507 |
aatgaatcatctagggtcaatgtacaagttttttataggcacaatttcatacatgggttttctatttttagtttattattgatgatatccat |
598 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
24524049 |
aatgaatcatctagggtcaatgtacaagttttttataggcacaatttcatacatggattttctatttttagtttattattgatgatatccat |
24523958 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 6 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 290248 - 289671
Alignment:
| Q |
6 |
ccaacaatatcagtttctttcatatcaatgaacccactacaatttgatttaccaagtgtaacacttaataaacttataatattggtacctcgtttcaagg |
105 |
Q |
| |
|
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||| | |
|
|
| T |
290248 |
ccaacaataccagtttctttcatatcaatgtacccactacaatttgatttgccaagtgtaacacttaacaaacttataatattggcaccttgtttcaaag |
290149 |
T |
|
| Q |
106 |
aaatatcctcatcatatacgaaactacgtgtactcgggatactatcatatacaccccaccaaaatccattaatatatgaataaataataggaccttttgc |
205 |
Q |
| |
|
||| |||||| |||||||| |||| | || |||||||| ||| | | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
290148 |
aaacatcctcttcatatacaaaaccaggtttactcgggctaccaccttctacgccccaccaaaatccattaatatatgaataaagaataggaccttttgt |
290049 |
T |
|
| Q |
206 |
attcacttgcagtgttgatttcccccaaacggttgtgtcatttacgactacttcggtcatgtaccataaataatcactagctccagcagtaacattcttt |
305 |
Q |
| |
|
|| || ||||| ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |
|
|
| T |
290048 |
atcgacgtgcagccttgcttttccccaaatttttgtgtcatttacgactacttcggtcatgtaccataaataatcactagctccagcggtaacattcttt |
289949 |
T |
|
| Q |
306 |
tgatctaaaagtttagatgcagtaaatgtccctttgcctagtaaggtgtcttgcattggttcagatgcccattcccacttgagtgggtttcctaatgaac |
405 |
Q |
| |
|
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
289948 |
tgatttaaaagtttagatgcagtaaatgtccctttgcctagtaaggtgtcttgcattggttcggatgcccattcccacttgagtgtgtttcctaatgaac |
289849 |
T |
|
| Q |
406 |
aagtacacaataatgctaaacatgcagtaagaaatgtacgaaacctaggattagacatatttttcaaacatgcaataagaaatttccaaaccatatgatt |
505 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |
|
|
| T |
289848 |
aagtacacaacaatgctaaacatgcagtaagaaatatactaaaccttggattagacatatttttcaaacatgcaataagaagtttccaaaccatatgatt |
289749 |
T |
|
| Q |
506 |
gaatgaatcatctagggtcaatgtacaagttttttataggcacaatttcatacatgggttttctatttttagtttatt |
583 |
Q |
| |
|
||||| ||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
289748 |
gaatgtatcatttaaggtcaatgtacagatttttaataggcacaattttatacatgggttttctatttttagtttatt |
289671 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 166 - 377
Target Start/End: Complemental strand, 279643 - 279432
Alignment:
| Q |
166 |
aaaatccattaatatatgaataaataataggaccttttgcattcacttgcagtgttgatttcccccaaacggttgtgtcatttacgactacttcggtcat |
265 |
Q |
| |
|
|||||||||||||| || |||||| |||| ||||| ||| ||||||||||| ||| |||||||||| | |||| ||||||||||| ||||||||||| |
|
|
| T |
279643 |
aaaatccattaataaataaataaagaatatgacctgttgtattcacttgcacctttgctttcccccaagtgtttgtatcatttacgacaacttcggtcat |
279544 |
T |
|
| Q |
266 |
gtaccataaataatcactagctccagcagtaacattcttttgatctaaaagtttagatgcagtaaatgtccctttgcctagtaaggtgtcttgcattggt |
365 |
Q |
| |
|
|||||| || ||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | || ||||||| |||||| |
|
|
| T |
279543 |
gtaccacaagtaatcactagcaccaacggtaacactcttttgatctaaaagttgagatgcagtaaatgtccctttaccttgaaaagtgtcttccattggg |
279444 |
T |
|
| Q |
366 |
tcagatgcccat |
377 |
Q |
| |
|
|| |||| |||| |
|
|
| T |
279443 |
tcggatgtccat |
279432 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 400 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 278176 - 277993
Alignment:
| Q |
400 |
atgaacaagtacacaataatgctaaacatgcagtaagaaatgtacgaaacctaggattagacatatttttcaaacatgcaataagaaatttccaaaccat |
499 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||| |||||||| |||||| |||||||||| | |||| ||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||| | | |
|
|
| T |
278176 |
atgaacaagtgtacaacaatgctaagcatgcaataagaaatgtcccaaacatagcattagacatattttcttaccatgcaataagaaattttcaaatcct |
278077 |
T |
|
| Q |
500 |
atgattgaatgaatc-atctagggtcaatgtacaagttttttataggcacaatttcatacatgggttttctatttttagtttatt |
583 |
Q |
| |
|
| |||| || ||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
278076 |
aggatttgatatatcaatctatggtcaatgtacaag-tttttctaggcacaatttcatccttgggttttctatttttagtttatt |
277993 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 6 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 279803 - 279714
Alignment:
| Q |
6 |
ccaacaatatcagtttctttcatatcaatgaacccactacaatttgatttaccaagtgtaacacttaataaacttataatattggtacct |
95 |
Q |
| |
|
|||||||| ||||||||| |||||||| |||| ||| |||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
279803 |
ccaacaatgccagtttcttgcatatcaaagaacgcaccgtaatttgcatgacctactgtaacacttaataaacttataatattggtacct |
279714 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
© Oklahoma State University