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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12575_low_1 (Length: 618)
Name: NF12575_low_1
Description: NF12575
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12575_low_1 |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 607
Target Start/End: Original strand, 20170234 - 20170804
Alignment:
| Q |
17 |
ctttgtatatacacttatcgtataccatataagtcacttagacatgggtcacctgagaaaatttagtcatacataacaaaggtttccttgtaacagcaaa |
116 |
Q |
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| T |
20170234 |
ctttgtatatacacttatcgtataccatacaagtcacttagacatgggtcacctgagaaaatttagtcatacataacaaaggtttccttgtaacagcaaa |
20170333 |
T |
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| Q |
117 |
gactatttgtcgtaacttgtcagtaatatgttggttcccactttctagtgacttaccacttcccttcacatatagaatcaaagttcattttgataaaccc |
216 |
Q |
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| T |
20170334 |
gactatttgtcgtaacttgtcagtaatatgttggttcccactttctagcgacttaccacttcccttcacatatagaatcaaagttcattttgataaaccc |
20170433 |
T |
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| Q |
217 |
taggataccatgttggttacttcatcaaggttatatattatctctattaagctcctaaatatgtggccatgctttcttatatgattcataaatctataaa |
316 |
Q |
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| T |
20170434 |
taggataccatgttggttacttcatcaaggtta----------------agctcctaaatatgtggccatactttcttatatgattcataaatctataaa |
20170517 |
T |
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| Q |
317 |
ttcaatgtatagtaatgccacttacatttaaaaccatataattaactcacaattaaagtcttcgtatcatttcacaaaggagttttatttttaaacaccc |
416 |
Q |
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| T |
20170518 |
ttcaatgtatagtaatgccacttacatttaaaagcatataattaactcacaattaaagtcttcgtatcatttcacaaaggagttttatttttaaataccc |
20170617 |
T |
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| Q |
417 |
aaacaatcaatctacttcttgagagaaaaagatataatatactaatatatgtgataggttgataacatgatatgaaatgagagatggagataaaatgatg |
516 |
Q |
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| T |
20170618 |
aaacaatcaatctacatcttgagagaaaaagatataatatactaatatatgtgataggttgataacatgatatgaaatgagagatggagataaaataagg |
20170717 |
T |
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| Q |
517 |
cgttgaatgagtgttgaaaatttaagaatgtttaaattaatataagtgttctttcaaaaacattgagtaagcaagacagatcatcattcat |
607 |
Q |
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| T |
20170718 |
cgttgaatgagtgttgaaaatttaagaatgttta----aatataagtgttctttcaaaaacatcgagtaagcaagacagatcatcattcat |
20170804 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 485; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 485; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 607
Target Start/End: Original strand, 44391944 - 44392514
Alignment:
| Q |
17 |
ctttgtatatacacttatcgtataccatataagtcacttagacatgggtcacctgagaaaatttagtcatacataacaaaggtttccttgtaacagcaaa |
116 |
Q |
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| T |
44391944 |
ctttgtatatacacttatcgtataccatacaagtcacttagacatgggtcacctgagaaaatttagtcatacataacaaaggtttccttgtaacagcaaa |
44392043 |
T |
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| Q |
117 |
gactatttgtcgtaacttgtcagtaatatgttggttcccactttctagtgacttaccacttcccttcacatatagaatcaaagttcattttgataaaccc |
216 |
Q |
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| T |
44392044 |
gactatttgtcgtaacttgtcagtaatatgttggttcccactttctagcgacttaccacttcccttcacatatagaatcaaagttcattttgataaaccc |
44392143 |
T |
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| Q |
217 |
taggataccatgttggttacttcatcaaggttatatattatctctattaagctcctaaatatgtggccatgctttcttatatgattcataaatctataaa |
316 |
Q |
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| T |
44392144 |
taggataccatgttggttacttcatcaaggtta----------------agctcctaaatatgtggccatactttcttatatgattcataaatctataaa |
44392227 |
T |
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| Q |
317 |
ttcaatgtatagtaatgccacttacatttaaaaccatataattaactcacaattaaagtcttcgtatcatttcacaaaggagttttatttttaaacaccc |
416 |
Q |
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| T |
44392228 |
ttcaatgtatagtaatgccacttacatttaaaagcatataattaactcacaattaaagtcttcgtatcatttcacaaaggagttttatttttaaataccc |
44392327 |
T |
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| Q |
417 |
aaacaatcaatctacttcttgagagaaaaagatataatatactaatatatgtgataggttgataacatgatatgaaatgagagatggagataaaatgatg |
516 |
Q |
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| T |
44392328 |
aaacaatcaatctacatcttgagagaaaaagatataatatactaatatatgtgataggttgataacatgatatgaaatgagagatggagataaaataagg |
44392427 |
T |
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| Q |
517 |
cgttgaatgagtgttgaaaatttaagaatgtttaaattaatataagtgttctttcaaaaacattgagtaagcaagacagatcatcattcat |
607 |
Q |
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| T |
44392428 |
cgttgaatgagtgttgaaaatttaagaatgttta----aatataagtgttctttcaaaaacatcgagtaagcaagacagatcatcattcat |
44392514 |
T |
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