View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12579_low_14 (Length: 424)

Name: NF12579_low_14
Description: NF12579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12579_low_14
NF12579_low_14
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (15-410)||(47298974-47299369)
chr7 (15-410)||(47292367-47292762)
chr7 (15-401)||(47267495-47267881)
chr7 (19-400)||(47283461-47283842)
chr7 (19-343)||(47278925-47279249)
chr7 (19-400)||(47242588-47242973)
chr7 (19-400)||(47256716-47257100)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (19-400)||(32731259-32731640)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 410
Target Start/End: Original strand, 47298974 - 47299369
Alignment:
Q  15 acaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47298974 acaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaat 47299073  T
Q  115 gggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttg 214  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  47299074 gggtttccacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccgtagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaacctcg 47299173  T
Q  215 agcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaa 314  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  47299174 agcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcgaa 47299273  T
Q  315 tgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagt 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47299274 tgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagt 47299369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 316; E-Value: 1e-178
Query Start/End: Original strand, 15 - 410
Target Start/End: Original strand, 47292367 - 47292762
Alignment:
Q  15 acaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaat 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47292367 acaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctcagtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaat 47292466  T
Q  115 gggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttg 214  Q
    || ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||  |||||||| |    
T  47292467 ggatttccacaaagcttccctgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccgtaatatccaacaagtggcgaattgttaatgttaaacctcg 47292566  T
Q  215 agcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaa 314  Q
    ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  47292567 agcgtgcattgacgacgcacatcattcgtacctctttatccgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagcgataagatcaaa 47292666  T
Q  315 tgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactagagaagcagt 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  47292667 tgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagcgcagctatgtcagaagctctaaagaagaaagatcgatgaactagagaagcagt 47292762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 15 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 47267881 - 47267495
Alignment:
Q  15 acaccgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaat 114  Q
    |||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  47267881 acaccgctctttaataaccataagatctgctacagaatgcatatattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccacagcataacctaat 47267782  T
Q  115 gggttttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttg 214  Q
    | |||| |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |    
T  47267781 gagtttccacaaagcttccctgcagtggtgacggccgccgggtaagcaaaacaattaccgtagtatccaacaagtggcgaattgttagcattaaacctcg 47267682  T
Q  215 agcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaa 314  Q
    | ||||||||| | || ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47267681 aacgtgcattgacaatacacatcattcgtatctcgtcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaa 47267582  T
Q  315 tgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggactag 401  Q
    |||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||     | ||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||    
T  47267581 tgtggtacaatggcgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagcacaacaatgtctgaagtcctaaagaagaaagattgatgaactag 47267495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 206; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 47283842 - 47283461
Alignment:
Q  19 cgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||||||||| || ||||    
T  47283842 cgttccttaataaccataagatctgccaaagaatgcatgtattcttctgtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactgcataacctaaagggt 47283743  T
Q  119 tttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcg 218  Q
    || |||||||||||| ||| |||||||| || || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |  |||||||||| ||    
T  47283742 ttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaacagttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccctaaaccttgaacg 47283643  T
Q  219 tgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtg 318  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||     
T  47283642 tgcattaacgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactgcaatgcttttgtgcggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgta 47283543  T
Q  319 gtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggacta 400  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||  ||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||    
T  47283542 ctgcattgacgaaggtgaaatggaatcaagtgacggattgcagctatgtgagaaagtgtaaagaagaaagattgatggacta 47283461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 177; E-Value: 3e-95
Query Start/End: Original strand, 19 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 47279249 - 47278925
Alignment:
Q  19 cgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggt 118  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||| ||||||| || || |    
T  47279249 cgttccttaataaccataagatctgccaaagaatgcatgtattcttctgtaacttgagcttttgcttttcttatcaattccactccataacctaaaggat 47279150  T
Q  119 tttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcg 218  Q
    || |||||||||||| ||| |||||||| || || ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | |  |||||||||| ||    
T  47279149 ttccacaaagcttccctgcggtggtgacagcagccgggaaagcaaaacagttaccataatatccaacaagtggcgaatggtcagccctaaaccttgaacg 47279050  T
Q  219 tgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtg 318  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  ||||||||||| |||||     
T  47279049 tgcattaacgatgcacatcattcgtacttcttcatctggctctaactgcaatgcttttgtacggcaacaccaaaaacatgcggtgataagatcaaatgta 47278950  T
Q  319 gtgcattgacgaaggtgaaatggaa 343  Q
     ||||||||||||||||||||||||    
T  47278949 ctgcattgacgaaggtgaaatggaa 47278925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 47242973 - 47242588
Alignment:
Q  19 cgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggt 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || | |||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||    
T  47242973 cgttccttaataaccataaaatctgctaaagaatgcatgtattcctctgtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggt 47242874  T
Q  119 tttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcg 218  Q
    || ||||||||| | |||| |||||||| ||||| | | ||||||  || ||||| || ||||||||||     |||  |||| || ||||||| || ||    
T  47242873 ttccacaaagctcctttgcggtggtgacagccgccgagaaagcaatgcaattaccgtaatatccaacaaacaaagaagggttagcactaaacctggaacg 47242774  T
Q  219 tgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatc----gaa 314  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||| || ||| ||||||||||||     ||    
T  47242773 tgcattaacgatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctatctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataatatgcagtgataagatcaaattaa 47242674  T
Q  315 tgtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggacta 400  Q
    ||| ||||| ||| ||||||||| ||||||||||  |||||     ||||||| || || | | ||||||||||||||||||||||    
T  47242673 tgtagtgcaatgatgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcacagctatgtgagcaggtgtgaagaagaaagattgatggacta 47242588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 47257100 - 47256716
Alignment:
Q  19 cgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggt 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||  || |||||||| | ||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||    
T  47257100 cgttccttaataaccataaaatctgccaatgagtgcatgtacttctctgtaacttgagcttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggt 47257001  T
Q  119 tttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaa---ttgttaacattaaaccttga 215  Q
    || ||||||||| | |||| |||||||| ||||| | | |||||| |||||| ||||| |||||||  || | ||||   || ||| || ||||||| ||    
T  47257000 ttccacaaagctcctttgcggtggtgactgccgccgagaaagcaatacagttgccataatatccaatgagcgacgaacggttattagcactaaacctcga 47256901  T
Q  216 gcgtgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaat 315  Q
    |||||||||  |||||||||||||||| || ||||||||||  |||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||| ||||||||||||| ||    
T  47256900 gcgtgcattaacgatgcacatcattcgcacatcttcatctggttctacctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcagtgataagatcgtat 47256801  T
Q  316 gtggtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggacta 400  Q
    |  |||||  ||  |||||||| |||||||||| ||||||  |  ||||||| ||  | | | ||||||||||||||||||||||    
T  47256800 gcagtgcaccgagaaaggtgaagtggaaccaagcgacgaatcgcagctatgtgagcggatgtgaagaagaaagattgatggacta 47256716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 138; Significance: 5e-72; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 138; E-Value: 5e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 32731640 - 32731259
Alignment:
Q  19 cgttccttaataaccataagatcggccacagaatgcatgtattcctctgtaacttcagcttttaattttcttaccaactccactgcataaccaaatgggt 118  Q
    ||||||||||||||||||  ||| || | |||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||| |||    
T  32731640 cgttccttaataaccatacaatctgctaaagaatgcatgtattcctctgtaacttgagtttttgcttttcttatcaactccactgcataacctaattggt 32731541  T
Q  119 tttcacaaagcttccttgcagtggtgacggccgctgggtaagcaaaacagttaccatagtatccaacaagtggcgaattgttaacattaaaccttgagcg 218  Q
    || ||||||||| | |||| |||||||| ||||| | | |||||| ||| ||||| || ||||||| ||     |||  |||| || ||||||| || ||    
T  32731540 ttccacaaagctcctttgcggtggtgacagccgccgagaaagcaatacaattaccgtaatatccaataaacaaagaagggttagcactaaacctggaacg 32731441  T
Q  219 tgcattggcgatgcacatcattcgtacctcttcatctgcctctaactgcaatgcttttgtgcgacaacaccaaaaacatgaagtgataagatcgaatgtg 318  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||| |||||| | |||||||||| |||||     
T  32731440 tgcattaacgatgcacatcattcgtacctcttcatctggctctatctgcaatgcttttgtgcggcagcaccaataacatgcactgataagatcaaatgta 32731341  T
Q  319 gtgcattgacgaaggtgaaatggaaccaagagacgaagtgtggctatgtcagaagctctaaagaagaaagattgatggacta 400  Q
    ||||| ||| ||||||||| ||||||||||  |||||  |  ||||||| || || | | ||||||||||||||||||||||    
T  32731340 gtgcaatgatgaaggtgaattggaaccaagcaacgaatcgcagctatgtgagcaggtgtgaagaagaaagattgatggacta 32731259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University