View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12579_low_5 (Length: 577)

Name: NF12579_low_5
Description: NF12579
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12579_low_5
NF12579_low_5
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (53-577)||(17834656-17835185)
chr7 (53-525)||(12611862-12612339)
chr7 (52-525)||(12599186-12599662)
chr7 (52-525)||(25248879-25249358)
chr7 (407-577)||(12599646-12599820)
chr7 (407-577)||(12612270-12612444)
chr7 (407-561)||(25249289-25249447)
chr7 (197-451)||(21686988-21687242)
chr7 (407-525)||(12599593-12599715)
chr7 (53-110)||(23792797-23792854)
chr7 (255-307)||(23792696-23792748)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (52-561)||(31954355-31954870)
chr4 (52-517)||(40137477-40137946)
chr4 (52-496)||(24826269-24826721)
chr4 (52-487)||(25243098-25243535)
chr4 (407-561)||(40137274-40137432)
chr4 (407-525)||(40137416-40137538)
chr4 (178-281)||(23935486-23935589)
chr4 (407-517)||(40137371-40137485)
chr4 (53-139)||(40286836-40286922)
chr4 (521-577)||(25242864-25242919)
chr4 (470-525)||(24826289-24826348)
chr4 (407-453)||(25242972-25243018)
chr4 (53-89)||(24557104-24557140)
[»] chr3 (17 HSPs)
chr3 (53-525)||(17441382-17441856)
chr3 (55-577)||(17471570-17472099)
chr3 (53-577)||(14486370-14486901)
chr3 (300-577)||(14513344-14513624)
chr3 (52-451)||(20127588-20127984)
chr3 (415-561)||(17441128-17441283)
chr3 (52-134)||(8820459-8820541)
chr3 (415-525)||(17441329-17441443)
chr3 (199-416)||(25407424-25407641)
chr3 (407-487)||(17441158-17441238)
chr3 (53-134)||(20000658-20000740)
chr3 (55-116)||(23459301-23459362)
chr3 (468-561)||(14503798-14503896)
chr3 (407-451)||(17441354-17441398)
chr3 (52-130)||(25407274-25407352)
chr3 (305-377)||(14503721-14503793)
chr3 (537-573)||(14524793-14524829)
[»] chr2 (13 HSPs)
chr2 (53-416)||(4108905-4109271)
chr2 (55-475)||(37349440-37349866)
chr2 (52-494)||(13968587-13969033)
chr2 (62-488)||(45107771-45108200)
chr2 (53-451)||(45109481-45109882)
chr2 (197-295)||(5169282-5169380)
chr2 (414-577)||(4109322-4109488)
chr2 (53-134)||(19038249-19038331)
chr2 (463-540)||(37349424-37349505)
chr2 (407-451)||(45108200-45108244)
chr2 (52-97)||(3470826-3470872)
chr2 (539-577)||(45108287-45108325)
chr2 (70-134)||(19038013-19038077)
[»] scaffold0227 (2 HSPs)
scaffold0227 (145-525)||(20319-20702)
scaffold0227 (407-574)||(20217-20388)
[»] chr5 (9 HSPs)
chr5 (53-525)||(22860261-22860743)
chr5 (197-467)||(28297780-28298050)
chr5 (197-447)||(38471916-38472166)
chr5 (53-106)||(38472250-38472303)
chr5 (521-577)||(38471719-38471775)
chr5 (197-295)||(31679173-31679270)
chr5 (407-451)||(22860233-22860277)
chr5 (53-120)||(5538611-5538678)
chr5 (380-428)||(31679028-31679076)
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (52-451)||(16990189-16990591)
chr6 (52-99)||(34220014-34220061)
chr6 (472-577)||(16990665-16990779)
chr6 (460-517)||(16990547-16990608)
chr6 (53-84)||(34213414-34213445)
chr6 (53-94)||(20129904-20129945)
chr6 (53-94)||(22202925-22202966)
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (52-447)||(7351734-7352131)
chr1 (198-350)||(11801146-11801298)
chr1 (52-134)||(3400576-3400659)
chr1 (197-323)||(32876872-32876998)
chr1 (53-130)||(11801376-11801453)
chr1 (52-101)||(13117389-13117438)
chr1 (45-132)||(42606646-42606732)
chr1 (55-92)||(7644721-7644758)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (53-132)||(38809600-38809680)
chr8 (55-95)||(26568682-26568722)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (52-132)||(510113-510194)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 401; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 401; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 17835185 - 17834656
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctacaaagtaattgaataat 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||    
T  17835185 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactttacaaagtaactgaataat 17835086  T
Q  153 acaatgtttttcactatttgg-atctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttc 251  Q
    || |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  17835085 accatgtttttcactctctgggatctgtcccatcacatctaaacctcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctttgatcattc 17834986  T
Q  252 taggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtga 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17834985 taggcccaataagttgtgatccagatcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgggcgcgtga 17834886  T
Q  352 ggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactga 451  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||  ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  17834885 ggttgaaacgcgatgaccgtccgtaatgttcacgtggtatgaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactaccaacccagtgttgactga 17834786  T
Q  452 gggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggttta 547  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||||    ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  17834785 gggcatactgagctggctggcttgacttgaacagtcaatccagtgttgactgaagatgtgctgagctggcccgcttgaactatcaagtggaaatggttta 17834686  T
Q  548 cccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17834685 cccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 17834656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 365; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 53 - 525
Target Start/End: Original strand, 12611862 - 12612339
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctacaaagtaattgaataat 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||| || |||||    
T  12611862 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtgaagtctcaatagcactttacaaagtaactggataat 12611961  T
Q  153 acaatgtttttcactatttgg-atctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttc 251  Q
    || |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  12611962 accatgtttttcactctctgggatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcattc 12612061  T
Q  252 taggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtga 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  12612062 taggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctttgagtatggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactggccgcgtga 12612161  T
Q  352 ggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactga 451  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12612162 ggttgaaacgcgatgaccgtccgtactggacacgtggtatgaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactaccaacccagtgttgactga 12612261  T
Q  452 gggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12612262 gggcatactgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctgagctggctggcttga 12612339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 525
Target Start/End: Original strand, 12599186 - 12599662
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctacaaagtaattgaataa 151  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || ||||    
T  12599186 ttgttcacgtatctaaacacaagttagttacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaatagcactttacaaagtaactggataa 12599285  T
Q  152 tacaatgtttttcactatttgg-atctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcctt 250  Q
    ||| |||||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  12599286 taccatgtttttcactctctgggatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcatt 12599385  T
Q  251 ctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtg 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  12599386 ctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcttaaagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactggccgcgtg 12599485  T
Q  351 aggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactg 450  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||  || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12599486 aggttgaaacgcgatgaccgtccgtactgg--acgtggtatgaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactaccaacccagtgttgactg 12599583  T
Q  451 agggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||| |    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  12599584 agggcatactgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagggttgactgaagacgtgctgagctggctggcttga 12599662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 525
Target Start/End: Original strand, 25248879 - 25249358
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaata 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||    
T  25248879 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtccaaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaacagaata 25248978  T
Q  151 atacaatgtttttcactatttgg-atctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcct 249  Q
    ||||||| ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  25248979 atacaatattttttactatctgggatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcat 25249078  T
Q  250 tctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgt 349  Q
    |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  25249079 tctaggcccaataagttgtgatacaaagcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgggcgcgt 25249178  T
Q  350 gaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgact 449  Q
    |  ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||     
T  25249179 ggagttgaaacgcgatgaccgtccgtactggacacgtggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgattggaactatcaacccatttttgaca 25249278  T
Q  450 gagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    |||| | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    |||||||| ||||||||| || |||||||    
T  25249279 gaggacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgtcgactgaagacatgctgagctagctggcttga 25249358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 407 - 577
Target Start/End: Original strand, 12599646 - 12599820
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaag 502  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| | | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  12599646 tgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaag 12599745  T
Q  503 acgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12599746 acgtgctgagctggcccgcttgaactatcaagtggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 12599820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 407 - 577
Target Start/End: Original strand, 12612270 - 12612444
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaag 502  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| | | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  12612270 tgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaag 12612369  T
Q  503 acgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12612370 acgtgctgagctggcccgcttgaactatcaagtggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 12612444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 7e-29
Query Start/End: Original strand, 407 - 561
Target Start/End: Original strand, 25249289 - 25249447
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaag 502  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| | ||| |||||||  |||||||| ||||||||||| ||| ||||    ||||||    
T  25249289 tgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgtcgactgaagacatgctgagctagctggcttgacttgaacaatcaatctagtgtcgactgaag 25249388  T
Q  503 acgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtcca 561  Q
    ||||||||||||||| |||||||  | ||||||||||||||| ||||| | ||||||||    
T  25249389 acgtgctgagctggctggcttgacttgtcaaatggaaatggtctacccgtaccagtcca 25249447  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 197 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 21687242 - 21686988
Alignment:
Q  197 tcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgc 296  Q
    ||||||||||||  || | ||||||||||  ||||||| |||||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  21687242 tcccccttttatgttcattaaagtgttggtctaatgggtctttctttgatcattcaaagcccattaagttgtgatccatagcctcccattggttgtctgc 21687143  T
Q  297 ctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagt 396  Q
     |   ||| |||||| |||||||||||  ||||||| |||||||   |||||||  ||  | ||||| ||| | || ||||  ||||| |||||| ||||    
T  21687142 tttctgtatggccgcacgtggactagggtgcaactcatccgtaccaggcgcgtggagtcgagacgcgctgatcatctgtacatgacacgtggtataaagt 21687043  T
Q  397 taagatgagatgagctg-gctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactga 451  Q
     ||||||||| |||||| |||||| ||| |||||| ||||| | ||||||||||||    
T  21687042 gaagatgagacgagctgagctggc-tgacttgaacaatcaaactagtgttgactga 21686988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 407 - 525
Target Start/End: Original strand, 12599593 - 12599715
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaag 502  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||| ||||||||| | | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  12599593 tgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagggttgactgaagacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaag 12599692  T
Q  503 acgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  12599693 acgtgctgagctggctggcttga 12599715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 53 - 110
Target Start/End: Complemental strand, 23792854 - 23792797
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcc 110  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||| ||||    
T  23792854 tgttcacgtatgtaaacacaagataattacaacatgtgagttgctcagtgaaatgtcc 23792797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 255 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 23792748 - 23792696
Alignment:
Q  255 gcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacgg 307  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||  |||||||||||| || ||||||||    
T  23792748 gcccattaagttgtgatccagagcttctcattggttgtctggctcgagtacgg 23792696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 375; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 375; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 52 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 31954870 - 31954355
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctacaa-agtaattgaata 150  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||||    
T  31954870 ttgtttacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctacaggagtaaatgaata 31954771  T
Q  151 atacaatgtttttcactatttgg-atctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcct 249  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |    
T  31954770 atacaatgttttttactatctgggatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatggacctttctctgatcat 31954671  T
Q  250 tctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgt 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  31954670 tctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgtgtggactaggaagcaactcctccatactgggcgcgt 31954571  T
Q  350 gaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgact 449  Q
    |  ||| ||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31954570 ggagttgaaacgcgatgaccatccgtactggacatgtggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgact 31954471  T
Q  450 gagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggtt 545  Q
    || ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  31954470 gaaggcgtactgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctgagctggctggcttgaactatcaaatgaaaatggtt 31954371  T
Q  546 tacccatgccagtcca 561  Q
    ||||||||||||||||    
T  31954370 tacccatgccagtcca 31954355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 52 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 40137946 - 40137477
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaata 150  Q
    |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||| ||||||    
T  40137946 ttgttcacgtatgtaaaca--agttaattacaacaggtgagctgcttagtgaaacatcctaggtggagtctcaagagaactcttcagaagtaaatgaata 40137849  T
Q  151 atacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcct 249  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  40137848 atacaatgtttttcactctttggaatctgtcccatcacatatgaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgggcctttctccgatcat 40137749  T
Q  250 tctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgt 349  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||    
T  40137748 tctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtgtgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgggtgcgt 40137649  T
Q  350 gaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgact 449  Q
    |  ||| ||| | ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  40137648 ggagttgaaatgtgatgatcgtccgtactggacacgtggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttaatttaaactatcaacccagtgttgact 40137549  T
Q  450 gagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggc 517  Q
    || | | |||||||||| ||||||||  |||||| ||| | ||||||    |||||||||| ||||||||||    
T  40137548 gaagacgtactgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgaagacgtactgagctggc 40137477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 52 - 496
Target Start/End: Complemental strand, 24826721 - 24826269
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaata 150  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||    
T  24826721 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcaatgaaacatcctaggtggagtctcaagatcactctacagaagtaaatgaata 24826622  T
Q  151 atacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaacttccc-ccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcc 248  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||     
T  24826621 atacaatgtttttcactatctggaatctctcccatcacatctaaacttccctccttttataggcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctcgcatca 24826522  T
Q  249 ttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctg-gagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgc 347  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |  |||    
T  24826521 ttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcatattggttgtctgcttttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctttgtacgggtcgc 24826422  T
Q  348 gtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggct----ggcttgatttgaactatcaacccagtg 443  Q
    |||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||| |||||| ||||| ||||||    
T  24826421 gtggagttgaaacgcgatgatcgtccgtactggacacgtggtattaagttaagatgagatgagctggctggcgggcttgacttgaacaatcaatccagtg 24826322  T
Q  444 ttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg 496  Q
    | |||||| | | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  24826321 tcgactgaagacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtg 24826269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 52 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 25243535 - 25243098
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaata 150  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||    
T  25243535 ttgttcacgtatgtaaacacaaattaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacatcctaggtggagtctcaagagcactctcaagaagtaaatgaata 25243436  T
Q  151 atacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaact-tcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcc 248  Q
    ||||| ||||||| ||||| |||| | |||||| ||| |  | || | |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  25243435 atacactgttttt-actatctggaatttgtcccctcaaacattaagtgtcccccttttatagtcatcaaagtgttggtttaatgggcctttctctgatca 25243337  T
Q  249 ttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcg 348  Q
    ||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||||||||||||| ||||||||||  |||||| | ||||| | ||||     
T  25243336 ttcaaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgttcgttttgagtacggccgcgcctggactaggatacaactcattcgtaccgggcgca 25243237  T
Q  349 tgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgac 448  Q
    ||  |||   ||||| | | |||||||||  ||||| ||||| ||||| ||| ||||| ||||||||||   ||| |||||| || || | |||| | ||    
T  25243236 tggagttgcgacgcgttcatcgtccgtacacgacacatggtactaagtgaaggtgagacgagctggctgatctgacttgaacaattaaactagtgctaac 25243137  T
Q  449 tgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatc 487  Q
    ||| | | | |||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  25243136 tgaagacgtgctgagctggctgacttgacttgaacaatc 25243098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 407 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 40137432 - 40137274
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaag 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  40137432 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgaagacgtgctgagctggctgacttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaag 40137333  T
Q  503 acgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtcca 561  Q
    |||||| ||||||||  ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  40137332 acgtgccgagctggctagcttgaactatcaaatggagatggtctacccatgccagtcca 40137274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 407 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 40137538 - 40137416
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaag 502  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| ||| |||| ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  40137538 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgaagacgtactgagctggctgacttgacttgaacaatcaatccagtgtcgactgaag 40137439  T
Q  503 acgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    ||||||||||||||| |||||||    
T  40137438 acgtgctgagctggctggcttga 40137416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 178 - 281
Target Start/End: Original strand, 23935486 - 23935589
Alignment:
Q  178 gtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagag 277  Q
    ||||||||| ||||||   || || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||| ||| | | ||| |||||||||||| ||||    
T  23935486 gtcccatcaaatctaagtgtctccgttttatagtcctcaaagtgttggtttgatgggcctttcactgatcattcaaagtccattaagttgtgatctagag 23935585  T
Q  278 cctc 281  Q
    ||||    
T  23935586 cctc 23935589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 407 - 517
Target Start/End: Complemental strand, 40137485 - 40137371
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaag 502  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||| |||||| | | | |||||||| ||||||||  |||||| ||| | ||||||    ||||||    
T  40137485 tgagctggctgacttgacttgaacaatcaatccagtgtcgactgaagacgtgctgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgaag 40137386  T
Q  503 acgtgctgagctggc 517  Q
    |||||||||||||||    
T  40137385 acgtgctgagctggc 40137371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 139
Target Start/End: Original strand, 40286836 - 40286922
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctacaaa 139  Q
    |||||||||||||||||||||  || |||||||||||||| || || || ||| |||| | ||||| | ||||||||||||| ||||    
T  40286836 tgttcacgtatgtaaacacaaaatagttacaacaggtgagatgttcggtgaaatgtccgaagtggaatttcaagagcactctgcaaa 40286922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 521 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 25242919 - 25242864
Alignment:
Q  521 cttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    |||||||  |||||||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  25242919 cttgaacagtcaaatggaa-tggtctatccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 25242864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 470 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 24826348 - 24826289
Alignment:
Q  470 ggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    |||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24826348 ggcttgacttgaacaatcaatccagtgtcgactgaagacgtgctgagctggctggcttga 24826289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 407 - 453
Target Start/End: Complemental strand, 25243018 - 25242972
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagg 453  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  25243018 tgagctggctgacttgacttgaacaatcaaaccagtgttgactgagg 25242972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 53 - 89
Target Start/End: Complemental strand, 24557140 - 24557104
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggt 89  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  24557140 tgttcacgtatgtaaacataagttaattacaaaaggt 24557104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 17)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 53 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 17441856 - 17441382
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaataa 151  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||    
T  17441856 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgtcctaggtggagtctcgagagcactcttcagaagtaaatgaataa 17441757  T
Q  152 tacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcctt 250  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  17441756 tacaatgtttttcactatctggaatctgtcccatcacatctaaactttccccttttatagccctcaaagtgttggcttaacgggcctttctctgatcatt 17441657  T
Q  251 ctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtg 350  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| || |||||||    
T  17441656 ctaggcccattaagttgtgatctagagcctccttttggttgtctgctttgagtaaggccgcgcgtggactaggaagcaactcatctgtattgggcgcgtg 17441557  T
Q  351 aggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactg 450  Q
      ||| | ||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17441556 gagttgagacgcgatgatcgtccgtacaagacacgtggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaaccatcaacccagtgttgactg 17441457  T
Q  451 agggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    | | | | ||||    ||||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17441456 aagacgtgctga----actggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctgagctggctggcttga 17441382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 288; E-Value: 1e-161
Query Start/End: Original strand, 55 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 17472099 - 17471570
Alignment:
Q  55 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaataata 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||    
T  17472099 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacatcctacgtggagtctcgagagcactcttcagaagtaaatgaataata 17472000  T
Q  154 caatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttct 252  Q
    |||||||||||||||| || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  17471999 caatgtttttcactatctgaaatcagtcccatcacatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcattct 17471900  T
Q  253 aggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtgag 352  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||||| || |||||||      
T  17471899 aggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgtttgctttgagtaaggccgtgcgtggactaggaagcaactcatccgtattgggcgcgtgga 17471800  T
Q  353 gttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgag 452  Q
    ||| | ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||     
T  17471799 gttgagacgcgatgatcgtccgtacaggacacgtggtattaagttaagatgatatgaattggctggcttgatttgaaccatcaacctagtgttgactgaa 17471700  T
Q  453 ggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccgg-----cttgaactatcaaatggaaatgg 543  Q
    | | |  ||||    |||||||| ||||||||||| ||| ||||    ||||||||||||||||||||| ||     ||||||| |||||||||||||||    
T  17471699 gacgtgttgag----ctggcttgacttgaacaatcaatcgagtgttgactgaagacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaaatggaaatgg 17471604  T
Q  544 tttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    | ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  17471603 tctacccatgctagtccacagtccaccaagcgtc 17471570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 275; E-Value: 1e-153
Query Start/End: Original strand, 53 - 577
Target Start/End: Original strand, 14486370 - 14486901
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaataa 151  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| ||  |||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||    
T  14486370 tgttcatgtatgtaaacataagttaattacaacagatgagctgttcagtgaaatgttttaggtggagtctcaagagcactcttcagaagtaaatgaataa 14486469  T
Q  152 tacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcctt 250  Q
    || | |||||||||| || |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  14486470 tatactgtttttcaccatctggaatctgtcccataagatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcatt 14486569  T
Q  251 ctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtg 350  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| || | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  | |||||||    
T  14486570 ctaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgcctcctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcatccgtatcgggcgcgtg 14486669  T
Q  351 aggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactg 450  Q
      ||| | ||||||||| |||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14486670 gagttgagacgcgatgatcgtccgtacatgacacgtggtattaagttaagatgatatgagctggctgacttgatttgaactatcaacccagtgttgactg 14486769  T
Q  451 agggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggc-cggcttgaactatcaaatggaaatggtt 545  Q
    | | | | |||| ||| ||| |||| ||||||||||| ||||| ||    |||||| | ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||     
T  14486770 aagacgtgctgaactggctgacttgacttgaacaatcaatccaatgttgactgaagtcatgctgagctggcttgacttgaacaatcaaatggaaatggtc 14486869  T
Q  546 tacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14486870 tacccatgccagttcacagtccaccaagcgtc 14486901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 300 - 577
Target Start/End: Original strand, 14513344 - 14513624
Alignment:
Q  300 gagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaa 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  14513344 gagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgggcgcgtggagttgaaacgcgatgatcgtccgtactggacacgtggtattaagttaa 14513443  T
Q  400 gatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg--- 496  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||       
T  14513444 gatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgaagacgtactgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgtcg 14513543  T
Q  497 -ctgaagacgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
     | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14513544 accgaagacgtgctgagctggctggctt-aactatcaaatggaaatggtctacccatgctagtccacagtccaccaagcgtc 14513624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 183; E-Value: 1e-98
Query Start/End: Original strand, 52 - 451
Target Start/End: Original strand, 20127588 - 20127984
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagtt-aattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaat 149  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||  | || ||| |||||    
T  20127588 ttgttcatgtatgtaaacacaagtttaattacaacagatgagctgctcagtgaaacatcataggtggagtctcaagagcactcttaagaaataaatgaat 20127687  T
Q  150 aatacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcc 248  Q
    |||||| |||||| |||||| | || | ||||||||| ||||||||  |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  20127688 aatacattgtttt-cactatctagaatttgtcccatcccatctaaatgtcccccttttatagccctcaaagtgttagcttaatgggcctttctctaatca 20127786  T
Q  249 ttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcg 348  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||||||| | |||||||||| | |||||| |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||  ||||     
T  20127787 ttctaggcccattaagttatgatccagagcctcctttcggttgtctgctttgagtacagccgcgcgtggattaggaagtaactcatccgtactaggcgc- 20127885  T
Q  349 tgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgac 448  Q
        ||||| ||| ||||| | ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||    
T  20127886 ----gttaagacgtgatgatcatccgtacaggacacgtggtattaagttaagatgagatgagctgattggcttgatttgaactatccatccagtgttgac 20127981  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 415 - 561
Target Start/End: Complemental strand, 17441283 - 17441128
Alignment:
Q  415 ctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctg 510  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| | | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||||    
T  17441283 ctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctg 17441184  T
Q  511 agctggccgg-----cttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtcca 561  Q
    || |||| ||     ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17441183 agttggctggcttgacttgaacaatcaaatggaaatggtctacccatgccagtcca 17441128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 52 - 134
Target Start/End: Original strand, 8820459 - 8820541
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactct 134  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| | |  ||||||||||||    
T  8820459 ttgttcacgtatgaaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtagaatgtcctatgtgaaattccaagagcactct 8820541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 415 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 17441443 - 17441329
Alignment:
Q  415 ctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctg 510  Q
    ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| | | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||||    
T  17441443 ctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctg 17441344  T
Q  511 agctggccggcttga 525  Q
    || |||| |||||||    
T  17441343 agttggctggcttga 17441329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 199 - 416
Target Start/End: Original strand, 25407424 - 25407641
Alignment:
Q  199 ccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcct 298  Q
    |||||||||||| | ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||  | |  || ||||||||||||||||||||||  |||||  | ||  |    
T  25407424 ccccttttatagccatcaaagtattggtttaatcggcctttctctgatcatttaaagttcattaagttgtgatccagagcctcccgttggtgttttgttt 25407523  T
Q  299 ggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagtta 398  Q
     ||||||| ||||||||||||||||   |||||| ||| ||| ||||||  |  ||| | || || ||| |||||||||  || || ||||||||||| |    
T  25407524 tgagtacgaccgcgcgtggactagggtacaactcatccataccgagcgcccggagttgagacacgttgatcgtccgtacaagatacgtggtattaagtga 25407623  T
Q  399 agatgagatgagctggct 416  Q
    ||||||| ||||||||||    
T  25407624 agatgagctgagctggct 25407641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 407 - 487
Target Start/End: Complemental strand, 17441238 - 17441158
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatc 487  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| | | | ||||| || |||||||| |||||||||||    
T  17441238 tgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctgagttggctggcttgacttgaacaatc 17441158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 53 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 20000740 - 20000658
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagtt-aattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactct 134  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||| || || ||| ||| |||||||| | |||||||||||||    
T  20000740 tgttcacgtatgtaaacacaagttaaattacaatagatgagctgttcggtgaaatgtcttaggtggaatttcaagagcactct 20000658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 116
Target Start/End: Original strand, 23459301 - 23459362
Alignment:
Q  55 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtg 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| ||| ||| ||| ||||||    
T  23459301 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaataggtgagttgctgagtgaaatgtcttaggtg 23459362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 468 - 561
Target Start/End: Original strand, 14503798 - 14503896
Alignment:
Q  468 ctggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccgg-cttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtcca 561  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||    |||||| |||||| |||||||  | ||||||| |||| ||||||||||| |||| |||||||||||    
T  14503798 ctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagtcgtgctaagctggcttgacttgaacaatcatatggaaatggtctacctatgccagtcca 14503896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 407 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 17441398 - 17441354
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactga 451  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||    
T  17441398 tgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactga 17441354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 130
Target Start/End: Original strand, 25407274 - 25407352
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagca 130  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||| | || | ||| ||||||  ||| |||||| |||||||||    
T  25407274 ttgttcatgtatgtaaacacaaattaattacaataggtgtgttgttaagtgaaacgttttagctggagtttcaagagca 25407352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 305 - 377
Target Start/End: Original strand, 14503721 - 14503793
Alignment:
Q  305 cggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtac 377  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || | |||||  ||| | |||| |||| |||||||||    
T  14503721 cggccgcgcgtggactaggaagctactcatccgtattgggtgcgtggagttgagacgcaatgatcgtccgtac 14503793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 537 - 573
Target Start/End: Original strand, 14524793 - 14524829
Alignment:
Q  537 gaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaag 573  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||    
T  14524793 gaaatggtctacccatgtcagtccacagtccaccaag 14524829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 267; Significance: 1e-149; HSPs: 13)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 267; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 53 - 416
Target Start/End: Original strand, 4108905 - 4109271
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaataa 151  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  4108905 tgtttacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgtccaaggtggagtctcaagagcactctacagaagtaactgaataa 4109004  T
Q  152 tacaatgtttttcactatttgg-atctgtcccatcacatctaaacttccccctttt-atagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcct 249  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  4109005 tacaatgtttttcactatctgggatctgtcccatcacatctaaacttccccctttttatagctctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcat 4109104  T
Q  250 tctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgt 349  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  4109105 tttaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactggacgcgt 4109204  T
Q  350 gaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggct 416  Q
    |  | | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4109205 ggagctgaaacgcgatgatcgtccgtactggacacgtggtattaagttaagatgagatgagctggct 4109271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 55 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 37349866 - 37349440
Alignment:
Q  55 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaataata 153  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||||    
T  37349866 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtgaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactcttcagaagtaaatgaataata 37349767  T
Q  154 caatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatggg-cctttctctgatccttc 251  Q
    |||||||||||| |||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   ||||||||||||| |||    
T  37349766 caatgtttttcattatcaggaatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagccctcaaagtgttggcttaatgaaacctttctctgatcattc 37349667  T
Q  252 taggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtga 351  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||     
T  37349666 tagacccaataagttgtgatccagagcctcatattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactaggcgtgtgg 37349567  T
Q  352 ggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatga----gctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttga 447  Q
     ||| ||||||||||| |||||  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    |||||||||||||| |||||| ||||| | ||||| ||    
T  37349566 agttgaaacgcgatgatcgtcc-aactagacacgtggtattaagttaagatgagatgagctggctggctggcttgacttgaacaatcaatcgagtgtcga 37349468  T
Q  448 ctgagggcatactgagctgactggcttg 475  Q
    |||| | | | |||||||||||||||||    
T  37349467 ctgaagacgtgctgagctgactggcttg 37349440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 52 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 13969033 - 13968587
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaata 150  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||| |||| |||||||||||||||||||  | || ||| ||||||    
T  13969033 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaagtgagctgctcaatgaaacgtcttaggaggagtctcaagagcactcttaagaaataactgaata 13968934  T
Q  151 atacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatca--catctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatc 247  Q
    ||||| | |||| |||||| |||| ||||||||||||  |||  ||   | ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |||||||    
T  13968933 atacactatttt-cactatctggaatctgtcccatcaaacattcaagtgttccccttttatagtcctcaaggtgttggtttaatgggtctttttctgatc 13968835  T
Q  248 cttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgc 347  Q
     ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||  ||||||||| ||||||| ||||||||  ||||    
T  13968834 attcaaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgtatgttttgagtacggccgcgcacggactaggatgcaactcatccgtactaggcgc 13968735  T
Q  348 gtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttga-tttgaactatcaacccagtgttg 446  Q
    |||   || | ||||| ||| |||| ||||  ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||    
T  13968734 gtggacttgagacgcgttgatcgtctgtacgagacacgtggtattaagtgaagatgagatgagctggctggcatgactttgaacaatcaagccagtgttg 13968635  T
Q  447 actgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccag 494  Q
    || || | |   |||||||| |||  ||| ||||||||||| ||||||    
T  13968634 acggaagacgagctgagctggctgagttgacttgaacaatcaatccag 13968587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 62 - 488
Target Start/End: Original strand, 45107771 - 45108200
Alignment:
Q  62 atgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaataatacaatgtt 160  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |  | |||||| ||||||||||| ||||    
T  45107771 atgtaaacacaagataattacaacaggtgagctgctcagtgaaacatcctaggtggagtctcaagagcactattaagaagtaaatgaataatacattgtt 45107870  T
Q  161 tttcactatttgga-tctgtcccatca--catctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcc 257  Q
    || ||| || |||| ||| | |  |||  |||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| | |||    
T  45107871 tt-caccatctggaatctcttctctcaaacatctaagtgtccccctttaatagtcatcaaagtgttggtttaatgggcctttctctgatcattcaaagcc 45107969  T
Q  258 caataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtgaggttaa 357  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   |||| ||| |||||||| ||||  ||||||  |||||||   |||||||  ||  |    
T  45107970 cattaagttgtgatccagagcctcccattggttgtctgctttctgtacagccacgcgtggaatagggtgcaacttatccgtaccaggcgcgtggagtcga 45108069  T
Q  358 aacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcat 457  Q
     ||||| ||| | |||||||  ||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||| | |      
T  45108070 gacgcgctgatcatccgtacatgacacatggtataaagtgaaaatgagatgagctggctggcctgacttgaacagtcaatccagtgttgactgaagacga 45108169  T
Q  458 actgagctgactggcttgccttgaacaatct 488  Q
     |||||||| ||||| || ||| ||||||||    
T  45108170 gctgagctggctggcatgacttaaacaatct 45108200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 7e-66
Query Start/End: Original strand, 53 - 451
Target Start/End: Original strand, 45109481 - 45109882
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactc-tacaaagtaattgaataa 151  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||  |||||| |||||||    
T  45109481 tgttcacgtatgtaaacacaagataattacaacaggtgagctgctcagtgaaacatcctaggtggagtctcaagagcactcttaagaagtaaatgaataa 45109580  T
Q  152 tacaatgtttttcactatttgg-atctgtcccatc--acatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcc 248  Q
    |||| || ||||||| |||||| |||| | |  ||  ||||||||   ||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||     
T  45109581 tacattg-ttttcaccatttggaatctcttctctcaaacatctaagagtccccctttaatagtcatcaaagtgttggtttaatgggcctttctctgatca 45109679  T
Q  249 ttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcg 348  Q
    ||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   |||| |||  ||||||| || |  ||||||| |||||||   |||||    
T  45109680 ttcaaagcccattaagttgtgatccagagcctcccattggttgtctgctttctgtacagccatgcgtggaataaggtgcaactcatccgtaccaggcgcg 45109779  T
Q  349 tgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgac 448  Q
    ||  ||  | ||||| ||| | ||| |||  ||||| | |||| |||| |||||||||||||||||||||| | | ||||||  |||| ||| |||||||    
T  45109780 tggagtcgagacgcgctgatcatccttacatgacacatagtataaagtgaagatgagatgagctggctggcctaacttgaacagtcaaaccaatgttgac 45109879  T
Q  449 tga 451  Q
    |||    
T  45109880 tga 45109882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 197 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 5169380 - 5169282
Alignment:
Q  197 tcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctg 295  Q
    |||||||||||||  | |||||||||| |||||||||| |||||||| ||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5169380 tcccccttttataaccatcaaagtgttcgcttaatgggtctttctctaatcattcaaagcccattaagttgtgatccagagcctcccattggttgtctg 5169282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 414 - 577
Target Start/End: Original strand, 4109322 - 4109488
Alignment:
Q  414 gctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgct 509  Q
    |||||||||| |||||| ||||| ||  |||  ||||| | | | ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||  ||    ||||||||||| |    
T  4109322 gctggcttgacttgaacaatcaatcccatgtcaactgaagacgtgctgagctggttggcttgacttgaacaatcaatcccatgtcgactgaagacgtgtt 4109421  T
Q  510 gagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    ||| |||| ||||||| |||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4109422 gagttggctggcttga-ctatgaaatgggaatggtctacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 4109488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 53 - 134
Target Start/End: Original strand, 19038249 - 19038331
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaatt-acaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactct 134  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||| |  ||||||||||||    
T  19038249 tgttcacgtatgtaaacacaagttaatttacaacaggtgagctgctcaatgaaatgtcctaggtggaattccaagagcactct 19038331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 463 - 540
Target Start/End: Complemental strand, 37349505 - 37349424
Alignment:
Q  463 gctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaa 540  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||| ||||    ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||    
T  37349505 gctggctggcttgacttgaacaatcaatcgagtgtcgactgaagacgtgctgagctgactggcttgaactatcaaatggaaa 37349424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 407 - 451
Target Start/End: Original strand, 45108200 - 45108244
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactga 451  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||    
T  45108200 tgagctggctggcctgatttgaacaatcaaaccagtgttgactga 45108244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 97
Target Start/End: Complemental strand, 3470872 - 3470826
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagtt-aattacaacaggtgagctgct 97  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||||    
T  3470872 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaaattacaataagtgagctgct 3470826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 539 - 577
Target Start/End: Original strand, 45108287 - 45108325
Alignment:
Q  539 aatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||    
T  45108287 aatggtctatccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 45108325  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 70 - 134
Target Start/End: Original strand, 19038013 - 19038077
Alignment:
Q  70 acaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactct 134  Q
    |||||||||||| || ||||||| || ||||| ||| |||||| ||||| | |||||||||||||    
T  19038013 acaagttaattataagaggtgagttgatcagtgaaatgtcctaagtggaatttcaagagcactct 19038077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0227 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 2)
Name: scaffold0227
Description:

Target: scaffold0227; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 145 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 20702 - 20319
Alignment:
Q  145 tgaataatacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctct 243  Q
    |||||||||||||||||||| || | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20702 tgaataatacaatgtttttccctctctggaatctgtcccatcacatctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctct 20603  T
Q  244 gatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactga 343  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  20602 gatcattctaggcccagtaagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgct--gagtacggccgtgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgg 20505  T
Q  344 gcgcgtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtg 443  Q
    |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  20504 gcgcgtggagttgaaacgcgatgaccgtccgtactggacacgtggtattgagttaagatgagatgagctggctgacttgatttgaactatcaacccagtg 20405  T
Q  444 ttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagt----gctgaagacgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    |||||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||     ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20404 ttgactgaaggcgtactgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtattgactgaagacgtgctgagctggctggcttga 20319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0227; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 407 - 574
Target Start/End: Complemental strand, 20388 - 20217
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaag 502  Q
    ||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||| |||||||| | | | |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||    
T  20388 tgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtattgactgaagacgtgctgagctggctggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaag 20289  T
Q  503 acgtgctgagctggccggcttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagc 574  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  20288 acgtgctgagctggctggcttgaactatcaaatgaaaatggtctacccatgccagtccacagtccaccaagc 20217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 182; Significance: 4e-98; HSPs: 9)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 53 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 22860743 - 22860261
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactct-acaaagtaattgaataa 151  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||| |||| ||    
T  22860743 tgttcacgtatgtaaacataagttaattacaacaggtgagctgcttagtgaaacgtcctacgtggagtctcaaaagcactcttacgaagtaaatgaacaa 22860644  T
Q  152 tacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatca--catctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatcc 248  Q
    |||| |||||| |||| ||| || ||||||||||||  |||||||   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||     
T  22860643 tacattgtttt-cactgttttgaatctgtcccatcaaacatctaagtgtcccccttttatagtcctcaaagtgttggtttaatgggtctttctctgatca 22860545  T
Q  249 ttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcg 348  Q
    ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||| || ||    
T  22860544 ttcaaggcccattaagttgtgatctagagcctcctattggttgtctgctttgagtacggacgcgcgtggactaggaagcaattcatccgtactgggcacg 22860445  T
Q  349 tgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatga---gatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgtt 445  Q
    ||  ||| | ||||| ||| |||||||||  ||||  ||||||| ||| |||||||   || ||| ||||||||| || |||| | ||||| ||||||||    
T  22860444 tggagttgagacgcgttgatcgtccgtacaagacaagtggtattcagtgaagatgagacgacgagttggctggctagacttgaccaatcaaaccagtgtt 22860345  T
Q  446 gactgagggcatactgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtgctg----aagacgtgctgagctggccggcttga 525  Q
    || ||| | | | |||||||| | |||||| ||||||||||| | |||||| ||    |||||||| ||||||||| |||||||    
T  22860344 gattgaagacgtgctgagctggccggcttgacttgaacaatcaaaccagtgttgagtaaagacgtgttgagctggctggcttga 22860261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 197 - 467
Target Start/End: Original strand, 28297780 - 28298050
Alignment:
Q  197 tcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgc 296  Q
    ||||||||||||| || |||| ||||||| |||||||| |||||| ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  28297780 tcccccttttataatcttcaatgtgttggtttaatgggtctttctttgatcattcaaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgt 28297879  T
Q  297 ctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagt 396  Q
     | ||||| || ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| | ||||||||| | |||||||  ||||| |||||||||||    
T  28297880 tttgagtatggtcgcgcatggactaagaagcaactcatccgtactgggcgcgtggagttgagacgcgatgatcatccgtacaagacacgtggtattaagt 28297979  T
Q  397 taagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactgagggcatactgagctga 467  Q
    |||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| | ||| |||||||||    
T  28297980 taagatgagacgagctggctggcttgacttgaacaatcaaaccagtgttgactgaagacatgctgagctga 28298050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 123; E-Value: 7e-63
Query Start/End: Original strand, 197 - 447
Target Start/End: Complemental strand, 38472166 - 38471916
Alignment:
Q  197 tcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgc 296  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||| | | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38472166 tcccccttttatagtcctcgaagtgttggtttaatgggcctttatctgatcatccaaggcccattaagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgc 38472067  T
Q  297 ctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagt 396  Q
     | ||||| |||| | |||||| |||||||||||||  | |||||| |||||||  ||| | ||||||||| |||||||||  ||||| || ||||||||    
T  38472066 tttgagtatggccacacgtggaataggaagcaactcacctgtactgggcgcgtggagttgagacgcgatgatcgtccgtacaagacacatgatattaagt 38471967  T
Q  397 taagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttga 447  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| |||||| ||||| |||| |||||    
T  38471966 taagataagacgagctggctggcttgacttgaacaatcaaaccagcgttga 38471916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 106
Target Start/End: Complemental strand, 38472303 - 38472250
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaac 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||    
T  38472303 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacagatgagctgctcagtgaaac 38472250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 521 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 38471775 - 38471719
Alignment:
Q  521 cttgaactatcaaatggaaatggtttacccatgccagtccacagtccaccaagcgtc 577  Q
    ||||||| |||||||| ||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  38471775 cttgaacaatcaaatgaaaatggtctatccatgtcagtccacagtccaccaagcgtc 38471719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 197 - 295
Target Start/End: Complemental strand, 31679270 - 31679173
Alignment:
Q  197 tcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctg 295  Q
    |||||||||||||  | |||||||||||| |||||| | ||||||||||||  || | | ||| ||||||||||||| ||||||||  |||||||||||    
T  31679270 tcccccttttataaccatcaaagtgttggtttaatgagtctttctctgatcactcaaag-ccattaagttgtgatccggagcctccagttggttgtctg 31679173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 407 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 22860277 - 22860233
Alignment:
Q  407 tgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttgactga 451  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||    
T  22860277 tgagctggctggcttgattggaacaatcaaaccagtgttgactga 22860233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 53 - 120
Target Start/End: Original strand, 5538611 - 5538678
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagt 120  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||| | ||| ||| ||| ||||||    
T  5538611 tgttcacgtgtgtaaacacaagttatttacaataggtaagctgctcaatgaaatgtcttagatggagt 5538678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 380 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 31679076 - 31679028
Alignment:
Q  380 gacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttga 428  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  31679076 gacacatggtattaagtgaagatgagctgagctggctggcctgacttga 31679028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 181; Significance: 2e-97; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 181; E-Value: 2e-97
Query Start/End: Original strand, 52 - 451
Target Start/End: Original strand, 16990189 - 16990591
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactctaca-aagtaattgaata 150  Q
    |||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  || |||| || ||||||||||||||||||||||||  | |||||| ||||||    
T  16990189 ttgttcgcgtatgtaaacacaagtcaattactacaggtgagctgctatgtgaaacatcttaggtggagtctcaagagcactcttaagaagtaaatgaata 16990288  T
Q  151 atacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatca--catctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatc 247  Q
    |||||   ||||  | ||| |||| ||||||||||||  |||| ||   | ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  16990289 atacaccattttcga-tatatggaatctgtcccatcaaacatccaagtgttccccttttatagtcctcaaagtgttggtttaatgggcctttctctgatc 16990387  T
Q  248 cttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgc 347  Q
     ||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||  ||||    
T  16990388 attcaaggcccattgagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgctttgagtacggccgcgcgtagactaggaagcaactcatccgtactaggcgc 16990487  T
Q  348 gtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttga 447  Q
    |||  ||| | || |||||| |||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||    
T  16990488 gtggagttgagacacgatgatcgtccgtacatgacacgcggtattaagttaagatgagatgagctgactggcttgacttgaacaatcaatccagtgttga 16990587  T
Q  448 ctga 451  Q
    ||||    
T  16990588 ctga 16990591  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 52 - 99
Target Start/End: Original strand, 34220014 - 34220061
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctca 99  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||    
T  34220014 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaataggtaagttgctca 34220061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 472 - 577
Target Start/End: Original strand, 16990665 - 16990779
Alignment:
Q  472 cttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggccggcttga-----actatcaaatggaaatggtttacccatgccagtccac 562  Q
    |||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||| | ||||||| |||||||     || |||||||| ||||||| ||||||||  |||||||    
T  16990665 cttgacttgaacaatcaatccagtgttggctgaagacgtgtttagctggctggcttgacttgaacaatcaaatgaaaatggtctacccatgttagtccac 16990764  T
Q  563 agtccaccaagcgtc 577  Q
    | |||||||||||||    
T  16990765 aatccaccaagcgtc 16990779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 460 - 517
Target Start/End: Original strand, 16990547 - 16990608
Alignment:
Q  460 tgagctgactggcttgccttgaacaatctatccagtg----ctgaagacgtgctgagctggc 517  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||| |||||||    
T  16990547 tgagctgactggcttgacttgaacaatcaatccagtgttgactgaagacgtgctaagctggc 16990608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 53 - 84
Target Start/End: Original strand, 34213414 - 34213445
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaa 84  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34213414 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaa 34213445  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 94
Target Start/End: Original strand, 20129904 - 20129945
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagct 94  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  20129904 tgtttacgaatgtaaacacaagttaattacaacgggtgagct 20129945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 22202966 - 22202925
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagct 94  Q
    |||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  22202966 tgtttacgaatgtaaacacaagttaattacaacgggtgagct 22202925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 133; Significance: 7e-69; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 7e-69
Query Start/End: Original strand, 52 - 447
Target Start/End: Original strand, 7351734 - 7352131
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactct-acaaagtaattgaata 150  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||    
T  7351734 ttgttcacgtatgtaaacacaagataattacaacaggtgagctactcagtgaaacatcttaggtggagtctcaagagcactcttaaaaagtaaatgaata 7351833  T
Q  151 atacaatgtttttcactatttgga-tctgtcccatca--catctaaacttcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatc 247  Q
    ||||| |||||| ||| || |||| |||   |  |||  |||||||   ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  7351834 atacattgtttt-caccatctggaatctcctctctcaaacatctaagtgtcccc-ttttatagtcatcaaagtgttggtttaatgggcctttctttgatc 7351931  T
Q  248 cttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcctggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgc 347  Q
     ||| | ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   |||| |||||||||||| ||||  ||||||| |||||||  |||||    
T  7351932 attcaaagcccattaagttgtgatccagagcctcccattggttgtctgctttctgtacagccgcgcgtggaatagggtgcaactcatccgtaccaagcgc 7352031  T
Q  348 gtgaggttaaaacgcgatgaccgtccgtactggacacctggtattaagttaagatgagatgagctggctggcttgatttgaactatcaacccagtgttga 447  Q
    |||  ||  | ||||| ||| | || ||||  ||||| |||||| |||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||    
T  7352032 gtggagtcgagacgcgctgatcatctgtacatgacacatggtataaagtgaagataagatgagctggctggcctgacttgaactgtcaaaccagtgttga 7352131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 198 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 11801298 - 11801146
Alignment:
Q  198 cccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgcc 297  Q
    ||||||||||||  | |||||||||||| ||||||| |||||||||  || ||| |  |||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||      
T  11801298 cccccttttataaccttcaaagtgttggtttaatggacctttctctattcattcaaatcccattaagtggtgatccagagcctcccattggttgtctgtt 11801199  T
Q  298 tggagtacggccgcgcgtggactaggaagcaactcctccgtactgagcgcgtg 350  Q
    | |||||||| || | ||||||||||  ||||||| ||||||||| |||||||    
T  11801198 ttgagtacggtcgtgtgtggactagggtgcaactcgtccgtactgggcgcgtg 11801146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 52 - 134
Target Start/End: Complemental strand, 3400659 - 3400576
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaa-ttacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcactct 134  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||| |||||||||||| | |||||||||||||    
T  3400659 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaaattacaataggtgagctgctcggtgaaatgtcctaggtggaatttcaagagcactct 3400576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 197 - 323
Target Start/End: Complemental strand, 32876998 - 32876872
Alignment:
Q  197 tcccccttttatagtcctcaaagtgttggcttaatgggcctttctctgatccttctaggcccaataagttgtgatccagagcctcctattggttgtctgc 296  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||| ||||| ||| |  || | |||||| ||||||||| | ||||||||||||||||     
T  32876998 tcccccttttataatcctcaatgtgttgaattaatgggcctttctttgatcattcaaaacctattaagttatgatccagaacatcctattggttgtctgg 32876899  T
Q  297 ctggagtacggccgcgcgtggactagg 323  Q
     | ||||||||| ||| || |||||||    
T  32876898 tttgagtacggctgcgtgtagactagg 32876872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 53 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 11801453 - 11801376
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagca 130  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||| ||| ||| |||||||| | |||||||||    
T  11801453 tgttcacgtatgtgaacacaagttaattataacaggtgagcggttcagtgaaatgtcttaggtggaatttcaagagca 11801376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 52 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 13117438 - 13117389
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||    
T  13117438 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaccatatgagctgctcagt 13117389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 45 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 42606732 - 42606646
Alignment:
Q  45 aatatagttgttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcact 132  Q
    |||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||| || |||| |||| | ||| || ||||||||| | |||||||||||    
T  42606732 aatataattgttcacgcgtgtaaacacaagttaattacaacatgtaagctactcaatgaaatgttctaggtggaat-tcaagagcact 42606646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 55 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 7644758 - 7644721
Alignment:
Q  55 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgag 92  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7644758 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacatgtgag 7644721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 45; Significance: 2e-16; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 53 - 132
Target Start/End: Original strand, 38809600 - 38809680
Alignment:
Q  53 tgttcacgtatgtaaacacaagttaa-ttacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcact 132  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||| |||||||||||| |  ||||||||||    
T  38809600 tgttcacgtatgtaaacacaagttaaatttcaacaggtgagctgctcggtgaaatgtcctaggtggaattccaagagcact 38809680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 55 - 95
Target Start/End: Complemental strand, 26568722 - 26568682
Alignment:
Q  55 ttcacgtatgtaaacacaagttaattacaacaggtgagctg 95  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  26568722 ttcatgtatgtaaacacaagttaattacaacagatgagctg 26568682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 52 - 132
Target Start/End: Complemental strand, 510194 - 510113
Alignment:
Q  52 ttgttcacgtatgtaaacacaagttaa-ttacaacaggtgagctgctcagtaaaacgtcctaggtggagtctcaagagcact 132  Q
    ||||||||||||| ||||| || |||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||| ||||||| |  ||||||||||    
T  510194 ttgttcacgtatgcaaacataaattaaattacaacaggtgagctgcttagtaaaatatccaaggtggaattccaagagcact 510113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University