View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12580_low_21 (Length: 364)

Name: NF12580_low_21
Description: NF12580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12580_low_21
NF12580_low_21
[»] chr6 (32 HSPs)
chr6 (1-349)||(4571023-4571371)
chr6 (1-349)||(4557176-4557524)
chr6 (1-349)||(4585687-4586035)
chr6 (1-349)||(4613451-4613799)
chr6 (1-342)||(4579490-4579831)
chr6 (1-349)||(4592282-4592630)
chr6 (1-342)||(4461181-4461522)
chr6 (4-342)||(4469861-4470199)
chr6 (1-291)||(4622251-4622541)
chr6 (2-349)||(4560557-4560904)
chr6 (2-349)||(4574359-4574706)
chr6 (1-349)||(4598222-4598570)
chr6 (1-349)||(4626002-4626350)
chr6 (2-347)||(4266900-4267245)
chr6 (1-349)||(4563762-4564110)
chr6 (2-349)||(4480744-4481091)
chr6 (6-297)||(4256349-4256641)
chr6 (1-349)||(4516372-4516720)
chr6 (1-338)||(4514854-4515191)
chr6 (1-333)||(4259887-4260219)
chr6 (1-349)||(4505908-4506256)
chr6 (1-297)||(4601892-4602188)
chr6 (1-279)||(4457715-4457993)
chr6 (1-349)||(3171792-3172140)
chr6 (1-349)||(4617073-4617421)
chr6 (2-338)||(4490089-4490425)
chr6 (9-349)||(4493006-4493346)
chr6 (11-297)||(4568159-4568445)
chr6 (56-349)||(4504185-4504478)
chr6 (1-119)||(4299554-4299672)
chr6 (193-291)||(4299671-4299769)
chr6 (32-137)||(4391891-4391996)
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (1-349)||(16686000-16686348)
chr8 (1-339)||(20863576-20863914)
chr8 (2-349)||(1674277-1674624)
chr8 (65-106)||(1969140-1969181)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (2-298)||(3086522-3086818)
chr7 (63-105)||(41511442-41511484)
[»] scaffold0288 (1 HSPs)
scaffold0288 (1-346)||(3452-3797)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (6-347)||(24103052-24103393)
chr5 (2-349)||(27999833-28000180)
chr5 (59-105)||(20155244-20155290)
[»] scaffold0477 (1 HSPs)
scaffold0477 (1-333)||(4419-4751)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-349)||(1281165-1281513)
[»] scaffold0475 (1 HSPs)
scaffold0475 (11-246)||(3428-3662)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 32)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4571371 - 4571023
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  4571371 tgaaatttcagatagaggcctaattgctggttggtgctcgcaagagaaagtattgaaccatccttcaattggtggtttcttgactcactgtggatggaac 4571272  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4571271 tcaacgaccgaaagcatatctactggagttccaatgttgtgttagccattttttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 4571172  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4571171 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 4571072  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4571071 aatggagatgaagaagaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 4571023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4557524 - 4557176
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4557524 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 4557425  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  4557424 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccagcaaactgcagatatatttgcaatacatgggaga 4557325  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||||| || || |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||||||| ||    
T  4557324 ttggcatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtagagaatttggtcaatgaattgatggagggggagaaaggaaagaagatgtggaaaaagat 4557225  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    ||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4557224 aattgagatgaagacgaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 4557176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4586035 - 4585687
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4586035 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggttggtgcccgcaagagcaagtattgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaac 4585936  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||  ||| ||||||  ||||||||    
T  4585935 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattcattgctgatcagccaacaaactgtagaattatttgcaatgaatgggaga 4585836  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||| | || || |||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||       
T  4585835 ttgggatggaagttgacaccaatgtgaagagagaggaggtggagaagttggtcaatgaattgatggtgggagagaatggaaagaagatgaggcaaaaggc 4585736  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  4585735 aatcgagttgaagaagaaggcggaggaggacacgagacctggaggttgt 4585687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 4613451 - 4613799
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4613451 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgtggatggaac 4613550  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||| |    
T  4613551 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccatttttcgcggatcagccagcaaactgcagatatatatgcaatgaatgggaaa 4613650  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||||| || || |||||||||||| ||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||       
T  4613651 ttgggatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtagagaagctggtcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaaaatgaggcaaaaggc 4613750  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    ||| ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||    
T  4613751 aattgagttgaagaagaaggcagaggaggacacgagaccaggaggttgt 4613799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 198; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 4579831 - 4579490
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4579831 tgaaatttcagatagaggcctaataacgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaac 4579732  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||| || ||| |||||| | |||||||||||| | |    
T  4579731 tcaatcactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccatttttcgctgatcacccagtaagctgcagatatttatgcaatacatggaaaa 4579632  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||  |||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||       
T  4579631 ttggaattgaaatcgacactaatgtgaagagagaggaggtggagaagctggttaatgaattgatggtgggagagaaagcaaagaagatgaggcaaaaggc 4579532  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctgg 342  Q
    ||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  4579531 aattgagttgaagaagaaggtggaggaggacacgagacctgg 4579490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4592630 - 4592282
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4592630 tgaaatttcagatagaggcgtaatcgcgagctggtgtcctcaagagcaagtattaaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 4592531  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||  ||| | ||||  ||||||||    
T  4592530 tcaaccactgaaagtatatgtgctggaattccaatgttgtgttggccattctttagtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggaga 4592431  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||||| ||||| ||||| |||||| | |||||||||||  |  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       
T  4592430 ttgggatggaaattgatacgaatgtaaagagagaggaggtggagaaacttatcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggaaaaaggc 4592331  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    ||| ||| ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| ||||||    
T  4592330 aatcgagttgaagaagaaggcagaggagaacacgagacctggaggttgt 4592282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 4461522 - 4461181
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4461522 tgaaatttcagatagaggcctaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaat 4461423  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| | ||||||||    
T  4461422 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgttggccattctttggtgatcagccagcaaactgtagatttatttgcaacaaatgggaga 4461323  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    ||||| | ||||||||||   ||||||||||  ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||| ||||  |    
T  4461322 ttggacttgaaatcgataaagatgtgaagagggatgaggtggagaagttggtcaacgaattgatggttggagagattggaaagaagatgaggcaaaaggt 4461223  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctgg 342  Q
     |||||  | ||||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  4461222 catggaattcaagaagaaggtggaggaggataccagacctgg 4461181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 4 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 4470199 - 4469861
Alignment:
Q  4 aatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactca 103  Q
    ||||||||||||||||||||||| |  |||||| || |||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4470199 aatttcagatagaggcctaatcgtgaactggtgtcctcaagagcaagtactgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaactca 4470100  T
Q  104 accactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattg 203  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||  |||||||||||    
T  4470099 accactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagctagcaaattgtagatttatttgcaatgaatgggagattg 4470000  T
Q  204 gaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatataat 303  Q
    || | ||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| |||| || ||    
T  4469999 gacttgaaatcgataaagatgtgaagagagatgaggtggagaagctagtcaatgaattgatggttggagagaatggaaagaagatgagggaaaagatcat 4469900  T
Q  304 ggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctgg 342  Q
    |||| | ||||| |||| ||||||||| || ||||||||    
T  4469899 ggagttcaagaagaaggtggaggaggataccagacctgg 4469861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 1 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 4622541 - 4622251
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||| || ||||| || |||||| ||||| | ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4622541 tgaaatttcaggtagaggcctaatcgcaggttggtgtccacaagaggaagtacttaaccaccctgcaattggtggattcttgactcattgtggatggaat 4622442  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||| |||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4622441 tcaaccaccgaaagcatatgtgctggagtttcaatgctgtgttggccatttttcgctgatcagccaacaaactgtagatatatctgcaattcatgggaga 4622342  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgag 291  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||| | ||||||  |||| || ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  4622341 ttggaatcgaaatcaatactaatgtgaaaagagaggaggtgtcgaatctgatcaatgaattgatgtcgggagataaaggaaagaagatgag 4622251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4560904 - 4560557
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| || |||||| ||||||| ||||| || ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4560904 gaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacccatcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaact 4560805  T
Q  102 caaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagat 201  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||| ||||    
T  4560804 caaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgcagatcagccagcaaactgaagatatatttgcaatgaatggaagat 4560705  T
Q  202 tggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatata 301  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||| |||||  | || ||||||||  |||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||| ||||        
T  4560704 tggaaacgaaattgatacaaatgtaaagagggaggacgtggagaaactggtcaatgaattgatgtcctgagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggcc 4560605  T
Q  302 atggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||    
T  4560604 atggagctgaagaaaaaggcggaggtgtacacgagacctggaggttgt 4560557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 168; E-Value: 6e-90
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4574706 - 4574359
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| || |||||| ||||||| ||||| | |||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4574706 gaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtattgaaccacctttcagtcggtggattcttgactcattgcggatggaact 4574607  T
Q  102 caaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagat 201  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||  |||||||||    
T  4574606 caaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttatgttggccatttttttcggatcagccagcaaactgcagatatatttgcaatgaatgggagat 4574507  T
Q  202 tggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatata 301  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |||||  | |||||||||||  |||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||||        
T  4574506 tggaaaggaaatcgatactaatgtaaagagggaggaggtggagaaactggtcaatgaattgatgtccggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaagcc 4574407  T
Q  302 atggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    || ||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  4574406 attgagctgaagaagaaggtggaggtggacacgagacctggaggttgt 4574359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4598570 - 4598222
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||| || | ||  ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4598570 tgaaatttcagatagaggcttagttgcaagctggtgtctgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgcggatggaac 4598471  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||||||||| |||| ||| ||||| |||||||||||||| || || || || ||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||  ||||||||    
T  4598470 tcaaccactgaaagtatatgtgccggagtgccaatgttgtgttgtccctttttcgcggatcagcaagccaactgcagatatatttgcaatgaatgggaga 4598371  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||||||| |||| || ||||||||||||||| | |||||||||||  ||||||| |||||||||  |||||||||||||||||| |||||| |||| |     
T  4598370 ttggaatcaaaattgaaactaatgtgaagagagaggaggtggagaagctggtcaacgaattgatgtcgggagataaaggaaagaaaatgaggcaaaagac 4598271  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    ||| ||  ||||||  |||||||||||||| ||||||| ||| ||||||    
T  4598270 aattgatttgaagatgaaggcggaggaggaaacgagacttggaggttgt 4598222  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 165; E-Value: 3e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4626350 - 4626002
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4626350 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcaagctggtgtccgcaagagaaagtactgaaccatccttcaattggtggattcttaactcattgtggatggaac 4626251  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||  ||||||||    
T  4626250 tcaaccattgaaagcatatgcgctggagttccaatgctgtgttggccaaattttgctgatcagccaacaaattgtagatatatttgcaatgaatgggaga 4626151  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||||||||  | | ||| |||||  || |||||| ||||||||  |||||||| ||||||||||||||| ||||       
T  4626150 ttggaatggaaatcgatgctaatgtgaagagggagggggtagagaaactgatcaatgcattgatggcaggagataacggaaagaagatgaggcaaaaggc 4626051  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
     |||||| ||||||| ||||| |||||| |||  || || |||||||||    
T  4626050 catggagttgaagaagaaggcagaggagaacattagtcccggtggttgt 4626002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 158; E-Value: 5e-84
Query Start/End: Original strand, 2 - 347
Target Start/End: Original strand, 4266900 - 4267245
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| || |||||  |||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  4266900 gaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaatt 4266999  T
Q  102 caaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagat 201  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| ||| ||  |||||||||    
T  4267000 caaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagat 4267099  T
Q  202 tggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatata 301  Q
    |||| |||||||| |||| |||||||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||| | ||||| |     
T  4267100 tggactcgaaatcaatacaaatgtgaagagagatgacgtcgagaagttagtcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaatatgatgaagcaaaatgtc 4267199  T
Q  302 atggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggtt 347  Q
     ||||| ||||||  ||||| || ||| |||| |||||||||||||    
T  4267200 ttggagttgaagaggaaggcagaagagaacacaagacctggtggtt 4267245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4564110 - 4563762
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||  | ||||| || || ||| ||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  4564110 tgaaatttcagatagaggcttaattgcaagttggtgtccacaggagaaagtattgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaac 4564011  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||  ||| | ||||  ||||||||    
T  4564010 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagttccaatgttgtgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagacttatttacaatgaatgggaga 4563911  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||||||||||| ||||| |||||| | |||||||||||  | |||||||||||||||   ||||| ||||||||||||||| || ||||       
T  4563910 ttgggatggaaatcgatacgaatgtaaagagagaagaggtggagaaacttgtcaatgaattgatgtcaggagagaaaggaaagaagatgcggcaaaaggc 4563811  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    ||| ||| ||||||| || | ||||||  |||||||| |||| ||||||    
T  4563810 aattgagttgaagaagaaagtggaggaaaacacgagagctggaggttgt 4563762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4481091 - 4480744
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||| || |||||| |||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4481091 gaaatttcaaatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcggcggattcttgactcattgcggatggaact 4480992  T
Q  102 caaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagat 201  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||| |||||  ||| ||||||  |||||||||    
T  4480991 caaccactgaaagtgtatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttgccgatcagccacctaaccgtagaattatttgcaatgaatgggagat 4480892  T
Q  202 tggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatata 301  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||||||| | || |||||||  ||  ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | ||||        
T  4480891 tggactcgaaatcgataccaatgtgaagagagaagatgtggagaggttaatcaatgaattgttggtgggagagaaaggaaagaagatgaagcaaaaggcc 4480792  T
Q  302 atggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    |||||| ||||||| | ||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  4480791 atggagttgaagaagatggcagaggaggacacaagacctggtggttgt 4480744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 6 - 297
Target Start/End: Original strand, 4256349 - 4256641
Alignment:
Q  6 tttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaac 105  Q
    |||| |||||||| ||||||| | | ||||| ||||||||||||||| | |||||  ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4256349 tttcggatagaggactaatcgagagttggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttgactcattgaggatggaactcaac 4256448  T
Q  106 cactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcag-ccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattgg 204  Q
    || ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| |||||||||||| ||| || |    ||||||||||||    
T  4256449 cattgaaagcatttgtgccggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagaccaacaaactgtagatttatttgtagcgaatgggagattgg 4256548  T
Q  205 aatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaa 297  Q
    ||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  4256549 aattgaaatcaatactaatgtgaagagagatgaggtggagaatctgatcaatgaattgatgtcgggagaaaaaggaaagaagatgaggcaaaa 4256641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4516720 - 4516372
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| ||  ||||||| ||||||||| |||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  4516720 tgaaacttcggatagaggcgtaatagcaagctggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcagttggaggattcttgactcattgtggatggaac 4516621  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    || || |  |||||||| | ||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||| |||| || |||||||| ||||||  ||||||||    
T  4516620 tccacaatggaaagcatctgtgccggagtaccaatgttgtgttggcctttttttgctgagcagccaacaaattgcagatatatttgcaatgaatgggaga 4516521  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||||   ||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||  || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||       
T  4516520 ttggagcagaaattgataccaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatcaatgaattaatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaaggc 4516421  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
     |||||  ||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  4516420 catggaattgaagaagaaggcagaggaggacacaagaccaggtggttgt 4516372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 142; E-Value: 2e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 338
Target Start/End: Original strand, 4514854 - 4515191
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||| || |||||| |||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  4514854 tgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaattggcggattcttgactcattgcggatggaac 4514953  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||| |||||| | ||||||| |||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||  ||||||||    
T  4514954 tcaaccactgagagcatatgcgctggagtgccaatgctttgttggcaattctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaatgggaga 4515053  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| |||||||||||||  |||||||||||| | ||||| || ||  | ||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||  |    
T  4515054 ttgggatcgaaatcgatatgaatgtgaagagagaggaggttgaaaagcttgtcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaataaaatgaggaaaaaggt 4515153  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagac 338  Q
     |||||| |||| || ||||| || |||||||| ||||    
T  4515154 tatggagttgaaaaagaaggcagacgaggacactagac 4515191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Original strand, 4259887 - 4260219
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| | |||||  ||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  4259887 tgaaatttcggatagaggcctaatcgcgagctggtgtccgcaagagcaagtactgaaccactcttcagttggtggattcttaactcattgcggatggaac 4259986  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||| ||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| || ||   ||||||||    
T  4259987 tcaaccattgaaagcatttgtgccgaagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaacgaatgggaga 4260086  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    ||||||| |||||  ||||||||||||| ||| ||||||||| |||  || |||||||| | |||   |||||  ||||||||||||||||| ||||  |    
T  4260087 ttggaattgaaattaatactaatgtgaaaagagatgaggtggcgaagctgatcaatgaaattatgtcaggagaagaaggaaagaagatgaggcaaaaggt 4260186  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacac 333  Q
     |||||| ||||||  ||||| |||||| ||||    
T  4260187 catggagttgaagaggaaggcagaggagaacac 4260219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4506256 - 4505908
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||| |||| || ||  |||||||  | |||||| |||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4506256 tgaaatttcagatagaagccttatagcaagctggtgttcacaagagaaagtgttaaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaac 4506157  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||| ||||||  || |||||    
T  4506156 tcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgtgttggccgttctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgcaatgaattggaga 4506057  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||| |  | || |||||  ||||| ||||| | ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||  |    
T  4506056 ttggaatcgaaattgatactaatgtgaatagagaaaatgtagagaagctggtcgatgaaattatggttggagagaaaggaaacaagatgaggaaaaaggt 4505957  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
     |||||| |||| || | |||  ||||||| || |||||||||||||||    
T  4505956 catggagttgaaaaagagggcaaaggaggatacaagacctggtggttgt 4505908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 4602188 - 4601892
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| || |||||| |||| || ||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||||||    
T  4602188 tgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcgatcggcggattcttgactcattgtggatggaac 4602089  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||| || ||||| ||||||||| |||||||||||| ||| || |||  ||||||||    
T  4602088 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccgatgttgtgttggcctttttttgccgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 4601989  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaa 297  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||| | ||| ||| |||  || |||||||| |||| |  ||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  4601988 ttggtatggaaatcgatacaaatgtgaagagagaggagttggcgaagctgatcaatgaagtgatagccggagataaaggcaagaagatgaggcaaaa 4601892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 1 - 279
Target Start/End: Complemental strand, 4457993 - 4457715
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||| ||| ||||||||| |||| ||  | ||||| || |||||  |||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||    
T  4457993 tgaaacttctgatagaggcttaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatgaaac 4457894  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| |||||| || ||||||||||||||| |||| ||||| |||  ||||||| ||| ||||||  ||| ||||    
T  4457893 tcaaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgctgcgttggccattctttggtgataagccaacaagttgtagatttatttgcaatgaatgagaga 4457794  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaagg 279  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4457793 ttgggatggaaatcgatacaaatgtgaagagagatgaggtggagaagttagtcaatgaattgatggtgggagaaaaagg 4457715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 3172140 - 3171792
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| ||||||||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||    
T  3172140 tgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccgcaagagaaagtgttgaaccatccttcaattggcggattcttgactcactgcggatggaac 3172041  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||| |||||  ||| ||||||| | |||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||| | ||| |||||  ||| ||| |   |||| |||    
T  3172040 tcaaccacggaaagtgtatgtgctggaatgccaatgttgtgtaggccattttttgctgatcaaccacctaacagtagaattatttgccaagaatggaaga 3171941  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||||| ||||| ||||| ||||||   ||||| |||||  || |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||        
T  3171940 ttgggatggaaattgataccaatgtaaagagaggggaggtagagaaactgatcaacgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaagggc 3171841  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
     |||||| ||||||| ||||| |||||||| || |||  ||||||||||    
T  3171840 catggagttgaagaagaaggcagaggaggatacaagatttggtggttgt 3171792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4617421 - 4617073
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||  | ||||| || |||||  |||| || ||||| |||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||     
T  4617421 tgaaattgcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagacaaagtgttgaaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgcggatggaat 4617322  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||||||||| ||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||| || ||||||||| ||| || |||  ||||||||    
T  4617321 tcaaccactgaaagtatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgccgaccagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatgggaga 4617222  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||| | ||| |||  ||  || |||||||| |||| |  ||||||||||||||||| |||| | ||||       
T  4617221 ttggtatggaaatcgatacgaatgtgaagagagaggagttggcaaagctgatcaatgaagtgatagccggagataaaggaaagaaaatgaagcaaaaggc 4617122  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
     |||||| ||||||| ||||| |||||| |||| ||||| |||||||||    
T  4617121 catggagttgaagaagaaggcagaggagaacactagaccaggtggttgt 4617073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 338
Target Start/End: Original strand, 4490089 - 4490425
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||  | ||||| || |||||| | ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4490089 gaaatttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagagaaggtattgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 4490188  T
Q  102 caaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagat 201  Q
    ||| ||  || || |||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||   | | |||||  ||| ||| |   |||||||||    
T  4490189 caatcatggagagtatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcaaccacttagcagtagaattatttgcgaagaatgggagat 4490288  T
Q  202 tggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatata 301  Q
    ||| ||  |||| ||||| ||||| |||||| | ||||| |||||  || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||        
T  4490289 tgggatgaaaattgataccaatgtaaagagagaagaggtagagaaactgatcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggcg 4490388  T
Q  302 atggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagac 338  Q
    | |||| ||||||| ||||| | ||||||||||||||    
T  4490389 acggagttgaagaagaaggcagcggaggacacgagac 4490425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 9 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 4493346 - 4493006
Alignment:
Q  9 cagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccac 108  Q
    |||||||||||||||| ||  | ||||| || |||||| || |  | ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  4493346 cagatagaggcctaattgctagttggtgtccacaagagaaactgctgaaccaccattcgattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaactac 4493247  T
Q  109 tgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattggaatc 208  Q
      ||| ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||||| ||||||||||||  || ||||||  || |||||||||| |     
T  4493246 caaaaacatatgtgccggagtgccaatgttgtgttggcctttctttagtgatcagccaacaaactgtagattgatttgcaatgaattggagattggagta 4493147  T
Q  209 gaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatataatggaga 308  Q
    ||||||||||  ||||| || ||| |  | ||||||||| ||||||||||  | ||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||    | ||||     
T  4493146 gaaatcgataggaatgttaatagagaaaatgtggagaatctggtcaatgagattatggttggagagaaaggaaacaagatgaggagaaaagccacggagt 4493047  T
Q  309 tgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    |||| || ||||| |||||||||||   |||||||||||||    
T  4493046 tgaaaaagaaggcagaggaggacacagtacctggtggttgt 4493006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 11 - 297
Target Start/End: Complemental strand, 4568445 - 4568159
Alignment:
Q  11 gatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactg 110  Q
    |||||||||| ||| ||  ||||||| |||||||||||||| || ||||| |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| ||    |    
T  4568445 gatagaggccaaatagcaagctggtgtccgcaagagcaagtgttgaaccacccttcagttggacgattcttgactcattgtggatggaactccacattgg 4568346  T
Q  111 aaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattggaatcga 210  Q
    ||||||| | |||  |||| |||||||| |||||||| || ||| |||| |||||| || |||| |||||||| || ||||  | |||||| ||||||||    
T  4568345 aaagcatttgtgccagagtaccaatgttatgttggccttttttttctgagcagccaacatactgcagatatatttgtaataagttggagatcggaatcga 4568246  T
Q  211 aatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaa 297  Q
    ||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||  || | |||||||| ||||||||| | |||||||| ||||||||| ||||    
T  4568245 aattgatacaaatgtgaagagagaggaggtggagaagctgatgaatgaattaatggtgggacagaaaggaaaaaagatgaggcaaaa 4568159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 56 - 349
Target Start/End: Original strand, 4504185 - 4504478
Alignment:
Q  56 aaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttg 155  Q
    ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||     
T  4504185 aaccacccttcaatcggaggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagtgtttgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttt 4504284  T
Q  156 ctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaa 255  Q
    |||||||||||   ||  | |    ||| ||| |   |||||||||||| ||  | || ||| | |||||  ||||| | ||||| |||||  |  | ||    
T  4504285 ctgatcagccacttaatagcaacattatttgcgaagaatgggagattgggatgaagattgatgccaatgtacagagagaagaggtagagaaacttattaa 4504384  T
Q  256 tgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatataatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    |||||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4504385 tgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggccatggagttgaagaagaaggcagaggaggacacaagacttggtggttgt 4504478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 119
Target Start/End: Original strand, 4299554 - 4299672
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||| |||||||||||| |||  ||| ||| || ||||| |||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  4299554 tgaaatttcaaatagaggcctaaccgcaagctagtgtccacaagaacaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcactgtggatggaac 4299653  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatat 119  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  4299654 tcaaccattgaaagcatat 4299672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 193 - 291
Target Start/End: Original strand, 4299671 - 4299769
Alignment:
Q  193 atgggagattggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgag 291  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||| | |||||||| ||  || |||||||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  4299671 atgggagattggaatcgaaatcgatacaaatgtgaggagagaggaggtggaaaagctgatcaatgaattgatggtgggagagaaaggagataagatgag 4299769  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 32 - 137
Target Start/End: Original strand, 4391891 - 4391996
Alignment:
Q  32 tggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactgaaagcatatctgctggagttc 131  Q
    ||||| ||| ||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||| || ||||||||||| |||||| ||| ||||||||| | | || ||||||    
T  4391891 tggtgtccgaaagagcaagtattgaaccacccttgaatttgtggattcttaacgcattgtggatgaaactcacccattgaaagcatttgttctagagttc 4391990  T
Q  132 caatgt 137  Q
    ||||||    
T  4391991 caatgt 4391996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 217; Significance: 1e-119; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Original strand, 16686000 - 16686348
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16686000 tgaaatctcagatagaagcctaatcgcgagctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaatcggtggattcttaactcattgtggatggaac 16686099  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||  ||||||||    
T  16686100 tcaaccactgaaagtatatatgctggagttccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccagcaaaatgcagatatatttgcaatgaatgggaga 16686199  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||||| || || |||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||    
T  16686200 ttggcatggaaattgacaccaatgtgaagagagatgaggtggagaaattggtcaatgaattgatggtgggagagaaaggaaagaagatgaggaaaaagat 16686299  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    ||| ||  || | |  |||| ||| || ||| |||||||||||||||||    
T  16686300 aattgaactgcaaatgaaggtggacgaagacccgagacctggtggttgt 16686348  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 151; E-Value: 8e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 339
Target Start/End: Original strand, 20863576 - 20863914
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||||| | || || |||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  20863576 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgagttggtgtccacaagagaaggtgttgaaccatccttcaattggtggatttctaactcattgtggatggaac 20863675  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||| ||||| || ||||| | ||||||||    
T  20863676 tcaaccattgagagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgctggccattttttgctgatcagccgacaaactgcagatacatttgcaacaaatgggaga 20863775  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| |||||||| || || ||||| |||||| | ||||||||||   |||| |||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||| |||| |     
T  20863776 ttgggatcgaaattgacaccaatgtcaagagagaggaggtggagatgctggtaaatgaattgatggtgggagagaaaggaaggaggatgaggcaaaagac 20863875  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacc 339  Q
    ||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||| |||||    
T  20863876 aaatgagttgaagaagaaggcagaggaggacacaagacc 20863914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 1674624 - 1674277
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 101  Q
    |||||||||||||||||||||||  |    ||||| || |||||| |||| || ||||| |||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||    
T  1674624 gaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcaatcggcggattcttgacacactgcggatggaact 1674525  T
Q  102 caaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagat 201  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||  |||| ||||    
T  1674524 caaccactgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagat 1674425  T
Q  202 tggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatata 301  Q
    ||| || ||||| ||||| |||||||||||| | |   |||||||  |  |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||        
T  1674424 tggtatggaaattgatacgaatgtgaagagagagggtttggagaagcttatcaatgaattgatggtgggagagaatggaaaaaagatgaggcaaaaggcc 1674325  T
Q  302 atggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    |||||  ||||||| ||||| |||||| |||| ||||| |||||||||    
T  1674324 atggaattgaagaagaaggcagaggagaacactagaccaggtggttgt 1674277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 65 - 106
Target Start/End: Original strand, 1969140 - 1969181
Alignment:
Q  65 tcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaacc 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  1969140 tcaattggtggattcttgactcattgtggctggaattcaacc 1969181  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 177; Significance: 2e-95; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 177; E-Value: 2e-95
Query Start/End: Original strand, 2 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 3086818 - 3086522
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 101  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3086818 gaaatttcagatagaggtctaatcgcaagctggtgtccgcaagagcaagtattgaatcacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 3086719  T
Q  102 caaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagat 201  Q
    ||||   ||||||| ||  ||||||||| |||||||||||||||||||| | ||  ||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  3086718 caacggttgaaagcgtacttgctggagtgccaatgttgtgttggccattttatggagatcaaccaataaactgtagatatatctgcaatatatgggagat 3086619  T
Q  202 tggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaat 298  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  3086618 tggaattgaaatcgatactaatgtgaagagagaggaggtcgagaagctgatcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggcaaaat 3086522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 63 - 105
Target Start/End: Original strand, 41511442 - 41511484
Alignment:
Q  63 cttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaac 105  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||    
T  41511442 cttcaattggtggatttttgactcattgtggttggaattcaac 41511484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0288 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0288
Description:

Target: scaffold0288; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 346
Target Start/End: Original strand, 3452 - 3797
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  ||||||| || |||||||||||| | | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3452 tgaaatttcagatagaggcctaatcacaagctggtgtccacaagagcaagtactgatccacccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaat 3551  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| |||||| | |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| ||| |||||   ||||||||    
T  3552 tcaaccactgaaagcatatgcgctggagtaccaatgctttgttggccattctttggtgatcagccaacaaactgtagatttatttgcaacgaatgggaga 3651  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    ||||| | ||||||||||   ||||||||||| |||||||||||||  | ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||       
T  3652 ttggacttgaaatcgatatggatgtgaagagagatgaggtggagaagctagtcaatgaattgacggtgggagagaaaggaaagaagatgaggcaaaaggc 3751  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggt 346  Q
      ||||| | ||||| ||||| |||||| |||| ||||| ||||||    
T  3752 cgtggagttaaagaagaaggcagaggagaacactagaccaggtggt 3797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 154; Significance: 1e-81; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 6 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 24103393 - 24103052
Alignment:
Q  6 tttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaac 105  Q
    ||||||||||||| ||||| ||  | ||||| || |||||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  24103393 tttcagatagaggactaatagcaagttggtgtccacaagataaagtgttaaaccacccttcgattggtggattcttgactcattgcggatggaactcaac 24103294  T
Q  106 cactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattgga 205  Q
    |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||| ||| ||| ||  |||||||||||||    
T  24103293 cactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattctttggtgatcaaccaacaaactgtagatttatttgctatgaatgggagattgga 24103194  T
Q  206 atcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatataatgg 305  Q
     ||||||||||||| |||||||||||| |||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||| ||||| | ||||  |  |||    
T  24103193 ctcgaaatcgatacaaatgtgaagagagatgacgtcgagaagttagtcaatgaattgatggtgggagagaacggaaagacgatgaagcaaaaggtcttgg 24103094  T
Q  306 agatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggtt 347  Q
    || | ||||| ||||| || ||| |||| ||| |||||||||    
T  24103093 agttcaagaagaaggcagaagagaacacaagatctggtggtt 24103052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 349
Target Start/End: Original strand, 27999833 - 28000180
Alignment:
Q  2 gaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaact 101  Q
    |||||||||||||||||||||||  |    ||||| || |||||| |||| || ||||| ||||||||  | || ||||||||||| || ||||||||||    
T  27999833 gaaatttcagatagaggcctaatatcaaattggtgtccacaagagaaagttttgaaccacccttcaatcagcgggttcttgactcactgcggatggaact 27999932  T
Q  102 caaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagat 201  Q
    ||||||| ||||||||||  |||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |||  |||| ||||    
T  27999933 caaccaccgaaagcatatgcgctggagtgccaatgttgtgttggtcattttttgctgatcagccaacaaactgtagatttatttgtaatgaatggaagat 28000032  T
Q  202 tggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatata 301  Q
    ||| || ||||| ||||  |||||||||| | | ||  |||||||  |  |||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||        
T  28000033 tggtatggaaattgatatgaatgtgaagatagaggatttggagaagcttatcaatgaattgatggtgggagagaatggaaaaaagatgaggcaaaaggcc 28000132  T
Q  302 atggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||||||    
T  28000133 atggagttgaagaaaaaggcagaggagaacactagaccaggtggttgt 28000180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 59 - 105
Target Start/End: Original strand, 20155244 - 20155290
Alignment:
Q  59 catccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaac 105  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  20155244 catccttcaattggaggattcttgacacattgtggatggaattcaac 20155290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0477 (Bit Score: 145; Significance: 3e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0477
Description:

Target: scaffold0477; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 3e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 333
Target Start/End: Original strand, 4419 - 4751
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| || |||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4419 tgaaatttcagatagaggcctaattgcgagctggtgtccacaagagcaagtactgaaccacccttcaattggtggattcttgactcattgcggatggaac 4518  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||| ||||||||||| ||  ||||| |||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||| | | ||||||| | ||| ||||||||    
T  4519 tcaaccattgaaagcatatgtgtaggagtgccaatgttgtgttggccatttttcgccgatcagccaacaaactatcggtatatctcccatatatgggaga 4618  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
     ||| || ||||| |||||||||||||||||| |  ||||   |||| || ||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||       
T  4619 ctggtatggaaattgatactaatgtgaagagagagaaggtaacgaatatgatcaatgaattgatgtcgggagataaaggaatgaagatgaggcaaaaggc 4718  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacac 333  Q
     |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||    
T  4719 catggagttgaagaagaaggcagaggagaacac 4751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 141; Significance: 7e-74; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 7e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 1281513 - 1281165
Alignment:
Q  1 tgaaatttcagatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaac 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||  | ||||| || |||||| |||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1281513 tgaaatttcagatagaggcctaatagcaagttggtgtccacaagagaaagtgttgaaccacccttcaatcggtggattcttgactcattgcggatggaac 1281414  T
Q  101 tcaaccactgaaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggaga 200  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||| ||| || |||  |||| |||    
T  1281413 tcaaccactgaaagcatatgtgctggagtgccaatgttgtgttggccattttttgctgatcagccaacagactgtagatttatttgtaatgaatggaaga 1281314  T
Q  201 ttggaatcgaaatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaatttggtcaatgaattgatggtgggagataaaggaaagaagatgaggaaaaatat 300  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||| | |||||||  || ||| ||||||||||||| |  || ||| |||||||||| |||||  ||||       
T  1281313 ttggtatggaaatcgatacaaatgtgaagagagaggaggtggctaagttgatcaatgaattgatagccggggatgaaggaaagaatatgagagaaaaggc 1281214  T
Q  301 aatggagatgaagaaaaaggcggaggaggacacgagacctggtggttgt 349  Q
     |||||  |||||||   |||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  1281213 catggaattgaagaaggcggcggaggagaacactagaccgggtggttgt 1281165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0475 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0475
Description:

Target: scaffold0475; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 11 - 246
Target Start/End: Original strand, 3428 - 3662
Alignment:
Q  11 gatagaggcctaatcgcgggctggtgcccgcaagagcaagtattaaaccatccttcaattggtggattcttgactcattgtggatggaactcaaccactg 110  Q
    |||| ||||||| ||||  | ||||| ||| |||||||||| || ||||| |||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||    
T  3428 gatataggcctagtcgcaagatggtgtccgtaagagcaagtgttgaaccaccctt-agttggtggattcttaactcattgtggatggaactcaaccattg 3526  T
Q  111 aaagcatatctgctggagttccaatgttgtgttggccattctttgctgatcagccagcaaactgtagatatatctgcaatacatgggagattggaatcga 210  Q
    ||||||| | | |||||||||||||| || |||||||||| ||  | || ||  || ||||||||||||  || || |||  ||||||||||||||  ||    
T  3527 aaagcatttgttctggagttccaatgctgcgttggccatttttccccgaacactcaacaaactgtagatgcatttggaatgaatgggagattggaagtga 3626  T
Q  211 aatcgatactaatgtgaagagaaatgaggtggagaa 246  Q
    ||| ||| | |||||||||||| | |||||||||||    
T  3627 aatagattccaatgtgaagagagaggaggtggagaa 3662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University