View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12583_low_2 (Length: 807)

Name: NF12583_low_2
Description: NF12583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12583_low_2
NF12583_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (12-807)||(3932463-3933258)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 772; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 772; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 807
Target Start/End: Original strand, 3932463 - 3933258
Alignment:
Q  12 agcagagatggaacgggttgaggagttcaaggttggagattgggttcgtgttcgtccaacccttacaacttcaaagcatggattaggaaatgtggtaccg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  3932463 agcagagatggaacgggttgaggagttcaaggttggagattgggttcgtgttcgtccaacccttacaacttcaaagcatggattaggaaatgtggtacca 3932562  T
Q  112 ggaaccattggcattgtatattgtatccgacctgacagtagtttgttagtcgagttgagctatgttcaaaatccatggcattgtgaaccagaggagattg 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932563 ggaaccattggcattgtatattgtatccgacctgacagtagtttgttagtcgagttgagctatgttcaaaatccatggcattgtgaaccagaggagattg 3932662  T
Q  212 agcatgttcctccttttagggtaagaggaatgtagattattttaattctctgacttaatatttttgtcctatttttgttacatgatttgtatttgtctta 311  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932663 agcatgttcctccttttagggtaagaggaatgtagattattttaattctctgacttaatatttttgtcctatttttgttacatgatttgtatttgtctta 3932762  T
Q  312 cagattggtgatagggtatgtgtgaagcgatctgttgcagaacctagatatgcttggggtggtgagacacatcacagtgttggaagaataagtgagcttg 411  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  3932763 cagattggtgatagggtatgtgtgaagcgatctgtcgcagaacctagatatgcttggggtggtgagacacatcacagtgttggaagaataagtgagattg 3932862  T
Q  412 agaatgatggtctcttaataatagaaataccaaatcgacccataccatggcaagctgatccatctgatatggagaaggtggaagattttaaggtgacaat 511  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932863 agaatgatggtctcttaataatagaaataccaaatcgacccataccatggcaagctgatccatctgatatggagaaggtggaagattttaaggtgacaat 3932962  T
Q  512 tcttttggttgatgttgatcatttgcttccattttaagtttgttaccttgtacttactgggtaatgccttattattgttttcctgtatttaaattgttaa 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3932963 tcttttggttgatgttgatcatttgcttccattttaagtttgttaccttgtacttactgcgtaatgccttattattgttttcctgtatttaaattgttaa 3933062  T
Q  612 tatatctgaaatcaggttggagattgggtcagagtgaaagcttcagtatcttctccaaaatatggatgggaggatattacaaggaacagtattggtgtaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3933063 tatatctgaaatcaggttggagattgggtcagagtgaaagcttcagtatcttctccaaaatatggatgggaggatattacaaggaacagtattggtgtaa 3933162  T
Q  712 ttcatagcttggaagaggatggcgatatgggtgttgccttttgcttcagaagcaagcctttttcgtgctcagtcactgatgtggagaaagttcctc 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3933163 ttcatagcttggaagaggatggcgatatgggtgttgccttttgcttcagaagtaagcctttttcgtgctcggtcactgatgtggagaaagttcctc 3933258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University