View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12583_low_5 (Length: 423)

Name: NF12583_low_5
Description: NF12583
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12583_low_5
NF12583_low_5
[»] chr4 (15 HSPs)
chr4 (1-412)||(5553547-5553958)
chr4 (2-412)||(5852465-5852875)
chr4 (36-406)||(5885840-5886210)
chr4 (36-360)||(5847625-5847949)
chr4 (36-360)||(5894685-5895009)
chr4 (36-412)||(5570616-5570992)
chr4 (36-410)||(5582823-5583197)
chr4 (32-361)||(5858453-5858782)
chr4 (50-344)||(3749358-3749652)
chr4 (117-412)||(5565138-5565433)
chr4 (31-412)||(5559347-5559728)
chr4 (36-227)||(5613629-5613820)
chr4 (117-360)||(5605508-5605751)
chr4 (117-326)||(5538834-5539043)
chr4 (117-181)||(251994-252058)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-309)||(1485695-1485981)
[»] scaffold0454 (1 HSPs)
scaffold0454 (53-309)||(876-1128)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5553958 - 5553547
Alignment:
Q  1 gatgcgataaagaacctgttgacaatgaacaaccaaaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553958 gatgcgataaagaacctgttgacaatgaacaaccaaaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactc 5553859  T
Q  101 taacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattc 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553858 taacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgtgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattc 5553759  T
Q  201 ttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgacc 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5553758 ttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaattttcaaaacctgacc 5553659  T
Q  301 acccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatc 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5553658 acccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatc 5553559  T
Q  401 tccatggttcat 412  Q
    ||||||||||||    
T  5553558 tccatggttcat 5553547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 263; E-Value: 1e-146
Query Start/End: Original strand, 2 - 412
Target Start/End: Original strand, 5852465 - 5852875
Alignment:
Q  2 atgcgataaagaacctgttgacaatgaacaaccaaaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactct 101  Q
    |||||||||||||   ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  5852465 atgcgataaagaatgcgttgaaaatcaacaaccaaaatctacaaaagtttgtccaaaatctgaccaagattaggcaactgtatctagaagatataactct 5852564  T
Q  102 aacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattct 201  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||    
T  5852565 aacatctgaggggcaggaatggagcaatgctttgttgccactgcgtgaactacaaatgttgagcttgtataaatgtgatctagcagggccacttgattct 5852664  T
Q  202 tccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgacca 301  Q
    ||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  5852665 tccctatcaaaactaaggaacctatcagtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgctaattttcaaaacctgacca 5852764  T
Q  302 cccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatct 401  Q
    ||||||||||| ||  ||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||| |||| || ||| || ||||||||| || || |||||| ||||||    
T  5852765 cccttagtctttcagattgtggattgactggtacatttccacagaagatctttcagattggaacactgtctgttattgacataacatacaacagcaatct 5852864  T
Q  402 ccatggttcat 412  Q
    |||||||||||    
T  5852865 ccatggttcat 5852875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 36 - 406
Target Start/End: Original strand, 5885840 - 5886210
Alignment:
Q  36 aaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttg 135  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||  ||||  ||||||||| |||||||||    
T  5885840 aaatctacaaaagcttatccaaaatcttaccaatattaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctccgggatatgaatggagtaatgctttg 5885939  T
Q  136 ttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcatta 235  Q
    || |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||  |||| |||| || || ||||| ||||| ||||||||| | ||||||||||||||||    
T  5885940 ttaccgctgcgtgacttgcaagagttgagcatgtataactgtagtctatcaggaccccttgattcctccctttcaaaactagagaacctatcggtcatta 5886039  T
Q  236 ttcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtac 335  Q
    ||||||    |||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | ||||  |  ||| ||||| |||| |||    
T  5886040 ttcttggcgagaacaatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcaaaattgcggattgacagatac 5886139  T
Q  336 atttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatg 406  Q
    |||||||||||||||||| ||||||  || ||| ||  ||||||||||| |  |||||  |||||||||||    
T  5886140 atttccacaaaagatcttccaaattagaacactgtcaattattgacttatctgacaaccccaatctccatg 5886210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 36 - 360
Target Start/End: Original strand, 5847625 - 5847949
Alignment:
Q  36 aaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttg 135  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||| ||||||| | ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||    
T  5847625 aaatctacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaaatgtatctagatggtataagtataacatctcggggacatgaatggagcaatgctttg 5847724  T
Q  136 ttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcatta 235  Q
    |||||  ||||||| || ||| |||||||||||| | | ||||||||| |||| || || |||||||||||| ||| |||| | |||||  ||||||||     
T  5847725 ttgcctttgcgtgacctgcaaaagttgagcatgtctgattgtgatctatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctgacggtcattg 5847824  T
Q  236 ttcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtac 335  Q
    |||||| |  |||||| ||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | ||||  |   |||||||| |  |||||    
T  5847825 ttcttggtgagaacaacttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtac 5847924  T
Q  336 atttccacaaaagatctttcaaatt 360  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||    
T  5847925 atttccacaaaatatcttccaaatt 5847949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 4e-57
Query Start/End: Original strand, 36 - 360
Target Start/End: Original strand, 5894685 - 5895009
Alignment:
Q  36 aaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttg 135  Q
    |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||| || ||| | |||||||||||||||||    
T  5894685 aaatttacaaaagtttatccaaaatctcaccaatattaggcaactgtatctagatggtataactataacatctcagagacataaatggagcaatgctttg 5894784  T
Q  136 ttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcatta 235  Q
     | ||  ||||||| |||||||| |||||||||| ||| |||||| |  ||||  | || |||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||    
T  5894785 atacctttgcgtgacctacaagaattgagcatgtctaattgtgatttgtcaggatcccttgattcttccctatcaagactacagaacctgtcagtcatta 5894884  T
Q  236 ttcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtac 335  Q
    ||||| || | ||||||||||| ||| |  | ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | ||||  |   |||||||| |  |||||    
T  5894885 ttctttatcgaaacaatttttcatcctcattgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttcgaaagtgtggattgatcggtac 5894984  T
Q  336 atttccacaaaagatctttcaaatt 360  Q
    |||||||||||||||||| ||||||    
T  5894985 atttccacaaaagatcttccaaatt 5895009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 36 - 412
Target Start/End: Original strand, 5570616 - 5570992
Alignment:
Q  36 aaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttg 135  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||   ||||| | |||||| |||| ||| ||| | ||| | || ||||||  ||||||||  ||||||||    
T  5570616 aaatctacagaaatttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtttaaaagctcagggacaagaatggagtgatgctttg 5570715  T
Q  136 ttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcatta 235  Q
    || ||||||||| | || ||||  ||||| |||| | | ||||||||| |||| || ||   |||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||    
T  5570716 tttccgctgcgtaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggacccctttcttcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcatta 5570815  T
Q  236 ttcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtac 335  Q
    |||||||| ||||| |||| || ||||  || |||||||||||| |||||||  |||| || |||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  5570816 ttcttgatgggaactatttctcatccctagtgccagaaacattttccaattttaaaaaactaaccaccctcagtctttcatcttgtggattgacaggtac 5570915  T
Q  336 atttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 412  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| || | | ||  ||||||| ||| ||  |||| ||||||||||||||||||    
T  5570916 atttccacaaaatatctttcaaattggaacattgtcatttattgatttatcattcaactacaatctccatggttcat 5570992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 36 - 410
Target Start/End: Original strand, 5582823 - 5583197
Alignment:
Q  36 aaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttg 135  Q
    ||||||||| || |||||||||||||| ||||   ||||| | |||||| |||| ||| ||| | ||| | || ||||||  |||||||| |||||||||    
T  5582823 aaatctacagaaatttgtccaaaatctgaccagtcttaggaagctgtatctagatggtgtaagtataaaagctcagggacaagaatggaggaatgctttg 5582922  T
Q  136 ttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcatta 235  Q
    ||||| |||| | | || ||||  ||||| |||| | | ||||||||| |||| || || |||||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||    
T  5582923 ttgcccctgcctaacctccaagtattgagtatgtcttattgtgatctatcaggtccccttgattcttccctaacaagactaaagaacctatcagtcatta 5583022  T
Q  236 ttcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtac 335  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||| |||||||| |||||||| ||||  | |||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||     
T  5583023 ttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccacaaacattttccaatttcaaaaaattaaccaccctcagtcttgcatcttgtggattgactggtaa 5583122  T
Q  336 atttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttc 410  Q
    ||||||| |||  ||||||||||||| ||   ||||  ||||||||||| |   |||| ||||||||||||||||    
T  5583123 atttccaaaaaccatctttcaaattggaacgttctcatttattgacttatccttcaactacaatctccatggttc 5583197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 7e-53
Query Start/End: Original strand, 32 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 5858782 - 5858453
Alignment:
Q  32 accaaaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgc 131  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||||||| || ||  | |||||| ||||| ||||  || ||| | || || || |||||| |||||||| ||||||    
T  5858782 accaaaatctacaaaagcttgtgcaaaatctgacaaaactaaggcaattgtatctagatagtgtaagtatatcagctaagggacatgaatggatcaatgc 5858683  T
Q  132 tttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtc 231  Q
    |||||||||| ||||  | |||||||| |||||||||| |  ||||| ||||  ||| || || |||||||||||| |||||||| | |||||||| |||    
T  5858682 tttgttgccgttgcgaaacctacaagaattgagcatgtcttcctgtggtctattaggtccccttgattcttccctaacaaaactagagaacctatcagtc 5858583  T
Q  232 attattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacag 331  Q
    ||||||||||||  |||| ||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||  ||||| |||| ||||| |||||| ||| ||||| |||| | |    
T  5858582 attattcttgatgagaactatttttcatccccagttcctgaaacatttgcaaattttaaaaacttgactaccctcagtcttgcattttgtgcattatccg 5858483  T
Q  332 gtacatttccacaaaagatctttcaaattg 361  Q
    ||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  5858482 gtacatttccacagaagatctttcagattg 5858453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 50 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 3749652 - 3749358
Alignment:
Q  50 ttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtga 149  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||| |||| || |||| | ||||||||   |||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  3749652 ttgtccaaaatctcaccaatattaggcaactatatctagatgggataagtataacatctcgaggacatgaattgagcaatgctttgttgccgttgcgtga 3749553  T
Q  150 actacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaac 249  Q
      | ||||| |||||||||| | |||||||| || |||| || || |||||||||||| ||| |||| | |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  3749552 cttgcaagaattgagcatgtcttactgtgatttatcaggaccccttgattcttccctaacaagactagagaacctatcagtcattattcttgatgggaac 3749453  T
Q  250 aatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaacaggtacatttccaca 344  Q
    |||||||| || || || ||  ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| |||||| |   ||||| ||| || ||||||||||||||    
T  3749452 aatttttcatcaccagtgccgaaaacatttgccaattttaaaaacttgaccaccctcagtcttgcgctttgtgaattgaccggtacatttccaca 3749358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 117 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5565433 - 5565138
Alignment:
Q  117 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaacta 216  Q
    ||||||||||| |  |||||||||| | ||||| |||||||| ||  ||||||  | ||||| |||  |||| || || ||||||||||| |||||||||    
T  5565433 tgaatggagcagtcttttgttgccgttccgtgacctacaagaattaggcatgtcaagctgtggtctttcaggaccccttgattcttccctttcaaaacta 5565334  T
Q  217 aaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacat 316  Q
     | |||||||| ||||||||||||| |   || |||||||| ||||| || ||| ||||||||||||||||  |||||||||||||||| ||||||  |     
T  5565333 gagaacctatcagtcattattcttggtgacaataatttttcatccccagtgccacaaacatttgccaattttaaaaacctgaccaccctcagtcttgtag 5565234  T
Q  317 cttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 412  Q
     |||||| || || ||||||||||||||||| || ||||| ||||||| | | || |||||||||||| ||   ||| ||||||||||||||||||    
T  5565233 attgtgggttgaccggtacatttccacaaaatatttttcagattgaaacattgtctgttattgacttatcatttaactacaatctccatggttcat 5565138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 31 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 5559728 - 5559347
Alignment:
Q  31 aaccaaaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatg 130  Q
    |||| ||||||||||||  |||||| |||| ||||||  ||||||||  ||||| | || ||| ||| | ||||| |  | || | ||||||||||||||    
T  5559728 aacccaaatctacaaaaccttgtccgaaattttaccagtattaggcagttgtatctggatggtgtaattataacagcaaaagggcatgaatggagcaatg 5559629  T
Q  131 ctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggt 230  Q
    ||||||||||| ||||||  ||| ||||  ||| ||||| ||||||  || || |||| || || ||||| || || |||| |||||| ||  ||||| |    
T  5559628 ctttgttgccgttgcgtggtctagaagaactgaccatgtctaactgcaatttaacaggaccccttgattcatctctgtcaagactaaagaatttatcgat 5559529  T
Q  231 cattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacatcttgtggattaaca 330  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||  |||  |||| |||||||||||| || ||||| |||| ||     
T  5559528 cattattcttgatggaaacaatttttcttccccggtgcctgaaacattttccaatttcagaaatttgacaacccttagtcttgcagcttgtagattgact 5559429  T
Q  331 ggtacatttccacaaaagatctttcaaattgaaaaactctccgttattgacttagcacacaacaacaatctccatggttcat 412  Q
    | |||||||||||| |||||||| ||||||| || | | ||  ||||||||||| ||   ||||| ||||||||| ||||||    
T  5559428 gatacatttccacataagatcttccaaattggaacattgtcatttattgacttaacattaaacaaaaatctccatagttcat 5559347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 36 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 5613820 - 5613629
Alignment:
Q  36 aaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttg 135  Q
    |||| |||||||| || |||||||||| ||||| || |||||||||||| |||| ||||||| | |||||||| |||||| |||||||| ||||||||||    
T  5613820 aaatttacaaaagcttatccaaaatctcaccaatatgaggcaactgtatctagatggtataagtataacatctcagggacatgaatggatcaatgctttg 5613721  T
Q  136 ttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatc 227  Q
    |||||  || | || ||||||||  ||||||||| ||||||| ||||| |||| || || ||||||||||| ||||||||| | ||||||||    
T  5613720 ttgcctttgagcgacctacaagaactgagcatgtctaactgtaatctatcaggacctcttgattcttccctttcaaaactagagaacctatc 5613629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 117 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 5605751 - 5605508
Alignment:
Q  117 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaacta 216  Q
    ||||||||||| |  |||||||||||| ||||| |||||||| ||  | ||||   |||||| | |  |||| || || |||||||||||| |||   ||    
T  5605751 tgaatggagcagtcttttgttgccgctccgtgacctacaagaattaggtatgtcagactgtggtttttcaggaccccttgattcttccctagcaaggtta 5605652  T
Q  217 aaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacat 316  Q
     | ||| |||| |||||| |||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||| | |||||       
T  5605651 gagaacttatctgtcattcttcttgatgggaacaatttttcatccccagtgccagaaacatttgccaattttaaaaacctaaccaccctcaatcttaacg 5605552  T
Q  317 cttgtggattaacaggtacatttccacaaaagatctttcaaatt 360  Q
     ||||||||| || || |||||||||||||| || |||||||||    
T  5605551 attgtggattgactggaacatttccacaaaatatatttcaaatt 5605508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 117 - 326
Target Start/End: Original strand, 5538834 - 5539043
Alignment:
Q  117 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaacta 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||| | | ||  ||| ||||  ||| ||||| ||||||| || || |||| || || || || || || |||| ||||    
T  5538834 tgaatggagcaatgctttgttgccgttacatggtctagaagaactgaccatgtctaactgtaatttaacaggacctcttgaatcatctctgtcaagacta 5538933  T
Q  217 aaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagtcttacat 316  Q
     | || |||||| |||||||||| ||| | ||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||  |||  |||| ||||||||||||  ||    
T  5538934 gagaatctatcgatcattattctcgatggaaacaatttttcttccccagtgcctgaaacattttccaatttcagaaatttgactacccttagtcttgaat 5539033  T
Q  317 cttgtggatt 326  Q
    | ||||||||    
T  5539034 catgtggatt 5539043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 117 - 181
Target Start/End: Original strand, 251994 - 252058
Alignment:
Q  117 tgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatc 181  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||||| |||||||||||    
T  251994 tgaatggggcaatgctttgttgccgctgtgtgatctgcaagagttgagcatgtctaactgtgatc 252058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 5e-35; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 18 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 1485981 - 1485695
Alignment:
Q  18 gttgacaatgaacaaccaaaatctacaaaagtttgtccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacct 117  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||     |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   | ||||| ||| |      |||| |    
T  1485981 gttgacaatgaacagcctaaatctacaaaaaaaattccaaaatctaaccaagattcggcaactgtatttagattatgtaactataaaaa-----ggacat 1485887  T
Q  118 gaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaactacaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaa 217  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||   || |||  |||| |||| ||  | ||||| ||||| |||||||||     
T  1485886 gaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagctgcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaactag 1485787  T
Q  218 aaaacctatcggtcattattcttgataggaacaatttttcttcccccgttccagaaacatttgccaatttccaaaacctgaccacccttagt 309  Q
    | |||||| |  ||||||||||||||| ||||||| |||| || ||  |||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||||||    
T  1485786 agaacctaaccatcattattcttgataagaacaatctttcatcgccaattccagaaacatttaccaattttaaaaacctgaccatccttagt 1485695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0454 (Bit Score: 62; Significance: 1e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0454
Description:

Target: scaffold0454; HSP #1
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 53 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 1128 - 876
Alignment:
Q  53 tccaaaatcttaccaagattaggcaactgtatttagaaggtataactctaacatctgagggacctgaatggagcaatgctttgttgccgctgcgtgaact 152  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   | ||||| ||| |      |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  1128 tccaaaatctaaccaagattcggcaactgtatttagattatgtaactataaaaa-----ggacatgaatggagcaatgccttgttgccgctgcgtgagct 1034  T
Q  153 acaagagttgagcatgtataactgtgatctagcagggccactagattcttccctatcaaaactaaaaaacctatcggtcattattcttgataggaacaat 252  Q
     |||| ||||||||||   || |||  |||| |||| ||  | ||||| ||||| ||||||||| | |||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  1033 gcaagtgttgagcatgagcaattgtagtctatcaggacccgttgattcctccctttcaaaactagagaacctaaccatcattattcttgataagaacaat 934  T
Q  253 ttttcttcccccgttccagaaacatttgcc-aatttccaaaacctgaccacccttagt 309  Q
     |||| || ||  |||||||||||||| || |||||  |||||||||||| |||||||    
T  933 ctttcatcgccaattccagaaacatttacctaattttaaaaacctgaccatccttagt 876  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University