View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12598_high_32 (Length: 414)

Name: NF12598_high_32
Description: NF12598
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12598_high_32
NF12598_high_32
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-394)||(24071196-24071572)
chr6 (18-342)||(24079216-24079540)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (18-370)||(28567748-28568100)
chr3 (18-370)||(28574576-28574928)
chr3 (18-380)||(28579628-28579990)
chr3 (18-375)||(26315630-26315989)
chr3 (18-380)||(28585775-28586137)
chr3 (51-332)||(20616973-20617254)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (69-336)||(2601425-2601692)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 337; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 337; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 394
Target Start/End: Original strand, 24071196 - 24071572
Alignment:
Q  18 agcaagttcctttaaacataccaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24071196 agcaagttcctttaaacatatcaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 24071295  T
Q  118 tgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagac 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||||||||||||||||     
T  24071296 tgaagagcgtttgcaacatataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtaaaagttcacaacagaggtatcctacatcgttaagat 24071395  T
Q  218 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  24071396 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtgtttcttcaaacattcttttgttacactt 24071495  T
Q  318 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactcgcagtaatatatat 394  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24071496 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactacattactaactaaatactcccagtaatatatat 24071572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 18 - 342
Target Start/End: Complemental strand, 24079540 - 24079216
Alignment:
Q  18 agcaagttcctttaaacataccaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 117  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24079540 agcaagttcctttaaacatatcaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 24079441  T
Q  118 tgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagac 217  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||| |||||||||||||||||     
T  24079440 tgaagagcgtttgcaacatataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtaaaagttcccaacagaggtatcctacatcgttaagat 24079341  T
Q  218 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24079340 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 24079241  T
Q  318 caagctgtcaaataaatctacacaa 342  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  24079240 caagctgtcaaataaatctacacaa 24079216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Original strand, 28567748 - 28568100
Alignment:
Q  18 agcaagttcctttaaacataccaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 117  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||    
T  28567748 agcaagttcctctaaacatatcaaatccttctcagccttcaaatcatgcatgaatgtgtttttatccataaatcttgacaatccatagtgaagtggattc 28567847  T
Q  118 tgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagac 217  Q
    ||||||| ||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||  ||||||||||||||||||    
T  28567848 tgaagagtgtttgcaacatataaagcatccttatgttcttggtttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacagcagagatatcctacatcgttaagac 28567947  T
Q  218 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 317  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28567948 tatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 28568047  T
Q  318 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaa 370  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  28568048 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcattttattactaa 28568100  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 18 - 370
Target Start/End: Original strand, 28574576 - 28574928
Alignment:
Q  18 agcaagttcctttaaacataccaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 117  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  28574576 agcaagttcctctaaacatatcaaatccttctcagccttcaaatcatggatgaatgtgcttttatccataaatcttgacaagccatagtgaagaggattc 28574675  T
Q  118 tgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagac 217  Q
    ||||||| |||| |||| | || |||||||||||||||||| |||||||| | |||   ||||||||||||||  || ||  ||||||||||||||||||    
T  28574676 tgaagagtgtttacaacatgtatagcttcattatgttcttggtttcttgatagccaattatgtagaagctcacggcagagatatcctacatcgttaagac 28574775  T
Q  218 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 317  Q
     ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  28574776 tatcttctccgtcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagggcaatgaggcctttcaaatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttgcactt 28574875  T
Q  318 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaa 370  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28574876 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaa 28574928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-125
Query Start/End: Original strand, 18 - 380
Target Start/End: Original strand, 28579628 - 28579990
Alignment:
Q  18 agcaagttcctttaaacataccaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 117  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||| || || ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28579628 agcaagttcctctaaacatatcaaatccttctcagccttcaaatcatggatgaatgtgcttttatccatgaatcttgacaagccatagtgaagtggattc 28579727  T
Q  118 tgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagac 217  Q
    ||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||||||||  || ||  ||||||||||||||||||    
T  28579728 tgaagagtgtttgcaacatgtatagcttcattatgttcttggtttcttgatagccatccatgtagaagctcacggcagagatatcctacatcgttaagac 28579827  T
Q  218 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 317  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| || || || |||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  28579828 tatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagtgtaattagaccttttacttcttctccatgtttttctttcaacattcttttgttccactt 28579927  T
Q  318 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactc 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28579928 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactc 28579990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 18 - 375
Target Start/End: Original strand, 26315630 - 26315989
Alignment:
Q  18 agcaagttcctttaaacataccaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 117  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||||| ||| ||||||||||  | || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26315630 agcaagttcctctaaacatagcaaatccttctcatccttcgaatcatggatgaatgcgcttttatccataaatcttgataagccataatgaagtggattc 26315729  T
Q  118 tgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagac 217  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||| |||||||||||| | |||||||| |||| ||||||| ||||||| ||||| | |||||| |||||||||||    
T  26315730 tgaagagtgtttgcaacatatatagcttgattatgttcttggtgtcttgacagccatccatgtagtagctcacgacaaacgtatcctaaatcgttaagac 26315829  T
Q  218 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 317  Q
     |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  26315830 tatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagggcaacgagacctttcacatcctcgccatgtttttcttcgaacattcttttgttacactt 26315929  T
Q  318 caagctgtcaaataaatctacacaaca--attatagttagtcactatattactaactaaa 375  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26315930 caagctgtcaaataaatctgcaaaacaatattatagttagtcactatattactaactaaa 26315989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 18 - 380
Target Start/End: Original strand, 28585775 - 28586137
Alignment:
Q  18 agcaagttcctttaaacataccaaatccttttcagccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattc 117  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||||||| ||  ||||||||| |||||| ||| || || ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  28585775 agcaagttcttctaaacatatcaaatccttctcttccttcaaatcatggattaatgtgcttttatccatgaatcttgacaagccgtagtgaagtggattc 28585874  T
Q  118 tgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcattatgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagac 217  Q
    ||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||| | |||| |||||||||||||||  || ||  ||||||||||||||||||    
T  28585875 tgaagagtgtttgcaacatgtatagcttcattatgttcttggtttcttgatagccatccatgtagaagctcacggcagagatatcctacatcgttaagac 28585974  T
Q  218 gatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacactt 317  Q
     |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| |||||    
T  28585975 tatcttctccttcaatacttagttgtgatgcttcgtaaagagcaataagacctttgacatcctcgccatgtttttctttcaacattcttttgttccactt 28586074  T
Q  318 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttagtcactatattactaactaaatactc 380  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  28586075 caagctgtcaaataaatctacacaacaattatagttggtcactatattactaactaaatactc 28586137  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 20616973 - 20617254
Alignment:
Q  51 agccttcaaattatggatgaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattctgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcatta 150  Q
    ||||||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||| ||||  || |  ||||||| ||||| ||| |||| |||||   ||    
T  20616973 agccttcaaatcattgatgaatatgcttttatccataaatcttgacaaaccatagtgaatagggtattgaagagtgtttgaaacatatatagcttggata 20617072  T
Q  151 tgttcttgatttcttgacaaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagacgatcttctccttcaatacttagttgcgatgctt 250  Q
    || ||||||| |||||  | |||||| || |||||||||||||  ||| | |||| ||| || |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  20617073 tggtcttgatgtcttggaagccatgcttgaagaagctcacaactgaggtaccctaaatcattgagaccatcttctccttcaatacttagttgggatgctt 20617172  T
Q  251 cgtaaagggcaatgagacctttcacatcctcaccatgtttttct-tcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataa 332  Q
    | || | ||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||  ||| ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  20617173 catacaaggcaatgagacctttcacatcctcaccatattttactctcaatgatt-ttttgctacacttcaagcagtcaaataa 20617254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 36; Significance: 0.00000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 69 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 2601692 - 2601425
Alignment:
Q  69 gaatatgtttctatccataaatcttgacaagccataatgaagtggattctgaagagcgtttgcaacgtataaagcttcattatgttcttgatttcttgac 168  Q
    ||||||| || | ||||| || |||||||||||||| ||||||||||   |||||| ||||| ||| |||| ||| ||| | || | ||| |  |||||     
T  2601692 gaatatgcttttttccattaaccttgacaagccatagtgaagtggatatcgaagagtgtttgtaacatatagagcatcactgtgattttggtgacttgat 2601593  T
Q  169 aaccatgcatgtagaagctcacaacaaaggcatcctacatcgttaagacgatcttctccttcaatacttagttgcgatgcttcgtaaagggcaatgagac 268  Q
    | |||| |||| |||||||||| ||  ||    |||| |||||  |||  ||||||||| ||||||||||| || || ||||| || |  ||||||||||    
T  2601592 agccatccatgaagaagctcactactgagatgccctatatcgtcgagatcatcttctccctcaatacttagctgggaggcttcatacatagcaatgagac 2601493  T
Q  269 ctttcacatcctcaccatgtttttcttcaaacattcttttgttacacttcaagctgtcaaataaatct 336  Q
      |||||||||||||||  ||||||   |||  |||| |||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  2601492 tcttcacatcctcaccaaatttttcactaaaatttctcttgttaaacatcaagctgtcaaatatatct 2601425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University