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This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12599_high_1 (Length: 926)
Name: NF12599_high_1
Description: NF12599
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12599_high_1 |
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| [»] scaffold0236 (1 HSPs) |
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| [»] scaffold1432 (1 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold0236 (Bit Score: 701; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:
Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 701; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 905
Target Start/End: Complemental strand, 22025 - 21131
Alignment:
| Q |
26 |
catagagaagtgtcgtatacatggaatggcaacttgaaacgccgccaacgtacactagatttcgaagagaatggaagagcagagattgagaaaggatagg |
125 |
Q |
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| T |
22025 |
catagagaagtgtcgtgcacatggaatggcaacttgaaaaggcactaacgtacactagatgtcgtagaaaatggaagatcagagattgagaaagactagg |
21926 |
T |
|
| Q |
126 |
gttcggttatttttattgttagaaattttacttgtaaggccaagaggatgctgaatttagctaaagccgctataatccaattactcaaaatactgtacta |
225 |
Q |
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| T |
21925 |
gttcagttatttttattgtttgaaattttacttgtaaggccaagaggatggtgaatttagctaaagccgctataatccaattactcaaaatact-----a |
21831 |
T |
|
| Q |
226 |
ctaaaccaagtcactttcaaataccaaacacacccgatacaaactactaaaataaagcaaagcaaaataacaaggaaatcataaaatcaccaacaatgac |
325 |
Q |
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|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
21830 |
gtaaaccaaatcactttcaaataccaaacacacccgatacaaactactaaaataaagcaaagcaaaataacaaggaaatcataaaatcaccaacaatgac |
21731 |
T |
|
| Q |
326 |
attagatctggaatcggatattgatggggtaagaaaaacatggtcttgagtgatgattagcgatttggcatctataattataagactaattttgttatca |
425 |
Q |
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| T |
21730 |
attagatcttgaatcggataatgatgggttaagaaaaacatgatcttgagtgatgattagcgatttggtatctataattataagactaattttgttatca |
21631 |
T |
|
| Q |
426 |
attaatcaccataattgccagaagagatcgattaaaattgatttgcatatgctatgatttataagccaattaagtctccattgaacatagcatatatagc |
525 |
Q |
| |
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|
|
| T |
21630 |
attaatcaccataattgccagaagagatcgattaaaattgatttgcatatgctatgatttataagccaattaagtctccattgaacatagcatatatagc |
21531 |
T |
|
| Q |
526 |
agatcaaataaataaacttcaatgcaacacagtgaataagagcaccaatattttaactcaaaatacgaactttattatattaattaattcatgaa----- |
620 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
|
|
| T |
21530 |
agatcaaataaataaacttcaatgcaacacagcgaataagagcaccaata-tttaactcaaaatacgaactttattatatcaattaattcatgaaacaag |
21432 |
T |
|
| Q |
621 |
----------------acaaagatgatacaccctgccactagataacactacaccatgaaattatgcatcaatattgggcgaggaatcgcccaagaccag |
704 |
Q |
| |
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| T |
21431 |
gtgaacaaaaaagattacaaagatgatacaccctgccactagataacactacaccatgaaattatgcatcaatattgggcgaggaatcgcccaagaccag |
21332 |
T |
|
| Q |
705 |
gcaccatttctgctaccagctggaaattttacagcatttgggccaaacttgaacgtcattgatactgaagcactatccgtcaccatataccccaacaaaa |
804 |
Q |
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| T |
21331 |
gcaccatttctgctaccagctggaaattttacagcatttgggccaaacttgaacgtcattgatactgaagcactatccgtcaccatataccccaacaaaa |
21232 |
T |
|
| Q |
805 |
tcaccccaatttgcaccgatcctcgatctctttcagcaccaagtccgatagcaatatcactgtcgttactgataccggggggtaccgttaccccagccct |
904 |
Q |
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|
| T |
21231 |
tcaccccaatttgcaccgatcctcgatctctctcagcaccaagtccgatagcaatatcacggtcgttactgataccggggggtaccgttaccccagccct |
21132 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1432 (Bit Score: 276; Significance: 1e-154; HSPs: 1)
Name: scaffold1432
Description:
Target: scaffold1432; HSP #1
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 12 - 323
Target Start/End: Original strand, 1334 - 1645
Alignment:
| Q |
12 |
gagatgaaatcgtgcatagagaagtgtcgtatacatggaatggcaacttgaaacgccgccaacgtacactagatttcgaagagaatggaagagcagagat |
111 |
Q |
| |
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|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
1334 |
gagatgaaatcgcgcatagagaagtgtcgtatacatggaatggcaacttgaaaaggcgccaacgtacactagatgtcaaagagaatggaagagcagagat |
1433 |
T |
|
| Q |
112 |
tgagaaaggatagggttcggttatttttattgttagaaattttacttgtaaggccaagaggatgctgaatttagctaaagccgctataatccaattactc |
211 |
Q |
| |
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||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
1434 |
tgagagaggatagggttcggttatttttattgtttgaaattttacttgtaaggccaagaggatgctgaatttagctaaagccgctataatccaattactc |
1533 |
T |
|
| Q |
212 |
aaaatactgtactactaaaccaagtcactttcaaataccaaacacacccgatacaaactactaaaataaagcaaagcaaaataacaaggaaatcataaaa |
311 |
Q |
| |
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|
|
| T |
1534 |
aaaatactgtactactaaaccaagtcactttcaaataccaaacacacccgatacaaactactaaaataaagcaaagcaaaataacaaggaaatcataaat |
1633 |
T |
|
| Q |
312 |
tcaccaacaatg |
323 |
Q |
| |
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| T |
1634 |
tcaccaaaaatg |
1645 |
T |
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