View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF1259_high_5 (Length: 629)
Name: NF1259_high_5
Description: NF1259
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF1259_high_5 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 534; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 534; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 33 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 43114617 - 43114026
Alignment:
| Q |
33 |
caattttagatgtcaccaatcaccataatctctaacatatactaggttacaacactattatgttcaaatgtgaccgattagatccacgttcactataaat |
132 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |
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| T |
43114617 |
caattttagatgtcaccaatcaccataatctcaaacatatactaggttacaacactattatgttcaaatgtgaccgattaaatccacgttcactatgaat |
43114518 |
T |
|
| Q |
133 |
agataaaatattagatatactatgataaacgactcatagttaaatgatgttttagcagagatattatgtttctttttcgtgttttgaagcattaatctgt |
232 |
Q |
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|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
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| T |
43114517 |
agataaaatattggatatactatgataaatgactcatagttaagtgatattttagcatagatattatgtttctttttcgtgttttgaagcattaatttgt |
43114418 |
T |
|
| Q |
233 |
tg---ctgtcaactctccacctatatcatgaacacaaattgtcttctccagctgatctaaccaaagcattctaatactcaaaatacaaaacaatgacaca |
329 |
Q |
| |
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|| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43114417 |
tgttgctgtcaactctccacctatatcatgaacacagattgtcttctccagctaatctaaccaaagcattctaatactcaaaatacaaaacaatgacaca |
43114318 |
T |
|
| Q |
330 |
tatccccacatttctgcaaaaaggctgattcctacaccccccacatgcaactgcactcccacagtatctgccattgctagaaacagaacaaaacaagctt |
429 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43114317 |
tatccccacatttctgcaaaaaggctgattcctacaccccccacatgcaactgcactcccacagtatctgccattgctagaaacagaacaaaacaagctt |
43114218 |
T |
|
| Q |
430 |
ttatctaacatgtagtaacacaaaagttcactcttctctttcactctctctcttttattcaattatcagagagacacagtttgacacttgttcagtccgt |
529 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
43114217 |
ttatctaacatgtagtaacacaaaagttcactcttctctttcactctctctcttttattcaattatcagagagacacagtttgacacttgttcagtccgt |
43114118 |
T |
|
| Q |
530 |
tccctgtcatggcatgcttaatacacccctcacatttattactttttaccactttgccatttccatttattactatttcagtgtttcatctc |
621 |
Q |
| |
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| T |
43114117 |
tccctgtcatggcatgcttaatacacccctcacatttattactttttaccactttgccatttccatttattactatttcagtgtttcatctc |
43114026 |
T |
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