View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1260_low_9 (Length: 314)

Name: NF1260_low_9
Description: NF1260
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1260_low_9
NF1260_low_9
[»] chr3 (24 HSPs)
chr3 (92-239)||(11839735-11839882)
chr3 (93-238)||(38455561-38455706)
chr3 (103-239)||(10766892-10767028)
chr3 (92-239)||(10244344-10244491)
chr3 (93-239)||(8331789-8331935)
chr3 (110-240)||(17055821-17055951)
chr3 (92-237)||(11846073-11846218)
chr3 (93-238)||(38449074-38449219)
chr3 (92-239)||(10238222-10238369)
chr3 (92-239)||(10760660-10760807)
chr3 (92-239)||(49151614-49151761)
chr3 (92-239)||(49157681-49157828)
chr3 (93-239)||(42191231-42191377)
chr3 (93-239)||(42197173-42197319)
chr3 (92-240)||(30051112-30051260)
chr3 (92-240)||(55003422-55003570)
chr3 (130-240)||(34300498-34300608)
chr3 (92-240)||(53069064-53069213)
chr3 (131-238)||(17593331-17593438)
chr3 (92-209)||(48128057-48128174)
chr3 (120-226)||(28964884-28964989)
chr3 (160-225)||(13445077-13445142)
chr3 (105-240)||(46656685-46656820)
chr3 (131-235)||(12108716-12108820)
[»] chr7 (16 HSPs)
chr7 (92-239)||(351788-351935)
chr7 (92-239)||(3811179-3811326)
chr7 (92-239)||(3817321-3817468)
chr7 (92-239)||(28420969-28421116)
chr7 (105-235)||(339377-339507)
chr7 (92-237)||(42767305-42767450)
chr7 (110-237)||(5849529-5849656)
chr7 (124-239)||(20238953-20239068)
chr7 (103-240)||(30219267-30219404)
chr7 (92-240)||(35148014-35148163)
chr7 (92-226)||(12804015-12804149)
chr7 (105-237)||(43539989-43540121)
chr7 (105-225)||(26383642-26383762)
chr7 (123-237)||(5979215-5979329)
chr7 (130-235)||(22741973-22742076)
chr7 (133-223)||(18666547-18666635)
[»] chr8 (17 HSPs)
chr8 (93-239)||(5542171-5542317)
chr8 (92-239)||(32890891-32891038)
chr8 (92-239)||(32897015-32897162)
chr8 (119-240)||(14417942-14418063)
chr8 (92-240)||(9935280-9935428)
chr8 (92-237)||(42993014-42993158)
chr8 (103-231)||(14799437-14799564)
chr8 (92-231)||(7771242-7771381)
chr8 (103-237)||(36818976-36819109)
chr8 (105-226)||(1882775-1882897)
chr8 (105-226)||(22219739-22219861)
chr8 (105-232)||(39735575-39735702)
chr8 (143-237)||(10700034-10700127)
chr8 (160-237)||(10705842-10705918)
chr8 (105-226)||(39727343-39727455)
chr8 (92-150)||(1171414-1171472)
chr8 (113-191)||(17954557-17954635)
[»] scaffold0236 (1 HSPs)
scaffold0236 (92-239)||(5537-5684)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (92-239)||(8650813-8650960)
chr6 (92-239)||(21782763-21782910)
chr6 (92-237)||(4580331-4580476)
chr6 (92-239)||(32035296-32035443)
chr6 (92-223)||(8662791-8662922)
chr6 (123-237)||(21783350-21783462)
chr6 (123-237)||(21789573-21789685)
chr6 (92-237)||(21197031-21197174)
chr6 (110-239)||(21190894-21191023)
chr6 (92-237)||(25354216-25354360)
chr6 (92-240)||(31756225-31756373)
chr6 (123-237)||(25343629-25343742)
chr6 (133-237)||(21770609-21770711)
chr6 (105-240)||(18778584-18778719)
chr6 (117-240)||(17581636-17581750)
chr6 (116-211)||(34603365-34603459)
chr6 (116-211)||(34724642-34724736)
chr6 (116-223)||(6097999-6098103)
chr6 (161-207)||(1106248-1106294)
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (93-238)||(6257216-6257361)
chr4 (92-239)||(10733256-10733403)
chr4 (92-239)||(10739349-10739496)
chr4 (92-239)||(10947025-10947172)
chr4 (92-239)||(10953118-10953265)
chr4 (105-240)||(24287988-24288123)
chr4 (117-237)||(26963376-26963494)
chr4 (123-238)||(33458308-33458423)
chr4 (119-237)||(48160964-48161081)
chr4 (119-237)||(48167183-48167300)
chr4 (105-224)||(49976607-49976723)
chr4 (110-226)||(50168609-50168724)
chr4 (123-237)||(33461434-33461547)
chr4 (110-223)||(3769586-3769698)
chr4 (92-171)||(34308081-34308160)
chr4 (130-225)||(44831660-44831755)
chr4 (160-240)||(4632393-4632472)
chr4 (105-207)||(19686351-19686453)
chr4 (92-182)||(26956839-26956929)
chr4 (92-155)||(4632873-4632936)
chr4 (105-202)||(9237402-9237499)
chr4 (182-240)||(50427369-50427427)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (92-240)||(36750416-36750564)
chr2 (92-239)||(28682955-28683102)
chr2 (92-240)||(35090659-35090807)
chr2 (93-239)||(13456102-13456248)
chr2 (93-239)||(13462043-13462189)
chr2 (92-240)||(35084686-35084834)
chr2 (117-223)||(23343579-23343685)
chr2 (92-237)||(31002381-31002526)
chr2 (92-237)||(31008359-31008504)
chr2 (92-237)||(30965332-30965477)
chr2 (118-237)||(44716840-44716960)
chr2 (92-226)||(13149696-13149829)
chr2 (116-237)||(11048587-11048708)
chr2 (105-189)||(35438732-35438816)
chr2 (93-194)||(29833255-29833356)
chr2 (110-150)||(1388047-1388087)
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (92-239)||(12686189-12686336)
chr5 (92-239)||(12692291-12692438)
chr5 (92-239)||(28525396-28525543)
chr5 (92-239)||(28531492-28531639)
chr5 (92-240)||(32094170-32094317)
chr5 (103-237)||(7389569-7389702)
chr5 (92-240)||(24054335-24054484)
chr5 (93-226)||(41297292-41297425)
chr5 (92-240)||(32096971-32097118)
chr5 (105-233)||(30772291-30772420)
chr5 (117-224)||(19066142-19066249)
chr5 (92-238)||(30384388-30384533)
chr5 (92-209)||(16215184-16215301)
chr5 (108-226)||(19059790-19059908)
chr5 (92-206)||(14610184-14610298)
chr5 (160-237)||(20500142-20500219)
chr5 (106-207)||(37896322-37896423)
chr5 (143-209)||(28542270-28542336)
chr5 (105-209)||(26316815-26316919)
chr5 (192-240)||(8706532-8706580)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (119-240)||(656-777)
[»] chr1 (14 HSPs)
chr1 (92-237)||(25387514-25387659)
chr1 (116-239)||(34739988-34740111)
chr1 (92-237)||(44410016-44410159)
chr1 (92-237)||(25381545-25381690)
chr1 (92-239)||(50306192-50306338)
chr1 (92-237)||(1078228-1078373)
chr1 (119-226)||(24963739-24963846)
chr1 (117-226)||(24926789-24926898)
chr1 (114-240)||(12183616-12183741)
chr1 (103-237)||(8092867-8093001)
chr1 (92-237)||(31058049-31058193)
chr1 (123-237)||(31051549-31051662)
chr1 (105-226)||(38151998-38152113)
chr1 (123-240)||(27955168-27955279)
[»] scaffold0440 (1 HSPs)
scaffold0440 (92-239)||(1204-1351)
[»] scaffold0208 (2 HSPs)
scaffold0208 (118-239)||(6525-6646)
scaffold0208 (106-239)||(12398-12532)
[»] scaffold0012 (1 HSPs)
scaffold0012 (116-239)||(172924-173047)
[»] scaffold0085 (1 HSPs)
scaffold0085 (92-237)||(38434-38577)
[»] scaffold0185 (1 HSPs)
scaffold0185 (105-193)||(5971-6059)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 24)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 11839735 - 11839882
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  11839735 cagatttcatgatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 11839834  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11839835 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 11839882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 7e-46
Query Start/End: Original strand, 93 - 238
Target Start/End: Original strand, 38455561 - 38455706
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38455561 agatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgatttatca 38455660  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttc 238  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  38455661 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttc 38455706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 103 - 239
Target Start/End: Original strand, 10766892 - 10767028
Alignment:
Q  103 atacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaa 202  Q
    |||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  10766892 atacatgttcaacaattataaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgaccggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaa 10766991  T
Q  203 gaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10766992 gaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 10767028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 10244344 - 10244491
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10244344 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 10244443  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10244444 aaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 10244491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 8331935 - 8331789
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    ||||||||| | |||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  8331935 agattttataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 8331836  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8331835 aggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 8331789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 110 - 240
Target Start/End: Original strand, 17055821 - 17055951
Alignment:
Q  110 ttcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 209  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17055821 ttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 17055920  T
Q  210 attattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
      ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  17055921 ggtattaggaatacctggataaagctttcat 17055951  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Original strand, 11846073 - 11846218
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  11846073 cagattttataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 11846172  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  11846173 aagtatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 11846218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 93 - 238
Target Start/End: Original strand, 38449074 - 38449219
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  38449074 agatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgatttatca 38449173  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttc 238  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||    
T  38449174 aggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttc 38449219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 10238222 - 10238369
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| | ||||||| ||||||||||||||||    
T  10238222 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcagatctacgacatgtttgatttatc 10238321  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10238322 aaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 10238369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 10760660 - 10760807
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||||| |||||| |||||||||||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10760660 cagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 10760759  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10760760 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 10760807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 49151761 - 49151614
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  49151761 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatt 49151662  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  49151661 aaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttca 49151614  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 49157828 - 49157681
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  49157828 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatt 49157729  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  49157728 aaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttca 49157681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 42191231 - 42191377
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  42191231 agatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 42191330  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42191331 agggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 42191377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 42197173 - 42197319
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  42197173 agatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 42197272  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  42197273 agggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 42197319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 30051112 - 30051260
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||| | | ||||||| ||||||||||||||||    
T  30051112 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattataatcagatctacgacatgtttgatttatc 30051211  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30051212 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttcat 30051260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 55003422 - 55003570
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||| |||||||    
T  55003422 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttaatttatc 55003521  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||| ||||||||||||||  |||||| |||| ||| |||||||||||||    
T  55003522 aagtatattaagaattagggtattagaaatatctggataaagctttcat 55003570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 130 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 34300608 - 34300498
Alignment:
Q  130 agcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcat 229  Q
    ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||    
T  34300608 agcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatatttgatttataaaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaat 34300509  T
Q  230 aaagctttcat 240  Q
     ||||||||||    
T  34300508 taagctttcat 34300498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 53069064 - 53069213
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    |||||||||| | |||| ||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||  ||||||||||||||||    
T  53069064 cagattttataaaacatgttcaacaattataaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctatgacatgtttgatttatc 53069163  T
Q  192 aaggatattaagaatta-gattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||| | |  ||||| ||||||||| ||||| |||||||    
T  53069164 aaggatattaagaatcaggggtattaagaatacctggataaaactttcat 53069213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 6e-28
Query Start/End: Original strand, 131 - 238
Target Start/End: Original strand, 17593331 - 17593438
Alignment:
Q  131 gcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcata 230  Q
    |||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||||||  ||||||||||||||| |||    
T  17593331 gcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttaatttatcaagaatattaagaattagggtattaggaatacctggata 17593430  T
Q  231 aagctttc 238  Q
    || |||||    
T  17593431 aacctttc 17593438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 92 - 209
Target Start/End: Original strand, 48128057 - 48128174
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| |||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||| || ||||| ||| ||||| |||||||||||||||     
T  48128057 cagatttcatgaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaaacaaacaaaacattgaacatgattatgatcggttctacgacatgtttgatttatt 48128156  T
Q  192 aaggatattaagaattag 209  Q
    ||| ||||||||||||||    
T  48128157 aagaatattaagaattag 48128174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 120 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 28964989 - 28964884
Alignment:
Q  120 atgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattagga 219  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| || | |||||  |||||||    
T  28964989 atgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaagatatcaatagttaga-aattagga 28964891  T
Q  220 atacctg 226  Q
    |||||||    
T  28964890 atacctg 28964884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 160 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 13445142 - 13445077
Alignment:
Q  160 tatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacct 225  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  13445142 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatacct 13445077  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 105 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 46656820 - 46656685
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| |||||||| ||||||| || ||| |||| ||| ||||||||||| |  | ||||| ||||||||| | |||||||||||||||| |||||| |||    
T  46656820 acatgttcaataaatatgaattaatagctgaagtaaataaaacattcaatataattatgatcggatctacgatatgtttgatttatcaatgatattgaga 46656721  T
Q  205 attagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    || ||  |||||| |||||||| || ||||||||||    
T  46656720 atgagggtattagaaatacctgaatgaagctttcat 46656685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 131 - 235
Target Start/End: Original strand, 12108716 - 12108820
Alignment:
Q  131 gcggaagcaaa-caaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcat 229  Q
    ||||||||||| ||||||||| || | || |||||   ||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||| ||||||||| ||    
T  12108716 gcggaagcaaatcaaaacattgaatatgattatgatttgatctaagacatgtttgatttatcaaggatattaacaattag-gtattaagaatacctgaat 12108814  T
Q  230 aaagct 235  Q
     |||||    
T  12108815 gaagct 12108820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 96; Significance: 4e-47; HSPs: 16)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 351935 - 351788
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  351935 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 351836  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  351835 aaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 351788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 3811179 - 3811326
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  3811179 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 3811278  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3811279 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 3811326  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 96; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 3817321 - 3817468
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  3817321 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 3817420  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3817421 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 3817468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 28420969 - 28421116
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  28420969 cagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 28421068  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28421069 aaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 28421116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 105 - 235
Target Start/End: Complemental strand, 339507 - 339377
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  339507 acatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaaga 339408  T
Q  205 attagattattaggaatacctgcataaagct 235  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||||||    
T  339407 attaggctattaggaatacctggataaagct 339377  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Original strand, 42767305 - 42767450
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||| |||| |||||||||||    
T  42767305 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatatttgatttatc 42767404  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||    
T  42767405 aaggatattaagaattagggtattaggaatatctggataaagcttt 42767450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 110 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 5849656 - 5849529
Alignment:
Q  110 ttcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 209  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5849656 ttcaatgattatgaatcaatagcggaagcaaccaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattag 5849557  T
Q  210 attattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
      ||||||||||||||| || |||||||    
T  5849556 gatattaggaatacctggatgaagcttt 5849529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 124 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 20239068 - 20238953
Alignment:
Q  124 atcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatac 223  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  20239068 atcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaatac 20238969  T
Q  224 ctgcataaagctttca 239  Q
    ||| ||||||||||||    
T  20238968 ctggataaagctttca 20238953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 103 - 240
Target Start/End: Original strand, 30219267 - 30219404
Alignment:
Q  103 atacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaa 202  Q
    |||||| ||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||| || |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| || ||||||||    
T  30219267 atacatgttcaataattatgaatcattagcggaatcaaacaaaacgttgaacatgaatatgaacggatctacgacatgtttgatttattaaagatattaa 30219366  T
Q  203 gaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||   ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  30219367 gaattatggtattaggaatatctggataaagctttcat 30219404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 35148014 - 35148163
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||    
T  35148014 cagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacacgtttgatttatc 35148113  T
Q  192 aaggatattaagaatta-gattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35148114 aaggatattaagaattaggggtattaggaatacctggataaagctttcat 35148163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 92 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 12804149 - 12804015
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| |||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12804149 cagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaagcaaaacattgaacatgaacatgaacggatctacgacatgtttgatttatc 12804050  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctg 226  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  12804049 aagaatattaagaattagggtattaagaatacctg 12804015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 105 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 43540121 - 43539989
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||| ||| |||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |    
T  43540121 acatgttcaataattatgaatcaatagcggaattaaataaaatattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgatttatcaagaatattaaaa 43540022  T
Q  205 attagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||  ||||| ||||||||| || |||||||    
T  43540021 attagggtattatgaatacctggatgaagcttt 43539989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 105 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 26383762 - 26383642
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||||| ||| |||| ||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  26383762 acatgttcaacaattatgaatcaacaacagaaacaaacaaaatattgaacatgatcatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagcatactaaga 26383663  T
Q  205 attagattattaggaatacct 225  Q
    |||||  ||||||||||||||    
T  26383662 attagggtattaggaatacct 26383642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 123 - 237
Target Start/End: Original strand, 5979215 - 5979329
Alignment:
Q  123 aatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaata 222  Q
    |||||| |||| |||||||||||  ||| |||| || |||||  |||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  5979215 aatcaatagcgaaagcaaacaaactattgaacatgattatgattggatctacgacatgtttgatttattaaggatgttaagaattagggtattaggaata 5979314  T
Q  223 cctgcataaagcttt 237  Q
    |||| ||||||||||    
T  5979315 cctggataaagcttt 5979329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 130 - 235
Target Start/End: Original strand, 22741973 - 22742076
Alignment:
Q  130 agcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcat 229  Q
    |||||||||||||  |||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||| || |||||  ||||||||||||||| ||    
T  22741973 agcggaagcaaactgaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattgaggattag-gtattaggaatacctggat 22742070  T
Q  230 aaagct 235  Q
     |||||    
T  22742071 gaagct 22742076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 133 - 223
Target Start/End: Original strand, 18666547 - 18666635
Alignment:
Q  133 ggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatac 223  Q
    |||||||||||||||||| |||  || ||||| | ||| ||| |||||||||||||| ||| |||||||| |||||||  |||||||||||    
T  18666547 ggaagcaaacaaaacattgaacttgattatgatcagat-tacgacatgtttgatttagcaatgatattaataattaga-cattaggaatac 18666635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 17)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Original strand, 5542171 - 5542317
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    ||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  5542171 agattttataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 5542270  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||||    
T  5542271 aggatattaagaattagggtattaggaatacctagataaagctttca 5542317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 32891038 - 32890891
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  32891038 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttacc 32890939  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32890938 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 32890891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 32897162 - 32897015
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  32897162 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttacc 32897063  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32897062 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 32897015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 119 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 14418063 - 14417942
Alignment:
Q  119 tatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattagg 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  14418063 tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattagg 14417964  T
Q  219 aatacctgcataaagctttcat 240  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  14417963 aatacctggataaagctttcat 14417942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 9935428 - 9935280
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  9935428 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 9935329  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  9935328 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaatctttcat 9935280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Original strand, 42993014 - 42993158
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  42993014 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 42993113  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    || |||||||||||||||  ||||||||||||||  ||||||||||    
T  42993114 aa-gatattaagaattagggtattaggaataccttgataaagcttt 42993158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 103 - 231
Target Start/End: Original strand, 14799437 - 14799564
Alignment:
Q  103 atacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaa 202  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  14799437 atacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaa 14799535  T
Q  203 gaattagattattaggaatacctgcataa 231  Q
    |||||||  ||||||||||||||| ||||    
T  14799536 gaattagggtattaggaatacctggataa 14799564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 92 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7771381 - 7771242
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  7771381 cagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttacc 7771282  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataa 231  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||    
T  7771281 aaggatattaagaattagggtattaagaatacctggataa 7771242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 103 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 36819109 - 36818976
Alignment:
Q  103 atacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaa 202  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||| || | || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  36819109 atacatgttcaacaattatgaatcaatagtggaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaa 36819011  T
Q  203 gaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  36819010 gaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 36818976  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 105 - 226
Target Start/End: Original strand, 1882775 - 1882897
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatct-acaacatgtttgatttatcaaggatattaag 203  Q
    |||| ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||| |||||    
T  1882775 acatgttcaacaattaagaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaacggatctaatgacatgtttgatttatcaaggatgttaag 1882874  T
Q  204 aattagattattaggaatacctg 226  Q
    ||||||  |||||||||||||||    
T  1882875 aattagggtattaggaatacctg 1882897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 105 - 226
Target Start/End: Original strand, 22219739 - 22219861
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaac-aaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaag 203  Q
    |||| ||||||| ||||||||||| ||| |||| |||  ||||| || |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  22219739 acatgttcaatagttatgaatcaatagcagaagaaaaagaaaactttgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaag 22219838  T
Q  204 aattagattattaggaatacctg 226  Q
    ||||||  |||||||||||||||    
T  22219839 aattagggtattaggaatacctg 22219861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 8e-21
Query Start/End: Original strand, 105 - 232
Target Start/End: Original strand, 39735575 - 39735702
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||| |||| || |||||  | |||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  39735575 acatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagtaaataaaatattgaacatgattatgattgtatctacgacatgtttgatttatcaaagatattaaga 39735674  T
Q  205 attagattattaggaatacctgcataaa 232  Q
    | |||  ||| ||||||||||| |||||    
T  39735675 actagggtataaggaatacctggataaa 39735702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 143 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 10700127 - 10700034
Alignment:
Q  143 aaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||| ||||    
T  10700127 aaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaatatctggataaaacttt 10700034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 160 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 10705918 - 10705842
Alignment:
Q  160 tatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||| |||||| ||||||||||    
T  10705918 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaag-atattaagaattagggtattaggattacctggataaagcttt 10705842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 105 - 226
Target Start/End: Original strand, 39727343 - 39727455
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |||| || ||||| |         |||||||||||||||||||||||||||||    
T  39727343 acatgttcaacaattatgaatcaataacggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatc---------acatgtttgatttatcaaggatattaaga 39727433  T
Q  205 attagattattaggaatacctg 226  Q
    |||||  ||| || ||||||||    
T  39727434 attagggtataagaaatacctg 39727455  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 150
Target Start/End: Complemental strand, 1171472 - 1171414
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacatt 150  Q
    ||||||| |||| |||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  1171472 cagatttcatgaaacatattcaacaattatgattcaaccgcggaagcaaacaaaacatt 1171414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 113 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 17954635 - 17954557
Alignment:
Q  113 aataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||| | |||||| |||| ||||||||  ||||| |||||||||||||| ||||    
T  17954635 aataattatgaatcattaacggaagcaaaaacaacattaaacatgaatatgattggatccacaacatgtttgatctatc 17954557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0236 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 1)
Name: scaffold0236
Description:

Target: scaffold0236; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 5684 - 5537
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  5684 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 5585  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5584 aaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 5537  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 92; Significance: 1e-44; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 1e-44
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 8650813 - 8650960
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  8650813 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 8650912  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  8650913 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 8650960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 21782763 - 21782910
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  21782763 cagatttcataatacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 21782862  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  21782863 aaggatattaagaattagggtattaggaatagctggataaagctttca 21782910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Original strand, 4580331 - 4580476
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  4580331 cagatttcataatacatgttcaacaactatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttacc 4580430  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  4580431 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 4580476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 32035296 - 32035443
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  32035296 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 32035395  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  32035396 aaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttca 32035443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 92 - 223
Target Start/End: Original strand, 8662791 - 8662922
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  8662791 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 8662890  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatac 223  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  8662891 aaggatattaagaattaggctattaggaatac 8662922  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 123 - 237
Target Start/End: Original strand, 21783350 - 21783462
Alignment:
Q  123 aatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaata 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  21783350 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattag--tattaggaata 21783447  T
Q  223 cctgcataaagcttt 237  Q
    |||| ||||||||||    
T  21783448 cctgaataaagcttt 21783462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 123 - 237
Target Start/End: Original strand, 21789573 - 21789685
Alignment:
Q  123 aatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaata 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||    
T  21789573 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattag--tattaggaata 21789670  T
Q  223 cctgcataaagcttt 237  Q
    |||| ||||||||||    
T  21789671 cctgaataaagcttt 21789685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Original strand, 21197031 - 21197174
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21197031 cagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataagtatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 21197130  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||| |||||||||  ||||| ||||||||| ||||| ||||    
T  21197131 aaggatatcaagaattag--tattatgaatacctggataaatcttt 21197174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 110 - 239
Target Start/End: Original strand, 21190894 - 21191023
Alignment:
Q  110 ttcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 209  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | || ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  21190894 ttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgatatatttgatttatcaaagatattaagaattag 21190993  T
Q  210 attattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
      |||||| |||||||| ||||||||||||    
T  21190994 ggtattagaaatacctggataaagctttca 21191023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 25354360 - 25354216
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||  | |||||| |||||||||||||||| |||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  25354360 cagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaagcattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 25354261  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  25354260 aa-gatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 25354216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 31756225 - 31756373
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||| |||| || ||| | ||||||||| |||||||||| |||||    
T  31756225 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaacaacggaagcaaataaaacattgaacatgattataatcggatctacgacatgtttgaattatc 31756324  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||| ||| ||| |||||||||    
T  31756325 aaggatattaagaattagggtattatgaatatctggatagagctttcat 31756373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 123 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 25343742 - 25343629
Alignment:
Q  123 aatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaata 222  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  25343742 aatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatttttgatttatcaa-gatattaagaattagagtattaggaata 25343644  T
Q  223 cctgcataaagcttt 237  Q
    |||  ||||||||||    
T  25343643 cctagataaagcttt 25343629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 133 - 237
Target Start/End: Original strand, 21770609 - 21770711
Alignment:
Q  133 ggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaa 232  Q
    ||||| |||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||| |||||    
T  21770609 ggaagtaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattag--tattaggaatatctgaataaa 21770706  T
Q  233 gcttt 237  Q
    |||||    
T  21770707 gcttt 21770711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 105 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 18778719 - 18778584
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||||  | ||||| ||||||||| || | |||||||||||||  |||||||||    
T  18778719 acatgttcaataattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacgttgaacataattatgatcggatctacgacgtatttgatttatcaa-tatattaaga 18778621  T
Q  205 atta-gattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    |||| |  | ||||||||||||| ||||| |||||||    
T  18778620 attaggggttttaggaatacctggataaaactttcat 18778584  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 117 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 17581750 - 17581636
Alignment:
Q  117 attatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatta 216  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||| || ||| |  |||||||| |||||||||||||| |         |||||||||  |||||    
T  17581750 attatgaatcgatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattattataggatctacgacatgtttgatttacc---------aagaattagggtatta 17581660  T
Q  217 ggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    |||||||||| |||||||||||||    
T  17581659 ggaatacctggataaagctttcat 17581636  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 211
Target Start/End: Original strand, 34603365 - 34603459
Alignment:
Q  116 aattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagat 211  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||| |||| ||||  | ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34603365 aattatgaataaatagcg-aagcaaacaaagcattgaacataattatgatcggatctatggcatgtttgatttatcaaggatattaacaattagat 34603459  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 116 - 211
Target Start/End: Original strand, 34724642 - 34724736
Alignment:
Q  116 aattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagat 211  Q
    |||||||||| || |||| ||||||||||| |||| ||||  | ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  34724642 aattatgaataaatagcg-aagcaaacaaagcattgaacataattatgatcggatctatggcatgtttgatttatcaaggatattaacaattagat 34724736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 116 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 6098103 - 6097999
Alignment:
Q  116 aattatgaatcaac-agcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattat 214  Q
    |||||||||||||  |||||||| | |||||||||| |||| |||   |||||||||||| || ||||||||||||||| ||| |||||||||||  |||    
T  6098103 aattatgaatcaaatagcggaagtagacaaaacattgaacatgaa---gaacggatctacgacgtgtttgatttatcaa-gatgttaagaattagggtat 6098008  T
Q  215 taggaatac 223  Q
    |||||||||    
T  6098007 taggaatac 6097999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 161 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 1106294 - 1106248
Alignment:
Q  161 atgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaatt 207  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||    
T  1106294 atgatcggatctacaacatgtttgattcatcaagaatattaataatt 1106248  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 93 - 238
Target Start/End: Original strand, 6257216 - 6257361
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| ||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6257216 agatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgatttatca 6257315  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttc 238  Q
    ||||| |||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||    
T  6257316 aggatgttaagaattaggatattaggaatacctggataaagctttc 6257361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 10733256 - 10733403
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10733256 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 10733355  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10733356 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttca 10733403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 10739349 - 10739496
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10739349 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 10739448  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10739449 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttca 10739496  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 10947025 - 10947172
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10947025 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 10947124  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10947125 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttca 10947172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 10953118 - 10953265
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10953118 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 10953217  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10953218 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaacctttca 10953265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 105 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 24288123 - 24287988
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| || |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24288123 acatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgtatctacgacatgtttgatttatcaaggttattaaga 24288024  T
Q  205 attagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    |||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  24288023 attagggtattaggaatacctggataaaactttcat 24287988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 117 - 237
Target Start/End: Original strand, 26963376 - 26963494
Alignment:
Q  117 attatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatta 216  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||    
T  26963376 attatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataagtatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatatcaagaattag--tatta 26963473  T
Q  217 ggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  26963474 ggaatacctggataaagcttt 26963494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 123 - 238
Target Start/End: Original strand, 33458308 - 33458423
Alignment:
Q  123 aatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaata 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  33458308 aatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattaggaata 33458407  T
Q  223 cctgcataaagctttc 238  Q
    |||| |||||||||||    
T  33458408 cctggataaagctttc 33458423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 119 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 48161081 - 48160964
Alignment:
Q  119 tatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattagg 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  48161081 tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattagg 48160983  T
Q  219 aatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  48160982 aatacctgaataaagcttt 48160964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 119 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 48167300 - 48167183
Alignment:
Q  119 tatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattagg 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||    
T  48167300 tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattagg 48167202  T
Q  219 aatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||| ||||||||||    
T  48167201 aatacctgaataaagcttt 48167183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 105 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 49976723 - 49976607
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||||||||| ||||||||||| | |||| |||||||||||||||| || | || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   ||| |    
T  49976723 acatattcaacaattatgaatcgatagcgaaagcaaacaaaacattgaatatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaagga---taata 49976627  T
Q  205 attagattattaggaatacc 224  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  49976626 attagagtattaggaatacc 49976607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 110 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 50168724 - 50168609
Alignment:
Q  110 ttcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 209  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| || || ||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  50168724 ttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcgaatatacgacatgtttgatttatcaagaatattaacaattag 50168625  T
Q  210 attattaggaatacctg 226  Q
      ||| |||||||||||    
T  50168624 -gtataaggaatacctg 50168609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 123 - 237
Target Start/End: Original strand, 33461434 - 33461547
Alignment:
Q  123 aatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaata 222  Q
    |||||| || |||||||||||||||||| |||| || ||||  ||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||    
T  33461434 aatcaatagtggaagcaaacaaaacattgaacatgattatggtcggatttacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaggaata 33461532  T
Q  223 cctgcataaagcttt 237  Q
     ||| ||||||||||    
T  33461533 tctggataaagcttt 33461547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 110 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 3769698 - 3769586
Alignment:
Q  110 ttcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 209  Q
    ||||||||||||||||||| |    |||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  3769698 ttcaataattatgaatcaataatttaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttcattaatcaaggatattaataattag 3769599  T
Q  210 attattaggaatac 223  Q
      ||||||||||||    
T  3769598 -gtattaggaatac 3769586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 92 - 171
Target Start/End: Original strand, 34308081 - 34308160
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatc 171  Q
    |||||||||| | |||| ||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||  ||||||||||||||    
T  34308081 cagattttataaaacatgttcaataattatgaatcaatagcggaagcatacaaaatattgaacacaaatatgaacggatc 34308160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 130 - 225
Target Start/End: Original strand, 44831660 - 44831755
Alignment:
Q  130 agcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacct 225  Q
    ||||||||||||  || |||| |||| |||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||||| ||||||||    
T  44831660 agcggaagcaaattaatcattgaacatgaatatgatcgaatctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaactagggtattaagaatacct 44831755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 160 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 4632472 - 4632393
Alignment:
Q  160 tatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||| || ||||| || |||||||||||||    
T  4632472 tatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtatcagaaatacttggataaagctttcat 4632393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 105 - 207
Target Start/End: Original strand, 19686351 - 19686453
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| |||||||| ||| |||||| | ||||||||||||||| ||| |||   | ||| | ||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  19686351 acatgttcaataactataaatcaataacggaagcaaacaaaatattgaacgtaattatcatcggatctacaacatgcttgattaatcaagcatattaaga 19686450  T
Q  205 att 207  Q
    |||    
T  19686451 att 19686453  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 92 - 182
Target Start/End: Original strand, 26956839 - 26956929
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtt 182  Q
    ||||||| || | |||| |||||  |||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  | ||||||||||||||| |||||||    
T  26956839 cagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacataagtatgaacggatctacgacatgtt 26956929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 92 - 155
Target Start/End: Complemental strand, 4632936 - 4632873
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaaca 155  Q
    ||||||| || | |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4632936 cagatttcataaaacatgttcaacaattattaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaaca 4632873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 105 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 9237499 - 9237402
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaa 202  Q
    |||| |||||| ||||||||| || ||  |||||||||| |||||| || | || ||||  ||||| ||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  9237499 acatgttcaatgattatgaatgaatagtcgaagcaaacagaacattgaatatgattatgctcggatttacgacatgtttgatttatcaagtatattaa 9237402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 182 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 50427427 - 50427369
Alignment:
Q  182 ttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||| | ||||||||||||  ||||||||||||||| ||| ||| |||||    
T  50427427 ttgatttatcaagaagattaagaattagggtattaggaatacctggatatagcgttcat 50427369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 89; Significance: 7e-43; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 36750564 - 36750416
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  36750564 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 36750465  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  36750464 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaaactttcat 36750416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 28682955 - 28683102
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  28682955 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 28683054  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    |||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28683055 aaggttattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 28683102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 35090659 - 35090807
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  35090659 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 35090758  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35090759 aagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcat 35090807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13456248 - 13456102
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  13456248 agatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 13456149  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13456148 agggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 13456102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 93 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 13462189 - 13462043
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| ||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||  || ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  13462189 agatttcataatacatgttcaacaattgtgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacctgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 13462090  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||| |||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  13462089 agggtattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 13462043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 35084686 - 35084834
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  35084686 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaaatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 35084785  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  35084786 aagaatattaacaattagtgtattaggaatacctggataaagctttcat 35084834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 117 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 23343685 - 23343579
Alignment:
Q  117 attatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatta 216  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || |  |||||    
T  23343685 attacgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaacgaatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagagttggggtatta 23343586  T
Q  217 ggaatac 223  Q
    |||||||    
T  23343585 ggaatac 23343579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 31002526 - 31002381
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||  | |||||| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  31002526 cagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 31002427  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||| |||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  31002426 aagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttt 31002381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 31008504 - 31008359
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||  | |||||| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  31008504 cagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 31008405  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||| |||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  31008404 aagaatatcaagaattagggtattaggaatacctgaataaagcttt 31008359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 30965477 - 30965332
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||| || |||||| ||||||||||||||||| ||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  30965477 cagatttcataatacatgttcaacaatcataaatcaatagcggaagcaaacaaaatattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 30965378  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||  || |||||||||||  ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  30965377 aattattttaagaattagggtattaggaatacctgtataaatcttt 30965332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 118 - 237
Target Start/End: Original strand, 44716840 - 44716960
Alignment:
Q  118 ttatgaatcaacagcggaagcaaac-aaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatta 216  Q
    |||| |||||| ||||||||||||  |||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||    
T  44716840 ttatcaatcaatagcggaagcaaaagaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttaccaaggatattaagaattagggtatta 44716939  T
Q  217 ggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||||| ||||||||||    
T  44716940 ggaatacctggataaagcttt 44716960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 92 - 226
Target Start/End: Original strand, 13149696 - 13149829
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||  | |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  13149696 cagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 13149795  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctg 226  Q
    || |||||||||||||||  ||||| |||||||||    
T  13149796 aa-gatattaagaattagggtattaagaatacctg 13149829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 116 - 237
Target Start/End: Original strand, 11048587 - 11048708
Alignment:
Q  116 aattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatt 215  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| |||| || |||||  |||| |||  |||||||||| || |||||||||||||||||||   | |    
T  11048587 aattatgaatcaatagctgaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattggatatacgtcatgtttgatgtaccaaggatattaagaattagggcact 11048686  T
Q  216 aggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||| || ||||||||||    
T  11048687 aggaatacttggataaagcttt 11048708  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 105 - 189
Target Start/End: Original strand, 35438732 - 35438816
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgattta 189  Q
    |||| ||||| | ||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  35438732 acatgttcaacagttatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgattta 35438816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 93 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 29833356 - 29833255
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| || ||||||| |||||||| | ||||| |||| |||| ||| ||||  | ||||| |||||| ||||||||||||||||||||    
T  29833356 agatttcataatacatgtttaataattgtgaatcaataacggaaacaaataaaatattgaacataattatgatcggatcgacaacatgtttgatttatca 29833257  T
Q  193 ag 194  Q
    ||    
T  29833256 ag 29833255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 110 - 150
Target Start/End: Original strand, 1388047 - 1388087
Alignment:
Q  110 ttcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacatt 150  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||    
T  1388047 ttcaataattatgaatcaataacggaaacaaacaaaacatt 1388087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 88; Significance: 3e-42; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 12686189 - 12686336
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  12686189 cagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 12686288  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12686289 aaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 12686336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 12692291 - 12692438
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  12692291 cagatttcataaaacatgttcaacaattataaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 12692390  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  12692391 aaggatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 12692438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 28525396 - 28525543
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  28525396 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatt 28525495  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  28525496 aaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttca 28525543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 88; E-Value: 3e-42
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 28531492 - 28531639
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||||     
T  28531492 cagatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatt 28531591  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  28531592 aaggatattaagaattagggtattatgaatacctggataaagctttca 28531639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 32094170 - 32094317
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    |||||||||| |||||| ||||| |||  | |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  32094170 cagattttataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgataggatctacgacatgtttgatttatc 32094269  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  32094270 aaggatattaagaattag-gtattaggaatacctgaataaagctttcat 32094317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 103 - 237
Target Start/End: Original strand, 7389569 - 7389702
Alignment:
Q  103 atacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaa 202  Q
    |||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||| || |||||||||||||||||| ||||||||    
T  7389569 atacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatccacgacatgtttgatttatcaa-gatattaa 7389667  T
Q  203 gaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  7389668 gaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 7389702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 24054484 - 24054335
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| |||||| |||| | ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  24054484 cagatttcataaaacatgttcaacaattataaatctatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 24054385  T
Q  192 aaggatattaagaa-ttagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    |||||||||||||| || |  ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  24054384 aaggatattaagaatttgggatattaggaatacctggataaagctttcat 24054335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 93 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 41297425 - 41297292
Alignment:
Q  93 agattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatca 192  Q
    |||||| || |||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||  | ||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  41297425 agatttcataatacatgttcaacaattatgaatcaatagcagaagcaaacaaaacattgaacataattatgatcggatctacgacatgtttgatttatca 41297326  T
Q  193 aggatattaagaattagattattaggaatacctg 226  Q
    ||||||| |||||||||  |||||||||||||||    
T  41297325 aggatataaagaattagggtattaggaatacctg 41297292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 92 - 240
Target Start/End: Original strand, 32096971 - 32097118
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||  | |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||  |||||||| ||||||||||||||||    
T  32096971 cagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgataggatctacgacatgtttgatttatc 32097070  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| |||||| |||||||||||||    
T  32097071 aaggatattaagaattag-gtattaggattacctgaataaagctttcat 32097118  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 105 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 30772420 - 30772291
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaa-cattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaag 203  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || | |||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30772420 acatgttcaataattatgaataaacagtggaagcaaacaaaaacaatgaacatgattatgatcggatcgacaacatgtttgatttatcaaggatattaag 30772321  T
Q  204 aattagattattaggaatacctgcataaag 233  Q
    ||||||  |||||||| |||||| ||||||    
T  30772320 aattagggtattaggattacctggataaag 30772291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 117 - 224
Target Start/End: Original strand, 19066142 - 19066249
Alignment:
Q  117 attatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatta 216  Q
    ||||| |||||  ||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||    
T  19066142 attataaatcattagcggaagcaaacaaaacattaagcatgaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattatggtatta 19066241  T
Q  217 ggaatacc 224  Q
    ||||||||    
T  19066242 ggaatacc 19066249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 92 - 238
Target Start/End: Original strand, 30384388 - 30384533
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||  |||||| |||||||||    
T  30384388 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacacgattatgatcggatcta-gacatgtctgatttatc 30384486  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttc 238  Q
    ||||||||||||||| ||  ||||| ||||||||| || ||||||||    
T  30384487 aaggatattaagaataagggtattaagaatacctggatgaagctttc 30384533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 66; E-Value: 4e-29
Query Start/End: Original strand, 92 - 209
Target Start/End: Original strand, 16215184 - 16215301
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||  |||||||| | ||||||||||||||    
T  16215184 cagatttcataacacatattcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacatttaacatgattatgattggatctacgaaatgtttgatttatc 16215283  T
Q  192 aaggatattaagaattag 209  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  16215284 aaggatattaaaaattag 16215301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 108 - 226
Target Start/End: Original strand, 19059790 - 19059908
Alignment:
Q  108 tattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaatt 207  Q
    |||||||  ||||| |||||  || |||||||||||||| ||| |||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19059790 tattcaacgattataaatcattaggggaagcaaacaaaatattaaacatgaatataaacggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaatt 19059889  T
Q  208 agattattaggaatacctg 226  Q
    ||  |||||| ||||||||    
T  19059890 agggtattagaaatacctg 19059908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 92 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 14610298 - 14610184
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| |||||||||| || |||||||||||| ||| |||| |||| || ||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  14610298 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaattaatagcggaagcaaataaaccattgaacatgattatgatcggatttacgacatgtttgatttatc 14610199  T
Q  192 aaggatattaagaat 206  Q
    |||||||||||||||    
T  14610198 aaggatattaagaat 14610184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 160 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 20500219 - 20500142
Alignment:
Q  160 tatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||| ||||| ||||    
T  20500219 tatgatcggatctacgacatacttgatttatcaaggatactaagaattagagtattagaaatacctggataaaacttt 20500142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 106 - 207
Target Start/End: Original strand, 37896322 - 37896423
Alignment:
Q  106 catattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaa 205  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| |||| ||| ||||  || |||| || ||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||| ||    
T  37896322 catatttaataatcatgaatcaacagcagaagtaaataaaatgttgaacatgattatgatcggatctacgacatgattgatttatcaagaatattaataa 37896421  T
Q  206 tt 207  Q
    ||    
T  37896422 tt 37896423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 143 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 28542336 - 28542270
Alignment:
Q  143 aaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 209  Q
    |||||||| |||| || ||||| || | |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28542336 aaaacattgaacatgattatgatcgaaactacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattag 28542270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 105 - 209
Target Start/End: Original strand, 26316815 - 26316919
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| |||||||||| | ||| || || ||||||||| |||||||| ||||  |||||||  |||||||  |||||||||||||||| | | |||||| |    
T  26316815 acatgttcaataattttaaattaatagtggaagcaaaaaaaacattgaacattaatatgattggatctaggacatgtttgatttatctacggtattaata 26316914  T
Q  205 attag 209  Q
    |||||    
T  26316915 attag 26316919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 192 - 240
Target Start/End: Original strand, 8706532 - 8706580
Alignment:
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| || | ||||||||    
T  8706532 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctgaattatgctttcat 8706580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 119 - 240
Target Start/End: Original strand, 656 - 777
Alignment:
Q  119 tatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattagg 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  656 tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtattagg 755  T
Q  219 aatacctgcataaagctttcat 240  Q
    |||||||| |||||||||||||    
T  756 aatacctggataaagctttcat 777  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 86; Significance: 4e-41; HSPs: 14)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Original strand, 25387514 - 25387659
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  25387514 cagatttcataaaacatgttcaacaaatatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 25387613  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  25387614 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 25387659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 116 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 34740111 - 34739988
Alignment:
Q  116 aattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatt 215  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  34740111 aattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagggtatt 34740012  T
Q  216 aggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||    
T  34740011 aggaatacctgaataaacctttca 34739988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 44410159 - 44410016
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| |||||  |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  44410159 cagatttcataaaacatgttcaacgattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacataaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatc 44410060  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    |||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  44410059 aaggatatcaagaattag--tattaggaatacctggataaagcttt 44410016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Original strand, 25381545 - 25381690
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | |||||||||||| |    
T  25381545 cagatttcataatacatgttcaacaactatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgaaatgtttgatttacc 25381644  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||    
T  25381645 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagcttt 25381690  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 50306338 - 50306192
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||| | ||||||||| ||||||||||||||||    
T  50306338 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattataatcggatctacgacatgtttgatttatc 50306239  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    || |||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50306238 aa-gatattaagaattaggctattaggaatacctggataaagctttca 50306192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 1078373 - 1078228
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| |||||||||||||| |    
T  1078373 cagatttcataatacatgttcaacaattattaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttacc 1078274  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||| ||||||||||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||    
T  1078273 aagaatattaagaattagggtattaagaatacctggataaagcttt 1078228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 9e-33
Query Start/End: Original strand, 119 - 226
Target Start/End: Original strand, 24963739 - 24963846
Alignment:
Q  119 tatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattagg 218  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||| ||||||||| | |||||||    
T  24963739 tatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgaatatgaacggatctacgccatgtttgatttatcaagaatagtaagaattaaagtattagg 24963838  T
Q  219 aatacctg 226  Q
    ||||||||    
T  24963839 aatacctg 24963846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 117 - 226
Target Start/End: Original strand, 24926789 - 24926898
Alignment:
Q  117 attatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatta 216  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||    
T  24926789 attatgaatcaatagcggaagcaaccaaaacattgaacattaatatgaacggatctacgacatgtttgatttatcaagaatattaagaattaacgtatta 24926888  T
Q  217 ggaatacctg 226  Q
    ||||||||||    
T  24926889 ggaatacctg 24926898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 114 - 240
Target Start/End: Original strand, 12183616 - 12183741
Alignment:
Q  114 ataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagatta 213  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||| ||| ||||  | |||||  |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||    
T  12183616 ataattatgaatcaatagtggaagcaaacaaaatattgaacataattatgattggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaatttgagta 12183714  T
Q  214 ttaggaatacctgcataaagctttcat 240  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||    
T  12183715 ttaggaatacctgaataaagctttcat 12183741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 103 - 237
Target Start/End: Original strand, 8092867 - 8093001
Alignment:
Q  103 atacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaa 202  Q
    |||||||||||| |||  | |||||| ||| |||||||| |||||||| |||| || ||||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  8092867 atacatattcaacaatcgtaaatcaatagcagaagcaaataaaacattgaacatgattatgatcggatctatgacatgtttgatttatcaaggatattaa 8092966  T
Q  203 gaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||||| |  ||| ||||||||||| ||||||||||    
T  8092967 gaatttgggtatgaggaatacctggataaagcttt 8093001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 31058193 - 31058049
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || |||||| ||||| |||  | |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  31058193 cagatttcataatacatgttcaacaatcgtaaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgacatgtttgatttatc 31058094  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    || |||||||||||||||  ||||| |||||| || ||||| ||||    
T  31058093 aa-gatattaagaattagggtattaagaatacttggataaaacttt 31058049  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 59; E-Value: 5e-25
Query Start/End: Original strand, 123 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 31051662 - 31051549
Alignment:
Q  123 aatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaata 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||  |||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||| |||||    
T  31051662 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgattggatctacgacatgtttgatttatcaa-gatattaagaattagggtattaagaata 31051564  T
Q  223 cctgcataaagcttt 237  Q
    |||| ||||| ||||    
T  31051563 cctggataaaacttt 31051549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 105 - 226
Target Start/End: Original strand, 38151998 - 38152113
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    |||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| ||||      ||| | ||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||    
T  38151998 acatgttcaacaattattaatcaacagcggaagcaaacaaaatattgaaca------tgatcagatctacgacatgtttgatttatcaaacatattaaga 38152091  T
Q  205 attagattattaggaatacctg 226  Q
    |||||  |||||||||||||||    
T  38152092 attagggtattaggaatacctg 38152113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 123 - 240
Target Start/End: Complemental strand, 27955279 - 27955168
Alignment:
Q  123 aatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattaggaata 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||||||     |||||||| || ||| ||  ||||||||| |    
T  27955279 aatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacaacatgtttgat-----aaggatataaataataag-gtattaggaaga 27955186  T
Q  223 cctgcataaagctttcat 240  Q
    |||| |||||||||||||    
T  27955185 cctggataaagctttcat 27955168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0440 (Bit Score: 84; Significance: 6e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0440
Description:

Target: scaffold0440; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 6e-40
Query Start/End: Original strand, 92 - 239
Target Start/End: Original strand, 1204 - 1351
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| ||||| |||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| || ||||| ||||||||| | ||||||||||||||    
T  1204 cagatttcataaaacatgttcaacaattatgaatcaaaggcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgatcggatctacgatatgtttgatttatc 1303  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||    
T  1304 aaggatattaagaattagggtattaggaatacctggataaagctttca 1351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 2)
Name: scaffold0208
Description:

Target: scaffold0208; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 118 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 6646 - 6525
Alignment:
Q  118 ttatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattattag 217  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  6646 ttatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaacatgattatgactgaatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattaggctattag 6547  T
Q  218 gaatacctgcataaagctttca 239  Q
    ||||||||| ||||||||||||    
T  6546 gaatacctggataaagctttca 6525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0208; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 4e-32
Query Start/End: Original strand, 106 - 239
Target Start/End: Complemental strand, 12532 - 12398
Alignment:
Q  106 catattcaataatt-atgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaaga 204  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||  | ||||| || |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  12532 catattcaacaatttatgaatcaatagcggaagcaaataaaacattgaacataattatgatcgaatctacgacatgtttgatttatcaaggatattaaga 12433  T
Q  205 attagattattaggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    |||||  ||||||||||| ||| ||||||||||||    
T  12432 attaggctattaggaatatctggataaagctttca 12398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0012 (Bit Score: 76; Significance: 4e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0012
Description:

Target: scaffold0012; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 116 - 239
Target Start/End: Original strand, 172924 - 173047
Alignment:
Q  116 aattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaaggatattaagaattagattatt 215  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | || ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||||    
T  172924 aattatgaatcaatagcggaagcaaacaaaacattgaaaatgattatgatcggatctacgacatgtttaatttatcaaggatattaagaattaggatatt 173023  T
Q  216 aggaatacctgcataaagctttca 239  Q
    |||||||| || ||||||||||||    
T  173024 aggaatacatggataaagctttca 173047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0085 (Bit Score: 54; Significance: 5e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0085
Description:

Target: scaffold0085; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 92 - 237
Target Start/End: Complemental strand, 38577 - 38434
Alignment:
Q  92 cagattttatgatacatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatc 191  Q
    ||||||| || | |||| |||||| ||||  ||||||||| |||||||||||||||||| ||||    ||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  38577 cagatttcataagacatgttcaatcattagaaatcaacagtggaagcaaacaaaacattgaacatagttatgatcggatctacaacatgtttg-tttatc 38479  T
Q  192 aaggatattaagaattagattattaggaatacctgcataaagcttt 237  Q
    ||| ||||||| ||||||  ||||||||||||||| || |||||||    
T  38478 aagaatattaataattag-gtattaggaatacctggatgaagcttt 38434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0185 (Bit Score: 49; Significance: 5e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0185
Description:

Target: scaffold0185; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 105 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 6059 - 5971
Alignment:
Q  105 acatattcaataattatgaatcaacagcggaagcaaacaaaacattcaacaagaatatgaacggatctacaacatgtttgatttatcaa 193  Q
    |||| |||||||||||| |||||| ||||| |  |||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  6059 acatgttcaataattattaatcaatagcggcattaaacaaaacattgaacatgaatatgatcggatctacgacatgtttgatttatcaa 5971  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University