View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1261-Insertion-4 (Length: 920)

Name: NF1261-Insertion-4
Description: NF1261
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1261-Insertion-4
NF1261-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-920)||(36918042-36918955)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 804; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 804; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 920
Target Start/End: Original strand, 36918042 - 36918955
Alignment:
Q  8 ctagctagatggtttcaaaccacgacgactttgcaatttttgttattgcaaggaatcacggtcaagtgcatctgaagcaacttcaattacagtcgagatg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||    
T  36918042 ctagctagatggtttcaaaccacgacgactttgcaatttttgttattgcaaggaatcacggtcaagtgcatctgaagtaacttcaattacagtcgagttg 36918141  T
Q  108 tgagcgcaaagacataaaattttttgatatcacaatccaaatcgcggtcgcagaccactatt-aagttaacttgagatgatttgtttcaaaatgccaatt 206  Q
    |||| |||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36918142 tgagggcaa-gacataaaaaactttgatatcacaatccaaatcgcggtcgcagaccactctttaagttaacttgagatgatttgtttcaaaatgccaatt 36918240  T
Q  207 gcagtttaattggtaannnnnnnnngccagatcaaaccattattatgcattccagaactgattattcatgaatcttcagaatgaatttctttttgcaact 306  Q
    ||||||||||||||||         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36918241 gcagtttaattggtaatttttttt-gccagatcaaaccattattatgcattccagaactgattattcatgaatcttcagaatgaatttctttttgcaact 36918339  T
Q  307 cttcccaaacttgaaggccagacggatggcgctttacataactttgtaagaatagattatctgtgcatgcgataatggtgctcaaagcaagcccgggagt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36918340 cttcccaaacttgaaggccagacggatggcgttttacataactttgtaagaatagattatctgtgcatgcgataatggtgctcaaagcaagcccgggagt 36918439  T
Q  407 tacggccccatggtctacgagccagttatacattgacaacctaagcttaactcttggagatttataggaaagatatgatggaaaattcaccaagtctgat 506  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36918440 tacagccccatggtctacgagccagttatacattgacaacctaagcttaactcttggagatttataggaaagatatgatggaaaattcaccaagtctgat 36918539  T
Q  507 acagaaaatcctttctttacaagatactcaattttcatcttgaccctatctgtgttctgattaagaatctgaggtgaaactctaatcattctataaactt 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  36918540 acagaaaatcctttctttacaagatactcaattttcatcttgaccctatctgtgttctgattaagaatctgaggtgaaactctaatcattctacgaactt 36918639  T
Q  607 catcacgtgtcaatccagcattaacaataaaatcaaatctctcctgaagctcagctcccttacctctgaacgccttaaacgccgaatccatttctttcgt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  36918640 catcacgtgtcaatccagcattaacaataaaatcaaatctctcctgaagctcagctcccttacctctgaatgccttaaacgccgaatccatttctttcgt 36918739  T
Q  707 gttttccacataacctaagcgcaacaagaactctgtcttccccaccctcgatttctcctcttccagatcccttaagccaaccataggcttaactcttatt 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36918740 gttttccacataacctaagcgcaacaagaactctgtcttccccaccctcgatttctcctcttccagatcccttaagccaaccataggcttaactcttatt 36918839  T
Q  807 ccaagaacccagttcttcatttcatgaggattatcctgcagtatgctacatagacgcctcttgcctacattcaa-caaccaagc-aactcttagttgtct 904  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||    
T  36918840 ccaagaacccagttcttcatttcatgaggattatcctgcagtatgctacatagacgcctcttgcctacattcaagcaaccaagcaaactcttagttgtct 36918939  T
Q  905 ttagagtattggaacc 920  Q
    ||||||||||||||||    
T  36918940 ttagagtattggaacc 36918955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University