View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12621_high_2 (Length: 676)

Name: NF12621_high_2
Description: NF12621
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12621_high_2
NF12621_high_2
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (21-293)||(530980-531253)
chr3 (460-666)||(531393-531601)
chr3 (84-293)||(563998-564208)
chr3 (440-636)||(55418479-55418676)
chr3 (440-664)||(47743880-47744109)
chr3 (444-583)||(32813716-32813857)
chr3 (355-438)||(531312-531395)
chr3 (440-586)||(27237725-27237878)
chr3 (355-439)||(564267-564351)
chr3 (592-662)||(28920270-28920340)
chr3 (603-664)||(4315624-4315685)
chr3 (618-664)||(32813650-32813696)
chr3 (41-81)||(38868136-38868176)
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (440-660)||(9503717-9503939)
chr5 (440-661)||(32090271-32090494)
chr5 (440-664)||(9507695-9507921)
chr5 (440-664)||(34854115-34854348)
chr5 (440-661)||(3627555-3627779)
chr5 (440-565)||(2357514-2357641)
chr5 (438-586)||(43095199-43095356)
chr5 (592-642)||(690121-690171)
chr5 (176-291)||(34272289-34272402)
chr5 (549-586)||(3031580-3031617)
[»] chr8 (6 HSPs)
chr8 (440-664)||(11096189-11096415)
chr8 (440-586)||(14685441-14685586)
chr8 (592-662)||(37186788-37186858)
chr8 (592-662)||(37786581-37786651)
chr8 (191-291)||(32848033-32848131)
chr8 (620-664)||(37791180-37791224)
[»] chr2 (16 HSPs)
chr2 (440-664)||(21794333-21794559)
chr2 (440-664)||(43081477-43081706)
chr2 (437-664)||(45485628-45485857)
chr2 (439-631)||(13273380-13273574)
chr2 (493-664)||(18163995-18164169)
chr2 (440-618)||(45496896-45497078)
chr2 (440-618)||(45504638-45504820)
chr2 (440-586)||(5989527-5989677)
chr2 (441-586)||(1645148-1645297)
chr2 (440-586)||(4285175-4285323)
chr2 (440-586)||(5983570-5983720)
chr2 (592-664)||(39190647-39190719)
chr2 (592-660)||(295810-295878)
chr2 (592-662)||(302444-302513)
chr2 (592-642)||(29960425-29960475)
chr2 (463-543)||(31468930-31469012)
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (440-660)||(7501212-7501434)
chr6 (440-664)||(31888555-31888782)
chr6 (440-586)||(367160-367309)
chr6 (440-585)||(7534272-7534421)
chr6 (592-664)||(28249281-28249353)
chr6 (493-586)||(369062-369158)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (440-664)||(22582180-22582407)
chr7 (463-586)||(35323887-35324014)
chr7 (439-527)||(35703408-35703496)
chr7 (604-664)||(45937900-45937960)
chr7 (599-664)||(293243-293308)
chr7 (607-664)||(297136-297193)
chr7 (357-425)||(34955446-34955514)
chr7 (179-263)||(32471249-32471331)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (440-664)||(53011221-53011450)
chr4 (440-660)||(53008333-53008556)
chr4 (446-572)||(28571346-28571474)
chr4 (592-657)||(5715362-5715427)
chr4 (592-649)||(50935727-50935784)
chr4 (594-649)||(50911945-50912000)
chr4 (609-661)||(16853976-16854028)
chr4 (440-483)||(56563270-56563313)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (441-586)||(10917022-10917170)
chr1 (592-662)||(44541359-44541429)
chr1 (211-287)||(49138139-49138212)
chr1 (438-490)||(3709509-3709561)
[»] scaffold0038 (1 HSPs)
scaffold0038 (592-664)||(49443-49515)
[»] scaffold0014 (1 HSPs)
scaffold0014 (440-505)||(34602-34667)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 226; Significance: 1e-124; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 21 - 293
Target Start/End: Original strand, 530980 - 531253
Alignment:
Q  21 catgccccttatagtaaatgaacaatagatatccattttcatcctctaatggaaattaacattctaccagaaataaagcttcacgatatgagacagcaac 120  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  530980 catgccccttatagaaaatgaacaatagatattcatttttatcctctaatgaaaattaacattctaccagaaataaagcttcctgatatgagacagcaac 531079  T
Q  121 ggaaaagaagaaggtgcatatccattttttaatttgaaaatacaaagaagcttg-tataattggttttggcaaatggacatgcggctaacgatcctaaaa 219  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  531080 agaaaagaagaaggtgcatatccattttttaattgaaaaatacaaagaagcttgatataattggttttggcaaatggacatgcggctaacgatcctaaaa 531179  T
Q  220 ccaaggaagcttggaatgtgcatataaagaggaaaatgatgatcgataatgggtatgaagaaaattgatgaagt 293  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  531180 tcaaggaagcttggaatgtgcatataaagaggaaaatgatgatcgataatgggtatgaagaaaattgatgaagt 531253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 460 - 666
Target Start/End: Original strand, 531393 - 531601
Alignment:
Q  460 ttagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagagagaa--gatatatgagtaaa 557  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  531393 ttagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattgagattctgggtttctatggttttgagagagaaaagatatatgagtaaa 531492  T
Q  558 agacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaa 657  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  531493 agacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaa 531592  T
Q  658 ctacctttg 666  Q
    |||||||||    
T  531593 ctacctttg 531601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 3e-96
Query Start/End: Original strand, 84 - 293
Target Start/End: Original strand, 563998 - 564208
Alignment:
Q  84 ctaccagaaataaagcttcacgatatgagacagcaacggaaaagaagaaggtgcatatccattttttaatttgaaaatacaaagaagcttg-tataattg 182  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  563998 ctaccagaaataaagcttcctgatatgagacagcaacagaaaagaagaaggtgcatatccattttttaattgaaaaatacaaagaagcttgatataattg 564097  T
Q  183 gttttggcaaatggacatgcggctaacgatcctaaaaccaaggaagcttggaatgtgcatataaagaggaaaatgatgatcgataatgggtatgaagaaa 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  564098 gttttggcaaatggacatgcggctaacgatcctaaaatcaaggaagcttggaatgtgcatataaagaggaaaatgatgatcgataatgggtatgaagaaa 564197  T
Q  283 attgatgaagt 293  Q
    |||||||||||    
T  564198 attgatgaagt 564208  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 5e-67
Query Start/End: Original strand, 440 - 636
Target Start/End: Complemental strand, 55418676 - 55418479
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  55418676 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccggtacttaaaattgtgttcaattgaagaagatggaattgagattctgggtttatatggttttgagag 55418577  T
Q  540 agaagatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattg-aatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaa 636  Q
    |||| | | |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  55418576 agaaaagagatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaaatgaatcgtcgtatatttacaatacatgagtgagtatatatacaactggaagttgtaa 55418479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 47744109 - 47743880
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  47744109 tgatggaaaaatgtatgaaattagaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattaaagaagatggaattgagattatggatttctatggttttgagag 47744010  T
Q  540 ag--aagatatatgagtaaaagacttgtgtaa--tttcattgaa-tgaatt-gtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttg 633  Q
    ||  |||| ||| |||||||||| ||||||||  ||| |||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||    
T  47744009 agaaaagagatacgagtaaaagatttgtgtaaatttttattgaattgaattcgtcat-tatttacaacacatgagtgaatatatttacaactagacgttg 47743911  T
Q  634 taacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  47743910 taacaaactcctgtaacaaactaactacctt 47743880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 444 - 583
Target Start/End: Complemental strand, 32813857 - 32813716
Alignment:
Q  444 ggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagagaga- 542  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  32813857 ggaataatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactgagttcaattgaagaagatgaaattgagattctgggtttctatggttttgagagagaa 32813758  T
Q  543 -agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaa 583  Q
     ||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  32813757 cagagatatgagtaacagacttgtgtaattttattgaatgaa 32813716  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 355 - 438
Target Start/End: Original strand, 531312 - 531395
Alignment:
Q  355 actaaggacaccaaatctaattgggatgtcatatacaaattttatatttcattcaatacttaatttgcaatcatccatttctta 438  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  531312 actaaggacaccaaatctaattgggttgtcatatacaaattttatatttcattcaataattaatttgcaatcatccatttctta 531395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 440 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 27237878 - 27237725
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttc----tatggtttt 534  Q
    ||||| |||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||    |||||||||    
T  27237878 tgatgcaacaatgtataaaaattgaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagattctagggtttctatatatggtttt 27237779  T
Q  535 gagagaga---agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    ||||||||   ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  27237778 gagagagaaagagagatatgagtaaaagacttgtgaaattt-attgaatgaattg 27237725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 355 - 439
Target Start/End: Original strand, 564267 - 564351
Alignment:
Q  355 actaaggacaccaaatctaattgggatgtcatatacaaattttatatttcattcaatacttaatttgcaatcatccatttcttac 439  Q
    |||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||    
T  564267 actaagaacaccaaatctaattgggttctcatatacaaattttatatttcattcaataattaatttgcaattatccatttgttac 564351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 592 - 662
Target Start/End: Original strand, 28920270 - 28920340
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacc 662  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28920270 tatttacaacatatgagtgagtatatatacaactggacgttataacaaactcctctaataaactaactacc 28920340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 58; E-Value: 5e-24
Query Start/End: Original strand, 603 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 4315685 - 4315624
Alignment:
Q  603 catgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4315685 catgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaacaaactaactacctt 4315624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 618 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 32813696 - 32813650
Alignment:
Q  618 atacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  32813696 atacaactggacgttgtaacaaactcctctaacaaactaactacctt 32813650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 41 - 81
Target Start/End: Original strand, 38868136 - 38868176
Alignment:
Q  41 aacaatagatatccattttcatcctctaatggaaattaaca 81  Q
    |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  38868136 aacaatagatatccattttcatactcaaatggaaattaaca 38868176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 176; Significance: 2e-94; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 2e-94
Query Start/End: Original strand, 440 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 9503939 - 9503717
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9503939 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactgagttcaattgaagaagatggaattgagattctgggtttctatggttttgagag 9503840  T
Q  540 agaa--gatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaac 637  Q
    ||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9503839 agaacagagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattgtcatctatttacaacacatgagtgagtatatatataactggacgttgtaac 9503740  T
Q  638 aaactcctctaaaaaactaacta 660  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  9503739 aaactcctctaacaaactaacta 9503717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 4e-86
Query Start/End: Original strand, 440 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 32090494 - 32090271
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  32090494 tgatggaacaatgaatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactgagttcaattgaagaagatggaattgagattctgggtttctatggttttgagag 32090395  T
Q  540 aga--agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaatt-gtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaa 636  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32090394 agaacagagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattcatcat-tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaa 32090296  T
Q  637 caaactcctctaaaaaactaactac 661  Q
    ||||||||||||| |||||||||||    
T  32090295 caaactcctctaacaaactaactac 32090271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 9507921 - 9507695
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9507921 tgatgtaacaatgtatgaaattagaatgaaaccaacacttaaaactgagttcaattgaagaagatggaattgagattctgggtttttatggttttgagag 9507822  T
Q  540 agaa--gatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaac 637  Q
    ||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  9507821 agaacagagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattgtcatctatttacaacacatgagtgggtatatatataactggacgttgtaac 9507722  T
Q  638 aaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||    
T  9507721 aaactcctttaacaaactaactacctt 9507695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 4e-80
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 34854348 - 34854115
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggtttt--gag 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||    
T  34854348 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactatgttcaattgaagaagatggaattgagattctgggtttctatggtttttagag 34854249  T
Q  538 agagaagatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatg--aattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatac-----aactggacg 630  Q
    ||| |||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     |||||||||    
T  34854248 agaaaagagatatgagtaaaagatttgtgtaattttattgaatgaaaattgtcatttatttacaacacatgagtgagtatatatacaactgaactggacg 34854149  T
Q  631 ttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  34854148 ttgtaacaaactcctctaacaaattaactacctt 34854115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 135; E-Value: 5e-70
Query Start/End: Original strand, 440 - 661
Target Start/End: Complemental strand, 3627779 - 3627555
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatgg--ttttgag 537  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||  |||||||    
T  3627779 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactgtgttcaattgaagaagatgaaattgagattatgggtttctatggttttttgag 3627680  T
Q  538 agag-aagatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaa-tgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgta 635  Q
    |||| || | ||||||| |||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  3627679 agagaaaaagatatgag-aaaagatttgtgtaattttattgaattgaattctcatttatttacaacacatgagtgagtatatatacatctggacgttgta 3627581  T
Q  636 acaaactcctctaaaaaactaactac 661  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||    
T  3627580 acaaacttctctaataaactaactac 3627555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 440 - 565
Target Start/End: Original strand, 2357514 - 2357641
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  2357514 tgatggaacaatgtatgaaaattgaatgaaactaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatgggattaaaattctagggtttctatgattttgaga 2357613  T
Q  539 gaga-agatatatgagtaaaagacttgt 565  Q
    || |  ||||||||||||||||||||||    
T  2357614 gaaagggatatatgagtaaaagacttgt 2357641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 438 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 43095356 - 43095199
Alignment:
Q  438 actgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttga 536  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| | |||||    
T  43095356 actgatggaacaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagattgaattgagattctagggtttctattggtttga 43095257  T
Q  537 gagaga---------agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    ||||||         ||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  43095256 gagagagagagagagagagatatgagtaaaagacttgtgaaattt-attgaatgaattg 43095199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 592 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 690171 - 690121
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaact 642  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  690171 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactgaacattgtaacaaact 690121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000007
Query Start/End: Original strand, 176 - 291
Target Start/End: Original strand, 34272289 - 34272402
Alignment:
Q  176 ataattggttttggcaaatggacatgcggctaacgatcctaaaaccaaggaagcttggaatgtgcatataaagaggaaaatgatgatcgataatgggtat 275  Q
    ||||||||||| || ||||||||||| | |||  |||||||||| |||||| |||| || |||||  ||||| || |||||||| |   |||||||||||    
T  34272289 ataattggtttaggtaaatggacatgtgactagtgatcctaaaatcaaggatgcttagattgtgc--ataaatagaaaaatgataaataataatgggtat 34272386  T
Q  276 gaagaaaattgatgaa 291  Q
    ||||||||||||||||    
T  34272387 gaagaaaattgatgaa 34272402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 549 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 3031617 - 3031580
Alignment:
Q  549 atgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3031617 atgagtagaagacttgtgtaattttattgaatgaattg 3031580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 172; Significance: 4e-92; HSPs: 6)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 4e-92
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 11096415 - 11096189
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||    
T  11096415 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagatgatgggtttctatggttttgagag 11096316  T
Q  540 agaagata--tatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaac 637  Q
    | || |||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  11096315 aaaaaatagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactgaacgttgtaac 11096216  T
Q  638 aaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  11096215 aaactcctctaacaaactaactacctt 11096189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 76; E-Value: 9e-35
Query Start/End: Original strand, 440 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 14685586 - 14685441
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    ||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||    
T  14685586 tgatgaaacaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagattctagggtttctatggttttaaga 14685487  T
Q  539 gagaagatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    || |||| | |||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  14685486 ga-aagagagatgagtaaaagacttgtaaaattt-attgaatgaattg 14685441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 592 - 662
Target Start/End: Original strand, 37186788 - 37186858
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacc 662  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37186788 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactagacgttgtaacaaactcctctaacaaactaactacc 37186858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 592 - 662
Target Start/End: Original strand, 37786581 - 37786651
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacc 662  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  37786581 tatttacaacacatgagtgaatatatatacaactggacgttgtaacaaagtcctctaacaaactaactacc 37786651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 191 - 291
Target Start/End: Complemental strand, 32848131 - 32848033
Alignment:
Q  191 aaatggacatgcggctaacgatcctaaaaccaaggaagcttggaatgtgcatataaagaggaaaatgatgatcgataatgggtatgaagaaaattgatga 290  Q
    ||||| ||||| |||| | |||||||||| |||||||| ||||| |||||||| | ||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  32848131 aaatgaacatgtggctcatgatcctaaaatcaaggaagtttggattgtgcataaatagag--aaatgatgatcaataatgggtatcaagaaaattgatga 32848034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 620 - 664
Target Start/End: Original strand, 37791180 - 37791224
Alignment:
Q  620 acaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  37791180 acaactgaacgttgtaacaaactcctctaacaaactaactacctt 37791224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 168; Significance: 1e-89; HSPs: 16)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 1e-89
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Original strand, 21794333 - 21794559
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  21794333 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaactagcacttaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagattatgggtttctatgattttgagag 21794432  T
Q  540 agaa--gatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaac 637  Q
    | ||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21794433 aaaaaagagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattgtcatatatttataacacatgagtaagtatatatacaactggacgttgtaac 21794532  T
Q  638 aaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||    
T  21794533 aaactcctctaacaaactaactacctt 21794559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Original strand, 43081477 - 43081706
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  43081477 tgatcgaacaatgtatgaaattaaaatgaaaccagcacttaaaactgagttcaattgaagaagatggaattgagattctgggtttctatggttttgagag 43081576  T
Q  540 aga--agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatg---aattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgt 634  Q
    |||  ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  43081577 agaacagagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaaaaattgtcatctatttacaacacatgagtgagtacatatacaattggacgttgt 43081676  T
Q  635 aacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    ||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  43081677 aacaaactcctataacaaactaactacctt 43081706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 437 - 664
Target Start/End: Original strand, 45485628 - 45485857
Alignment:
Q  437 tactgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttga 536  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| || ||||||||| |||||||| ||||||    
T  45485628 tactgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactgagttcaattgaagaagatggagttgagattctggatttctatgattttga 45485727  T
Q  537 gagaga--agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtc--atatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgtt 632  Q
    ||||||  ||| ||||||||  ||||||| |||||||| |||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45485728 gagagaacagagatatgagt--aagacttttgtaattttattgaatgaattgtctaatttatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgtt 45485825  T
Q  633 gtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  45485826 gtaacaaactcctctaacaaactaactacctt 45485857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 439 - 631
Target Start/End: Complemental strand, 13273574 - 13273380
Alignment:
Q  439 ctgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgaga 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||| |||||||||    
T  13273574 ctgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccaacatttaaaactgtgttcaattgaagaagatgaaattgagattctggatttctatagttttgaga 13273475  T
Q  539 gagaa--gatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgt 631  Q
    |||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13273474 gagaaaagagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaataaattgtcatatatttacaacacatgagtgaatatatatacaactggacgt 13273380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 493 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 18164169 - 18163995
Alignment:
Q  493 attgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagagagaa--gatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaatt-gtca 589  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  18164169 attgaagaagatggaattgagattctgggtttctatggttttgagagagaacagagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattcgtca 18164070  T
Q  590 tatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  18164069 tctatttacaacacttgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaacaaactaactacctt 18163995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 440 - 618
Target Start/End: Original strand, 45496896 - 45497078
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45496896 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaacaacacttaaaactgagttcaattgaagaagatggagttgagattctgggtttctatggttttgagag 45496995  T
Q  540 agaagat--atatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtc--atatatttacaacacatgagtgagtatata 618  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  45496996 agaacataaatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattatctaatttatttacaacacatgagtgagtatata 45497078  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 3e-59
Query Start/End: Original strand, 440 - 618
Target Start/End: Original strand, 45504638 - 45504820
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||  |||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  45504638 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaacaacacttaaaactgagttcaattgaagaagatggagttgagattctgggtttctatggttttgagag 45504737  T
Q  540 agaagat--atatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtc--atatatttacaacacatgagtgagtatata 618  Q
    |||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||  || |||||||||||||||||||||||||||    
T  45504738 agaacataaatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattatctaatttatttacaacacatgagtgagtatata 45504820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 85; E-Value: 4e-40
Query Start/End: Original strand, 440 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 5989677 - 5989527
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    |||||||||||||||||||| | ||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5989677 tgatggaacaatgtatgaaaattgaaggaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagattctagggtttctatggttttgaga 5989578  T
Q  539 gaga---agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    ||||   ||| |||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5989577 gagaaagagagatatgtataaaagacttgtgtaattttattgaatgaattg 5989527  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 441 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 1645297 - 1645148
Alignment:
Q  441 gatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgagag 539  Q
    ||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||    
T  1645297 gatggaacaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaatagaagaagatggaattgagattatagggtttctatggttttgagag 1645198  T
Q  540 aga---agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    |||   ||| ||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||    
T  1645197 agaaagagagatatgagtaaaagacttatataattttattgaatgaattg 1645148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 440 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 4285323 - 4285175
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagatt-ctgggtttctatggttttgaga 538  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| |    
T  4285323 tgatggaacaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacatttaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagattccagggtttctatggttttgata 4285224  T
Q  539 gaga-agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    || | |||  ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4285223 gaaagagaggtatgaataaaagacttgtgtaattttattgaatgaattg 4285175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 440 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 5983720 - 5983570
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    ||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||    
T  5983720 tgatggagcaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacacttaaaattgtgttcaattgaagaagatggaattgagattatagggtttctatagttttgaga 5983621  T
Q  539 gagaa---gatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    |||||   || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5983620 gagaaagcgagatatgaataaaagacttgtgtaattttattgaatgaattg 5983570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 592 - 664
Target Start/End: Original strand, 39190647 - 39190719
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  39190647 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactagacgttgtaacaaactcctctaacaaactaactacctt 39190719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 592 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 295878 - 295810
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaacta 660  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  295878 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacattgtaacaaactcctctaacaaactaacta 295810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 592 - 662
Target Start/End: Complemental strand, 302513 - 302444
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacc 662  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  302513 tatttacaacacat-agtgagtatatatacaactggacattgtaacaaactcctctaacaaactaactacc 302444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 592 - 642
Target Start/End: Complemental strand, 29960475 - 29960425
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaact 642  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  29960475 tatttacaacacataagtgagtatatatacaactagacgttgtaacaaact 29960425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 463 - 543
Target Start/End: Original strand, 31468930 - 31469012
Alignment:
Q  463 gaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagatt--ctgggtttctatggttttgagagagaa 543  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||  |||| | ||  |  ||||||||||||||| ||||||||    
T  31468930 gaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatgagattagggtttccatggtttctatggttttaagagagaa 31469012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 440 - 660
Target Start/End: Original strand, 7501212 - 7501434
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  7501212 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccaacacctaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagattctgggtttctatggttttgagag 7501311  T
Q  540 agaa--gatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaac 637  Q
    ||||  || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  7501312 agaaaagagatatgagtaaaagacttgtgtaattttattgaatgaattgttatctatttacaacacatgagtgagtatataaacaactgggcgttgtaac 7501411  T
Q  638 aaactcctctaaaaaactaacta 660  Q
    |||||||||||| ||||||||||    
T  7501412 aaactcctctaacaaactaacta 7501434  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 31888782 - 31888555
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagag 539  Q
    ||||| || ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||  |||| |||||||||||||||| | | ||| |||||||||||||||||||||     
T  31888782 tgatgaaaaaatgtatgaaattggaatgaaaccaacacttaaaactgggttcaattgaagaagatggaactgaaattttgggtttctatggttttgagaa 31888683  T
Q  540 agaa--gatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaatt-gtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaa 636  Q
    ||||  || |||||||||||||| ||||||||||| ||||||| || | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||    
T  31888682 agaaaagagatatgagtaaaagaattgtgtaattttattgaataaaatcgtcatctatttacaacacatgagtgagtatatatacaattgcacgttgtaa 31888583  T
Q  637 caaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||||    
T  31888582 caaacttctctaacaaactaactacctt 31888555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 440 - 586
Target Start/End: Original strand, 367160 - 367309
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    |||| ||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||    
T  367160 tgatagaacaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacatttaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagattctaaggtttatatggttttgaga 367259  T
Q  539 gaga---agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    ||||   ||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  367260 gagaaagagagatatgagtaaaagacttgtaaaattt-attgaatgaattg 367309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 440 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 7534421 - 7534272
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    |||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||| || | ||| |||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||    
T  7534421 tgatggaacaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacacttaaatctgtattcaattgaaaaagatggaattgagattctagggtttctatagttttgaga 7534322  T
Q  539 gaga----agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaatt 585  Q
    ||||    ||| |||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  7534321 gagaaaagagagatatgagtaaaagacttgtaaaattt-attgaatgaatt 7534272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 592 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 28249353 - 28249281
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  28249353 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactagacgttgtaacaaacttctctaacaaactaactacctt 28249281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 493 - 586
Target Start/End: Original strand, 369062 - 369158
Alignment:
Q  493 attgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgagagaga---agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||||||||||   ||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||    
T  369062 attgaagaagatggaattgagattctagggtttctatgattttgagagagaaagagagatatgagtaaaagacttgtaaaattt-attgaatgaattg 369158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Original strand, 22582180 - 22582407
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |  |||| ||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  22582180 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcatttaaaattgagttcaattgaagaagatgaaattgagattctagggtttctatggttttgaga 22582279  T
Q  539 gaga--agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaa 636  Q
    ||||  | | ||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  22582280 gagagaaaagatatgagtaaaaggcttgtgtaattttattgaatgaattctcatttatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtac 22582379  T
Q  637 caaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  22582380 caaactcctctaacaaactaactacctt 22582407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 463 - 586
Target Start/End: Original strand, 35323887 - 35324014
Alignment:
Q  463 gaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgagagaga---agatatatgagtaaaa 558  Q
    ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||| ||||||||||||    
T  35323887 gaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatggaattgagattctagggtttctatggttttgagagagaaagagagatatgagtaaaa 35323986  T
Q  559 gacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||    
T  35323987 gacttgtgtaattttattgaatgaattg 35324014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 439 - 527
Target Start/End: Complemental strand, 35703496 - 35703408
Alignment:
Q  439 ctgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttcta 527  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  35703496 ctgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactgagttcaattgaagaagatagaattgagattctgggtttcta 35703408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 5e-21
Query Start/End: Original strand, 604 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 45937960 - 45937900
Alignment:
Q  604 atgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||    
T  45937960 atgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaactaactaactacctt 45937900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 599 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 293308 - 293243
Alignment:
Q  599 aacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  293308 aacatatgagtgagtatatatacaactagacgttgtaacaaacccctctaacaaactaactacctt 293243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 607 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 297193 - 297136
Alignment:
Q  607 agtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  297193 agtgagtatatatacaactagacgttgtaacaaactcctctaacaaactaactacctt 297136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 357 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 34955514 - 34955446
Alignment:
Q  357 taaggacaccaaatctaattgggatgtcatatacaaattttatatttcattcaatacttaatttgcaat 425  Q
    |||| |||||||||| ||||| | | | || || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34955514 taagaacaccaaatccaattgagttcttatttataaattttatatttcattcaataattaatttgcaat 34955446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 179 - 263
Target Start/End: Complemental strand, 32471331 - 32471249
Alignment:
Q  179 attggttttggcaaatggacatgcggctaacgatcctaaaaccaaggaagcttggaatgtgcatataaagaggaaaatgatgatc 263  Q
    |||||||  ||||||||||||||  | ||  |||||||||| |||||||||||||| |||||||| | ||||  |||||||||||    
T  32471331 attggttgaggcaaatggacatgtagttagtgatcctaaaatcaaggaagcttggattgtgcataaatagag--aaatgatgatc 32471249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 144; Significance: 2e-75; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 2e-75
Query Start/End: Original strand, 440 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 53011450 - 53011221
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||  ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  53011450 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatgaaatagagattctagggtttctatggttttgaga 53011351  T
Q  539 gaga---agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatg-agtgagtatatatacaactggacgttgt 634  Q
    ||||   ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |    
T  53011350 gagaaagagagatatgaataaaagacttgtgtaattttattgaatgaattggcatatatttacaacacaggaagtgagtatatatacaactggacgtttt 53011251  T
Q  635 aacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  53011250 aacaaaatcctctaacaaactaactacctt 53011221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 440 - 660
Target Start/End: Complemental strand, 53008556 - 53008333
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgaga 538  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||||||||||||||    
T  53008556 tgatggaacaatgcatgaaattagaatgaaaccaacacttaaaattgtgttccattgaagaagatggaataaagattttagggtttctatggttttgaga 53008457  T
Q  539 gaga---agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattgtcatatatttacaacacatg-agtgagtatatatacaactggacgttgt 634  Q
    ||||   ||| |||||| |||||||||  |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53008456 gagaaagagagatatgaataaaagact--tgtaattttattgaattaattggcatatatttacaacacaggaagtgagtatatatacaactggacgttgt 53008359  T
Q  635 aacaaactcctctaaaaaactaacta 660  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||    
T  53008358 aacaaactcctctaacaaactaacta 53008333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 5e-36
Query Start/End: Original strand, 446 - 572
Target Start/End: Original strand, 28571346 - 28571474
Alignment:
Q  446 aacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattctgggtttctatggttttgagagag--aa 543  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||  |||||||| |||||||||||  ||    
T  28571346 aacaatgtatgaaattagaatgaaaccaacacttaaaactatgttcaattgaagaagatggaattgagattttgaatttctatgattttgagagagaaaa 28571445  T
Q  544 gatatatgagtaaaagacttgtgtaattt 572  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||    
T  28571446 gagatataagtaaaagacttgtgtaattt 28571474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 592 - 657
Target Start/End: Complemental strand, 5715427 - 5715362
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaa 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  5715427 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaacaaactaa 5715362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 592 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 50935784 - 50935727
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaa 649  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||    
T  50935784 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactagatgttgtaacaaactcctctaa 50935727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 594 - 649
Target Start/End: Complemental strand, 50912000 - 50911945
Alignment:
Q  594 tttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaa 649  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  50912000 tttacaacacatgagtgagtatatatacaactgggtgttgtaacaaactcctctaa 50911945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 3e-16
Query Start/End: Original strand, 609 - 661
Target Start/End: Original strand, 16853976 - 16854028
Alignment:
Q  609 tgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactac 661  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  16853976 tgagtatatatacaactggacgttgtaacaaattcctctaacaaactaactac 16854028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 440 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 56563313 - 56563270
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaa 483  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  56563313 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaa 56563270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 72; Significance: 2e-32; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 441 - 586
Target Start/End: Complemental strand, 10917170 - 10917022
Alignment:
Q  441 gatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatggaattaagattct-gggtttctatggttttgagag 539  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  10917170 gatggagcaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacacttaaaattgtgttcaattgaagaagatggaattgagattctagggtttctatagttttgagag 10917071  T
Q  540 aga---agatatatgagtaaaagacttgtgtaatttcattgaatgaattg 586  Q
    |||   ||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||    
T  10917070 agaaagagagatatgagtaaaagactggtgaaattt-attgaatgaattg 10917022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 592 - 662
Target Start/End: Original strand, 44541359 - 44541429
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacc 662  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  44541359 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacattgtaacaaactcctctaacaaactaactacc 44541429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 211 - 287
Target Start/End: Original strand, 49138139 - 49138212
Alignment:
Q  211 atcctaaaaccaaggaagcttggaatgtgcatataaagaggaaaatgatgatcgataatgggtatgaagaaaattga 287  Q
    |||||||||  ||||||||||||| ||| ||||  || ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  49138139 atcctaaaataaaggaagcttggattgtacata--aataggaaaatgat-atcaataatgggtatgaagaaaattga 49138212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 438 - 490
Target Start/End: Original strand, 3709509 - 3709561
Alignment:
Q  438 actgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgtt 490  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||| ||||    
T  3709509 actgatggaacaatgtatgaaaattgaatgaaaccaacatttaaaactgtgtt 3709561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038 (Bit Score: 61; Significance: 8e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 592 - 664
Target Start/End: Complemental strand, 49515 - 49443
Alignment:
Q  592 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactggacgttgtaacaaactcctctaaaaaactaactacctt 664  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  49515 tatttacaacacatgagtgagtatatatacaactagacgttgtaacaaacttctctaacaaactaactacctt 49443  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 440 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 34667 - 34602
Alignment:
Q  440 tgatggaacaatgtatgaaattagaatgaaaccagcacttaaaactttgttcgattgaagaagatg 505  Q
    |||||||||| ||||| ||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  34667 tgatggaacagtgtataaagattgaatgaaaccaacacttaaaactgtgttcaattgaagaagatg 34602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University