View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF12627_low_1 (Length: 613)
Name: NF12627_low_1
Description: NF12627
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12627_low_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 595
Target Start/End: Original strand, 27024792 - 27025372
Alignment:
| Q |
14 |
cagagagagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgca |
113 |
Q |
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| T |
27024792 |
cagagagagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttgaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgca |
27024891 |
T |
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| Q |
114 |
cccacaagcagtggagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttctt |
213 |
Q |
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| T |
27024892 |
cccacaagcagtggagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttctt |
27024991 |
T |
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| Q |
214 |
gctgatattggatttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
313 |
Q |
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| T |
27024992 |
gctgatattggatttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagaagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
27025091 |
T |
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| Q |
314 |
tctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatagatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtcttttatg |
413 |
Q |
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| T |
27025092 |
tctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatacatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtcttttatg |
27025191 |
T |
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| Q |
414 |
ctttcagttttaattttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttggatttaattatgtgttgcatttttatgttccannn |
513 |
Q |
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| T |
27025192 |
ctttcagttttaattttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttgaatttaattatgtgttgcatttttatgttcca-tt |
27025290 |
T |
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| Q |
514 |
nnnnnnngggttagaagcatataagtgctcatgtttcatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattat |
595 |
Q |
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| T |
27025291 |
tttttttgggttagaagcatataagtgctcatgttccatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattat |
27025372 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 527; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 527; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 595
Target Start/End: Original strand, 33020565 - 33021145
Alignment:
| Q |
14 |
cagagagagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgca |
113 |
Q |
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| T |
33020565 |
cagagagagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttgaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagaggggtccaaactgca |
33020664 |
T |
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| Q |
114 |
cccacaagcagtggagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttctt |
213 |
Q |
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| T |
33020665 |
cccacaagcagtggagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttctt |
33020764 |
T |
|
| Q |
214 |
gctgatattggatttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
313 |
Q |
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| T |
33020765 |
gctgatattggatttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagaagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
33020864 |
T |
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| Q |
314 |
tctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatagatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtcttttatg |
413 |
Q |
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| T |
33020865 |
tctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatacatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtcttttatg |
33020964 |
T |
|
| Q |
414 |
ctttcagttttaattttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttggatttaattatgtgttgcatttttatgttccannn |
513 |
Q |
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|
| T |
33020965 |
ctttcagttttaattttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttggatttaattatgtgttgcatttttatgttcca-tt |
33021063 |
T |
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| Q |
514 |
nnnnnnngggttagaagcatataagtgctcatgtttcatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattat |
595 |
Q |
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|
| T |
33021064 |
tttttttgggttagaagcatataagtgctcatgttccatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattat |
33021145 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 323; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 323; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 352
Target Start/End: Original strand, 19256545 - 19256883
Alignment:
| Q |
14 |
cagagagagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgca |
113 |
Q |
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| T |
19256545 |
cagagagagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttgaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagtggggtccaaactgca |
19256644 |
T |
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| Q |
114 |
cccacaagcagtggagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttctt |
213 |
Q |
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| T |
19256645 |
cccacaagcagtggagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttctt |
19256744 |
T |
|
| Q |
214 |
gctgatattggatttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
313 |
Q |
| |
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| T |
19256745 |
gctgatattggatttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
19256844 |
T |
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| Q |
314 |
tctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactac |
352 |
Q |
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| T |
19256845 |
tctactaaattccactgcaatctatgttccctttactac |
19256883 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2 (Bit Score: 296; Significance: 1e-166; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 14 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 10118370 - 10118071
Alignment:
| Q |
14 |
cagagagagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgca |
113 |
Q |
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| T |
10118370 |
cagagagagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttgaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacacagcggggtccaaactgca |
10118271 |
T |
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| Q |
114 |
cccacaagcagtggagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttctt |
213 |
Q |
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| T |
10118270 |
cccacaagcagtggagatggtagttgaagatttagtggaagaggcagttgaagaaccacctcaagggcaaatagtgttggatattgatctaaatcttctt |
10118171 |
T |
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| Q |
214 |
gctgatattggatttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
313 |
Q |
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| T |
10118170 |
gctgatattggatttgatttaaacaagtttgctgatgatgaaaatctaactcccaaagaagaagcagcaagagattgtttgaaaatatatcttccccgtt |
10118071 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 308 - 595
Target Start/End: Complemental strand, 10114921 - 10114633
Alignment:
| Q |
308 |
cccgtttctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatagatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtct |
407 |
Q |
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| T |
10114921 |
cccgtttctactaaatcccattgcaatctatgttccctttactacccaaaagtgcatgaaatacatgtaggaatgaagtcaatttttattttccttgtct |
10114822 |
T |
|
| Q |
408 |
tttatgctttcagttttaattttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttggatttaattatgtgttgcatttttatgtt |
507 |
Q |
| |
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| T |
10114821 |
tttatgctttcagttttaattttggattgttggagataaacattattgaaaaattctaatgaaaatggttgaatttaattatgtgttgcatttttatgtt |
10114722 |
T |
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| Q |
508 |
cca-nnnnnnnnnngggttagaagcatataagtgctcatgtttcatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattat |
595 |
Q |
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| T |
10114721 |
ccatttttttttttgggttagaagcatataagtgctcatgttccatatgtgtgagtacttgattcacacgttcatgatattcatattat |
10114633 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6 (Bit Score: 46; Significance: 6e-17; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 46; E-Value: 6e-17
Query Start/End: Original strand, 19 - 96
Target Start/End: Complemental strand, 4890947 - 4890870
Alignment:
| Q |
19 |
agagaaaaattgttggagatggtagttgaggattcacttaaagggaaagttgattatgagtttgatactgcagacaca |
96 |
Q |
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| T |
4890947 |
agaggaaaattgttggagatgatagttgaggatttactggaaggggaagttgattatgagtttgatattgtagacaca |
4890870 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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