View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12640_low_18 (Length: 240)

Name: NF12640_low_18
Description: NF12640
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12640_low_18
NF12640_low_18
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (3-227)||(10038623-10038847)
chr3 (2-231)||(50410151-50410390)
chr3 (2-231)||(10110579-10110818)
chr3 (47-231)||(52918045-52918229)
chr3 (3-231)||(13530018-13530256)
chr3 (43-231)||(10000386-10000574)
chr3 (5-231)||(10968785-10969021)
chr3 (43-231)||(10237535-10237722)
chr3 (2-231)||(32750-32989)
chr3 (43-231)||(46913050-46913238)
chr3 (3-231)||(11368625-11368865)
chr3 (64-231)||(47692948-47693115)
chr3 (43-229)||(11362239-11362426)
[»] chr5 (14 HSPs)
chr5 (3-231)||(37261294-37261520)
chr5 (2-231)||(14192813-14193052)
chr5 (2-231)||(25542794-25543033)
chr5 (2-222)||(17871638-17871868)
chr5 (2-231)||(27881063-27881302)
chr5 (4-231)||(39883162-39883399)
chr5 (2-231)||(37372915-37373154)
chr5 (2-231)||(8428575-8428814)
chr5 (84-231)||(24629954-24630101)
chr5 (84-231)||(30346637-30346784)
chr5 (4-226)||(3689961-3690193)
chr5 (4-226)||(3876594-3876826)
chr5 (84-231)||(10025042-10025189)
chr5 (188-221)||(6089199-6089232)
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (2-231)||(2329148-2329384)
chr1 (6-231)||(36207194-36207429)
chr1 (2-231)||(18148667-18148906)
chr1 (2-231)||(2453118-2453357)
chr1 (2-231)||(16042004-16042243)
chr1 (43-231)||(48238529-48238717)
chr1 (2-228)||(37390153-37390389)
chr1 (2-231)||(6310995-6311235)
chr1 (84-231)||(52500648-52500795)
chr1 (3-231)||(48775337-48775575)
chr1 (2-90)||(48233498-48233596)
[»] chr7 (8 HSPs)
chr7 (2-231)||(5828556-5828795)
chr7 (2-231)||(21070063-21070302)
chr7 (1-222)||(22843792-22844023)
chr7 (1-231)||(9001145-9001385)
chr7 (2-231)||(7036699-7036938)
chr7 (2-231)||(12781149-12781389)
chr7 (2-231)||(12785979-12786218)
chr7 (84-231)||(42232063-42232210)
[»] chr2 (11 HSPs)
chr2 (2-231)||(24269071-24269310)
chr2 (4-223)||(24245812-24246041)
chr2 (4-231)||(27509353-27509590)
chr2 (2-231)||(17683830-17684069)
chr2 (4-231)||(27192468-27192705)
chr2 (4-231)||(27842282-27842519)
chr2 (2-231)||(21395349-21395588)
chr2 (43-231)||(35609664-35609852)
chr2 (2-231)||(41920174-41920413)
chr2 (2-231)||(28666173-28666412)
chr2 (2-231)||(37825007-37825246)
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (4-231)||(1860656-1860893)
chr4 (2-231)||(49710152-49710390)
chr4 (2-231)||(35855886-35856125)
chr4 (2-231)||(38518075-38518314)
chr4 (2-231)||(49786829-49787068)
chr4 (84-231)||(55559131-55559278)
chr4 (2-125)||(13337320-13337453)
chr4 (2-43)||(618225-618266)
[»] scaffold0262 (1 HSPs)
scaffold0262 (2-228)||(18988-19224)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (2-231)||(5261-5499)
[»] scaffold0017 (1 HSPs)
scaffold0017 (2-231)||(186534-186772)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (2-231)||(10187523-10187762)
chr6 (3-231)||(2202181-2202419)
chr6 (2-222)||(30881315-30881545)
chr6 (2-231)||(18344104-18344343)
chr6 (43-231)||(15333622-15333810)
chr6 (43-229)||(31510251-31510437)
chr6 (43-229)||(29640080-29640266)
chr6 (76-231)||(12517367-12517522)
[»] scaffold1139 (1 HSPs)
scaffold1139 (2-227)||(983-1218)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (2-231)||(25218566-25218805)
chr8 (2-231)||(21113745-21113984)
chr8 (2-231)||(30307156-30307395)
chr8 (2-231)||(7821817-7822056)
chr8 (43-231)||(31978579-31978767)
chr8 (62-231)||(25209103-25209272)
chr8 (2-43)||(25209048-25209089)
[»] scaffold0356 (1 HSPs)
scaffold0356 (2-231)||(17877-18109)
[»] scaffold0073 (2 HSPs)
scaffold0073 (2-231)||(31912-32150)
scaffold0073 (7-231)||(19436-19670)
[»] scaffold0550 (1 HSPs)
scaffold0550 (2-231)||(573-812)
[»] scaffold0002 (1 HSPs)
scaffold0002 (2-231)||(321337-321576)
[»] scaffold0025 (1 HSPs)
scaffold0025 (15-231)||(16663-16889)
[»] scaffold0003 (2 HSPs)
scaffold0003 (3-227)||(182794-183028)
scaffold0003 (43-229)||(165511-165698)
[»] scaffold0090 (1 HSPs)
scaffold0090 (2-231)||(48937-49176)
[»] scaffold0118 (1 HSPs)
scaffold0118 (84-231)||(28727-28874)
[»] scaffold0888 (1 HSPs)
scaffold0888 (119-231)||(30-142)
[»] scaffold1424 (1 HSPs)
scaffold1424 (155-231)||(1627-1703)
[»] scaffold0107 (1 HSPs)
scaffold0107 (1-39)||(39937-39975)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 3 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 10038847 - 10038623
Alignment:
Q  3 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaagggg 102  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10038847 gaagatttgcttatatcagacacaacaaatctgttgatgtctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttccaagaaagggg 10038748  T
Q  103 aatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtt 202  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  10038747 aatactcgcgccaacacttgattcaattgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatattatttaagctctcattctgtt 10038648  T
Q  203 tgtcgatcgtgtgaaaattctgatg 227  Q
    ||||||||| |||||||||||||||    
T  10038647 tgtcgatcgggtgaaaattctgatg 10038623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 50410390 - 50410151
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  50410390 tgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgacccactatttttt 50410291  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  50410290 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacaaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 50410191  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  50410190 ctgattctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 50410151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10110818 - 10110579
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||          |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  10110818 tgaagatttgctcatatcagacgcaacaaatctgttgatgtcacttacagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 10110719  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10110718 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 10110619  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
     ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  10110618 ttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10110579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 47 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 52918229 - 52918045
Alignment:
Q  47 gtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaat 146  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||    
T  52918229 gtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgactcgctatttttccaagaaaggggaatacccgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaat 52918130  T
Q  147 atatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  52918129 atatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 52918045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 13530256 - 13530018
Alignment:
Q  3 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttc 92  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  13530256 gaagatttggtcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 13530157  T
Q  93 aagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 192  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  13530156 aagaaaggggaatactcgcaccaacacttcattcagttgagcattttaacgaatatatgatgtcactgagtccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 13530057  T
Q  193 tgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    || ||||| |||||||||  ||||||||| || ||||||    
T  13530056 tggttctgcttgtcgatcaggtgaaaattttggtgtcca 13530018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10000574 - 10000386
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  10000574 ctttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 10000475  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  10000474 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10000386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 5 - 231
Target Start/End: Original strand, 10968785 - 10969021
Alignment:
Q  5 agatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaa 94  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |          |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||  ||    
T  10968785 agatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgccacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaacttcgtgacctgctatttttctaa 10968884  T
Q  95 gaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctg 194  Q
    | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  10968885 gcaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtttagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctt 10968984  T
Q  195 attctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  10968985 attttgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10969021  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10237722 - 10237535
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  10237722 ctttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 10237623  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  10237622 gaatatatgatgttactgattccaggtgaagagaaagagta-ttaagctttgattatgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 10237535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 32989 - 32750
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  32989 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatggactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 32890  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||    
T  32889 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtatttaacct 32790  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  32789 ctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 32750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 46913238 - 46913050
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  46913238 ctttgtgtatcccgatttgaatgataactttggcgacccgctatttttccaagaaaggagaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 46913139  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| | | |||||||||||||||    
T  46913138 gaatatatgatgtcaccaattccaggtgaagaaaaatagtatttaagctttgattatgtttgtcgatcggggggaaattctgatgtcca 46913050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 11368865 - 11368625
Alignment:
Q  3 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttc 92  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||          ||||| |||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||||    
T  11368865 gaagatttgctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcactcatagactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtgacccgctcttttttc 11368766  T
Q  93 -aagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
     |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  11368765 caagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 11368666  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtg-aaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||  ||||||||| | ||| |||| |||||||||||    
T  11368665 ctgattcaatttgtcgattgggtgaaaaagtctgatgtcca 11368625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 64 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 47693115 - 47692948
Alignment:
Q  64 tgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgatt 163  Q
    |||||||||| ||||||| | |||||  |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||    
T  47693115 tgataaccttggtgacccacaattttcccaagaaaggggaatcctcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatacatgatgtcactaatt 47693016  T
Q  164 ccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  47693015 ccaggtgaagagaaagagtatttaacctctgattctgtttgtcgatcggacgaaaattctgatgtcca 47692948  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 43 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 11362426 - 11362239
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    |||||| |||||| |||| ||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||     
T  11362426 ctttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccactatttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaac 11362327  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaata-gtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtc 229  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  11362326 gaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagatttttttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 11362239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 14)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 37261520 - 37261294
Alignment:
Q  3 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaagggg 102  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  37261520 gaagatttgcttatattggacacaacaa--ccgttgatgtctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttaatgacccgttattttttcaagaaagggg 37261423  T
Q  103 aatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtt 202  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37261422 aatacttgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtt 37261323  T
Q  203 tgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  37261322 tgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 37261294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 1e-83
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 14192813 - 14193052
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||     
T  14192813 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccgctatttttc 14192912  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14192913 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 14193012  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  14193013 ctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 14193052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 25542794 - 25543033
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  25542794 tgaagattttctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 25542893  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25542894 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 25542993  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  25542994 ctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 25543033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Original strand, 17871638 - 17871868
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||     
T  17871638 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacccgctatttttc 17871737  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17871738 caagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 17871837  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattc 222  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  17871838 ctggttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 17871868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 27881302 - 27881063
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  27881302 tgaagatttgctgatatcggacccaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 27881203  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  27881202 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtatttaagct 27881103  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  27881102 ctgattctatttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 27881063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 6e-61
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 39883399 - 39883162
Alignment:
Q  4 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttca 93  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||| || ||||||||  ||    
T  39883399 aagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgcccagctattttgcca 39883300  T
Q  94 agaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 193  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  39883299 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctct 39883200  T
Q  194 gattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||| ||||| |||| |||| |||||||||    
T  39883199 gattctgtttgtagatcgggtgacaattatgatgtcca 39883162  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 37373154 - 37372915
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  37373154 tgaagatttgctgatatcagacataacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 37373055  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
     ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37373054 gaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaaccaatttatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 37372955  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||| ||||||||||||||    
T  37372954 ctgattctatttttagatcgggtgataattctgatgtcca 37372915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 8428575 - 8428814
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  8428575 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 8428674  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  8428675 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 8428774  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||| ||||| |||||||||||||    
T  8428775 ctgattctatttttagatcgggtgaatattctgatgtcca 8428814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Original strand, 24629954 - 24630101
Alignment:
Q  84 tattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 183  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24629954 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 24630053  T
Q  184 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  24630054 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24630101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Original strand, 30346637 - 30346784
Alignment:
Q  84 tattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 183  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30346637 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacacttgattaagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 30346736  T
Q  184 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  30346737 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 30346784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 3690193 - 3689961
Alignment:
Q  4 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttca 93  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||          ||||| |||||| |||||||||||||| || ||||||| || ||||||||    
T  3690193 aagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggtgacccactcttttttca 3690094  T
Q  94 agaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 193  Q
    ||||| | |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3690093 agaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaaagagtatttaagctct 3689994  T
Q  194 gattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgat 226  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  3689993 gattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3689961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 4 - 226
Target Start/End: Original strand, 3876594 - 3876826
Alignment:
Q  4 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttca 93  Q
    |||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||          ||||| |||||| |||||||||||||| || | ||||| || ||||||||    
T  3876594 aagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatggactttgtatatcccgatttgaatgataacattggggacccactcttttttca 3876693  T
Q  94 agaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 193  Q
    ||||| | |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3876694 agaaaagtgaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtggagagaaagagtatttaagctct 3876793  T
Q  194 gattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgat 226  Q
    ||||| |||||||||||| | ||||||||||||    
T  3876794 gattcagtttgtcgatcgggcgaaaattctgat 3876826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10025189 - 10025042
Alignment:
Q  84 tattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 183  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||    
T  10025189 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcattgattccaagtgaagagaaagagta 10025090  T
Q  184 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  10025089 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 10025042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 188 - 221
Target Start/End: Complemental strand, 6089232 - 6089199
Alignment:
Q  188 agctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaatt 221  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6089232 agctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaatt 6089199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 151; Significance: 5e-80; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 151; E-Value: 5e-80
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 2329384 - 2329148
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcttt-------gtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaa 94  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  |       ||||||||| ||||||||||||||||| |||| || ||||||||||||    
T  2329384 tgaagattttctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccactattttttcaa 2329285  T
Q  95 gaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctg 194  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2329284 gaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctg 2329185  T
Q  195 attctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2329184 attctctttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2329148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 6 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 36207429 - 36207194
Alignment:
Q  6 gatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaag 95  Q
    ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  36207429 gattttctcatatccgacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttttcaag 36207330  T
Q  96 aaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctga 195  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||    
T  36207329 aaaggggaatactcgccccaacaattgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctttga 36207230  T
Q  196 ttctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    || ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  36207229 ttatgtttgtcgatcgggtgaaaattatgatgtcca 36207194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 18148906 - 18148667
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  18148906 tgaagattttctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatcgactttgtgtatctcaatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 18148807  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  18148806 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcatttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 18148707  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    || |||||||||||||||||  |||||||||| |||||||    
T  18148706 cttattctgtttgtcgatcggatgaaaattcttatgtcca 18148667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 2453118 - 2453357
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||          |||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  2453118 tgaagatttgctcatatcgaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgaattccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 2453217  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||    
T  2453218 caagaaaggggaatactcgcaccaacgctttattgagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactaattccaggtgaagagaaagagtatttaggct 2453317  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2453318 ctgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2453357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16042243 - 16042004
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| || ||||||||      
T  16042243 tgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtgtatcccaatctgaatgataaccttggtgcccagctattttgc 16042144  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  16042143 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaagtgaagagaaagagtatttaagct 16042044  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  16042043 ctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 16042004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Original strand, 48238529 - 48238717
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  48238529 ctttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctatttttccaagaaagaggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 48238628  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||    
T  48238629 gaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaactttgatgtcca 48238717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 228
Target Start/End: Original strand, 37390153 - 37390389
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  37390153 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 37390252  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  37390253 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 37390352  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgt 228  Q
    |||||||| ||| | ||||| ||||||||||||||||    
T  37390353 ctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgt 37390389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 6310995 - 6311235
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  6310995 tgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 6311094  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  6311095 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 6311194  T
Q  192 ctgattctgtttgt-cgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  6311195 ctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 6311235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 52500795 - 52500648
Alignment:
Q  84 tattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 183  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52500795 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 52500696  T
Q  184 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  52500695 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 52500648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Original strand, 48775337 - 48775575
Alignment:
Q  3 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttc 92  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||          ||||| |||||| ||| |||||||||| || |||||| ||| ||||| |    
T  48775337 gaagatttgctcatatccgacacaacaaattctttgatgtcactaatacactttgtatatcccgattagaatgataacattggtgacctgctctttttcc 48775436  T
Q  93 aagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 192  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  48775437 aagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtaaatgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 48775536  T
Q  193 tgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||| |||||||||||| |  |||| |||||||||||    
T  48775537 tgattcagtttgtcgatcgggcaaaaagtctgatgtcca 48775575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 2 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 48233596 - 48233498
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttt 90  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||| ||||||||    
T  48233596 tgaagatttactcatatcgaacacaacaaatccgctgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggcgaccctctattttt 48233498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 8)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 5828556 - 5828795
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||          |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  5828556 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatcttttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 5828655  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5828656 caagaaaggggaatactcgcaccaacacttgactcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 5828755  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  5828756 ctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattatgatgtcca 5828795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 21070063 - 21070302
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| || ||| |||||||||     
T  21070063 tgaagatttgctcatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtaacctgctatttttc 21070162  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  21070163 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattcctggtgaagagaaagagtatttaagct 21070262  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||  ||||||||    
T  21070263 ctgattctgtttgttgatcgggtgaaaatttagatgtcca 21070302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 22844023 - 22843792
Alignment:
Q  1 ttgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttt 90  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||           ||||||||| | |||| |||||||||||| |||||| |||||||||    
T  22844023 ttgaagatttgctcatatctgacacaacaaatctgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacctgctattttt 22843924  T
Q  91 tcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagc 190  Q
     |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  22843923 ccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagt 22843824  T
Q  191 tctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattc 222  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  22843823 tctgtttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 22843792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 231
Target Start/End: Original strand, 9001145 - 9001385
Alignment:
Q  1 ttgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttt 90  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||          |||| |||||| || ||| |||||||||| ||||||  ||||||||    
T  9001145 ttgaagatttgttgatatcggacacaacaaatccgttgatgtctcttatagactttgtttatcccgatctgattgataaccttggtgaccaactattttt 9001244  T
Q  91 tcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagc 190  Q
     |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  9001245 ccaagaaaggggaatactcgcactaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaagc 9001344  T
Q  191 tctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  9001345 tctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 9001385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7036938 - 7036699
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||| ||||     
T  7036938 tgaagattcgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactacttttc 7036839  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  7036838 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 7036739  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  7036738 ctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7036699  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 12781149 - 12781389
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  12781149 tgaagatttgctgatataagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 12781248  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  12781249 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 12781348  T
Q  192 ctgattctgtttgt-cgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| |  ||||| |||||||||||||||||||    
T  12781349 ctgattctatttttgagatcgggtgaaaattctgatgtcca 12781389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 12785979 - 12786218
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          | |||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  12785979 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 12786078  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||    
T  12786079 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacct 12786178  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||  |||||||||||||||||||    
T  12786179 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 12786218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 42232210 - 42232063
Alignment:
Q  84 tattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 183  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  42232210 tatttttccaagaaaggggaatactctcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 42232111  T
Q  184 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  42232110 tttaaactctgattttgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 42232063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 149; Significance: 8e-79; HSPs: 11)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 8e-79
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 24269071 - 24269310
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  24269071 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 24269170  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  24269171 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 24269270  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  24269271 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 24269310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 4 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 24246041 - 24245812
Alignment:
Q  4 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttca 93  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||           ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24246041 aagatttgctcataacggacacaacaaatccgtggatgtcacttatagaccttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttttca 24245942  T
Q  94 agaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 193  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||    
T  24245941 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagatct 24245842  T
Q  194 gattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattct 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  24245841 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattct 24245812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 27509590 - 27509353
Alignment:
Q  4 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttca 93  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||          |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||| ||    
T  27509590 aagatttgctcatgtcggacacaacaaattcgttgatatcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacctgctatttttcca 27509491  T
Q  94 agaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 193  Q
    ||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27509490 agaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctct 27509391  T
Q  194 gattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  27509390 gattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctaatgtcca 27509353  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 17683830 - 17684069
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||| ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  17683830 tgaatattcgctcatattggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 17683929  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17683930 caagaaaggggaatactcgctccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 17684029  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  17684030 atgattttgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 17684069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 27192705 - 27192468
Alignment:
Q  4 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttca 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  27192705 aagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccctctatttttcca 27192606  T
Q  94 agaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 193  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27192605 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaagctct 27192506  T
Q  194 gattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  27192505 gattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27192468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 27842519 - 27842282
Alignment:
Q  4 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttca 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||    
T  27842519 aagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccctctatttttcca 27842420  T
Q  94 agaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 193  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  27842419 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaagctct 27842320  T
Q  194 gattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| || |||||||||    
T  27842319 gattctatttgtcgatcgggtgaaatttttgatgtcca 27842282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 21395588 - 21395349
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          ||||| |||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  21395588 tgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcgcttatagactttgtatatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 21395489  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21395488 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 21395389  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  21395388 ctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 21395349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 35609852 - 35609664
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    |||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| || ||||     
T  35609852 ctttgtgtattccgatttgaatgataacattggtgacccgctatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagtatgttaac 35609753  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35609752 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattatgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgtcca 35609664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 41920174 - 41920413
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  41920174 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 41920273  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||| || ||||| |||| |||| |||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||| ||    
T  41920274 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattaagcatgttaacgaatttatgatgtcgttgattccaggtgaagataaagagtatttaacct 41920373  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  41920374 ctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 41920413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 28666173 - 28666412
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          | |||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  28666173 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 28666272  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||    
T  28666273 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacct 28666372  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||  |||||||||||||||||||    
T  28666373 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 28666412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 37825007 - 37825246
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          | |||||||||| || | |||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  37825007 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaactatttttc 37825106  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||    
T  37825107 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacct 37825206  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||  |||||||||||||||||||    
T  37825207 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 37825246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 147; Significance: 1e-77; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 147; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 4 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1860893 - 1860656
Alignment:
Q  4 aagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttca 93  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||    
T  1860893 aagatttgctcatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcca 1860794  T
Q  94 agaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctct 193  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||||    
T  1860793 agaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattctgggtgaagagaaagagtatttaagctct 1860694  T
Q  194 gattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  1860693 gattctgtttgttgatcgggtgaaaattctgatgtcca 1860656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 49710390 - 49710152
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||     
T  49710390 tgaagatttgctgatatcggacacaacaaatcc-ttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttc 49710292  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  49710291 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 49710192  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  49710191 ctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 49710152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 35856125 - 35855886
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  35856125 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 35856026  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  35856025 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 35855926  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  35855925 ctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 35855886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 38518314 - 38518075
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || | |||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  38518314 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccaactatttttc 38518215  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  38518214 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 38518115  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  38518114 ctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 38518075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 49786829 - 49787068
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          | |||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  49786829 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 49786928  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  49786929 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatattaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacct 49787028  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||  |||||||||||||||||||    
T  49787029 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49787068  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 108; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Original strand, 55559131 - 55559278
Alignment:
Q  84 tattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 183  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  55559131 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagta 55559230  T
Q  184 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  55559231 tttaaactctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 55559278  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 2 - 125
Target Start/End: Complemental strand, 13337453 - 13337320
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||          |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  13337453 tgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgtttatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 13337354  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgatt 125  Q
    ||||||||||||||||||||  |||| |||||||    
T  13337353 caagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgatt 13337320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 2 - 43
Target Start/End: Original strand, 618225 - 618266
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc 43  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  618225 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtc 618266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0262 (Bit Score: 146; Significance: 5e-77; HSPs: 1)
Name: scaffold0262
Description:

Target: scaffold0262; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 2 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 19224 - 18988
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  19224 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatatgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 19125  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  19124 caaaaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 19025  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgt 228  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19024 ctgattctgtttgtcgatcgagtgaaaattctgatgt 18988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 5261 - 5499
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||          |||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||      
T  5261 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatctattgatgtcacttatagactttgtgtatctcgatttgaatgataaccttggtgacccgctattttc- 5359  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  5360 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgatttcaggtgaagagaaagagtatttaagct 5459  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5460 ctgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 5499  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0017 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 1)
Name: scaffold0017
Description:

Target: scaffold0017; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 186772 - 186534
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  186772 tgaagatttgctcatatcgtacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 186673  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  186672 caataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagctgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 186573  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||    
T  186572 ctgattctgtttgtcgatcgggtg-aaattctgatgtcca 186534  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 10187762 - 10187523
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  10187762 tgaatatttgctcatattggacacaaaaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 10187663  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  10187662 caagaaaagggaatactcgctccaacacttgattcaattgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 10187563  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
     ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  10187562 atgattctgtttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 10187523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 3 - 231
Target Start/End: Original strand, 2202181 - 2202419
Alignment:
Q  3 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttc 92  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  2202181 gaagatttgctcatatcgaacacaataaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttcc 2202280  T
Q  93 aagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 192  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| || ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2202281 aagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtagaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctc 2202380  T
Q  193 tgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  2202381 tgattctatttgtcgatcgggtgaaaattctgatgtcca 2202419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 4e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 30881545 - 30881315
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtct----------ttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||| | |||| |||||||||||| ||||||||||||||||     
T  30881545 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagacattgtgtatctcgatttaaatgataaccttggtgacccgctatttttc 30881446  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30881445 caagaaagggaaatactcgcaccaacgcttgattctgttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 30881346  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattc 222  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  30881345 ctggttctgtttgtcgatcgggtgaaaattc 30881315  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 18344343 - 18344104
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  18344343 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttcatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgaccatctatttttc 18344244  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  18344243 caagaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttgacgaatatatgatgtcgctgattccaggcgaagagaaagagtatttaagct 18344144  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
     ||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  18344143 ttgattctatttgtcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 18344104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 15333810 - 15333622
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||     
T  15333810 ctttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaacaaatgggaatactcgcaccaacacttgattcagttgagcatgttaac 15333711  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||    
T  15333710 gaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaggctctgattctgtttgtagatcaggtgaaaattctgatgtcca 15333622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 43 - 229
Target Start/End: Original strand, 31510251 - 31510437
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  31510251 ctttgtgtatcctaatctgaatgataaccttggtgaccaactattttttcaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 31510350  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtc 229  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  31510351 gaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtc 31510437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 43 - 229
Target Start/End: Original strand, 29640080 - 29640266
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    ||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||     
T  29640080 ctttgtgtatcctgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaac 29640179  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtc 229  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||    
T  29640180 gaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaacctctaattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtc 29640266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 76 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 12517522 - 12517367
Alignment:
Q  76 tgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagag 175  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12517522 tgaccagctatttttccaagaaaggggaatatttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagag 12517423  T
Q  176 aaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||  ||| | |||||||||||||||||||    
T  12517422 aaagagtatttaagctctgattctgtttgatgatggggtgaaaattctgatgtcca 12517367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1139 (Bit Score: 141; Significance: 5e-74; HSPs: 1)
Name: scaffold1139
Description:

Target: scaffold1139; HSP #1
Raw Score: 141; E-Value: 5e-74
Query Start/End: Original strand, 2 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 1218 - 983
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  1218 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 1119  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  1118 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttaattcagtcgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaagtgaagagaaagagtatttaagct 1019  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatg 227  Q
    |||||| |||||||| |||| | |||||||||||||    
T  1018 ctgattttgtttgtcaatcgggcgaaaattctgatg 983  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 137; Significance: 1e-71; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 137; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 25218566 - 25218805
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  25218566 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 25218665  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  25218666 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 25218765  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  25218766 ctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 25218805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 21113745 - 21113984
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||     
T  21113745 tgaagatttgcttatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttatagactttgtgtatcttgatttgaatgataaccttggtgacccgctatttttc 21113844  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    ||| ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  21113845 caaaaaaggggaatacttgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 21113944  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  21113945 ctgattctgtttgtcgctcgggtgaaaattctgatgtcca 21113984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 30307395 - 30307156
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||  ||||||||     
T  30307395 tgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaacgataaccttggtgaccaactatttttc 30307296  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  30307295 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 30307196  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    | |||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  30307195 ccgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 30307156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 7822056 - 7821817
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          ||||||||| || || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  7822056 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtattccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 7821957  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  7821956 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgatttcaggtgaagagaaagagtatttaagct 7821857  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||| |||||||||||||||||||    
T  7821856 ctgattctatttttagatcgggtgaaaattctgatgtcca 7821817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 43 - 231
Target Start/End: Original strand, 31978579 - 31978767
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||     
T  31978579 ctttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaagaaaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaac 31978678  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
     ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||||    
T  31978679 aaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctgtttgtagatcgggggaaaattcagatgtcca 31978767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 62 - 231
Target Start/End: Original strand, 25209103 - 25209272
Alignment:
Q  62 aatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactga 161  Q
    |||||||||||| ||||||  |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| ||||    
T  25209103 aatgataaccttggtgaccaactatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctga 25209202  T
Q  162 ttccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| | |||||||||||||||||    
T  25209203 ttccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgattctatttttagatcgggcgaaaattctgatgtcca 25209272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 2 - 43
Target Start/End: Original strand, 25209048 - 25209089
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc 43  Q
    |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||    
T  25209048 tgaagatttgctgatgtcagacacaacaaatccgttgatgtc 25209089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0356 (Bit Score: 127; Significance: 1e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0356
Description:

Target: scaffold0356; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 17877 - 18109
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||           
T  17877 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataaccttggtgatccgct------- 17969  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  17970 caagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgatttagttgagcatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaagagtatttaagct 18069  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
     |||||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||    
T  18070 ttgattctgtttgccgatcgggtgaaaattatgatgtcca 18109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073 (Bit Score: 125; Significance: 2e-64; HSPs: 2)
Name: scaffold0073
Description:

Target: scaffold0073; HSP #1
Raw Score: 125; E-Value: 2e-64
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 32150 - 31912
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||||||     
T  32150 tgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttc 32051  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||| |||| || ||||| |||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||    
T  32050 caagaaagggga-tacttgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatgttgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaaact 31952  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  31951 ctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 31912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0073; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 7 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 19670 - 19436
Alignment:
Q  7 atttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaaga 96  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||          |||||||||||| || |||||||||||||| |||||| ||||||||| |||||    
T  19670 atttgctgatatcggacacaacaaatctgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccagctatttttccaaga 19571  T
Q  97 aaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgat 196  Q
    |||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  19570 aaggggaatactcgcatcaacgcttgattcagttgagcatgtcaacaaatttatgatgtcgctgattccaggtgaagagaaagagtatttaagctctgat 19471  T
Q  197 tctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  19470 tctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 19436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0550 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0550
Description:

Target: scaffold0550; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 573 - 812
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||          |||||||||||| || | |||||||||||| |||||| |||||||||     
T  573 tgaagatttgctgatatcagacacaacaaacccgttgatgtcacttataaactttgtgtatcccgatctaaatgataaccttggtgaccagctatttttc 672  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||    
T  673 caataaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgagcatgttaatgaatttatgatgtcgctgattccaggtgaaaagaaagagtatttaacct 772  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||| | |||||||||||||||||||    
T  773 ctgattctgtttgtagattgggtgaaaattctgatgtcca 812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002 (Bit Score: 121; Significance: 4e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 321337 - 321576
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||          ||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  321337 tgaagatttgctgatatcggacaaaacaaatccgttgatgtcacttatagactttttgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 321436  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||| |||| |||||| || |||||| |||||||||||||| ||||||||||||    
T  321437 caagaaaggggaatactcgcaccaatgcttgattcagttgagcatgttaacgaatttatgatatcgctgatttcaggtgaagagaaagagtatttaagct 321536  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||    
T  321537 ctgattctgtttgtagatcgggtgaaaattctgatgtcca 321576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0025 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 1)
Name: scaffold0025
Description:

Target: scaffold0025; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 15 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 16889 - 16663
Alignment:
Q  15 atatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaa 104  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||          |||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||    
T  16889 atatcggacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactttgtgtatcccgatttgaatgataactttggtgacccgctatttttccaagaaaggggaa 16790  T
Q  105 tactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttg 204  Q
    ||||||| ||||| ||| ||| ||| ||| || |||| | ||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||     
T  16789 tactcgcaccaacgcttaatttagtggagtatgttaacgcatatatgatttcactgattctaggtgaagagaaagagtttttaagctatgattctgtttt 16690  T
Q  205 tcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    || |||| | |||||||||||||||||    
T  16689 tcaatcgagcgaaaattctgatgtcca 16663  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 104; Significance: 6e-52; HSPs: 2)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 3 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 183028 - 182794
Alignment:
Q  3 gaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttc 92  Q
    ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||||||          ||||| |||||| |||||||||||| | || ||||||| || ||||| |    
T  183028 gaagatttgctcatatccgatacaacaaattcgttgatgtcactaatagactttgtatatcccgatttgaatgatatcattggtgacccactctttttcc 182929  T
Q  93 aagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctc 192  Q
    |||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  182928 aagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaacgaatatatgatgtcagtgattccaagtgaagagaaagagtatttaagctc 182829  T
Q  193 tgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatg 227  Q
    |||||| |||||||||||| | ||||| |||||||    
T  182828 tgattcagtttgtcgatcgggcgaaaaatctgatg 182794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003; HSP #2
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 43 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 165698 - 165511
Alignment:
Q  43 ctttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaat 142  Q
    |||||| |||||| |||| ||||||||| || ||||||| |||||||| ||||||| |||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||| ||||     
T  165698 ctttgtatatcccgatttaaatgataacattggtgacccactatttttccaagaaaagggaatactcgcaccaacgcttgattcggttgagcatgttaac 165599  T
Q  143 gaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaata-gtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtc 229  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||| |||||||||||| | ||||| |||||||||    
T  165598 gaatatatgatgtcagtgattccaggtgaagagaaagatttttttaagctctgattcagtttgtcgatcgggcgaaaagtctgatgtc 165511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0090 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 1)
Name: scaffold0090
Description:

Target: scaffold0090; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 2 - 231
Target Start/End: Original strand, 48937 - 49176
Alignment:
Q  2 tgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttgatgtc----------tttgtgtatcccaatttgaatgataaccttagtgacccgctatttttt 91  Q
    |||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||          | |||||||||| || |||||||||||||| ||||||  ||||||||     
T  48937 tgaagatttgctgatatcaaacacaacaaatccgttgatgtcacttatagactctgtgtatcccgatctgaatgataaccttggtgaccaactatttttc 49036  T
Q  92 caagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagct 191  Q
    |||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||    
T  49037 caagaaaggggaatactcgcacccacgcttgattcaattgagcatgttaacgaatttatgatgtcgctgattctaggtgaagagaaagagtatttaacct 49136  T
Q  192 ctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||| | ||||  |||||||||||||||||||    
T  49137 ctgattctatttttagatcaggtgaaaattctgatgtcca 49176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0118 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0118
Description:

Target: scaffold0118; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 84 - 231
Target Start/End: Original strand, 28727 - 28874
Alignment:
Q  84 tattttttcaagaaaggggaatactcgcgccaacacttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagta 183  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28727 tatttttccaagaaaggggaatactcgcaccaacgcttgattcagttgaacatgttaacgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaaaagta 28826  T
Q  184 tttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||| |||||||||||||||||| | | ||||||||| |||||||||    
T  28827 tttaaactctgattctgtttgtcgcttgggtgaaaattttgatgtcca 28874  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0888 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0888
Description:

Target: scaffold0888; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 119 - 231
Target Start/End: Original strand, 30 - 142
Alignment:
Q  119 cttgattcagttgagcatattaatgaatatatgatgtcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaa 218  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||| ||||||  |||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  30 cttgattcagttgagcatgttaacgaatatacgatgtcactgatttcaggtggcgagaaagagtatttaagctctgattttgtatgtcgatcgggtgaaa 129  T
Q  219 attctgatgtcca 231  Q
    |||||||| ||||    
T  130 attctgatttcca 142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1424 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold1424
Description:

Target: scaffold1424; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 231
Target Start/End: Complemental strand, 1703 - 1627
Alignment:
Q  155 tcactgattccaggtgaagagaaatagtatttaagctctgattctgtttgtcgatcgtgtgaaaattctgatgtcca 231  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |||||||||    
T  1703 tcactgattccaggtgaagagaaagcgtatttaaactctgattatgtttatcgatcgggtgaaaattttgatgtcca 1627  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0107 (Bit Score: 35; Significance: 0.00000000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0107
Description:

Target: scaffold0107; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 1 - 39
Target Start/End: Complemental strand, 39975 - 39937
Alignment:
Q  1 ttgaagatttgctcatatcggacacaacaaatccgttga 39  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  39975 ttgaagatttgctgatatcggacacaacaaatccgttga 39937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University