View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12642_low_5 (Length: 450)

Name: NF12642_low_5
Description: NF12642
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12642_low_5
NF12642_low_5
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-431)||(19705640-19706070)
chr2 (353-426)||(23215792-23215865)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (1-429)||(22003033-22003461)
chr1 (1-429)||(22009304-22009732)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-429)||(19464314-19464742)
chr8 (1-429)||(19561994-19562422)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 395; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 395; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 431
Target Start/End: Complemental strand, 19706070 - 19705640
Alignment:
Q  1 aaacagcccgtatcagcagaaaaacaacaactactaacttccccaaaacagacctcaaaagtatccaaaatgttggttatcaccgaactaaagcacctcc 100  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||    
T  19706070 aaacagcccgtatcagcaaaaaaacaacaactactaacttccccaaaacagacctcaaaagtatccaaaacgttggttatcactgaactaaagcacctcc 19705971  T
Q  101 aacgttaatcccaaacaatcttaaaagacaattaccaagatcccaacaactttcatagaattatcacggatagttttttaatatactcaaacattgtttc 200  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19705970 aacgttaatcctaaacaatcttaaaagacaattaccaagatcccaacaactttcatagaattatcacggatagttttttaatatactcaaacattgtttc 19705871  T
Q  201 caagataacaccttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaataaattagattatatgaactaaatataattaaggcagccattattctagatttag 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||    
T  19705870 caagataacaccttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaataaattagattatatgaactaaatataattaaggtatccattattctggatttag 19705771  T
Q  301 caagtaaaccattaacattaaaataaaatgagaatgatgaaaaagaacttacaaatttgatatgcttccagaaattttctcaactttaaagctagaatcg 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19705770 caagtaaaccattaacattagaataaaatgagaatgatgaaaaagaacttacaaatttggtatgcttccagaaattttctcaactttaaagctagaatcg 19705671  T
Q  401 cctaaatttgaccacgtcttgaacatatact 431  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19705670 cctaaatttgaccacgtcttgaacatatact 19705640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 353 - 426
Target Start/End: Complemental strand, 23215865 - 23215792
Alignment:
Q  353 aaatttgatatgcttccagaaattttctcaactttaaagctagaatcgcctaaatttgaccacgtcttgaacat 426  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||||||||    
T  23215865 aaatttgttatgcctccagaaattttctcaactttaaagcaagaatcacctaaacttgaccaggtcttgaacat 23215792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 297; Significance: 1e-167; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 22003461 - 22003033
Alignment:
Q  1 aaacagcccgtatcagcagaaaaacaacaactactaacttccccaaaacagacctcaaaagtatccaaaatgttggttatcaccgaactaaagcacctcc 100  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  22003461 aaacagtctgtatcagcagaaaaacaaaaactgctaacttctccaaaacagacctcaaaagtatccaaaacattggttatcaccgaactaaagcaccttc 22003362  T
Q  101 aacgttaatcccaaacaatcttaaaagacaattaccaagatcccaacaactttcatagaattatcacggatagttttttaatatactcaaacattgtttc 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||| ||||||||    
T  22003361 aaccttaatcccaaacaatcttaatagacaattactaagatcccaacaactttcatagaattatcatggatagttttttgatctactaaaaaattgtttc 22003262  T
Q  201 caagataacaccttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaataaattagattatatgaactaaatataattaaggcagccattattctagatttag 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||    
T  22003261 caagataacactttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaatgaattagattgtatgaactaaatataattaaggtagccattattttggttttag 22003162  T
Q  301 caagtaaaccattaacattaaaataaaatgagaatgatgaaaaagaacttacaaatttgatatgcttccagaaattttctcaactttaaagctagaatcg 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  22003161 caagtaaaccattaacattagaataaaatgagaatgatgaaaaagaactcacgaatttgttatgcctccaaaaaaattctcaactttaaagctagaatcg 22003062  T
Q  401 cctaaatttgaccacgtcttgaacatata 429  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  22003061 cctaaatttgaacaggtcttgaacatata 22003033  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 22009732 - 22009304
Alignment:
Q  1 aaacagcccgtatcagcagaaaaacaacaactactaacttccccaaaacagacctcaaaagtatccaaaatgttggttatcaccgaactaaagcacctcc 100  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  22009732 aaacagtctgtatcagcagaaaaacaaaaactgctaacttctccaaaacagacctcaaaagtatccaaaacattggttatcaccgaactaaagcaccttc 22009633  T
Q  101 aacgttaatcccaaacaatcttaaaagacaattaccaagatcccaacaactttcatagaattatcacggatagttttttaatatactcaaacattgtttc 200  Q
    ||| |||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||| ||||||||    
T  22009632 aaccttaatcccaaacaatcttaatagacaattactaagatcccaacaactttcatagaattatcatggatagttttttgatctactaaaaaattgtttc 22009533  T
Q  201 caagataacaccttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaataaattagattatatgaactaaatataattaaggcagccattattctagatttag 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| | | |||||    
T  22009532 caagataacactttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaatgaattagattgtatgaactaaatataattaaggtagccattattttggttttag 22009433  T
Q  301 caagtaaaccattaacattaaaataaaatgagaatgatgaaaaagaacttacaaatttgatatgcttccagaaattttctcaactttaaagctagaatcg 400  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||| |||  ||||||||||||||||||||||||    
T  22009432 caagtaaaccattaacattagaataaaatgagaatgatgaaaaagaactcacgaatttgttatgcctccaaaaaaattctcaactttaaagctagaatcg 22009333  T
Q  401 cctaaatttgaccacgtcttgaacatata 429  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||    
T  22009332 cctaaatttgaacaggtcttgaacatata 22009304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 277; Significance: 1e-155; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 19464742 - 19464314
Alignment:
Q  1 aaacagcccgtatcagcagaaaaacaacaactactaacttccccaaaacagacctcaaaagtatccaaaatgttggttatcaccgaactaaagcacctcc 100  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  19464742 aaacagtctgtatcagcagaaaaacaaaaattgctaacttctccaaaacagacctcaaaagtatctaaaacattggttatcaccgaactaaagcaccttc 19464643  T
Q  101 aacgttaatcccaaacaatcttaaaagacaattaccaagatcccaacaactttcatagaattatcacggatagttttttaatatactcaaacattgtttc 200  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  19464642 aaccttaatcccaaacaaacttaatagacaattactaagatcctatcaactttcatagaattatcatggatagttttttaatctactaaaaaattgtttc 19464543  T
Q  201 caagataacaccttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaataaattagattatatgaactaaatataattaaggcagccattattctagatttag 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | | |||||    
T  19464542 caagataacactttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaatgaattagattatatgaactaaatataattaacgtagccattattttggttttag 19464443  T
Q  301 caagtaaaccattaacattaaaataaaatgagaatgatgaaaaagaacttacaaatttgatatgcttccagaaattttctcaactttaaagctagaatcg 400  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19464442 caagtaaactattaacattagaataaaatgagaatgatgaaaaagaactcacgaatttgttatgcctccaaaaaatttctcaactttaaagctagaatcg 19464343  T
Q  401 cctaaatttgaccacgtcttgaacatata 429  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||    
T  19464342 cctaaatttgaataggtcttgaacatata 19464314  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 1 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 19562422 - 19561994
Alignment:
Q  1 aaacagcccgtatcagcagaaaaacaacaactactaacttccccaaaacagacctcaaaagtatccaaaatgttggttatcaccgaactaaagcacctcc 100  Q
    |||||| | |||||||||||||||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||| |    
T  19562422 aaacagtctgtatcagcagaaaaacaaaaattgctaacttctccaaaacagacctcaaaagtatctaaaacattggttatcaccgaactaaagcaccttc 19562323  T
Q  101 aacgttaatcccaaacaatcttaaaagacaattaccaagatcccaacaactttcatagaattatcacggatagttttttaatatactcaaacattgtttc 200  Q
    ||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||||||||    
T  19562322 aaccttaatcccaaacaaacttaatagacaattactaagatcctatcaactttcatagaattatcatggatagttttttaatctactaaaaaattgtttc 19562223  T
Q  201 caagataacaccttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaataaattagattatatgaactaaatataattaaggcagccattattctagatttag 300  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| | | |||||    
T  19562222 caagataacactttaatttctttcaccatatggaatatgatgaaatgaattagattatatgaactaaatataattaacgtagccattattttggttttag 19562123  T
Q  301 caagtaaaccattaacattaaaataaaatgagaatgatgaaaaagaacttacaaatttgatatgcttccagaaattttctcaactttaaagctagaatcg 400  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||    
T  19562122 caagtaaactattaacattagaataaaatgagaatgatgaaaaagaactcacgaatttgttatgcctccaaaaaatttctcaactttaaagctagaatcg 19562023  T
Q  401 cctaaatttgaccacgtcttgaacatata 429  Q
    |||||||||||  | ||||||||||||||    
T  19562022 cctaaatttgaataggtcttgaacatata 19561994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University