View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1264_2D_high_2 (Length: 836)

Name: NF1264_2D_high_2
Description: NF1264_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1264_2D_high_2
NF1264_2D_high_2
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (15-824)||(1067008-1067829)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 703; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 703; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 824
Target Start/End: Complemental strand, 1067829 - 1067008
Alignment:
Q  15 agaggttagagagagagaaagagtttcatggtgctgtttgtaacagaacagaacagaacaatgagtacctcgtgcgtgtggttttgctttttatatgttt 114  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067829 agaggttagagaaagagaaagagtttcacggtgctgtttgtaacagaacagaacagaacaatgagtacctcgtgcgtgtggttttgctttttatatgttt 1067730  T
Q  115 atagcagtgagtgtttttcttgtgagtagaattagcagtgttttccaaccaacattttcttgcaaaaaattagtgttgtgtccgatgttagaatttgtct 214  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067729 atagtagtgagtgtttttcttgtgagtagaattagcagtgttttccaaccaacattttcttgcaaaaaattagtgttgtgtccgatgttagaatttgtct 1067630  T
Q  215 cagttttatagtgtgattggttagtgtccattgtctggctatttttcatgaaatttcaggtgtaccgtgattggaaatttattcaattgtaaggtctggt 314  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067629 cagttttatagtgtgattggttactgtccattgtctggctatttttcatgaaatttcaggtgtaccgtgattggaaatttattcaattgtaaggtctggt 1067530  T
Q  315 ttggaggcttttgattctaattgtttttgattggttagcaccagcatttctaaacaaatatacttccgacatgtgttagcttgttgacgcccacaaaact 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067529 ttggaggcttttgattctaattgtttttgattggttagcaccagcatttctaaacaaacatacttccgacatgtgttagcttgttgacgcccacaaaact 1067430  T
Q  415 gattccgagactcagcaagttaaaaccaatcttgaatgttggtgtctgaaaccgatacgacactgacagtgtgacacattaggtcacaagcaactatgtc 514  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||     ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1067429 gattccgagactcagcaagttgaaaccaatcttgaatgttggtgtctgaaac-----cgacactgacagtctgacacattgggtcacaagcaactatgtc 1067335  T
Q  515 attttctcaaattattatgggagtcaatttgatagcaatagtgtcttgtccgatatgttcgtatctatattagtgtttcatagtgattgagtttagtttt 614  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067334 attttctcaaattattatgggagtcaatttgatagcaatagtgtcttgtccgatatgttcgtatctatattagtgtttcatagtgattgagtttagtttt 1067235  T
Q  615 gttactgtccattgtctggttatttttcatgaaatttcagatgtatagtggttggaaatttactccattgaagttctttattaaacaatgttatgtttcg 714  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067234 gttactgtccattatctggttatttttcatgaaatttcagatgtatagtggttggaaatttattccattgaagttctttattaaacaatgttatgtttcg 1067135  T
Q  715 ttttggcga-----------------tgtcgagacatgatggttttaatagcttggtgtcactttgtgatttggagtctgctatataatgtatctatgtt 797  Q
    |||||||||                 ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1067134 ttttggcgatggtttgtagcaaccattgtcgagacatgatggttttaatagtttggtgtcactttgtgatttggagtctgctatataatgtatctatgtt 1067035  T
Q  798 gcttgagaccttgagtattgatgtcca 824  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  1067034 gcttgagaccttgagtattgttgtcca 1067008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University