View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1264_2D_low_1 (Length: 1241)

Name: NF1264_2D_low_1
Description: NF1264_2D
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1264_2D_low_1
NF1264_2D_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (20-1231)||(45512072-45513299)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (563-694)||(22848797-22848928)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 1104; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 1104; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 1231
Target Start/End: Original strand, 45512072 - 45513299
Alignment:
Q  20 agtgaaacgaaaggcataattaaaaatacattagattannnnnnnc----aaagaacttgccttgacatttggttatagtttgaatgtttggtgcttcga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  45512072 agtgaaacgaaaggcataattaaaaatacattagattattttttttttctaaagaacttgccttgacatttggttatagtttgaatgttcggtgcttcga 45512171  T
Q  116 ggaagttattttagctctt---acatgtgaaaatgatgggtgtattatataagttgtgtgagtgaaatgaaaaccatcattcaattatttcaatagaaac 212  Q
    |||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512172 ggaagttattttagctcttcttacatgtgaaaatgatgggtgtattatataagttgtgtgagtgaaatgaaaaccatcattcaattatttcaatagaaac 45512271  T
Q  213 agagatagaaaacatgggaagatattacaaatgtgtagtacttttggtgttgattgaaattgcacaaatatgcttgtgtgtaaattcaaacatcccctgt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512272 agagatagaaaacatgggaagatattacaaatgtgtagtacttttggtgttgattgaaattgcacaaatatgcttgtgtgtaaattcaaacatcccctgt 45512371  T
Q  313 attgaaaaagagaggcaagcccttctcaatttcaaagcatccattgcacatgattcaccaaacaagctttcatcatggaaaggcactcactgttgccaat 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512372 attgaaaaagagaggcaagcccttctcaatttcaaagcatccattgcacatgattcaccaaacaagctttcatcatggaaaggcactcactgttgccaat 45512471  T
Q  413 gggaaggcattggttgtgacaatgttactagacatgttgtcaaacttgatctcatgaatccttgtcaccaaccatcttggtcgcgagaagaagaacattt 512  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45512472 gggaaggcattggttgtgacaatgttactagacatgttgtcaaacttgatctcatgaatccttgtcaccaaccattttggtcgcgagaagaagaacattt 45512571  T
Q  513 tggtcactactattt---------ggacgattacatgccttgttcaccaatagttgctccaaatgtgagctcatctttgttgcaattggaacacttgact 603  Q
    |||||||||||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512572 tggtcactactatttgtacaatttggacgattacatgccttgttcaccaatagttgctccaaatgtgagctcatctttgttgcaattggaacacttgact 45512671  T
Q  604 tatttggacttgtctagaaataatttcagtgggagtccaattcctatgttcttgggttccatgggacgccttgagtatctctctctgtctcatgctcgtc 703  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512672 tatttggacttgtctggaaataatttcagtgggagtccaattcctatgttcttgggttccatgggacgccttgagtatctctctctgtctcatgctcgtc 45512771  T
Q  704 ttagcgggaggattcccaacagtctcagaaatctcaagaacctacaattccttgatctcagcttcaattactattaccttacgcaatttgaagagagaga 803  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512772 ttagcgggaggattcccaacagtctcagaaatctcaagaacctacgattccttgatctcagcttcaattactattaccttacgcaatttgaagagagaga 45512871  T
Q  804 attacaaatggatgacgacaccagttggatttcaaaccttcactcactcaaacaccttgacttgagtggtattcgtctcaatgacaagcgcaacttgttc 903  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  45512872 attacaaatggatgacggcaccagttggatttcaaaccttcactcactcaaacaccttgacttgagtggtattcgtctcaatgacacgcgcaacttgttc 45512971  T
Q  904 caggtactcaatacacttccttctttattaaatctttcactgtctggatgtagagttgacaattcactcattcctcgttatgctttccaaaacatgacat 1003  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45512972 caggtactcaatacacttccttctttattaaatctttcactgtctggatgtagagttgacaattcactcattcctcgttatgctttccaaaacatgacat 45513071  T
Q  1004 ctcttatctatcttgatctctcatcaaatgagcttcatggtccgattcctgagtcttttggaaacatgacttccattgaatcactctacctttctggaaa 1103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513072 ctcttatctatcttgatctctcatcaaatgagcttcatggtccgattcctgagtcttttggaaacatgacttccattgaatcactctacctttctggaaa 45513171  T
Q  1104 taatttcacttctattccattatggttcagtcactttgagaaacttacccttcttgacctttcttacaatgggctttatggtcaaatacctcatgctttc 1203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45513172 taatttcacttctattccattatggttcggtcactttgagaaacttacccttcttgacctttcttataatgggctttatggtcaaatacctcatgctttc 45513271  T
Q  1204 acgaacttgtcatccctggttcatctca 1231  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||    
T  45513272 acgaacttgtcatccctggtgcatctca 45513299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 80; Significance: 7e-37; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 80; E-Value: 7e-37
Query Start/End: Original strand, 563 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 22848928 - 22848797
Alignment:
Q  563 caaatgtgagctcatctttgttgcaattggaacacttgacttatttggacttgtctagaaataatttcagtgggagtccaattcctatgttcttgggttc 662  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||||| |  ||||||||||||||||||| | |||||    
T  22848928 caaatctgagctcatctttgttgcacttggaatacttgacttatttggacttgactggaaatgatttcaatttgagtccaattcctatgttcgtaggttc 22848829  T
Q  663 catgggacgccttgagtatctctctctgtctc 694  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  22848828 catgggacgtcttgagtatctctctctctctc 22848797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University