View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF12659_low_1 (Length: 719)
Name: NF12659_low_1
Description: NF12659
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF12659_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 645; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:
Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 645; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 708
Target Start/End: Original strand, 5769043 - 5769732
Alignment:
| Q |
19 |
agtagctcttcattcaagcgcatcataagatatttcatatcatcttaactcctcctcttacatcttcgaagttcttctagatcgcaagaataagatctaa |
118 |
Q |
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| T |
5769043 |
agtagctcttcattcaagcgcatcataagatatttcatatcatcttaactactcctctaacatctttgaagttcttctagatcgcaagaataagatctaa |
5769142 |
T |
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| Q |
119 |
agtctcagcatcaatatcatatgttatatcaaaatcctccctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatttgtattactatgttcatgaaaat |
218 |
Q |
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| T |
5769143 |
agtctcagcatcaatatcatatgttatatcaaaatcctccctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatttgtattactatgttcatgaaaat |
5769242 |
T |
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| Q |
219 |
tctgctgtgtaccaattacattttattaagccatgtttaatttagaatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtgcttggcctcaattcctaaaat |
318 |
Q |
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| T |
5769243 |
tctgctgtgtaccaattacattttattaagccatgtttaatttagaatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtgcttggcctcaattcctaaaat |
5769342 |
T |
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| Q |
319 |
gcatctttatgctaggattacatttagtggcctagctagcagcaaatttcaatgacacagagcggcgtgagatttcgccttgtgtcccaagatattgctt |
418 |
Q |
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| T |
5769343 |
gcatctttatgctaggattacatttagtggcctagctagcagcaaatatcaatgacacagagcggcgtgagatttcgccttgtgtcccaagatattgctt |
5769442 |
T |
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| Q |
419 |
acaatatagatttaatgaatattgaatctgctctagtttcaagcaatgcaagtcaagatttcttacctcatcagcaaccactgcagcatagaaatagttc |
518 |
Q |
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| T |
5769443 |
acaatatagatttaatgaatattgaatctgctctagtttcaagcaatgcaagtcaagatttcttacctcatcagcaaccactgcagcatagaaatagttc |
5769542 |
T |
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| Q |
519 |
ttnnnnnnntttattcttaaatttgcataaattagaacaattttccagaattattggtttacataatcacaaggcatgaatgagttaaattcattttggt |
618 |
Q |
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| T |
5769543 |
ttaaaaaaatttattcttaaatttgcataaattagaacaattttccagaattactggtttacataataacaaggcatgaatgagttaaattcattttggt |
5769642 |
T |
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| Q |
619 |
tgcataaattgattcatttagttgcaaccccatttgattgggggaaatggaatttgggatgagacaatggtgttctacgtttgacagtga |
708 |
Q |
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| T |
5769643 |
tgcataaattgattcatttagttgcaaccccatttgattgggggaaatggaatttgggatgagacaatggtgttctacgtttgacagtga |
5769732 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 7e-85
Query Start/End: Original strand, 59 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 22142861 - 22142610
Alignment:
| Q |
59 |
catcttaactcctcctcttacatcttcgaagttcttctagatcgcaagaataagatctaaagtctcagcatcaatatcatatgttatatcaaaatcctcc |
158 |
Q |
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| T |
22142861 |
catcttacctactcctttaacatcttataagttattctatatcatatgaacaagatctaaagtctcagcatcaatatcatatgttatttgaaaatactcc |
22142762 |
T |
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| Q |
159 |
ctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatttgtattactatgttcatgaaaattctgctgtgtaccaattacattttattaagccatgtttaa |
258 |
Q |
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| T |
22142761 |
ctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatctgtattacaatgttaatgaaaattttgctgcgtgccaattacattttattaagccatgtttaa |
22142662 |
T |
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| Q |
259 |
tttagaatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtgcttggcctcaatt |
310 |
Q |
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| T |
22142661 |
tttaggatgtgttcaatatatttatatgaaatttgagtgcttggcctcaatt |
22142610 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 19 - 310
Target Start/End: Original strand, 27562899 - 27563183
Alignment:
| Q |
19 |
agtagctcttcattcaagcgcatcataagatatttcatatcatcttaactcctcctcttacatcttcgaagttcttctagatcgcaagaataagatctaa |
118 |
Q |
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| T |
27562899 |
agtagcttttcattcaagtgcatgataagatatttcatatcatcttacctactcctttaacatcttctaagttattctatatcacatgaactgcatgtaa |
27562998 |
T |
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| Q |
119 |
agtctcagcatcaatatcatatgttatatcaaaatcctccctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatttgtattactatgttcatgaaaat |
218 |
Q |
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| T |
27562999 |
agtctcagcatcaatatcatatgttatttgaaaatcctccttatcgtttttgttgtttattactatgaccattgatctgtattacaatgttaatgaaaat |
27563098 |
T |
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| Q |
219 |
tctgctgtgtaccaattacattttattaagccatgtttaatttagaatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtgcttggcctcaatt |
310 |
Q |
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| T |
27563099 |
tctactgtgtgccaattacatt-------gccatgtttaatttaggatgtgttcaagatatttatatgaaatttgaatgcttggcctcaatt |
27563183 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 54
Target Start/End: Complemental strand, 5829405 - 5829370
Alignment:
| Q |
19 |
agtagctcttcattcaagcgcatcataagatatttc |
54 |
Q |
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| T |
5829405 |
agtagctcttcattcaagtgcatcataagatatttc |
5829370 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1 (Bit Score: 198; Significance: 1e-107; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 310
Target Start/End: Original strand, 33815336 - 33815624
Alignment:
| Q |
19 |
agtagctcttcattcaagcgcatcataagatatttcatatcatcttaactcctcctcttacatcttcgaagttcttctagatcgcaagaataagatctaa |
118 |
Q |
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| T |
33815336 |
agtagctcttcattcaagtgcatcataggatatttcatatcatcttacctactcctctaatatcttctaagttcttctagatcacaggaacaagatctaa |
33815435 |
T |
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| Q |
119 |
agtctcagcatcaatatcatatgttatatcaaaatcctccctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatttgtattactatgttcatgaaaat |
218 |
Q |
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| T |
33815436 |
agtctcagcatcaatatcatatgttatttcaaaatcctccctatcgtttttgttttttgttactat---catttatttgtattactatgttaatgaaaat |
33815532 |
T |
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| Q |
219 |
tctgctgtgtaccaattacattttattaagccatgtttaatttagaatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtgcttggcctcaatt |
310 |
Q |
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| T |
33815533 |
tctgctgtgtgccaattatattttattaagccatgtttaatttatgatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtggttggcttcaatt |
33815624 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 198; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 19 - 310
Target Start/End: Original strand, 33874806 - 33875094
Alignment:
| Q |
19 |
agtagctcttcattcaagcgcatcataagatatttcatatcatcttaactcctcctcttacatcttcgaagttcttctagatcgcaagaataagatctaa |
118 |
Q |
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| T |
33874806 |
agtagctcttcattcaagtgcatcataggatatttcatatcatcttacctactcctctaatatcttctaagttcttctagatcacaggaacaagatctaa |
33874905 |
T |
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| Q |
119 |
agtctcagcatcaatatcatatgttatatcaaaatcctccctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatttgtattactatgttcatgaaaat |
218 |
Q |
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| T |
33874906 |
agtctcagcatcaatatcatatgttatttcaaaatcctccctatcgtttttgttttttgttactat---catttatttgtattactatgttaatgaaaat |
33875002 |
T |
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| Q |
219 |
tctgctgtgtaccaattacattttattaagccatgtttaatttagaatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtgcttggcctcaatt |
310 |
Q |
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| T |
33875003 |
tctgctgtgtgccaattatattttattaagccatgtttaatttatgatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtggttggcttcaatt |
33875094 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 164; Significance: 3e-87; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 59 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 38508490 - 38508239
Alignment:
| Q |
59 |
catcttaactcctcctcttacatcttcgaagttcttctagatcgcaagaataagatctaaagtctcagcatcaatatcatatgttatatcaaaatcctcc |
158 |
Q |
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| T |
38508490 |
catcttacctactcctttaacatcttctaagttattctatatcatatgaacaagatctaaagtctcagcatcaatatcatatgttatttgaaaattctcc |
38508391 |
T |
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| Q |
159 |
ctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatttgtattactatgttcatgaaaattctgctgtgtaccaattacattttattaagccatgtttaa |
258 |
Q |
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| T |
38508390 |
ctatcgtttttgttgtttattactatgaccatttatttgcattacaatgttaatgaaaattctgctgcgtgccaattacattttattaagccatgtttaa |
38508291 |
T |
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| Q |
259 |
tttagaatgtgttcaatatatttatatgatatttgagtgcttggcctcaatt |
310 |
Q |
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|
| T |
38508290 |
tttaggatgtgttcaatatatttatatgaaatttgattgcttggcctcaatt |
38508239 |
T |
|
Back To:
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