View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12659_low_11 (Length: 441)

Name: NF12659_low_11
Description: NF12659
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12659_low_11
NF12659_low_11
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (21-432)||(37863042-37863453)
chr3 (21-433)||(37859015-37859427)
chr3 (21-432)||(39030130-39030541)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (21-417)||(35250870-35251273)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (21-432)||(5289349-5289760)
chr7 (21-432)||(5310456-5310867)
chr7 (21-432)||(5302555-5302966)
chr7 (21-432)||(46706640-46707051)
chr7 (21-432)||(5284367-5284778)
chr7 (21-432)||(5315170-5315581)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (21-426)||(1478058-1478463)
chr5 (21-413)||(1505036-1505428)
chr5 (21-426)||(1482252-1482657)
chr5 (21-411)||(1492227-1492617)
chr5 (21-411)||(1509183-1509573)
chr5 (21-411)||(1499299-1499689)
chr5 (29-221)||(1486737-1486929)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (21-432)||(44128633-44129044)
chr1 (21-432)||(44132838-44133249)
chr1 (21-427)||(44141260-44141666)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (21-246)||(24163628-24163853)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 404; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 404; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 37863453 - 37863042
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863453 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 37863354  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863353 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 37863254  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863253 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 37863154  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37863153 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 37863054  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  37863053 tagtgaaggagc 37863042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 21 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 37859427 - 37859015
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || || || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  37859427 aatggggtcaacctaagtccaagattacccacctcatcttttgcaccaccagtggcgtggacatgcccggtgccgactatcagctgacaaagctcttggg 37859328  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
     ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  37859327 ccttcgtccatatgtgaagcgttacatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtggcacggtgcttcgtttggctaaagacttggctgaaaacaacaaa 37859228  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  37859227 ggtgctcgtgtgttggtagtttgttcagagataactgcagttactttccgtggacccagtgacactcatcttgatagccttgtggggcaagcattgtttg 37859128  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||| |||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||    
T  37859127 gagatggtgcagcagctgtgatcgtaggttcagacccattaccacaagttgagaaacccttgtttgaattggtatggactgcacaaacgatccttccaga 37859028  T
Q  421 cagtgaacgagca 433  Q
     |||||| |||||    
T  37859027 tagtgaaggagca 37859015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 232; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Original strand, 39030130 - 39030541
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||||||||||| | |||||||||| || ||||||||  |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39030130 aatggggtcaacctaagtcaatggttactcatctcatattttgcacttcaagtggtgtcgatatgcctggagctgactatcagctcacaaagctcttagg 39030229  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
     ||| | || ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || ||  ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  39030230 cctttgtccatatgtaaagcgttatatgatgtaccaacaaggttgttttgctggtgcgatggctcttcgcttggctaaagatttggctgagaacaacaaa 39030329  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || || ||||| ||| ||||| |||| ||||| |  | | ||| ||| |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| | |||||||||||    
T  39030330 ggtgcccgtgtgttgatggttagttcagagattagggtatttaattttcgtggacctagtgatactgatcttgatagtcttatgggacgggcattgtttg 39030429  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||    
T  39030430 gagatggtgcggcagctgtgattgttggttcagacccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtatggactgcacaaaccatcattccaga 39030529  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  39030530 tagtgaaggagc 39030541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 21 - 417
Target Start/End: Original strand, 35250870 - 35251273
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||  || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  |  | ||    
T  35250870 aatggggtcaaccaaagtccaagatcactcacctcatattttgcattactagtggtgtggatatgcctggtgctgattatcagctcacaaaattgctagg 35250969  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
     ||||| ||||  ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  35250970 acttcgtccgtcggtgaaacgttatatgatgtaccaacaagggtgtttcgctggtggtatggttcttcgtttggctaaagatttggctgagaacaataaa 35251069  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || ||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  35251070 ggtgctcgtgttcttgtggtttgttcagagatcactgcagtgacttttcgtggccctagtgacacccatcttgatagtctcgtgggacaagcattgtttg 35251169  T
Q  321 gagatgg---tgca----gcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcg 413  Q
    |||||||   ||||    ||||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||  |||||||||||  | |  ||||||||||||||||||     
T  35251170 gagatggcgctgcagcctgcagctgtgatcgttggttcagatccattacctgaggttgagagacctttgtttgagctagagtggactgcacaaacaatcc 35251269  T
Q  414 ttcc 417  Q
    ||||    
T  35251270 ttcc 35251273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 5289760 - 5289349
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| |||||||| ||||||||    
T  5289760 aatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcacaaaactcttggg 5289661  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    |||||| || ||||||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5289660 tcttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaa 5289561  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| ||  |||| || || || |||||||| || |||||||||||  | || || ||||| ||||| ||| ||||||    
T  5289560 ggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacattccgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttg 5289461  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||| | ||||||||||| || ||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5289460 gagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccgga 5289361  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  5289360 tagtgaaggagc 5289349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Original strand, 5310456 - 5310867
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||    
T  5310456 aatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattatcaactcacaaaactcttggg 5310555  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
     ||||| || ||||||||  | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  5310556 ccttcgtccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatttggctgagaacaacaaa 5310655  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| ||  |||| || || || || ||||| || |||||||||||  | || || ||||| ||||| ||||||||||    
T  5310656 ggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggccccagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcattgtttg 5310755  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||| | ||||||||||| || ||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5310756 gagatggagctgctgctcttattgttggttctgacccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctga 5310855  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  5310856 tagtgaaggagc 5310867  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Original strand, 5302555 - 5302966
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || ||||| |  ||||| ||||| ||||| || ||||||||    
T  5302555 aatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcccgaagctgattatcaactcaccaaactcttggg 5302654  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| | ||||| |||||||||    
T  5302655 tcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtgcttcgtttggccaaagatctagctgagaacaacaaa 5302754  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| || ||||| ||| |||| || || || || ||||| ||||||||||||||  | || |||||||| || || ||| | ||||    
T  5302755 ggtgctcgtgtgttggttgtatgttcagaggtcaccgctgtcacatttcgtggccctagtgatactcacttggacagtcttgttggacaagcactatttg 5302854  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||| | |||||||| || || ||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5302855 gagatggagctgctgctcttattgttggctctgaccccgtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctga 5302954  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  5302955 tagtgaaggagc 5302966  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 128; E-Value: 5e-66
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Complemental strand, 46707051 - 46706640
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||  ||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||    
T  46707051 aatggggtcaaccaaagtcaaagattacccacttaatcgtttgcactactagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttcgg 46706952  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || |||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  46706951 tcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggggcttcgtttggctaacgatttggctgagaacaacaaa 46706852  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || || ||||| ||||| |||||||| ||  |||||||||| || ||||| || ||||||||||||||  | || || ||||| ||||| ||| ||||||    
T  46706851 ggtgcccgtgtattggttgtttgttctgaagtcactgcagtcacattccgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttgggcaagcactgtttg 46706752  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    |||   | || || ||  | ||||||||||| |||||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  ||||||||||| |||||||||| | ||||||    
T  46706751 gagtcagagctgctgcacttattgttggttctgatccagtaccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggacttcacaaacaattgctccaga 46706652  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  46706651 tagtgaaggagc 46706640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Original strand, 5284367 - 5284778
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||| || ||||||||    
T  5284367 aatggggccaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagccgattatcaactcaccaaactcttggg 5284466  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||    
T  5284467 tcttcgcccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggtacggtacttcgtttggccaaagatttagctgagaacaacaaa 5284566  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| ||  |||| || || || || ||||| ||||| ||||||||  | || |||||||| || || ||| | ||||    
T  5284567 ggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggccctagcgatactcacttagacagtcttgttggacaagcactatttg 5284666  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||| | |||||||| || || ||  | |||||| ||||||  ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5284667 gagatggagctgctgctcttattgttggctctgacccaataccagaaattgagagacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctga 5284766  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  5284767 tagtgaaggagc 5284778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Original strand, 5315170 - 5315581
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||| || || || ||    
T  5315170 aatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagtggtgttgacatgcctggagcagattatcaactcaccaaactattagg 5315269  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||  | || |||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5315270 tcttcgcccatatgtgaaaagatacatgatgtaccaacaagggtgctttgcaggtggcacggtgctccgtttggctaaagatttggctgagaacaacaaa 5315369  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| ||  |||| || || || || ||||| ||||||||||||||  | || || ||||| || || ||| | ||||    
T  5315370 ggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagtcaccgctgtcacatttcgtggtcctagtgatactcacttagacagccttgttggacaagcactatttg 5315469  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||| | |||||||| || || ||  | |||||| | ||||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||| ||    
T  5315470 gagatggagcggctgctcttattgttggctctgacccagtaccagaaatagagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctcctga 5315569  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  5315570 tagtgaaggagc 5315581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 146; Significance: 9e-77; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 21 - 426
Target Start/End: Original strand, 1478058 - 1478463
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| ||  | || |||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||    
T  1478058 aatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttgatcttttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggcgctgattaccaactcaccaaactcttagg 1478157  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    |||||| || ||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||| |||    
T  1478158 tcttcgtccatatgtgaagaggtatatgatgtaccaacaaggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaataaa 1478257  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| ||  | |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| || || ||| | ||||    
T  1478258 ggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactatttg 1478357  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    |||||||||| || ||  | ||||||||||| || ||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  1478358 gagatggtgctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaga 1478457  T
Q  421 cagtga 426  Q
    ||||||    
T  1478458 cagtga 1478463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 21 - 413
Target Start/End: Original strand, 1505036 - 1505428
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || ||||| || ||||| ||    
T  1505036 aatggggtcagccaaagtcaaagattactcacttaattgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcaccaaactcttagg 1505135  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||| | || |||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||    
T  1505136 tcttcgcccatatgtgaagaggtacatgatgtaccagcaaggatgttttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaacaacaaa 1505235  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || || ||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||| || || || || ||||||||||||||  | || || ||||| || || ||  | ||||    
T  1505236 ggtgcccgtgtgttggttgtctgttccgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagctctatttg 1505335  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcg 413  Q
    ||||||| || || ||  | |||||||||||||||||  | |||||| ||||||| ||| | |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  1505336 gagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccaataccagaaattgagaaacctatatttgaaatggtttggactgcacaaacaatcg 1505428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 21 - 426
Target Start/End: Original strand, 1482252 - 1482657
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||| ||  |||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| || || || |||||||| ||||| ||    
T  1482252 aatggggccaaccaaaatcaaagattacacacttaatattttgtaccacaagtggtgtagacatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttagg 1482351  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    |||||| || ||||||||| | || |||||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||| || || |||||||| || || |||    
T  1482352 tcttcgtccatatgtgaagagatacatgatgtaccaacaaggatgctttgcaggtgggacggtgcttcgtttggccaaggacttggctgagaataataaa 1482451  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| ||  | |||||||| || |||||||| ||||||||||||||| | || |||||||| || || ||| | ||||    
T  1482452 ggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaagttactgcagtgacattccgtggtcctagtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcactctttg 1482551  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||  | ||||||||||| || ||  | |||||| ||||||| ||| | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  1482552 gagatggagctgctgcactcattgttggttctgacccaataccagaaattgagaaacctatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaga 1482651  T
Q  421 cagtga 426  Q
    ||||||    
T  1482652 cagtga 1482657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 115; E-Value: 3e-58
Query Start/End: Original strand, 21 - 411
Target Start/End: Original strand, 1492227 - 1492617
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  ||||  ||||||||||||| ||||| || |||||||| || || ||||| ||||| || ||||| ||    
T  1492227 aatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttaatcgtttgcaccacaagcggtgtagacatgcctggggccgattatcaactcactaaactcttagg 1492326  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    |||||| || ||||| ||  | || |||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  1492327 tcttcgtccatatgtaaaaagatacatgatgtaccagcaaggttgttttgcaggtggcacggtacttcgtttggctaaggatttggctgagaacaacaaa 1492426  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| || || |||||||| ||  |||||||||| || || ||||| || |||||||| ||  | || |||||||| || || ||| | ||||    
T  1492427 ggtgctcgtgtgttagttgtttgttctgaagtcactgcagtcacatttcgtggtcccagtgatacacacttggacagtcttgttggacaagcactatttg 1492526  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaat 411  Q
    ||||||| ||||| ||  | |||||||| || |||||| | |||||| |||| || ||| | |||||  || ||||||| |||||||||||    
T  1492527 gagatggagcagctgcacttattgttgggtctgatccggtaccagaaattgaaaaacctatatttgagatgatttggacagcacaaacaat 1492617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 4e-39
Query Start/End: Original strand, 21 - 411
Target Start/End: Original strand, 1509183 - 1509573
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||| || || || ||||||||||| ||| |||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||| | ||||| || || || || || ||    
T  1509183 aatggggccagccaaaatcaaagattacacatttaatcttttgcaccacaagtggtgttgatatgtctggagctcattatcaacttaccaaacttttagg 1509282  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||| ||| ||||| ||  | || |||||||| |||||| | |||||||| ||||| || ||||||| |||||| || |||||||||||||| ||| ||    
T  1509283 tcttcacccatatgtaaaaaggtacatgatgtaccaacaaaggtgttttgcaggtggcactgtgcttcatttggcaaaggatttggctgaaaataaccaa 1509382  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    |  |||||||| ||||| ||||||||  |  ||| |||||| || ||  |||| ||| ||||||||||| | || |||||||| || || ||||| ||||    
T  1509383 gatgctcgtgtgttggttgtttgttctaaagtcattgcagtcacattttgtggccctggtgatactcatttggacagtcttgttggacaagcattatttg 1509482  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaat 411  Q
    ||||||| || || ||  | ||||||||| | || ||  | |||||| |||||||  || | |||||  ||||||||||||||||||||||    
T  1509483 gagatggagctgctgcactcattgttggtactgaccctgtaccagaaattgagaaatctatatttgagatggtttggactgcacaaacaat 1509573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 9e-37
Query Start/End: Original strand, 21 - 411
Target Start/End: Original strand, 1499299 - 1499689
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||| ||| ||||||||||||||   |||||||| || ||||||||||| || || || || ||||| ||||| ||    
T  1499299 aatggggtcaaccgaagtcaaatattacacatttaattttttgcacctatagtggtgtagacatgcctggtgcggattaccaactaacaaaactcttagg 1499398  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||  ||| ||||||||  | || |||||||| |||| ||| |||| ||| ||||| || || ||||||||||| || || || ||||| || ||||||    
T  1499399 tcttaacccatatgtgaaaaggtacatgatgtaccaactagggtgttatgcaggtggaacagtacttcgtttggcgaaggacttagctgagaataacaaa 1499498  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| |||||||| || ||||||||| |  | ||  ||||||||||| ||||||| ||  | |  ||||| || || ||| | ||||    
T  1499499 ggtgctcgtgtgttggttgtttgttctgaaatcactgcaatctcattttgtggacctagtaatactcacctacacaaacttgttggacaagcaatatttg 1499598  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaat 411  Q
    ||||||| || || || || |||||||| || || |   | || ||| ||||||| ||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  1499599 gagatggagctgcggcagtcattgttggctctgacctagtacctgaaattgagaaacctttatttgagttagtttggactgcacaaacaat 1499689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 221
Target Start/End: Original strand, 1486737 - 1486929
Alignment:
Q  29 caacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttgggtcttcgcc 128  Q
    ||||| |||||||||||||| ||  |||| ||||||||||  |||||| | |  ||||||||||| || || || |||||||| ||||| |||||| |||    
T  1486737 caaccaaagtcaaagattacacacttaatattttgcaccatgagtggtataggcatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttaggtctttgcc 1486836  T
Q  129 cgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaag 221  Q
    || ||||||| || |||||||| || |||||||| || ||||| || || || || || |||| ||| || || |||||||| ||||| ||||    
T  1486837 cggatgtgaaacggtatatgatataccaacaaggatgctttgcagggggcactgttctacgttaggccaaggacttggctgagaacaataaag 1486929  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 144; Significance: 1e-75; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Original strand, 44128633 - 44129044
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||    
T  44128633 aatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttagg 44128732  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44128733 tcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaa 44128832  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||| || || || || ||||||||||||||  | || || ||||| || |||||  | ||||    
T  44128833 ggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttg 44128932  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||  | |||||||||||||||||  | |||||| ||||||| ||  | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  44128933 gagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaga 44129032  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  44129033 tagtgaaggagc 44129044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 432
Target Start/End: Original strand, 44132838 - 44133249
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||    
T  44132838 aatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttagg 44132937  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44132938 tcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaa 44133037  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||| || || || || ||||||||||||||  | || || ||||| || |||||  | ||||    
T  44133038 ggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaggccctatttg 44133137  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||  | |||||||||||||||||  | |||||| ||||||| ||  | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  44133138 gagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaga 44133237  T
Q  421 cagtgaacgagc 432  Q
     |||||| ||||    
T  44133238 tagtgaaggagc 44133249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 21 - 427
Target Start/End: Original strand, 44141260 - 44141666
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||  | ||  ||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| || || |||||||| ||||| ||    
T  44141260 aatggggtcaaccaaagtcaaagattactcacttgatcgtttgcaccacaagtggtgtagacatgcctggagctgattaccaactcacaaaactcttagg 44141359  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| ||||||||  | ||||||||||| ||||||||||| ||||| || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  44141360 tcttcgcccatatgtgaaaaggtatatgatgtaccaacaaggttgctttgcaggaggcacggtccttcgtttggctaaagatttagctgaaaacaacaaa 44141459  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttcggagatcactgcagttactttccgtggacctagtgatactcatcttgatagtcttgtggggcaggcattgtttg 320  Q
    || |||||||| ||||| || ||||| ||  |||||||||| || || || || ||||||||||||||  | || || ||||| || || ||| | ||||    
T  44141460 ggtgctcgtgtgttggttgtctgttctgaagtcactgcagtcacatttcgcggccctagtgatactcacttggacagccttgttggacaagcactatttg 44141559  T
Q  321 gagatggtgcagcagctgtgattgttggttcagatccgttgccagaagttgagaagcctttgtttgaattggtttggactgcacaaacaatcgttccaga 420  Q
    ||||||| || || ||  | |||||||||||||||||  | |||||| ||||||| ||  | |||||  |||||||||||||||||||||| | ||||||    
T  44141560 gagatggagctgctgcactaattgttggttcagatccagtaccagaaattgagaaaccaatatttgagatggtttggactgcacaaacaattgctccaga 44141659  T
Q  421 cagtgaa 427  Q
     ||||||    
T  44141660 tagtgaa 44141666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 82; Significance: 1e-38; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 21 - 246
Target Start/End: Complemental strand, 24163853 - 24163628
Alignment:
Q  21 aatggggtcaacctaagtcaaagattactcatctaattttttgcaccacaagtggtgtggatatgcctggtgctgactatcagctcacaaagctcttggg 120  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||| || ||  |||| |||||||| | ||||||||| |||||||||||||| || || || |||||||| ||||| ||    
T  24163853 aatggggccaaccaaagtcaaagatcacacacttaatattttgcactataagtggtgtagatatgcctggtgccgattaccaactcacaaaactcttagg 24163754  T
Q  121 tcttcgcccgtatgtgaagcgttatatgatgtatcaacaaggttgttttgctggtgggacggtgcttcgtttggctaaagatttggctgaaaacaacaaa 220  Q
    ||||||||| | ||| ||  | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||||| |||||||||    
T  24163753 tcttcgcccatgtgtaaaaaggtatatgatgtaccaacaagggtgttttgcaggtggcacggtacttcgcttggccaaggacttggctgagaacaacaaa 24163654  T
Q  221 ggcgctcgtgttttggtggtttgttc 246  Q
    ||  ||||||| ||||| ||||||||    
T  24163653 ggttctcgtgtgttggttgtttgttc 24163628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University