View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12659_low_9 (Length: 445)

Name: NF12659_low_9
Description: NF12659
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12659_low_9
NF12659_low_9
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (19-435)||(20205197-20205613)
chr6 (19-435)||(22099220-22099636)
chr6 (19-421)||(21971772-21972177)
chr6 (19-422)||(20085890-20086293)
chr6 (19-421)||(22204870-22205272)
chr6 (19-421)||(24385083-24385484)
chr6 (19-422)||(20237803-20238206)
chr6 (19-422)||(22131787-22132190)
[»] scaffold0264 (1 HSPs)
scaffold0264 (103-421)||(15841-16158)
[»] scaffold0007 (1 HSPs)
scaffold0007 (24-421)||(5225-5625)
[»] scaffold0074 (1 HSPs)
scaffold0074 (131-421)||(47811-48098)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 413; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 20205613 - 20205197
Alignment:
Q  19 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20205613 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaacctgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 20205514  T
Q  119 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20205513 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 20205414  T
Q  219 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20205413 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 20205314  T
Q  319 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20205313 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 20205214  T
Q  419 tccttctagactctgtg 435  Q
    |||||||||||||||||    
T  20205213 tccttctagactctgtg 20205197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 413; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 22099636 - 22099220
Alignment:
Q  19 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22099636 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaacctgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 22099537  T
Q  119 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22099536 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 22099437  T
Q  219 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22099436 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 22099337  T
Q  319 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22099336 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 22099237  T
Q  419 tccttctagactctgtg 435  Q
    |||||||||||||||||    
T  22099236 tccttctagactctgtg 22099220  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 276; E-Value: 1e-154
Query Start/End: Original strand, 19 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 21972177 - 21971772
Alignment:
Q  19 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 118  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| | ||||| | || |||| ||||||||| || ||    
T  21972177 tagctcagtgcacgctggatttgtcgcctaatgattgcagaacctgtctcactagtgctattgagacactttcacaaagctgtgttggaaaggttggtgg 21972078  T
Q  119 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  21972077 gagatttctttatcctagctgtaatgttaggtatgaattatatccattttataggtctacttatgttctttccccaaatgagcttgctcctcaaacaaat 21971978  T
Q  219 gattccaaacaagattctaa---actttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaat 315  Q
    ||||||| ||||||||||||   ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||     
T  21971977 gattccatacaagattctaaaatactttcagaagatccattttatctttcctataattgctcaagaaattacaatacaatcactgacaaaaacatcaaac 21971878  T
Q  316 tacttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtga 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21971877 tacttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaattttattggcttaaagtggaagaaattgcgtatggtctcttcatgtgtcgaggtga 21971778  T
Q  416 tcttcc 421  Q
    ||||||    
T  21971777 tcttcc 21971772  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 7e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 20086293 - 20085890
Alignment:
Q  19 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| || | |   ||||||||||||||||||| ||    
T  20086293 tagctcagtgcacgccggacttgtcacccggtgattgcagaacctgtctcaatagtgctattgagaaacttcctagctgttgtgatggaaaggtgggtgg 20086194  T
Q  119 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 218  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || || ||| ||||||||||| | ||||| |||||||    
T  20086193 gagagttctttttcctagctgtaatgttaggtatgaattatatcctttttataggtctattaatgctccttcgccaaatgagcttgttcctcaaacaaat 20086094  T
Q  219 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 318  Q
     |||| || |||||||||| | ||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| |||| ||| |||||||||    
T  20086093 cattcaaaccaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaacaacagtacaatcactaacaataacttcaaattac 20085994  T
Q  319 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 418  Q
    |||| |||||| |||  || |||||||| |  ||| |||||||| |||   |||||||||| ||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| ||    
T  20085993 ttctctcttatctgtcctccaacgccacaaatggcgaaaaattttatactgttaaagtggatgaaatggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgacct 20085894  T
Q  419 tcct 422  Q
    ||||    
T  20085893 tcct 20085890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 147; E-Value: 2e-77
Query Start/End: Original strand, 19 - 421
Target Start/End: Original strand, 22204870 - 22205272
Alignment:
Q  19 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 118  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||   ||||||||||| |||||| | ||||||||||||| || || | |   ||||||||||||||||||| |     
T  22204870 tagctcagtgcacgccggacttgtcacccggtgattgcagaacctgtcttaatagtgctattgaggaacttcctagctgttgtgatggaaaggtgggtgc 22204969  T
Q  119 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 218  Q
    |||| || ||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || || ||||||||||||||| | ||||| |||||||    
T  22204970 gagagttgtttttcctagctgtaatattaggtatgaactatatcctttttataggtctattaatgctccttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaat 22205069  T
Q  219 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 318  Q
     |||| |  |||||||||| | ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||| |||||||| |||||||||    
T  22205070 cattcaacccaagattctagattttcacaagatccattttatctttcctataattgctcaagaaaccacagtaaaatcactaacaaaaacttcaaattac 22205169  T
Q  319 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 418  Q
    |||| ||||||||||  || |||||||| |  |||  ||| || || |   | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||    
T  22205170 ttctctcttatttgtcctccaacgccacaaatggcggaaatttccaaaaagtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttcatgtgtcgaggtgacct 22205269  T
Q  419 tcc 421  Q
    |||    
T  22205270 tcc 22205272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 5e-63
Query Start/End: Original strand, 19 - 421
Target Start/End: Original strand, 24385083 - 24385484
Alignment:
Q  19 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 118  Q
    |||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||     || ||    ||||||||||||||  ||| ||    
T  24385083 tagctcagtgcacgccagacttgtcccctaatgattgcagaacctgtctcaatagtgctattgaatctcttccactatgttgtgatggaaagcagggtgg 24385182  T
Q  119 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 218  Q
     ||| ||| || ||||||||||||  | ||||||||| ||| ||| |||||||  ||||||| || || |||| |||||||||| | ||||| |||||||    
T  24385183 -agagttccttttcctagctgtaacattaggtatgaactatttcctttttataaatctattattgctccttcatcaaatgagcttgttcctcaaacaaat 24385281  T
Q  219 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 318  Q
    ||||| ||||||||||||| | ||||| ||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  || | ||| |||||||||    
T  24385282 gattcaaaacaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaaccacaatataatcacaaacgataacttcaaattac 24385381  T
Q  319 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 418  Q
    |||| |||||| |||  || |||||||| |  |||||||||||  |||   | |||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||| ||    
T  24385382 ttctctcttatctgtcctccaacgccacaaatggcaaaaaattctatactgtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttcatgtgtcgaggtgacct 24385481  T
Q  419 tcc 421  Q
    |||    
T  24385482 tcc 24385484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 20238206 - 20237803
Alignment:
Q  19 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 118  Q
    |||||||||||||||| || ||||||   ||||||||||||| ||| ||| || ||||||||  |||| |||||||    | ||||||||||  ||| ||    
T  20238206 tagctcagtgcacgccagacttgtcgttcaatgattgcagaacctgcctcggttgtgctattaggaaactttcaaatgtgtatgatggaaagcagggtgg 20238107  T
Q  119 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 218  Q
    ||||  | | |||||||| |||||| | ||||||||  ||||||| |||||||| |||| || || || ||||| ||||||||| | ||||| |||||||    
T  20238106 gagaaatttatatcctagttgtaatattaggtatgagctatatcctttttatagatctactaatgctccttcactaaatgagcttgttcctcaaacaaat 20238007  T
Q  219 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 318  Q
    ||||| ||||||||||||||  || || ||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  20238006 gattcaaaacaagattctaattttacacaagatccagtttatctttccgataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaacaaaaacttcaaattac 20237907  T
Q  319 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 418  Q
    |||| ||||||||||  || |||||||| |  |||| || ||| ||||    ||||||||||||||  ||||| || |||||| ||||||||||||| ||    
T  20237906 ttctctcttatttgtcttccaacgccacaaatggcacaacattccatattgctaaagtggaagaaaaggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgacct 20237807  T
Q  419 tcct 422  Q
    ||||    
T  20237806 tcct 20237803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 22132190 - 22131787
Alignment:
Q  19 tagctcagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagg 118  Q
    |||||||||||||||| || ||||||   ||||||||||||| ||| ||| || ||||||||  |||| |||||||    | ||||||||||  ||| ||    
T  22132190 tagctcagtgcacgccagacttgtcgttcaatgattgcagaacctgcctcggttgtgctattaggaaactttcaaatgtgtatgatggaaagcagggtgg 22132091  T
Q  119 gagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaat 218  Q
    ||||  | | |||||||| |||||| | ||||||||  ||||||| |||||||| |||| || || || ||||| ||||||||| | ||||| |||||||    
T  22132090 gagaaatttatatcctagttgtaatattaggtatgagctatatcctttttatagatctactaatgctccttcactaaatgagcttgttcctcaaacaaat 22131991  T
Q  219 gattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattac 318  Q
    ||||| ||||||||||||||  || || ||||  || ||||||||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  22131990 gattcaaaacaagattctaattttacacaagatccagtttatctttccgataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaacaaaaacttcaaattac 22131891  T
Q  319 ttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatct 418  Q
    |||| ||||||||||  || |||||||| |  |||| || ||| ||||    ||||||||||||||  ||||| || |||||| ||||||||||||| ||    
T  22131890 ttctctcttatttgtcttccaacgccacaaatggcacaacattccatattgctaaagtggaagaaaaggtgtacggcctcttcttgtgtcgaggtgacct 22131791  T
Q  419 tcct 422  Q
    ||||    
T  22131790 tcct 22131787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0264 (Bit Score: 127; Significance: 2e-65; HSPs: 1)
Name: scaffold0264
Description:

Target: scaffold0264; HSP #1
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 103 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 16158 - 15841
Alignment:
Q  103 atggaaaggtgggagggagatttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagct 202  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||||| || || ||| |||||||||||    
T  16158 atggaaaggtgggtgggagatttcttttgcctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctattaatgctccttcgccaaatgagct 16059  T
Q  203 agctcctcgaacaaatgattccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgac 302  Q
     | ||||| ||||||| |||| || |||||||||| | ||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||    
T  16058 tgttcctcaaacaaatcattcaaaccaagattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgctcaagaaacaacagtacaatcactaac 15959  T
Q  303 aaaaacatcaaattacttctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttca 402  Q
    || ||| ||||||||||||| |||||| |||  || |||||||| || |||| ||| || || |   | |||||||||||||| ||||| || |||||||    
T  15958 aataacttcaaattacttctctcttatctgtcctccaacgccacaat-ggcagaaatttccaaaaagtaaaagtggaagaaatggtgtacggcctcttca 15860  T
Q  403 tgtgtcgaggtgatcttcc 421  Q
    ||||||||||||| |||||    
T  15859 tgtgtcgaggtgaccttcc 15841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0007 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 1)
Name: scaffold0007
Description:

Target: scaffold0007; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 24 - 421
Target Start/End: Original strand, 5225 - 5625
Alignment:
Q  24 cagtgcacgccggatttgtcgcctaatgattgcagaaactgtctcagtagtgctattgagaaagtttcaaagagttgtgatggaaaggtgggagggagat 123  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||  ||||||||| |||||||  ||| ||||||||  |  || | | |  |||||||||||||| ||| ||||||     
T  5225 cagtgcacgccggacttgtcccctaacaattgcagaacctgtctccatagagctattgaatatcttcctatggtttgtgatggaaaggagggtgggagag 5324  T
Q  124 ttctttatcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctat---tactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaatga 220  Q
    || ||| ||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||   ||||  |  ||||||||||||||| | ||||| ||||||  |    
T  5325 ttgtttttcctagctgtaatattaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatactacttcttcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaacta 5424  T
Q  221 ttccaaacaagattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattactt 320  Q
    ||| ||||||||| ||| | ||||| ||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| | |||||| |||||||||||    
T  5425 ttcaaaacaagatactagattttcaaaagatcccttttatctttcctataattgctcaagaaaccaaagtacaatcactaagaaaaacttcaaattactt 5524  T
Q  321 ctgtcttatttgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatcttc 420  Q
    || ||||||||||  || |||||||| |  ||| ||||||  ||||   |||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  5525 ctctcttatttgtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaacgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttc 5624  T
Q  421 c 421  Q
    |    
T  5625 c 5625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0074 (Bit Score: 109; Significance: 1e-54; HSPs: 1)
Name: scaffold0074
Description:

Target: scaffold0074; HSP #1
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 131 - 421
Target Start/End: Original strand, 47811 - 48098
Alignment:
Q  131 tcctagctgtaatgtaaggtatgaattatatccattttataggtctattactgttctttcaccaaatgagctagctcctcgaacaaatgattccaaacaa 230  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||||||||||| | |  |   |||||||||||||| | ||||| ||||||  |||| ||||||    
T  47811 tcctagctgtaatgttaggtatgaactatatcctttttataggtctatcaatact---tcaccaaatgagcttgttcctcaaacaaaacattcaaaacaa 47907  T
Q  231 gattctaaactttcagaagaatcattttatctttcctataattgctcaagaaaccacaacacaatcactgacaaaaacatcaaattacttctgtcttatt 330  Q
    ||||||| | ||||| ||||  || |||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||    
T  47908 gattctagattttcacaagatccaatttatctttcctataattgcccaagaaaccacagtacaatcactaagaaaaacttcaaattacttctctcttatt 48007  T
Q  331 tgttgtcgaacgccaccatcggcaaaaaatttcatagccttaaagtggaagaaattgtgtatggtctcttcatgtgtcgaggtgatcttcc 421  Q
    |||  || |||||||| |  ||| ||||||  ||||   ||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  48008 tgtcctccaacgccacaaatggcgaaaaatcccatactgttaaagtggaagaaatgctgtatggcctcttcatgtgtcgaggtgaccttcc 48098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University