View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1265_low_3 (Length: 681)

Name: NF1265_low_3
Description: NF1265
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1265_low_3
NF1265_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (13-653)||(8920777-8921423)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 490; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 490; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 653
Target Start/End: Original strand, 8920777 - 8921423
Alignment:
Q  13 aatatgctgaaagaaatattccaatttcctatgcaaaaatgacaaactcaaaatcattannnnnnn-atgttagttgttatgttatgttaatatttttct 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||         ||| ||||||||||||||     ||||||||||    
T  8920777 aatatgctgaaagaaatattccaatttcctatgcaaaaatgacaaactcaaaatcattgctatttttatgatagttgttatgtta-----atatttttct 8920871  T
Q  112 actttatttgtatttgaattctaaacttttacttcttacctcctttaatcttttagttcaaccaactaaattaatcatccctggaacaattgttttgttg 211  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8920872 actttatttgtatttgaattctaaacttttacttcttacctcctttaatcttttagttcaacgaactaaattaatcatccctggaacaattgttttgttg 8920971  T
Q  212 gcatgacattggaaaagaaaaagagtgagaaaattaattaagttttgcgttgctatatatgaattaat-------------aacaggttatttatgctgt 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||||||||||             |||||||||||||||||||    
T  8920972 gcatgacattggaaaagaaaaagagtgagaaaattaattaaggcatgcgtagctatatatgaattaatcataatttagagcaacaggttatttatgctgt 8921071  T
Q  299 gaccttatttatcaaggcgattgaggtaaaataggtgagacatgcattacaccttgctgaattaaaggtaatgtatccctaatgacaagtataattcaat 398  Q
    ||||||||    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  8921072 gaccttat----caaggcgattgaggtaaaataggtgagatatgcattacaccttgatgaattaaaggtaatgtatctctaatgacaagtataattcaat 8921167  T
Q  399 tcttaaacgaatgagatagtgatcacaagtactctaaaatctctcggttaactatttaattacctccactaattatctctctccacttcaagagacacaa 498  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  8921168 tcttaaacgaatgagatagtgatcacaagtactctaaaatctctcggttaactatttaattacctccactaattatctctctccacttcatgagacacaa 8921267  T
Q  499 tctggcgcaggcactatagaaagcaacactgcatgtgagtaaagacctaaagttgaatgaatctaatccccgtc-aactctacatgccccatacaccttt 597  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  8921268 tctggcgcaggcactatagaaagcaacactgcatgtgagtaaagacctaaagttgaatgaatctaatccccgtcaaactctgcatgccccatacaccttt 8921367  T
Q  598 gttttagctagtagacaataaacaattactaaagtgtatatatccacattgttatt 653  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8921368 gttttagctagtagacaataaacaattactaaagtgtatatatccacattgttatt 8921423  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University