View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF1266-Insertion-4 (Length: 622)

Name: NF1266-Insertion-4
Description: NF1266
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF1266-Insertion-4
NF1266-Insertion-4
[»] chr2 (19 HSPs)
chr2 (7-622)||(13148185-13148806)
chr2 (11-520)||(24584408-24584926)
chr2 (10-573)||(8179705-8180276)
chr2 (10-473)||(45368426-45368896)
chr2 (10-472)||(452417-452885)
chr2 (10-289)||(2609730-2610009)
chr2 (451-622)||(11502762-11502933)
chr2 (369-622)||(37280970-37281222)
chr2 (10-130)||(876515-876635)
chr2 (29-260)||(16291944-16292175)
chr2 (11-217)||(38453420-38453626)
chr2 (11-280)||(14769511-14769779)
chr2 (450-620)||(28409802-28409970)
chr2 (10-266)||(37281330-37281585)
chr2 (10-72)||(12475222-12475284)
chr2 (384-457)||(7789656-7789729)
chr2 (7-71)||(7135469-7135533)
chr2 (191-257)||(7135613-7135679)
chr2 (369-422)||(14769368-14769421)
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (10-621)||(23907103-23907721)
chr4 (10-564)||(48623328-48623888)
chr4 (10-473)||(1777816-1778287)
chr4 (10-450)||(435267-435713)
chr4 (10-506)||(27450974-27451476)
chr4 (29-472)||(39707477-39707924)
chr4 (50-439)||(53703655-53704051)
chr4 (378-621)||(16001117-16001359)
chr4 (30-265)||(55769198-55769438)
chr4 (385-564)||(56224684-56224863)
chr4 (30-265)||(55833454-55833694)
chr4 (10-137)||(1212108-1212235)
chr4 (12-124)||(41427207-41427321)
chr4 (7-72)||(17666823-17666888)
chr4 (29-71)||(21060193-21060235)
chr4 (391-472)||(55769560-55769641)
chr4 (391-472)||(55833816-55833897)
chr4 (10-130)||(10776220-10776340)
chr4 (12-80)||(42037319-42037387)
chr4 (205-280)||(44860322-44860395)
chr4 (45-74)||(45482956-45482985)
chr4 (22-62)||(35556133-35556173)
[»] chr1 (18 HSPs)
chr1 (10-573)||(51441565-51442134)
chr1 (10-499)||(43241182-43241677)
chr1 (10-520)||(8670883-8671401)
chr1 (10-573)||(49348195-49348771)
chr1 (99-535)||(29173419-29173863)
chr1 (10-249)||(37463663-37463902)
chr1 (187-562)||(32405442-32405818)
chr1 (378-474)||(11681832-11681928)
chr1 (9-289)||(34827886-34828165)
chr1 (5-622)||(35829189-35829809)
chr1 (10-115)||(46227105-46227210)
chr1 (10-72)||(32083546-32083608)
chr1 (11-60)||(13027303-13027352)
chr1 (107-280)||(45833771-45833944)
chr1 (29-127)||(40419046-40419143)
chr1 (10-72)||(51601477-51601539)
chr1 (46-104)||(7813883-7813941)
chr1 (385-439)||(34828267-34828321)
[»] chr5 (24 HSPs)
chr5 (10-573)||(24177436-24178005)
chr5 (10-562)||(2076275-2076833)
chr5 (10-573)||(20317903-20318472)
chr5 (369-621)||(1288694-1288947)
chr5 (377-622)||(26821-27067)
chr5 (10-259)||(3301081-3301330)
chr5 (10-196)||(1274560-1274746)
chr5 (10-209)||(1288390-1288589)
chr5 (10-174)||(12493163-12493327)
chr5 (10-266)||(3393942-3394192)
chr5 (400-470)||(22832091-22832161)
chr5 (10-141)||(40383806-40383937)
chr5 (10-101)||(10638688-10638779)
chr5 (385-457)||(37123598-37123672)
chr5 (10-60)||(3096625-3096675)
chr5 (10-72)||(28977658-28977720)
chr5 (26-72)||(43558623-43558669)
chr5 (11-104)||(23979619-23979712)
chr5 (211-259)||(3095365-3095413)
chr5 (369-472)||(25937109-25937213)
chr5 (213-289)||(37123773-37123849)
chr5 (205-256)||(30418633-30418684)
chr5 (378-463)||(756129-756214)
chr5 (190-289)||(27160-27260)
[»] chr7 (29 HSPs)
chr7 (10-564)||(36650915-36651475)
chr7 (10-573)||(33350607-33351176)
chr7 (10-621)||(32629475-32630089)
chr7 (10-470)||(39907180-39907646)
chr7 (10-564)||(24177996-24178556)
chr7 (369-573)||(11592601-11592805)
chr7 (10-289)||(46356652-46356931)
chr7 (10-357)||(38606171-38606519)
chr7 (10-289)||(11593155-11593434)
chr7 (90-289)||(36870205-36870404)
chr7 (10-196)||(49028576-49028762)
chr7 (372-490)||(38896612-38896730)
chr7 (7-139)||(38896963-38897095)
chr7 (22-124)||(48055630-48055732)
chr7 (22-122)||(20499478-20499578)
chr7 (10-72)||(36870090-36870152)
chr7 (205-289)||(48055812-48055896)
chr7 (371-508)||(17101752-17101887)
chr7 (47-84)||(33738163-33738200)
chr7 (10-117)||(43793834-43793941)
chr7 (205-271)||(20499330-20499396)
chr7 (199-289)||(38896819-38896909)
chr7 (205-259)||(43794022-43794076)
chr7 (369-435)||(46357003-46357069)
chr7 (10-71)||(21520234-21520295)
chr7 (11-64)||(23087917-23087970)
chr7 (369-421)||(22346576-22346628)
chr7 (225-289)||(22346714-22346778)
chr7 (427-520)||(33738551-33738646)
[»] chr3 (16 HSPs)
chr3 (10-564)||(51448510-51449070)
chr3 (10-489)||(52137824-52138309)
chr3 (49-573)||(38849014-38849536)
chr3 (371-564)||(3368684-3368877)
chr3 (369-483)||(27916580-27916694)
chr3 (11-139)||(9258238-9258366)
chr3 (11-104)||(29816892-29816985)
chr3 (47-117)||(27916945-27917015)
chr3 (22-72)||(50630134-50630184)
chr3 (10-79)||(19736581-19736647)
chr3 (10-79)||(19757399-19757465)
chr3 (206-251)||(24599799-24599844)
chr3 (370-463)||(48220802-48220895)
chr3 (23-72)||(48221200-48221249)
chr3 (236-264)||(3368988-3369016)
chr3 (23-71)||(26592254-26592302)
[»] chr8 (14 HSPs)
chr8 (10-564)||(36544073-36544633)
chr8 (11-564)||(15216074-15216630)
chr8 (10-289)||(36566042-36566321)
chr8 (10-454)||(42854814-42855266)
chr8 (392-573)||(13588619-13588800)
chr8 (10-127)||(12492643-12492760)
chr8 (207-280)||(35094015-35094088)
chr8 (14-73)||(30579033-30579093)
chr8 (11-127)||(18849920-18850036)
chr8 (22-124)||(41445116-41445219)
chr8 (10-124)||(13588807-13588921)
chr8 (430-508)||(41148467-41148544)
chr8 (396-573)||(33667048-33667224)
chr8 (369-426)||(41445408-41445465)
[»] chr6 (20 HSPs)
chr6 (10-564)||(20428438-20428998)
chr6 (153-621)||(5260192-5260667)
chr6 (371-573)||(6082301-6082503)
chr6 (10-492)||(30669888-30670369)
chr6 (10-289)||(6082602-6082881)
chr6 (13-280)||(2208206-2208473)
chr6 (22-357)||(9705907-9706244)
chr6 (385-573)||(26290696-26290884)
chr6 (10-117)||(5258951-5259059)
chr6 (31-139)||(2680872-2680977)
chr6 (459-621)||(9705661-9705824)
chr6 (46-141)||(3629580-3629675)
chr6 (10-196)||(27790451-27790637)
chr6 (388-436)||(2681621-2681669)
chr6 (378-502)||(3629249-3629373)
chr6 (393-456)||(30243789-30243851)
chr6 (22-72)||(5631236-5631286)
chr6 (95-261)||(26291012-26291178)
chr6 (400-485)||(9369590-9369673)
chr6 (11-64)||(9369203-9369256)
[»] scaffold0113 (1 HSPs)
scaffold0113 (90-575)||(13137-13629)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (10-433)||(30520-30949)
[»] scaffold0286 (1 HSPs)
scaffold0286 (13-280)||(305-572)
[»] scaffold0083 (1 HSPs)
scaffold0083 (405-526)||(52130-52251)
[»] scaffold0606 (1 HSPs)
scaffold0606 (28-124)||(9035-9131)
[»] scaffold0045 (3 HSPs)
scaffold0045 (48-141)||(88773-88866)
scaffold0045 (163-251)||(88876-88964)
scaffold0045 (370-410)||(90257-90297)
[»] scaffold0008 (1 HSPs)
scaffold0008 (23-124)||(48727-48827)
[»] scaffold0220 (2 HSPs)
scaffold0220 (22-139)||(25026-25144)
scaffold0220 (386-470)||(25392-25476)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 489; Significance: 0; HSPs: 19)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 489; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 13148806 - 13148185
Alignment:
Q  7 aatgcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13148806 aatgcatacatcttagtgctagctcttggatgtgttctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattc 13148707  T
Q  107 tattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattata 206  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13148706 tattgttatcgaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaaactccatcatacatatcatggataactctaatataaccaattata 13148607  T
Q  207 acccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatt-ttttccat 305  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13148606 acccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcacacaccttccccaaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttttccat 13148507  T
Q  306 ctgatgtt--tctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgacacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttt 400  Q
    | ||||||  |||||||||  || ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||   ||     |||||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  13148506 ccgatgtttctctccatcatacgccgaagtaagtagatcgcttccatagttgacacctaggcataaaatcaaattggttatcgataactcgagtctcttt 13148407  T
Q  401 tcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13148406 tcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttaattcccctataatccaagcaattttgtatatcccctttgttc 13148307  T
Q  501 ttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaaattgatgagccatatgattcttatatc 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  13148306 ttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcgtaatcttgctaaaaaattggtgagccacatgattcttatatc 13148207  T
Q  601 tccaagacttttccacacttca 622  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  13148206 tccaagacttttccacacttca 13148185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 11 - 520
Target Start/End: Original strand, 24584408 - 24584926
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctatt 110  Q
    |||||||||  ||| || |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| |||||    
T  24584408 catacatctcggtgataactcttggatgtgttccgttagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctatt 24584507  T
Q  111 gttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataaccc 210  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||| ||  ||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| |||| |||||  ||||  ||||||    
T  24584508 gttatgggaaaatcttcggtagccccatcctgcgtcttcacagtagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctctgatataggcaatcctaaccc 24584607  T
Q  211 ctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatctg 308  Q
    ||||||| || |||| ||| |||||||||||||| |  |||||||||||| ||||| || |||||||||| |||| ||||  |  |||||  ||| || |    
T  24584608 ctttcttctccagggttttccacaaaatctctctggaaactctatcatacgccttctccaaatcaatgaaaattaggtgtaagtcttttttatccgtccg 24584707  T
Q  309 atgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttctt 404  Q
    || |  ||||||||| |||||||| ||||||||||||| |||| |||| | || |   ||    |||||| |||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  24584708 atatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagatcgcttccatactcgacctcccagacataaaaccaaatcagttatctataactcgagtctcctttctt 24584807  T
Q  405 agtcttcattc---aatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttct 501  Q
    ||||||  |||   |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  24584808 agtctttgttcaataatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgtgcaattttgtatatcccctttgttct 24584907  T
Q  502 tataaattggaaataaagt 520  Q
    |||| ||||||| ||||||    
T  24584908 tatagattggaattaaagt 24584926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 8180276 - 8179705
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| |  || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||| ||||| ||||    
T  8180276 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgtttcgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttatggttgacccttggcgcaatcctat 8180177  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| ||||  ||||| | || | | || |||||  ||||||| || |||| ||| | |||| | |||||||   ||||  |||||    
T  8180176 tgttatgggaaaatcttcggtagttccatcctgcgacctcacactagtcgaagctccctcgtacatatccttgatagccctaatattggcaatcctaacc 8180077  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctcta--ggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccat 305  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||   || ||||||||||||  |||  || |||||||||| |  |||||   |  ||||||  || |    
T  8180076 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctctcggtactctatcatacgtcttttccaaatcaatgaaaaccaagtgcaagtcttttttatccgt 8179977  T
Q  306 ctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctctttt 401  Q
    | ||| |  ||||||||| |||| ||| |||||||| |||||||||||||||  || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||    
T  8179976 ccgatatcgctccatcacgcgtcaaagtaagtagattgctttcatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgagtctccttt 8179877  T
Q  402 cttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttct 501  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||| | |||||||    
T  8179876 cttagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgacttattagcttaattcccctataattcgcgcaattttgtatatcctccttgttct 8179777  T
Q  502 tataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
    |||| ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||  ||||||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  8179776 tatagattggaattaaagtgcttcttctccactcgtctgacattttcttcgtcctcataatctcgttaaaaa 8179705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 473
Target Start/End: Original strand, 45368426 - 45368896
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  ||||||  ||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||| | ||||    
T  45368426 gcatacatctcggtgctaattcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcctat 45368525  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||| | ||| ||||||| | | || | || |||||  ||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||  ||||  | |||    
T  45368526 tgttatgggaaaatctacggtatccccatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcctggatagctctaatataggcaatcctcacc 45368625  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcac-aaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgt--gggcattttttccatc 306  Q
    || ||||| || |||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||| |  |||||||||| | |||||||  |  | |||| ||| ||    
T  45368626 ccattcttctccagggctttccacaaaaatctctctaggtactctatcatacgccttctcaaaatcaatgaaaactaagtgtaagttctttttatccgtc 45368725  T
Q  307 tgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttc 402  Q
     ||| |  ||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||| | | || |   ||    ||||||| |||||| |||||  ||||||||||||    
T  45368726 cgatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtatatcgcttccatagtcaacctcccaggcataaagccaaattggttatccgtaacatgagtctcttttc 45368825  T
Q  403 ttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattc 473  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||    
T  45368826 ttagtcttcgttcaattaccctttcccataatttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattc 45368896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 3e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 472
Target Start/End: Original strand, 452417 - 452885
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  452417 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 452516  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| | |||| | |||| | || |||||  || |||| ||||||| ||  | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  452517 tgttatgggaaaatcttcggtagtctcatcctgcgtcctcacactagtcgaacctccctcatacatattcttgatagccctaatataggcaatcctaacc 452616  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatct 307  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| || |||||||| ||| ||||  || |||||||||| | ||||||   |  |||||  ||| ||     
T  452617 cctttcttctcccgggctttccacaaaatctctctcggtactctatcgtacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtcc 452716  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||| | || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  452717 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttct 452816  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataatt 472  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||    
T  452817 tagtcttctttcgatcaccctttctcgtaacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataatt 452885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 8e-35
Query Start/End: Original strand, 10 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 2610009 - 2609730
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  2610009 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 2609910  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||  |||| |||||| | |||| | || ||| |  ||||||  ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  | |||    
T  2609909 tgttatgggaaaatctttggtagtcccatcctgcgtcctcacactaatcgaagctctctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatccttacc 2609810  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    |||||||| ||  ||||||| ||||||||||||||  |||||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||    
T  2609809 cctttcttctccggggctttccacaaaatctctctcagcactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtg 2609730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 451 - 622
Target Start/End: Original strand, 11502762 - 11502933
Alignment:
Q  451 ttagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatt 550  Q
    ||||||| |||| ||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||||||| || | || ||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||    
T  11502762 ttagtttaattctcctataattcgtgcaattttgtata-cacctttgttcttatagatcgaaattaaagtgtttcttctccactcatcgaacattttatt 11502860  T
Q  551 tgtcctcataatcttgcta-aaaaattgatgagccatatgattcttatatctccaagacttttccacacttca 622  Q
    |||||||||||||| | || ||| |||| ||||||| |  |||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  11502861 tgtcctcataatctagttagaaagattggtgagccacactattcctttatctccaagacttttccacacttca 11502933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 369 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 37281222 - 37280970
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctat 468  Q
    ||||||| |||||| ||||||  ||| | ||| |||||||||| |||||||||  |||  ||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||||    
T  37281222 ccaaattggttatcagtaacttaagtttgtttacttagtcttcgttcaatcactttttatcataacttcatggtatgattcattagtttaattctcctat 37281123  T
Q  469 aattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgct 568  Q
    |||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| || | || |||||   ||||| |||| |||||| |||||||  ||||||||||| ||| | |    
T  37281122 aattcgcgcaattttgtatatcccc-ttgttcttatagatcgaaattaaagcgtttcttctccattcatccgacatttt-gttgtcctcatagtctcgtt 37281025  T
Q  569 aaaa-aattgatgagccatatgattcttatatctccaagacttttccacacttca 622  Q
    ||||   ||| ||||||| |  |||| | ||| ||||||||||||||||||||||    
T  37281024 aaaatgtttggtgagccacacaattcctctatatccaagacttttccacacttca 37280970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 876635 - 876515
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||| || || ||||  |||||| |||  || || | |||||||||| || |    
T  876635 gcatacatcttggtgctcgctcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaacgaaggtgaaaagataagggcttagtgttgaaccttggtgcaatcctgt 876536  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagt 130  Q
    |||||||| ||||||||||||    
T  876535 tgttatgggaaaatcttcagt 876515  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 29 - 260
Target Start/End: Complemental strand, 16292175 - 16291944
Alignment:
Q  29 ctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttca 128  Q
    |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| ||| |||||| ||| |||||||| ||||| |||     
T  16292175 ctcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttgatgcaatcctaatgttatgggaaaattttcg 16292076  T
Q  129 gtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttctagggctt 228  Q
    |||| |||||| |  ||| | || |||||  ||||||  ||||||| ||| | ||||   ||||||||  ||||  ||||||||||||| || |||  ||    
T  16292075 gtagtcccatcctgtgtcctcacactagtcgaagctctctcatacatatccttgatagtcctaatataggcaatcctaacccctttcttctccaggattt 16291976  T
Q  229 ttcacaaaatctctctaggcactctatcatac 260  Q
    | |||||||||||||| |  ||||||||||||    
T  16291975 tccacaaaatctctctcgatactctatcatac 16291944  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 11 - 217
Target Start/End: Original strand, 38453420 - 38453626
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctatt 110  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||| |  | |||  ||| ||| |||| |||||||||| |||||    
T  38453420 catacatctcggtgctaactcttggatgtgttttgtcaatacatccaaaactaaagtaaagagatgaggacttagggttgacccttggtgcaatcctatt 38453519  T
Q  111 gttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataaccc 210  Q
    ||||||| ||||||||| |||  |||||| | |||| | || |||||  || |||  ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  ||||||    
T  38453520 gttatgggaaaatcttcggtaatcccatcctgcgtcctcacactagtcgaaactctctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaaccc 38453619  T
Q  211 ctttctt 217  Q
    |||||||    
T  38453620 ctttctt 38453626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 14769779 - 14769511
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagta-agggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||| || ||||||||||||| |||||   ||||||||||||||||| |||||||||||  || |||| ||| ||| |||| ||||||||||  |||    
T  14769779 catacatattggtgctagctcttgaatgtgtgatgtaagtacatccaaaattaaagtaaaaagatacagggcttagggttgacccttggtgcaatcatat 14769680  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||| |||  ||||  || || ||||||||    ||| | || |||||| | ||||  ||||||| ||||| |||| ||| ||||||| ||||  |||||    
T  14769679 tgttttgg-gaaattgtcggtggccccatcccgtgtcctcacactagttgatgctctctcatacatatcattgatagctccaatataaacaatcttaacc 14769581  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaa 280  Q
      |||||| | ||  ||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||  |||| || ||||||||||    
T  14769580 tttttcttct-tattgctttccacaaaatctctctagctactttatcatacgtcttctccaaatcaatgaa 14769511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 450 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 28409970 - 28409802
Alignment:
Q  450 attagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttat 549  Q
    |||||||| ||| | |||||||||  ||||||||||||| |||||| |||| |||| ||| ||| |||||| |||||| |||| |||||||| ||||| |    
T  28409970 attagtttaatttctctataattcgtgcaattttgtataccccctt-gttcatatatattagaattaaagtgcttcttctccaatcatccaatattttct 28409872  T
Q  550 ttgtcctcataatcttgctaaaaaatt-gatgagccatatgattcttatatctccaagacttttccacactt 620  Q
      ||| ||||||||||  |||||| || | ||| ||| |  |||||| ||||| | ||||||||||||||||    
T  28409871 --gtcttcataatcttattaaaaagttcggtgaaccacacaattcttctatcttcgagacttttccacactt 28409802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 37281585 - 37281330
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||| ||| |||||| | | |||||||| |  ||||||||||| ||| ||||||||||||  |||||| ||| ||| |||   | || |||| | ||    
T  37281585 gcatacaccttggtgctaacccatggatgtgtttcgtaagtacatctaaacctaaagtaaaaagataagggctta-ggttgactcatagtccaatccaat 37281487  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| |||||| || |||||||  || |   || | || |||||| ||||||| | ||||| ||| | ||||  |||||||||| ||||  ||||     
T  37281486 tgttatgggaaaatcgtcggtagccctctcatgtttcctcacactagttgaagctcccttatacatatccttgatagttctaatataatcaatcctaaca 37281387  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttc 266  Q
     ||||||| ||||||| ||| ||||  ||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  37281386 actttcttctctagggatttccacacgatctctcaaggcactctagcatacaccttc 37281330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 12475222 - 12475284
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||    
T  12475222 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaa 12475284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 384 - 457
Target Start/End: Original strand, 7789656 - 7789729
Alignment:
Q  384 gtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagttt 457  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||| |||| |||||| || |||||| ||||||| |||||    
T  7789656 gtaactcgagtctcttttgttaatctttgttcaatcactcttttccataatttaatggtatgactcataagttt 7789729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 71
Target Start/End: Original strand, 7135469 - 7135533
Alignment:
Q  7 aatgcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaa 71  Q
    ||||||||||||| | || |||||||||| |||| |  |||||||||||||||| ||||||||||    
T  7135469 aatgcatacatctcaatggtagctcttggttgtgtttggtaagtacatccaaaattaaagtaaaa 7135533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 191 - 257
Target Start/End: Original strand, 7135613 - 7135679
Alignment:
Q  191 aatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatca 257  Q
    ||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||| ||| |||||||| ||| |||| |||||||||    
T  7135613 aatataatcaattctaacttctttcttttctagggttttccacaaaatttctttaggaactctatca 7135679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 422
Target Start/End: Complemental strand, 14769421 - 14769368
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcacc 422  Q
    ||||||| |||||| |||| || |||||||||||||||||| |||| |||||||    
T  14769421 ccaaattggttatcagtaaatcaagtctcttttcttagtctccattaaatcacc 14769368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 174; Significance: 3e-93; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 174; E-Value: 3e-93
Query Start/End: Original strand, 10 - 621
Target Start/End: Original strand, 23907103 - 23907721
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| ||||||| |||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  23907103 gcatacatctcggtgctaactcttggttgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 23907202  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| | |||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| ||||||||||  ||||  |||||    
T  23907203 tgttatgggaaaatcttcggtagtctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctctaatatagacaatcctaacc 23907302  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||   |  ||||||  || |      
T  23907303 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctcttggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgttc 23907402  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||  || |   ||    |||||||  ||||| |||||||||||||| |||||    
T  23907403 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattgattatccgtaactcgagtctcctttct 23907502  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||    
T  23907503 tagtcttctttcgatcaccctttcccataactttatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcggaattttgtatatcccccttgttctta 23907602  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa-attgatgagccatatgattcttatatctc 602  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||||| |||| |||||| || ||||||||||||| | ||||||  ||| ||||||| |  || | | |||| |    
T  23907603 taaattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccagcattttcttcgtcctcataatctcgttaaaaaggttggtgagccacacaatccctctatcgc 23907702  T
Q  603 caagacttttccacacttc 621  Q
    ||||||| |||||||||||    
T  23907703 caagactcttccacacttc 23907721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 3e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 564
Target Start/End: Original strand, 48623328 - 48623888
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| |  || | |||||||||||||||||||||||  ||||   ||| ||| || | |||||||||| ||||    
T  48623328 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttacgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagaacttagggttgaaccttggtgcaatcctat 48623427  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    || || |  ||||||||| |||| |  ||| | | || | || |||||  ||||||| || |||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  48623428 tgataagagaaaatcttcggtagtcaaatcatgcatcctcacactagtcgaagctccctcgtacatatctttgatagccctaatataggcaatcctaacc 48623527  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||   |  ||||||  || ||     
T  48623528 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacaccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtcc 48623627  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
     || |  ||||||||| |||||||  |||||||| |||| ||||||||||  || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||  |||||    
T  48623628 tatatcgctccatcacgcgtcgaactaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatctgtaactcgagtcttctttct 48623727  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  48623728 tagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcgcaattttgtatatcccccttgttctta 48623827  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    || ||||||| |||||| ||| || ||||||||| | ||||||| ||  ||||||||||||    
T  48623828 tagattggaattaaagtgcttattctccactcatacgacattttcttaatcctcataatct 48623888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 473
Target Start/End: Original strand, 1777816 - 1778287
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||| ||||  ||||| |||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  1777816 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagttaaaagataaggatttagggttgacccttggtgcaatcctat 1777915  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagtt-aaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataac 208  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||| | || |||||| |||||||| ||||||| ||||| |||| | ||||||||  ||||| ||||    
T  1777916 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctacgtcctcacactagttgaaagctccctcatacatatcattgatagccctaatataggcaattctaac 1778015  T
Q  209 ccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacacc-ttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccat 305  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||||||| ||  || |||||||||| | ||||||   |  |||||  ||| |    
T  1778016 ccctttcttctcaagggctttccacaaaatctctcttgatactctatcatacacctttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagttttttttatccgt 1778115  T
Q  306 ctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctctttt 401  Q
    | ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||| | | || |   ||     |||||| |||||| |||||||||||||| |||    
T  1778116 ccgatatcgctccatcacacgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcaacctcccaggcataaaatcaaattggttatccgtaactcgagtctccttt 1778215  T
Q  402 cttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattc 473  Q
    |||||||||| ||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||    
T  1778216 cttagtcttctttcgatcaccctttcccataattccatggtatgactcattagcttaattctcctataattc 1778287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 435713 - 435267
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||| | ||||    
T  435713 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcactcctat 435614  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  435613 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcttgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 435514  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||  |||  || |||||||||| | ||||||   |  |||||  ||| ||     
T  435513 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgtcttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtcc 435414  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||| ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||| | | || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||    
T  435413 gatatcgctctatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcaacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgagcctcctttct 435314  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactca 450  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  435313 tagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactca 435267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 10 - 506
Target Start/End: Original strand, 27450974 - 27451476
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  ||| || |||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||   ||||  ||| ||| |||| |||||||| ||||||    
T  27450974 gcatacatctcggtgttaactcttggatgtgtttcgttagtacatccaaaactaaagtaaaaagagaaggacttagggttgacccttggtgcagttctat 27451073  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||| |  || ||||||| | |||||| || |||||  ||||||| ||||||| |||   |||| ||||||||||  ||||  | | |    
T  27451074 tgttatgggaaaatctacgctatccccatcatgcgtcttcacactagtggaagctccctcatacatatcccagatagctctaatataggcaatcctcatc 27451173  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| || |||| ||| ||||||||||||||| | |||||||| ||| ||||| || ||| | |||| | ||| ||   |  ||||||  || ||     
T  27451174 cctttcttctccagggttttccacaaaatctctctaagtactctatcctacgccttctccaaataagtgaaaactaattgcaagtcttttttatccgtcc 27451273  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||  |||| ||| |||||| |||||| ||||||||||  || |   ||    |||||| ||||||| |||||  |||||||||||||    
T  27451274 gatatcgctccatcatgcgtcaaagtaagtagttcgcttccatagtcgacctccgaggaataaaaccaaataagttatccgtaacatgagtctcttttct 27451373  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    ||||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||    
T  27451374 tagtcttcgctcaattaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcgcaattatgtatatcccctttgttctta 27451473  T
Q  504 taa 506  Q
    |||    
T  27451474 taa 27451476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 29 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 39707924 - 39707477
Alignment:
Q  29 ctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttca 128  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| |||  ||| || ||||||| |||||||||||| ||||||||      
T  39707924 ctcttggatgtgttctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttaacccttagtgcaatcctattgttatgggaaaatctttg 39707825  T
Q  129 gtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttctagggctt 228  Q
    |||| |||||| | |||| | || ||||| ||| |||| |||||||  || | |||| ||||||||||  ||||   |||||||||||| || ||| | |    
T  39707824 gtag-cccatcatgcgtcctcacgctagtcaaaactccctcatacatttccttgatagctctaatataggcaatccaaacccctttcttctccaggac-t 39707727  T
Q  229 ttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatctgatgtttctccatcacccg 326  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||| || |||||||||| | ||||||   |  |||||  ||| |||| | |  ||||||||| ||    
T  39707726 ttcacaaaacctctctaggcactctatcatacgtcttctccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtctgttatcgctccatcacacg 39707627  T
Q  327 tcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgacacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcacc- 422  Q
    |||||| ||||| ||||||||| ||||| |   | |   ||    | ||||| |||||  |||| |||| | |||||||||||||||| ||||||||||     
T  39707626 tcgaagtaagtaaatcgctttcgtagtcaatctccaggcataaaacaaaattggttattcgtaaatcgactttcttttcttagtcttcgttcaatcacct 39707527  T
Q  423 ctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataatt 472  Q
     ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  39707526 ttttcctataacttcatggtatgactcattagtttaattcctctataatt 39707477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 68; E-Value: 5e-30
Query Start/End: Original strand, 50 - 439
Target Start/End: Complemental strand, 53704051 - 53703655
Alignment:
Q  50 tacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtcttt 149  Q
    |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||||||| || ||||||||| |||| |||||| |  ||| |     
T  53704051 tacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctattgttacgggaaaatcttcggtagtcccatcctgtgtcctc 53703952  T
Q  150 actctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggca 249  Q
    || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  ||||||||||||| |  |||||||| |||||||||||||| || |    
T  53703951 acactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacccctttcttcttcagggctttccacaaaatctctctcggta 53703852  T
Q  250 ctctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg-tgggcattttt--tccatctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctt 346  Q
    ||| ||||||| ||||  || ||||| |||| | ||||||   | | |||||  ||| || ||| |  |||| |||| |||||||| |||||||| ||||    
T  53703851 ctcaatcatacgccttttccaaatcagtgaaaactaagtgcaagtcctttttcatccgtccgatatcgctccgtcacgcgtcgaagtaagtagattgctt 53703752  T
Q  347 tcatagtcgacacct---atct-atcccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcat 439  Q
     ||||||||||  ||   |  | |   ||| || |||||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  53703751 ccatagtcgacctctcagacataaaatcaatttggttatctgtaacccgagtctcctttcttagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcat 53703655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 378 - 621
Target Start/End: Original strand, 16001117 - 16001359
Alignment:
Q  378 ttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcatt-agtttgattcccctataattcaag 476  Q
    ||||| ||| ||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| | ||| |||| ||||||||||| |    
T  16001117 ttatccgtagctcgagtttcttttcttagtcttcgttaaatcaccctttcccataacttcatagtatgactcattaattttaattctcctataattcacg 16001216  T
Q  477 caattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa-at 575  Q
    ||||| ||||||| | | ||||||||||| || |||| |||||| |  ||| ||||||| |||   ||||| || ||||||||||||| | ||||||  |    
T  16001217 caattatgtatat-cacattgttcttatagatgggaattaaagtgcagcttctccactcgtccggtattttcttcgtcctcataatctcgttaaaaagtt 16001315  T
Q  576 tgatgagccatatgattcttatatctccaagacttttccacacttc 621  Q
    || ||| ||| |  ||||   |||||||||||||||||||||||||    
T  16001316 tggtgacccacacaattc--ctatctccaagacttttccacacttc 16001359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 30 - 265
Target Start/End: Original strand, 55769198 - 55769438
Alignment:
Q  30 tcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagac------ctttggtgcaattctattgttatggaaaaat 123  Q
    ||||||||||| ||  ||| |||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||| |||      | |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  55769198 tcttggatgtgttccataaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagggttcagggttgacaccaacccttggtgcaatcctattgttatgggaaaat 55769297  T
Q  124 cttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttctag 223  Q
      || || || ||||||| |||| | |  |||||  ||||||| | ||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||    
T  55769298 tgtctgtggctccatcttgcgtcctcaaactagtcgaagctccct-atacatatcattgatagctctaatataagcaatcctaatccctttcttctctag 55769396  T
Q  224 ggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacacctt 265  Q
     ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  55769397 agctttccacaaaatctgtctaggcactctaccatacgcctt 55769438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 56; E-Value: 7e-23
Query Start/End: Original strand, 385 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 56224863 - 56224684
Alignment:
Q  385 taactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttg 484  Q
    |||||||||||||| | ||||||||    ||||| ||| ||||||| |||||||||  | ||||||||||||| ||||| |||||||| |  ||||||||    
T  56224863 taactcgagtctctgtccttagtctaatctcaattaccatttcccacaacttcatgacatgactcattagtttaattcctctataatttacacaattttg 56224764  T
Q  485 tatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    ||||||| | || |||||||| ||| |||  |||| ||||||| | ||||||||  ||||||| |||||| |||||||||    
T  56224763 tatatcctccttattcttatagattagaatcaaagaacttcttctgcactcatctgacattttctttgtcttcataatct 56224684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 30 - 265
Target Start/End: Original strand, 55833454 - 55833694
Alignment:
Q  30 tcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagac------ctttggtgcaattctattgttatggaaaaat 123  Q
    ||||||||||| ||  |||  ||||||||||||||||||||||  |||||||| | ||| |||      | |||||||||| |||||||||||| |||||    
T  55833454 tcttggatgtgttccataaacacatccaaaactaaagtaaaaagataagggttcagggttgacaccaacccttggtgcaatcctattgttatgggaaaat 55833553  T
Q  124 cttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttctag 223  Q
      || || || ||||||| |||| | |  |||||  ||||||| | ||||| ||||| |||| ||||||||||| ||||  ||| ||||||||| |||||    
T  55833554 tgtctgtggctccatcttgcgtcctcaaactagtcgaagctccct-atacatatcattgatagctctaatataagcaatcctaatccctttcttctctag 55833652  T
Q  224 ggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacacctt 265  Q
     ||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||    
T  55833653 agctttccacaaaatctgtctaggcactctaccatacgcctt 55833694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 10 - 137
Target Start/End: Original strand, 1212108 - 1212235
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| ||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||  ||| ||| || | |||||||||| ||||    
T  1212108 gcatacatctcggtgctaactcttagatgtgttatgtaagtacatccaaaactaaagtgaaaagataaggacttagggttgaaccttggtgcaatcctat 1212207  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagcccca 137  Q
    |||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  1212208 tgttatgggaaaatattcggtagcccca 1212235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 12 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 41427321 - 41427207
Alignment:
Q  12 atacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaa--aaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||| | | | ||| |||  | |||||||| ||||    
T  41427321 atacatcttagtgctaactcttggacgtgttttgtaagtacttccaaaactaaagtaaaaaaaaataagagctaatggttgacactcggtgcaatcctat 41427222  T
Q  110 tgttatggaaaaatc 124  Q
    |||||||||||||||    
T  41427221 tgttatggaaaaatc 41427207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 7 - 72
Target Start/End: Original strand, 17666823 - 17666888
Alignment:
Q  7 aatgcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    |||||||||||||  ||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  17666823 aatgcatacatctcggtgctagttgttggatgtgttatgtaagtacatccaaaactaatgtaaaaa 17666888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 71
Target Start/End: Complemental strand, 21060235 - 21060193
Alignment:
Q  29 ctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaa 71  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21060235 ctcttggatgtgttatgtaagtacatccaaaactaaagtaaaa 21060193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 391 - 472
Target Start/End: Original strand, 55769560 - 55769641
Alignment:
Q  391 gagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataatt 472  Q
    ||||| |||||||||||||  |||| |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| || |||||||    
T  55769560 gagtcacttttcttagtctctattctatcagcctttctcataatttcatggtatgactcataagtttaatttccttataatt 55769641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 391 - 472
Target Start/End: Original strand, 55833816 - 55833897
Alignment:
Q  391 gagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataatt 472  Q
    ||||| |||||||||||||  |||| |||| |||||| ||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||| || |||||||    
T  55833816 gagtcacttttcttagtctctattctatcagcctttctcataatttcatggtatgactcataagtttaatttccttataatt 55833897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 130
Target Start/End: Original strand, 10776220 - 10776340
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||| |||   ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||| | ||||  |||||| ||   || || | |||||||||| ||||    
T  10776220 gcatacatcttggtgtccgctcttgaatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaaatgaaaagataagggcttggtgttgaaccttggtgcaatcctat 10776319  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagt 130  Q
    ||| |||| |||||| |||||    
T  10776320 tgtcatgggaaaatcgtcagt 10776340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 12 - 80
Target Start/End: Complemental strand, 42037387 - 42037319
Alignment:
Q  12 atacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaaggg 80  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||| | | ||||||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  42037387 atacatctcggtgctcgctcttggatgtgttttctaagtacatccaaaactaaggtgaaaatgtaaggg 42037319  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 205 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 44860395 - 44860322
Alignment:
Q  205 taacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaa 280  Q
    ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||  ||||||||| ||| | || ||||||||||    
T  44860395 taacccctttcttctctaaggctttccacaaaatctgtctaggca--ctatcatacgcctcctccaaatcaatgaa 44860322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 45 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 45482985 - 45482956
Alignment:
Q  45 gtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaag 74  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45482985 gtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaag 45482956  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 22 - 62
Target Start/End: Original strand, 35556133 - 35556173
Alignment:
Q  22 gtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaact 62  Q
    ||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  35556133 gtgctcgctcttggaggtgttctgtaagtacatccaaaact 35556173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 165; Significance: 6e-88; HSPs: 18)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 6e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 573
Target Start/End: Original strand, 51441565 - 51442134
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | ||||||||||||||||| |||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  51441565 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagaaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 51441664  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||| | || ||| |  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||| |||||    
T  51441665 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcttgcgtcctcacactaatcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaattctaacc 51441764  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    | |||||| || |||||||| |||||||||||||  |  |||||||||||| | ||  || |||||||||| | ||||||   |  ||||||  || |||    
T  51441765 catttcttctccagggctttccacaaaatctctcacgatactctatcatacgctttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtct 51441864  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||| | |||||||| |||| ||||||||||  || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  51441865 gatatcactccatcacgcgtcgatgtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttct 51441964  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |  ||||||||||||||| |||||||||    
T  51441965 tagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcgtgattttgtatatcccccttgttctta 51442064  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
    || ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  51442065 tagattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccgacattttcttcgtcctcataatctcgttaaaaa 51442134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 143; E-Value: 8e-75
Query Start/End: Original strand, 10 - 499
Target Start/End: Original strand, 43241182 - 43241677
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  43241182 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 43241281  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  43241282 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcgtgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 43241381  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatct 307  Q
    |||||||| || || ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||  |||  || |||||||||| | ||||||   |  |||||  ||| ||     
T  43241382 cctttcttctccagagctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgtcttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtcc 43241481  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||| | || |   ||    ||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||    
T  43241482 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaacttgagtctcctttct 43241581  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgtt 499  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  43241582 tagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccttataattcacgcaattttgtatatcccccttgtt 43241677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 137; E-Value: 3e-71
Query Start/End: Original strand, 10 - 520
Target Start/End: Complemental strand, 8671401 - 8670883
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||| ||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| | |||||||||||||    
T  8671401 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatc-aaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgaccctaggtgcaattctat 8671303  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattat---a 206  Q
    |||||||| |||||||||  ||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  |||||||   |    
T  8671302 tgttatgggaaaatcttcgatagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatatagacaattattcta 8671203  T
Q  207 acccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--cca 304  Q
    ||||||||||| || || ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||   |  ||||||  ||     
T  8671202 acccctttcttctccagtgctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccg 8671103  T
Q  305 tctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttt 400  Q
    || ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||  || |   ||    |||||||  ||||| |||||||||| ||| ||    
T  8671102 tccgatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattttttatccgtaactcgaggctcctt 8671003  T
Q  401 tcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttc 500  Q
    ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||| |||||||||||||| ||||||    
T  8671002 tcttagttttctttccatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcgcagttttgtatatcccccttgttc 8670903  T
Q  501 ttataaattggaaataaagt 520  Q
    ||||||||||||| ||||||    
T  8670902 ttataaattggaattaaagt 8670883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 136; E-Value: 1e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 573
Target Start/End: Original strand, 49348195 - 49348771
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||  |||| |||||||||| ||||    
T  49348195 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggctgacccttggtgcaatcctat 49348294  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  49348295 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcatgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 49348394  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcataca--------ccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt 301  Q
    | |||||| || |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||         ||||  || |||||||||| | ||||||   |  ||||||    
T  49348395 cttttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatactatcacacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtctttttt 49348494  T
Q  302 --ccatctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtc 395  Q
      || || ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||  || |   ||    ||||||| ||||||  |||||||||||    
T  49348495 atccgtccgatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccataactcgagtc 49348594  T
Q  396 tcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctt 495  Q
    |  ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||  ||||||||||||| |||| |    
T  49348595 ttctttcttagtcttctttcgatcaccctttcccatgacttcatggtatgactcattagcttaattctcctataattcgcgcaattttgtata-ccccct 49348693  T
Q  496 tgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
    |||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  49348694 tgttcttatagattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccgacattttcttcgtcctcataatctcgttaaaaa 49348771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 99 - 535
Target Start/End: Original strand, 29173419 - 29173863
Alignment:
Q  99 tgcaattctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataac 198  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||| | || |||||  || || |  ||| || ||||| |||| ||||||||||      
T  29173419 tgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagccccatcatgcgtcctcacactagtcgaaacttccccatgcatatcattgatagctctaatatagg 29173518  T
Q  199 caattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattt 298  Q
    ||||  |||||||| |||| |||||| |||| ||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| || ||||||| || | ||||||   |  |||    
T  29173519 caatcctaacccctctcttctctaggcctttccacaaaacctctctcggcactctatcatacgccttctccaaatcaataaaaactaagtgcaagtcttt 29173618  T
Q  299 ttt--ccatctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcga 392  Q
    |||  || |||||| |  ||||||||| |||||||| ||||| || |||| ||||||||||  ||||   ||    |||||||||||||| |||||||||    
T  29173619 tttatccgtctgatatcgctccatcacacgtcgaagtaagtaaattgcttccatagtcgacctcctaggcataaaaccaaattagttatccgtaactcga 29173718  T
Q  393 gtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccc--tataattcaagcaattttgtatatc 490  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||| |||||| |||||||| || ||| ||||||||||||| |||||||  ||||||||| ||||||| |||||||    
T  29173719 gtctcttttcttagttttcgttcaatcatcctttcgcataacttgattgtacgactcattagtttaattcccctatataattcacgcaatttcgtatatc 29173818  T
Q  491 ccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactc 535  Q
    |   ||||||||||| |||| || |||||| |||||| |||||||    
T  29173819 cttcttgttcttatagattgaaattaaagtgcttcttctccactc 29173863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 10 - 249
Target Start/End: Original strand, 37463663 - 37463902
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  37463663 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtaagaacatccaaaactaaagtaaaaaggtaagggcttagggttgacccttggtgcaatcctat 37463762  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||| | |||||| || |||| ||| || | | || | || ||||||  |||||| ||||||||||| | |||| ||||| ||||| ||||  |||||    
T  37463763 tgttataggaaaatcatcggtaggcccctcctgcatcctcacactagttgcagctccctcatacacatccttgatagctctagtataagcaatcctaacc 37463862  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggca 249  Q
    |||||||| ||||||| | | || ||||||||||||||||    
T  37463863 cctttcttctctagggatctccataaaatctctctaggca 37463902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 5e-33
Query Start/End: Original strand, 187 - 562
Target Start/End: Original strand, 32405442 - 32405818
Alignment:
Q  187 ctctaatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaa 286  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||  |||||||||| | |||    
T  32405442 ctctaatataagcaattctaacccctttcttctctatggctttccacaaaatctctctagacactctatcatacgcttttcca-aatcaatgaaaactaa 32405540  T
Q  287 gtgtgggcatttttt--ccatctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgac-----acctatctatcccaaattagtt 379  Q
    |||      ||||||  |  |||||| |  |||||||||  ||||||| |||||||| |||| ||||||||||     |   ||  |||| |||||  ||    
T  32405541 gtgcacatcttttttatcagtctgatat--ctccatcacatgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgaccttcaaggcataaatcc-aaattgatt 32405637  T
Q  380 atcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaa 479  Q
    || |||||||||| ||| |||||||||||| |  ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||| || || ||| ||||||||||    |||    
T  32405638 attggtaactcgaatct-ttttcttagtctccgctcaatcaccttttcccataacttcatggtatgactcataaggttaatttccctataatttgcacaa 32405736  T
Q  480 ttttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataat 562  Q
    ||||||||||| || ||||||| ||| ||  ||| ||||||  ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  32405737 ttttgtatatcgcc-ttgttctaatagatcagaattaaagtgtttcttctccactcatccaacattttctttgtcctcgtaat 32405818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 378 - 474
Target Start/End: Complemental strand, 11681928 - 11681832
Alignment:
Q  378 ttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattca 474  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||    
T  11681928 ttatcggtaactcaagtctcttttcttagtcttcgctcaatcaccctttcccataatttgatggtatgactctttagcttaattcccctataattca 11681832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 9 - 289
Target Start/End: Original strand, 34827886 - 34828165
Alignment:
Q  9 tgcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattcta 108  Q
    |||||| |||||  ||||| |||||||||||| | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||| | | || | || ||||||  |||    
T  34827886 tgcataaatcttgatgctaactcttggatgtgttatgtaagaacatccaaaactaaagtaaaaaagtaaggtcttaagattgatcctt-gtgcaagccta 34827984  T
Q  109 ttgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataac 208  Q
    ||||||| | |||||| |  ||| || ||||||  ||| | || |||||  | || || ||||||| ||| ||||||  || ||||||| ||||  ||||    
T  34827985 ttgttattggaaaatcattggtaacctcatcttgagtcctcacactagtggaggccccctcatacatatcttggatagatcgaatataagcaatcctaac 34828084  T
Q  209 ccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    | ||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||  | |||||||||| | ||||||    
T  34828085 ctctttcttctctaggactttccacaaaatctctttagacactatatcatacacattcttcaaatcaatgaaaactaagtg 34828165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 5 - 622
Target Start/End: Original strand, 35829189 - 35829809
Alignment:
Q  5 acaatgcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaat 104  Q
    |||| |||||||| |  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || |||  || ||| ||| | | || | ||||||||||    
T  35829189 acaaagcatacatatcggtgctagctcttggatgtgttctgtaagtacatccaaaactaagttagaaatatatgggcttaagtttgatccttggtgcaat 35829288  T
Q  105 tctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaatta 204  Q
     |||||||||||| |||||| || |   |||||||||  ||  | || |||||| |||  || |||| || ||  | |||| ||| || |||| |||| |    
T  35829289 cctattgttatgggaaaatcgtcggcgaccccatcttgtgtactcacactagttgaagtcccctcatgcatatatttgatagctcgaacataagcaatca 35829388  T
Q  205 taacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttttcca 304  Q
    |||| | |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||  || |||  ||||| || |||||||||| | |||||||     ||||||  |    
T  35829389 taactcatttcttttctagggctttccaaaaaacctctctaggcact--attataagccttctccaaatcaatgaaaactaagtgtatatctttttt--a 35829484  T
Q  305 tctg----atgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtct 396  Q
    | ||    || ||  |||||||  |||| ||| ||||||||| ||| ||||||||||  || |   ||    | ||||| |||||  ||||||||||| |    
T  35829485 tttgtccaatattgttccatcatacgtctaagtaagtagatcacttccatagtcgacctcccaggcataaatctaaattggttataagtaactcgagtat 35829584  T
Q  397 cttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatccccttt 496  Q
     |||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||| | ||| ||||||||    ||||||| |||||||   ||    
T  35829585 tttttcttactctccgttcaatcactctttcccataacttcttggtatgactca--agtttaactcctctataatttgcacaattttttatatccatctt 35829682  T
Q  497 gttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaaa-ttgatgagccatatgattctt 595  Q
    ||||||||| || |||| |||||| |||||| |||||||||    |||||| | |||||||||||| | | ||||||| ||| |||||||    || | |    
T  35829683 gttcttatagatcggaattaaagtgcttcttctccactcatttggcattttctatgtcctcataatttcgttaaaaaatttggtgagccactaaatgcct 35829782  T
Q  596 atatctccaagacttttccacacttca 622  Q
     || |||||||||||||||||||||||    
T  35829783 ttaactccaagacttttccacacttca 35829809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 10 - 115
Target Start/End: Original strand, 46227105 - 46227210
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||| || | ||||||||| |||||    
T  46227105 gcatacatcttggtgctaactcttggacgtgtttcgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaggtaagggcttagggttgatccttggtgcaactctat 46227204  T
Q  110 tgttat 115  Q
    | ||||    
T  46227205 tattat 46227210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 32083546 - 32083608
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  32083546 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttctgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaa 32083608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 60
Target Start/End: Original strand, 13027303 - 13027352
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaa 60  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  13027303 catacatctcagtgctagctcttggatgttttctgtaagtacatccaaaa 13027352  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 107 - 280
Target Start/End: Complemental strand, 45833944 - 45833771
Alignment:
Q  107 tattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattata 206  Q
    |||||||||||||||||| ||| ||||| |||| | |||| | ||  ||||  ||||||| ||||| | ||| | |||||||||| ||||| ||||  ||    
T  45833944 tattgttatggaaaaatcgtcaatagccacatcctgcgtcctcacattagtcgaagctccctcatatatatctttgataactctagtataaacaatccta 45833845  T
Q  207 acccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaa 280  Q
    ||  |||| || |||  |||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||  | ||||||||||    
T  45833844 acatcttttttctcttaggctttccacaaaatatctctagacactctatcgtacgccttcttcaaatcaatgaa 45833771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 40419143 - 40419046
Alignment:
Q  29 ctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttc 127  Q
    |||||||||||| || |||||||||||||||||||| || ||||  |||| | |||  || || | ||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  40419143 ctcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaggtgaaaagataagtgcttagtgttgaacattggtgcaa-tctattgttatgggaaaatcttc 40419046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 51601539 - 51601477
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||    
T  51601539 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaa 51601477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 46 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 7813941 - 7813883
Alignment:
Q  46 taagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaat 104  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||  ||| || ||| |||| ||||||||||||||    
T  7813941 taagtacatccaaaactaaaataaaaagataaaggcttatggtaaacctttggtgcaat 7813883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 385 - 439
Target Start/End: Original strand, 34828267 - 34828321
Alignment:
Q  385 taactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcat 439  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||  ||||||| ||||||||||||||||||    
T  34828267 taactcaagtctctttccttggtcttctctcaatcatcctttcccataacttcat 34828321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 161; Significance: 1e-85; HSPs: 24)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 1e-85
Query Start/End: Original strand, 10 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 24178005 - 24177436
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | ||||||| |||||||||||||||  | |||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  24178005 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatcccaaactaaagtaaaaagattaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 24177906  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||| | ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| ||||||||||  ||||  |||||    
T  24177905 tgttatcggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctctaatataggcaatgctaacc 24177806  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||  ||||   | |||||||||| | ||||||   |  ||||||  || ||     
T  24177805 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatatgcctttttcaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtcc 24177706  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgacac-ctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||  |||||||| |||||||| |||| | ||||||||   | |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  24177705 gatatcgctccatcatgcgtcgaagtaagtagattgcttccgtagtcgaccttccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttct 24177606  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  24177605 tagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcacgcaattttgtatatcccccttgttctta 24177506  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
    || ||||||| |||||| ||| || ||||||||| |  |||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  24177505 tagattggaattaaagtgctttttctccactcattcggcattttcttcgtcctcataatcttgttaaaaa 24177436  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 2e-81
Query Start/End: Original strand, 10 - 562
Target Start/End: Original strand, 2076275 - 2076833
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  2076275 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 2076374  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||| ||| ||||||||| |||| | |||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| |  | |||||  ||||  |||||    
T  2076375 tgttgtgggaaaatcttcggtagtctcatcatgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccatgatataggcaatcctaacc 2076474  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    ||||  || ||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| ||||||||   |  ||||||  || ||     
T  2076475 ccttatttctctagggcttgccacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaattaagtgcaagtcttttttatccgtcc 2076574  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||| | |||||||| |||||||| |||| ||||||||||  || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  2076575 gatatcgctccatcccgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttct 2076674  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||  |||||||||||| ||||| |||||||||    
T  2076675 tagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcgttagcttaattcccctataattcgcgcaattttgtatgtcccccttgttctta 2076774  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataat 562  Q
    || ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| || |||||||||||    
T  2076775 tagattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccgacattttcttcgtcctcataat 2076833  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 20318472 - 20317903
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||| ||||| |  || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  20318472 gcatacatctcggtgctaactcttgaatgtgtttcgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 20318373  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  || |||| ||||||| ||| | |||| |  |||||||  ||||  |||||    
T  20318372 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaaactccctcatacatatccttgatagccataatataggcaatcctaacc 20318273  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||  || |||||||||||| ||||  || ||| |||||| | ||||||   |  || |||  || ||     
T  20318272 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctcccggtactctatcatacgccttttccaaattaatgaaaactaagtgcaagtcttatttatccgtcc 20318173  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||  || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  20318172 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatctgtaactcgagtctcctttct 20318073  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||  ||||||   |||||||||||||||||| |||||||||    
T  20318072 tagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattccctaataatttgcgcaattttgtatatcccccttgttctta 20317973  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
    || ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||| | ||||||    
T  20317972 tagattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccgacattttcttcgtcctcataatctcgttaaaaa 20317903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 369 - 621
Target Start/End: Original strand, 1288694 - 1288947
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctat 468  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||  || ||||||||||    
T  1288694 ccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttcttagtcttctttcgatcaccctttcccatagcttcatggtatgactcattaacttaattcccctat 1288793  T
Q  469 aattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgct 568  Q
    |||||   ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||| | | ||||||| || ||||||||||||| | |    
T  1288794 aattcgcacaattttgtatatcccccttgttcttatagattggaattaaagtgcttcttctccactcgttcgacattttcttcgtcctcataatctcgtt 1288893  T
Q  569 aaaaa-attgatgagccatatgattcttatatctccaagacttttccacacttc 621  Q
    |||||  ||  |||||||||  || | | |||| |||||||| |||||||||||    
T  1288894 aaaaaggtttgtgagccatacaatccctctatcaccaagactcttccacacttc 1288947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 377 - 622
Target Start/End: Complemental strand, 27067 - 26821
Alignment:
Q  377 gttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaag 476  Q
    |||||| ||||||| ||||| |||||||| | ||| |||||||||||  | |||| ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| |     
T  27067 gttatcagtaactcaagtcttttttcttaattttcgttcaatcacccgcttccatgacttcatggtatgactcattaatttaattcccctataattcgaa 26968  T
Q  477 caattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa-at 575  Q
    ||||||||||||||| | ||||||||||| |   ||| ||||||  ||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| | ||||||  |    
T  26967 caattttgtatatcctccttgttcttatagaacagaattaaagtgtttcttttccactcatccgacattttctttgtcctcataatctcgttaaaaagtt 26868  T
Q  576 tgatgagccatatgattcttatatctccaagacttttccacacttca 622  Q
    || ||||||| |  |||| | ||||||||||||||||||||||||||    
T  26867 tggtgagccacacaattcctctatctccaagacttttccacacttca 26821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 10 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 3301330 - 3301081
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||| |  |||||  ||| |||  ||| |||||| | | || |    
T  3301330 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttctgtcagtacatccaaaactagagtaaagagataaggacttagggtttacccttggtggagtccttt 3301231  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    ||||| || ||||||| ||||| ||||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||  ||||  | |||    
T  3301230 tgttaagggaaaatctacagtatccccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcatggataactctaatataggcaatcctcacc 3301131  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcata 259  Q
    |||||||| || |  ||||| ||||||||||||||| | | |||||||||    
T  3301130 cctttcttctccaaagctttccacaaaatctctctatgtagtctatcata 3301081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 10 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 1274746 - 1274560
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||||||||    
T  1274746 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaattctat 1274647  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatata 196  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||    
T  1274646 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatctttgatagccctaatata 1274560  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 209
Target Start/End: Original strand, 1288390 - 1288589
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  1288390 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaatataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 1288489  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  |||| ||||||    
T  1288490 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcataacc 1288589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 7e-26
Query Start/End: Original strand, 10 - 174
Target Start/End: Original strand, 12493163 - 12493327
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  12493163 gcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggagttagggttgacccttggtgcaatcctat 12493262  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcataca 174  Q
    |||||||| ||||| ||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| |||||||    
T  12493263 tgttatgggaaaatattcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcataca 12493327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 10 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 3394192 - 3393942
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || |||||||||||||||| |||||| |  |||||  ||| |||  ||| |||||||||| ||||    
T  3394192 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcagtacatccaaaactagagtaaagagataaggacttagggtttacccttggtgcaatcctat 3394093  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||| |  || |||||||   |||| | ||  ||||  ||||| | ||||||| ||| |||||||||||||||||  ||||  | |||    
T  3394092 tgttatgggaaaatctacgatatccccatcccgcgtcctcacattagtcgaagcttcctcatacatatcctggataactctaatataggcaatcctcacc 3393993  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttc 266  Q
    ||||||||      |||||| ||||||||||||||| | ||||||||| || |||||    
T  3393992 cctttctt------ggctttccacaaaatctctctatgtactctatcacacgccttc 3393942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 400 - 470
Target Start/End: Original strand, 22832091 - 22832161
Alignment:
Q  400 ttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataa 470  Q
    ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  22832091 ttcttagtcttcattcaatcactttttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataa 22832161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 40383937 - 40383806
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    |||||||||| |||||||||||||| || || | ||||||||||||||| |||||||||||||  ||| ||||||  || || | ||||||| ||  ||     
T  40383937 gcatacatctcagtgctagctcttgaatatgttatgtaagtacatccaagactaaagtaaaaagataatggtttaatgttgatcattggtgcgatcataa 40383838  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatctt 141  Q
    |||||| |||||||| || || |||| |||||    
T  40383837 tgttattgaaaaatcgtcggtggccctatctt 40383806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 101
Target Start/End: Complemental strand, 10638779 - 10638688
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgc 101  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||    
T  10638779 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgc 10638688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 385 - 457
Target Start/End: Complemental strand, 37123672 - 37123598
Alignment:
Q  385 taactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcac--cctttcccataacttcatggtaagactcattagttt 457  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    ||| |||||||||||||||| || |||| |||||    
T  37123672 taacttgagtctcttttcttagtcttcattcaatcacttttttttccataacttcatggtatgaatcataagttt 37123598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 3096675 - 3096625
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaa 60  Q
    ||||||||||| ||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  3096675 gcatacatcttggtgctcgcttttggatgtgttctgtaagtacatccaaaa 3096625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 28977658 - 28977720
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||    
T  28977658 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaa 28977720  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 26 - 72
Target Start/End: Original strand, 43558623 - 43558669
Alignment:
Q  26 tagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  43558623 tagctcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaagtgaaaa 43558669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 11 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 23979712 - 23979619
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaat 104  Q
    |||||||||||||  ||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||  ||||||  |||||| ||| ||| |||| ||||| ||||    
T  23979712 catacatcttagttatagctattggatgtgttttgtaagtacttccaaaactaatataaaaagataagggattaaggttgacccttggtccaat 23979619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 211 - 259
Target Start/End: Complemental strand, 3095413 - 3095365
Alignment:
Q  211 ctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcata 259  Q
    ||||||| || |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  3095413 ctttcttctcgagggctttccacaaaatctctctaagcactctatcata 3095365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 369 - 472
Target Start/End: Complemental strand, 25937213 - 25937109
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcacccttt-cccataacttcatggtaagactcattagtttgattccccta 467  Q
    ||||||| |||||| | || ||||||||| |||| ||||||||  ||||| | ||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||| |||  ||||    
T  25937213 ccaaattggttatcagaaaatcgagtctcatttcgtagtcttcgctcaattaaccttttcccataacttcatggtatgaatcataagtttaattgtccta 25937114  T
Q  468 taatt 472  Q
    |||||    
T  25937113 taatt 25937109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 213 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 37123849 - 37123773
Alignment:
Q  213 ttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    ||||| |||||| |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||  ||| || |||||||||| | ||||||    
T  37123849 ttcttctctaggactttacacaaaatctctttaggaactctatcatacagtttctccaaatcaatgaaaactaagtg 37123773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 205 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 30418684 - 30418633
Alignment:
Q  205 taacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatc 256  Q
    ||||||||||||| || || | ||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  30418684 taacccctttcttgtcgagagttttccacaaaatctctctaggcactctatc 30418633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 378 - 463
Target Start/End: Original strand, 756129 - 756214
Alignment:
Q  378 ttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcc 463  Q
    |||||| || || |||||||||||||| |||| |  |||||||| ||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||| |||||    
T  756129 ttatcgttaccttgagtctcttttctttgtctccgctcaatcactctttcccataacttgttggtacgactcttaagtttaattcc 756214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 190 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 27260 - 27160
Alignment:
Q  190 taatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcac-aaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagt 288  Q
    |||||||| ||||  ||||||| ||||| |||||||||||  || ||||||||| |||| | |||||||| | ||||| || |||||||||| | |||||    
T  27260 taatataagcaatcctaacccccttcttctctagggctttcgacaaaaatctctttaggaaatctatcattcgccttctccaaatcaatgaaaactaagt 27161  T
Q  289 g 289  Q
    |    
T  27160 g 27160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 160; Significance: 6e-85; HSPs: 29)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 6e-85
Query Start/End: Original strand, 10 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 36651475 - 36650915
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||| ||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  36651475 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatctaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 36651376  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| |||| |||| |||| |||||| | |||| | || |||||  || |||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  36651375 tgttatgggaaaaacttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaaactccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 36651276  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||| ||| || |||||||| ||| |||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||   |  ||||||  || ||     
T  36651275 ccttacttctccagggctttccacgaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtcc 36651176  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| |||| |||||  || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  36651175 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccataatcgacctcccagacataaaaccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttct 36651076  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  36651075 tagtcttctttcaatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattctcctataattcacgcaattttgtatatcccccttgttctta 36650976  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    || ||||||| ||||||  ||||| ||||||| |||  |||||| || |||||||||||||    
T  36650975 tagattggaattaaagtgattcttctccactcgtccggcattttcttcgtcctcataatct 36650915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 157; E-Value: 4e-83
Query Start/End: Original strand, 10 - 573
Target Start/End: Original strand, 33350607 - 33351176
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  33350607 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggagttagggttgacccttggtgcaatcctat 33350706  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||||| || |||||  ||||||  ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  33350707 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcttcacactagtcgaagctctctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 33350806  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    | |||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||| ||| | ||||||   |  ||||||  || ||     
T  33350807 cttttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcataccccttttccaaatcaaagaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtcc 33350906  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca--cctatct--atcccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| ||| |||| |||||||| |||| ||||||||||   || | |   |  ||||||| |||||| |||||| ||||||| |||||    
T  33350907 gatatcgctccatcacgcgttgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaagcataaaaccaaattggttatccgtaactagagtctcctttct 33351006  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||    
T  33351007 tagtcttcttttgatcaccctttcccacaacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcgcaattttgtatatcccccttgttctta 33351106  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
    |  ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||| ||||||| | ||||||    
T  33351107 tcgattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccgacattttcttcgtccttataatctcgttaaaaa 33351176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 145; E-Value: 5e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 32630089 - 32629475
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || |||||||||||||||| ||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||| | ||||    
T  32630089 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgttagtacatccaaaactagagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcctat 32629990  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||| | ||| ||||||| | |||| | || |  ||  ||||||| ||||||| ||| |||||| || |||||||  ||||  | |||    
T  32629989 tgttatgggaaaatctacggtatccccatcctgcgtcctcacacaggtcgaagctccctcatacatatcctggatagctttaatataggcaatcctcacc 32629890  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||| | |||||||  |  ||||||  || ||     
T  32629889 cctttcttcttcagggctttccacaaaatctctctaggtactctatcatacgccttctccaaatcaatgaaaactaagtgtaagtcttttttatccgtcc 32629790  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgacac-ctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| | |||||||||| ||||||||    |||||||||| ||||||||||   | |   ||    ||||||| |||||| |||||  |||||||||||||    
T  32629789 gatatctctccatcacgcgtcgaag----tagatcgcttccatagtcgaccttccaggcataaagccaaattggttatccgtaacgtgagtctcttttct 32629694  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||| ||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  32629693 tagtcttcgttcaattaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctgtaattcgcgcaatgttgtatatcccccttgttctta 32629594  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgct-aaaaaattgatgagccatatgattcttatatctc 602  Q
    || ||||||| ||| || |||||| ||||||| || | |||||| || ||  ||||||||| | | ||||  ||  ||||||| |  |||| | |||| |    
T  32629593 tagattggaattaaggtgcttcttctccactcgtcaagcattttcttcgttttcataatctcgttgaaaagttttgtgagccacacaattcctctatcgc 32629494  T
Q  603 caagacttttccacacttc 621  Q
    |||||||||||||||||||    
T  32629493 caagacttttccacacttc 32629475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 470
Target Start/End: Original strand, 39907180 - 39907646
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||| ||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  39907180 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtgaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 39907279  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | | || | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  39907280 tgttatgggaaaatcttccgtagtcccatcctgcatcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 39907379  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||   |  |||||  ||  ||     
T  39907380 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatctgtcc 39907479  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| || |||||| | || |   ||    ||||||| |||||| |||||||| ||||| |||||    
T  39907480 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccacagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgggtctcctttct 39907579  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataa 470  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||| ||||    
T  39907580 tagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattccccaataa 39907646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 113; E-Value: 7e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 564
Target Start/End: Original strand, 24177996 - 24178556
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||  ||| || || |||||||||||||||||| ||||||  ||||   ||| ||| |||| || ||||  | ||||    
T  24177996 gcatacatctcggtgctaactcttgggcgtgttccgtcagtacatccaaaactaaaataaaaagataagaacttagggttgacccttagtgcggtcctat 24178095  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||| ||| ||| ||||| ||| |||||||   |||| | || |||||  ||||||| ||||||||||| | |||| || |||| ||  ||||  |||||    
T  24178096 tgttgtgggaaagtcttcggtatccccatccggcgtcctcaccctagtcgaagctccctcatacacatccttgatagctttaatttaggcaatcctaacc 24178195  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||| || || |||||||||| | ||| |||   | |||| |  || ||     
T  24178196 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctaggtactctgtcatacaccgtctccaaatcaatgaaaactaattgtaacccttttgtatccgtcc 24178295  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgacacctatct----atcccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    | | |  ||||||||| | ||| |||||||||||||||| ||||||||||  | |       |  ||||||| |||||| |||||| |||||||||||||    
T  24178296 ggtatcgctccatcacgcatcgcagcaagtagatcgcttccatagtcgacctccagggcgtaaaaccaaatttgttatccgtaacttgagtctcttttct 24178395  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |  |||||||||||||||| |||||| |||||||  || ||||| |||    
T  24178396 tagtcttcgttgaatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagctaaattcccctataattcacgcaattctgtatatatcccttgttatta 24178495  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    || |||||||  || || ||| || ||||||| ||  ||||||| || |||||||||||||    
T  24178496 tagattggaatgaaggtgcttattctccactcctctgacattttcttcgtcctcataatct 24178556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 2e-54
Query Start/End: Original strand, 369 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 11592805 - 11592601
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctat 468  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||    
T  11592805 ccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttcttagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctat 11592706  T
Q  469 aattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgct 568  Q
    |||||  |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||| |||  |||||| || ||||||||| ||| | |    
T  11592705 aattcgcgcaattttgtatatcccccttgtttttatagattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccggcattttcttcgtcctcatagtctcgtt 11592606  T
Q  569 aaaaa 573  Q
    |||||    
T  11592605 aaaaa 11592601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 9e-47
Query Start/End: Original strand, 10 - 289
Target Start/End: Original strand, 46356652 - 46356931
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  46356652 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 46356751  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||  |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||| |||||    
T  46356752 tgttatgggaaaatctttggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaattctaacc 46356851  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||    
T  46356852 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtg 46356931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 38606519 - 38606171
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||| |||||  |||||  | | ||| |||| |||||||| | ||||    
T  38606519 gcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttctgtcagtacatccaaaactaaagcaaaaagataaggactaagggttgacccttggtgcagtcctat 38606420  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||| ||||||||| | |||  |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| |||||| ||||||||||  ||||  | | |    
T  38606419 tgttatcgaaaaatctacggtattcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcttggatagctctaatataggcaatcctcatc 38606320  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||| ||| |||| ||||||| ||||| |  |||||||||| | |||||||  |  |||||  ||| ||     
T  38606319 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctccaggtactc-atcatacgccttctcaaaatcaatgaaaactaagtgtaagtcttttttatccgtcc 38606221  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgac 357  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  38606220 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagatcgctttcatagtcgac 38606171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 11593434 - 11593155
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  11593434 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 11593335  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| | |||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  11593334 tgttatgggaaaatcttcggtagtctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 11593235  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    |||||||| || ||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||    
T  11593234 cctttcttctccagggcttgtcacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtg 11593155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 3e-37
Query Start/End: Original strand, 90 - 289
Target Start/End: Original strand, 36870205 - 36870404
Alignment:
Q  90 gacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactc 189  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| ||||| | | ||| ||||||| | | || | || |||||| ||||||| ||||||| ||| | ||| ||||    
T  36870205 gacccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatttgcggtatccccatcctgcatcctcacactagttgaagctccctcatacatatccttgatgactc 36870304  T
Q  190 taatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    |||||||  ||||  |||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| ||||||||    
T  36870305 taatataggcaatcctaacccctttattttccagggctttccacaaaatctctctaggcactctatcatacgccttctccaaatcaatgaaaattaagtg 36870404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 10 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 49028762 - 49028576
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  49028762 gcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 49028663  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatata 196  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| |||||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||    
T  49028662 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctacgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatata 49028576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 372 - 490
Target Start/End: Complemental strand, 38896730 - 38896612
Alignment:
Q  372 aattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataat 471  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||    
T  38896730 aattggttatccgtaactcgagtctcctttcttagtcttctttcgatcacccttttccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataat 38896631  T
Q  472 tcaagcaattttgtatatc 490  Q
    |   |||||||| ||||||    
T  38896630 ttgcgcaattttatatatc 38896612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 7 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 38897095 - 38896963
Alignment:
Q  7 aatgcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattc 106  Q
    |||| ||||||||  |||||| |||||||||||| || || | ||||||||||||||||| |||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| |    
T  38897095 aatgaatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagcaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcc 38896996  T
Q  107 tattgttatggaaaaatcttcagtagccccatc 139  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||||    
T  38896995 tattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatc 38896963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 22 - 124
Target Start/End: Original strand, 48055630 - 48055732
Alignment:
Q  22 gtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaa 121  Q
    |||||||||||||||||||||| | | |||||||||||| |||||||||||  |||||| ||| |||  | | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  48055630 gtgctagctcttggatgtgctccgcaggtacatccaaaagtaaagtaaaaagataagggcttatggttcagccttggtgcaatcctattgttatggaaaa 48055729  T
Q  122 atc 124  Q
    |||    
T  48055730 atc 48055732  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 22 - 122
Target Start/End: Complemental strand, 20499578 - 20499478
Alignment:
Q  22 gtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaa 121  Q
    ||||||||||||||||||| || | |||||||||||||| |||||||||||  |||||| ||| |||  | | |||||||||| ||||||||||||||||    
T  20499578 gtgctagctcttggatgtgttccgcaagtacatccaaaagtaaagtaaaaagataagggcttatggttcaaccttggtgcaatcctattgttatggaaaa 20499479  T
Q  122 a 122  Q
    |    
T  20499478 a 20499478  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 36870090 - 36870152
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  36870090 gcatacatctcggtgctagctcttggatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaa 36870152  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 205 - 289
Target Start/End: Original strand, 48055812 - 48055896
Alignment:
Q  205 taacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||| ||  |||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||||||| | ||||||    
T  48055812 taacccctttcttctctagggatttccatgaaatctctttaggcactctatcacacgccttctccgaatcaatgaaaactaagtg 48055896  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 371 - 508
Target Start/End: Original strand, 17101752 - 17101887
Alignment:
Q  371 aaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataa 470  Q
    ||||| ||||||  |||||| |||||||||||| | |||||||||||| | | ||||  | ||||||||||   | ||| | ||||| ||||||||||||    
T  17101752 aaattggttatcaataactctagtctcttttctcactcttcattcaataatc-tttcttacaacttcatggattggctcttaagtttcattcccctataa 17101850  T
Q  471 ttcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaat 508  Q
    || || ||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  17101851 ttgaa-caattttgtatatcccacttgttcttataaat 17101887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 47 - 84
Target Start/End: Original strand, 33738163 - 33738200
Alignment:
Q  47 aagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggttta 84  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33738163 aagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggttta 33738200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 117
Target Start/End: Original strand, 43793834 - 43793941
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||| || ||||  |||||| |||  ||  | | ||||||||||  |||    
T  43793834 gcatacatcttggtgctcgctcttggatgtgttttgtaagtacatccaacactaaggtgaaaagataagggcttagtgttcaaccttggtgcaatcttat 43793933  T
Q  110 tgttatgg 117  Q
    ||||||||    
T  43793934 tgttatgg 43793941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 20499396 - 20499330
Alignment:
Q  205 taacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccga 271  Q
    |||||||||| || ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  20499396 taaccccttttttctctagggatttccacgaaatctctctaggcactctatcacacgccttctccga 20499330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 199 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 38896909 - 38896819
Alignment:
Q  199 caattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    ||||| |||||||||| || || | |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||  || ||| |||||| | ||||||    
T  38896909 caattctaacccctttgttctccaaggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacaccttttccaaattaatgaaaactaagtg 38896819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 205 - 259
Target Start/End: Original strand, 43794022 - 43794076
Alignment:
Q  205 taacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcata 259  Q
    |||| |||||||| ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  43794022 taacacctttcttctctagagctttccacaaaatcactctaggcactctatcata 43794076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 435
Target Start/End: Original strand, 46357003 - 46357069
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataact 435  Q
    |||||||  ||||| |||||||||||||| ||| || |||||| ||| |||||||||||||||||||    
T  46357003 ccaaattgattatccgtaactcgagtctccttttttggtcttctttcgatcaccctttcccataact 46357069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 71
Target Start/End: Original strand, 21520234 - 21520295
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaa 71  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||||    
T  21520234 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtaaatacatccaaaactaaattaaaa 21520295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 64
Target Start/End: Original strand, 23087917 - 23087970
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaa 64  Q
    ||||||||| ||||||| || ||||||||| | |||||||| ||||||||||||    
T  23087917 catacatctcagtgctatctgttggatgtgttttgtaagtatatccaaaactaa 23087970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 369 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 22346628 - 22346576
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcac 421  Q
    ||||||| |||||| | |||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||    
T  22346628 ccaaattggttatccgaaactcgagtctcctttcttagtcttctttcgatcac 22346576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #28
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 225 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 22346778 - 22346714
Alignment:
Q  225 gcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    ||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||    
T  22346778 gctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtg 22346714  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #29
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 427 - 520
Target Start/End: Original strand, 33738551 - 33738646
Alignment:
Q  427 cccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatccccttt--gttcttataaattggaaataaagt 520  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||| ||||| ||| || |||| ||   ||||||||||| |||||||||  ||||||||| ||| ||| ||||||    
T  33738551 cccataacttcatagtatgactcataagtttaatttccttatattttgcgcaattttgtaaatccccttttagttcttatagattagaattaaagt 33738646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 156; Significance: 1e-82; HSPs: 16)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 10 - 564
Target Start/End: Original strand, 51448510 - 51449070
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||   ||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  51448510 gcatacatctcgatgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 51448609  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || | |||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  |||   |||||    
T  51448610 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacaccagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaaacctaacc 51448709  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| ||  ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||   |  ||||||  || ||     
T  51448710 cctttcttctcccgggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtcc 51448809  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| || ||||| |||| ||||||||||  || |  |||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  51448810 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaaatagattgcttccatagtcgacctcccaggtataaaaccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttct 51448909  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||    
T  51448910 tagtcttctttcgatcaccctttcccataactttatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcgcaattttgtatatccctcttgttctta 51449009  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    || ||||||| ||||||  ||||| ||||||| |||  |||||| || |||||||||||||    
T  51449010 tagattggaattaaagtgtttcttctccactcgtccggcattttcttcgtcctcataatct 51449070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 8e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 52138309 - 52137824
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| || | |||||||||||||||    
T  52138309 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgatccttggtgcaattctat 52138210  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  52138209 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 52138110  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||   |  |||||  ||  ||     
T  52138109 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatctgtcc 52138010  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||| | || |   ||    ||||||| |||||| ||||||||| |||| |||||    
T  52138009 gatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagattgctttcatattcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgaatctcctttct 52137910  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatat 489  Q
     ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||    
T  52137909 gagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcacaattttgtatat 52137824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 49 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 38849536 - 38849014
Alignment:
Q  49 gtacatccaaaactaaagtaaaaaag-taagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtct 147  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||  | |||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||  |||||||||| || ||||     
T  38849536 gtacatccaaaactaaa-taaaaaagataaggacttacaattgacccttggtgcaatcctactgttatggaaaaatctttggtagccccattttgcgtcc 38849438  T
Q  148 ttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctagg 247  Q
    | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| ||||||||||  |||| |||||||||||||| | ||||||||        |||||||||      
T  38849437 tcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagctctaatataggcaatcataacccctttcttctatagggctt--------atctctctaca 38849346  T
Q  248 cactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgct 345  Q
     |||||||| ||| ||||| || |||||||||| | |||||||  |  ||||||  || || ||  |  |||| |||  |||| ||| ||||||| ||||    
T  38849345 aactctatcttacgccttctccaaatcaatgaaaactaagtgtaagtgttttttatccgtccgacatcactccgtcaagcgtcaaagtaagtagaccgct 38849246  T
Q  346 ttcatagtcgaca-cctatctatccca---aattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatgg 441  Q
    | ||||||||||  || |   ||   |   ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  38849245 tccatagtcgacctcccaggcataaaagaaaattagttatctgtaacccgagtctcttttcttagccttcgttcaatcactctttcccataacttcatgg 38849146  T
Q  442 taagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaa 541  Q
    || ||||||||||||| |||||| ||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||  ||||| ||||||| ||| |    
T  38849145 tatgactcattagtttaattcccttataattcgcgcaattttgtatatcccccttgttcttatagattggaattaaagtgtttcttctccactcgtccga 38849046  T
Q  542 cattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
     ||||| || ||||| ||||||| | ||||||    
T  38849045 tattttcttcgtccttataatctcgttaaaaa 38849014  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 8e-41
Query Start/End: Original strand, 371 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 3368877 - 3368684
Alignment:
Q  371 aaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataa 470  Q
    |||||| ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||| || | || ||||| ||||  ||||||    
T  3368877 aaattaattataagtaactcgagtctcttttcttagtcttcgttcaatcacattttcccataacttcatggtatgaattataagtttaattcttctataa 3368778  T
Q  471 ttcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    ||||  |||||||||||||||   |||||||||||||| |||| |||| | |||||| |||| |||||||| ||||| |||||||| |||||||    
T  3368777 ttcacacaattttgtatatccatcttgttcttataaatcggaactaaaatgcttcttctccattcatccaatattttctttgtccttataatct 3368684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 3e-22
Query Start/End: Original strand, 369 - 483
Target Start/End: Complemental strand, 27916694 - 27916580
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctat 468  Q
    ||||||| ||||||  ||||| | ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| | |||   ||||||||    
T  27916694 ccaaattggttatcactaacttgggtctcttttcttattcttcgttcaatcaccctttctcataacttcatggtatgactcatcaatttatatcccctat 27916595  T
Q  469 aattcaagcaatttt 483  Q
    |||||| ||||||||    
T  27916594 aattcacgcaatttt 27916580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 11 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 9258366 - 9258238
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctatt 110  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  |||||  ||  ||| | || ||||||| || |||||    
T  9258366 catacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttggggttgtccattggtgccatcctatt 9258267  T
Q  111 gttatggaaaaatcttcagtagccccatc 139  Q
    ||| ||| ||||| ||| ||| |||||||    
T  9258266 gttgtgggaaaatattcggtaaccccatc 9258238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 104
Target Start/End: Complemental strand, 29816985 - 29816892
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaat 104  Q
    |||||||||  |||||| |||| ||||||| | |||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||| ||| ||| || | ||||||||||    
T  29816985 catacatctcggtgctaactctaggatgtgttttgtaagtacatccaaacctaaggtaaaaaggtaagggcttagggttgagccttggtgcaat 29816892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 47 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 27917015 - 27916945
Alignment:
Q  47 aagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatgg 117  Q
    ||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||| ||  |||| |||||||||| ||||||||||||    
T  27917015 aagtacaactaaaactaaagtaaaaatgtaagggcttatggatgacccttggtgcaatcctattgttatgg 27916945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 72
Target Start/End: Original strand, 50630134 - 50630184
Alignment:
Q  22 gtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    |||||||| |||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  50630134 gtgctagcacttggatgtgttccgtaagtaaatccaaaactaaagtaaaaa 50630184  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 19736647 - 19736581
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagg 79  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19736647 gcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgt---cacatccaaaactaaagtaaaaatgtaagg 19736581  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 10 - 79
Target Start/End: Complemental strand, 19757465 - 19757399
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagg 79  Q
    ||||||||||| |||||| |||||||||||| || ||    |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  19757465 gcatacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgt---cacatccaaaactaaagtaaaaatgtaagg 19757399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 206 - 251
Target Start/End: Original strand, 24599799 - 24599844
Alignment:
Q  206 aacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcact 251  Q
    |||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  24599799 aacccctttcttctcgagggttttccacaaaatctctctaggcact 24599844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 370 - 463
Target Start/End: Complemental strand, 48220895 - 48220802
Alignment:
Q  370 caaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcc 463  Q
    |||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | ||  || |||||| || |  |||||||||||| || || |||| ||||| |||||    
T  48220895 caaattagttatctctaactcgagtctcttttcttaatgtttgtttaatcactctctatcataacttcatgatatgattcataagtttaattcc 48220802  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 23 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 48221249 - 48221200
Alignment:
Q  23 tgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    ||||| |||||||||||| | || ||||||||| ||||||||||||||||    
T  48221249 tgctaactcttggatgtgttttgcaagtacatctaaaactaaagtaaaaa 48221200  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 236 - 264
Target Start/End: Complemental strand, 3369016 - 3368988
Alignment:
Q  236 aatctctctaggcactctatcatacacct 264  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  3369016 aatctctctaggcactctatcatacacct 3368988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 23 - 71
Target Start/End: Original strand, 26592254 - 26592302
Alignment:
Q  23 tgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaa 71  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  26592254 tgctaactcttggacgtgttctgtaagtacatcccaaagtaaagtaaaa 26592302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 149; Significance: 2e-78; HSPs: 14)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 149; E-Value: 2e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 564
Target Start/End: Complemental strand, 36544633 - 36544073
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    |||||||||| ||||||| |||||||||||| |   | | |||||||||||||||||||||||  ||||   ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  36544633 gcatacatctcagtgctaactcttggatgtgttgcatcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagaacttagggttgacccttggtgcaatcctat 36544534  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaa-ttataac 208  Q
    |||||||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||| | ||| | |||| | ||||||||  ||| || ||||    
T  36544533 tgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatatatatccttgatagccctaatataggcaaattctaac 36544434  T
Q  209 ccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatc 306  Q
    ||||||||| || |||||||| |||||||||| ||| || |||||||||||| |||| ||  |||||||||| | ||||||      ||||||  || ||    
T  36544433 ccctttcttctccagggctttccacaaaatctatctcggtactctatcatacgcctttcca-aatcaatgaaaactaagtgcaaatcttttttatccgtc 36544335  T
Q  307 tgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttc 402  Q
     ||| |  ||| ||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||  || |   ||    ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||    
T  36544334 agatatcgctcaatcacgcgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaacttgagtctcctttc 36544235  T
Q  403 ttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctt 502  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||||||    
T  36544234 ttagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctatgattcgcgcaattttgtatatcccccttgttctt 36544135  T
Q  503 ataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    ||| ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| || |||||||||||||    
T  36544134 atagattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccgacattttcttcgtcctcataatct 36544073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 11 - 564
Target Start/End: Original strand, 15216074 - 15216630
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctatt 110  Q
    |||||||||  |||||| |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| || | |||||||| | |||||    
T  15216074 catacatctcggtgctaactcttggatgtgttctgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgatccttggtgcagtcctatt 15216173  T
Q  111 gttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataaccc 210  Q
    ||||||| ||||||| | ||| || |||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||| | ||||| |||| ||||||||||  ||||  |  |||    
T  15216174 gttatgggaaaatctacggtatcctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatatatatcatagatagctctaatataggcaatcctcgccc 15216273  T
Q  211 ctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatctg 308  Q
    ||||||| || | || ||| |||||||||| |||||| |||||||||||| ||||   | |||||||||| | ||| |||  |  ||||||  ||||  |    
T  15216274 ctttcttctc-atggatttccacaaaatctatctaggtactctatcatacgccttattcaaatcaatgaaaactaaatgtaagtcttttttatccattcg 15216372  T
Q  309 atgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttctt 404  Q
    || |  | ||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||  || |   ||    |||||||  |||||  ||||| ||||||||||||||    
T  15216373 atat--cgccatcaagcgtcgaagtaagtagatcgctttcatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattgattatccataacttgagtctcttttctt 15216470  T
Q  405 agtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttat 504  Q
    |||||||  ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  ||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  15216471 agtcttcgctcaattaccctttcgcataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgtgcaatgttgtatatccaccttgttcttat 15216570  T
Q  505 aaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    | ||||||| ||| || |||||| ||||||| ||   |||||| || |||||||||||||    
T  15216571 agattggaattaaggtgcttcttctccactcgtctggcattttcttcgtcctcataatct 15216630  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 10 - 289
Target Start/End: Original strand, 36566042 - 36566321
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  36566042 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcaatcctat 36566141  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  36566142 tgttatgggaaaatcttcagtagtctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 36566241  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||| ||||  || |||||||||| | ||||||    
T  36566242 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctcgatactctatcatacgccttttccaaatcaatgaaaactaagtg 36566321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 10 - 454
Target Start/End: Original strand, 42854814 - 42855266
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| ||| | || ||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||| | ||||    
T  42854814 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttctatcaggacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttagggttgacccttggtgcagtcctat 42854913  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||| | ||||||| | ||| |  |||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| |||  ||||| ||||||| ||  ||||  | |||    
T  42854914 tgttataggaaaatctacggtatcttcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcccggatagctctaatttaggcaatcctcacc 42855013  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt----tccat 305  Q
    |||||||| |    |||||| |||||||| ||||||||||||||||||||  ||||| || |||||||||| | |||||||  |  |||||    ||| |    
T  42855014 cctttcttctacgaggctttccacaaaatatctctaggcactctatcatatgccttctccaaatcaatgaaaactaagtgtaagtcttttttttatccgt 42855113  T
Q  306 ctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctctttt 401  Q
    |  || |  ||||||||| |||||||| |||||||||||||  |||||||| | || |   ||    ||||||| |||||| ||||| ||||||||||||    
T  42855114 ccaatatcgctccatcacgcgtcgaagtaagtagatcgcttcaatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaacgcgagtctctttt 42855213  T
Q  402 cttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattag 454  Q
    ||||||||||  |||||   |||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  42855214 cttagtcttcgctcaattttcctttcccataacttcatggtatgactcattag 42855266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 392 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 13588800 - 13588619
Alignment:
Q  392 agtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcc 491  Q
    |||||||||||||||| |||  ||||||| | |||||| |||||| |||||| ||||||||||||| |||| | ||||||| |  || ||||||| ||||    
T  13588800 agtctcttttcttagttttcgctcaatcatcatttcccttaactttatggtatgactcattagtttaattcacttataatttacacagttttgtacatcc 13588701  T
Q  492 cctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
       ||||||||||||||  ||| ||||||  ||||| ||||||||||  |||| || |||||||| ||||||||| ||||||    
T  13588700 ttcttgttcttataaatcagaattaaagtgtttcttttccactcatctgacatcttctttgtccttataatcttgttaaaaa 13588619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 10 - 127
Target Start/End: Original strand, 12492643 - 12492760
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  ||||   ||| | | |||| |||||||||| ||||    
T  12492643 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagaacttaagattgacccttggtgcaatcctat 12492742  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttc 127  Q
    ||||||||||||||||||    
T  12492743 tgttatggaaaaatcttc 12492760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 207 - 280
Target Start/End: Original strand, 35094015 - 35094088
Alignment:
Q  207 acccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaa 280  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||| |||||||| || ||||||||||    
T  35094015 acccctttcttctctagggctttccacaaagtctctttaggcattctatcacacaccttctccaaatcaatgaa 35094088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 73
Target Start/End: Original strand, 30579033 - 30579093
Alignment:
Q  14 acatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatc-caaaactaaagtaaaaaa 73  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  30579033 acatctcagtgctagctcttgtatgtgttctgtaagtacatcaaaaaactaaagtaaaaaa 30579093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 11 - 127
Target Start/End: Original strand, 18849920 - 18850036
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctatt 110  Q
    |||||||||| ||||||  | |||| |||| || |||| || ||| ||||||||| ||||||  ||| |  ||| ||| |||| |||||||||| |||||    
T  18849920 catacatcttggtgctaattgttgggtgtgttccgtaaatatatctaaaactaaaataaaaagataaagaattaaggttgaccgttggtgcaatcctatt 18850019  T
Q  111 gttatggaaaaatcttc 127  Q
     ||||||||||||||||    
T  18850020 attatggaaaaatcttc 18850036  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 22 - 124
Target Start/End: Original strand, 41445116 - 41445219
Alignment:
Q  22 gtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaa-aaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaa 120  Q
    ||||||||| ||||||||| |  |||| ||||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||| |||  ||| ||||| ||||  ||||||||||| ||    
T  41445116 gtgctagcttttggatgtgtttcgtaattacatccaaaattaaagtaaacaaaataagggcttagggttaacccttggtacaatcatattgttatgggaa 41445215  T
Q  121 aatc 124  Q
    ||||    
T  41445216 aatc 41445219  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 10 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 13588921 - 13588807
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||| |||| | ||||||||| || || ||||  | |||||||||| ||||  ||  |||| || ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  13588921 gcatacatcttggtgcaaactcttggatatgttccgtaaacatatccaaaactgaagtttaagggtaatggattatggttgacccttggtgcaatcctat 13588822  T
Q  110 tgttatggaaaaatc 124  Q
    |||||||| ||||||    
T  13588821 tgttatgggaaaatc 13588807  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 430 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 41148544 - 41148467
Alignment:
Q  430 ataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaat 508  Q
    |||||||  ||||| ||||||| ||||| || ||||||| ||  | ||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  41148544 ataactttgtggtatgactcataagtttaatccccctatcatatacgcaattttgtatatccccttt-ttcttataaat 41148467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 396 - 573
Target Start/End: Original strand, 33667048 - 33667224
Alignment:
Q  396 tcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctt 495  Q
    |||||||||| ||| |  |||||||| ||||  || ||||||| |||| |||| |  ||||| || |||||||||||   | ||| ||||||||| || |    
T  33667048 tcttttcttaatctccgctcaatcactctttttcacaacttcacggtatgacttacaagtttaat-cccctataatttgcgaaatcttgtatatctccct 33667146  T
Q  496 tgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
    | |||||||||||   || ||||||  ||||| ||| ||||  ||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||    
T  33667147 ttttcttataaatcataattaaagtgattcttctcctctcactcaacattttctttgacctcataatcttgttaaaaa 33667224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 369 - 426
Target Start/End: Original strand, 41445408 - 41445465
Alignment:
Q  369 ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcacccttt 426  Q
    ||||||| |||| | ||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| ||||    
T  41445408 ccaaattggttagccgtaactcgagtgtcttttcttagtctccatttaatcactcttt 41445465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 120; Significance: 4e-61; HSPs: 20)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 10 - 564
Target Start/End: Original strand, 20428438 - 20428998
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||| ||  |||    ||| ||| |||| |||||||| | ||||    
T  20428438 gcatacatctcggtgctaactcttgaatgtgttccgtaagtacatccaaagctaaagtaataagataaaaacttagggttgacccttggtgcagtcctat 20428537  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||| | | ||| ||||||| ||| || | || |||||  |||||||  |||||| ||| |||||| ||||||||||  ||||  | |||    
T  20428538 tgttatgggaaaatatacggtatccccatcctacttcctcacactagtcgaagctcccacatacatatcctggatagctctaatataggcaatcctcacc 20428637  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatct 307  Q
    |||||||| || |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||  | |||||||||| | || ||||  |  ||||||  || ||     
T  20428638 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctaggtactctatcatacgccttctacaaatcaatgaaaactaggtgtaagtcttttttatccgtcc 20428737  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca--cctatct--atcccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  ||||||||| |||| ||| ||||||||||||| ||||||| ||   || | |   |  ||| ||| |||||  |||||  |||||||| ||||    
T  20428738 gatatcgctccatcacacgtcaaagtaagtagatcgcttccatagtcaacctcccaagcataaaaccatattggttatttgtaacgtgagtctctgttct 20428837  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttctta 503  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||| ||||||||  ||||| |||||||||||| |||||||||    
T  20428838 tagtcttcgttcaattaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccttataattcgcgcaatgttgtatatcccccttgttctta 20428937  T
Q  504 taaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatct 564  Q
    || ||||||| ||| || |||||| | || || ||   |||||| || |||||||||||||    
T  20428938 tatattggaattaaggtgcttcttcttcattcgtctggcattttcttcgtcctcataatct 20428998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 153 - 621
Target Start/End: Original strand, 5260192 - 5260667
Alignment:
Q  153 ctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactc 252  Q
    |||||| ||||||| ||||||| ||| |  ||| ||||||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||    
T  5260192 ctagttgaagctccctcatacatatcctatatagctctaatataagcaatcatcacccctttcttttctagggctttccactaaatctctctaggtactc 5260291  T
Q  253 tatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcatttttt--ccatctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcat 350  Q
    |||||||| ||||| || |||| ||||| | |||||||  |  ||||||  || || ||| |  ||||||||  |||||||  ||  ||||||||| |||    
T  5260292 tatcatacgccttctccaaatcgatgaaaactaagtgtaagtcttttttatccgtccgatatcgctccatcaggcgtcgaaataaagagatcgcttccat 5260391  T
Q  351 agtcgaca-cctatctatc---ccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaaga 446  Q
    | |||||  || ||  ||    ||||||| |||||| |||||  ||||||||||||| |||||||  ||||| |||||||||||||||||||||||| ||    
T  5260392 aatcgacctcccatacataaaaccaaattggttatccgtaacgtgagtctcttttctaagtcttcgctcaattaccctttcccataacttcatggtatga 5260491  T
Q  447 ctcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattt 546  Q
    |||||||| || |||||||||||||||  ||| | |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||| ||||||| |||  |||||    
T  5260492 ctcattagcttaattcccctataattcgcgcattgttgtatatcccccttgttcttatagattggaattaaggtgattcttctccactcgtccggcattt 5260591  T
Q  547 tatttgtcctcataatcttgct-aaaaaattgatgagccatatgattcttatatctccaagacttttccacacttc 621  Q
    | |||||||||||||||| | | ||||  ||  ||||||| |  |||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  5260592 tctttgtcctcataatctcgttgaaaagttttgtgagccacacaattcctctatcgccaagacttttccacacttc 5260667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 115; E-Value: 4e-58
Query Start/End: Original strand, 371 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 6082503 - 6082301
Alignment:
Q  371 aaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataa 470  Q
    ||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||    
T  6082503 aaattggttatccgtaactcgagtctcctttcttagtcttctttcgatcaccctttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataa 6082404  T
Q  471 ttcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaa 570  Q
    |||  |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||| | |||    
T  6082403 ttcgcgcaattttgtatatgccccttgttcttatagattggaattaaagtgcttcttctccactcgtccgacattttcttcgtcctcataatctcgttaa 6082304  T
Q  571 aaa 573  Q
    |||    
T  6082303 aaa 6082301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 10 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 30670369 - 30669888
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    |||||||||| | ||||| |||||||||||  || || |||||| ||||||||||||||||||   |||| |||| ||| |||| ||||||||||  |||    
T  30670369 gcatacatctcaatgctaactcttggatgtattccgtcagtacacccaaaactaaagtaaaaagacaaggatttatggttgacccttggtgcaatcttat 30670270  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||||||| ||||||||  ||| || |||| | | || | || ||||| ||| |||| | ||||| ||| |||||| ||||||||||  ||||  |||||    
T  30670269 tgttatgggaaaatcttaggtaacctcatcatgcatcctcacactagtcaaaactcccttatacatatcctggatagctctaatataggcaatcttaacc 30670170  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttttccatct-- 307  Q
     ||||||| |  ||| |||| ||||||||||||||||      ||||| || ||||| || |||||||||| | |||||||  |  |||||||  | |      
T  30670169 tctttcttcttcaggactttccacaaaatctctctag------tatcaaacgccttctccaaatcaatgaaaactaagtgtaagtcttttttctctgtcc 30670076  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca-cctatct--atcccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttctt 404  Q
    ||| |  ||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||||||  |||  |   |  ||||||| |||||| |||||| ||||||| ||||||    
T  30670075 gatatcgctccatcacacgtcgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcctggcataaaaccaaattggttatccgtaacttgagtctcatttctt 30669976  T
Q  405 agtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatccc 492  Q
    ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||   ||| |||||||||||||    
T  30669975 agtcttcgttcaatcatcctttgccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataatttgcgcatttttgtatatccc 30669888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 88; E-Value: 5e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 289
Target Start/End: Complemental strand, 6082881 - 6082602
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  ||||   ||| ||| |||| |||||||||| ||||    
T  6082881 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataagaacttagggttgacccttggtgcaatcctat 6082782  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    ||||| |  ||||||||| |||| | |||||| |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | ||||  |||||||||  ||||  |||||    
T  6082781 tgttacgagaaaatcttcggtagtctcatcttgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagttctaatataggcaatcctaacc 6082682  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtg 289  Q
    |||||||| || |||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||  || |||||||||| | ||||||    
T  6082681 cctttcttctccagggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacaccttttccaaatcaatgaaaactaagtg 6082602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 280
Target Start/End: Original strand, 2208206 - 2208473
Alignment:
Q  13 tacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgt 112  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | | |||| ||||||||||  |||||     
T  2208206 tacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaggtaagggcttaggattgacccttggtgcaatcatattga 2208305  T
Q  113 tatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccct 212  Q
    |||||||||||| |  |||| |||||||| | || | |  ||| | ||||  || | |||||  || ||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||    
T  2208306 tatggaaaaatcgttggtagtcccatcttgcatcctcatactaatcaaagtccccttatacatctcttggataactttaatataagcaattctaacatct 2208405  T
Q  213 ttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaa 280  Q
    ||||| |||||| |||| || ||| ||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  2208406 ttcttctctaggcctttccaaaaagtctctctagacattctatcatacaccttctccaaatcaatgaa 2208473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 1e-36
Query Start/End: Original strand, 22 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 9706244 - 9705907
Alignment:
Q  22 gtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaa 121  Q
    |||||| |||||||||||| |  || |||||||||||||||||||||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||| |  ||||||||||| |||    
T  9706244 gtgctaactcttggatgtgtttcgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttaaggttgacccttggtgcagtcatattgttatgggaaa 9706145  T
Q  122 atcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttct 221  Q
    |||| | ||| || |||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| |||| | ||||||| ||  ||||  | ||||||||||| |      
T  9706144 atctacggtatcctcatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatcctggaaagctctaatttaggcaatcctcacccctttcttctac 9706045  T
Q  222 agggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatctgatgtttctcca 319  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||| | |||||||  |  |||||  ||| || ||| |  |||||    
T  9706044 agggctttccacaaaatctctctaggtactctatcatacgccttctccaaatcaatgaaaactaagtgtaagtcttttttatccgtccgatatcgctcca 9705945  T
Q  320 tcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgac 357  Q
    || | |||||||| |||||||||| || ||||||||||    
T  9705944 tcgcgcgtcgaagtaagtagatcgtttccatagtcgac 9705907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 385 - 573
Target Start/End: Complemental strand, 26290884 - 26290696
Alignment:
Q  385 taactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttg 484  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||||| ||||    |||||| |||||| ||||||| || || |||||||||| ||||   ||||||||    
T  26290884 taacttgagactctttttttagtcttcgttcaatcactctttttattaactttatggtatgactcataaggttaattcccctatcattcgcacaattttg 26290785  T
Q  485 tatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaa 573  Q
    ||||||||| ||||||||||  || | || ||||||  ||| | |||||||||||  ||||||  ||||||||||||||| | ||||||    
T  26290784 tatatcccccttgttcttatggatcgtaattaaagtgtttcatctccactcatcctgcattttcattgtcctcataatctcgttaaaaa 26290696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 10 - 117
Target Start/End: Original strand, 5258951 - 5259059
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaag-taagggtttacggtagacctttggtgcaattcta 108  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||| |||  ||| |||||||||| |||    
T  5258951 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaaagataaggacttagggtttacccttggtgcaatccta 5259050  T
Q  109 ttgttatgg 117  Q
    |||||||||    
T  5259051 ttgttatgg 5259059  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 31 - 139
Target Start/End: Original strand, 2680872 - 2680977
Alignment:
Q  31 cttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaag-taagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttcag 129  Q
    |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||| ||||  ||||||||   ||||||||||||||||| ||| |    
T  2680872 cttggatgtgttatgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagataaggacttacggttgacc-ctggtgcaa---tattgttatggaaaaattttcgg 2680967  T
Q  130 tagccccatc 139  Q
    ||||||||||    
T  2680968 tagccccatc 2680977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 459 - 621
Target Start/End: Complemental strand, 9705824 - 9705661
Alignment:
Q  459 attcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctca 558  Q
    |||||||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||| || |||||| ||||||| ||  ||||||| || || ||||    
T  9705824 attcccctataattcgcgcaatgttgtatatcccccttgttcttatagattggaattaaggtgcttcttctccactcgtcggacattttcttcgttctca 9705725  T
Q  559 taatcttgct-aaaaaattgatgagccatatgattcttatatctccaagacttttccacacttc 621  Q
    |||||| | | ||||  ||  ||||||| |  |||| | |||| ||||||||||||||||||||    
T  9705724 taatctcgttgaaaagttttgtgagccacacaattcctctatcgccaagacttttccacacttc 9705661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 46 - 141
Target Start/End: Complemental strand, 3629675 - 3629580
Alignment:
Q  46 taagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatctt 141  Q
    |||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||| ||| |||| || ||||||| |||||||||||| |||||| || ||| ||| |||||    
T  3629675 taagtacatccaaaactaaagtaaaaagataagggcttaaggttgacccttagtgcaatcctattgttatgggaaaatcgtcggtaaccctatctt 3629580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 27790637 - 27790451
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    |||||||||||  ||||| || ||||||||| |   ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||| |||||  ||| || |    
T  27790637 gcatacatcttgatgctaacttttggatgtgtttcataagtgcattcaaaactaaagtaaaaaggtaagggtttagggttgacccttggtataatccttt 27790538  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatata 196  Q
    |||||||| |||||| |  |||  | |||| |   || | || |||||  || |||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27790537 tgttatgggaaaatcgtaggtatactcatcatgtatcctcacactagtcgaaactccatcatacatatcatggataactctaatata 27790451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 388 - 436
Target Start/End: Original strand, 2681621 - 2681669
Alignment:
Q  388 ctcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataactt 436  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  2681621 ctcgagtctcttttcttaatcttccttcaatcaccctttcccgtaactt 2681669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 378 - 502
Target Start/End: Complemental strand, 3629373 - 3629249
Alignment:
Q  378 ttatcggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagc 477  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| | |  ||| | || ||| || ||||||| || ||||| |||||||   ||| ||||||||||||||   ||    
T  3629373 ttatccgtaactcgagtctcttttcttaatttcaatttagtcgcccctttccataacatcgtggtatgactcatacatttaattcccctataatttttgc 3629274  T
Q  478 aattttgtatatcccctttgttctt 502  Q
    |||||||||||||||| || |||||    
T  3629273 aattttgtatatcccccttattctt 3629249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 393 - 456
Target Start/End: Complemental strand, 30243851 - 30243789
Alignment:
Q  393 gtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtt 456  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||| ||||    
T  30243851 gtctcttttcttagtcttcatttaatcaccattt-ccataacttcatgggatgactcataagtt 30243789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 22 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 5631286 - 5631236
Alignment:
Q  22 gtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaa 72  Q
    |||||| |||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||    
T  5631286 gtgctaactcttggatgtgttccgtcagtacatccaaaactaaagtaaaaa 5631236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 95 - 261
Target Start/End: Complemental strand, 26291178 - 26291012
Alignment:
Q  95 ttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaata 194  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||||  ||| |||| |||||||| ||| | |  ||| || ||||||| ||||||| ||| | ||||  | | |||    
T  26291178 ttggtgcaatcctattgttatgaaaaaattgtcaatagcgccatcttaagtcctcaaactacttgaagctccctcatacatatcgttgatagttatcata 26291079  T
Q  195 taaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcataca 261  Q
    ||| ||||  ||| ||||||| | ||| ||||||| |||| |||||||  ||| |||||||||||||    
T  26291078 taagcaatcctaaaccctttcatctcttgggctttccacataatctcttcaggaactctatcataca 26291012  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 400 - 485
Target Start/End: Original strand, 9369590 - 9369673
Alignment:
Q  400 ttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgt 485  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| | | |||| || ||||| |  ||||||||||| ||||||||||||    
T  9369590 ttcttagtctacattcaatcactctttcgcacaacttcatagcatgacttataagtttaa--cccctataatttaagcaattttgt 9369673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 11 - 64
Target Start/End: Original strand, 9369203 - 9369256
Alignment:
Q  11 catacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaa 64  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||||| |  ||||||||||||||||||||    
T  9369203 catacatcttggtgctcgcttttggatgtgtttcgtaagtacatccaaaactaa 9369256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0113 (Bit Score: 114; Significance: 2e-57; HSPs: 1)
Name: scaffold0113
Description:

Target: scaffold0113; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 90 - 575
Target Start/End: Original strand, 13137 - 13629
Alignment:
Q  90 gacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacat--catggataac 187  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||| |||| |||||||| |||| | || |||||  ||||||| ||||| ||||  | | |||| |    
T  13137 gacccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatcttcggtagtcccatcttgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatatacatatccttgatagc 13236  T
Q  188 tctaatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaag 287  Q
    |||||||||  ||||  ||||| | ||||| || ||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| || |||||||||| | ||||    
T  13237 tctaatataggcaatcttaacctcgttcttctccaggactttccacaaaatctctctaggaactctatcatacgccttctccaaatcaatgaaaactaag 13336  T
Q  288 tgtgggcatttttt--ccatctgatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcgaca--cctatct--atcccaaattagttat 381  Q
    |||  |  ||| ||  || ||  || |  ||||| ||| |||||||| |||||||||| || ||||||||||   || | |   |  ||||||| |||||    
T  13337 tgtaagtctttattatccgtcatatatcgctccaccacgcgtcgaagtaagtagatcgtttccatagtcgacctcccaagcataaaaccaaattggttat 13436  T
Q  382 cggtaactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaatt 481  Q
    | |||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||  | | ||    
T  13437 ccgtaactggagtcttctctcttagtcttcgttcaatcaccatttcccataacttcatggtatgactcattagcttaattcccctataattcgcgtagtt 13536  T
Q  482 ttgtatatcccctttgttcttataaattggaaataaagtacttcttatccactcatccaacattttatttgtcctcataatcttgctaaaaaat 575  Q
    |||||||| ||| ||||||||||| ||||||| ||||||  || || ||||||| ||| ||||||| || ||||||||||||| | ||||||||    
T  13537 ttgtatattccc-ttgttcttatagattggaattaaagtgtttgttctccactcgtccgacattttcttcgtcctcataatctcgttaaaaaat 13629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 89; Significance: 1e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 1e-42
Query Start/End: Original strand, 10 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 30949 - 30520
Alignment:
Q  10 gcatacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctat 109  Q
    ||||||||||  |||||| |||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||  |||||  ||| | | |||| |||||||| | ||||    
T  30949 gcatacatctcggtgctaactcttggatgtgttccgtcaatacatccaaaactaaagtaaaaagataaggacttaggattgacccttggtgcagtcctat 30850  T
Q  110 tgttatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacc 209  Q
    |||| ||| ||||||||| |||| |||||| | |||| | || |||||  ||||||| ||||||| ||| | |||| | ||||||||  ||||  |||||    
T  30849 tgttttgggaaaatcttcggtagtcccatcctgcgtcctcacactagtcgaagctccctcatacatatccttgatagccctaatataggcaatcctaacc 30750  T
Q  210 cctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaagattaagtgtgggcattttt--tccatct 307  Q
    |||||||| |   ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||| ||||  || | |||||||| | ||||||   |  |||||  ||| |||    
T  30749 cctttcttcttcggggctttccacaaaatctctctcggtactctatcatacgccttttccaattcaatgaaaactaagtgcaagtcttttttatccgtct 30650  T
Q  308 gatgtttctccatcacccgtcgaagcaagtagatcgctttcatagtcga-cacctatctat---cccaaattagttatcggtaactcgagtctcttttct 403  Q
    ||| |  || |||||| ||| |||| |||||||| |||| ||||||||| | || |   ||    ||||||| |||||| |||||||||||||| |||||    
T  30649 gatatcgcttcatcacgcgttgaagtaagtagattgcttccatagtcgacctcccaggcataaaaccaaattggttatccgtaactcgagtctcctttct 30550  T
Q  404 tagtcttcattcaatcaccctttcccataa 433  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  30549 tagtcttctttcaatcaccctttcccataa 30520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0286 (Bit Score: 84; Significance: 1e-39; HSPs: 1)
Name: scaffold0286
Description:

Target: scaffold0286; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 13 - 280
Target Start/End: Original strand, 305 - 572
Alignment:
Q  13 tacatcttagtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgt 112  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| | | |||| ||||||||||  |||||     
T  305 tacatcttggtgctaactcttggatgtgttccgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaggtaagggcttaggattgacccttggtgcaatcatattga 404  T
Q  113 tatggaaaaatcttcagtagccccatcttacgtctttactctagttaaagctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccct 212  Q
    |||||||||||| |  |||| |||||||| | || | |  ||| | ||||  || | |||||  || ||||||||| |||||||| ||||| ||||  ||    
T  405 tatggaaaaatcgttggtagtcccatcttgcatcctcatactaatcaaagtccccttatacatctcttggataactttaatataagcaattctaacatct 504  T
Q  213 ttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcactctatcatacaccttccccgaatcaatgaa 280  Q
    ||||| |||||| |||| || ||| ||||||||| || |||||||||||||||| || ||||||||||    
T  505 ttcttctctaggcctttccaaaaagtctctctagacattctatcatacaccttctccaaatcaatgaa 572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0083 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0083
Description:

Target: scaffold0083; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 405 - 526
Target Start/End: Complemental strand, 52251 - 52130
Alignment:
Q  405 agtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataattcaagcaattttgtatatcccctttgttcttat 504  Q
    ||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||  ||||||||  || ||||| |||||||| | |||||| ||||||| ||| |||||| |||    
T  52251 agtcttcgttcaatcaccctttctcataacttcacggtataactcattaacttaattcctctataatttacgcaattctgtatattccccttgttcatat 52152  T
Q  505 aaattggaaataaagtacttct 526  Q
    | ||||||| || |||||||||    
T  52151 agattggaattagagtacttct 52130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0606 (Bit Score: 37; Significance: 0.00000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0606
Description:

Target: scaffold0606; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 28 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 9131 - 9035
Alignment:
Q  28 gctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatc 124  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| | ||||  ||| ||||||  || |  | |||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  9131 gctcttggatgtgttttgtaagtacatccaaaactaaaatgaaaagataatggtttagtgttgtaccttggtgcaatcctattgttatgggaaaatc 9035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 3)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 48 - 141
Target Start/End: Original strand, 88773 - 88866
Alignment:
Q  48 agtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaatcttcagtagccccatctt 141  Q
    ||||||||||||| ||| |||||||  |||||  ||| ||| |||| |||||||||| |||| |||| || ||||||||  |||||||||||||    
T  88773 agtacatccaaaagtaatgtaaaaagttaaggacttagggttgacccttggtgcaatcctatggttacgggaaaatctttggtagccccatctt 88866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 163 - 251
Target Start/End: Original strand, 88876 - 88964
Alignment:
Q  163 ctccatcatacacatcatggataactctaatataaccaattataacccctttcttttctagggcttttcacaaaatctctctaggcact 251  Q
    |||| ||||||| ||| | |||| ||||||||||  ||||  |||| |||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  88876 ctccctcatacatatccttgatagctctaatataggcaatcctaactcctttcttctccaaggcttttcacaaaatcactctaggcact 88964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045; HSP #3
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 370 - 410
Target Start/End: Original strand, 90257 - 90297
Alignment:
Q  370 caaattagttatcggtaactcgagtctcttttcttagtctt 410  Q
    |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  90257 caaattggttatccgtaactcgagtctcttttcttagtctt 90297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0008 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0008
Description:

Target: scaffold0008; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000009
Query Start/End: Original strand, 23 - 124
Target Start/End: Original strand, 48727 - 48827
Alignment:
Q  23 tgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatggaaaaa 122  Q
    ||||| |||||| || |||| |||||||||||| |||||||||| |||||  ||||   ||| ||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||    
T  48727 tgctaactcttgcatatgctttgtaagtacatc-aaaactaaaggaaaaagataagaacttagggttgacatttggtgcaattctattttgatggaaaaa 48825  T
Q  123 tc 124  Q
    ||    
T  48826 tc 48827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0220
Description:

Target: scaffold0220; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 22 - 139
Target Start/End: Original strand, 25026 - 25144
Alignment:
Q  22 gtgctagctcttggatgtgctctgtaagtacatccaaaactaaagtaaaaaagtaagggtttacggtagacctttggtgcaattctattgttatgga-aa 120  Q
    |||||| ||||| |||||| ||  |||| |||| |||||||||||||||||  ||| |||||| | | |||| |||||||||| ||| || |||||| ||    
T  25026 gtgctaactcttagatgtgttccataagaacattcaaaactaaagtaaaaagataaaggtttaggcttgacccttggtgcaatcctaatgctatggacaa 25125  T
Q  121 aatcttcagtagccccatc 139  Q
    |||  || |||||||||||    
T  25126 aattgtcggtagccccatc 25144  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0220; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 386 - 470
Target Start/End: Original strand, 25392 - 25476
Alignment:
Q  386 aactcgagtctcttttcttagtcttcattcaatcaccctttcccataacttcatggtaagactcattagtttgattcccctataa 470  Q
    |||||||||||||||| ||||| | |||| ||||| |||| || |||||||||||| | |||| || || || |||| |||||||    
T  25392 aactcgagtctcttttattagtatccatttaatcatccttgcctataacttcatggcatgactaataagcttaattctcctataa 25476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University