View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF12668_high_1 (Length: 793)

Name: NF12668_high_1
Description: NF12668
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF12668_high_1
NF12668_high_1
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (19-764)||(38885065-38885790)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 624; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 624; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 764
Target Start/End: Original strand, 38885065 - 38885790
Alignment:
Q  19 aagtcaccttatcaattattgagttttaagcaacaaagagttatctccgacacacttatatttaaattaaccaagtgtgttacatgttgagtttaacctc 118  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885065 aagtcaccttatcaattattgagttttaagcaacaaagagttatctccgacacacttatatttaaaataaccaagtgtgttacatgttgagtttaacctc 38885164  T
Q  119 tatatatacaaacagagaaattagttgcactaaaaagaatttatatctacgcatgatgtgtcaatatataacatgtactctaaatattattctcacaaac 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                    ||||||||||||||    
T  38885165 tatatatacaaacagagaaattagttgcactaaaaagaatttatatctacgcatgatgtgtcaata--------------------ttattctcacaaac 38885244  T
Q  219 aatattaattttctacctacttaaatttccacctaataatgcacaaatgcagtataatacatgtatcaacagatatatagtatgctgcaatgcaactatc 318  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885245 aatattaattttctacctgcttaaatttccacctaataatgcacaaatgcagtagaatacatgtatcaacagatatatagtatgctgcaatgcaactatc 38885344  T
Q  319 aatgatgttgagggctaagcttgtcaatgttacattgagagagaggtttcttgctatgcatgagaagtccacgtgaaggaatgaaattgttatggttggt 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885345 aatgatgttgagggctaagcttgtcaatgttacattgagagagaggtttcttgctatgcatgagaagtccacgtgaaggaatgaaattgttatggttggt 38885444  T
Q  419 tgaaaaatgnnnnnnncaatttaatttctccttatagttttctggtatgaatatttttgactttatctacactccaggttgacattggacctaagttcta 518  Q
    |||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885445 tgaaaaatgtttttttcaatttaatttctccttatagttttctggtatgaatatttttgactttatctacactccaggttgacattggacctaagttcta 38885544  T
Q  519 caattctctccttctacattaattaggttgctccaatcccactcaactcttctatatatcaannnnnnnnaattatttctttccaacataaaacttgttt 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885545 caattctctccttctacattaattaggttgctccaatcccactcaactcttctatatatcaattttttttaattatttctttccaacataaaacttgttt 38885644  T
Q  619 tattcttgattcttgattttaatcttaactaaagctaccctttagtcagactaataaaggacaaaaatctacatttattcctcaacaagttttcatacaa 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885645 tattcttgattcttgattttaatcttaactaaagctaccctttagtcagactaataaaggacaaaaatctacatttattcctcaacaagttttcatacaa 38885744  T
Q  719 atatacaaagcaactacacaacttgagatccaagcaatcttatata 764  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38885745 atatacaaagcaactacacaacttgagatccaagcaatcttatata 38885790  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University